4I7UA

Dihydrodipicolinate synthase of agrobacterium tumefaciens
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVKDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens
rcsb
source organism Agrobacterium sp.
total genus 113
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4i7uA00
3ZS4A 1TTJA 4IMEA 3WK0A 3G1VA 4UFKA 3C3NA 3NM1A 2HSAA 3OIXA 4MFDA 4NJGA 7TIMA 2YX0A 1HTIA 1S5TA 2CFFA 4GFSA 4IXXA 3G0SA 1H7PA 4FNTA 3L2IA 1ZY9A 4Y9AA 4O1DA 5D09A 3HG5A 4ZQMA 5HUOA 2WSRA 5CZJA 4OQVA 3GKFA 4RR4A 2A5HA 1NAL1 4HNNA 1F5ZA 2QUTA 4JN6A 2G97A 4FIRA 5DXXA 1SFLA 4ZZ9A 3PSWA 3OVPA 2Y7GA 3TCEA 3QC3A 1G4SA 3TMLA 4LV4A 6ALDA 2A7RA 3FFSA 2ZRYA 4LWWA 2WNNA 4MUZA 3T4CA 5LHFA 2OZ0A 5HINA 3C8FA 4OE7A 5FF0A 4Y96A 3A21A 3RU6A 3UXDA 5HMSA 3HBLA 2WV8A 4C1LA 3W7JA 4ORIA 3W1UA 2TSYA 3RNDA 4I9AA 2X30A 3TK7A 4PEKA 5KZMA 5DCBA 1TPDA 1KTCA 4E38A 4JY8A 4NZFA 4R34A 4MPQA 5AHIA 1H61A 5D02A 2QCDB 5TBOA 4K8HA 3CWNA 4JTKA 2ZZ2A 1TPC1 2V5BA 1U83A 1R2RA 4O10A 1XC4A 3OG3A 1QFEA 4LNYA 3WK1A 3EX1A 5CKSA 4H4IA 3ZR4A 5F1UA 4YMZA 4P2VA 2ZRWA 2A6NA 3PSVA 1JCMP 4RCXA 4DO5A 4UTHA 4O54A 3TSMA 3IIPA 4MVAA 3LHUA 1YTKA 2QCGA 2HS8A 3P61A 1QPQA 3U6WA 3GDLA 4MIMA 8TIMA 2LLEA 2Y85A 4CNOA 3LHYA 3C2VA 3NOEA 3T40A 1AK5A 2WNZA 4LTSA 1K03A 3EX4A 2OCZA 3NPUA 1NSJA 5BOOA 1H50A 4Z1CA 1A50A 3WK2A 3NEVA 4N9EA 1MZHA 1KM1A 3IGXA 3DI1A 4PCFA 3LI1A 3G0UA 2A2IA 5AHEA 1T99A 3MHFA 3O6CA 1A5SA 2R94A 5KINA 4QM1A 1EA0A 1H7OA 4KWVA 1GZGA 2FPTA 2C0AA 1PIIA 3W2NA 3Q58A 5FF3A 1Z41A 3I7QA 3W76A 3GVGA 1VR6A 3LCIA 4FX8A 2CLFA 3TR2A 3S1XA 3TE9A 4N9DA 1O60A 3NQAA 4YL2A 1BTMA 4BFAA 3KXQA 3KRSA 3AO0A 3QQ0A 4QSHA 5I3FA 1OFRA 1ZFJA 4UFHA 3BVJA 2RH9A 1K7EA 3G3MA 3KOFA 3L66A 4O16A 4O13A 3NR0A 3D0CA 1KFEA 1XBZA 4Q33A 4X2RA 1V5XA 1SO4A 2YFNA 4GRSA 2ZRZA 2XN1A 1IXOA 4IQLA 4DPQA 3VNDA 3INPA 1EUAA 3W1AA 3FLUA 1I2PA 3IIXA 1QR7A 2BZNA 5K9DA 2X1RA 4BI5A 3WK3A 4PTNA 5DCDA 5EPDA 1FCBA 5K9CA 3NG3A 3QZEA 