The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
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| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OZB A; 2N7J A; 1F2R C; 2IGH A; 3FIL B; 2QMT A; 1P7E A; 4HJG E; 2LUM A; 1GB4 A; 4KGR A; 2N9L A; 2KN4 A; 1MVK A; 2K0P A; 2J53 A; 2J52 A; 1JML A; 1P7F A; 1XCQ L; 2OED A; 3GB1 A; 5HG2 A; 1EM7 A; 2GB1 A; 2IGG A; 1MHX A; 4WH4 A; 2GI9 A; 4IOI E; 1K53 A; 2I38 A; 1XCT L; 2LHE A; 1PGB A; 2PTL A; 1HZ5 A; 1K51 A; 1GB1 A; 3V3X A; 2PW9 A; 2ONQ A; 4D2K A; 1MI0 A; 1KH0 A; 2RMM A; 1C9F A; 5BMI A; 1K52 A; 2NMQ A; 2KAC A; 2KWD A; 4GLS C; 5BMG A; 1QKZ A; 1K50 A; 1IGD A; 5BMH A; 1PGA A; 5HFY A; 1Q10 A; 2ZW1 A; 2KDM A; 2PLP A; 1HEZ E; 5HI1 A; 3UI3 A; 1MHH E; 4IKG A; 2ON8 A; 3FIL A; 2JXT A; 4KGT A; 4KGS A; 5JXV A; 4OZA A; 4MAC A; 2IGD A; 2JWU A; 2LGI A; 5HHD G; 2JZP A; 2JU6 X; 1YMH E; 2RPV A; 2EEL A; 1YNT E; 1FCL A; 2QSD A; 2N9K A; 1MPE A; 3MP9 A; 2JSV X; 1XF5 L; 2LHD A; 2KQ4 X; 4OZC A; 1IBX A; 4HKZ E; 1FD6 A; 1HZ6 A; 1UWX A; 1PGX A; 2ZW0 A; 1IGC A; 2I2Y A; 1ZXH A; 1F2R I; 1D4B A; 1FCC C; 1IBX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SEB D; 3Q3J A; 2JZZ A; 1ZKH A; 1MG4 A; 1JWM D; 1KTK A; 1XT9 B; 4ZRP A; 1L4D B; 1E7P B; 2MBH A; 1J7B A; 2LZ6 A; 2J52 A; 1I35 A; 2PIA A; 1ZE3 D; 4XWT A; 1N6Z A; 2KD0 A; 4LJO B; 4US9 A; 1WI0 A; 3NVV A; 3M3J A; 4LTU A; 1EU4 A; 5EE3 A; 3KWV A; 3TCA A; 1I4X A; 1UBI A; 4OW0 A; 4ASW C; 5BO4 B; 5G2N A; 4IWP A; 3HUI A; 1OQQ A; 1C4C A; 2INN E; 3SR6 A; 3ZNI D; 3ZO5 B; 3Q3N C; 1ZOY B; 3SHQ A; 4WIP A; 3HIZ A; 2MP2 B; 3P4P B; 2BQQ A; 4YTN B; 4GXB A; 1VZ7 A; 3AED B; 3BK1 A; 2KWD A; 4YXD B; 2AQ2 B; 3TIX A; 2W9N A; 2CKH B; 1PYW D; 5BMH A; 4GOC A; 3N1Y C; 3QHT A; 3TMP B; 4NY0 A; 4R3D A; 1YN4 A; 1WXA A; 2BWF A; 3ZIM A; 1EF1 A; 4W9L A; 4IWQ A; 4E3C A; 3ML9 A; 3HVD A; 2K8C A; 3ZNZ B; 3B1L X; 2LFI A; 4C7Y A; 1D5Z C; 1R4M I; 1QOG A; 2KJR A; 5JXV A; 1NI2 A; 