The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4G9Z A; 4GV6 A; 3MX5 A; 3MWP A; 3R3L A; 3MX2 A; 4FVU A; 3Q7B A; 4GV3 A; 4GV9 A; 3Q7C A; 4GVE A; 3MWT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FWQ A; 1NOY A; 4DTS A; 4ILH A; 4Z4F A; 1HNV A; 4LD0 A; 1K9M O; 1JCE A; 4CJK A; 3HVR A; 3WQU A; 1S5J A; 5AZJ A; 2QI2 A; 4H5W A; 3T1Y K; 4F3T A; 4BRQ A; 4KHP K; 5CYM A; 4CF1 A; 3CCQ N; 2E2Q A; 1J5E K; 3WEE B; 1NK0 A; 3OA9 A; 4LH5 A; 2ZE2 A; 3THY A; 1NJY A; 3HM8 A; 5J2N A; 3VF4 A; 1IKY A; 5M1Q A; 5BN9 A; 2O8F B; 5GAD P; 3AA3 A; 3VQC A; 4CW7 B; 3VOV A; 4DV6 K; 5C2D A; 1QS4 A; 4JKG B; 3ZSX A; 4CF0 A; 4H0Y B; 3ULE A; 1QQC A; 3G6E N; 4E3S A; 1X9J A; 1BG3 A; 2O4I A; 2OPQ A; 5AFU A; 1J6Z A; 3ISN C; 2OA8 A; 2QWO A; 3ZEU B; 1T7P A; 2VYP A; 4BRG A; 1HLU A; 5JIC A; 5HRP A; 4JI1 K; 3QEP A; 3VMF B; 4KBO A; 4WE1 A; 5EXW A; 5HRN A; 2NNW A; 4Q5V A; 4DF8 A; 1C1A A; 4W5T A; 3J7Z O; 1VSD A; 1NGC A; 1GLA G; 1T6C A; 4CGI A; 4C8L A; 4DQP A; 3VF2 A; 4FM2 A; 5AZI A; 5C2F A; 4FPB A; 4JRP A; 4F4K A; 4CF9 A; 3CCR N; 1U04 A; 4JN4 A; 4FJJ A; 2LSN A; 4WFB L; 3JSM A; 4JKD A; 3AVN A; 3AO5 A; 4M3Z A; 1NJX A; 1VSJ A; 3ULD A; 3IAY A; 4KHS A; 1NGF A; 1WOQ A; 2HBK A; 2YJE A; 4E7H A; 1YTU A; 3AGR A; 1HYZ A; 1BWF O; 3TTF A; 2JWK A; 3CFR A; 4B1V A; 3U9D A; 2AA4 A; 3O5B A; 5GIN A; 3NF6 A; 4BE2 A; 3CC4 N; 1RBT A; 3QBX A; 3VEY A; 4DV7 K; 1ASV A; 2GEL A; 5AQP A; 3DOK A; 4B1W B; 3OYN A; 1GLD G; 3CD6 N; 1U6Z A; 4NO7 A; 4O55 A; 4B1X B; 3E01 A; 3D45 A; 5E26 A; 1SS6 A; 2HBJ A; 4IOC L; 3AVF A; 4DV2 K; 3IUC A; 2DFF A; 4A62 A; 3RSE B; 3MCP A; 4GY2 B; 1JLE A; 1T44 A; 2KFN A; 3M8S A; 4EHU A; 1SL2 A; 4RW6 A; 2PY5 A; 4PKI A; 4JRQ A; 3P4I A; 5M1P A; 2JGU A; 4Z4E A; 1B9D A; 3FGU A; 3LM9 A; 4Z0U A; 4DFJ A; 5AQW A; 3E9L A; 3T7Z A; 2HHX A; 4DR2 K; 1JL2 A; 3HTV A; 3THW A; 2DTU A; 1HPM A; 3T1H K; 3Q7B A; 3K0S A; 4IO8 A; 1WNS A; 3GG4 A; 2OAN A; 4NB4 A; 3RR7 A; 3EYZ A; 4WQ5 A; 1KFS A; 2F4V K; 1MU2 A; 4IJA A; 5EVZ A; 1QVF M; 2JWL A; 3QIN A; 3S3O A; 1NK6 A; 5DMR A; 4HCB A; 3ZT1 A; 5BPN A; 3QNO A; 3U3Y A; 5BN8 A; 4BRM A; 4I2P A; 2CGK A; 1W97 L; 3SV3 A; 