4GPNA

The crystal structure of 6-p-beta-d-glucosidase (e375q mutant) from streptococcus mutans ua150 in complex with gentiobiose 6-phosphate.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
AMSKLPENFLWGGAVAAHQLEGGWQEGGKGISVADVMTAGRHGVAREITAGVLEGKYYPNHEAIDFYHHYKEDVKLFAEMGFKCFRTSIAWTRIFPKGDEAEPNEAGLQFYDDLFDECLKYGIEPVVTLSHFELPYHLVTEYGGFTNRKVIDFFVHFAEVCFRRYKDKVKYWMTFNEINNQANYQEDFAPFTNSGIVYKEGDDREAIMYQAAHYELVASARAVKIGHAINPNLNIGCMVAMCPIYPATCNPKDILMAQKAMQKRYYFADVHVHGFYPEHIFKYWERKAIKVDFTERDKKDLFEGTVDYIGFSYYMSFVIDAHRENNPYYDYLETEDLVKNPYVKASDWDWQIDPQGLRYALNWFTDMYHLPLFIVQNGFGAIDQVEADGMVHDDYRIDYLGAHIKEMIKAVDEDGVELMGYTPWGCIDLVSAGTGEMRKRYGFIYVDKDDEGKGTLKRSPKLSFNWYKEVIASNGDDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 6-phospho-beta-D-Glucosidase
publication title GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus mutans
total genus 184
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2012-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4gpnA00
5HPCA 5C71A 1ISYA 1ZJAA 5I24A 4XUYA 5F7UA 2YBTA 2E9BA 4YHGA 1NQ6A 4TUFA 1ITCA 4RE4A 1CGTA 4J3SA 4MAZA 4W88A 4N0RA 1ZB5A 2PF0A 2J8FA 3WDJA 3RM8A 3SCSA 4UOJA 2VC9A 1EO5A 2ZX5A 1SR0A 3BCDA 4BQ4A 1US2A 1EHAA 1E3ZA 1GCYA 1E4NA 3WUEA 1XGZA 4PCSA 1V6VA 1FH8A 5JIWA 3IJ9A 1R8LA 2A3HA 4ATDA 1V03A 2YLLA 2WWDA 3NDZA 3BAIA 2J8GA 3IJ7A 1B31A 2XSBA 4PUEA 4PMRA 3VUPA 3AZRA 1GOMA 1B9ZA 4OJYA 1Q6EA 2B31A 4J3UA 1OGBA 3OZPA 4CCCA 1CDGA 1OINA 2Q8XA 1EQPA 3OLEA 3WL1A 8CGTA 5ABHA 1LF1A 1BSIA 4Z2IA 4MNKA 4S3JA 4WSJA 3A3HA 4JL2A 2QHAA 3VM5A 2ZXQA 4UZUA 1FFQA 4KMQA 1GUVA 3DHUA 4PCTA 3AQUA 3VTRA 1KCLA 1E4LA 1NWRA 2WSPA 3WN6A 1E6XM 3AHXA 4MPKA 2D2OA 1LJYA 2XPKA 1JNDA 5BXRA 1GVIA 1NOUA 4CD4A 1TVPA 3LMYA 4F79A 5BXSA 2BXZA 1QBBA 1E4MM 4ACZB 4OIFA 3AJ7A 1VFUA 4H41A 3CTTA 1GJWA 5E09A 4AIOA 5E0CA 4B9ZA 4E8CA 2UY3A 2VVNA 1JG9A 2YL8A 1CXLA 2E40A 5AC5A 1JZ4A 5A94A 2OLHA 2WC3A 3WL0A 3RPMA 3WMCA 5HPOA 4HPHA 1RH9A 3WQ6A 3WELA 1ESWA 1NARA 4AZ7A 1E6ZA 4NRRA 1QNOA 3PTMA 4LX4A 1EIBA 1NOFA 1TR1A 1B1YA 4TTGA 1HKKA 2GJXA 1V02E 1TZ7A 3CZJA 1E55A 3PZTA 3WNLA 4ZEPA 4MNLA 1Q6DA 4UFIA 