4HUEA

Structure of 5-chlorouracil modified g:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hueA00
2O4GA 5J2MA 3NDKA 3T1AA 3DRPA 4G1QA 1DTTA 4CJVA 5KGXA 1QQCA 3LALA 3WNEA 4DLEA 2OZSA 1LWEA 3DOKA 2PZSA 2HHWA 4B9UA 3O3GA 3PO5A 3ZT1A 4FXDA 3WNFA 3OYJA 4DLGA 1WSHA 2D0AA 3SUQA 4CJRA 1VRTA 4FJGA 1KLMA 4E7JA 4DU3A 4GMJB 3V9WA 2E6LA 4ICLA 1C0TA 2RKIA 4DU4A 3K5NA 3AA2A 1BISA 2B6AA 1UAXA 1ZBFA 3QESA 3RMBA 3V1QA 4KPYA 1JL2A 4CF0A 5HP1A 1U49A 4J2AA 2OYQA 4W5NA 1ASUA 4CGGA 1KVAA 3UIQA 1EP4A 3KK1A 1S6QA 1BHLA 4K8ZA 4AHCA 4M3ZA 3QEVA 2XY6A 1NK8A 4C8KA 4B9MA 2I5JA 3AVGA 3K5LA 3DLRA 3MECA 4RW9A 4M42A 4OVLA 2QK9A 4CECA 1KCFA 4DSLA 4E89A 2G8VA 3BDPA 4Z4GA 2JGUA 4DSJA 1RDAA 1BI4B 1JLGA 1TK5A 2HVHA 3NF8A 4DS5A 1TK8A 4CHPA 2KFZA 1RT6A 2BGGA 2ETJA 1JLBA 3O3HA 4I2QA 4CHZA 4YFUA 4Q5VA 1LAWA 4Z4HA 3HVRA 2P5GA 4N41A 1RT2A 1IKYA 4PWDA 3CFRA 4CHNA 2ZE2A 1BCOA 3OS0A 1IKVA 1TKZA 2X6NA 4RW6A 3LP2A 3TAPA 1FXXA 5KRTA 4F4KA 4HUEA 3ZSVA 4AHVA 4BDZA 3SV4A 4DTMA 5J2NA 4O44A 4DTPA 4DF8A 1JL1A 4FJLA 4CESA 2EHGA 3NHGA 1RT5A 1S9GA 3QLHA 1Q9YA 4KO0A 1JLQA 2HNZA 3NH2A 4DSIA 4C8NA 4W5RA 3NGYA 3V9XA 2Y1JA 2PYLA 1NK0A 4KHWA 2ZQBA 4M3YA 1VSMA 3L2UA 1VSFA 3EY1A 4I7FA 1DLOA 1YVUA 3PO4A 2IDOA 3AO1A 1B9FA 1HNVA 4CJ5A 3SYZA 3JSMA 4B8AB 1B9DA 2Z1JA 3QNOA 4ID5A 2HHQA 4OLAA 3VA3A 3AO5A 1JLCA 4XIUA 1QTMA 3M8QA 4FZZA 3DRSA 1N5YA 1ZBLA 2DY4A 3QETA 4ELVA 4CFBA 2HMIA 2XY5A 1L3SA 1J54A 4LSLA 3S3NA 3HK2A 1TK0A 1IH7A 4M41A 4DF4A 1K6YA 4KHNA 2YKMA 1KSPA 3VQPA 4ID1A 1QS4A 2FC0A 2HHTA 3C95A 3HPHA 4OJRA 5I42A 1QSLA 1JLAA 3SCXA 1VSEA 2IS3A 5CYQA 3V4IA 1S1WA 3AO4A 1WSJA 4DU1A 2PY5A 4M3WA 4DQPA 1C6VA 3MEGA 4W5QA 2R7YA 3V6DA 3THVA 3RWUA 1SV5A 4B9SA 3K59A 2YNHA 4F2RA 1A5VA 4QOZB 1O1WA 3SQ0A 1JLFA 4DTOA 4E0DA 4FJIA 1U45A 2YNFA 1LW0A 3DM2A 4AH9A 2A1RA 4M3UA 4M3TA 4KI6A 5SWMA 4B9TA 1RDCA 3T3FA 3LP1A 4O4GA 4DTUA 1RTIA 4DTRA 4DFJA 3IAYA 3F9KA 5HRNA 3TAFA 2OA8A 4HUFA 1QSYA 4Y1DA 1JLEA 2WONA 3ALYA 1R0AA 4CJWA 4KTQA 3LANA 1RT7A 2YNGA 4AHTA 5CYMA 3CG7A 4BWJA 1J53A 1YT3A 4KV8A 3RRGA 3B6OA 1T05A 3CYMA 3U3GA 2HVIA 