4GXPA

Chimeric family 1 beta-glucosidase made with non-contiguous schema
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
456
structure length
456
Chain Sequence
KKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIFHWDLPFALQLKGGLLNREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITFNEPLCSAIPGYGSGTFAPGRQSTSEPWTVGHNILVAHGRAVKVFRETVKDGKIGIVLNGDFTYPWDAADPADKEAAERRLEFFTAWFADPIYLGDYPASMRKQLGDRLPTFTPEERALVHGSNDFYGMNHYTSNYIRHRSSPASADDTVGNVDVLFTNKQGNCIGPETAMPWLRPCAAGFRDFLVWISKRYGYPPIYVTENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAYIGAMVTAVELDGVNVKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase Chimeric protein
publication title Chimeragenesis of distantly-related proteins by noncontiguous recombination.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 162
structure length 456
sequence length 456
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2012-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4gxpA00
3NDZA 5M17A 3WF2A 3O9NA 4OBRA 2GJPA 3SCVA 4MNKA 1KQYA 2J79A 4TX8A 5AC4A 4UOQA 2D0HA 3VILA 4ML4A 1JZ6A 3CHCA 3W25A 2XJ7A 2ZUSA 3KL0A 4X0NA 1DWIM 3I3BA 1LG1A 1V3IA 2CBIA 3TOPA 3ZJ6A 1O7AA 1W91A 1H1NA 4PMOA 3GM8A 3EDJA 1ITXA 3K46A 2WLYA 2OSWA 1BYBA 1LLOA 1OT2A 3RMEA 3FXYA 3BCFA 1E72M 1KBBA 2OWWA 1W1PA 1G01A 3PZIA 4FMVA 4WIWA 5CLTA 5FL0A 4EAMA 3SCPA 1S46A 5CLWA 1WDRA 4B3LA 2YKKA 3WDIA 4OOZA 3RJYA 4D6CA 1W9XA 3TTOA 1WNOA 1TMQA 4EE9A 5A2BA 3GNOA 3OZOA 7CGTA 3U5UA 1UWUA 5E09A 3PHAA 1WZMA 1NOWA 3PN8A 3WF1A 1JYXA 1LJYA 1EDQA 1V6WA 1J12A 2HISA 3ARSA 3CO4A 3ZMRA 3WH5A 1JDAA 4NZCA 3PZGA 4M82A 1MVYA 4E2OA 2O9OA 1KGWA 1WDSA 2GVYA 2ZUNA 1HT6A 3BLPX 6A3HA 2G3IA 3CMGA 4D71A 2EO7A 1E6XM 1W3JA 3POHA 4UR9A 3GZAA 5A94A 5CPSA 3DECA 1KGXA 4E8DA 2W92A 3LPOA 3ZR6A 2UWFA 5GNYA 5E6ZA 2FH6A 2J7EA 3WUEA 3W81A 1KCLA 3L4VA 1V6VA 1EA9C 5CZKA 4XZWA 1H0GA 1LWJA 1QNSA 1EHNA 3DYOA 