The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV6 A; 3MX2 A; 4GV3 A; 4G9Z A; 3MWP A; 4GV9 A; 3Q7B A; 3MX5 A; 4GVE A; 3R3L A; 4FVU A; 3Q7C A; 3MWT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I5J A; 3HPG A; 1J54 A; 1REV A; 1WOQ A; 3TPQ A; 5BRH A; 4CGG A; 5A2Q O; 3I33 A; 4O0J A; 1BCO A; 4DTX A; 1NJW A; 3EEQ A; 3PV8 A; 1I39 A; 3FE1 A; 3VEO A; 1BDG A; 1ILY A; 4AHC A; 2QEX N; 3NGY A; 4BY9 C; 1Q82 O; 2FC0 A; 2NRZ A; 4O5B A; 1KFS A; 4J8F A; 5I3U A; 3SNN A; 3ZT0 A; 4I6M B; 1BIU A; 3K57 A; 4EHT A; 4FZY A; 4KBO A; 2QW9 A; 2E8A A; 4CIG A; 3NH0 A; 4YOW A; 4N47 A; 4GKK K; 2FSJ A; 2NRT A; 4JD2 B; 4E89 A; 1N8R O; 2QWQ A; 2O8D B; 4YOR A; 1NK7 A; 3G25 A; 3KHY A; 3KTQ A; 3P38 A; 5C0Y A; 4DR4 K; 1IH7 A; 1Z26 A; 3ZT3 A; 1OH8 A; 3O9Q A; 2KFZ A; 5KRT A; 1L3V A; 1HNV A; 2BGG A; 3MDQ A; 3QB0 A; 4DV1 K; 2A1R A; 4CJE A; 4O0I A; 1YJW N; 1K73 O; 4F8R A; 1VSK A; 3WNH A; 5GAE P; 4YNQ A; 3THX A; 1HNW K; 3Q7C A; 4CER A; 4CK1 A; 3ZT1 A; 4LFA K; 1TAU A; 1VSL A; 1QSS A; 2QWP A; 3A5O C; 4M3Y A; 1BI4 A; 3MN7 A; 2QWM A; 4LSN A; 1R0A A; 2KHO A; 1QQO A; 3RVC A; 3MXI A; 2ASO A; 4KRF A; 3P5J A; 1OKJ A; 4BRO A; 3LDO A; 4NYN A; 1XHX A; 3F9K A; 5AQX A; 4HVJ A; 5KPZ A; 1HUX A; 1EQY A; 2Q0U A; 3BY5 A; 4OVL A; 4ELU A; 3EKS A; 4B3R K; 3QFP A; 3HK2 A; 3QO9 A; 4C1N K; 4B1Y B; 4BAC A; 4KAZ A; 4YY3 K; 4DV7 K; 1KC8 O; 3K9J A; 3C0B A; 3SQ4 A; 3H3N O; 4CEZ A; 1SL1 A; 2F9T A; 1RIL A; 3VF2 A; 3O8M A; 4CZG A; 1LW0 A; 1KFD A; 5M1N A; 3AVF A; 5M1Q A; 4Z4C A; 3PX4 A; 4IEE A; 4JI5 K; 4BR9 A; 4OLA A; 2HVH A; 3EN9 A; 5FPM A; 5SWM A; 3H1Q A; 3CJ7 A; 4AHS A; 1KVA A; 2V52 B; 4PA1 A; 3S41 A; 1U04 A; 3BF3 A; 1FJG K; 5K14 A; 4M3W A; 4M3U A; 4RW4 A; 3LDQ A; 2YNI A; 3KD1 E; 4OPK A; 4Y0W A; 4OPA A; 2IVP A; 4Z0U A; 4BQL A; 4BE0 A; 3GL1 A; 2G8W A; 3OYD A; 5AQU A; 4FJ5 A; 4DSK A; 1P8Z A; 4AF1 A; 5ELZ A; 3AV9 A; 4KHS A; 4LF4 K; 4CHO A; 5BPM A; 3AVG A; 5C24 A; 1G99 A; 2YX6 A; 4WE1 A; 3O08 A; 1XQS C; 4X64 K; 4BQZ A; 2IVO A; 4FJI A; 2FF3 B; 3CQ8 A; 2D0P A; 3F9M A; 1WSH A; 5DMR A; 4AHR A; 2BTF A; 1VQO N; 4JYA K; 3VEN A; 1VAZ A; 3IUC A; 3IKM A; 1RT2 A; 1HYZ A; 4JI2 K; 4JI8 K; 4LSL A; 4NXM K; 3H46 O; 1NGF A; 3LP3 A; 4O4G A; 3VQC A; 3OYB A; 1GLJ O; 2NRX A; 2QM1 A; 4TSX A; 4CHN A; 1K8K A; 2HBJ A; 4JEP A; 4H4O A; 3SQ1 A; 1D9D A; 4B3T K; 1D8Y A; 3HVR A; 3V81 A; 2HHQ A; 1E4G T; 3CME N; 3AVA A; 2FLO A; 1SQK A; 4IXC A; 3V1O A; 4RW8 A; 4AHV A; 1H1V A; 4KTQ A; 5C42 A; 4DUY K; 3KK1 A; 5T7B A; 3M8R A; 4UQG A; 3IMX A; 5EX5 A; 3OJS A; 2P9I A; 1B9F A; 3FFI A; 3E1Y A; 2HBK A; 1JXB A; 2JLE A; 3MN5 A; 3PO4 A; 4KKO A; 4A2B A; 3EY1 A; 4FM0 A; 4XEI A; 3QNN A; 3ZET A; 3WEE A; 1IO2 A; 4CW7 B; 4JHD A; 1NBW A; 2Q31 A; 4DR7 K; 3QML A; 4CJP A; 3BP8 A; 3E9L A; 2QWN A; 4WFB L; 3AVH A; 4CF8 A; 4CJQ A; 1NK0 A; 4H0Y B; 4CIE A; 1EET A; 3V9S A; 4JAX A; 5M1K A; 4FJ7 A; 5KI6 A; 4CHY A; 4JNE A; 4XH4 A; 4CBU A; 1MA9 B; 4CF2 A; 3HBT A; 1RDW X; 5HRR A; 4KHY A; 3M8S A; 2FBY A; 4DV4 K; 5BRD A; 4CJ5 A; 1IBM K; 1JLB A; 4CEB A; 2B4J A; 1SL0 A; 2G8I A; 3MXM A; 4DS4 A; 2ZJP L; 1GLC G; 3DRP A; 3BDP A; 4EP4 A; 5LL6 Z; 2FSK A; 4IFV A; 1RT6 A; 3HL8 A; 3DXM A; 4OJR A; 4ZHR A; 5AQI A; 3LM2 A; 2VWB A; 1OH7 A; 3CJB A; 1JLC A; 3THY A; 1BIZ A; 2VWJ A; 1Y97 A; 4FPA A; 1HPM A; 3PIO L; 2H3G X; 4OX9 K; 4FJX A; 4XH5 A; 1TL1 A; 1NGJ A; 4BR2 A; 4BVO A; 3EL2 A; 2Q1N A; 4BG8 A; 4DLE A; 3ULD A; 3M6G A; 3UKU A; 1HKG A; 2YHA A; 1BG3 A; 3KD5 E; 3LWM A; 3OYJ A; 4V19 S; 4BRK A; 4MFB A; 2ITM A; 1A5V A; 1BA0 A; 3C65 A; 2E20 A; 4Z4E A; 3S9H A; 4M41 A; 1DKG D; 1X9W A; 4A59 A; 3THX B; 4KHN A; 3IG1 A; 4F3O A; 4CJT A; 3HST B; 1DGK N; 5AFU H; 3O3H A; 1RTD A; 2HHV A; 4JS5 A; 3F2K A; 3O9R A; 3VQP A; 1BI4 B; 4E3S A; 1MDU B; 5JIC A; 2P9K A; 1VQN N; 4CEE A; 3ZSO A; 5HLF A; 3ALY A; 1RT1 A; 3G4S N; 3SUP A; 4LC9 B; 3CFP A; 3S3O A; 3GBT A; 1NGD A; 3AVL A; 4CJR A; 1RDU A; 4LD0 A; 3R8E A; 3R9P A; 4CE9 A; 4FJG A; 5AR0 A; 3MXJ A; 2ASM A; 4BRN A; 3WT0 A; 4B9V A; 2OAN A; 4MO4 A; 1GOA A; 2YKM A; 2QA4 N; 3K5L A; 1SKW A; 4M3X A; 2UU9 K; 1HX1 A; 2A42 A; 1T6D A; 3I56 N; 1IKY A; 3C6T A; 4B9Q A; 1IG9 A; 5C12 A; 3HOT A; 2OPS A; 4J2B A; 2P1J A; 1B92 A; 3JYT A; 1IBL K; 1NK5 A; 3OA9 A; 1T6C A; 3V6D A; 2X78 A; 4CJ7 A; 4KFB A; 3OYN A; 2FXU A; 1WSF