4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
1EP4A 3SUQA 3OYIA 2HHUA 2QK9A 4CK2A 2XY6A 2G8KA 3AVJA 4JS5A 1UA0A 2OPSA 3OYFA 3LANA 1DLOA 4H4OA 4KTZA 3V6DA 4CEFA 1WLJA 1Q9YA 3V9ZA 2A1SA 3ZT1A 3I0RA 1UWBA 2DFEA 3LAMA 1YTUA 2YHAA 1S9EA 1X1PA 4LH5A 3DRPA 1CZ9A 4Q5VA 4DSFA 4YFUA 2VWKA 4Z4FA 3DLHA 1RT1A 3SUOA 3WNGA 1RBTA 4ZTFA 1DTQA 1B9FA 4CHZA 2GBZA 2Q3SA 2JLEA 3AV9A 1LWFA 1HJRA 1ZBFA 3ZSRA 3SZ2A 1BQNA 1TL3A 4CHYA 3NAEA 3I8DA 2G8WA 3OJUA 3H08A 4O55A 2X6NA 1JLGA 4CFAA 4E0DA 4Q0BA 5HP1A 4I2PA 2YHBA 1FK9A 3HPHA 3TAMA 3O3HA 1LAWA 1S9GA 3QEIA 4FJJA 3RWUA 4JRPA 3QEXA 1NJWA 2DFFA 4DTXA 1JLQA 3QESA 1N5YA 1C6VA 4CJTA 1RDDA 3VQ6A 4HHTA 2B4JA 3QLHA 2DY4A 4FVMA 1U04A 3C6UA 4RW9A 3QIPA 2R7YA 2Z1GA 1L3SA 3SJJA 2PZSA 3DM2A 3MXMA 1SV5A 2HW3A 1RDAA 4DTSA 2D0CA 4HVJA 3AVGA 1B92A 4FM0A 1XI1A 1SL0A 2HHTA 3HVTA 3DLKA 1NOYA 4FLZA 1BIZA 4DLEA 2PYLA 3TAQA 3DOLA 3K5MA 2PY5A 1RCHA 3TAEA 1ZBUA 4W5TA 1SKWA 3QEVA 2G8HA 1RTJA 1T03A 1RTHA 2OYQA 1VSKA 4DSIA 1HRHA 3O3GA 4W5RA 3HP6A 2W42A 3RRHA 4Z4HA 2OZMA 2BGGA 1NKEA 5HROA 3O4NA 3KLHA 1T05A 3AO1A 4CJUA 2HHXA 2XY5A 5KGXA 3B6PA 5SWMA 1BI4A 4LY7A 3ZT4A 4AHRA 4ZTJA 2G8IA 3NE6A 4FXDA 4KFBA 2WONA 1EKEA 3PX4A 3SYZA 4FK2A 3VQBA 2HHQA 3ZSVA 5KRSA 4IFVA 3HSTB 1X9MA 3A2FA 4M42A 4JLHA 3MXIA 1D5AA 3HP9A 1UAXA 1NK4A 4Z0UA 3QO9A 3HO1A 1TL1A 3KD1E 1W0HA 4FW2A 3CM6A 3QNOA 3WNEA 4MQ3A 1VRTA 4W5QA 1BL3A 4CEAA 4CHPA 3THVA 1D9FA 4DLGA 4CEDA 1VSLA 1NOZA 2E4LA 3KLGA 1HYZA 4E7IA 4LH4A 3QETA 5KI6A 4F8RA 4FYDA 2HHSA 2WOMA 5J2MA 4B9VA 3MXJA 1VSDA 4OKJA 5KTQA 3EZ5A 4RW4A 1KLNA 4DSLA 2E6LA 4AILC 3KIOA 5CYMA 4YNQA 3UIQA 1WAFA 3LP3A 3ZSYA 1X9SA 4KTQA 4KHYA 5FDLA 3AVMA 3T1AA 1LW0A 3VN5A 4DFPA 2IDOA 4UQGA 3VA0A 2X78A 3LP1A 1WAJA 2HNZA 1RT4A 3DMJA 4OPKA 1TK0A 1CZBA 1FKPA 4Y1CA 4B9TA 1DTTA 3S3NA 1ITGA 3VQPA 1QSSA 1JL1A 3HPGA 1RTIA 4ID1A 3F9KA 2YNFA 4CJEA 4CJ4A 3L2UA 4DQPA 3OYMA 4XIUA 4CGFA 3V1QA 3CFRA 3C94A 1NK9A 2HMIA 3OYEA 1U47A 2KFNA 4BACA 3AVKA 1KFSA 3OYBA 3DRRA 1LWCA 2FBTA 4KHUA 4FZZA 2ATQA 4K8XA 5FRMA 3AA2A 1JXEA 5C42A 3V9XA 4FLTA 