4HTUA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4htuA00
3TR8A 4CFBA 1C0TA 2HNYA 4O55A 4PQUA 3H08A 2VG6A 2RPIA 1NK9A 3SI6A 1JLCA 4OVLA 3L3VA 3S3OA 4I2PA 4ICLA 2ITGA 4OGEA 3NFAA 4M3RA 3LWLA 4FJIA 1JLQA 3ZSRA 4E7HA 2VWJA 3PO5A 2ZQBA 4IKFA 4HUGA 4FXDA 3B6OA 3S9HA 4FZXC 4TSXA 5FDLA 1QS4A 1RILA 3ISNC 3OYAA 2A1RA 4DSKA 4CHPA 4DU1A 4FJLA 3WNFA 1DTTA 3QO9A 4H8KA 2KFZA 2HNZA 3KLHA 1TKXA 1WN7A 4LH5A 2XHBA 4FLYA 3AA4A 4NYNA 3PO4A 4DS4A 1VK0A 3ZT1A 3VN5A 4DTNA 3NGYA 1R0AA 1IKXA 2D0BA 3KK2A 2KFNA 1S1WA 4DU3A 3ULDA 3KD5E 1RTHA 1NK0A 4NCBA 2G8IA 3V9ZA 3OYKA 4EZ9A 4PUOA 1ZBUA 4ZHRA 1X9SA 4N41A 5HRSA 3NH2A 4HCCA 4E0DA 2B6AA 2QXFA 4C8NA 1T05A 4H4OA 3ITHA 4CHZA 1RT7A 2VWKA 3T3FA 3D0PA 1RBSA 1S9EA 3O3FA 1ZYQA 1LAVA 2RN2A 4CJUA 4CCHA 1TVRA 4CEFA 5KI6A 1JXEA 3RR8A 3TAMA 4IDKA 1KLMA 3RTVA 1SV5A 1SKWA 3SQ1A 4CFAA 1NK6A 2HHXA 3ZSVA 1XC9A 4DWIA 4CJTA 3DRSA 4J2EA 3EZ5A 4KHSA 3ASMA 2FC0A 2YV0X 3RR7A 4FCYA 4I7FA 1SL0A 3L8BA 2G8FA 1D9DA 3M8SA 2QKKA 1WSHA 4CEOA 3HPGA 4FJ5A 2RKIA 2YNGA 2ZE2A 1VSMA 4DFPA 1X9MA 4K8XA 4J2BA 2WONA 5EU7A 3K5MA 3ALYA 5HLFA 2DY4A 1N5YA 3RRGA 2KZMA 3HPOA 1JL2A 1VRUA 1NKCA 4FJNA 5DK5A 4E7LA 4N76A 3NBPA 3UIQA 4CF1A 3OYHA 4GVMA 3BGRA 3F9KA 1SUQA 4CE9A 1LAWA 3D45A 4M3XA 3VQQA 2P5OA 4FYDA 4F8RA 3ZSXA 4OKKA 3V9SA 1J5OA 4DQPA 1JLEA 4HVJA 2O4IA 1RT5A 5JS2A 3AO4A 4DSIA 3AVKA 1VSJA 1ASUA 4JS4A 4I9LA 4EP4A 2HHQA 3SZ2A 1CZBA 1L3VA 4DU4A 1NJWA 3VA3A 4CF2A 3L3UA 4AHVA 3LP1A 4GW6A 1S1UA 1FK9A 1VSEA 3BDPA 4DTPA 3LP3A 5J1EA 4CESA 2IAJA 1T8EA 1RDDA 3AO1A 4CJVA 2YKNA 3DLGA 3MEEA 4GMJB 2XY6A 4C8KA 2A1SA 4K8ZA 1HQEA 3CFPA 4DQSA 2HHTA 2IS3A 2Y1JA 3M8RA 1J9AA 2GBZA 2O4GA 3O3HA 1IKVA 3JSMA 1HYVA 1RBRA 4G1QA 1RTJA 2OPRA 2HVIA 1KVAA 2JLEA 1WSGA 3SNNA 1BQMA 3DI6A 4OPJA 4HUFA 5HRNA 3NAEA 5CYMA 4H4MA 4CEQA 1TL1A 4Z4CA 4FJMA 2XO7A 3AVIA 1JL1A 3AVAA 4BE2A 1IO2A 4RW8A 4KV8A 