A; 3DLR A; 1BQM A; 1EWR A; 2WBN A; 4FSV A; 5EXW A; 1ZBL A; 2J4R A; 4K0K K; 2IC3 A; 2RPI A; 3KLG A; 3EO3 A; 2QXL A; 2DY4 A; 3O1B A; 4DQI A; 3D45 A; 3GG4 A; 2Z1I A; 4LF5 K; 2QKK A; 4PL7 A; 1ATR A; 1KXP A; 3OYG A; 3ATV A; 2UUB K; 1V4T A; 3DI6 A; 5CZ2 A; 3OYL A; 3KLF A; 1LWC A; 3PY8 A; 4KO0 A; 4K8Z A; 3QET A; 5AQJ A; 4BRC A; 5KPR A; 2KW4 A; 1VSF A; 4RCH A; 5KQ8 A; 3VQ8 A; 3D2F A; 1HLU A; 5F2R A; 4CJV A; 1X3M A; 2YJE A; 4W5Q A; 1BCM A; 3SQ2 A; 4IWV A; 2DTU A; 5KPT A; 3RRH A; 5BN9 A; 1K8K B; 3J80 O; 1R59 O; 3WXI A; 4EZ9 A; 4E1J A; 1VQ6 N; 1C0M A; 1WSI A; 4A5B A; 1TV6 A; 4EP5 A; 3WNF A; 3DM2 A; 3V1R A; 3IRX A; 3D0P A; 1QSY A; 1N6Q A; 2ZQB A; 4KB1 A; 5F1X A; 3FZL A; 1ASV A; 5AQP A; 3KWG A; 1RDB A; 1HR0 K; 4M3Z A; 2P9I B; 1ZXO A; 2HF4 A; 3VEV A; 1NKE A; 4IDH A; 3NF9 A; 3FR0 A; 4OGC A; 2P5O A; 5FRN A; 2FF6 A; 3T1A A; 4GV9 A; 4ILG B; 2ASP A; 2HVI A; 2NRW A; 3ZET B; 3WEE B; 1YAG A; 4JHD B; 3GE1 A; 3HSC A; 1BWF O; 3AVN A; 4KHP K; 4OO1 J; 3DRS A; 3WQU A; 1HYV A; 4BRD A; 2HB5 A; 2YHW A; 3LAK A; 3FZF A; 1WNS A; 3CCL N; 4JKC A; 3HT3 A; 3QBW A; 3VQ5 A; 1TAQ A; 2QWO A; 2CGL A; 1XC3 A; 4J2A A; 3ID6 A; 1YXQ A; 4ZTF A; 3QEP A; 2UXB K; 1GLF O; 4JKE A; 3CFO A; 5JS1 A; 5M1O A; 1RTI A; 3ZT2 A; 3THW A; 3ZSY A; 1T44 A; 3MEG A; 4DQR A; 3R6M A; 2OZM A; 1TUU A; 4DWI A; 4YDU C; 4JI7 K; 3A5L C; 1Z05 A; 1O13 A; 4PUO A; 4HUE A; 3DXM B; 4C8L A; 3THY B; 2Q0R A; 4ILJ A; 1CXU A; 4DV5 K; 2A5X A; 3VPZ A; 3LM9 A; 3ATU A; 1YIJ N; 2BUP A; 5FRO A; 3CCV N; 3EYZ A; 4E1M A; 2E2P A; 1RT4 A; 2WC9 A; 4IG3 A; 4BRP A; 1RT7 A; 3L2W A; 4M42 A; 4Q5V A; 3NBP A; 4DR5 K; 4BRE A; 5GAD P; 4NCG A; 1EO1 A; 2I7P A; 3MK6 A; 1NJI O; 5GIP A; 1UWB A; 3UKU B; 4DFP A; 1L3U A; 1A5X A; 1JCG A; 4JRQ A; 4AM7 A; 3J8A A; 3QEI A; 4FZX C; 3A0I X; 1P90 A; 4HUF A; 1S72 N; 2O8C A; 4E7J A; 4FWS A; 3W0L A; 2UUC K; 4RWT A; 1SUQ A; 5CY4 A; 1NLV A; 1OH6 A; 3CPW M; 3IFR A; 1VSI A; 2UYT A; 1KSP A; 4C23 A; 2VGN A; 4JKB A; 5C2D A; 3KZB A; 4DSL A; 4KHW A; 1GLB G; 1NMN A; 1JL2 A; 3VQ9 A; 1L5U A; 2P9K B; 4DTS A; 1JL1 A; 4LF9 K; 3K5N A; 5SZT A; 4CJK A; 4YOU A; 1SZ2 A; 4B8A B; 3E66 A; 