The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
370
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structure length |
360
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Chain Sequence |
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Toxin/structural protein
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| molecule keywords |
Iota toxin component Ia
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| publication title |
Arginine ADP-ribosylation mechanism based on structural snapshots of iota-toxin and actin complex
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Clostridium perfringens
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| total genus |
115
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| structure length |
360
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| sequence length |
370
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-09-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00022 | Actin | Actin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Actin; Chain A, domain 4 | Actin; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FPN A; 2GEM A; 4CZF A; 2P9U A; 5BPM A; 4JN4 A; 3CET A; 2FLO A; 1T44 A; 3KZB A; 3I8B A; 2BTF A; 4ISG A; 4CZE A; 3G25 A; 1E4G T; 5AQV A; 2FF3 B; 4A2A A; 4CZG A; 4BRC A; 3ZEU A; 5F0X A; 4CZL A; 1EQY A; 3H1V X; 1GLC G; 1P8Z A; 2F9W A; 1KXP A; 3ZX0 A; 4XEI A; 4BRG A; 1U2V B; 2QWP A; 2Q0U A; 2E2P A; 3KVG A; 4FPA A; 3SJH A; 1JCE A; 4MLE A; 1K8K B; 4PKG A; 3UB5 A; 1GLL O; 4K43 A; 3GL1 A; 4Z94 A; 4IZ9 A; 1ATN A; 3WEE B; 3O6W A; 5KQD A; 2IVN A; 3ID8 A; 1HKC A; 3UKR B; 1Z6R A; 4BG8 A; 2F9T A; 1YVN A; 4BGB A; 5BRE A; 4BR0 A; 1NM1 A; 2HF4 A; 3O8M A; 3VF2 A; 2D0P A; 4FWO A; 2BUP A; 4PL8 A; 3QDK A; 4MLH A; 2P9P A; 1SQK A; 3AAP A; 5KPR A; 4JHD B; 4JNE A; 4BR7 A; 4C23 A; 3TU5 A; 3BP8 A; 2PAV A; 3SMP A; 3C7N B; 3H3N O; 4BC4 A; 1GLD G; 5AQM A; 4BVO A; 5AQY A; 5B8H A; 3FZH A; 4FWM A; 5FPD A; 1Y64 A; 3H46 O; 3EN9 A; 4FPB A; 1NGD A; 4H5V A; 1WUA A; 2KHO A; 3AAQ A; 5AFU H; 4H0X B; 5ADX H; 3LDO A; 4BR5 A; 