The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Protein hfq
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| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
14
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HXD A; 5GAN 5; 1MGQ A; 3RKX A; 2DEQ A; 1KQ1 A; 1WNL A; 3RKY A; 1JRI A; 2E1H A; 3HFO A; 5CAI A; 5GAO l; 4C8Q B; 4C92 C; 1I8F A; 3HFN A; 4M77 D; 2RM4 A; 4PJO F; 4DQ2 A; 2EAY A; 4J6Y A; 4PJO G; 4XU0 A; 1X01 A; 4F7U B; 4C92 D; 4X9C A; 1I81 A; 4C8Q E; 5GAM d; 3JCM d; 2HNI A; 5GAO q; 3FIF A; 4M7A A; 1D3B A; 2EJG A; 2RD1 A; 4M75 C; 2E64 A; 4EMG A; 4M7D F; 4F7U E; 1H64 1; 4M7D G; 2YLC A; 4MML A; 1YCY A; 3JCM c; 2EJF A; 3V7C A; 2DTH A; 1U1T A; 1TH7 A; 4C8Q C; 5I21 A; 4XTX A; 3JCM h; 4Y91 A; 2E65 A; 5GMK e; 5LJ5 g; 1Y96 A; 5GMK j; 4M7D A; 3SB2 A; 2ZGW A; 1WPY A; 5GAM j; 1LOJ A; 4C8Q D; 3JCM Q; 4RCB A; 3V7S A; 4JRK A; 1I4K 1; 3L1A A; 4XQ3 A; 5DY9 A; 2YHT A; 4EMK B; 1M5Q 1; 3BY7 A; 3RKW A; 1U1S A; 2DTO A; 3JB9 I; 4M75 A; 4JLI A; 2DZ9 A; 5LJ3 f; 3SWN A; 5GAN f; 3JCM W; 3JCM P; 4M78 A; 3QSU A; 4M7A F; 4M7A G; 5GAN 4; 4M77 F; 4M77 G; 4N0A A; 5LJ3 g; 4OP0 A; 5GAN e; 1B34 B; 5GAN g; 4PJO E; 3V8K A; 5GAN 2; 3JCM J; 3FB9 A; 5GAN 3; 4C92 G; 2FYK A; 3FJP A; 4HT8 A; 3HSB A; 3JB9 F; 4M77 A; 3JB9 G; 4XTY A; 4EMK C; 4JRI A; 1BIA A; 1LNX A; 5GAO r; 3QHS A; 4A53 A; 5LJ5 f; 4V2S A; 3RIR A; 4X9D A; 2RB6 A; 5GMK h; 5GAN 7; 4C92 A; 5GAM h; 5GMK m; 5GAO n; 4M75 F; 5LJ5 e; 4M75 G; 2VC8 A; 3PGG A; 3GIB A; 3AHU A; 4PJO D; 4J5Y A; 4M78 F; 2EJ9 A; 2YLB A; 4XTU A; 4M78 G; 3V7R A; 1N9R A; 5GAN d; 5GAO p; 4J6X A; 4EMH A; 4C8Q G; 4A54 A; 4XU2 A; 4XTW A; 2VXF A; 4XTZ A; 4M7A B; 1D3B B; 3RER A; 3BDU A; 4PJO B; 3JCM V; 4F7U F; 4F7U G; 2DXU A; 2K57 A; 4C8Q A; 5LJ3 e; 4HT9 A; 3V8L A; 5LJ3 j; 2JN0 A; 4RCC A; 2E10 A; 5LJ5 d; 5GAN j; 4M7A E; 4C92 F; 1Y96 B; 4MMK A; 4M7D B; 4F7U A; 2FB7 A; 1LJO A; 1KQ2 A; 1N9S A; 3RES A; 2DTI A; 3QO3 A; 3BFM A; 4NL3 A; 1WQ7 A; 4M7D E; 4JUV A; 1JBM A; 4M7A C; 4WF2 A; 4PJO C; 5LJ5 h; 3INZ A; 3JB9 J; 2RA2 A; 3SWN B; 4QVD A; 5GAN 6; 4M78 B; 5LJ5 j; 3JCM b; 5LJ3 d; 4M7A D; 3JB9 H; 2I2L A; 2DKG A; 3VU3 C; 