4HNN | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	307
structure length	306
Chain Sequence	SVDDIKSLRLITAIKTPYLPDGRFDLEAYDALVNMQIVDGAEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGGSIKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSLEGLVSHFESVLPMGPTVIYNVPSRTGQDIPPGVIHTVAQSANLAGVECVGNDRIKQYTDNRIVVWSGNDDQCHDAKWDYGATGVISVTSNLIPGLMRQLLFKGKNPSLNAKIMPLVNWLFEEPNPIGLNTALAQLGVVRPVFRLPYVPLPLAKRVEFVNIVKEIGRENFVGEKDVKVLDDDDFILVGRY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	Structural, kinetic and computational investigation of Vitis vinifera DHDPS reveals new insight into the mechanism of lysine-mediated allosteric inhibition. pubmed doi rcsb
source organism	Vitis vinifera
total genus	108
structure length	306
sequence length	307
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-10-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4hnnA00

3DKLA 5LNSA 3P5ZA 2CWNA 5F2IA 1P0NA 3NOEA 4GWEA 4MJZA 1JUKA 2BZNA 1JULA 3UZ5A 1EUNA 1KV8A 1J2WA 1OFQA 1JCMP 1RPXA 2A7NA 1W31A 4GE8A 4GUIA 1LLZA 2AGKA 5D38A 3Q37A 2C19A 4FXRA 1HO4A 4O12A 1TCDA 3W7HA 1H7OA 5J5RA 5SWUA 1VCFA 2BX7A 3DFQA 3A5FA 3TC6A 4DF2A 3M5ZA 3EWUA 4PL2A 4HIBA 1Q3NA 2QF7A 3W7DA 1W5OA 1IXOA 4O57A 1TYGA 4AHPA 2GQ9A 3LBMA 3GXTA 2HMCA 3LTYA 4JYFA 4LS2A 1YTDA 3W1RA 2NXIA 1PHQA 2ZZ6A 4AWSA 3QSRA 1FCUA 1KTBA 4Z0SA 1DJNA 3TW6A 1H63A 5DXXA 7TIMA 2NUYA 3VNDA 1S5VA 1GTHA 3U8GA 3FIGA 1G6CA 2B4GA 2QUUA 4O11A 2YGYA 4OV9A 2VFIA 4AEOA 5KINA 3EWBX 3NQDA 4XTDA 4AF0B 3E49A 4CLMA 3LCIA 1H60A 2PRLA 5DY2A 3E0IA 3DHFA 1KV5A 1W5QA 4N9BA 1JCXA 4Z1CA 4HNVA 1OX4A 3IIOA 3CEPA 3TAOA 4O19A 1X1OA 3SECA 3WK2A 3IGXA 4C1KA 5D02A 3NL5A 2VEMA 2QAPA 3JS3A 4LS0A 4ADUA 3S6DA 1ZAJA 3ZFHA 1DORA 5C54A 3PB0A 3FKKA 4RJEA 1SSDA 3W9ZA 3NQFA 4IXXA 2I14A 3DFNA 3B4UA 3MO7A 4Q33A 1VLWA 3TQVA 3UQNA 2FB2A 1I8JA 3LV5A 5DCBA 3G1XA 3NXFA 3HG5A 1JRCA 3EXTA 1S3HA 5K2ZA 4NZJA 8TIMA 2WKJA 2VEKA 3N34A 2E6AA 3KFTA 1OHLA 3KVLA 3QW3A 3M6YA 4UUIA 4X9SA 5T26A 4WOZA 3W1MA 3T7VA 4JYDA 3WJYA 1RR2A 2J9ZA 1DQXA 1VS1A 3F4WA 2Y61A 3G0SA 5ABTA 1XBXA 