4AYSA 2WANA 3ARWA 5DO8A 1E0WA 2ZOXA 5I78A 4IM4A 5A6LA 3BAJA 4AIUA 4HTYA 3GXIA 4W84A 4MDPA 1CIUA 4LYPA 4FF5A 3NSNA 3E1F1 4H04A 5C8BB 3CZ8A 1UD6A 5C70A 2BVYA 5JBFA 1WKYA 7A3HA 1V3MA 2CKRA 3J7HA 3WNPA 5CGMA 4AZIA 1M7XA 4UCFA 1W3KA 3NIYA 1UR2A 1V3JA 5D9MA 2JEQA 4J7RA 2CBIA 2AMGA 3F5LA 3CUHA 1XYZA 5A6BD 1ECEA 5M3WA 1EXPA 4GO8A 5IDIA 1VEMA 3VDAA 2EPMX 4TX6A 3UCQA 2DSZA 5KEZA 1B3YA 3AIUA 4M56A 4CVUA 3QHNA 3ZR5A 2OYMA 2GK1A 5D4YA 4GQQA 4A4AA 1Z32X 2FGZA 5HOSA 1J9YA 3VIOA 2PBGA 3B9AA 4IISA 3VD5A 3TTOA 3UG3A 4URIA 5E6YA 2VRQA 5A8QA 5I23A 5I79A 4B16A 1XSKA 2X0HA 4AC1X 3W38A 4GZEA 1MW3A 3TOPA 2WW5A 4WSKA 4DM1A 1UHVA 2FHFA 3AXHA 3GH4A 3T2QA 3WF1A 1QNSA 2WZEA 1W91A 3ZQ9A 1KQZA 1GVYA 1R87A 2WCSA 3MUY1 1U33A 1DHKA 3OLIA 1W32A 1IV8A 2YA2A 3WF2A 2BHZA 4D72A 5DEZA 1EOKA 2A3AA 2GSJA 2DT3A 4CD7A 2J78A 5D8WA 3UR7A 2VVSA 4TTUA 3IANA 5FD0A 2V3FA 2WZHA 3VNYA 1CTNA 1V3KA 3FHQA 1W9VA 1MXDA 1XD0A 2X0YA 3A4WA 1VEPA 1E70M 1JI2A 3F5JA 2JEPA 3ARSA 4NI3A 5BROA 8A3HA 1TE1A 3GXDA 4D6GA 9CGTA 2VO5A 1JZ5A 1B3WA 1PPIA 4GQRA 3VDCA 1D3CA 3WQVA 4Z2GA 2WB5A 2VZSA 3OA5A 1PX4A 3BCFA 1ZL1A 3VU2A 1DEDA 2VCBA 3WQ8A 3N11A 2ZX6A 1FOBA 2DSWA 3ZJ7A 4GZJA 4N42A 1CENA 1H11A 4JIEA 4AY1A 4DM2A 1WP6A 4U3AA 1UR8A 3CUGA 4GI6A 1HVQA 1UWRA 2D0HA 2DIJA 4M81A 1OWQA 5FCZA 1ISVA 1HNYA 4HZ7A 1GONA 3QOMA 3WFZA 1NP2A 1E6SM 1GQJA 1V3IA 3BAWA 4AD1A 3K46A 4AISA 3AS0A 1H0GA 2D24A 3BAKA 3F5KA 4KRUA 3AHYA 3TTSA 1BF2A 4PTWA 5JBEA 3WBEA 4EAMA 1QI4A 2D23A 1W9UA 1LWHA 1H5VA 3OLGA 2RGLA 1JF5A 3W4RA 1V3HA 2DDXA 3MV11 1G01A 1Q6FA 2J4GA 2DQXA 2G3JA 3AIQA 3EDEA 1CGUA 1VJSA 2CHOA 3OBAA 1B90A 2AAAA 2V3DA 5GNXA 3U7VA 3N12A 1GOKA 2D20A 1ZS2A 3VKKA 1Q4NX 1UKTA 2GJRA 4Z2HA 1WNOA 1GQLA 4U5KA 3OGVA 3UESA 1GZJA 1KXHA 2DIEA 2W62A 3NDYA 1J0ZA 1JZ7A 2ZX9A 2F2HA 1E40A 3MMUA 4P7LA 3WMSA 5A95A 1L8NA 3NJ3A 3WD3A 1G0CA 3U57A 1UYQA 4YHEA 1J0JA 3FAXA 4PTMA 1QHPA 1UH3A 2XVGA 3MMDA 2CEQA 1UR0A 4UQAA 4WKFA 4D1JA 2E9LA 4JFUA 2D0GA 2O92A 2OWWA 2YJQA 4ATLA 4GXPA 3N9KA 2DH2A 1KCKA 4H8UA 2OSWA 1CGVA 4XZBA 5D9NA 4E8DA 1ISWA 4F8XA 3SCNA 3N1AA 4H7VA 1R85A 2QMJA 4W8AA 6A3HA 2VZVA 5EFDA 2EPKX 2WHKA 