4GMJB

Structure of human not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
271
structure length
264
Chain Sequence
QRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSGNAYEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 1
publication title The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 83
structure length 264
sequence length 271
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gmjB00
1TVRA 1VRUA 3KLHA 3QERA 4OKKA 3G0ZA 4FLXA 1KRPA 3PO5A 4ZTFA 4KHUA 2HHSA 2O4GA 4IG3A 4FYDA 4FJ5A 1S1TA 3AVBA 4DSJA 3DLRA 3PX4A 4I9QA 3K58A 1CXUA 3L2RA 1HQEA 2KW4A 4CIFA 1TV6A 1NK4A 3AVLA 1NK8A 4Z4HA 3ASMA 3ITHA 4CEOA 3QEWA 4B9MA 1YT3A 3TAEA 3SV4A 1NOYA 5DMRA 1RDDA 2Z1HA 3OYGA 3EZ5A 2VWJA 4FJKA 2G8FA 2E4LA 3T3FA 2VWKA 1Q9YA 2D0CA 5HP1A 3AVFA 2R7YA 4GW6A 3V9UA 4RW6A 1TAUA 2VG6A 3LALA 1IH7A 3LPTA 5KRSA 2YHAA 2XY7A 4FXDA 1HJRA 1NJWA 1IKYA 1LW2A 2WOMA 1C1AA 4NYFA 3KD1E 2DFHA 4FK2A 1YTAA 4CJUA 1T8EA 3DYAA 5E41A 4KHYA 2OPQA 3SZ2A 3PX0A 4M3WA 3PV8A 1S1XA 4YNQA 3TAGA 4OJRA 4KTZA 3C6UA 3WNEA 1N5YA 1L5UA 2PYLA 4CEDA 5J2QA 3LPUA 2FBXA 4DQRA 1RBSA 1ZBUA 4ELUA 4KI4A 5D3GA 3ZT0A 4YFUA 3OYDA 3JYTA 1NJXA 3U3GA 3RR7A 1RBUA 4CJ5A 4DTMA 1EX4A 3IG1A 4CK3A 3RTVA 1I3AA 2HNDA 4EP5A 4CFCA 1XC9A 4B9TA 3EY1A 3QEIA 3V9ZA 3ZSXA 3LZIA 3VQAA 3V4IA 5I3UA 2WONA 4DSLA 1WAFA 3VQ7A 4CEAA 3ZSVA 3U6FA 3KK1A 2GV9A 2FC0A 4O0JA 1SV5A 3VQPA 5CZ2A 3AA4A 4DTXA 3VQ5A 1VRTA 3ALYA 2DY4A 4RW4A 3SCXA 4N76A 3HT3A 2B5JA 2I5JA 1VSEA 4PUOA 1RDAA 2XY5A 3RRHA 4CJKA 4HVJA 3AO3A 2HVIA 3LZJA 5HRNA 1JLFA 1RBRA 1VSDA 1UA0A 1S1UA 3TAQA 3OYJA 1D8YA 3KKSA 4FK4A 3HVRA 3T1AA 4E3SA 1J54A 3ULDA 3TR8A 3NHGA 1KLMA 4OPJA 3KLGA 2YNFA 5HRPA 3B6OA 3HSTB 2RN2A 4E7IA 3AVJA 