3EFS A; 4M75 E; 4QVC A; 4XU3 A; 4C8Q F; 5GAN 8; 4M7D C; 4PNO A; 4NOY A; 4M78 E; 1BIB A; 1WQW A; 4NL2 A; 2Y90 A; 4EMK A; 2DXT A; 4M77 B; 4XTV A; 3RUX A; 3EFR A; 5LJ3 h; 3BW1 A; 5GAN h; 3JB9 D; 5GMK l; 4M7D D; 4PJO A; 3M4G A; 4C92 B; 2DZC A; 4J6W A; 3SWN C; 2EWN A; 2VXE A; 4M78 C; 3V8J A; 3JCM X; 4M77 E; 5GAO m; 5GAM f; 2E41 A; 2DVE A; 3JCM f; 1I5L A; 1B34 A; 3QUI A; 4M75 D; 3L2Z A; 4N0A C; 4XU1 A; 2QTX A; 4C92 E; 4M78 D; 5GAM g; 5GAM e; 5GMK i; 3JCM g; 3JCM e; 2DJZ A; 1HK9 A; 1M8V A; 4HA8 A; 4M75 B; 2CGH A; 4M77 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DEQ A; 2QQ9 A; 2NUT A; 3CCR T; 1JRI A; 5IN1 A; 4PLI A; 1QP2 A; 1YI2 T; 2GBQ A; 3LWI A; 4N4I A; 3P8B B; 1RAC B; 3JAM E; 3LH5 A; 3R6O A; 3G71 A; 2EKO A; 2LT1 A; 1QP3 A; 1BCO A; 1VQM T; 3WVE B; 1H92 A; 5IH2 A; 4E7Z A; 2AZS A; 2F5K A; 4OMO A; 3BDL A; 2DJQ A; 1JJ2 P; 1G3Y A; 1X43 A; 1KK7 A; 1OOT A; 3CMA T; 1YJW A; 3PVL A; 5GAN e; 1GBQ A; 2V8I A; 4J9D A; 5FRN A; 1M4Z A; 1NLO C; 4OGC A; 2KT1 A; 4A4H A; 4X1V A; 2MAM A; 5DLQ E; 1X2Q A; 4A53 A; 1Q82 C; 1VQ5 T; 3F70 A; 1TTH B; 1NJI R; 2DIG A; 3MP8 A; 4M78 G; 1M30 A; 2P84 A; 3U23 A; 4PJO B; 4M7A B; 4WCI A; 1AZE A; 3VS5 A; 1YWP A; 2DXU A; 5IXF A; 2PTK A; 2YRC A; 4MDW A; 1V76 A; 1RAB B; 1GFD A; 4E7H A; 2LJ0 A; 1BI0 A; 2FB7 A; 2NUP A; 1YHQ Q; 2E70 A; 3QG1 A; 3BFM A; 4Z02 A; 4DEY A; 3KUF A; 1VQP Q; 2LCC A; 3M53 A; 4BD3 A; 2RK1 A; 2DAQ A; 1I0C A; 5FWC A; 4C0G A; 1UJY A; 1JJ2 S; 3E9G A; 3TEE A; 2YUO A; 3GP8 A; 2BE9 B; 3OYF A; 2RH2 A; 3V8J A; 2L8D A; 3CEY A; 5FU7 B; 2XD0 A; 2H3E B; 2DL5 A; 1QCO A; 1X2K A; 3M58 A; 4BB7 A; 1M9S A; 2DBK A; 2CH4 A; 2MCN A; 1AVZ C; 2ZPE B; 2C0I A; 1MV3 A; 4RTX A; 2RJD A; 3CXC P; 2CZ7 B; 4PFZ A; 3ASK A; 4J9C A; 4ZNX A; 3X25 B; 2YDL A; 1D3B A; 2E64 A; 4M7D G; 1GCP A; 2FVU A; 2DE0 X; 1TSF A; 3KBG A; 1VYT A; 1B07 A; 3G71 Q; 1K1Z A; 1M2V B; 1YHQ T; 1TU0 B; 4OB0 B; 1PKS A; 3SHW A; 1UDL A; 5LJ3 g; 1PCX A; 2E3H A; 4LNP A; 3L42 A; 1I1J A; 1PC0 A; 4QVZ A; 3GF5 A; 4FU6 A; 2KVQ G; 3GNG A; 1YJW Q; 2G3R A; 3CCE T; 5LJ5 e; 2VC8 A; 1GBR A; 1E6H A; 3OYL A; 1JB0 E; 3NFC A; 1PSF A; 2EJ9 A; 1RLP C; 2WAC A; 5KYY