1QVBA 1XCWA 2VOTA 2YDQA 2IUZA 1KR0A 5E70A 4J3XA 4ZFMA 3EDFA 1GORA 4LXFA 1DWHM 1C92A 3K8LA 1JZ2A 1EDTA 4GI8A 3EMZA 2OWCA 2DPEA 2ZWYA 3AXIA 3D5HA 3W28A 3MUIA 1RP8A 3VD9A 1JL8A 2PB1A 1IZKA 3U5YA 1VB9A 1R7AA 2VX7A 4HMDA 1CXFA 5A8PA 1TA3B 1JDDA 2J7GA 2CNCA 4OOZA 3BAXA 3AHZA 1PJ9A 3K8MA 4AEEA 3THDA 4CD8A 2C8NA 3DYMA 4R27A 3WDIA 1XH2A 1LWJA 1SMAA 3AS2A 1QPKA 3T08A 1JZ3A 3VINA 1BGAA 1E56A 2VL4A 1ZBCA 3VGDA 1HKJA 1G5AA 1IT0A 3BMWA 2XGBA 1BPLB 1UH2A 3FXYA 4ACZA 1VF8A 2YA1A 3FHAA 5FL0A 3VPLA 4AZBA 4P8UA 5EB8A 2ZUTA 2V3EA 3ZSTA 1MQQA 3BMVA 2WHJA 1BVZA 1FP9A 1WZKA 3ZOAA 4DWSD 3OGSA 2XIIA 4GO9A 3CBWA 1XHGA 3W6LA 1JDAA 3EMQA 1P6WA 4DUWA 2D3LA 3O2LA 5A8NA 1MQPA 3QOKA 2V5DA 1ISZA 1E1FA 4C7DA 2VRJA 1OGSA 2WZIA 1AQMA 1J0IA 1OIMA 1JFXA 2O9RA 4JCMA 2D3NA 1C8QA 1JYWA 2VX6A 1HF6A 5BYWA 2G4FA 5FOOA 2Y4SA 1BGGA 1PIGA 3A4AA 2WLYA 1KGUA 5JIPA 3GBEA 3L4ZA 2ZX7A 1CEOA 1S46A 4C7FA 2BVDA 4A3HA 1NWUA 4HA4A 3WF3A 4RL3A 2XG9A 3NYDA 1OIFA 2Z1KA 3MMWA 1XRVA 4M8UA 1UQYA 3WD0A 1DWAM 3AIEA 4K68A 3AS1A 3L4XA 2G41A 5IHRA 3NSXA 3POCA 3PBGA 4BZYA 1JGIA 1UR4A 5M17A 1XV8A 3WUBA 1BHGA 5CSUA 4AZ6A 3LPFA 3PZIA 3AISA 1KGWA 1NH6A 1W3JA 3DECA 2EBNA 1OT1A 5BCAA 3ARUA 1V02A 3O9NA 2WC4A 1KWKA 1KR1A 5FKYA 4TVCA 1GJUA 3PN8A 1CGYA 2VR5A 2J74A 4YN5A 3N15A 2F61A 3AFBA 1VBRA 2VNCA 4X9YA 4L4PA 4PRWA 3CO4A 1V0NA 5ABGA 4U3CA 1HL8A 2IXUA 3DYPA 4HOXA 1JF6A 1I75A 3CPUA 4U31A 5M03A 1C7SA 3AMLA 3AROA 2EEXA 2YA0A 1QI3A 1DWGM 2PBOA 3ALFA 1NP0A 1QNPA 1B3XA 1CWYA 2CESA 1TUXA 2EPLX 2XM2A 1BYCA 4JZ5A 5HDRA 1D7FA 4JFSA 3T0AA 2E0PA 2IXVA 2JALA 3ARQA 4QDMA 1KBBA 1UD4A 1CXHA 1A3HA 1ZU8A 3B9DA 1X1NA 2ZWZA 1B3ZA 4PTVA 1HKMA 2PWHA 1SMDA 3EMCA 3MUAA 3ARRA 3TP4A 3RM4A 2WPGA 3VGFA 2W63A 1HJVA 1E1EA 1JYNA 5A6MA 3HN3A 1OBAA 3ZO9A 2WMFA 2WSKA 1RD6A 3WNMA 1H41A 1XCXA 1CPUA 1RP9A 2ZX8A 3WENA 1V0LA 4PSRA 1EA9C 3VIHA 7CGTA 2WMIB 3CHEA 2WAGA 4HZ6A 1WZAA 4UFLA 4UQBA 3ARPA 3IAQA 4OUEA 5CLWA 2NT1A 3UG5A 2DSVA 1AMYA 2Y2WA 5IFPA 2FHCA 5IFTA 2QPSA 1W2VA 2DEPA 1ZBKA 1E5JA 2WHMA 5D9PA 4QFUA 3AZTA 1OGGA 2XVNA 2FDMA 3BXWA 2DT2A 1WE5A 1PAMA 1OD0A 4KGLA 3KE0A 5A6KA 2VURA 3OLDA 3MS8A 3ARXA 