2ZX7A 4MDPA 1J0JA 3BLKA 3QOMA 3S2CA 4AZHA 3RCNA 2XVKA 3VO0A 4JFSA 4GO9A 4AZ5A 1J0YA 1MQRA 2QV4A 5A8OA 1TVNA 1QNPA 3GTNA 1VFOA 1CIUA 3D3AA 1C3FA 4PEEA 5A6MA 2OLHA 4AZIA 2J77A 1BVNP 1A3HA 3ARZA 4AD0A 1BGAA 1NWUA 2G41A 1PX8A 1TE1A 3OG2A 1Q6FA 3VVGA 2VOTA 4Z2IA 4KGJA 4PN2A 2DSUA 3VM7A 2WHKA 3CUHA 4AZGA 5GPRA 3ZT5A 2YL8A 3HN3A 2YL5A 3SEPA 1ODZA 1HNYA 3W38A 3HMCA 4H8UA 3FAWA 5F7UA 2WVVB 1H49A 1M04A 4P8VA 1E55A 3B9DA 1R7AA 3AIVA 3GDBA 3LPGA 4ACZB 2VZUA 3IAPA 4MAVA 4FF5A 4CD8A 3VIOA 1EOKA 4PMVA 1ZBVA 4MPKA 1GHRA 4L4PA 2OYKA 4D6DA 2QMKA 3SUWA 3MV01 3MUY1 3WDQA 1CGVA 3BAXA 5IDIA 4AZCA 1BHGA 1WDQA 1R86A 1OB0A 4YHEA 1EIBA 2VX4A 4S3JA 3D5HA 1AQMA 5FKYA 1SMDA 1UHVA 4PTMA 4W7WA 1K9EA 3J7HA 1BG9A 1XD1A 5I23A 4OIFA 2OYLA 5ABFB 3GH7A 5I5RA 2VT0A 2X0YA 1JZ2A 5M5DA 3CHDA 4JIEA 3KL3A 3KEHA 1DWGM 1ZS2A 2CBUA 2NW0A 3ZR5A 2VUYA 3SURA 1JAKA 3OLDA 3K1DA 4JCMA 4J3UA 4U33A 4MTVA 1E70M 1W9DM 2C7FA 5EMYA 3N1AA 3AMKA 1AQ0A 1PAMA 3WDJA 3WDRA 3ALFA 3CUGA 1MXDA 3AZSA 2PWFA 5A8MA 4BCEA 1HVQA 2RGMA 2GSJA 5I77A 2GJXA 3AS1A 1QW9A 3U57A 1HKMA 3GXFA 1OSEA 1X1NA 2WLZA 1RP8A 1DWFM 3E1F1 4IUGA 2DGAA 1NQ6A 4GI9A 4CVUA 2ZX8A 2PF0A 4AW7A 1GOKA 3F5LA 1ITCA 2WMJA 5AY7A 2WPGA 3ZJ7A 2VR5A 2ZXDA 4AD2A 2AAAA 2BY3A 3TA9A 3CUIA 2ESCA 3GBDA 4QLLA 5I78A 1W2VA 1KCKA 4WF7A 3OA5A 5HPOA 4W93A 5A8QA 4BF7A 3EMQA 4PMYA 2WYSA 1QBAA 2DSZA 1AMYA 1MFVA 3NIYA 1IZJA 4B15A 1PZ3A 2XM2A 3AIBA 4U3CA 3SUVA 2V3GA 3BMWA 1KB3A 2DSWA 2VQTA 3CLWA 1CEOA 1XHGA 1J0ZA 4AD5A 1W1VA 2XTKA 3WFLA 1TFVA 4M81A 4QDMA 1V3MA 3VDBA 4WKAA 2WHMA 2PBOA 3AROA 1UA3A 2UY5A 3OZPA 7TAAA 3WF3A 1UR8A 3CPUA 5E0CA 3WUGA 2BHYA 5KZ6A 1ZL1A 1MW2A 1NWRA 1HIZA 3GNRA 4ZXLA 4IPLA 4ZENA 2DH3A 1UR0A 3WUBA 4QP0A 2DSVA 8CGTA 1BG4A 1QPKA 3EDKA 2E4TA 1KBKA 4QLJA 2A3HA 3PTKA 4P7QA 3MS8A 2XHYA 2VX5A 5ABEA 4HZ8A 1HF6A 1XCWA 1JXJA 1FA2A 4UQDA 3WF4A 4K68A 1P6WA 3N18A 1L0PA 1DP0A 1CGWA 4C7DA 4XV0A 2X05A 1M01A 1W32A 4DM2A 4BZYA 1CXLA 4HPHA 4TOQA 2JE8A 4D6EA 5CG0A 1EHAA 5DFAA 1KGUA 1J0HA 1B3YA 4UQEA 3GXDA 4IM4A 5LYRA 1BYCA 4KWUA 1H09A 1BYDA 1BTCA 4H2CA 5GNXA 2JF6A 4CCDA 4B3KA 3U5YA 4NF7A 2O9TA 1OGSA 3AIEA 3AOFA 4GQRA 3BSHA 1UD6A 3ZJKA 3VDHA 2WC7A 3WD3A 1HX0A 5ABGA 4A3YA 1ISYA 2Y5EA 3K8MA 1G9HA 6CGTA 1UD8A 1KXQA 3QGVA 1JD9A 1FFRA 4GXPA 1B3WA 1TCMA 1PPIA 3EYPA 3IAQA 4LPCA 4PSPA 1NOUA 3N04A 3U7VA 4Y7EA 1CZ1A 1E4IA 3CZ8A 5DT7A 4XUYA 3AZTA 3VPLA 2E0PA 4PMRA 2JEPA 2ZX5A 5E9AA 1VF8A 1JZ5A 3A3HA 1OIMA 1OWQA 1LG2A 3EBVA 4HMCA 3WNMA 2BVYA 3EDEA 1IT0A 3WNNA 2VZSA 4AIOA 3SCRA 5BXRA 2J7FA 1FH8A 2FGLA 1UA7A 3PZQA 1Q6EA 1DWHM 5D9MA 3W27A 1G94A 3W28A 4MNLA 3B9EA 5CSYA 4AC1X 4WK9A 1TA3B 4D6FA 3W24A 4F8XA 4BS0A 1R85A 1PX4A 1GJWA 3AJ7A 3VMOA 1JFXA 2B31A 4DWSB 2XFFA 1E9LA 3SUSA 5AC5A 3RM8A 4DUVA 4RE4A 4GQQA 1OD0A 2NSXA 2CBJA 1HKKA 1XSIA 1UR2A 3OBAA 1XC6A 1UKTA 1H11A 2J7CA 1JDDA 4J3SA 4PYSA 3UERA 1V3JA 3W37A 2ZX9A 4ATWA 3NSXA 3SCNA 4D1IA 1X6NA 2BHZA 2WHJA 1M03A 4MB1A 1BGGA 3KWXA 2D2OA 3WQ6A 4V27A 2WZEA 5AYIA 4U2ZA 4PTWA 4UCFA 1E6ZA 1UKOA 3A6OA 4WJXA 3WKZA 4AD3A 4MJ4A 5JBEA 1ISWA 3A4WA 1B0IA 2VRJA 3SCOA 3VX1A 2E8YA 2V3DA 3RM4A 2ZUMA 4MNJA 2D0FA 1XCXA 1E5NA 4CD5A 1UD5A 1XH1A 5C70A 4UOZA 2W5FA 3L2LA 1B90A 1J18A 1CXIA 1PJ9A 3AHVA 1U2YA 1ESWA 3BAIA 4UFJA 1GCYA 3WDPP 1VAHA 1QHOA 3WF0A 2X2YA 1BYAA 2Q8XA 2J8GA 1MW3A 4L4OA 3WDHA 1BQCA 2D3LA 2WC3A 3L4ZA 2JEQA 1HP5A 3WH7A 3MUZ1 1W9VA 3GH4A 4OOUA 1JI1A 4LYPA 1EO5A 2XVLA 1GW1A 3CBWA 1SMAA 5E70A 3ZJ8A 4AIEA 2YA2A 1CGYA 4TTGA 4OKDA 4ATLA 3O6AA 1KR1A 1FFQA 3T08A 4XZBA 3RIKA 1HJSA 3G6MA 5BCAA 3CIVA 2EXOA 2VO5A 2O9PA 1UKPA 3MSDA 2J75A 1KXHA 4WKHA 2VZOA 1Q6GA 1NARA 2CITA 2WMGA 3W82A 1R8LA 3ARUA 1E4MM 2UY4A 3ARVA 3FAXA 5CQ1A 5EB8A 4E4PA 1QNOA 4Z2LA 4PBGA 5CGTA 3RILA 3WMCA 3MO4A 4GPNA 2ZWYA 1GORA 1SFSA 4CD6A 2A3CA 4YPJA 5ECUA 3HU7A 2EBNA 4CKQA 5HNNA 4CU8A 2WSPA 3ZQ9A 1TG7A 2E9MA 1GQKA 