3MCP A; 2VWB A; 4M63 C; 3EL2 A; 3LDP A; 5AZI A; 3VGM A; 3DXM A; 1NBW A; 3GE1 A; 1IG8 A; 3VEY A; 3VEZ A; 2YJF A; 1U6Z A; 2QWQ A; 4EAH D; 3VEO A; 4O5F A; 5F1X A; 3LM2 A; 5AQI A; 2AA4 A; 5AQN A; 3DWL A; 1SZ2 A; 3VEV A; 4FOI A; 3U8X A; 3LDN A; 2I7P A; 3TPQ A; 1ZC6 A; 3A0I X; 5AQF A; 2P9L B; 1HLU A; 3CJ9 A; 3EZW A; 1BA0 A; 3CIP A; 3FZL A; 3RSE A; 1QQM A; 3HZ6 A; 4BRP A; 5AQH A; 1LCU A; 3BEX A; 1GLJ O; 1XUP O; 1ATS A; 4BRK A; 4B1Y B; 4LC9 B; 4K41 A; 3UE5 A; 4FWR A; 4H0T B; 3JXU A; 4H5T A; 2ASM A; 4FWP A; 2NZT A; 2P9K A; 4BVP A; 1RFQ A; 5AQS A; 1QZ5 A; 2D1K A; 1BWF O; 1NGG A; 2HF3 A; 2P9N A; 1KAZ A; 2CGK A; 3ULE A; 3QML A; 3WXI A; 3WUH A; 1HKG A; 2V7Z A; 1D4X A; 1WOQ A; 3ENH A; 4Y0W A; 4B1Z A; 4XH5 A; 3D2E B; 4IWV A; 1LOT B; 2P9S A; 2ITM A; 2E20 A; 3H3O B; 3HSC A; 2YHW A; 3IFR A; 3H1Q A; 5KPT A; 4XH4 A; 2E2O A; 4BC5 A; 2V7Y A; 4RTF D; 3U9Z A; 1TUU A; 3CQX A; 5AQO A; 4ISF A; 3LM9 A; 4BRF A; 3AY9 A; 1V4T A; 2P9U B; 5F2R A; 2YHX A; 3O80 A; 5EX5 A; 5AZJ A; 1U2V A; 4A62 A; 2QWN A; 1ATR A; 1Q18 A; 3BF1 A; 3FLC O; 4CBX A; 3W3D A; 2CH6 A; 3VET A; 2Q1N A; 2ZWH A; 5E26 A; 5AQU A; 3BF3 A; 4H0P A; 2D0O A; 3OHR A; 1XQS C; 3HTV A; 3U9D A; 1H1V A; 1MWK A; 2Q31 A; 2CH5 A; 2V52 B; 3A5O C; 3ZEU B; 3ZX2 A; 1KAX A; 1NGE A; 3VES A; 3WEE A; 2YHY A; 5BN8 A; 3UKR A; 2FXU A; 4WQ5 A; 3VF6 A; 4FWL A; 2E88 A; 3O1B A; 4MO5 A; 4CI6 A; 2QW9 A; 4DQ8 A; 3AAR A; 4BRO A; 4JD2 B; 2YCH A; 4QS9 A; 1HUX A; 4RCH A; 5ELZ A; 3LL3 A; 3QB0 A; 5EY4 A; 4FWS A; 3H45 C; 4GNI A; 4O8K A; 5JIC A; 3M1F A; 4B1X B; 5KQ8 A; 5CE3 A; 4WYB A; 3ATU A; 4HTL A; 3SK3 A; 4RWT A; 4JHD A; 3L0Q A; 3FGU A; 3WXJ A; 3O4W A; 1XC3 A; 2P9I B; 4IO8 A; 2A6A A; 5AQQ A; 2A40 A; 3UKU A; 1S22 A; 1NGA A; 3CI5 A; 3A8Y A; 2P9P B; 4E1J A; 5AQJ A; 5I9E B; 4YDU A; 1ZBS A; 3S41 A; 3LDL A; 3MMV A; 4CBU A; 4CZK A; 2W41 A; 3GBT A; 5BN9 A; 4B9Q A; 3FZK A; 4WQ4 A; 1T6C A; 4XH1 A; 4KBO A; 2A42 A; 3QIC A; 1YAG A; 4BR2 A; 3D2F A; 2HOE A; 3HM8 A; 3VEX A; 1RDW X; 4BRQ A; 3BUZ B; 1RGI A; 3MK6 A; 2V51 B; 1NGH A; 4GY2 B; 3GOI A; 1TUY A; 4FWQ A; 1CZA N; 2FF6 A; 2HMP A; 3MN9 A; 4FWN A; 3VGK A; 