3AVNA 1QHTA 2F8SA 3NF7A 3KD5E 3RRHA 4MFBA 1X9MA 1BL3A 3JYTA 1Q9XA 5K14A 3TAQA 4O5BA 2PYJA 4WE1A 3OYEA 1LWFA 1D8YA 1RILA 3IS9A 4O55A 2DFHA 3QEIA 1SKRA 1S1TA 4OKKA 4CCHA 2BANA 3O3FA 2GUIA 4CGHA 3OYCA 2HNDA 1BIUA 3AVIA 2VWJA 4NCBA 1VRUA 2O4IA 4GW6A 4FM0A 4B9LA 3S3OA 2QKKA 1L3TA 1FKOA 4N76A 1KVBA 3AVMA 3V9UA 3VQ5A 2Z1IA 1GOCA 4RW4A 5FRMA 4JS5A 3TI0A 3TAEA 4M45A 3OYBA 5HLFA 3S3MA 3AVKA 4FJNA 4PUOA 1ASWA 4QAGA 4CEQA 3OJUA 3AVFA 4EP4A 4DTSA 1KRPA 2FBXA 3L3UA 5HBMA 1NKBA 1C1AA 4JRPA 2IOCA 4FCYA 4KI4A 4PY5A 3OYDA 3AO3A 3KTQA 1UOCA 3NAEA 4RW8A 3CM6A 1Q8IA 1C1CA 2VG7A 4I9QA 1NKEA 4MQ3A 3SJJA 1GOBA 4Z4EA 1Z26A 1HQUA 3ZCMA 3OVNA 3E01A 4KHSA 1RDBA 4B8CA 5E41A 4IG3A 5KRSA 4AHSA 4CJFA 4FJMA 1BCMA 1I39A 2YKNA 3AA3A 4I2PA 3OY9A 4E7LA 3ZSWA 3OYIA 4F3OA 3SQ4A 4ELUA 4LSNA 1RBUA 3MEDA 1L3VA 4EP5A 3HXMA 3SQ1A 4OGCA 4Y1CA 1VSIA 1S9EA 1WSFA 2YV0X 4M3RA 2WOMA 2XHBA 3ISNC 4LD0A 3ZSXA 2AJQA 3SPZA 5EU7A 1HPZA 3QIPA 2B4JA 2FBTA 1NJZA 5JS1A 3DI6A 3RMAA 4FVMA 3ZSRA 4OPKA 3TABA 1TAUA 4FJ5A 1U48A 3KKRA 4E7IA 1WSEA 4NCAA 4RW7A 2ZD1A 3D45A 1T8EA 4FLYA 4CJ4A 3VQAA 4N5SA 4KHYA 4CFDA 1EX4A 1KFSA 4FW2A 1HMVA 3OYFA 4B3OA 1KVCA 4W5OA 2XRIA 3VQCA 3NBPA 3MXIA 1XC9A 3V9ZA 4CJSA 4EZ6A 3AA5X 2G8IA 4CIFA 1Y97A 3L8BA 2G8UA 3PX0A 3NFAA 4O0JA 3TAMA 4E19A 3DYAA 4IBNA 1YTAA 3V81A 1VSDA 4CJQA 1TL1A 3RR7A 2QKBA 4CF9A 1CXUA 1SL0A 4J2BA 2HB5A 4AHUA 3KLFA 3KK2A 1WAJA 4E7HA 4FW1A 1NK9A 1IKWA 4CHYA 4DFMA 1EXQA 4CHQA 4F2SA 3ZT0A 5J2QA 4E3SA 4CF1A 1DTQA 1QSSA 4FJHA 3VQ6A 1SL2A 2DTUA 1BIZA 2KZMA 5I3UA 3AVHA 4UQGA 4KRFA 4B9NA 4E1NA 2DFFA 3CM5A 3NH0A 4NYNA 3NGIA 3RMCA 3OYHA 3HPOA 3P5JA 1XHZA 1KLNA 4NCGA 2Z1HA 3OYAA 2RF2A 4JRQA 2YHBA 4HHTA 2D0BA 3KLHA 1D9FA 4LY7A 2KW4A 4DTNA 5FRNA 1HJRA 2X78A 1LW2A 1VSKA 4PA1A 3OS2A 1XWLA 3BGRA 1SL1A 4YNQA 4J2EA 1VK0A 4KHUA 4DSFA 3C6UA 3RR8A 1NK4A 3U6FA 4BDYA 4CEAA 1RBTA 3LP3A 4BWMA 4E7KA 3DLGA 3HT3A 5HRSA 4CEBA 3MXJA 1VSHA 2GV9A 3KKSA 3K5MA 3LZIA 1NOZA 1TGOA 5C25A 2Q3SA 4DSKA 1S1XA 2HHVA 1HNIA 3CFPA 1LV5A 1CXQA 4CEEA 1RBVA 1F21A 3M8PA 1X9SA 1WN7A 1J9AA 5CZ2A 2F96A 