1EIXA 3USBA 4UTKA 1FQ0A 1T99A 1Y0EA 4UTWC 4O52A 3TIMA 3B0PA 1I4NA 5HR6A 1GZGA 4GJ1A 1THFD 1RV8A 3ABOA 2OMAA 1U5JA 4X2RA 5D2WA 3PG9A 1QWGA 1KFBA 1WQ5A 4FNQA 4MLRA 4MY1A 2V8ZA 4Y9AA 3IVTA 2VOMA 2G5WA 3NZ1A 1I45A 5D30A 4OWGA 4N9DA 3I68A 3M5YA 1F76A 3LRLA 4NZFA 4NQ1A 4BR1A 3UXDA 3LB0A 5HWMA 4Y8FA 1R2RA 1SO6A 3IRDA 1B4KA 1TJPA 3DZ1A 1OFPA 4MUZA 3QQ1A 1KLYA 1A5SA 2Y89A 3TQKA 1FY6A 2WQPA 1GT8A 3CIWA 3G3DA 5DN1A 3PBVA 3SJ3A 2W6RA 2XN0A 4IMDA 2A21A 3LI1A 2H8XA 1E51A 4MVAA 3EB2A 3B0UX 3HG3A 2CLLA 1QOQA 5LNWA 3E9AA 2NV1A 2QCMA 3W7GA 3QC3A 2Z2UA 4Y6GA 5I3KA 3Q58A 3DENA 5F4WA 1FDYA 3HPZA 4UTMA 3BPWA 4WUIA 1LRTA 3IIPA 4IQLA 1O5XA 3QJAA 3GDKA 3PVFA 6ALDA 1F6KA 2QDGA 1D3HA 4H3DA 4MZ8A 3HMJG 4FNUA 4LT9A 1AW1A 1VH7A 1DJQA 3EXRA 4NNAA 2QR6A 1K8ZA 2EHHA 3G1VA 3E96A 1EP2A 2PRHA 3LRMA 2A1YA 4UTIA 3TK7A 4AB4A 2C14A 2BWGA 4YL2A 2WPBA 5D2VA 3MHUA 2RDUA 1FUYA 4HN4A 4FXSA 3P62A 2JKEA 4OV4A 1DV7A 3O05A 1LROA 3DKJA 1X7FA 3ELFA 3ABQA 1G4PA 4XKYA 3MI2A 3PG8A 4LV9A 1GTEA 3QYQA 2C18A 4DXVA 4UXDA 2ALDA 2Y7EA 2A5HA 3CB8A 4CNNA 3HGOA 2H3BA 2G96A 1OG0A 4NU7A 5D2TA 4UNKA 4OU1A 4QJ1A 1G4EA 3LTPA 5D09A 5G5IA 3L5AA 3E12A 1GYLA 3W1AA 2A6NA 2ZZ5A 2XN1A 4HNTA 3PUDA 2TYSA 4O15A 3C6CA 4O0ZA 3G1HA 2PE4A 3OVPA 2ZZ3A 3S1VA 5MHBA 3UWUA 2E6YA 3EXSA 4QNEA 4PEKA 4JTJA 2ZFAA 4BK9A 2TPSA 1B57A 2QCHA 4UNLA 3CIXA 1TSIA 3S1XA 1KBJA 1MZHA 2WJZA 4ORIA 2YYUA 5HUOA 4UC5A 3CEUA 2DZPA 4A3UA 4LVBA 1N55A 3W75A 4ZMGA 3T44A 4FX6M 1H7WA 3WJXA 4NJGA 4RV8A 4JR5A 2Y7DA 5FF7A 3TU9A 3RFAA 4NXSA 1YPIA 4AF0A 1XDLA 1GOXA 3PS7A 1GWJA 3MP3A 4GUHA 3W1LA 5C2XA 1OYCA 3W7NA 1EWEA 5D05A 4K7YA 3W1UA 3KRZA 5G2WA 2DZUA 4UIOA 3S5NA 4K37A 3UYCA 3SW6A 1BTMA 1OFBA 4TO8A 4O4VA 3UY7A 1ZJIA 1I2QA 3TMLA 1O60A 3G3MA 3A23A 3W72A 4TIMA 1GG1A 4UTLA 5HINA 3BG5A 4FX7A 4W9TA 1F73A 3W71A 1YXCA 3W2KA 1YXYA 1SW0A 3L68A 3P80A 2OT1A 1DL3A 5EA9A 1OFRA 1XI3A 3S42A 1ONRA 4CCCA 1GYNA 4RZ4A 4O1AA 1FWWA 3GAKA 1EX5A 4OQVA 4I7VA 1YLVA 3GDMA 1FDZA 3NQMA 1PE1A 5H2ZA 1P5BA 5KZEA 1WBJA 3B03A 3NQ2A 1W3TA 3L2IA 1KM1A 3CQ0A 1VYRA 4MJMA 3NG3A 3SI9A 5D37A 3W84A 3DBPA 4HNNA 