4BRM A; 5BR9 A; 3DXK A; 3QBX A; 2IVP A; 5AQK A; 2P9L A; 3A5M C; 1C0G A; 2WUS A; 4EIA A; 1C0F A; 5EOY A; 1X3N A; 2VYP A; 4IJA A; 1BUP A; 2E2Q A; 3W0L A; 4BRA A; 4BRD A; 3ATV A; 2YJE A; 4I6M A; 3WQU A; 1J6Z A; 3IUC A; 3MDQ A; 2ASO A; 4AM6 A; 1SAZ A; 3R9P A; 3CQY A; 4A61 A; 4MO4 A; 3J8A A; 4BC2 A; 4PL7 A; 1GLA G; 5EXW A; 2E1Y A; 5BRF A; 2FSJ A; 3LDQ A; 1TYQ B; 2CGL A; 3O1W A; 3RSE B; 5BRH A; 1QHA A; 1X3M A; 5JMV A; 4YDU C; 2VCP A; 4BRI A; 4CD3 A; 1OKJ A; 3IMX A; 5E84 A; 3EO3 A; 5KPZ A; 2QWO A; 1QQN A; 5EVZ A; 4H0Y B; 3ZET A; 1NGJ A; 3GDQ A; 4WQ4 C; 1GLB G; 5BPN A; 3HI0 A; 1V4S A; 4CBW A; 3EKS A; 4CZI A; 2ZGY A; 4JAX A; 2QWL A; 3CJC A; 1MWM A; 2D4W A; 4ISE A; 3HBT A; 2P9K B; 3CJ7 A; 1DKG D; 3MN7 A; 5TKY A; 5LJW A; 5JLF A; 1NWK A; 1NGI A; 4QS8 A; 4PKH A; 4BR9 A; 4K25 A; 4IJN A; 4CZJ A; 2P9N B; 3JS6 A; 4EHT A; 1R59 O; 3ULE B; 3MN6 A; 1IJJ A; 2YI1 A; 3R6M A; 5AQX A; 4HWI A; 3FE1 A; 3A5N C; 3ZX3 A; 3FR0 A; 3VGL A; 3FZM A; 2GWJ A; 3FFK B; 5AQT A; 2P9S B; 1BA1 A; 3WT0 A; 5LY3 A; 2AP1 A; 4DB3 A; 3H6E A; 1NGC A; 1K8K A; 3M6G A; 5AQP A; 1NLV A; 2FSN A; 4QS7 A; 4BR4 A; 5BRD A; 1QQO A; 2QWR A; 3DJC A; 1ZXO A; 3A5L C; 5AZJ B; 2CGJ A; 4BC3 A; 5LJV A; 2Q2R A; 5AQL A; 3VF4 A; 3QFP A; 4BRL A; 2QM1 A; 5AR0 A; 3WQT A; 4BG9 A; 4JD2 A; 3CER A; 1G99 A; 1BG3 A; 4J8F A; 2ASP A; 3VEN A; 3VPZ A; 2Q0R A; 1HJO A; 3CHW A; 1BO5 O; 3IDH A; 3CJB A; 1NGF A; 4PKI A; 2EWS A; 3C7N A; 4FSV A; 2PBD A; 1E4F T; 3U4L A; 1ESV A; 1QZ6 A; 2P9I A; 3QBW A; 3O08 A; 3C0B A; 3F9M A; 4CZM A; 4B1W B; 4FO0 A; 3GG4 A; 4EHU A; 2DPN A; 3VER A; 3QFU A; 4BRN A; 1MA9 B; 4H03 B; 4CJ7 A; 3UKU B; 2A41 A; 2IVO A; 2E2N A; 4A2B A; 2ZGZ A; 4M7X A; 2H3G X; 4BRE A; 2FSK A; 5AQW A; 3I33 A; 5FPM A; 5AQZ A; 1DEJ A; 4BGA A; 2GWK A; 1GLF O; 1DGK N; 2QWM A; 3O5B A; 4H5R A; 4B1U B; 1HPM A; 3CJA A; 1Z05 A; 4L3Q A; 5AZI B; 4IXC A; 4WQ5 C; 3DXM B; 2IIR A; 2Q36 A; 3D2F B; 4CD1 A; 4M7Y A; 1NMD A; 1YXQ A; 2A3Z A; 3WXK A; 3P4I A; 4B1V A; 4BQZ A; 5AFU A; 1MDU B; 5ADX A; 3M3Z A; 4H0O A; 4FWK A; 5JLH A; 4FL9 A; 1HKB A; 1BU6 O; 1JCF A; 3CJ1 A; 2W40 A; 1KAY A; 4BRH A; 3WXL A; 