5C25A 1JLCA 3MXIA 1ASUA 1KVCA 5DK5A 4CFBA 4CK2A 1XI1A 4MFBA 4QCLA 2W42A 2KTQA 3MEGA 1D5AA 3M8SA 2PZSA 3TWHA 3LAKA 4I2QA 4FZXC 4K8ZA 2ZD1A 4NCBA 3S9HA 4IKFA 2AJQA 1ITGA 4E89A 3K2PA 1IG9A 3VQ9A 3E01A 1ZBFA 4Q5VA 3NGZA 4LY7A 3OS1A 1JKHA 4DLGA 3QEPA 4EZ9A 2YNHA 1J5OA 3RMBA 3P83D 4HCCA 2B6AA 1GOAA 3ZSQA 4FK0A 1A5XA 3K5OA 3TABA 1ZYQA 5FRMA 3K5LA 3L8BA 4O5BA 5HBMA 2VG7A 4O0IA 4W5QA 5SZTA 4Z4IA 4KO0A 4FJNA 3DRPA 4KHQA 3VQBA 5K14A 4DQIA 4OGEA 4CGGA 2ITGA 3OYNA 2D5RA 4OGCA 3HP6A 4FCYA 4E7LA 1CZBA 4F8RA 3KLIA 1UAXA 4E7KA 2BGGA 2HHTA 3NCIA 1QSSA 1D9FA 4DSFA 4ID5A 3SUQA 4KRFA 4DQQA 4DFMA 4HHTA 1BISA 3V6DA 2QXFA 4R5PA 4ID1A 1JL1A 1MU2A 3OYCA 3NGIA 1J53A 2P5OA 3KK3A 1XHXA 3LP3A 4KTWA 4BACA 4NCGA 4CEQA 3SUOA 1NKBA 1EETA 3RWUA 4M42A 4CJTA 3V9WA 4E1NA 3UIQA 1NK7A 1K6YA 2X78A 2KZZA 3NBPA 3OYIA 2YV0X 4I2PA 3VQQA 4KB0A 4FJ8A 1T03A 1RCHA 3NF6A 3F9KA 1BQNA 1JLBA 1TGOA 1WSHA 2EX3A 4H8KA 4N56A 4AHTA 1SKWA 4BE2A 4M3UA 3CFOA 2D0AA 3EYZA 4LH4A 4L8RB 3AA3A 4CHZA 4FM1A 1JLEA 1VSJA 1RBTA 4DFPA 3VN5A 1NK9A 1T7PA 3L2QA 2HHUA 4Z0UA 2HHVA 1HMVA 1VSMA 3DM2A 4TSXA 1VSKA 3AVMA 3KJVA 4OKEA 3DLKA 3OYFA 1NJYA 1LV5A 4FLVA 3G10A 1Z26A 4M3YA 4CJ4A 3IRXA 1EXQA 5CZ1A 3K5MA 2HVHA 1TL3A 5HRSA 1BQMA 1VSHA 3S3MA 2X6SA 4FJJA 5KI6A 4GMJB 4DMNA 1S9EA 3QLHA 3M8PA 2G8UA 2KQ2A 3DRRA 1ZBHA 3VQDA 1JLGA 2B4JA 3CFPA 4FJMA 4RW8A 3WNFA 1QE1A 1WSFA 4IDKA 1UWBA 5FDLA 4B9NA 4JS4A 1RT5A 1CLQA 4O55A 3DLBA 2G8IA 4O4GA 2KZMA 3DLGA 5C42A 4XIUA 1RT3A 4DTJA 3T19A 1RTHA 4H4OA 2IGIA 3QNNA 3K57A 4DS4A 1IKVA 2BDPA 2HHWA 3BDPA 3C95A 1VSLA 4KFBA 4CJEA 1BI4B 4RW9A 4DTRA 1KVBA 2G8WA 3CM6A 1QS4A 1REVA 4CJVA 3OYLA 4M41A 5KRTA 2BE2A 4AHCA 1U47A 4M3RA 4JLHA 1S5JA 1WAJA 4O44A 4FZYA 3D0PA 4CHYA 