3ZT2A 4CGJA 2ZD1A 5E41A 4Z4IA 3TR8A 3NH2A 3M8RA 4ELVA 1XHZA 4DQSA 4HUGA 1JLBA 2Z1IA 4AHVA 3WNFA 2XY7A 2IGIA 1QS4A 4G1QA 4IFYA 3OS0A 4C8LA 2HHVA 3ZSWA 3AVNA 3SQ4A 2Z1HA 3IG1A 2A1RA 2P51A 4DTJA 3V4IA 3MEEA 4CHOA 3AVCA 4FK4A 4DF8A 1VSFA 3VQ7A 4PQUA 4DG1A 4RW8A 3KK3A 3NHGA 3I0SA 1Y97A 1Z25A 2HNYA 4LSLA 4B3OA 4FZYA 3OYHA 3NH0A 4B9LA 3VQ4A 1QSYA 2DTUA 1SL2A 5FROA 4PA1A 3M8PA 1QHTA 1RT7A 1UOCA 3TI0A 3EYZA 1L3VA 1VSMA 4O5BA 3SUNA 4M3YA 5HRRA 1HPZA 5EU7A 3KJVA 3SQ2A 4KB0A 4E7HA 1JL2A 4M41A 4OPJA 4DFMA 1N6QA 3PY8A 3CFOA 4Y1DA 5DMRA 2FC0A 3TAGA 3ALYA 1RBUA 2IS3A 3K59A 3KKRA 4EP5A 4RW7A 4O0JA 4DMNA 3L2VA 4DQRA 4FJNA 2BE2A 3U3GA 5CYQA 3SI6A 2F96A 2HB5A 1NJXA 4B8AB 4E19A 2F8SA 1G15A 1QQCA 4I9LA 4CERA 4WE1A 4F2SA 3NBPA 4DQQA 4PWDA 4FZXC 3AO3A 4CHNA 1JXBA 2X74A 5J2NA 4AHUA 3NGZA 1JLAA 4AHCA 4N47A 4DF4A 3O3FA 1BCOA 1LV5A 2X6SA 2P5GA 3AO2A 3T3FA 4CEEA 4CE9A 3NF8A 1NK0A 4J2BA 4B08A 1B9DA 4CGHA 1KCFA 3IS9A 4DTPA 3OY9A 3QEPA 4FJHA 3VQ9A 1FKOA 1IKXA 5J2PA 1D9DA 4E1MA 2QKKA 4RG8A 3P83D 4CEQA 2BDPA 4CJ3A 3TAPA 3LP2A 4EP4A 3HXMA 3RMAA 3SCXA 4OKKA 3VQEA 1NKBA 2YV0X 3BGRA 3OYNA 4KRFA 2KZMA 4KAZA 3ZSQA 3CM5A 1LAVA 3VA3A 4IKFA 1NJYA 3AO4A 3V1RA 4CCHA 2VWJA 4KI6A 4TSXA 4CJVA 5K14A 4JS4A 3SPZA 4CGIA 1RT2A 5HRPA 5KGWA 2D5RA 4KV8A 2HNDA 4I9QA 3LPUA 1XWLA 1IO2A 4B9NA 1BHLA 3VQ5A 5HRSA 3AO5A 4DFKA 1YTAA 2P1JA 1QTMA 1RILA 1XHXA 4QAGA 3RRGA 2OPRA 3HK2A 5C24A 3TANA 1X9WA 3OYDA 1S1UA 4OGCA 5C25A 3DLRA 4FW1A 1C0UA 1YVUA 4E7JA 3BDPA 2QXFA 3K58A 1A5VA 4OLBA 1IH7A 1JKHA 1WSHA 4ICLA 4DFJA 3P1GA 1EX4A 3S3MA 3DLBA 4DTMA 3S9HA 1LWEA 2O4GA 3C95A 4OJRA 3L3UA 3E01A 4CF8A 3EY1A 4HUEA 3VQCA 1RT6A 3RMBA 1ZBHA 4E7KA 2RN2A 1IKWA 1UA1A 2PYJA 4CECA 2VG7A 3AA3A 3DLGA 2YNHA 4FCYA 1J9AA 2IOCA 3MEGA 4NCGA 3JYTA 3LZJA 5CZ2A 3K2PA 4AH9A 1KFDA 3OVNA 2GV9A 4FLVA 3K5OA 4F4KA 3V9WA 4FJGA 4HCCA 3D45A 1RBRA 3MECA 3QINA 4CF0A 4CJSA 3HPOA 3QEWA 4CF1A 2ETJA 3OYGA 1JLCA 4H8KA 3TABA 4HCBA 1IG9A 3HL8A 4L8RB 3ZCMA 4F3OA 5JS1A 3V81A 1I39A 4DSJA 5KRTA 3RR8A 2KTQA 1BCMA 4CFDA 2KW4A 1EXQA 2RKIA 1C0MA 