4O4WA 4QM1A 5BW6A 3W74A 5BMWA 3HGJA 4PODA 5K4ZA 1YDVA 4DBEA 3HQ1A 1WDWA 1TRDA 3BVJA 3YPIA 2GVLA 1ICSA 1XL9A 3LX9A 2Y62A 3TDFA 3MYPA 1C29A 4O8RA 1CI1A 4N9CA 4JGDA 3S5ZA 3NA8A 1UASA 2FIQA 3LHZA 1YPFA 1FWSA 2JK2A 1ZFJA 1LORA 2NXGA 3W7PA 2Y63A 2XN2A 3KVKA 3CWNA 4FIQA 1TV5A 3O6CA 2GQ8A 3PBYA 1X8FA 4JXCA 4WQ6A 4PCFA 6TIMA 2Z6IA 2Z1BA 3Q2DA 1WX0A 3LCFA 3M5XA 3OVRA 2X16A 1L9WA 2EPHA 4BF9A 2X30A 3TQ0A 3WJZA 3GAYA 1O94A 3O6DA 2V5BA 4IMEA 3VI2A 3B06A 1W1ZA 4FO4A 1PS9A 2P1FA 4RR4A 1OFDA 3QQ0A 3QMSA 3AO0A 5LGZA 3W7IA 1W54A 1LRNA 2X1RA 2Y70A 1EA0A 1A5AA 3GX9A 4DELA 1QPOA 3CM4A 1L6YA 5DCDA 5GVJA 3LGEA 1KW1A 4B5NA 1EUAA 3WFAA 1WAUA 4IMCA 2KZHA 1V7YA 3L5MA 5HQEA 1L2UA 4GNJA 2DJXA 3GB6A 3N3MA 4S1FA 1G7VA 3SGZA 5G2HA 3C2OA 4Z08A 2J6XA 3BV4A 1MEIA 3CPRA 1ME8A 2E09A 3W7JA 1OK4A 1YTKA 3C0JA 1IXQA 4N4PA 3SIZA 2VFFA 2YW4A 4NUWA 5CSSA 4POCA 4XKYB 3W83A 1VC4A 1Q6LA 4JN6A 1P0KA 4RKAA 3PF3A 4NJJA 3T55A 1TQJA 3L21A 1TB3A 3P67A 4RCXA 3TAKA 3UWZA 4O1BA 4EF8A 4JEQA 2O7SA 5F2GA 1M7OA 1UBSA 3DH7A 2AAMA 4BI6A 1EEPA 1H50A 1R47A 5HUPA 3BLIA 4AAJA 2CLIA 2B7NA 1W0MA 4ICNA 1VRDA 3LCWA 4IMFA 5D2YA 2B0MA 3GVGA 3PAJA 5FEZA 4BFAA 3SY5A 2QAFA 5K3VA 5HWJA 2H3DA 1QO2A 1TMHA 3NAVA 3PUOA 4M6VA 3C4UA 4YCOA 1FWNA 2NUXA 4XZ9A 2WOQA 3W86A 5J5DA 4P2VA 2F84A 2NX9A 1KFKA 5L6UA 1LRQA 3ZS4A 3RF9A 4BWLC 1ZALA 4KFPA 1X6UA 3EX2A 3BG3A 3MJYA 1TRIA 2ATSA 1ZY9A 2ZZ2A 3G24A 4YLWA 3MBDA 5LNVA 3WK3A 3RMJA 2DJLA 3F4NA 4M7TA 3CTLA 3GNDA 4CNPA 2FLIA 5AHFA 3NQVA 3CHVA 4RXFA 1LBLA 2XFWA 5FESA 3WK1A 2E5CA 3UZJA 3TJLA 1V5XA 4S2CA 2FDSA 1J5TA 3C2VA 2UV8G 1QR7A 4UCGA 5AYYA 4OHQA 3R5EA 2Y6ZA 5TIMA 1DQWA 4LS1A 1H51A 4WOQA 5I3FA 4M5PA 1F05A 5E93A 1O5KA 4HT3A 4BI5A 3LLFA 1WA3A 3LCHA 1SO5A 3P61A 4ZQCA 4O53A 2Q3OA 4DO6A 4EWND 1HL2A 3QW4B 1SFJA 3T4CA 2R91A 1HG3A 3G1FA 5CPNA 4QIUA 2ZTJA 3N2XA 1GEQA 2B7OA 2BXVA 5LZLA 4MZ1A 2ZDRA 3EX3A 4HPJA 2D73A 1VCVA 1FCVA 1M7PA 5CPOA 5FI8A 1KM3A 3W70A 4TR9A 4YWIA 3VE7A 3ABSA 4Q32A 2OCZA 3W3OA 2J88A 5LHEA 2FPTA 2RFGA 4FIRA 4UTJA 1I2PA 5I3HA 1L6SA 1EPXA 5AC8A 4JTFA 1SQ7A 1LBMA 1HUVA 3ABRA 1KBIA 4OE7A 4MPQA 