1LWFA 2ATQA 3M8QA 3P5JA 3KD5E 2O4IA 4CJQA 4FM0A 4KAZA 3LP1A 4DF4A 4F3TA 2Y1IA 4JRPA 1SL0A 1RDBA 1KSPA 4CHOA 1SL2A 1BHLA 1FXXA 2IS3A 1RDCA 3CG7A 2HW3A 2IC3A 4FJIA 4J2EA 4B3OA 4CGJA 3QNOA 3O3GA 1C0MA 3QIPA 2OA8A 2ETJA 3MEDA 5CYQA 3HO1A 3SJJA 1NK6A 4IFVA 5FROA 4M3XA 4CJRA 1LAVA 3RMAA 1BCOA 4KKOA 1BCMA 3DLEA 2GUIA 4IG0A 4B8AB 4DQSA 3LDSA 3P1GA 2NUBA 3TARA 1U4BA 1HNVA 3CM5A 4EP4A 2F96A 3K59A 1L3VA 4FJGA 4E7JA 4G1QA 4AHRA 3V1QA 1BIUA 2LSNA 3AVCA 4WE1A 3OYAA 3SPYA 4BDPA 1S1WA 4E0DA 3HJFA 3D45A 1XHZA 1ASVA 3F73A 4OLBA 3LANA 4W5TA 3O3HA 2PYJA 4DTOA 3IAYA 4C8LA 1U48A 2IDOA 3SPZA 4CJSA 1X9MA 2OZMA 1B9DA 3AVIA 2A1RA 2BANA 3QINA 1HRHA 4JRQA 1TL1A 3CQ8A 3SUPA 4CGIA 3ZSYA 3BGRA 4DTNA 1BL3A 3LAMA 5FRNA 1CXQA 4DS5A 1WN7A 1NKCA 2RPIA 3AVAA 4FLWA 4Z4EA 1CZ9A 4NCAA 3VQEA 2VG5A 4CGDA 3NAEA 1B92A 3VQ4A 1TKZA 1SL1A 1A5WA 2Y1JA 4M3TA 4BWMA 3VQCA 1VSFA 1U49A 1Z25A 1C0UA 3AA5X 1L3TA 4ELVA 1UA1A 4Y1CA 3V1RA 5J2PA 1O1WA 4QOZB 4FLTA 1IKWA 3MXJA 1TK0A 4CJLA 4J2AA 2QK9A 2Z1JA 3M8RA 3THVA 4CEFA 4N5SA 1JLAA 1RNHA 4DTSA 4CEEA 5KGXA 3DMJA 4J2DA 4DSEA 1D9DA 4C8MA 4RW7A 3RMCA 1TAQA 4CFAA 1QHTA 2OPSA 2YHBA 3WNGA 5J2MA 1HPZA 3TAFA 4FVMA 3C6TA 3C94A 4M45A 2ZQBA 4F2SA 5KTQA 2FBYA 3AA2A 3VA0A 4M3ZA 3SQ4A 3L2VA 3L2UA 3ZSZA 4CESA 2HHQA 4EZ6A 1ASWA 4MQ3A 4C8NA 3NGYA 3SNNA 1KLNA 3HYFA 3RRGA 3LP0A 4DQPA 4DSKA 4E19A 4KB1A 2QKBA 4FLZA 1FKPA 4AH9A 4ZHRA 4BDYA 4FLYA 4PY5A 1W0HA 3HL8A 3S3NA 3AO5A 1G15A 1RT2A 2X74A 2HHXA 4B08A 3K5NA 2EHGA 3NF8A 2OYQA 4CJ3A 3ZSWA 3NH2A 1C0TA 3OYEA 2YKMA 1C1BA 3TANA 4ZTJA 2PY5A 1LW0A 3SQ0A 1EKEA 3VA3A 4F3OA 4F2RA 1KFDA 3HPGA 3VQ8A 4BDZA 2OPRA 1S6PA 4AHUA 4DFKA 4DU1A 3SV3A 1B9FA 3HXMA 3B6PA 4DTUA 3NE6A 4B9SA 3RR8A 4KHWA 3L3VA 2A1SA 