4DS5A 5SZTA 2P51A 1WLJA 4KRFA 1C1BA 2EX3A 3OS0A 1WSEA 3V9XA 3THVA 4BDZA 2BGGA 1BCOA 4FLTA 1CZ9A 1U4BA 4QOZB 3QNOA 5HROA 2HHWA 3SJJA 1RDCA 3VQPA 2KQ2A 3HYFA 3EYZA 3FFIA 3V1OA 4RG8A 1TKDA 1HYZA 3HK2A 4KREA 1XI1A 1C0MA 3AA5X 1C0UA 4R5PA 2Q3SA 4W5TA 5E41A 4Z4FA 1X1PA 3AO5A 1HNVA 5KGXA 3S3NA 4HCBA 4DF8A 1JLBA 5I3UA 2HB5A 4LSNA 5J2NA 4KPYA 3PX4A 3IRXA 1TK0A 4B9MA 1SKRA 3PX0A 3ZT2A 3LAMA 1D5AA 2OZMA 1QHTA 4AH9A 1Q9XA 4FM1A 1ZBFA 1KFSA 4FLXA 3SCXA 3LPTA 1Q9YA 4EP5A 1EX4A 3DLHA 3LWMA 4Z4EA 4Z0UA 3NGIA 3VQ9A 2IDOA 4CJ4A 3ZT0A 4C8MA 2G8VA 1A5VA 4QAGA 2GV9A 3ZT4A 3OYCA 4E7JA 3DLKA 3OYLA 3VQ7A 3TANA 3DRRA 2E6LA 2GUIA 2XY7A 1A5WA 4Z4HA 2ETJA 4OLAA 1CXUA 3KIOA 2ZD1A 3OJSA 1RNHA 3TABA 1QE1A 2P5GA 4ELVA 1N6QA 2DFFA 4B9TA 1RT2A 3KKSA 3QNNA 1S5JA 2F96A 2WOMA 4CHYA 3V9UA 4FJKA 4KTZA 4CECA 4CGJA 1BHLA 4FJHA 1Z26A 4FJXA 2AJQA 4KTQA 4E1NA 3AA2A 3QIPA 5FROA 3ZSOA 3KJVA 2HHVA 3T1AA 4FK0A 4W5RA 3LANA 4M3UA 1NOZA 4B9NA 4DTMA 4PWDA 2G8KA 2HMIA 4FK2A 1YTAA 4F2RA 2B5JA 4I9QA 4DF4A 1ZBHA 1JLGA 3G10A 2IC3A 3AV9A 5KTQA 1NK5A 4DFJA 2I5JA 4B8AB 4XIUA 4EZ6A 4M42A 3RWUA 4M41A 3QIOA 3NHGA 3WNEA 1L5UA 4F4KA 4CJ5A 2VG5A 4W5NA 3OYDA 1WNSA 3NF6A 2Z1IA 3HP9A 3CG7A 4OPKA 3KLFA 1DTQA 2KW4A 3KLGA 4CGHA 2XY5A 4CGFA 5J2MA 2OPPA 4FVMA 1LWFA 4DQQA 1NJZA 1RT1A 1RT3A 1S6QA 4B9SA 1YTUA 4FW1A 1KRPA 3CM5A 3O4QA 1VSKA 2YNHA 3KTQA 4KHYA 4DSEA 5J2QA 4CJLA 1WSFA 3HJFA 4OKJA 1U48A 2G8WA 3IG1A 4CF9A 2PZSA 1B9DA 1LWEA 1HQUA 1RCHA 3IS9A 1UA1A 1B9FA 4OGCA 1IG9A 4QCLA 4FW2A 1CXQA 4MQ3A 4O0JA 2Z1GA 3HVTA 4B08A 4KB1A 3JYTA 3PY8A 4M3ZA 1BI4A 2B4JA 4ID5A 4AHCA 4IFYA 3OS2A 2PY5A 1RTIA 3LAKA 1ITGA 1XWLA 1IKYA 3HPHA 4ZTFA 2KZZA 4NYFA 1HNIA 1DLOA 4IG0A 3VQ4A 3C95A 4E19A 4F3TA 1F21A 2E6MA 3HXMA 4BE0A 4Q0BA 4E1MA 3AVFA 1FKPA 4WE1A 3ZSWA 3QESA 3QERA 4ELUA 4KB0A 3QEWA 3HO1A 4CIEA 1S1VA 2X78A 3K5OA 1UAXA 4RW4A 3OYBA 3L2RA 4DTRA 