4V28A 1UH3A 2DIEA 2YBTA 4P7RA 1XH0A 3UCQA 1E6NA 4R5EA 2ZE0A 1H5VA 1HL8A 1TUXA 2WCGA 4CU7A 4TVUA 1JIBA 1G1YA 5CSUA 1GOWA 2BNJA 3VOCA 2JALA 3II1A 1JYNA 1ECEA 2CNCA 3F5KA 4HPGA 1IZKA 3FW6A 1E0VA 1UD4A 3VGFA 1UOKA 3WBAA 4PSRA 4X0VA 4HOXA 1UKSA 1M53A 1CTNA 2WCAA 1C7SA 2XIIA 2WKGA 2G3NA 1HJUA 1UH4A 1E5JA 3ZT7A 2ZICA 2E8ZA 2EPNA 2G3JA 4CN6A 1GHSA 1W1YA 4Z2HA 4BQ2A 1LF1A 2DDXA 2WZIA 3AXXA 3W29A 2D0GA 3PTMA 2EPOA 3MANA 2VZVA 1QI0A 1XRVA 1UYQA 4D6GA 1BPLB 1GOMA 1AQHA 1RP9A 4UQBA 3CMJA 3IJ8A 2F2HA 3CZGA 3VIKA 4UFMA 3VD9A 1MWOA 3ALGA 1R7OA 4LGXA 2RGLA 4AD4A 4WSJA 2PWHA 3B9AA 3UESA 1B30A 1U33A 4D1JA 4Z2JA 5BXPA 2XSAA 5CXPA 5HBFA 1BF2A 4DUXA 2YA1A 4UFLA 4J3TA 1QI5A 1UR9A 4RE3A 4B9ZA 4CD7A 1UZ1A 3OLEA 5A95A 1ZBCA 4WLCA 4P8UA 1O6IA 3S6TA 3ZSSA 1DTUA 1C93A 1CECA 5DF0A 3ARRA 2PWEA 4W87A 2J8FA 4GKLA 3M6DA 2VCCA 4J7RA 5A6SA 1ZB5A 4PRWA 1B3XA 4D6JA 5FL1A 1GUVA 1IV8A 1EO7A 4HTYA 4NRRA 2GDVA 2Y8KA 2DEPA 1UD3A 3BAJA 2WVUA 1FP8A 3N12A 4JHOA 1E73M 5D9NA 4URIA 3F5JA 1GQLA 3WIJA 4UOJA 3CGTA 1JYVA 2VVSA 1J10A 4HA1A 3ARWA 4KRTA 5A6AA 4CCCA 3AZRA 1KXTA 4HOZA 1JAEA 2C8NA 1E6SM 1MQPA 2CBVA 4W5ZA 3K4DA 4W8AA 4UQ9A 2X1IA 5BRPA 3L4XA 2YJQA 4HZ7A 1OCQA 1B9ZA 5I2UA 2AOSA 2XPKA 5HOSA 1JGIA 3I3EA 2WVSA 1UWTA 4QCFA 3VNYA 1JD7A 2AMGA 1KWGA 4A4AA 1F4HA 2CHNA 1JG9A 1PIFA 4W7UA 5A2AA 2V38A 3WMSA 3CHFA 1CENA 2OWCA 2Y8VA 1PIGA 3DC0A 2DIJA 4NI3A 4RE2A 1CXFA 2WBGA 4YHGA 1WP6A 5JIPA 3VMNA 3CZKA 4J28A 1A47A 1E0WA 1NH6A 1Q6DA 3BGAA 2VTFA 1EOMA 2DT3A 3SUTA 3M46A 3GXIA 1GNXA 1EDGA 2BVTA 2J7GA 2ZX6A 2W62A 3UETA 3VMPA 2VI0A 1XSJA 1FHLA 1UG6A 3CH9A 2GFTA 3APGA 3BMVA 4UTFA 3ZOAA 2DT2A 4M1RA 7A3HA 1E4LA 3NUKA 5BROA 4Q7NA 4LYRA 3WNOA 2WW5A 3WBEA 4CCEA 2VCBA 1FOBA 4JZ5A 3T0AA 3BCDA 4M80A 1LL4A 3NYDA 1D7FA 3T09A 3WELA 2WK2A 2G4FA 3WQVA 4CN1A 3GXMA 5A1AA 5LA0A 1ODUA 1LL6A 4M8UA 4BQ4A 3KZSA 4CUCA 3L4WA 2BHUA 4P8WA 4DWSD 4OJYA 1UR4A 5A69A 5DMYA 3T2QA 