1S3S G; 2DNF A; 4W9E A; 2MX2 A; 4MT5 A; 2GBJ A; 1V8C A; 3LDZ E; 3MC8 A; 3N9Y C; 3VR9 B; 2JPH A; 2LHD A; 1IBX A; 3W2D A; 3IG3 A; 4YWG G; 4TV3 A; 3AE7 B; 3RNE C; 4NZL B; 4ARI A; 2IO1 B; 1T0R C; 4XC2 A; 1HE8 A; 1V1P B; 3JYU A; 3AEC B; 3HRD D; 1F2R C; 4M0W B; 2DYB A; 2QMT A; 4KGR A; 1I4G A; 2V9H A; 4RM9 A; 4K81 A; 2MJE A; 2IY0 B; 2GOW A; 3BVZ A; 4HKQ A; 3VDZ A; 2KN5 A; 3S2A A; 1YOV B; 2ZEQ A; 3T8M A; 3Q8B A; 4TMA B; 4GDL B; 1I4R A; 2WXI A; 1ZXI A; 1E8X A; 2KLC A; 2I38 A; 3WAP A; 1TY2 A; 1RLF A; 1TGZ B; 2BF8 B; 1GB1 A; 1T3Q A; 4YTP B; 2XEW A; 4P7I A; 5J17 A; 3I5J C; 5IO9 A; 2PE6 B; 2RMM A; 1WYW B; 2LVO A; 1JWS D; 4A20 A; 3PZ8 A; 4KV2 A; 2PEA A; 4M00 A; 2K8H A; 4KX6 B; 4GLS C; 3ENE A; 4HVB A; 4FJZ A; 2AL6 A; 1JWA D; 1FXA A; 1CQV A; 2MA9 B; 3X0W A; 4RGM A; 2KFJ A; 3EFU A; 2PLP A; 3LYY A; 4K7S A; 1V5O A; 5IN7 A; 4C4V A; 2IDY A; 2X8X X; 1TZO A; 3QAR A; 4HDQ A; 4MDK E; 2Z59 B; 4KGT A; 4RM8 A; 2L83 A; 3Q14 C; 4K3C A; 2L32 A; 2O6V D; 1E6E B; 4AP4 C; 5L95 C; 4W9F A; 3NZS A; 3H7P A; 1SJH D; 2ZVO A; 2BTE A; 2REX A; 3B9J A; 1Q0W B; 4XDC A; 2YEP B; 2R2Q A; 4OZC A; 5HKH A; 4RNA A; 1DOY A; 4HKZ E; 3W9C B; 3OLM D; 3PO0 A; 3BVM A; 5C23 A; 3RNG C; 2KQS A; 3FC4 A; 3I3T B; 2INC C; 1WWT A; 4DDI D; 3R7Q A; 4KIK B; 4N59 A; 1E5W A; 3W5U B; 1UH6 A; 2CJO A; 4HLE A; 2IO2 B; 3AI5 A; 1QQR A; 3WAM A; 4US8 A; 5D3D A; 3GOE A; 4GIV A; 5HG2 A; 2BW2 A; 2GB1 A; 4FLH A; 3A9K B; 3AXC A; 4DWF A; 1OTR B; 1BXT A; 2WHI A; 3NY5 A; 1SB3 C; 2GBK A; 4M8M A; 1SE3 A; 2HJ8 A; 1QOF A; 2KKC A; 1KM7 A; 5T8I A; 3TJP A; 3PZ7 A; 1GUA B; 3R2I A; 4BKS A; 1WGY A; 1J7C A; 3U2S C; 1XEE A; 1R4N B; 2O2V A; 4EKU A; 4DBG A; 5CHF A; 4FN2 A; 3VRA B; 3DHG C; 4IDI A; 1XXG A; 1PGA A; 1WXV A; 3A9J A; 2WX0 A; 3N30 A; 3DVN U; 4PT5 A; 2MRP A; 5HFY A; 2BYT A; 2KJ6 A; 3N1X C; 3SU8 X; 3AE4 B; 1V5T A; 1PFD A; 2DAJ A; 4G50 A; 3V05 A; 4QAY A; 1V1O A; 3VTU A; 3H6N A; 2IGD A; 3X23 A; 2QDF A; 