3NDKA 4N47A 3AA3A 1EXQA 3MXJA 4CEAA 3LZJA 4KHWA 5DMRA 4O0IA 3TAEA 5HP1A 5HRRA 3OYEA 3CQ8A 3ZCMA 4PA1A 4KKOA 3K58A 4CJ3A 1QSSA 3VQDA 4KAZA 3SQ2A 1VSDA 3SYZA 2BE2A 1NOYA 2NUBA 2RF2A 4OJRA 3O4NA 5D3GA 1CLQA 3AVBA 3V1RA 4Z4IA 3PX6A 2YKMA 1UOCA 4I2QA 3ZSYA 4DQIA 5KGWA 4N5SA 3TAQA 1QSYA 1TGOA 3ZT3A 4B9LA 3MXMA 3AVJA 1LW0A 2Z1JA 4OLBA 3VQ5A 4KHUA 1S6PA 4FLWA 1S1TA 5C25A 4E89A 4B9UA 3KK3A 1GOAA 5HBMA 1L3UA 1KFDA 3I0SA 4OKEA 1UWBA 1NK8A 4F2SA 4FZYA 2HHSA 3RMAA 1TAUA 1QQCA 3VQCA 1FXXA 2OPSA 3K5NA 4AHRA 1GOCA 3AO2A 4CGIA 4FM0A 1G15A 1K6YA 3RMBA 1VRTA 4DSJA 1KCFA 4M45A 4CJPA 3L2UA 4DFKA 3AO3A 3KLIA 5K14A 3QEPA 4O4GA 3MAQA 3I8DA 4IG3A 5SWMA 3OS1A 4F3OA 3K5LA 2VG7A 4FLZA 4E7KA 4KI6A 3CM6A 4C8OA 1RBVA 3SUNA 3AVHA 1TKZA 1EP4A 2OA8A 4RW7A 1KVCA 4ZTJA 4BDPA 1Q8IA 3V4IA 3SQ0A 1RBUA 4J2DA 3ZSQA 1HYSA 3V6DA 2FBYA 1JXBA 3AVGA 1RDAA 2XRIA 3I0RA 1EETA 1ZBLA 4JS5A 1U49A 3NGZA 4JRQA 3HSTB 4CJKA 1A5XA 3AVCA 4CFDA 3TAPA 3QETA 4C8LA 3SUPA 1VSLA 1TK5A 2X6SA 1C6VA 1MU2A 3ZSZA 5HRPA 3V81A 3G0ZA 1UA0A 4ELTA 2HVHA 1GOBA 3O3GA 3MEGA 4FM2A 1YT3A 1EKEA 4CGDA 4CK1A 3AVLA 3HT3A 4DTJA 3K2PA 3NH0A 2F8TA 1RBTA 3SPYA 3K59A 4LY7A 3P5JA 3NCIA 1NK4A 2R7YA 3RRHA 2QK9A 1KLNA 4DSLA 1VSIA 3SUOA 1B92A 4B3OA 4E7IA 5I42A 1WAJA 3A2FA 3AVMA 1IH7A 3OVNA 4DTSA 1NK7A 4M3TA 2G8UA 2KTQA 3M8PA 1Y97A 2DFEA 3TARA 1X9WA 2HHUA 5C24A 4CERA 2X6NA 4LH4A 1LV5A 4MFBA 3NH1A 4DLEA 3EY1A 1BI4B 2DTUA 4KI4A 4N56A 5CY4A 1JLAA 1W9HA 2D0AA 3P83D 3KK1A 3TWHA 2XY8A 3WNGA 1BISA 3LP2A 3S3MA 3NE6A 1WSIA 3RMDA 1TV6A 5J2PA 4CEBA 3DOKA 3KKRA 5CYQA 1HJRA 1S9GA 4CHQA 4W5OA 2YNIA 4HHTA 4DQRA 3NF7A 4FJ7A 4FZZA 5JS1A 4JLHA 1D9FA 5CZ1A 4BE1A 3DRPA 3V9WA 3TAGA 3VA0A 1NKEA 1O1WA 3L2WA 3SV3A 4CF0A 2OZSA 4BDYA 4BACA 3VQ6A 4IFVA 4PY5A 1I3AA 1RT4A 3HL8A 4CJSA 4CEZA 4DFMA 3C6TA 3OJUA 3TI0A 3K57A 1C1CA 3HP6A 2EHGA 4CHNA 2IGIA 4BWMA 4CHOA 2W42A 