3D7E O; 4BQL A; 2GEL A; 2QXL A; 3MN5 A; 2Q97 A; 4DHY A; 3EKU A; 3B8A X; 2A5X A; 3DXK B; 4DCH A; 3DAW A; 4EFH A; 1GLE G; 4H5W A; 1YUW A; 5BPL A; 1TYQ A; 2GUP A; 2I7N A; 4NO7 A; 4H0V B; 2ZF5 O; 4H5N A; 4I6M B; 3SMS A; 3L6Q A; 2UYT A; 4NB4 A; 3R8E A; 1T6D A; 4CZH A; 2J4R A; 2OAN A; 2NLX A; 5FPE A; 1BOT O; 3D2E A; 2GTD A; 3KHY A; 2NRH A; 3VEW A; 1JCG A; 1S3X A; 5AQR A; 3ENO A; 4K42 A; 3L4I A; 1HX1 A; 1NGB A; 4FOE A; 3VOV A; 4F9O A; 3ZET B; 2E1Z A; 5AQG A; 4AM7 A; 1X9J A; 3SLC A; 2E8A A; 1BDG A; 3FZF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OBW A; 3DLG A; 4KH6 A; 4CZF A; 3OYF A; 3QO9 A; 5KI6 A; 3HPG A; 4JN4 A; 3CET A; 4RW8 A; 3K5M A; 4M42 A; 2XY5 A; 4DQI A; 2O8D B; 4CZE A; 5C24 A; 4KTW A; 3QEW A; 3ENB A; 4DSF A; 2G8K A; 1GLC G; 3ZX0 A; 1S1X A; 1XWL A; 3HM9 A; 4HUF A; 1YT3 A; 3OYL A; 1DLO A; 2AJQ A; 4E7L A; 5J2P A; 4PKG A; 2JGU A; 3EYZ A; 3VQP A; 4K43 A; 2X74 A; 3KD5 E; 1ATN A; 1T3V A; 1Z6R A; 4BG8 A; 3L4Q A; 5BRE A; 4DR3 K; 1NM1 A; 2HF4 A; 3O8M A; 4ID1 A; 3VF2 A; 5JVH L; 2D0P A; 3EY1 A; 4MLH A; 1OH5 A; 1JL2 A; 3ZLJ A; 5KPR A; 3SNN A; 1R0A A; 4JHD B; 3HXM A; 4BR7 A; 1QTM A; 4C23 A; 4OLA A; 2BE2 A; 2PAV A; 3C7N B; 5GIN A; 1U47 A; 3V1O A; 5B8H A; 3C95 A; 3EN9 A; 4KFB A; 3KK3 A; 3RMC A; 4MQ3 A; 4O8U A; 1NJY A; 5C25 A; 1WUA A; 3ZT0 A; 1KD1 O; 3AAQ A; 5ADX H; 1IV0 A; 3MCP A; 2PYJ A; 1A5X A; 4E72 A; 5HL7 L; 3DM2 A; 3EL2 A; 1UWB A; 1QVF M; 4JS5 A; 3VEY A; 3VEZ A; 4DU4 A; 2YJF A; 3NF6 A; 4EAH D; 4O5F A; 3LM2 A; 4FVM A; 1SZ2 A; 3ALY A; 3VEV A; 4RW9 A; 3V9Z A; 2HVH A; 3TPQ A; 1Q81 O; 5M1F A; 1SKW A; 4BY9 C; 1QQC A; 1VRT A; 4DUY K; 3N4Q A; 5JS2 A; 1RTI A; 3FZL A; 1QQM A; 2NRR A; 1TL1 A; 4DLG A; 1WSI A; 4AHT A; 1QS4 A; 4NYF A; 3QNN A; 4K41 A; 3NH0 A; 4LF8 K; 3UE5 A; 1D5A A; 1UOC A; 3T69 A; 5K14 A; 1B9F A; 3JXU A; 3NAE A; 4J2D A; 3AVG A; 4KRE A; 2ASM A; 4JKE A; 2KW4 A; 3LP3 A; 2P9K A; 4FW2 A; 4BVP A; 3BGR A; 3QEP A; 3T1Y K; 1QZ5 A; 4N56 A; 1J5E K; 3LWM A; 4E7I A; 3LWL A; 1VSI A; 2HF3 A; 2W6K A; 3QML A; 1C0M A; 3WUH A; 4JI7 K; 4DV2 K; 4B1Z A; 4OPA A; 3HOT A; 3D2E B; 4IWV A; 2WFB A; 3OS0 A; 3SQ1 A; 1HNW