1PEZA 1K9EA 2W66A 5A2BA 1A47A 1HP5A 3WY1A 3BH4A 3LPPA 3AS3A 3SCUA 5A2AA 1E0XA 3K1DA 5AY7A 1HJWA 2VZUA 1W3LA 3ZT5A 1QW8A 1H1NA 4FLOA 1E6QM 4AZ5A 1H2JA 2XVPA 4FLRA 5CPQA 1KXVA 4HPGA 2E9MA 1E43A 4CD5A 1E6RA 1MXGA 3WF4A 1ODUA 5IHSA 2ZUMA 3W81A 1PX3A 4ZENA 3L4TA 1WPCA 2VI0A 5E0FA 1QHOA 4D71A 5D9OA 1HJSA 1WB0A 2YDRA 3VGEA 3WD1A 4W5ZA 3AXXA 2DT1A 4MB5A 4AXNA 4HZ8A 1MQRA 3POHA 2XGIA 2OWXA 3CZGA 3JUGA 3VIJA 1GOOA 4FLSA 4JFWA 1EHNA 5DF0A 4NRSA 3S2CA 1C8YA 4HOZA 1VAHA 1JNEA 4BA0A 4Q22A 3AHTA 3SURA 3AZSA 1FHLA 1CZ1A 2JE8A 2BY2A 3IAPA 3CHCA 1N82A 4ZE4A 2A3EA 2W67A 6CGTA 5A6AA 5CJ5A 4WK9A 3ZSSA 3AMKA 3GBDA 4MB1A 4QCFA 1J12A 3CIVA 3SCVA 2VUYA 4OBSA 1J18A 5DMYA 1TFVA 1NOWA 4U33A 4M29A 3GXFA 3GZAA 3FNDA 3WNKA 3TTQA 3ZMRA 3OZOA 3ZT6A 1NM9A 3N17A 2AOSA 4PMQA 2YL9A 1D2KA 3RJXA 1W1YA 1VIWA 3VGGA 4UOQA 4AZGA 3ZR6A 2BXYA 4J28A 1CXEA 3CUFA 4DWSB 5A3HA 3L2LA 2FH6A 4JL1A 1HJUA 3AIRA 4PYSA 4UNIA 5EBAA 2WLZA 4MDOA 3OG2A 2BY0A 1Q6GA 4W7WA 3VIMA 6TAAA 1W1TA 4W7VA 1CLVA 1CECA 2WVUA 2Y8VA 2OYKA 1BYBA 2BS9A 4JHZA 4JAWA 1BG4A 2YDSA 3WUGA 4PMDA 4AW7A 3PZQA 2G3NA 2EPOA 1C3FA 1HN1A 1W1VA 2WVTA 1MYRA 4BQ5A 1TA3A 4HU0A 2V3GA 3CGTA 2WBKA 5LA0A 3QGVA 5CQ1A 4JKMA 1HVXA 4JFTA 2VRKA 4L4OA 3GDBA 4XB3A 3WNNA 1K9FA 4W8LA 3WMBA 3NCOA 1ZBVA 4JCLA 4KRTA 2WXDM 2DGAA 2VCAA 1OM0A 1CLXA 3VM7A 4J3VA 2GJXB 3OB8A 2WMJA 3VOCA 2V5CA 1LG2A 4Z2KA 2UY5A 1OT2A 3AMCA 3EDJA 4MNJA 1ITXA 1R86A 1B3VA 4TX8A 3BLPX 2D22A 1W3HA 4W87A 4B3KA 3BSGA 3QR3A 2BFGA 2ZUUA 1CXKA 5A6BA 2EXOA 4NZCA 4KH2A 1HJXA 1KQYA 4MB3A 2ZUSA 3FY1A 3MANA 1JZ8A 1UKOA 3VD4A 1E0VA 5GQBA 2E4TA 3FW6A 3PZMA 3AMDA 5BWFA 4AD2A 3KWXA 4RE2A 2BHYA 1I1XA 4CUCA 5BXTA 2CPUA 3T0DA 1CGXA 1EOMA 1VEOA 4QCEA 2VT0A 1BG9A 5I3DA 3CUJA 4CU6A 1DWJM 1UKQA 1UQZA 5A6SA 7TAAA 3I3BA 1LL4A 2GK1B 1GPFA 1OCQA 4AD3A 4WIWA 3RO8A 3K8KA 2DT0A 4AZCB 3UETA 1H3GA 2F8QA 5DT7A 4W85A 1Y7VA 1F4AA 2XWEA 3AIVA 4D6CA 4J27A 3I3DA 2XFFA 2XFYA 1K9TA 1WDRA 3GNPA 2JF6A 1LQ0A 4PTXA 4UTFA 5I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HPC A;  5C71 A;  1ISY A;  1ZJA A;  5I24 A;  4XUY A;  5F7U A;  2YBT A;  2E9B A;  4YHG A;  1NQ6 