3HZ6 A; 5BRE A; 2ATQ A; 4WQ4 A; 2OTJ N; 2GTD A; 3P31 A; 4FOE A; 3O9T A; 2HNY A; 5HRS A; 3I55 N; 4N76 A; 5CZ1 A; 4CJ4 A; 2XY7 A; 4ISF A; 3L6Q A; 3ZSQ A; 4KH5 A; 1YI2 N; 2Q2R A; 4K25 A; 4DUZ K; 3CQY A; 3N4P A; 1S1U A; 1BL3 A; 1YUW A; 3C6H A; 2G8F A; 2D0O A; 3PSF A; 4FJK A; 4FZZ A; 3ZSV A; 3IS9 A; 2IAJ A; 4OKE A; 3KVG A; 3L2Q A; 2PY5 A; 4F3T A; 4RTF D; 1HRH A; 3CC2 N; 1RCH A; 1NGB A; 2A3Z A; 2LSN A; 5J2M A; 5HRP A; 5BN8 A; 3G10 A; 3MAQ A; 1BU6 O; 1RTJ A; 2KZZ A; 5AQN A; 4PL8 A; 4AH9 A; 1NGI A; 2HHU A; 3EKU A; 5ADX H; 3K9K A; 3SMS A; 3KIO A; 3M8P A; 4I2P A; 5GIO A; 5TKY A; 4IFY A; 4BG9 A; 4CJW A; 1S5J A; 3SAF A; 2GWK A; 3LDN A; 1GLD G; 4IEI A; 1HYS A; 5AZJ A; 1JLA A; 1TKZ A; 4FLT A; 3WXJ A; 2W6L A; 4JS4 A; 2HST A; 2JWK A; 2E1Z A; 3R3L A; 1OVY A; 1U6Z A; 1Q9X A; 3D2F B; 4HCC A; 4IOX A; 4DTU A; 1WAJ A; 3EZ5 A; 4E0D A; 3OYH A; 3W3D A; 4FLV A; 4DV2 K; 3H1V X; 3I0S A; 4FLX A; 4DTJ A; 2ZGY A; 4DU1 A; 4IDK A; 1NWK A; 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4XH1 A; 1T3V A; 2OPQ A; 3QES A; 5LJV A; 2VG7 A; 5CE3 A; 3L2V A; 1EX4 A; 3ZT4 A; 4WCE L; 3DWL A; 1HQU A; 1ZBH A; 2F4V K; 4WQ5 A; 2RHK A; 2O8C B; 3CPE A; 5E41 A; 2KLA A; 4H0T B; 1XI1 A; 4H5T A; 3L4I A; 4KHU A; 2G8V A; 5LJW A; 4PY5 A; 1NGG A; 1C0G A; 1OH5 A; 2RN2 A; 5FPN A; 3TAR A; 3HPO A; 4DSJ A; 4W5R A; 3PO5 A; 1X3N A; 2BAN A; 3F5T A; 4H03 B; 1ZYQ A; 3TR8 A; 4KTZ A; 5I9E B; 3WNG A; 3QEX A; 4HHT A; 5EOY A; 3RR7 A; 3P39 A; 1EP4 A; 3CI5 A; 4MQ3 A; 3CXC M; 3P1G A; 4L3Q A; 3K0S A; 4WFA L; 5AQL A; 4CK3 A; 4FM2 A; 4GV6 A; 1TGO A; 4M7Y A; 1IKV A; 2UXD K; 1N33 K; 4CF1 A; 2P9N A; 3CQX A; 3K58 A; 4OPH A; 5M1F A; 3VOV A; 3WXM B; 3QIC A; 1RFQ A; 4DB3 A; 1E4F T; 4KV8 A; 3TTC A; 3AVB A; 2I7N A; 4JV5 K; 2OYQ A; 4BR0 A; 1BUP A; 2KQ2 A; 4BE2 A; 4FYD A; 1YJ9 N; 2Q97 A; 5AQF A; 4KB0 A; 1IKW A; 2O8F A; 3SPZ A; 2IS3 A; 3P4I A; 4LFC K; 3KWI A; 3SMP A; 4M63 C; 5AQG A; 3AO4 A; 4FLZ A; 3SJH A; 5JLH A; 2P5G A; 3FLC O; 1Q9Y A; 3TAE A; 5AQV A; 4BR5 A; 3AGR A; 2A1S A; 4DV3 K; 5CYQ A; 1MU2 A; 2XHB A; 2NRH A; 1NKB A; 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