2BLEA 4FNRA 2QCFA 2F7FA 1D3GA 2GVGA 1OYBA 4FF7A 4Z1DA 2E1DA 3DFPA 3L5LA 4NXKA 2A4AA 2W0UA 1YDOA 3EWWA 3VKJA 4LUJA 3W1NA 1H7PA 2GVJA 3UXAA 2QUVA 4LVGA 3WJSA 4QITA 4L4MA 4IGHA 1G7UA 1GVOA 2ZRZA 2ZZ1A 4IPIA 3WK0A 2VC6A 4IUOA 4JTSA 4S2BA 1SZEA 3I6RA 3M16A 4DF1A 2ATMA 4UR7A 1A5CA 2VELA 1KM6A 1LBFA 4JNMA 3N73A 4U4MA 1NAL1 4MIMA 3OIXA 3PB2A 1QOPA 3Q94A 3QPZA 4RZ5A 5FF4A 4JTTA 2Y85A 3SSJA 1LLWA 1I2NA 4A29A 1CW2A 1K7XA 4O16A 5AC7A 3LRKA 4D2JA 5KITA 4RXGA 1DBTA 5BRBA 1ME7A 4Q4KA 3S5OA 4CQ9A 1VGAA 2V2HA 1H1YA 3LCXA 3R13A 4O54A 5KTLA 3GNNA 4E38A 3ATYA 3U2OA 1TPUA 3EWXA 2CZFA 1T96A 4O10A 4O28A 1JJKA 1F2JA 1GVSA 2J27A 4ZQNA 1ML1A 3PC0A 1TJRA 2WNZA 3LLDA 3IVUA 4TU1A 5BOOA 4H6KA 3HPSA 3MMTA 3M41A 2OT0A 4JY9A 4BI7A 3U6WA 3W7OA 2DZSA 1KFLA 1GVFA 4NX0A 2J9YA 5BNKA 3UY8A 4MYXA 3I7SA 3JR2A 2WSQA 4NT0A 4UMBA 1P1XA 4O1DA 1KA9F 3F03K 4PL1A 1EP1A 3LDVA 4JX6A 1QAPA 3GXPA 1XCFA 3IGSA 2YPIA 1XUUA 4JTKA 2QCDA 2H90A 2QJGA 4AHQA 3O8AA 5IBXA 5DELA 5C6MA 1HO1A 3NQ8A 2QCLA 2V81A 1LTDA 4K6AA 2ZCGA 3O06A 3M47A 2NV2A 3BLEA 2YDAA 3HGRA 3W2JA 4FNSA 5DXYA 3W7CA 4E2BA 2BTMA 4ZQRA 2CU0A 1OABA 4GUGA 5AYZA 5EBUA 5AYXA 1F5ZA 3UPWA 1TPC1 1K3UA 5A8GA 3LHTA 1NFBA 3PWAA 2OZ0A 3MP5A 1WV2A 1Z48A 3W2MA 4R7JA 1SW3A 5AHIA 3AJXA 3KX6A 5G2IA 2C13A 1MXSA 5L9FA 3UWVA 3NYZA 2YYTA 5F4XA 3TC7A 1MEHA 1QPNA 1TPEA 3STCA 3G8EA 3BW3A 3HO8A 3M1ZA 3P84A 4HPXA 2HSAA 3TNOA 2GQAA 1AMKA 1AG1O 1OFOA 3NPUA 3CWOX 4LNYA 2FJKA 3W2LA 1XC4A 4MYAA 5AFDA 4HNUA 3W87A 4LW7A 4RX0A 1O95A 4LV4A 3STGA 3TMQA 4LVFA 3V75A 4K39A 1NF7A 2C3ZA 3LHVA 3NEVA 1SUXA 3MP4A 4JTEA 2E5BA 1Q6RA 3LOTA 1OX6A 2B7QA 3V1PA 2GJNA 3QH2A 4FHAA 2NX3A 2LLEA 3NPWA 1W56A 2V9DA 2O7QA 1TV7A 3I7QA 4UTTA 3NNTA 3HF3A 1WYIA 1RQHA 3TXVA 1QCWA 2TSYA 4QSHA 5EY5A 1FDJA 3QSTA 4DPQA 2ZRYA 3B8DA 1FXPA 1XM3A 4CCEA 1EWDA 3FYOA 4UFHA 1JUBA 2H8ZA 4A2SA 1WXJA 3LCGA 1XXXA 3LXBA 1SSGA 5EYWA 3W7KA 1VJIA 3NL3A 2R94A 3W2NA 5AB3A 2X1SA 4LVDA 1OJXA 5CPMA 2B7PA 2JKPA 3STFA 5AOUA 2BSLA 5LHFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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