1H60A 1UCWA 3G8EA 1ZAJA 4JTGA 4XTIA 3W7CA 1TCDA 1ZAIA 2C19A 3L68A 5DBUA 1WV2A 5F2GA 1VCGA 2JBMA 5A8GA 2R14A 1P1XA 1XI3A 3RLVA 2QCCA 3CU2A 1OX4A 1SQ7A 2A7NA 3NDOA 1B4EA 3BG3A 3EX2A 2DZWA 4B5NA 4POCA 1JJKA 3DFTA 3M1ZA 1TPWA 4GJ1A 2DJLA 3L67A 1LTDA 2E09A 4HSOA 3G8RA 2AGKA 3M5VA 4IGHA 5KZEA 3UXAA 4DXVA 3MP4A 1Q6OA 2OX1A 3DAQA 4AF0B 1WQ5A 3QM3A 3ABSA 2YYTA 3KFTA 1NFBA 3MI3A 4NQ1A 3G1AA 2DZUA 4JXCA 4UTWA 3T44A 3TSDA 3HPXA 3PUDA 5AC6A 3Q2DA 4UFJA 2ZFAA 4NJKA 1RV8A 1DKWA 5CSRA 1SW0A 4WXZA 4RKAA 4UC5A 1DV7A 2NWRA 2E77A 2ZZ3A 2CZFA 1LBLA 2FDSA 3F4NA 4JNMA 4XUGA 3EB2A 4Y8FA 1C29A 4NT0A 1SW7A 4TO8A 4WQ6A 2YSWA 3NQDA 1M5WA 3S5OA 1VHNA 4NJJA 3W7PA 2B0MA 2QF7A 4WY0F 1KM5A 2FLIA 3TDFA 3C61A 1OF8A 4JR5A 2J9XA 2AQWA 3HIJA 2B7NA 4GXMA 4FHAA 3W7IA 3RLUA 3Q94A 4UTJA 4HPXA 1R47A 3LCHA 1L6WA 1PL9A 1YPFA 2VFFA 3P60A 5HNRA 3H54A 2VEIA 4O11A 2H8XA 3L5LA 3DHFA 3FKKA 3S42A 3G3DA 5IBXC 4LS0A 4KFPA 4Y90A 3IV3A 3TAOA 2DZXA 4AWTA 3QW4B 5LGXA 1THFD 2C18A 4FXSA 5D2VA 2CLOA 4O28A 2Y89A 5K3VA 1W5NA 1ADOA 3VE7A 1LOSA 4Y6GA 4MJMA 2BWGA 3HGRA 5CGQA 1SFJA 2Q8ZA 1JQVA 2OJPA 4M6QA 4PA8A 2QJHA 2YW4A 1RQEA 1R2SA 1XKYA 4DF1A 4IMCA 2ZRUA 2NWSA 2ATMA 1H7WA 2X16A 3M5ZA 1Q6QA 2G96A 2KZHA 3OHIA 2ABAA 1WOBA 3LXCA 3EX3A 2TYSA 1GG0A 1H1ZA 2Z1BA 1OFDA 4X3ZA 2ZA1A 5D2XA 3VFLA 3TW6A 2FB2A 4HT3A 3LCFA 2B4GA 3GZ3A 2RDTA 2PRMA 2DORA 4GE8A 3BLEA 3R2GA 2ISWA 2YPIA 2X1TA 4AF0A 4LC8A 4ICNA 3W1PA 1TPB1 2GQ8A 3NQCA 1SUXA 3UY8A 4XZ9A 4IX2A 1TV8A 5AC8A 4PC8A 1NVMA 1SSDA 3WJYA 2ZDRA 1GEQA 4FF7A 1YYAA 5CG7A 4S2CA 1VHCA 1GYLA 1VRDA 3GYEA 3CC1A 2AAMA 3HGOA 4UTKA 2E68A 3DFPA 4N6EA 1KM0A 3IVTA 1K3UA 5T26A 1OK6A 2GVLA 1W56A 4XQ6A 1I2NA 1JR1A 4NX5A 1QPNA 3S6DA 1HG3A 1P4CA 2EHHA 4K6AA 4GUJA 4O14A 3W71A 4AHPA 4M7TA 5CSSA 4A2RA 1XBVA 2RFGA 2VENA 4UUIA 2WKJA 1KLZA 3S0CA 5D30A 1JCNA 5EKYA 1G6CA 4LUJA 4RZ4A 5CPOA 1LRTA 4MYAA 3W1NA 1PCWA 1GTHA 4FNQA 2VFDA 3EWZA 4UFMA 3TUUA 4EF9A 3G0XA 1PV8A 