4H4MA 3KKRA 4FW2A 1N6QA 3NFAA 2Z1IA 3HK2A 3NF9A 2G8KA 2QKKA 4HUGA 3PY8A 5HLFA 1TK5A 2E6MA 2ZE2A 1RTDA 3ISNC 4KV8A 2DTUA 4FLUA 2F8TA 3AVNA 1DTQA 3I0SA 2P1JA 4IBNA 4AHSA 3SYZA 3AO2A 1UOCA 1F21A 3PO4A 3DOLA 4Z4FA 4CF2A 4LH5A 3QEXA 3OVNA 2E6LA 4AILC 4PQUA 1DLOA 1SKRA 3FFIA 1L3SA 4B9VA 4QAGA 4BWJA 3ZT4A 5J1EA 4FJHA 3ZSRA 3KLEA 1RTIA 3IS9A 2XO7A 3TAPA 4HCBA 1A5VA 3ZSOA 1KCFA 4CECA 4DTPA 4KTQA 1EP4A 1BIZA 1VSIA 5J2NA 1NK0A 3S3OA 3ZT2A 1GOBA 1QSLA 1U45A 4LSLA 1HYZA 1RT1A 3U3YA 4CE9A 4Z4GA 3QO9A 2XY6A 4FW1A 1DTTA 1BGXT 4DG1A 4CJFA 3QESA 5C24A 1I39A 3QIOA 1X9SA 1ZBIA 4OPKA 3NDKA 4KREA 1JLQA 1HQUA 3HVTA 1HNIA 1JL2A 3V1OA 4FM2A 4CF9A 1NOZA 5CYMA 1LAWA 4CK1A 3AVGA 3AVKA 1W9HA 2JLEA 1YTUA 1NJZA 3NH0A 4F4KA 3TI0A 3DLHA 1LWCA 3SUNA 3MAQA 3O3FA 1JXEA 2JGUA 3DOKA 4UQGA 2DFFA 2P51A 2Q3SA 3KIOA 2G8HA 4DWIA 1FK9A 3MECA 1S6QA 1Y97A 4RG8A 4CFDA 2RF2A 2HNZA 2IOCA 4CEZA 3OJUA 2Z1GA 1RT7A 3I8DA 3PX6A 4C8KA 1KTQA 1TKXA 4CERA 3MXMA 3OY9A 2D0BA 3ZCMA 1RT4A 1RT6A 4LSNA 4B9UA 1WSJA 1KVAA 1ZBLA 4CEBA 4CF8A 4I9LA 3OS0A 3CFRA 3DRSA 2FBVA 3KLFA 3LP2A 4KHNA 1Q8IA 4FJ7A 5JS2A 4FJ9A 3ZT1A 3CYMA 5CY4A 4J2BA 2HB5A 3OYHA 1SUQA 1TKTA 3WNHA 4CF0A 3LWMA 1RILA 3VQ6A 4E7HA 3O4NA 4CJPA 3HPOA 4DU4A 1JXBA 4HUEA 4KHSA 3SQ2A 1RTJA 1WNSA 4CGFA 3KTQA 1YVUA 2XRIA 4HUFA 3RMDA 1X9WA 4Q0BA 1XWLA 1VK0A 3NH1A 5KGWA 3TAMA 3AO1A 1LWEA 5SWMA 3HM9A 1QSYA 2FBTA 4CHQA 4OLAA 4PWDA 1RBVA 3JSMA 1J9AA 4K8XA 3OYBA 2RKIA 4GVMA 2IAJA 4JS5A 4ELTA 1NKEA 1WLJA 3OS2A 4B9LA 3MEEA 3L3UA 4CHNA 2HNYA 4DU3A 4DSIA 2KFNA 5JS1A 2XY8A 3AV9A 1TK8A 1C1CA 4NYNA 3H08A 1X1PA 1WSIA 3A2FA 4DFJA 3HPHA 3DI6A 4DF8A 5EU7A 4KPYA 1GOCA 3PUFA 1S9GA 3ZT3A 2OZSA 3O4QA 4CCHA 1FKOA 5HRRA 1NK5A 4N47A 1C6VA 1SKSA 1T05A 