4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
1LWFA 1JL1A 1VSIA 4CHPA 1EETA 3TI0A 3BDPA 4ELVA 3ZT4A 2X6NA 4LH5A 4WE1A 3KLGA 2D0AA 4EZ9A 1ZBHA 4N41A 4KTWA 4KREA 3HYFA 3LP3A 4NCBA 3OYLA 3LZIA 2D0CA 4L8RB 4E3SA 5K14A 1T03A 4FLZA 4DQSA 3ZSYA 3C94A 4OVLA 3ZSZA 3SZ2A 4KPYA 3K59A 1LV5A 1RBUA 4CGJA 1ZBIA 2E6MA 4F3OA 4Z4EA 1NJYA 2HHXA 3QNNA 3AA5X 1RT2A 1S5JA 1J9AA 1IO2A 1B9DA 1BL3A 4G1QA 4DSIA 1GOAA 1RDAA 1RTJA 2DFHA 4KO0A 4O0JA 4CJFA 4CFDA 3RMCA 4E7LA 1S1TA 1WAFA 4GW6A 1NK0A 3OS1A 1HPZA 4PQUA 2QKBA 2RN2A 3DLRA 3IAYA 4O4GA 3QO9A 4CESA 3K58A 1S1WA 3OS0A 3MECA 1W0HA 3NF8A 4N76A 3HPGA 4OKEA 3K5MA 4Z4CA 2HNDA 3NHGA 3LP2A 3E01A 5JS1A 1IKVA 1UA0A 4PA1A 1UAXA 2B6AA 4AHUA 4ICLA 4DSEA 1NK9A 2HHUA 3NH0A 3OYHA 2IGIA 1ITGA 4B9SA 3AO2A 1NK6A 4CHNA 3SUPA 4DTMA 4Y1DA 4FLWA 2HB5A 3NH1A 2BE2A 2GV9A 4JRQA 2OPRA 1IKWA 4CEQA 4DU4A 3S9HA 1TGOA 1D9FA 5DK5A 4HHTA 2F8SA 3AO5A 1BHLA 2VG5A 1Z25A 4CEBA 3OYCA 3TABA 4DTPA 3AVJA 4I9QA 1J5OA 4KHYA 3KLHA 1S6QA 4LSNA 3PY8A 3D0PA 1XWLA 1Q9YA 3NAEA 1BIZA 3AVMA 3SV4A 3QLHA 2PYJA 2P1JA 4OPJA 2P5OA 4CERA 2BDPA 3WNFA 3OYMA 4W5QA 2HMIA 1BQNA 3LANA 4KAZA 4Z4GA 1SKWA 5JS2A 4KI4A 4CJQA 1Q9XA 3V9SA 4W5NA 3VQ9A 1NKBA 3AVKA 4QAGA 3P1GA 4B9NA 4KHSA 4I9LA 3QEWA 1ZBLA 1TKZA 4OLBA 3VQPA 1TL3A 3S3NA 4FLXA 4Y1CA 4RW6A 3VA3A 4FK2A 1BQMA 1WSIA 3V9ZA 2HVIA 1NOZA 3C6TA 3LALA 4HCCA 3IRXA 3CYMA 5CZ1A 3NGZA 4M41A 1QE1A 1X1PA 4I2PA 3CFOA 3SYZA 3QEPA 4FW1A 3TAMA 1HNVA 2O4GA 3V6DA 4FJ5A 1BGXT 1HRHA 3L2VA 4KRFA 4OPKA 4IFYA 3SCXA 3ZCMA 3ZT2A 1B9FA 4CGGA 3OJSA 1A5VA 4J2DA 4IFVA 1LWEA 3KLIA 4IG0A 3M8PA 3DI6A 1UA1A 4DQIA 3MXIA 1EKEA 1FKOA 2YNIA 3HM9A 3SQ0A 4FJNA 3HO1A 4DQPA 4FJLA 1JLFA 2Z1GA 3NH2A 3CFRA 5CYQA 3NF7A 5C25A 1XC9A 3DRRA 1U45A 1KFDA 1TK5A 3KLEA 3HSTB 3V1OA 3LPTA 4R5PA 1TK8A 4E1MA 3L2UA 3KD5E 4IKFA 4RG8A 1YTAA 4DTSA 1GOBA 3F73A 3AVLA 3MEDA 5KI6A 3LDSA 4DTNA 3A2FA 1YVUA 4OGCA 3VQ8A 2KTQA 4CF1A 2OPQA 2I5JA 4KTQA 3T3FA 3L8BA 4BWJA 4CHOA 4PUOA 1A5XA 1LWCA 1WN7A 1WSGA 4LSLA 4DF8A 1X9MA 3RR7A 4E7IA 4W5OA 3ULDA 4FK4A 3RMBA 4CF0A 3O4QA 