3LPU A; 1XC9 A; 3QNN A; 1VQ5 N; 4ZTF A; 1NG9 A; 3MN9 A; 1C0U A; 3SI6 A; 4OGC A; 3H1V X; 5AQV A; 1BU6 O; 2AP1 A; 3ULE B; 1UA0 A; 2EWS A; 1S3X A; 1LWF A; 5BPL A; 4A2B A; 2NLX A; 5M1K A; 4HUF A; 2UUB K; 2E1Y A; 4CHO A; 4DKW A; 2UYT A; 1Q7Y O; 3L6Q A; 3AAP A; 3DLK A; 3VET A; 3SQ2 A; 2FF6 A; 4LSL A; 4N76 A; 3V1O A; 1RT7 A; 4DFM A; 1D8Y A; 1FKP A; 1U2V A; 4LSN A; 2FBX A; 4FJG A; 3C0B A; 3IDH A; 5FLX O; 2HW3 A; 1KAX A; 3RRH A; 1SV5 A; 1HKB A; 4GKK K; 2D0P A; 1NWK A; 3SMS A; 4FK0 A; 1TV6 A; 4OPA A; 5AZI B; 1IBK K; 2UUC K; 5HLF A; 3H46 O; 4FWK A; 5J2Q A; 1EO1 A; 3RRG A; 1NMN A; 3FZK A; 3LDQ A; 5AJ3 K; 4E1N A; 3R8E A; 1L3S A; 2V7Z A; 2NRH A; 4F2S A; 1ATS A; 3ENO A; 4WF9 L; 4CED A; 3OYE A; 4CZI A; 4FLZ A; 1J53 A; 2HVH A; 1KC8 O; 2GWJ A; 4A57 A; 3QIO A; 2VWK A; 2F9T A; 2IS3 A; 1UWB A; 3R9P A; 4XH4 A; 1RTH A; 1B92 A; 3OYB A; 2E2N A; 1BA0 A; 3FR0 A; 4KV8 A; 2HHS A; 1KSP A; 4CBU A; 4B9U A; 3NBP A; 4A5B A; 4CZH A; 1WN7 A; 3LDO A; 4FJ9 A; 2ZJP L; 3AO2 A; 2G8I A; 3PIO L; 2P9S A; 2HND A; 4LF7 K; 3ASM A; 3RMC A; 4H0T B; 3LAL A; 1WAJ A; 2NRR A; 3MN7 A; 1JLF A; 2RF2 A; 3QLH A; 1RTI A; 2YHW A; 3LDN A; 1NGH A; 4LFA K; 2W6K A; 1IO2 A; 2J4R A; 4DF4 A; 3Q7C A; 3SLC A; 3WNF A; 1TKZ A; 4NLB A; 5AQG A; 3L4I A; 2WON A; 3I0R A; 1YUW A; 2RN2 A; 1E4G T; 3DRP A; 2PZS A; 3TPQ A; 2IIR A; 3VQ7 A; 1TK5 A; 4X64 K; 3AVA A; 4JYA K; 3O8M A; 2I7P A; 3RMA A; 3NCI A; 2I7N A; 1LAW A; 1XI1 A; 1RDC A; 3KIO A; 3D0P A; 1XMO K; 1BHL A; 4DSK A; 4CZG A; 3O3H A; 4F8R A; 5F2R A; 1RBR A; 1HNW K; 1ESV A; 3KKS A; 5EX5 A; 3CC7 N; 2FBY A; 1G15 A; 2FLO A; 4LC9 B; 4HVJ A; 1HNI A; 3J8A A; 2Q2R A; 1KLN A; 4V19 S; 3TTD A; 3SMP A; 4IO9 L; 4NLC A; 4FM0 A; 4E1M A; 2XY8 A; 3CMA N; 1VQM N; 4KH6 A; 1JCG A; 1EET A; 1MDU B; 3RWU A; 3AVJ A; 1S1W A; 4AHT A; 2WC9 A; 1W2B M; 3DOL A; 2UUA K; 4F9O A; 3OTO K; 3G0Z A; 2KTQ A; 1U2V B; 1RT1 A; 4DHY A; 2P9L A; 4L3Q A; 3OYI A; 3PO5 A; 1EWQ A; 3AA4 A; 3ZX3 A; 4Z4H A; 3GE1 A; 3I33 A; 1DLO A; 4B3R K; 2RE2 A; 4FW2 A; 4A5A A; 3ZSQ A; 4DS5 A; 2X6S A; 3V9W A; 1YVN A; 1Y64 A; 4DTN A; 3AVK A; 2UXB K; 3FE1 A; 2NRZ A; 3PUF A; 1YTA A; 1N8R