2X6NA 2YNGA 4E1MA 3NF7A 2KFZA 2G8VA 3LWLA 5I42A 4KI6A 4AHVA 2YNIA 1R0AA 1L3UA 3OYMA 2YKNA 4BE0A 2F8SA 4W5NA 1IKXA 4DLEA 3V9XA 3OJSA 1U04A 1HYVA 3QETA 4CF1A 4BE1A 3V9SA 4FJLA 4N41A 3HP9A 4CGHA 1KFSA 4FJXA 4C8OA 1BI4A 3SQ1A 1WSGA 1QTMA 4CIGA 4Z4CA 4W5OA 2XHBA 1QQCA 3AVHA 4Y1DA 1Q9XA 1IO2A 4I7FA 5T7BA 1HYSA 4HTUA 4FZZA 2OPPA 4CIEA 5HROA 4ICLA 4OKJA 1TKDA 1WSEA 2DFEA 4PA1A 4CHPA 2HMIA 4CJWA 2P5GA 3AO4A 3KK2A 4IFYA 4W5RA 3OYKA 3I0RA 3QEVA 2GBZA 3L2WA 4OVLA 3V81A 3SI6A 1S1VA 4B8CA 4LD0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U7BA 3G6EN 5AQQA 4FLXA 1KRPA 2KKZA 3B8AX 1BO5O 4DSJA 2OTLN 3K58A 1FW6A 2CGLA 3VMFB 4CIFA 1TV6A 3AARA 1NK8A 4Z4HA 3ASMA 4B9MA 3MDQA 3SV4A 3VEOA 1RDDA 2Z1HA 3H1QA 3VTIA 2VWJA 4FJKA 2IVNA 1Z05A 3THWA 1Q9YA 2D0CA 4FPBA 1TAUA 4RWTA 1IH7A 4FWNA 5EY4A 5GIOA 4B1VA 2XY7A 2WC9A 2O8EA 2P9SA 4LFAK 2FLOA 4FK2A 1YTAA 2GWKA 2QWMA 4CJUA 3J81O 3DYAA 4DV1K 4YOWA 1K8KA 2HHHK 4OJRA 1YJWN 1N5YA 3J7AP 1EWRA 2FBXA 1ZBUA 4MO4A 3ZT0A 1NJXA 1NGFA 4DUYK 1HLUA 1MDUB 3SMPA 5BPMA 3MN7A 3KK7A 3HSCA 4NXNK 4EP5A 1X3NA 3V4IA 4DSLA 5LY3A 4CEAA 3VQ7A 3CXCM 4O0JA 3AA4A 1HJOA 1KAZA 3OA9A 2W6KA 3ALYA 2DY4A 4DR2K 1VQMN 3PIOL 4N76A 2B5JA 3H3OB 1VSEA 3G4SN 1RDAA 3RRHA 3C7NB 2NRWA 3P38A 1UA0A 3NVKA 3C6HA 1JJ2M 4E3SA 4WFAL 3TR8A 4CZEA 1HNZK 4QS9A 5M1QA 3FZFA 4CK2A 4MFBA 2O8BB 2ZGYA 2W42A 1D5AA 4WFBL 2BUPA 3TWHA 4FZXC 2ZD1A 4NCBA 3THXB 3GL1A 1P90A 4EAHD 3MWTA 2ZJPL 1ZBFA 2HW3A 3NGZA 4LY7A 3TSUA 1J5OA 2GWJA 5I9EB 4HCCA 2B6AA 1GOAA 1EQYA 1ZYQA 5FRMA 3ENHA 3W3DA 3K5LA 3SBGA 4DV5K 4W5QA 3MK6A 1P8ZA 3ULEA 3DXKA 2VQEK 4OGEA 4OGCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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