1ASWA 4DMNA 3P1GA 4CJRA 3SPZA 4LSLA 4M3WA 1BIUA 3TAFA 4NCAA 3B6PA 1BGXT 4CJWA 5C42A 4B8CA 3KLEA 1ZBIA 1SKSA 3DOLA 4L8RB 1JKHA 4DG1A 4RW6A 4JRPA 1D8YA 1QSLA 4Z4GA 1T03A 4DTXA 1RT6A 3LP0A 4NCGA 2Y1IA 1C1AA 3SQ4A 3RMCA 1VSFA 3MECA 4YFUA 4LD0A 3MXIA 4FJ9A 3IAYA 2YHAA 1KVBA 4CEEA 4DLGA 1XHZA 3MEDA 1WAFA 4DSFA 4CIFA 3DMJA 4KTWA 3OYNA 3OYIA 3LDSA 3U3YA 3KD1E 4FK4A 5FRNA 4E3SA 1TKTA 3SUQA 3CFRA 1J53A 3E01A 3NF9A 1JLFA 1BCMA 4CJFA 4M3YA 1HRHA 5KRSA 3F73A 4B9VA 3U3GA 5CZ2A 2Z1HA 2BANA 4DTUA 4AILC 1HPZA 2D5RA 3V1QA 3LZIA 1S1XA 1U04A 1RTDA 1W0HA 1J54A 4Y1CA 1U45A 1NKBA 3DYAA 3SV4A 1YVUA 4DTOA 2HNDA 3VQBA 4J2AA 3OYMA 2DFHA 3OYFA 3VQEA 4ID1A 4CFCA 1REVA 4FLUA 3OY9A 3VQAA 1L3SA 4CK3A 1QTMA 2ATQA 5KRTA 4CGGA 2FBXA 3DLBA 2F8SA 3C94A 3OYGA 3OYJA 1BL3A 3LALA 5T7BA 2FBTA 4AHTA 3HVRA 4HTUA 1LWCA 1TAQA 3QEXA 1SL1A 2E4LA 1ASVA 3WNHA 4FJ8A 1WSJA 3DLEA 4KO0A 1XHXA 5FRMA 1BIZA 4CF8A 1HMVA 4YNQA 1VSHA 3QEIA 4O5BA 4CJQA 1TK8A 3PUFA 4O44A 1I39A 3U6FA 3NF8A 2D0CA 4HUEA 1BQNA 1NJYA 2P1JA 4AHUA 4RW9A 4AHSA 3HM9A 4CK2A 1U47A 1NJXA 3VQ8A 3CYMA 4IBNA 3PV8A 1T7PA 3DM2A 2QKBA 3QLHA 4KFBA 3QEVA 1LW2A 1KTQA 3C6UA 3DLRA 2YHBA 2IOCA 4KHNA 3L2QA 1RDBA 4W5QA 1FKOA 2LSNA 4CEDA 2YNFA 4FLVA 1SL2A 1L3TA 3CFOA 2BDPA 2OYQA 1KSPA 3L2VA 2HW3A 1IKWA 3QINA 4CIGA 4FJJA 2X74A 4Y1DA 2OPQA 3LPUA 2G8HA 3M8QA 4Q5VA 2PYLA 4CJEA 4FJGA 1Z25A 2JGUA 2PYJA 4BWJA 2FBVA 1TL3A 4KHQA 3AVNA 4UQGA 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0TA 2O8BB 3H08A 2VG6A 1NK9A 2VQFK 5JVGL 3S3OA 4BRMA 3LWLA 4OGEA 5CE3A 1VQ8N 5AQXA 4E7HA 1Z6RA 3PO5A 1NJIO 4IKFA 2KHOA 3K0SA 3VF4A 3ISNC 3MCAB 2NLXA 5JVHL 3TU5A 1HPMA 2HNZA 1WN7A 4IDHA 2GX9A 4I6MB 2D0BA 5AQMA 1CZAN 2G8IA 1ZBUA 2OTJN 5HRSA 1KAXA 4HCCA 2B6AA 2W41A 1T05A 5AQZA 4H4OA 5GIOA 3WEEA 5GIPA 3CCEN 4JI4K 1S9EA 2IIRA 1ZYQA 3ZETB 3RR8A 1KLMA 4FWSA 3NVMA 4BVOA 4CFAA 4DWIA 