4LSNA 1A5WA 4CGGA 3CFPA 5HLFA 2AJQA 2O4IA 3PX6A 4GVMA 1TKZA 3DYAA 3KKSA 3U3YA 1CXUA 5D3GA 3L2WA 2HHWA 1TKXA 4M3TA 1EETA 4KO0A 1S1WA 4BDPA 1Q8IA 3F73A 1A5XA 3RTVA 1WSGA 4CK3A 4DSEA 4BE2A 4DTNA 1SKSA 4IBNA 4BE0A 4R5PA 3AVIA 4FJKA 1MU2A 3ITHA 2Y1JA 3AVHA 4E3SA 1U48A 4ELUA 1Q9XA 4J2DA 2KZZA 1QE1A 3ZT3A 3DRSA 3D0PA 4N76A 4QCLA 4FLXA 3ZT0A 3AVAA 5HRNA 4NCAA 1O1WA 1HMVA 3SPYA 3PO4A 3ASMA 1KRPA 4CF2A 3LWLA 2NUBA 3L8BA 1IKYA 3AVFA 1NK8A 4FJIA 1WN7A 2I5JA 4CEZA 4DTRA 4C8OA 2DFHA 2EHGA 3KK2A 2HVIA 4OLAA 4M3RA 3JSMA 4CIEA 4H4MA 4BE1A 3VQ8A 1NK7A 4FK0A 4ZHRA 3HJFA 1R0AA 4DU4A 4W5NA 1GOAA 1VK0A 5DK5A 3PV8A 1NKCA 3KK1A 3RR7A 3NH1A 3SNNA 4J2EA 2B5JA 3OS1A 2B6AA 4AHTA 1LW2A 5I42A 3L2QA 1S6QA 1WSFA 2IC3A 1XC9A 1TAUA 1C1BA 1RDCA 3MAQA 2G8VA 1RDBA 3AVLA 4DSKA 3HT3A 3LZIA 3OJSA 4J2AA 1L3UA 4PY5A 4B9MA 3SQ1A 4CEBA 3ULDA 3KLFA 1JLEA 4OKEA 4F3TA 1D8YA 1TK5A 1L5UA 4M3WA 4DU1A 1RT5A 1S1VA 5T7BA 4DU3A 1SKRA 1VSEA 4BWMA 4N41A 2YNGA 4IG0A 3ZSOA 4OVLA 3OS2A 3SUPA 4BWJA 4CJQA 2HVHA 5I3UA 1HQUA 4Z4EA 1IKVA 1BISA 3AA5X 2YNIA 3NGIA 3HYFA 3NCIA 1T7PA 4C8NA 4RW6A 4CEOA 4CFCA 4FLUA 2OZSA 3C6TA 1VRUA 3ZSXA 5CY4A 1HQEA 3QNNA 3KLEA 2YKNA 4I7FA 3WNHA 4KI4A 3DOKA 1RTDA 1RBSA 3NGYA 1ASVA 4OGEA 4CFBA 3ZSZA 3ISNC 1GOCA 4B9UA 1RBVA 3K5NA 3K5LA 3TWHA 1W9HA 4KHNA 5FRNA 4CJPA 1Z26A 4FJ9A 2D0BA 1ZBIA 4MFBA 4NYFA 2KFZA 2RPIA 1KVAA 4GMJB 2EX3A 3G10A 2ZE2A 2E6MA 4O44A 4CESA 4FM2A 4HUFA 1NK5A 1HYSA 3OYAA 3TAFA 4K8ZA 1CLQA 2XY8A 1ZBLA 1ASUA 3OYJA 4CJFA 1BIUA 4CIFA 1TKTA 4N5SA 1C1AA 3M8SA 4IG3A 3LDSA 4BDZA 2IAJA 4CJLA 1S6PA 2VG6A 4CHQA 3FFIA 2GUIA 3NDKA 2FBXA 2FBYA 4DTUA 4ID5A 1JLFA 2G8FA 3LWMA 1TVRA 3S3OA 1VSHA 4LD0A 2ZQBA 2RF2A 2XRIA 3SQ0A 3CYMA 3T19A 1KLMA 1RNHA 4DWIA 4FJ8A 3RMCA 1ASWA 4O0IA 3V9UA 5JS2A 3CG7A 3HM9A 1T8EA 3LAKA 4E7LA 1U45A 3PUFA 4ELTA 1S5JA 1S1XA 4Z4CA 5CZ1A 4W5OA 5J2QA 4AHSA 4FLWA 4IDKA 1WSJA 2Y1IA 4C8MA 3KLIA 2XHBA 2F8TA 1BQMA 4B8CA 4QOZB 3SV4A 2JGUA 1QSLA 3O4QA 3QERA 2BANA 4KKOA 2G8UA 1F21A 4DTOA 3AVBA 3IAYA 2P5OA 1YT3A 1FXXA 3V1OA 1WSEA 1K6YA 3LALA 3NF6A 