K; 2ITM A; 4KHY A; 3H3O B; 4BDY A; 4CJ4 A; 4EP4 A; 5C2D A; 4WFN L; 3HVT A; 4CJV A; 1TUU A; 1JLF A; 5AQO A; 4BRF A; 2FBX A; 1BIS A; 4DTM A; 4DTR A; 5F2R A; 1YI2 N; 5AZJ A; 3M8R A; 3L2R A; 1ATR A; 1Q9Y A; 4CBX A; 1RT7 A; 4H0P A; 3LPT A; 4E7K A; 3A5O C; 2CH5 A; 5IT9 O; 3VES A; 3WEE A; 4NXN K; 3DOL A; 3UKR A; 2FXU A; 3VF6 A; 4KO0 A; 5I42 A; 4FWL A; 2PYL A; 2XY7 A; 2PZS A; 2HMI A; 4DQ8 A; 1FW6 A; 5FLX O; 3I0S A; 4CEQ A; 1MU2 A; 3TTC A; 3LP0 A; 1VQP N; 4ELT A; 1HUX A; 3TTD A; 5EY4 A; 3QB0 A; 5JIC A; 3L2W A; 4FJX A; 3OTO K; 3ATU A; 3SK3 A; 4Z4H A; 3MX2 A; 3TSQ A; 2G8W A; 4KPY A; 4IO8 A; 5AQQ A; 4L8R B; 1NGA A; 4M3Z A; 4E1J A; 3RMA A; 3MMV A; 4JKA A; 3EE9 A; 4O0J A; 1WN7 A; 1KLM A; 3ZT2 A; 1WLJ A; 4JI1 K; 1YAG A; 3CMA N; 4BR2 A; 1ILY A; 4DV5 K; 3D2F A; 1SUQ A; 2ETJ A; 3AA3 A; 1S72 N; 1S1V A; 4AHS A; 3NH1 A; 3MAQ A; 1M1K O; 4LH5 A; 5DK5 A; 3ZYY X; 3VEX A; 4Y1D A; 1RDW X; 1K8A O; 3P5J A; 3ZSX A; 4DF8 A; 2YX6 A; 1NGH A; 2RHK A; 3AO4 A; 5SWM A; 2HHU A; 3I56 N; 1CZA N; 1NOZ A; 2IS3 A; 1WBD A; 2OYQ A; 1BHL A; 3CXC M; 3DXK A; 4B9T A; 2IVP A; 1I39 A; 5AQK A; 4B9V A; 4C1N I; 4Z0U A; 3SQ0 A; 4B8A B; 3W0L A; 2IOC A; 3ATV A; 2YJE A; 3AVA A; 4AM6 A; 3EE8 A; 2GBZ A; 5HBM A; 3PO4 A; 3TAM A; 4FK4 A; 3T1H K; 4JI6 K; 4LF9 K; 4ZTF A; 4OGC A; 2FSJ A; 5GIP A; 2I5J A; 3RSE B; 2G8F A; 5BRH A; 4CIF A; 5JMV A; 4GV3 A; 4J2E A; 2D5R A; 4X66 K; 3ULD A; 3OJS A; 1JLQ A; 4IO9 L; 1RT3 A; 5EVZ A; 3HPO A; 1IKV A; 1L3S A; 2QEX N; 2A1R A; 1EO1 A; 5BPN A; 3HI0 A; 2ZGY A; 4B9U A; 1MWM A; 2P5G A; 2HW3 A; 4ISE A; 2E6L A; 3CJ7 A; 2NRZ A; 4BDZ A; 1RBT A; 4PKH A; 4K25 A; 1Q86 O; 4EHT A; 1X9W A; 1O1W A; 1LAW A; 1VQ8 N; 4LD0 A; 2YI1 A; 1SL2 A; 4F3T A; 4CGF A; 3FR0 A; 1RTJ A; 3FZM A; 3BDP A; 1FKP A; 3RMB A; 4E3S A; 2XY6 A; 2O8B A; 3H6E A; 4DLE A; 4YNQ A; 1K8K A; 3P83 D; 3ZSO A; 1Q7Y O; 5M1Q A; 5AQP A; 2UXD K; 2XY8 A; 1QQO A; 2QWR A; 4RG8 A; 1ZXO A; 3C6U A; 3A5L C; 2P51 A; 3CCM N; 2Q2R A; 5AQL A; 1X9M A; 3VQ9 A; 4V19 S; 3TWH A; 3AVN A; 3WQT A; 1BGX T; 3C6H A; 1G99 A; 1KFD A; 1W97 L; 3CER A; 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