3R66 C; 2CR5 A; 2JU6 X; 2RPV A; 4MGY E; 3RZF A; 1QOA A; 1YNT E; 2L0F A; 2GLS A; 1OFF A; 1TYG B; 3PS6 A; 4XE0 A; 3M95 A; 3ZJU A; 1PUT A; 3WCQ A; 2JSV X; 2KZR A; 1XF5 L; 1UGM A; 4AOF A; 2I1J A; 1VD2 A; 3I9V 1; 2Q5W D; 2JT4 B; 5MPO A; 4W9D A; 1FD6 A; 3KW5 B; 1HZ6 A; 1SE4 A; 1J8C A; 1VZ6 A; 1YQ4 B; 5IP4 D; 2N9X A; 3L17 A; 4OZB A; 4EZL A; 2KTR B; 3TSS A; 2MP2 A; 2KDI A; 1P7E A; 4HJG E; 3DBL B; 3I63 C; 2C60 A; 2LGY A; 2DZJ A; 4IW0 A; 4S0R A; 2PVG C; 3H7S A; 5C3J B; 2WXG A; 3TEX A; 2LUE A; 2O6V B; 4M8N A; 4IWO A; 3URY A; 4XZ4 A; 3APF A; 4UDU C; 4JIO U; 2BKF A; 3M63 B; 2JVC A; 3VUX A; 1TKE A; 2H89 B; 2KYW A; 2ICI A; 3BY4 B; 1F0Z A; 3L08 A; 4TKN A; 2GBM A; 3SD5 A; 4MJS A; 2FE8 A; 4XGA B; 5CHV C; 2KK8 A; 2WXF A; 2KWV B; 3L10 B; 3VRB B; 4BKG A; 4MGK E; 2L00 B; 3GE8 C; 1YD8 U; 1K50 A; 3AE8 B; 2C7N B; 2ZNV B; 3U52 E; 2G45 B; 3ALB A; 3FKY A; 3QK0 A; 3IVF A; 4URK A; 2NS5 A; 1N5W A; 2JUO A; 4F7Z A; 2ZCC A; 3CIR B; 3CSF A; 4WWP A; 2FCS A; 1IUE A; 1ZDV A; 3CF6 E; 4RF1 A; 4W9C A; 1UZX B; 2KT7 A; 2VZK B; 3Q3M C; 3V6C B; 4MEM A; 2SAK A; 2MW5 A; 1UWM A; 2WLB A; 3ZNG C; 4F1S A; 1MPE A; 3OG5 A; 2KMA A; 4GDL A; 5DPT A; 4ANW A; 4XWW A; 2LJ5 A; 3Q2A C; 4LNK A; 3JVZ X; 2PKO A; 3DBR I; 3IFW B; 1V86 A; 1FMA D; 2CHZ A; 2JX5 A; 1FCC C; 4CQN A; 5LLI A; 2Z8L A; 4NAM A; 4EEW A; 1P0R A; 3AEG B; 1SE2 A; 3AEF B; 1FFV A; 1MVK A; 2K0P A; 2LXC A; 5FR6 A; 1P7F A; 2FIF A; 3B2G A; 3PHW B; 1WM2 A; 1M94 A; 1MHX A; 4HDO A; 1RRB A; 1V6E A; 4KSL C; 2LMC A; 5CTR C; 4II3 B; 1LGR A; 1FRD A; 3PRM B; 2IY1 B; 4ANU A; 3L16 A; 5IKC M; 2KFK B; 1TY0 A; 2X38 A; 1LM8 B; 4KZ0 A; 4AS1 A; 2R61 A; 5BMI A; 3TEW A; 4B6W A; 2KJH B; 4W9I A; 3APC A; 1HA5 A; 1IGD A; 4TSS A; 2N1W A; 3AE1 B; 3EGR A; 3C0R B; 1V81 A; 1T0S C; 3KYC D; 3W1S A; 3KQ4 A; 2WXN A; 1OEY J; 2CS4 A; 5G55 A; 4HRS A; 1SBB B; 3NUH B; 3ZW3 A; 4PS3 A; 2BGF A; 4MH8 A; 2WXK A; 1EWC A; 5TSS A; 2V4L A; 2D3C A; 2Z0E B; 1FEH