3AS3A 1GJUA 2PC8A 3M07A 3N15A 3KL5A 5A6BD 1CXKA 1E1EA 4U2YA 3POCA 2J74A 3N17A 3M7SA 1VIWA 4JFUA 2QHAA 3K4AA 4ZXOA 1US3A 4JKMA 4AZCB 3DYMA 2DQXA 2J7BA 3OGSA 5IHSA 4JHZA 1C8XA 1JDCA 2Z1KA 1I1XA 4TVDA 1JNDA 4H8HA 2EPKX 4BQ5A 2J78A 2HVMA 3WD4A 4JL2A 2MANA 4AIUA 2WXDM 3EMCA 3VUPA 1W9BM 1E1FA 1JXKA 1W2PA 3ECQA 3W53A 4MB4A 3AIQA 4LXFA 4H7VA 1C92A 2J25A 1BVZA 3FN9A 5E0FA 3PTQA 1E4NA 1UD2A 4LYQA 3AS0A 2VX7A 1VFMA 4N42A 3MMUA 4ACYA 1NM9A 3ZO9A 1HJVA 2CESA 3LPFA 4AZ7A 4GZIA 3T0BA 5A2CA 2DT1A 4AEEA 2GJXB 4JCLA 1PZ2A 1UH2A 1VJZA 4PTXA 5KEZA 5M03A 2VC9A 3VD3A 2X8RA 2CCRA 2WMHA 2XFRA 3I3DA 2J7DA 4MJ2A 2EJ1A 4UZUA 3WQ8A 1UWRA 5HPCA 4N0RA 4HU8A 5A6KA 2EPLX 2WANA 1QNRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDZ A;  5M17 A;  3WF2 A;  3O9N A;  4OBR A;  2GJP A;  3SCV A;  4MNK A;  1KQY A;  2J79 A;  4TX8 A;  5AC4 A;  4UOQ A;  2D0H A;  3VIL A;  4ML4 A;  1JZ6 A;  3CHC A;  3W25 A;  2XJ7 A;  2ZUS A;  3KL0 A;  4X0N A;  1DWI M;  3I3B A;  1LG1 A;  1V3I A;  2CBI A;  3TOP A;  3ZJ6 A;  1O7A A;  1W91 A;  1H1N A;  4PMO A;  3GM8 A;  3EDJ A;  1ITX A;  3K46 A;  2WLY A;  2OSW A;  1BYB A;  1LLO A;  1OT2 A;  3RME A;  3FXY A;  3BCF A;  1E72 M;  1KBB A;  2OWW A;  1W1P A;  1G01 A;  3PZI A;  4FMV A;  4WIW A;  5CLT A;  5FL0 A;  4EAM A;  3SCP A;  1S46 A;  5CLW A;  1WDR A;  4B3L A;  2YKK A;  3WDI A;  4OOZ A;  3RJY A;  4D6C A;  1W9X A;  3TTO A;  1WNO A;  1TMQ A;  4EE9 A;  5A2B A;  3GNO A;  3OZO A;  7CGT A;  3U5U A;  1UWU A;  5E09 A;  3PHA A;  1WZM A;  1NOW A;  3PN8 A;  3WF1 A;  1JYX A;  1LJY A;  1EDQ A;  1V6W A;  1J12 A;  2HIS A;  3ARS A;  3CO4 A;  3ZMR A;  3WH5 A;  1JDA A;  4NZC A;  3PZG A;  4M82 A;  1MVY A;  4E2O A;  2O9O A;  1KGW A;  1WDS A;  2GVY A;  2ZUN A;  1HT6 A;  3BLP X;  6A3H A;  2G3I A;  3CMG A;  4D71 A;  2EO7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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