O; 4HWI A; 4M7X A; 4BRI A; 1BL3 A; 4OGE A; 4W5Q A; 1YIJ N; 1XMQ K; 5AQI A; 1RGI A; 1HPZ A; 2PBD A; 1IKX A; 3VA3 A; 3V81 A; 2P1J A; 1NGG A; 3CER A; 1VSE A; 1OH8 A; 1IG9 A; 4QOZ B; 5LY3 A; 2F96 A; 4NXN K; 4M63 C; 4H0X B; 4OJR A; 2A6A A; 4CJ7 A; 3V9S A; 1HYS A; 1OH5 A; 3L2W A; 1YHQ N; 4JKA A; 3MEG A; 3CM6 A; 3LDS A; 4H4M A; 4LF5 K; 3AO1 A; 3HK2 A; 2P9S B; 2V7Y A; 4FM1 A; 1BIS A; 3OBY A; 3C7N A; 4J2E A; 1S1V A; 4BDZ A; 3KK1 A; 3JYT A; 4G9Z A; 5HOO A; 1E4F T; 3C94 A; 1NGE A; 2Z1G A; 1OVQ A; 1C6V A; 5AFU H; 4YOR A; 2R7Y A; 3VQP A; 1YJN N; 3K5M A; 3H08 A; 4H0O A; 4YFU A; 5C24 A; 1Z26 A; 4YOV A; 3CM5 A; 2WFB A; 4CJR A; 2ZGY A; 1N33 K; 2F8T A; 4J2B A; 3L2R A; 4DWI A; 1IKW A; 1V4S A; 3TR8 A; 3VEV A; 2Q3S A; 1X3M A; 2X78 A; 4O4G A; 4DQQ A; 4OO1 J; 1C0T A; 4H03 B; 2OTL N; 4CJ5 A; 4KKO A; 1LW2 A; 1ZBS A; 4PKH A; 4BR9 A; 1ZBF A; 4IFE A; 1FJG K; 3SQ4 A; 1XUP O; 3QEW A; 3GL1 A; 5EY4 A; 4JI2 K; 1NJW A; 1HKG A; 3SPZ A; 4NCB A; 1YF5 L; 3VQQ A; 3KWG A; 3NMU A; 1VHX A; 4B08 A; 1YIT N; 4Z4C A; 1RCH A; 3SBG A; 4GVE A; 2E2P A; 5ADX A; 1U47 A; 1HMV A; 1L5U A; 1VQN N; 2GEM A; 2P9L B; 4WYB A; 1JLG A; 4WQ4 C; 3TAQ A; 2A1R A; 1TAU A; 3FFK B; 3K9K A; 4ISE A; 3C6H A; 3C6A A; 2UU9 K; 2PAV A; 1QHT A; 4FOI A; 1F21 A; 2KLA A; 3QER A; 4FYD A; 4CZF A; 3LL3 A; 5I42 A; 3VQE A; 2YKM A; 4K42 A; 4Z94 A; 3ZT4 A; 1J5O A; 4ELV A; 2QW9 A; 4BWJ A; 1V4T A; 4KRE A; 3K5L A; 3DRR A; 2Q36 A; 1WSF A; 1K8K A; 4CJ3 A; 1LV5 A; 4QS8 A; 4CEE A; 3ATV A; 3B8A X; 4KH5 A; 4CJU A; 1YJW N; 4K43 A; 4CK3 A; 3RR8 A; 4CJP A; 4FK4 A; 5BRF A; 4J2D A; 3MWT A; 2O4G A; 5C42 A; 1W9H A; 3RMD A; 2DFE A; 2ETJ A; 3RTV A; 2A3Z A; 1SZ2 A; 3JXU A; 4H5R A; 4AM7 A; 4JK8 A; 4CFA A; 5GAE P; 1Z25 A; 4E7K A; 3O9T A; 4YDU C; 1MWK A; 3R6M A; 4DV3 K; 4CBX A; 3K5N A; 3C6U A; 3C7N B; 4GV3 A; 4DU3 A; 3ZX2 A; 3IMX A; 1EKE A; 3G10 A; 2ZJR L; 3KLH A; 1FKO A; 2QEX N; 1TGO A; 2YNI A; 3ZSY A; 2VG5 A; 3PX0 A; 1Z05 A; 2RKI A; 1IKV A; 4IEE A; 2V51 B; 1T05 A; 1BQM A; 2D4W A; 2ZGZ A; 3CQ8 A; 5CY4 A; 5K14 A; 2HNY A; 1RT6 A; 4DS4 A; 1B9F A; 4CGG A; 1HKC A; 5KQD A; 4W5O A; 2D0C A; 4FZX C; 4NYN A; 