A; 2LD9 A; 3A9K A; 2CJN A; 4LK0 M; 3AEE B; 2MJ3 A; 3Q8C A; 2R2O A; 3W1S C; 1SXT A; 3RMK C; 2NPT B; 2JQR B; 4NNJ B; 3Q3O C; 1ZXH A; 3R2T A; 4K3B A; 2MBO A; 2UU7 A; 4I6L B; 1HQR D; 2E6X A; 5E6J A; 4EFO A; 2RDB C; 1E90 A; 2OOB B; 3VUW A; 3OWE B; 4M01 A; 4NJ6 A; 3EA6 A; 3O65 B; 2M17 A; 4AWJ A; 4IM3 A; 4BOS C; 3IT6 B; 5H8Y E; 4JQW C; 4O1N A; 4IG7 B; 3VUY A; 2IJ0 A; 1LXD A; 1QLB B; 4GN1 A; 4IOI E; 3V62 A; 1WGH A; 3JSV B; 1UUP A; 1K51 A; 2FUG 1; 3BYY B; 1VCB A; 2C7M B; 1V49 A; 3O13 A; 2RSU A; 3OAW A; 1F9J A; 3IBE A; 1JAL A; 2G3Q B; 1I4H A; 2MSE D; 4ANV A; 2KO3 A; 2BVC A; 2VH2 A; 1QKZ A; 3IAS 1; 2JY6 A; 1DOI A; 3B08 A; 3AU5 A; 3VFK A; 1YJ1 A; 4FA6 A; 1P3Q U; 1LO5 D; 2YLM A; 5L83 A; 2KTR A; 3TL5 A; 4FHK A; 3BVG A; 2PMV A; 4I6N B; 3HHM A; 4KKJ A; 2FCQ A; 1CMX B; 4MAC A; 2AQ1 B; 2KDE B; 4LLG M; 3RPF C; 4E71 A; 2HJ1 A; 5D6J B; 2V3P A; 5E6O A; 2O6V A; 4GMV A; 1WX8 A; 1WM3 A; 2QSD A; 4A3P A; 4A8X C; 1YN5 A; 1WGG A; 2EMT A; 2TSS A; 2B76 B; 1CZP A; 3U4E G; 2RDG A; 4IC7 B; 1YJI A; 1PGX A; 1IGC A; 3W5V B; 3T9L A; 4G11 A; 3SFE B; 3VH3 B; 1E8Y A; 3DWM A; 4PYZ A; 1WZ0 A; 1WRD B; 2N9L A; 4Q2J A; 2KN4 A; 5D94 A; 3HM3 A; 1AAR A; 2MH7 A; 4P6V F; 3WAN A; 4E74 A; 3AB5 A; 3VH4 B; 1V9J A; 3SEB A; 5E6P A; 5IOI A; 1QOB A; 2KHW B; 3RNA C; 3VVW B; 4TQ0 A; 4RGN A; 1TTN A; 5KHQ A; 1ET6 A; 2LHE A; 4GDK B; 1FNW A; 3IAM 1; 3MFG A; 2BPS A; 4BOZ B; 2L3Z A; 2J42 A; 3DBS A; 2NTS A; 3AM9 A; 3V3X A; 1UEL A; 2PW9 A; 2ONQ A; 2GBR A; 3QX1 A; 1MI0 A; 3PRZ A; 2ZNV C; 1JRP A; 4WJQ A; 3H8H A; 4W9J A; 2IBI B; 3NG0 A; 3NVY A; 4DQO C; 3P63 A; 2BS4 B; 1FNU A; 4PK1 A; 2WDT B; 3T3O A; 1SJE D; 4RF0 A; 1TBE A; 2L52 A; 2DWQ A; 3PZD A; 2MBE A; 3LJ3 A; 1NYR A; 1WSP A; 2XBB C; 4DXG A; 1HEZ E; 3BZD B; 3QCA A; 4K7W A; 4DHZ B; 1HTQ A; 2D07 B; 1DYQ A; 1JCK B; 3NVW A; 4BBN F; 4OVV A; 1Z2M A; 3V6E B; 4KVG B; 2B3A A; 4II2 B; 2VH1 A; 1B9R A; 4OVZ A; 1WGD A; 3DWG C; 2EEL A; 3DHH C; 