3FS2A 2DJXA 3IGUA 1YXYA 1EEPA 2FJKA 3QFEA 2GVGA 2VFIA 4M5PA 5I3IA 3E96A 2FFCA 1L6YA 3S8HA 3ZFHA 1K7XA 5D32A 3W2LA 3L5MA 5I3GA 1OFPA 1XDLA 1J5TA 5D2WA 1GJPA 4MFEA 3W74A 3M16A 2OT1A 3NQFA 4UMBA 1GYNA 3G1DA 2VEMA 1GTEA 1OF6A 1TRDA 3EXSA 1YDOA 3GR8A 2NLIA 1JVNA 1UJPA 1TYGA 3QPYA 3A5FA 2V2DA 3NQ8A 1F74A 4Z1AA 2Y6ZA 4HPJA 4QNEA 1I4NA 2Q3RA 4UFIA 3HO8A 3F03K 4Z0JA 4OV9A 2Z0IA 1X1ZA 3W85A 4A22A 3S5ZA 3M43A 1ME7A 4K7YA 3N9RA 2QCLA 4X22A 3TMQA 4BK9A 4LS2A 1LP6A 1RVGA 2H6RA 4K8EA 2GUUA 2OT0A 1FWRA 3B4UA 2GJLA 2QAFA 1VJIA 1Z42A 3W1XA 1LOLA 4O4VA 1LORA 4JDBA 2ZBTA 2NX9A 3SW6A 3W7NA 1ME8A 3A9IA 4XKYB 1YDNA 2B7QA 4O57A 2A4AA 3R5EA 3E12A 2ZRXA 2W79A 3W1QA 5DXYA 3CB8A 1ICSA 4ALDA 1G4TA 1W3NA 3P84A 3AJXA 5HULA 5U4NA 1YTEA 1BWLA 1SZGA 1W54A 3IIOA 3L65A 3LHTA 4FX7A 3UWUA 3DFSA 4AVFA 1F6PA 2QKFA 3B04A 3QEZA 3CTLA 1W5OA 1TQXA 1FDYA 4TR9A 1A5AA 1BWKA 3EX6A 3HQ1A 4KWWA 1KFJA 2ATSA 4QJ1A 3A22A 1OFBA 1C9DA 3W1RA 1V7YA 1RD5A 1GPWA 2CZDA 3B06A 5L9FA 1TV7A 5MHBA 3N2XA 1G67A 1TPEA 5EBUA 1EP3A 3TC7A 3NPVA 3P5YA 4R7JA 1TV5A 3TX9A 3CLMA 1WBJA 2VOMA 4FB7A 1ICPA 4L4MA 5KMYA 4GWEA 1ML1A 2CLLA 3Q37A 2E5DA 3QYQA 3UWVA 4MLRA 2VELA 3W1MA 1EB3A 5I3HA 1JRCA 4WZHA 3EWWA 3W75A 3SECA 3WFAA 4D2JA 1KBIA 1I2OA 4NNBA 3W88A 1TIMA 2C3ZA 5FF2A 1LROA 1IXNA 3THQA 1OFQA 1ZCOA 4JTHA 1XFBA 1VPXA 1SU5A 5AYYA 5G1YA 1W0MA 3GDTA 3PVFA 2NXGA 3LXBA 1TJRA 5A5WA 4AWUA 4ZQNA 4BI7A 1W3IA 3DFQA 1IXPA 1DOSA 1Z48A 4XBKA 2BSLA 3FYOA 3NNTA 1FDJA 1PS9A 4JTSA 4TU1A 3EWXA 3NPXA 4IJBA 4AMAA 1W5MA 3W22A 3BPWA 3E02A 2RDWA 3KRZA 1TMHA 1QWGA 3W72A 5FEWA 3P5ZA 1F76A 3C56A 2CLKA 4NVTA 3KVMA 1VYRA 4H6KA 1OK4A 4XKYA 3QRHA 1X6UA 2GVJA 4OGZA 3BARA 2NV2A 2RKXA 1SO6A 3BW3A 3HGSA 1P0KA 4N9CA 2GQAA 4DF0A 3QSRA 2X2GA 3LDVA 5K7JA 4LRSA 4Z1DA 5HJLA 1OYBA 4UIOA 2BLEA 5AN7A 1YADA 2YXGA 3KVJA 2YCEA 3NO5A 3S9YA 2BXVA 3S1UA 2DZTA 1KV5A 4NJIA 3VCRA 2A0NA 4WD0A 5FEPA 3I6RA 3LLDA 3A24A 2QUUA 3W7KA 1H7NA 1H51A 