B; 3MEU A; 4QT7 A; 5CKE A; 2ATC B; 3OYB A; 2YXY A; 4JJN K; 1OPK A; 4F7U G; 3CCQ A; 3CXC S; 2ESW A; 2E6Z A; 3M59 A; 2BUD A; 1FMW A; 2LZ6 B; 4WF2 A; 2AIR B; 4IUP A; 1K9M R; 4QVD A; 1K9A A; 2QQB A; 2HAX A; 2I2L A; 2GFU A; 3EG1 A; 1K4U S; 4E7L A; 1NPR A; 1WZO A; 3QII A; 2A28 A; 2KYB A; 5LJ3 h; 3G71 T; 2QA4 A; 1K73 R; 1GRI A; 3EAE A; 3SWN C; 4M77 E; 2MPX C; 4J9B A; 4L6V 5; 2FEI A; 2QTX A; 1QVF S; 4C92 E; 4AG2 C; 1VQ4 Q; 3OBY A; 3CCV A; 3MKD A; 1MGQ A; 2MF2 A; 2PVO B; 3RKY A; 1IRE B; 1YJW T; 2IG0 A; 2KMT A; 2K5L A; 2CSI A; 3M4Y A; 1NBE B; 4C8Q E; 4BDY A; 5J26 A; 3J81 E; 2LCL A; 3CME A; 3TRE A; 2EJF A; 4LD9 K; 1E6G A; 2MOX A; 4MZT A; 1M27 C; 5GAM j; 3OW2 A; 1UUE A; 1QVP A; 2BZ8 A; 3EGD A; 4M7A G; 2F2X A; 1KD1 U; 2VUB A; 2PUO B; 3JV3 A; 4Y28 E; 1B34 B; 2K7A A; 4RG2 A; 5CQY A; 2L3Q A; 2ED0 A; 2KSS A; 2RK2 A; 2LCS A; 2CRE A; 1G8X A; 4M77 A; 1UHF A; 1BIA A; 3HHT B; 6AT1 B; 2JUF A; 1OYX A; 2PNI A; 2RB6 A; 4OMM A; 4C92 A; 1BCM A; 1M1G A; 3NGP A; 3OYI A; 1YFN A; 1XOV A; 3AHU A; 1GFC A; 2NWM A; 4XU2 A; 4XTW A; 2OTJ A; 2GTO A; 2DEU A; 2P4R A; 5D6W A; 4C8Q A; 1UHC A; 2W0Z A; 4ESR A; 1NM7 A; 4A4K A; 3QO3 A; 4AT1 B; 2P0Q A; 1F1B B; 2RA2 A; 3CCQ Q; 3OYM A; 5GAN 6; 3EFO A; 3VS6 A; 3I5S A; 2HL3 A; 1V29 B; 4XU3 A; 3QYH B; 1BIB A; 1VQ6 A; 2JMA A; 4FL6 A; 1SKU B; 1ZA2 B; 2EYX A; 1B3Q A; 2X35 A; 3GBQ A; 1HSQ A; 1MHN A; 1WYX A; 3CCS A; 2CDT A; 2EWN A; 3OYN A; 4M78 C; 2JJ9 A; 3NHN A; 5M9O A; 1HYO A; 1UG1 A; 2W10 A; 2ZPG B; 1ZBJ A; 2L89 A; 5CVI A; 3LWH A; 1I81 A; 4O5V A; 4J7I A; 2LX7 A; 2WSE E; 2XIC A; 5GAO q; 3OS5 A; 3UDC A; 2FPE A; 2LNV A; 9ATC B; 2CP0 A; 3REB B; 1AWW A; 3PIP A; 1V1C A; 1TUC A; 1TWB A; 3OSS C; 4LDV A; 3CME Q; 3M9Q A; 3CCQ T; 5GAN g; 4RTW A; 3HP9 A; 4PJO E; 1BI1 A; 3JCM J; 3ZBD A; 5GAN 3; 1KQS P; 2A36 A; 3H6Z A; 1IZ6 A; 1ZUY A; 1W4S A; 4V2S A; 1VQ9 A; 2G6F X; 4QW2 A; 1ZSG A; 3MEV A; 3GIB A; 5GAO p; 3H41 A; 1Q82 R; 2O9S A; 1CKB A; 1VQL A; 3X24 B; 3JSC A; 2XDD A; 4IUR A; 2QA4 T; 4AFS C; 3GNF B; 5AYF A; 3ZL7 C; 2FL7 A; 5LJ3 e; 1YBY A; 4HT9 A; 1MMA A; 1WGS A; 4RG8 A; 4C92 F; 1BI3 A; 4E7K A; 2OTJ Q; 2XHC A; 4JUV A; 3CCV T; 