2BH1A 3H1QA 4KH6A 2FC0A 3RR7A 2G8FA 5BRFA 4OO1J 3HPGA 1WUAA 1T6CA 1V4SA 5HLFA 4JI1K 5FLXO 1NKCA 5DK5A 4E7LA 4N76A 3THYB 3OBWA 3UIQA 4CF1A 3RSEB 1LAWA 3D45A 4FWRA 3DXKA 4DR1K 3ZSXA 5JS2A 4JS4A 3ATVA 3VA3A 4AHVA 3OBYA 5AZJB 4IFEA 2O8CA 3LP3A 5BREA 5J1EA 4CESA 2IAJA 1RDDA 3AO1A 3Q7CA 2HHTA 5TKYA 3O3HA 3JSMA 1RBRA 2NRZA 4G1QA 3UE5A 3UKUB 1SAZA 3SNNA 4GNIA 5CYMA 4H4MA 3TTDA 1XMQK 4BGBA 4Z4CA 4BE2A 5BPLA 2A41A 4KRFA 3OS0A 1WSEA 3V9XA 3C6HA 1CZ9A 2A42A 4LC9B 3AY9A 3V1OA 4LF6K 1JJ2M 3HK2A 1HYZA 3MN9A 1C0UA 3S41A 3CC4N 4R5PA 4MO5A 4W5TA 4Z4FA 2YJFA 3S3NA 3G4SN 3ID6A 3WEEB 4KPYA 3DLLL 3MX5A 3LAMA 4H5TA 4AH9A 1NGIA 4AM6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C0T A;  2O8B B;  3H08 A;  2VG6 A;  1NK9 A;  2VQF K;  5JVG L;  3S3O A;  4BRM A;  3LWL A;  4OGE A;  5CE3 A;  1VQ8 N;  5AQX A;  4E7H A;  1Z6R A;  3PO5 A;  1NJI O;  4IKF A;  2KHO A;  3K0S A;  3VF4 A;  3ISN C;  3MCA B;  2NLX A;  5JVH L;  3TU5 A;  1HPM A;  2HNZ A;  1WN7 A;  4IDH A;  2GX9 A;  4I6M B;  2D0B A;  5AQM A;  1CZA N;  2G8I A;  1ZBU A;  2OTJ N;  5HRS A;  1KAX A;  4HCC A;  2B6A A;  2W41 A;  1T05 A;  5AQZ A;  4H4O A;  5GIO A;  3WEE A;  5GIP A;  3CCE N;  4JI4 K;  1S9E A;  2IIR A;  1ZYQ A;  3ZET B;  3RR8 A;  1KLM A;  4FWS A;  3NVM A;  4BVO A;  4CFA A;  4DWI A;  2BH1 A;  3H1Q A;  4KH6 A;  2FC0 A;  3RR7 A;  2G8F A;  5BRF A;  4OO1 J;  3HPG A;  1WUA A;  1T6C A;  1V4S A;  5HLF A;  4JI1 K;  5FLX O;  1NKC A;  5DK5 A;  4E7L A;  4N76 A;  3THY B;  3OBW A;  3UIQ A;  4CF1 A;  3RSE B;  1LAW A;  3D45 A;  4FWR A;  3DXK A;  4DR1 K;  3ZSX A;  5JS2 A;  4JS4 A;  3ATV A;  3VA3 A;  4AHV A;  3OBY A;  5AZJ B;  4IFE A;  2O8C A;  3LP3 A;  5BRE A;  5J1E A;  4CES A;  2IAJ A;  1RDD A;  3AO1 A;  3Q7C A;  2HHT A;  5TKY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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