4J2A A; 2OCE A; 4K8Z A; 2BUP A; 1XC3 A; 1EX4 A; 2ATQ A; 5GIO A; 4EIA A; 4Y0W A; 4RW9 A; 4FLW A; 3K58 A; 4F3O A; 2QWR A; 2ZWH A; 4J8F A; 4UY8 O; 1FXX A; 4L8R B; 3NAE A; 3CHW A; 3NGZ A; 5CZ2 A; 1E3M A; 3TSU A; 4I9L A; 3CJC A; 4OKK A; 4CZK A; 3MXJ A; 3WXJ A; 3OYF A; 3HSC A; 3NH2 A; 3AA2 A; 1YI2 N; 1NU0 A; 3AVC A; 3QEV A; 2CH5 A; 3SAH A; 3OS1 A; 2A42 A; 4JI6 K; 3VQA A; 4CEB A; 1X9M A; 4FZZ A; 1X9S A; 2F7T A; 1KFD A; 4DR5 K; 3SV4 A; 1HR0 K; 2VGM A; 4CI6 A; 3OYG A; 4DTM A; 2HHU A; 3HBT A; 1DT9 A; 4MLE A; 3TAF A; 4FJ8 A; 3F2K A; 4EZ9 A; 2X6N A; 3QML A; 5AQU A; 5HBM A; 3V4I A; 3SQ0 A; 3KHY A; 3QEI A; 2XY6 A; 1GLE G; 3J7Y P; 1NK9 A; 4O5B A; 4KHN A; 4GNI A; 3K2P A; 4F2R A; 1N6Q A; 1KQS M; 3OS2 A; 4HTL A; 1L3U A; 4BWM A; 1RDD A; 3AO3 A; 1ZBI A; 4E19 A; 4FWN A; 3V1Q A; 4AHS A; 2D0B A; 1K8K B; 4CHQ A; 3CQX A; 1VSK A; 4N47 A; 3OJU A; 2QXF A; 1VSH A; 3CCM N; 1NK8 A; 3I0S A; 3AO4 A; 4BVO A; 5CHI A; 4CFC A; 1K8A O; 1RT4 A; 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3VEO A; 4BGB A; 4DCH A; 1S9G A; 4WCE L; 4E7J A; 3OY9 A; 4IDH A; 2B5J A; 1HQU A; 2DPN A; 2O8E A; 2HOE A; 1O1W A; 2NRX A; 1T3V A; 4BG8 A; 2YHB A; 4DV5 K; 2IVN A; 4MDA A; 1GOC A; 2HB5 A; 4O0I A; 1JLQ A; 4FJX A; 3PSI A; 3NGY A; 1KLM A; 3LWL A; 1QZ5 A; 4CJW A; 3HP9 A; 2KKZ A; 3WXL A; 2HHT A; 3ZET B; 5IT9 O; 1X1P A; 5J2P A; 3EKS A; 3AGK A; 2VQE K; 2A5X A; 3VA0 A; 1HQE A; 4X65 K; 4OPK A; 3I8D A; 3MED A; 1GLF O; 1Q81 O; 2O8C B; 4FWO A; 4UQG A; 3EN9 A; 4R5P A; 1WAF A; 3CCV N; 3KVG A; 2FSK A; 1U49 A; 4CEO A; 3VEN A; 4IFV A; 3ZT3 A; 1JLA A; 2BE2 A; 1NK5 A; 4CVN E; 5ADX H; 1KCF A; 3DLG A; 3AVH A; 1CZ9 A; 5LMU K; 2QKK A; 1TUU A; 3SQ1 A; 4CCH A; 1WB9 A; 4KI6 A; 3TAP A; 3TAB A; 4OLA A; 3IKM A; 4I2Q A; 1UAX A; 1MWM A; 4RCH A; 4PA1 A; 2FC0 A; 3ATU A; 5KPR A; 4AM6 A; 3FLC O; 3DLH A; 4BRA A; 3D7E O; 1VQO N; 1S1U A; 1ITG A; 3CFO A; 3KLI A; 3LDP A; 2YHX A; 3BZC A; 4ISG A; 3HYF A; 4WFA L; 4KHU A; 4AHC A; 3CCS N; 4JHD B; 5KI6 A; 4BRE A; 1NMD A; 4DB3 A; 2YKN A; 3P83 D; 4KPY A; 4YOX A; 3ZX0 A; 3KK3 A; 3SAF A; 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