4GW6A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 49
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gw6A00
1T7PA 1WN7A 3SCXA 1WSHA 1VK0A 2ZE2A 3H08A 1S6QA 1EKEA 3C94A 1ASUA 1RBUA 3KD1E 4N76A 1XHXA 3C6UA 1X1PA 1NK9A 4M3WA 3PX6A 1S9GA 4M3RA 1O1WA 4I7FA 1X9MA 5T7BA 3VQDA 3L3VA 1NKCA 4PY5A 1G15A 1VRUA 1LW0A 3CG7A 4E0DA 3S3MA 1NOYA 1WAFA 3LAKA 1LV5A 4CCHA 1A5WA 3ZSWA 4AHCA 5HRRA 3V4IA 1HQEA 1ZBFA 4Y1DA 3QETA 4BE1A 3MXJA 3DMJA 3ZT0A 4FXDA 4Q5VA 4AHUA 3F9KA 3HPGA 4YNQA 3VQ6A 4CF8A 3NF9A 4CGHA 3LDSA 1ASWA 3QIOA 3QNOA 3C95A 2HW3A 1KSPA 3SPYA 4CJSA 2GUIA 1S1TA 2X74A 2FBXA 5C25A 1TAQA 5J1EA 3TWHA 3AVLA 1RBSA 4B9MA 1NOZA 4CHNA 2HHVA 5HLFA 3NF7A 3OYBA 1TV6A 2WOMA 1JLGA 3TAQA 3VQ7A 1TKDA 1U04A 4B9VA 1RT2A 4DU3A 2O4IA 3CQ8A 3ZSOA 5FRNA 3SUOA 3DM2A 4B8CA 1T03A 1LWFA 2ETJA 3V1QA 1NK7A 2KFNA 3CM6A 2OYQA 4PWDA 5CYMA 3VQ8A 1I39A 3ZT3A 4E7IA 4FJ9A 4E7HA 4E89A 3K58A 1YVUA 1RTDA 3AVBA 2B4JA 4DMNA 4B8AB 4Z4HA 3K5MA 4CEEA 4FLTA 1SV5A 4E1NA 3OYMA 4N41A 4OPKA 2RF2A 4CIFA 2XY8A 4ICLA 4CEAA 4LSLA 3HVTA 4CE9A 4OGCA 3RR8A 3ZSYA 4DFKA 3TAPA 3ZSVA 1VSJA 4CJ4A 2G8KA 2G8WA 3CM5A 3F73A 3BDPA 3KJVA 2OPQA 3VQPA 1BL3A 2DFHA 2VG7A 5KGXA 4CHYA 3DOLA 2XY6A 3THVA 4N5SA 4CEBA 1XWLA 4DFJA 3OS1A 3HO1A 3HL8A 2R7YA 2XY7A 1RT5A 3PO4A 2P5OA 4CHQA 4FJXA 3KD5E 3LP0A 1WSGA 1HYVA 3OYNA 4DFMA 4K8ZA 1RT1A 3DLKA 4OGEA 4C8NA 1RNHA 3DLRA 3QEWA 2G8HA 2HHWA 4Q0BA 1B92A 5CZ2A 3M8QA 4TSXA 4C8MA 4CJKA 1RTIA 3HSTB 3VQQA 3I8DA 5I42A 3SUPA 4KB0A 4KHNA 2AJQA 2EHGA 3M8SA 3NCIA 3QINA 4C8LA 3KKSA 1ZBHA 1U49A 4HUFA 3B6PA 5J2QA 1VSFA 2HNZA 5D3GA 1UOCA 3MEDA 3DLEA 1IKYA 3L2RA 3TABA 1ZBUA 2IOCA 1VSEA 4H8KA 2F96A 3M8RA 3NGIA 2VG5A 4IFYA 2OPRA 4DQSA 1C0UA 4CIEA 3KTQA 3OYAA 1WNSA 4MFBA 1RT4A 4BWMA 3OYLA 3L8BA 4CGGA 3SQ4A 1D9FA 4B3OA 1A5XA 3V1RA 1TK5A 2E6MA 1TL1A 2RN2A 5SZTA 2Y1IA 4DSIA 4H4OA 1K6YA 3LALA 3ZSZA 4O0IA 1RBRA 3QEVA 3NH0A 3T19A 2KFZA 4CHZA 4IDKA 1B9FA 4CF1A 3OYCA 4BE0A 1TK8A 3K5OA 3WNEA 2KW4A 4F2RA 4O4GA 1NK0A 4E7JA 3OYDA 1TKTA 1QSLA 1Y97A 3NBPA 4RW8A 4CJRA 3TR8A 4B9UA 1KCFA 1KLNA 1S1WA 1SL2A 