1VQM A; 3JB9 J; 1KIK A; 1EZZ B; 4J9F A; 1KC8 U; 1IGU A; 1MMN A; 1MMD A; 3L2R A; 4C8Q F; 1WHH A; 5GAN h; 3GPL A; 3CME T; 4PJO A; 1LCK A; 5GJV B; 2RJE A; 2DZC A; 2QGG A; 1QCN A; 2MWO A; 4OMF B; 3EG3 A; 3CCS Q; 1HJD A; 4LN2 A; 1HXD A; 1Y0M A; 5CAI A; 4M77 D; 2JTF A; 4LDX A; 4C92 D; 2K6D A; 3O5Z A; 3Q1J A; 2FZG B; 1AHJ B; 4Z88 A; 4EMG A; 1ZSZ B; 1OUL A; 2K3X A; 3M0Q A; 3DLL A; 1WDX A; 1XNI A; 1K8A U; 1Q86 U; 8AT1 B; 4OF1 A; 4C8Q D; 1S72 A; 3LGF A; 4B9W A; 3JCM Q; 5DY9 A; 4Z8A A; 2O01 E; 2OTJ T; 2ZPB B; 2D0Q B; 2HQX A; 2DYI A; 2A3L A; 2QTV A; 2FZC B; 3VS3 A; 1JQQ A; 4JZ3 A; 1RAD B; 4M75 G; 4XAX B; 2B8A A; 1BK2 A; 2FPD A; 1IHV A; 2YUN A; 2JW4 A; 2HBW A; 1VQ6 T; 2EQM A; 2ABL A; 3CCS T; 4A4F A; 2E5Q A; 4A63 B; 2QQA A; 4M7D B; 1VQL Q; 1MND A; 1S1N A; 1KQ2 A; 3SEM A; 1GXI E; 4PJO C; 1Q81 U; 4M7A C; 2K5F A; 3QZ5 B; 3CBM A; 4FYV B; 3M5A A; 4OB3 B; 2RQT A; 2QQS A; 2PU9 B; 4IIM A; 4L5G A; 5GAN 8; 4PNO A; 3TCJ A; 1UGS B; 2V1R A; 1KD1 C; 2DXT A; 3REA B; 1UGP B; 5KYY A; 3HL8 A; 1VYV A; 2LJ3 A; 2EYQ A; 4J6W A; 1VQP A; 1W6X A; 4E2F B; 2EQU A; 4KH1 B; 2AZV A; 2V26 A; 2HD0 A; 4FYW B; 5D6Y A; 4HVU A; 4YTL A; 1QKX A; 4JJD A; 4E6R A; 5DLO A; 1QCF A; 3M0P A; 4PJO F; 5FU7 C; 1RI9 A; 1U5S A; 4F7U B; 2FHD A; 2JT4 A; 4A4G A; 4AFZ C; 2RI3 A; 2KK4 A; 2CYZ B; 2EJG A; 2BKD N; 3L2V A; 3PMT A; 1VQ9 T; 4IUU A; 3V7C A; 2DBM A; 3EGX B; 3VRZ A; 4XTX A; 3JCM h; 2QAS A; 4FW1 A; 2AHJ B; 5KYU B; 1FMK A; 2EGE A; 1VQL T; 4JRK A; 3L1A A; 1CSK A; 4EMK B; 2KDS A; 5DM7 R; 4JLI A; 2DMO A; 5I2S A; 1S72 Q; 4PJN A; 4J9E A; 3C0C A; 1CKA A; 3FB9 A; 4PFP A; 4HVV A; 1QWE A; 2DL3 A; 2YRD A; 5GMK h; 2D8H A; 2JXB A; 5GMK m; 3UT1 A; 3NTI A; 4GBQ A; 4JRP A; 3AT1 B; 4PJO D; 5GAN d; 4XTU A; 3UPU A; 2LNH B; 4BY6 B; 2FO0 A; 2MI6 A; 2DK3 A; 3A8M B; 1SHF A; 1NEG A; 2CT4 A; 1X6B A; 2E10 A; 5KE3 A; 1YCS B; 2EGC A; 2ROL A; 5FW9 A; 1NG2 A; 3MCA B; 1OZ3 A; 1RL2 A; 1Y07 A; 1OU9 A; 3JB9 H; 3ULR B; 1SRM A; 5A2Q E; 1WHJ A; 2RNA A; 4XTV A; 4JZ4 A; 3A8L B; 1I5L A; 3E19 A; 5GAM e; 5GMK i; 1S72 T; 1HK9 A; 1KFZ A; 5HY6 A; 5FLX E; 3RKX A; 5KYW A; 1WHK A; 1M3C A; 5GAO l; 2KT8 A; 2EFI A; 3G7Z A; 