2E6AA 1G69A 2QAPA 3PUEA 3DHDA 1LBMA 4CQ8A 3NVTA 3W3OA 3PB0A 2Y7FA 4JX4A 4ZQPA 1TTIA 4IOTA 2E6DA 4IMGA 1B3OA 1FCUA 4JTIA 1WYIA 1NEYA 1TPH1 5HR7A 3LRLA 4O12A 4I7UA 3LM7A 3W7GA 1D3GA 1J4EA 2B7PA 3LI0A 2WPBA 3B0PA 3W7RA 3PF3A 2Z2UA 3G1YA 3M5XA 4WY0B 3PY2A 3O8AA 4UFLA 4LVAA 3M7WA 1O5KA 3BO9A 1CX9A 2Y70A 5DELA 1LDCA 5F4WA 2VEKA 1H5YA 4IPIA 1LZOA 1TRIA 3N2MA 1FQ0A 4IMFA 2XFWA 1HFBA 2QCDA 5C54A 1TPUA 2NX3A 3B0VC 1WOAA 2ZYFA 3BGGA 4IMDA 3GNNA 1W3TA 3I65A 3UQNA 5EYWA 2ZA2A 4FNSA 3LHZA 3T78A 2IQTA 3S5NA 5AFDA 1YPIA 3PM6A 3MI2A 1IF2A 2YYUA 3L0KA 1GWJA 3QSTA 4JYDA 2WSQA 1F2JA 3W1LA 3LGEA 2Y61A 1T8XA 3DGRA 2OMAA 2QCHA 2VXNA 1JRBA 2QCMA 4U4MA 2CLIA 1QO5A 5AOUA 4UNKA 3C2FA 2WNQA 3USBA 4DQWA 3LRKA 4NU7A 1NF0A 1T96A 3PBWA 5J5RA 1OHLA 3QW3A 3SSJA 2NX1A 4KKXA 4AHQA 2J9ZA 5K4ZA 1H62A 4JTLA 2BTMA 3W7DA 4JDYA 4UTWC 2CZEA 4LU0A 1X8FA 1F05A 2I14A 4L4LA 1QPRA 4ADUA 1AW1A 4CCCA 3I68A 4JYEA 1Q6RA 3SY5A 2YR1A 1YTDA 3R12A 1I2QA 3NQMA 5LGZA 3GDRA 3C6CA 2NV1A 3W7OA 1JCXA 3ATYA 3R8RA 3N14A 1XUZA 3OBKA 5CZSA 1D3HA 3C2RA 1VLIA 2ZZ5A 2NZLA 4LRTA 4RXGA 4WJEA 5BMXA 5C6MA 2JKPA 3NL2A 4EVZA 2VFEA 5HWMA 4X9SA 5AC7A 1AL8A 3L0NA 4JD4A 5KTLA 3DI0A 1B9BA 1PCKA 2I9EA 1GG1A 1WAUA 4MLJA 4PH6A 4O0ZA 5D2TA 1G7UA 1HO1A 3M9YA 3QH2A 2V0TA 3LTSA 2DZVA 1WX0A 5DBTA 3LCLA 4MOZA 2GJNA 1XBYA 3FEMA 3M0ZA 1F7BA 4S1FA 3W9ZA 4HIBA 2PC4A 3G1HA 3GXTA 2WO5A 4JX6A 2ZZ7A 5C55A 3HMJG 3HG4A 2Y88A 4IXHA 2PE4A 4MZYA 4ADSA 4OT7A 1H7RA 2WOQA 1WXJA 2QDHA 3GXPA 1L6SA 4AH7A 4ZMGA 1IGSA 3DXIA 5EL1A 5K2ZA 5H2ZA 3MP3A 4R53A 1PHWA 3H53A 4O0KA 1SPQA 3MHGA 4TMBA 3MYOA 3EWUA 4N9BA 5FEXA 3CPRA 3QF0A 1DHPA 1XUUA 3TA6A 1GVFA 1SSGA 2P0OA 1EX5A 4ZQCA 3HG3A 5F2IA 3VI2A 4HN4A 5FF7A 2V5LA 1FCVA 4HSNA 4I7WA 5AB3A 3BW2A 1KFLA 4JTUA 1X7FA 4LVBA 4MJZA 3WJWA 3NQ2A 4M19A 5HUPA 4RXFA 3TFCA 4WOZA 1EPXA 5AHNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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