1ZBLA 1JL2A 4OKEA 2VG6A 5HRSA 3RRGA 1HPZA 2RPIA 4JRQA 3DI6A 4BE2A 1N6QA 1ZBIA 3HK2A 1QSYA 4JRPA 4O44A 5EU7A 4B9LA 2IC3A 1TVRA 4O0JA 4FJIA 4M3YA 4Y1CA 4JS4A 3LAMA 2BGGA 3KLHA 3IG1A 3PUFA 3EYZA 4QOZB 1XHZA 3AVGA 1XI1A 3DLHA 4O55A 3QERA 1D5AA 1KFDA 5CYQA 3AVKA 2BANA 4I2PA 3VQCA 4CIGA 3NDKA 1L5UA 2YKNA 4CJ5A 2XO7A 3HVRA 4DLEA 3SZ2A 2DTUA 3BGRA 4FLVA 4FM0A 5HROA 4FYDA 1MU2A 4E1MA 2KZMA 1CXQA 4DU1A 1D8YA 1S5JA 5J2MA 1L3TA 1Z26A 3AA2A 3RR7A 4B9NA 4KTWA 3ZSRA 3AV9A 1QQCA 5K14A 3TAGA 4AHSA 1LAVA 4B9SA 3JSMA 4G1QA 1JLCA 2XHBA 3SQ1A 1EP4A 1EXQA 3HP9A 3QIPA 4M41A 1RT6A 3K59A 3OYKA 3RMBA 1KVAA 1KVCA 2IGIA 4W5NA 3ALYA 3PY8A 1RCHA 2WONA 3O4QA 2XRIA 2VWKA 2DFEA 3SYZA 4CK3A 2Z1GA 3QESA 4ELUA 3LANA 1C1AA 1QS4A 4CEFA 3V9SA 4QAGA 1BI4A 4CESA 1FXXA 3VA3A 3VQBA 3LPTA 4CFCA 4HUGA 3AO3A 3T3FA 1GOCA 5KTQA 3DLBA 2FBTA 3KIOA 3I0SA 4M3XA 4Z4GA 2JLEA 4R5PA 3LWLA 3V9ZA 2X78A 4IG0A 4KKOA 3PX4A 1RBVA 3AA3A 3LZIA 3PX0A 4KAZA 3V9XA 4KHQA 2XY5A 1VSMA 3AVJA 1RTJA 3CYMA 4CGDA 4DSEA 3LP1A 3SQ2A 4F3TA 4OVLA 1BI4B 1BCMA 1QE1A 3G10A 3HPHA 1L3UA 3DRRA 4OLAA 1RDAA 2D0CA 3VN5A 2O4GA 3FFIA 1NJWA 1BGXT 4FJJA 1W9HA 3WNGA 1Q9YA 4FZZA 2YHAA 4DSKA 4J2EA 5FROA 3LP2A 4CJQA 4FJKA 3V9UA 1TKZA 4CHOA 1J53A 1S6PA 1TL3A 4CJUA 1JL1A 3ZCMA 1VSKA 1DTTA 2ZQBA 4CEZA 5J2PA 4CJWA 2FC0A 4CFBA 4ZTJA 3OJSA 3MEGA 3U3GA 2YV0X 1Q8IA 4AHVA 4FZXC 3VQ5A 4AH9A 4B9TA 5E41A 4W5QA 4FW1A 3K5LA 1UA1A 1IO2A 4FJ7A 1BIUA 4DTUA 4KFBA 4CJPA 4RW4A 1IKXA 3V1OA 3MAQA 1UWBA 4Z4IA 1QHTA 4EP4A 3OYFA 3ASMA 3K5NA 3I0RA 3SV3A 4HCBA 5C42A 2DFFA 3SPZA 4F4KA 4KI6A 3B6OA 3DRPA 4BDPA 2A1SA 3DLGA 4CGFA 3DRSA 4BDZA 4EZ6A 4M3ZA 1NKEA 3AVNA 4IBNA 4HUEA 1X9SA 4KRFA 1L3VA 3OJUA 4KV8A 3KLEA 3RMAA 1HNIA 4H4MA 4JS5A 3IAYA 4N56A 3PV8A 1TK0A 4FJLA 3ISNC 1C0TA 3HT3A 1NK6A 4RW9A 4Z4FA 3VQAA 1W0HA 2HVHA 4LSNA 2VWJA 4FJMA 4W5RA 4L8RB 4FJ5A 2OPPA 5KGWA 2YNHA 1BQNA 4CGIA 3ZSXA 3PO5A 4QCLA 2KZZA 3OVNA 1T05A 4FJNA 2EX3A 3OYJA 3RTVA 2D5RA 4AILC 2RKIA 2FBYA 4CEDA 2HHUA 3TI0A 3MECA 3L2UA 4CEQA 2X6NA 1NK5A 3OS0A 3JYTA 1EX4A 1BISA 1S9EA 2B6AA 2BE2A 1IG9A 2QKKA 