3LP0A 4H8KA 4HUGA 3OYLA 3D0PA 4CJ3A 4FJJA 2OZMA 3QIOA 4IDKA 1W0HA 4I9LA 3LWMA 3ZT2A 4BACA 3SNNA 1T03A 3S9HA 3HL8A 3CFOA 1HQEA 5JS2A 1HYSA 3MAQA 4HVJA 2VG5A 2KQ2A 5FDLA 4RG8A 4CF2A 3M8SA 4FLWA 1TKDA 2D0CA 2KZZA 5CZ1A 2RPIA 5KGWA 3ZSYA 3DLEA 3AVAA 1WNSA 5KTQA 1BGXT 2B5JA 2G8KA 4CJPA 4CJLA 1A5XA 4Z4CA 2HW3A 3DOLA 3K5OA 2HHUA 5HROA 3ZSQA 2E6MA 4Z4IA 4CJUA 4ZTJA 3F73A 1ZBIA 2IC3A 1RCHA 5DK5A 4DG1A 3MEEA 3ULDA 1SKWA 1RTDA 2F8TA 4C8LA 4CFAA 3NF6A 1XI1A 1J5OA 4OLBA 3VQBA 4CERA 3HM9A 3V1RA 1IG9A 3VN5A 2OPQA 2E4LA 4CHOA 3QINA 3DLHA 1RDDA 2FBYA 2EX3A 5T7BA 4TSXA 3VQ8A 3HSTB 3TWHA 1TL3A 4OKEA 4CGFA 3L2RA 3SPYA 2P51A 2XY7A 1SKSA 2JLEA 2VG6A 2BDPA 4IKFA 4ZHRA 4C8MA 3HP6A 4H4MA 5J1EA 4FK0A 3EYZA 1TKTA 4OKJA 4L8RB 4CGIA 3AVJA 2A1SA 3PUFA 3PY8A 3NGZA 1U4BA 4KAZA 3B6PA 3LDSA 3VQQA 1HRHA 3C6TA 3KLEA 1NK6A 1FKPA 3KD1E 3PX4A 4DS4A 1RTHA 4DTJA 4KTWA 3OYKA 1NK7A 1WLJA 3L3VA 4GVMA 3HPGA 4CIEA 2G8HA 3L2WA 1NJXA 4Z0UA 4CK1A 4CK3A 3QNNA 3AVLA 3NH1A 1TKXA 2ITGA 2XY8A 5C24A 1LAVA 3QO9A 3L2QA 3ASMA 2NUBA 1C1BA 3AO2A 4JLHA 2BE2A 4Q0BA 4CFCA 3PV8A 3QEPA 2P5OA 3HJFA 3VQEA 2X6SA 3P1GA 4IFYA 3ZT4A 4FZYA 1RNHA 2IAJA 1ITGA 5J2PA 2G8WA 2QXFA 5DMRA 3KIOA 1WSIA 4CK2A 1G15A 4KTZA 2X74A 2KTQA 1CZBA 3G0ZA 3KLGA 4IFVA 3H08A 4CJTA 1N6QA 3V1OA 2OPPA 1U04A 3HP9A 3DLBA 3NF9A 5FROA 3A2FA 3ZSOA 4DWIA 4KHQA 1EKEA 2IGIA 4FLUA 3MXMA 2Y1IA 4FJXA 3RTVA 3TR8A 4FJ9A 1HYVA 3DLKA 3LAKA 4CE9A 1BQNA 3NE6A 4FJ8A 1B92A 1MU2A 3O4QA 3KJVA 3KK3A 3SUNA 4CJEA 4ELTA 4KB1A 2HHSA 5HRPA 1RBRA 4NYFA 3P83D 1D9DA 3VQ7A 3EZ5A 4BDPA 1RT4A 1X1PA 3FFIA 3OJSA 3K58A 1NJWA 2HHXA 3T19A 1SUQA 4JS4A 4AILC 1UA1A 1L3UA 4CF8A 4LH5A 3LPTA 3VQDA 3C94A 3RMDA 3OS1A 2GBZA 1T7PA 4F8RA 4HCCA 4DQIA 1A5WA 4CEZA 3QERA 1S1UA 1ZYQA 4IG0A 4FJKA 4K8XA 1BQMA 3ITHA 3AVBA 1NOYA 3WNGA 1JXEA 1RT1A 4DFKA 3OYGA 3IG1A 2LSNA 4LH4A 4BE1A 4CGJA 2KFNA 3ZSZA 3HVTA 5HRRA 3AVCA 3WNHA 1S1VA 2DFEA 1L5UA 3G10A 2YHAA 4W5TA 4BE2A 1WSGA 4FZXC 3LAMA 1JKHA 4DSEA 4C8OA 1VSLA 3QEWA 1WAFA 3SI6A 3HYFA 4DQQA 3M8RA 2YNIA 4DFPA 4BE0A 4FM1A 4CEDA 4DQSA 1YTUA 4F3TA 