A;  4TUF A;  1ITC A;  4RE4 A;  1CGT A;  4J3S A;  4MAZ A;  4W88 A;  4N0R A;  1ZB5 A;  2PF0 A;  2J8F A;  3WDJ A;  3RM8 A;  3SCS A;  4UOJ A;  2VC9 A;  1EO5 A;  2ZX5 A;  1SR0 A;  3BCD A;  4BQ4 A;  1US2 A;  1EHA A;  1E3Z A;  1GCY A;  1E4N A;  3WUE A;  1XGZ A;  4PCS A;  1V6V A;  1FH8 A;  5JIW A;  3IJ9 A;  1R8L A;  2A3H A;  4ATD A;  1V03 A;  2YLL A;  2WWD A;  3NDZ A;  3BAI A;  2J8G A;  3IJ7 A;  1B31 A;  2XSB A;  4PUE A;  4PMR A;  3VUP A;  3AZR A;  1GOM A;  1B9Z A;  4OJY A;  1Q6E A;  2B31 A;  4J3U A;  1OGB A;  3OZP A;  4CCC A;  1CDG A;  1OIN A;  2Q8X A;  1EQP A;  3OLE A;  3WL1 A;  8CGT A;  5ABH A;  1LF1 A;  1BSI A;  4Z2I A;  4MNK A;  4S3J A;  4WSJ A;  3A3H A;  4JL2 A;  2QHA A;  3VM5 A;  2ZXQ A;  4UZU A;  1FFQ A;  4KMQ A;  1GUV A;  3DHU A;  4PCT A;  3AQU A;  3VTR A;  1KCL A;  1E4L A;  1NWR A;  2WSP A;  3WN6 A;  1E6X M;  3AHX A;  4MPK A;  2D2O A;  1LJY A;  2XPK A;  1JND A;  5BXR A;  1GVI A;  1NOU A;  4CD4 A;  1TVP A;  3LMY A;  4F79 A;  5BXS A;  2BXZ A;  1QBB A;  1E4M M;  4ACZ B;  4OIF A;  3AJ7 A;  1VFU A;  4H41 A;  3CTT A;  1GJW A;  5E09 A;  4AIO A;  5E0C A;  4B9Z A;  4E8C A;  2UY3 A;  2VVN A;  1JG9 A;  2YL8 A;  1CXL A;  2E40 A;  5AC5 A;  1JZ4 A;  5A94 A;  2OLH A;  2WC3 A;  3WL0 A;  3RPM A;  3WMC A;  5HPO A;  4HPH A;  1RH9 A;  3WQ6 A;  3WEL A;  1ESW A;  1NAR A;  4AZ7 A;  1E6Z A;  4NRR A;  1QNO A;  3PTM A;  4LX4 A;  1EIB A;  1NOF A;  1TR1 A;  1B1Y A;  4TTG A;  1HKK A;  2GJX A;  1V02 E;  1TZ7 A;  3CZJ A;  1E55 A;  3PZT A;  3WNL A;  4ZEP A;  4MNL A;  1Q6D A;  4UFI A;  4AYS A;  2WAN A;  3ARW A;  5DO8 A;  1E0W A;  2ZOX A;  5I78 A;  4IM4 A;  5A6L A;  3BAJ A;  4AIU A;  4HTY A;  3GXI A;  4W84 A;  4MDP A;  1CIU A;  4LYP A;  4FF5 A;  3NSN A;  3E1F 1;  4H04 A;  5C8B B;  3CZ8 A;  1UD6 A;  5C70 A;  2BVY A;  5JBF A;  1WKY A;  7A3H A;  1V3M A;  2CKR A;  3J7H A;  3WNP A;  5CGM A;  4AZI A;  1M7X A;  4UCF A;  1W3K A;  3NIY A;  1UR2 A;  1V3J A;  5D9M A;  2JEQ A;  4J7R A;  2CBI A;  2AMG A;  3F5L A;  3CUH A;  1XYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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