3L2WA 1CZBA 4B08A 1CLQA 1LWEA 4PA1A 4PUOA 4OLBA 3QLHA 2HHQA 3AO5A 4NYFA 4CJ3A 1XC9A 4ELVA 1U48A 4HTUA 5DMRA 3KK3A 1JKHA 5HRNA 4DTPA 3S9HA 2G8UA 4M45A 2BDPA 3NHGA 4F3OA 4W5OA 2D0AA 2G8VA 4MQ3A 1SKWA 1RT3A 4FK2A 4M3TA 3TANA 4CJVA 4UQGA 4OPJA 3RMCA 3TAFA 4FW2A 3O3GA 1VRTA 3IRXA 3HJFA 1S1XA 1RDBA 4I9QA 2E4LA 3OYHA 3HPOA 3K57A 3TAEA 3AO4A 2PY5A 4KPYA 3C6TA 4W5TA 3KLIA 1BIZA 4M3UA 4IKFA 4LD0A 2F8TA 5CZ1A 3AA4A 4C8OA 1VSDA 2OA8A 1ASVA 2OZMA 4HCCA 1JLEA 1VSHA 1WLJA 2Q3SA 1J54A 1BHLA 4ID5A 1WSJA 3ZT2A 3SUQA 5C24A 4DG1A 2Z1HA 5FDLA 4DSJA 3AVCA 4OKJA 3SNNA 1Q9XA 4DTMA 1CZ9A 2I5JA 1SKRA 4CERA 4K8XA 2P5GA 3D0PA 3NF8A 1U47A 1TGOA 5CY4A 1CXUA 3VQEA 4DQIA 4KTZA 3ITHA 4Z0UA 5J2NA 4DQPA 2G8IA 4DTOA 1BCOA 3VQ9A 2Y1JA 1LW2A 3SQ0A 4DSFA 4DTRA 1HRHA 4DSLA 3A2FA 3MXIA 1ZYQA 4KHUA 2ITGA 3AVAA 4CJEA 3VA0A 1S1UA 2KQ2A 3AO1A 4BWJA 3RRHA 4AHTA 4CJFA 4ZHRA 4FLXA 3SV4A 3HP6A 3S3OA 1C0MA 3LWMA 4WE1A 4DS4A 4CGJA 5I3UA 3ZSQA 3HXMA 4FM1A 4FLYA 4CECA 1SUQA 1IKWA 4DLGA 3KKRA 4FZYA 2QKBA 2HHXA 1RDCA 1JLQA 2A1RA 3UIQA 1QSSA 4DS5A 4KI4A 3U3YA 1JLFA 2HVIA 4F2SA 4IFVA 3G0ZA 3KK1A 2Z1JA 4RW7A 5DK5A 1D9DA 1YTAA 1Z25A 4Z4CA 4HHTA 3AVMA 2ZD1A 4KHWA 2QXFA 5KRSA 1IH7A 1J5OA 1F21A 2G8FA 3V81A 1DLOA 1WSEA 2D0BA 3AVHA 3ZT1A 1RT7A 4LH5A 1UA0A 2PZSA 3CFRA 4N47A 1HNVA 3AVFA 4FK4A 2DY4A 3NH2A 4JLHA 1SL1A 1LWCA 2NUBA 3MXMA 1NK8A 3LPUA 3AA5X 3QEIA 3NAEA 4E7LA 3L3UA 4AHRA 3P83D 2YNGA 1JLBA 4CK2A 3NE6A 3LZJA 2HHTA 3HM9A 4J2BA 3D45A 4YFUA 3RWUA 1NJYA 1NKBA 1YT3A 4CJTA 4CF9A 3V6DA 2IAJA 1NJXA 1U4BA 4J2DA 4IG3A 1EETA 1WSFA 3O3FA 4O5BA 3M8PA 4NYNA 1SKSA 4DQQA 4CHPA 1RTHA 4NCAA 2OPSA 1YTUA 1HJRA 4DF8A 4NCBA 1GOAA 4KHSA 3NF6A 3IS9A 1JXEA 1KVBA 1NJZA 2IS3A 1KRPA 4FJGA 2JGUA 4FJ8A 1RILA 4DTNA 3TAMA 3NFAA 1RBTA 2PYLA 4CK1A 4KO0A 2P51A 4CFAA 3DOKA 5HRPA 4FCYA 4FM2A 1LAWA 1KLMA 3V9WA 3DYAA 3OYGA 3SI6A 1N5YA 3P1GA 1JLAA 2FBVA 4C8KA 3ZT4A 1HYSA 5JS2A 1X9WA 4FK0A 2P1JA 3WNFA 2YNFA 3QEPA 3E01A 4FLUA 4DTXA 1NK4A 4FLWA 5HBMA 3L2QA 1T8EA 2KTQA 4FLZA 1RDDA 2GV9A 1R0AA 4GVMA 1ITGA 1FK9A 4F8RA 1FKOA 4J2AA 1S1VA 3S3NA 