2OPRA 4FLXA 3AA4A 3QEXA 4HCBA 1NKCA 2OPSA 3K2PA 3HO1A 4DQRA 3SUPA 1CLQA 3CQ8A 2P1JA 1D5AA 1ZBHA 1ZBUA 1NJYA 3AV9A 2D5RA 1ASVA 2RN2A 4CJKA 3O4NA 4OPJA 3TANA 1XHXA 1RTJA 3LWLA 3LZJA 3I8DA 1IO2A 1JXBA 4OGEA 3VA0A 4FK4A 2G8FA 3VQ4A 1RBSA 3LPUA 1Z25A 4J2DA 1S6PA 4DMNA 1QE1A 1LWCA 3TAGA 3K57A 5D3GA 4CEOA 1VSJA 1TAQA 4R5PA 3L2VA 2Z1GA 5C42A 3NCIA 1I3AA 4N47A 4ZTFA 4M3XA 4KFBA 4FLTA 4FJ7A 3DRRA 1KTQA 4DTXA 4PQUA 4QCLA 3SV3A 5CY4A 3TARA 3DMJA 4N56A 4FK2A 3IRXA 4E1MA 4FLZA 4FYDA 2XO7A 1C0MA 1FK9A 4FLVA 1HYZA 1UA0A 3I0RA 1GOAA 4H4OA 4O0IA 4KREA 4AHRA 3SQ2A 3SUOA 3OYNA 2ATQA 2HNYA 4KB0A 4Z4FA 3U3YA 4HTUA 1X9WA 2W42A 1REVA 1TV6A 4FM2A 5KI6A 4CGDA 1W9HA 1NK5A 4B9VA 4KKOA 2FBVA 4CEFA 1S5JA 1C0UA 1UWBA 3VQ9A 3SZ2A 1EETA 1KFDA 1BI4A 2VWKA 3KLIA 3I0SA 1RT3A 4B08A 3PX6A 1U47A 4EZ9A 3ZT3A 3V9SA 4CIGA 1CZ9A 1TVRA 5SZTA 1IKXA 3OYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR2K 3NDKA 3DRPA 4G1QA 1BUPA 1V4SA 4JKFA 3ZEUB 1YF5L 3PO5A 4BG8A 2QM1A 2D1KA 1WSHA 2D0AA 3GL1A 2UUCK 4CJRA 4E7JA 1P8ZA 4BRFA 1C0TA 4FSVA 1BISA 2Q0RA 3H3OB 4KPYA 1JL2A 5HP1A 4J2AA 3UIQA 1EP4A 5KQDA 4AHCA 3CCUN 1NGGA 2V7YA 2P9PB 4BREA 4C8KA 5BREA 4B9MA 5AQNA 3ENOA 2QK9A 4DSJA 1JLGA 1TK5A 2HVHA 3GDQA 1RT6A 2BGGA 2ETJA 1JLBA 2RHKA 4CHZA 4U67L 4Q5VA 1RT2A 3CFRA 1IKVA 2X6NA 4YORA 3RSEA 1N34K 5BN8A 4JKBA 2HNZA 3NH2A 4DSIA 3L2UA 1HNVA 3U9ZA 4JKEA 4B8AB 4ID5A 2ASMA 4XH1A 4BR5A 3KWGA 5LY3A 2FF6A 3AO5A 3FR0A 3GE1A 2O8DA 2PFUA 5AQLA 4LSLA 3S3NA 1LOTB 4M41A 1K6YA 2YKMA 1KSPA 1QS4A 5DM7L 4BR4A 2D4WA 3HPHA 1VSEA 3L0QA 3AO4A 1WSJA 2R7YA 3CD6N 2NRVA 2YNHA 4E0DA 4DTOA 2WFBA 3C65A 4AH9A 4EHTA 2A1RA 1T44A 3L4IA 4M7XA 4KI6A 5SWMA 3BF1A 3T3FA 3LP1A 1NGHA 4PKGA 4QS7A 3F9KA 4BRLA 3U9DA 4WQ4A 2OA8A 1RDUA 4Y1DA 1JLEA 3ALYA 2W40A 3LANA 1RT7A 4FOEA 2YNGA 3J8AA 4DKWA 4AHTA 4JI3K 1YT3A 4R79A 3U3GA 2HVIA 2F8SA 3FLCO 3KD5E 1T6DA 4H0VB 4BQZA 4WE1A 1LWFA 5BRFA 3QEIA 1S1TA 4OKKA 4CCHA 3O9SA 3D7EO 4CGHA 2VWJA 3ZX0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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