4WJN A; 3AE9 B; 3WAL A; 3UQB A; 1C1Y B; 1RFK A; 2KQ4 X; 3UIN B; 1IP9 A; 3ZGZ A; 3Q6B A; 2FBW B; 4LNF A; 5AZG A; 1TS2 A; 4MGI E; 2IO0 B; 2KVZ A; 1VDV A; 2H88 B; 1ET9 A; 1Y56 A; 1YX6 B; 4LCD E; 2SEB D; 5DCN A; 3ZLZ A; 5LXH A; 2L7R A; 3AE5 B; 4CHK A; 2OED A; 1ZW7 A; 3RFZ B; 1Q1O A; 3DHI C; 1TT5 B; 1ZGU B; 3CST A; 2KC2 A; 2JYT A; 2V4I B; 1XCT L; 1VLB A; 2KC1 A; 3R8B A; 3A1Q A; 2NCN A; 4LNO A; 1WZ3 A; 1WE6 A; 4HPM B; 3AE3 B; 4ANX A; 2KAJ A; 2DLB A; 3VXW A; 4WUR A; 2OJW A; 4TQ1 A; 3D32 A; 4ZRJ A; 3QC8 B; 1R4N I; 2AEH A; 3U7Z A; 2NPT A; 1FXI A; 3AV8 A; 2LVQ A; 1Q10 A; 4J6I A; 3ABV B; 3JW0 X; 3UI3 A; 1GC7 A; 2WXO A; 1TKG A; 3MHS D; 4IKG A; 5JH5 C; 4MGZ E; 1FRR A; 3ZJV A; 1EU3 A; 5JZE B; 1XO3 A; 5J18 A; 2JZ3 B; 4L23 A; 2N0S B; 2LGI A; 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2WX1 A; 1IBX B; 2CU3 A; 2W55 A; 3FIL B; 3M62 B; 1F1H A; 4BKS D; 4BKT A; 4NAW B; 1VR9 A; 1WJ4 A; 1KRH A; 1ZP0 B; 3P4R B; 2KWC A; 3R3M A; 2KLG A; 3T3N A; 1ISN A; 1SF0 A; 2JRI B; 5KHO A; 3ZDT A; 4P16 A; 3C19 A; 3NZ3 A; 4DXF A; 4S17 A; 4G0N B; 2IYD B; 3N32 A; 2EKI A; 1UD7 A; 3APD A; 4HCP B; 5D2M B; 2MWS B; 4HPP A; 2FAZ A; 4D2K A; 2LGD A; 1AWD A; 1WMH B; 2E3T A; 1RM6 C; 3ZTD A; 1H4R A; 3QAQ A; 3RNF C; 1FIQ A; 4RH6 A; 1EWY C; 1ENF A; 1L4Z B; 2RR9 A; 2IZV B; 2L05 A; 4ITK A; 5EDS A; 1N61 A; 2FCM A; 2LRW A; 3MJ5 A; 3ZKJ C; 2LVP A; 3BYT B; 3QJZ A; 2KX0 A; 1TS3 A; 2BYF A; 4OZA A; 4W9H A; 3QIJ A; 1SSN A; 3UF8 A; 5HHD G; 4KSK C; 2C9W B; 1OEY A; 1ZPS A; 2N9K A; 1YQ3 B; 1T0Q C; 1D6E C; 1E7V A; 3IHP C; 3H7P B; 4KIK A; 1YX5 B; 2DZM A; 3KVF B; 1WX9 A; 2MEK A; 4NJC A; 4LJP B; 2WYQ A; 4NQL B; 3RT3 B; 4ICV A; 4BVU C; 4ZYN A; 2LUM A; 4F8C B; 2UWQ A; 2RDH A; 1XQQ A; 2L76 A; 4EUT A; 1IYF A; 2KMM A; 5TR5 A; 2FNJ B; 3A4S C; 3BIN A; 3RUI B; 1XCQ L; 4A3O A; 1FFU A; 3ONS A; 2QEJ C; 2Y5C A; 3LB8 C; 3KUC B; 2N1V A; 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