1BI4B 3QIOA 1NJZA 1KSPA 1C0TA 2Z1JA 1VSIA 4HTUA 4E1NA 4I2QA 1KVBA 4NCBA 4DS4A 4KREA 1TKDA 1KTQA 4CJRA 3SV3A 4KPYA 3M8QA 4FJXA 1HNVA 3NFAA 2LSNA 4F2RA 3LPTA 1U49A 4NYNA 2VG5A 4FJMA 2ITGA 2OPQA 4BDYA 4JRQA 4C8KA 4KHSA 4FJ5A 4M3ZA 4EZ9A 1SL1A 3AA4A 1RT3A 3K57A 4N56A 4DS5A 2OA8A 4CK1A 2XO7A 1J53A 3RMDA 4KB1A 4KHQA 1KVCA 1U4BA 1L3TA 1WSIA 1TGOA 4CIGA 1J5OA 1HNIA 2YKMA 3LP0A 4CF9A 4PUOA 2OPPA 4FLYA 4Z4GA 1GOBA 3DI6A 4CJKA 4GW6A 1VSJA 3L2RA 3KTQA 3V9SA 3G0ZA 2KQ2A 3P5JA 1TAQA 5SZTA 3OYLA 3TARA 3L3VA 3MEDA 4O4GA 1CXQA 2QKBA 3CQ8A 4FJLA 1TK8A 3VQAA 1TV6A 3IRXA 3NF7A 3OYCA 1SUQA 3B6OA 3DLEA 1NK6A 4FJ7A 1WNSA 4KHWA 4M45A 3NF9A 4CGDA 1BGXT 3HVRA 3VQDA 1ZYQA 2FBVA 3PO5A 4B9SA 4DQIA 1C1CA 5J1EA 3OYKA 3VQQA 5HBMA 4CJ5A 2D0AA 3PX0A 4M3XA 1HYVA 4E89A 3U6FA 3KD5E 1S1TA 4M3UA 4KTWA 4FM1A 4CJWA 1J54A 1I3AA 4EZ6A 1REVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUQA 3O9QA 4CK2A 4I6MA 5AQZA 3LANA 3V6DA 3N4PA 1WLJA 2A1SA 3CCJN 4BRHA 2D0PA 4YDUA 1YTUA 3EKUA 1GLLO 1OH7A 3DRPA 3WEEB 4CZFA 1RT1A 3TPQA 1RBTA 1B9FA 1YUWA 2GBZA 4A2AA 4CHZA 3SZ2A 5M1OA 2V7YA 1TL3A 1NG9A 5ADXA 3CJBA 3I8DA 4O55A 4Q0BA 5HP1A 1JCEA 1FK9A 5FPDA 2O8CA 1C6VA 2B4JA 3QLHA 4FWNA 2DY4A 4OPAA 1L3SA 2GELA 3SJJA 1BA1A 1NGDA 1SL0A 1NOYA 2ZF5O 5IWAK 1BIZA 2VYPA 3GDQA 3QICA 4Z94A 4DLEA 3ID8A 4EIAA 1VQON 5GAEP 1YVNA 2ASMA 1R59O 1QVFM 4LF4K 3HP6A 2W42A 3OW2M 2UUCK 1X3NA 1QZ5A 2XY5A 3M6GA 2E2QA 4ISGA 3C6AA 2WBNA 4LY7A 3ZT4A 1KC8O 4AHRA 3AGRA 2ZJQL 1EKEA 1BG3A 3SYZA 3WXLA 4M42A 4JLHA 2E2NA 5BR9A 2IVNA 1P90A 3WNEA 5LL6Z 1BL3A 3THVA 3DLLL 4A62A 1D9FA 4BRFA 2O8DB 4GVEA 4LH4A 4E7IA 5M1QA 2UXBK 2WOMA 1Y64A 1W2BM 4DSLA 4BROA 3VEOA 4FOIA 5AQNA 5CYMA 4KTQA 5AQYA 4DFPA 5JLFA 4GY2B 4WCEL 2ZJRL 3DMJA 4OPKA 4DR1K 1FKPA 3LM9A 2IVPA 3TTFA 3TSQA 1ITGA 1BDGA 3HPGA 1QSSA 4JD2B 1O13A 4ID1A 4CJ4A 3L2UA 2W40A 3M5RA 3OYMA 1NK9A 2HMIA 5JVHL 4BACA 1KFSA 1W7AA 4FLTA 3KHYA 3M8RA 4HUGA 3W0LA 3AAQA 3CF5L 2IGIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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