4F4KA 3SUNA 4FJHA 3ISNC 3OYAA 4HVJA 4FM2A 4DSFA 4C8KA 3LP1A 4DWIA 2EX3A 4BDZA 1TKXA 2FBVA 4AHSA 1TVRA 3TAGA 4CJPA 3MXMA 2P5GA 4AH9A 3LP0A 3KLFA 3U3YA 2OA8A 4M3YA 4BDPA 4C8OA 4FJGA 5HRPA 4O44A 3OYGA 3O3GA 1S1XA 3L2WA 1LW0A 2WONA 4KTZA 1L3UA 3NGIA 4DSJA 1SL0A 4AHRA 3CM5A 3SQ2A 1UWBA 3PO4A 1C0TA 3DOKA 4CIEA 1TAUA 4OKJA 2ETJA 4KHNA 3DLEA 3PUFA 1NJZA 1QQCA 4HUFA 2G8UA 5T7BA 3V9UA 3ZT3A 4Z4IA 2FBXA 4J2BA 2F96A 1I39A 2GBZA 2HW3A 4KV8A 1HQUA 3NF9A 4O5BA 3ZSOA 3L2RA 4KHUA 4FK0A 1QHTA 4N5SA 3NCIA 1QSLA 1KFSA 4Z0UA 3RMAA 4CHYA 3U3GA 2IAJA 1VSLA 4NYFA 2G8HA 4BWMA 4E7HA 4KKOA 2FBTA 4ID5A 4CJKA 3SQ1A 2QKKA 4FJMA 3QETA 5J1EA 4CFBA 1YTUA 3TWHA 2Z1HA 5CY4A 1HYVA 3O4NA 3THVA 5E41A 1CXUA 3HXMA 4Q0BA 4BE1A 2Q3SA 3WNEA 1TKDA 3LWLA 3V9WA 2HNYA 5HP1A 3VQAA 4E0DA 1JLGA 1SKRA 2YNFA 2JGUA 4CEFA 4KFBA 1ASVA 4HUGA 1ASUA 1DTQA 3OYDA 2DY4A 1WSHA 1NJXA 1NOYA 2R7YA 2HHTA 1S9GA 5EU7A 3DLHA 5FDLA 1UOCA 3DYAA 4CGHA 2Y1JA 4NYNA 4CEOA 1XHZA 1RCHA 4TSXA 4O0IA 3DRPA 3DLKA 4OGEA 3K2PA 4CECA 3OJUA 4H4OA 1SL2A 4B9LA 2ATQA 3WNHA 4FM1A 4JS5A 1U49A 4K8XA 2YNGA 2G8WA 3HT3A 2XRIA 4Z4FA 4K8ZA 2F8TA 3CFPA 2KFNA 4B08A 3VQCA 3CM6A 4CEZA 5KGXA 1CZBA 2AJQA 2IS3A 1JLEA 1C6VA 1VSKA 3V1RA 1ZYQA 5I42A 3AVCA 1KRPA 2KQ2A 4M42A 1JLAA 5HRNA 1D5AA 2OPPA 4IG3A 1CLQA 3BGRA 1VSHA 1WSFA 4DFPA 4F2SA 4QOZB 1L5UA 1KCFA 3M8RA 3QEIA 3SUQA 3OYJA 4AILC 4ZTJA 1U47A 3HK2A 1LAWA 1S1VA 3LPUA 1SKSA 2DFEA 3VQBA 4CJUA 1TK0A 5C42A 2ZQBA 5HROA 4M3TA 2YV0X 1HNIA 2GUIA 3AO4A 1VRTA 3D45A 5J2PA 1NK8A 1RDDA 4NCGA 3CQ8A 2O4IA 3AVNA 4IDKA 5KRSA 4C8LA 3T19A 2HHVA 4M45A 4CEEA 2Z1JA 3M8QA 1LW2A 4DTXA 4C8MA 3KTQA 3V1QA 4HCBA 1BI4A 5KTQA 3QERA 3C95A 3K5LA 2G8IA 3DLBA 1R0AA 4Q5VA 3P83D 1IH7A 3PX6A 4ZHRA 1RILA 2HVHA 1N6QA 3LWMA 4HTUA 4YFUA 1X9SA 3NE6A 4AHTA 4J2AA 1WAJA 1NK7A 1RT7A 3OVNA 3MEGA 4FYDA 1JLCA 3TAFA 3VQ7A 2KZZA 4BE0A 2FBYA 1MU2A 2HNZA 4B8AB 1ASWA 3AVBA 3MEEA 1KVBA 1BI4B 1DLOA 3QNOA 1IKYA 4BE2A 3QESA 1VSFA 3OYEA 3V4IA 1IKXA 3TAQA 4FJKA 4KHQA 3V9XA 3HL8A 4UQGA 1HJRA 1C0MA 1RBRA 1REVA 1ZBUA 2NUBA 4CK3A 3HVRA 