1BQMA 3L2VA 4GW6A 3U6FA 4PQUA 3AVIA 3QEXA 1U45A 1UAXA 4E19A 4CF2A 3WNHA 1KTQA 3O3HA 4OKKA 4RG8A 4DQRA 1SL0A 1C6VA 5FRMA 3EY1A 1A5VA 1TKXA 1HQUA 4CEOA 5KRTA 2IDOA 2YHBA 3KLGA 4BDYA 4KREA 3MEEA 3KK2A 1REVA 4OJRA 1J9AA 4GMJB 4ID1A 2Z1IA 4I9LA 4I2QA 5KI6A 1IKVA 3TARA 4ELTA 4EZ9A 4KHYA 2F8SA 4EP5A 1FKPA 3P5JA 4LY7A 3OY9A 2OZSA 1C1BA 3SUNA 3ULDA 4KB1A 4DTSA 3K2PA 4CF0A 1HYZA 3SJJA 3KLFA 2E6LA 2YKMA 2HB5A 5JS1A 3NGYA 3OS2A 4E3SA 4RW6A 4XIUA 4DF4A 2HMIA 4KTQA 4FVMA 2QK9A 5HP1A 1QTMA 3RMDA 3QNNA 2ATQA 4HVJA 4CJLA 3O4NA 1L3SA 1KFSA 1VSIA 2YNIA 4ZTFA 4Z4EA 4DWIA 4E7KA 4NCGA 3CFPA 1I3AA 3EZ5A 2X6SA 1VSLA 4DFPA 1C1CA 3QO9A 3LP3A 3NGZA 3HYFA 4BACA 3NH1A 2B5JA 3CFOA 3OYIA 1DTQA 1HMVA 3T1AA 1WSIA 4FJHA 4M42A 1GOBA 1JXBA 3VQ4A 4CFDA 2W42A 4DU4A 4DTJA 1WAJA 4LH4A 3AO2A 2GBZA 3OYEA 2HHSA 1TAUA 1B9DA 2LSNA 5SWMA 2HNYA 2HNDA 2PYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GDQA 3SCXA 3H08A 4N76A 5F0XA 1XHXA 1NK9A 4M3WA 3ZEUA 2D4WA 2I7NA 5T7BA 2GUPA 1NKCA 1VRUA 3CG7A 1A5WA 5HRRA 5JVHL 3MXJA 3DMJA 1Q7YO 2O8BB 2W6KA 2RE2A 3WXLA 4CF8A 1ASWA 3SPYA 5J1EA 3JS6A 1RBSA 4B9MA 1NOZA 4CHNA 2HHVA 5EVZA 5HLFA 1NMNA 1BDGA 3CQ8A 1M1KO 2ZWHA 4BRGA 2ETJA 3V1QA 2KFNA 2QTDA 4FJ9A 4E7HA 4E89A 1YVUA 4DMNA 2HSTA 3K5MA 4CEEA 1SV5A 4N41A 2YHXA 2RF2A 2QI2A 2HBMA 2XY8A 4CEAA 3HVTA 1YHQN 3RR8A 4BRMA 3ZSVA 5AQPA 2G8WA 2E88A 3F73A 2OPQA 5JVGL 3DOLA 2XY6A 3THVA 1N8RO 3RSEA 3QICA 4CEBA 1XWLA 2E2OA 3PO4A 4DB3A 1RT5A 4O8UA 3KD5E 1P90A 3QEWA 4FWPA 5GAEP 3M8QA 4EHTA 3H45C 4WCEL 4CJKA 1ZC6A 2AJQA 1ZBHA 3TSQA 4BG8A 4ISFA 4H8KA 5AZIA 3CF5L 4DQSA 1C0UA 3P31A 1W2BM 2YCHA 4MFBA 3OYLA 3L8BA 1XMQK 1D9FA 2QW9A 3CPEA 4B3OA 3V1RA 2E6MA 2Y1IA 4H4OA 3OA9A 3MK6A 1R59O 1NGDA 1TK8A 4HTLA 5F2RA 3WNEA 1O13A 4F2RA 1Y97A 5EY4A 4CJRA 3TR8A 1WB9A 4B9UA 1JL2A 1NGJA 1QZ6A 5CR4A 4PL8A 4BE2A 1QSYA 4JRPA 4O44A 4M3YA 4JS4A 4DV4K 5TKWA 3LAMA 4GNIA 3PUFA 3EYZA 4QOZB 3H46O 3QERA 1FW6A 1D5AA 3VQCA 1L5UA 4ISEA 1NGGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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