1WIE A; 2GNC A; 1KHC A; 2EQI A; 5IHN A; 4F16 A; 1VQ4 A; 1NLP C; 3VV0 A; 1H64 1; 2RJF A; 3JCM c; 2CH4 W; 2CUB A; 5KH6 A; 2LQW A; 3EG9 A; 1YIJ Q; 2JNG A; 2HZY A; 3SB2 A; 2DD5 A; 2ENM A; 1KC8 C; 2DD4 A; 4XQ3 A; 2DYB A; 2O2O A; 1TUG B; 3SWN A; 3JCM P; 1WHL A; 1RAH B; 4IUT A; 2FG0 A; 4M77 G; 3EHQ A; 3I35 A; 4C5H A; 2KGT A; 4IUQ A; 5KYN A; 3VRY A; 4C92 G; 1OV3 A; 2VGM A; 2OTL A; 1R8O B; 2WSC E; 2BZY A; 2X4J A; 1OQK A; 2CP7 A; 1VIE A; 2GF7 A; 2QQR A; 3EG2 A; 2O4X A; 4C8Q G; 2DA9 A; 2VV5 A; 3PTA A; 1VQP T; 2YSQ A; 5LJ5 d; 2JVV A; 2E3I A; 2F1L A; 2EQK A; 1QVF P; 2F2W A; 3RR6 A; 1K8A C; 1Q86 C; 4VUB A; 4IUV A; 1Q95 G; 2LT4 A; 3PT9 A; 2EYW A; 4N4G A; 3JCM b; 1WXB A; 1VUB A; 4C0D B; 4QVC A; 4M78 E; 4NL2 A; 4BDZ A; 4LDY A; 3LH0 A; 1PD0 A; 2A0F B; 2OAU A; 4DOV A; 1OU8 A; 2VXE A; 2CP2 A; 2KEA A; 1PRM C; 3L2Z A; 4PL6 A; 4ZTF A; 4LD6 A; 4O6J A; 3JCM e; 4KGV B; 4HA8 A; 2CGH A; 4BI8 B; 5GAN 5; 3OS1 A; 1K73 U; 2E1H A; 3HFN A; 2FRY A; 3VS0 A; 3H0H A; 4HCB A; 1RAI B; 4RMO A; 3OS0 A; 1Z9Z A; 4AFQ C; 2HMA A; 4CC2 A; 5FRM A; 1AWJ A; 2DTH A; 3EG0 A; 5GMK e; 1Q81 C; 4FT4 A; 2DL4 A; 2P0P A; 3CPF A; 2DXB A; 1I4K 1; 3DLM A; 2AKL A; 2YHT A; 5LJ3 f; 4M78 A; 1E7O A; 2D6F A; 3OYY A; 5CKH A; 3QPH A; 3OYJ A; 1LPL A; 3FJP A; 4HT8 A; 3UA6 A; 3JB9 G; 2NUZ A; 1Q7Y U; 4M4Z A; 5HK3 A; 1ZSZ A; 1N5Z A; 4GY5 A; 5GAO n; 3SDZ A; 1OI1 A; 4D8D A; 1FWZ A; 2OTL Q; 3A98 A; 2J6F A; 3JCM V; 3HKS A; 4QKU A; 1TOV A; 1TUD A; 2RHU A; 3S3N A; 4JDS A; 2DL7 A; 2ZPH B; 4ANJ A; 2QAZ A; 2QXF A; 3VS1 A; 4PJM A; 3RES A; 1QQJ A; 3MP6 A; 2M02 A; 3CCU A; 2A7Y A; 1T3L A; 4JS4 A; 1PWT A; 2XI9 A; 1M1F A; 1SF9 A; 2XMF A; 3RDV A; 3CC2 A; 1A0N B; 1SHG A; 3M0S A; 2EVR A; 3C4S A; 3SFM A; 1WQW A; 1WJQ A; 4EIK A; 3I56 A; 5L23 A; 1VQ4 T; 5GMK l; 2D8J A; 1UJ0 A; 3NPF A; 3JCM X; 1KD1 R; 2DET A; 2DVE A; 1VQK Q; 4D8K A; 4N0A C; 3ER0 A; 2LP5 A; 4UC4 A; 1BB9 A; 1U3O A; 3ZFJ A; 5IXB A; 1H8K A; 4M75 B; 1KJW A; 1LVK A; 1SPK A; 5KCH A; 4KUD K; 1K76 A; 4HCK A; 2CZ1 B; 3OYE A; 2HSP A; 2COY A; 5FU6 B; 2OTL T; 3I9Q A; 2YLC A; 2X9H A; 3BE3 A; 1TH7 A; 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