4E7KA 4DS5A 4JS4A 1NJWA 1L3SA 4RW7A 3C6UA 1L3TA 1B92A 3ZSWA 4FLUA 4M3ZA 3PX0A 4FJXA 3EY1A 1VRUA 1RBVA 4CHQA 3HPOA 3NBPA 4H4MA 3HP6A 3AVFA 2YHAA 4AHVA 2HHWA 1BCOA 4RW8A 3ZSVA 3QEVA 3OS2A 4LD0A 2D5RA 4FM0A 4ZTFA 1NKCA 4DFJA 1EX4A 2PY5A 4FLVA 3AVIA 3AV9A 2EHGA 4FJIA 4DU3A 5SWMA 1VK0A 2Y1IA 1T8EA 3AVHA 4CEDA 1S1UA 4M3UA 1N5YA 3KKSA 1RT4A 2XY5A 1EXQA 1KLMA 4FXDA 4C8NA 1RNHA 5HRRA 4E7JA 5CYMA 3RWUA 1QTMA 1KVCA 5C24A 1TKTA 4M3XA 2Z1IA 3B6OA 2XHBA 3M8SA 1Y97A 4N56A 3VQQA 4HUEA 4W5TA 1XI1A 3SNNA 4CF8A 1RBTA 4CJRA 1GOCA 2ITGA 3LAMA 3JYTA 4OJRA 5J2NA 3OYIA 3TANA 4CGIA 3ZSRA 1VSJA 3AVGA 1CXQA 5HRSA 4E1NA 3TAPA 4FZZA 3S3MA 2VG7A 1HYSA 1D9DA 1Q8IA 3SI6A 4F2RA 2IOCA 4DQRA 3B6PA 5J2QA 4EP4A 1RBSA 3VA0A 3TARA 3SV3A 4DU1A 4B8CA 3L3UA 4ID1A 2RPIA 3QEXA 3AA2A 4KHWA 4B3OA 4FW2A 1J53A 3ZSXA 4DTRA 1RTIA 2YKNA 1BISA 3VQEA 3OYNA 2XY8A 3G10A 4DFKA 3DM2A 1C1CA 3OYFA 4LY7A 2KFZA 1JL2A 1D8YA 5D3GA 2XO7A 2HHSA 1VSEA 2YHBA 4YNQA 5J2MA 3QIPA 4MFBA 3PV8A 1JLQA 3IS9A 3KK1A 3L2QA 4RW4A 2QK9A 2PZSA 1C1BA 4F3TA 2KZMA 1S9EA 4B9VA 4PWDA 1I3AA 1NK5A 4CFCA 4B9UA 4E19A 3SJJA 3DOLA 3MAQA 4O55A 1FK9A 4B9MA 2QXFA 5KGWA 3NDKA 1KSPA 3NF6A 2VWKA 3VQ6A 3ZT1A 4DTOA 3V81A 3NGYA 3VN5A 3O3HA 1C0UA 3RTVA 3U6FA 4QCLA 2G8KA 1RDCA 1FXXA 4M3WA 2X74A 2OYQA 3DLGA 4EP5A 2E4LA 2X6SA 4CK1A 1HMVA 3KJVA 1QSYA 4FCYA 4DSLA 3AO3A 3KKRA 4DFMA 4F8RA 2DFFA 4ELTA 1U48A 4CJEA 4ELUA 3RMDA 1CZ9A 3NFAA 1RT1A 1YT3A 2XY7A 4I2QA 3I0SA 3PX4A 4H8KA 4KB0A 2DTUA 4FJJA 2HHQA 4DTUA 1TV6A 3SQ4A 1KLNA 1T05A 3VQ4A 4FJ7A 3VQ5A 2A1SA 4FZXC 2G8FA 3OYBA 1S6PA 4CJSA 1BCMA 1WSEA 1X9WA 3SUOA 4CIGA 1SL1A 3HJFA 3IG1A 1C1AA 2LSNA 4CF9A 1TL1A 3K5OA 4IBNA 4CGFA 3OYKA 2OZMA 3UIQA 2ZD1A 4E89A 5SZTA 4CCHA 4OLAA 1L3VA 3LZJA 2RF2A 3WNGA 4AHCA 4M3RA 2IDOA 4DG1A 3I8DA 2RKIA 2BANA 3EZ5A 3TAEA 1G15A 1BIUA 4CF2A 3F9KA 2A1RA 4KB1A 5FRNA 1JXEA 1HQEA 4JRPA 4J2EA 3HPHA 2OPSA 1NKEA 3ASMA 1RDBA 3PO5A 4Z4HA 4CFAA 3T1AA 4CGDA 3ALYA 4CJTA 1U04A 1QS4A 3DMJA 4CJVA 3AA3A 4EZ6A 4FLTA 1LAVA 2B5JA 4DF4A 3QINA 2YKMA 4CEAA 1RT5A 2JLEA 1QSSA 5DMRA 2WOMA 2FC0A 1J54A 2IC3A 4DTJA 1RTHA 4DSKA 4LH4A 3EYZA 3KIOA 3P5JA 4GVMA 3H08A 5HBMA 1RT6A 4W5RA 3AVAA 2P51A 3S3OA 1WNSA 4NCAA 4DLGA 4DS4A 5FROA 4FZYA 1W9HA 1JXBA 3OY9A 4DLEA 3JSMA 1K6YA 3K5NA 1JKHA 4CJ4A 1NK4A 3HVTA 3TR8A 3G0ZA 3ITHA 1VSDA 3KD1E 1U4BA 2X78A 5CZ2A 3K57A 1RT3A 2PYLA 4FJ8A 3VQDA 1HYZA 1VSMA 4XIUA 1SUQA 1Z26A 5I3UA 1EP4A 3CG7A 4RW9A 2XY6A 1DTTA 1F21A 3ZSQA 5KRTA 4PY5A 3ZT0A 4N47A 1IG9A 4FLYA 4CJLA 1A5WA 3HP9A 2ZE2A 4BDYA 1WSJA 5HLFA 4B9TA 1WLJA 1SV5A 4CJ3A 2OZSA 1JLBA 3LAKA 3KK2A 4OKKA 2BGGA 3DRSA 1KTQA 2D0BA 4DQQA 1TAQA 3O3FA 3I0RA 4JLHA 4CIFA 2VWJA 4DMNA 3RR8A 1FKPA 2W42A 4FJ9A 3SPZA 2B4JA 2G8VA 5FRMA 3RRHA 4I7FA 2E6LA 3FFIA 3QIOA 3RRGA 3SPYA 2VG6A 4CJWA 3KK3A 1ZBFA 3AA4A 4FVMA 3MXJA 4CJ5A 3L3VA 1T7PA 4GMJB 2KW4A 1O1WA 1XHXA 3AO1A 4CE9A 4CK2A 4BACA 1RTDA 2YNHA 4CHZA 4KI6A 4MQ3A 1KVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HX1A 3DXKB 1LOTB 4EZ9A 4LH5A 3KLGA 2D0AA 4N41A 2QXLA 5KPZA 4KTWA 4NLBA 2D0CA 4FO0A 5K14A 4OVLA 3K59A 1RBUA 2P9PB 4F3OA 5HOOA 3C65A 4CZIA 1IO2A 4G1QA 5BRHA 1RTJA 4K41A 4O0JA 2DFHA 3MCAB 4KO0A 1TYQB 4I6MA 5IT9O 3AGKA 3J80O 3MN9A 2RN2A 3F9MA 2JWLA 1YAGA 1Q18A 4CESA 3VF2A 3BZCA 3HPGA 3K5MA 3CIPA 4Z4CA 5JS1A 3E01A 4BRMA 4JD2A 1ATRA 4LC9B 2E1YA 2FF3B 4FLWA 3ZETA 3NH1A 3QB0A 1D9FA 1TGOA 2P9IB 2F8SA 3AO5A 1BHLA 3FFKB 3BF1A 3L4QA 4JKDA 2H3GX 1MWMA 4O8UA 3NAEA 1BIZA 3AVMA 3SV4A 3QLHA 2P1JA 4FOIA 5AQXA 3CC7N 4W5QA 4CZLA 3P31A 3LANA 4KAZA 3M1FA 4KI4A 4CJQA 4GY2B 4B9NA 1TKZA 4Y1CA 5A2QO 3V9ZA 2HOEA 3TTDA 3F5TA 2KKZA 5FPEA 1X1PA 4I2PA 3CFOA 3SYZA 4F9OA 3TAMA 1HNVA 4ILGB 5AZIA 4X62K 1BGXT 3FZKA 1OH5A 1KAYA 3CCLN 3ZCMA 4CGGA 3WXMB 4J2DA 4ISFA 1LWEA 1QHAA 3DI6A 4YDUA 4GVEA 3MXIA 2QWQA 2YNIA 1RDUA 3HM9A 3HO1A 4FJLA 3N4QA 3DRRA 2P9NA 5BR8K 1QZ5A 3LPTA 1TK8A 3KD5E 4IKFA 1Y64A 4BR5A 3G71N 4DTSA 4Y0WA 1Q86O 4YOTA 4DR5K 2KTQA 2I5JA 4GV6A 2OANA 1X9MA 4W5OA 4FK4A 3O4QA 2YX6A 4JI4K 2UU9K 3W0LA 2F9TA 4DSFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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