4ILHA

Crystal structure of an aar2p c-terminal deletion mutant in conplex with prp8p rnaseh
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Splicing
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Structural basis for the Aar2p-mediated regulation of Prp8p interactions with Brr2p and U4/U6 di-snRNA
rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 88
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4ilhA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ilhA01
4JK9A 4JKAA 4ILGB 3E66A 4JKGA 3E9PA 3E9OA 4JKGB 3E9LA 4JK8A 4JKCA 3ENBA 4ILHA 4JKHA 4JK7A 4ILJA 4JKDA 3SBTA 4JKFA 4JKEA 3SBGA 4JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P90A 4V19S 4N56A 4CJLA 5J1EA 4UQGA 2GV9A 1QQNA 3BUZB 1A5WA 2WTUA 3D6RA 4CI6A 1RDBA 4BR2A 4BE0A 2Z1GA 1MIZB 4JHDA 3KLEA 4JKCA 3FLCO 1YXQA 3SQ1A 3VA3A 1OH5A 4I2PA 2IVNA 4DFMA 3MX5A 4KO0A 2HB5A 3O4WA 3T1AA 3MMVA 1NMNA 1LWEA 3ZSYA 4FWQA 2OZSA 3TU5A 1BIUA 3O9QA 2NRZA 4O55A 1BGXT 4AHTA 5D3GA 4DQ8A 4BE1A 3AA4A 2O8EA 5FPDA 3VQBA 3VQ9A 2WFBA 4CIGA 4IJNA 4KI6A 2AJQA 1EF1A 4K8ZA 4CEBA 3VGMA 4A61A 5KGXA 4CJWA 4KKOA 1VHXA 1S9GA 2JGUA 3D2FA 1M1KO 1ASUA 4B1WB 3CF5L 1WBDA 3AGRA 1LWCA 3SQ2A 4YOUA 4NYFA 4CD3A 1JLCA 5AQVA 4CJFA 2GWJA 4OJRA 4FLTA 4BGAA 4CEQA 2F4VK 4CJKA 1RT2A 5JVGL 3BF1A 2P9KA 5J2PA 3RR7A 3AVJA 3VF4A 4BRKA 2PBDA 3EZ5A 3M1FA 4CERA 1ISNA 1IBMK 4FW1A 3UKUA 1NKBA 4OGCA 4M7YA 3AVAA 4E1MA 1MU2A 1MIXA 3OYKA 3LL3A 1KQSM 4NY0A 4M3YA 1TK5A 1NGAA 1VSJA 5JVLA 3OVNA 5DK5A 3SQ0A 2YNHA 5MLCQ 4FK4A 2P1JA 4KTWA 4KHUA 2NNWA 3QO9A 4GW6A 2P9SB 1KXPA 1QSYA 4E19A 3A5NC 3N4QA 4BRDA 4BR7A 4GKJK 2OYQA 1L3VA 2BTFA 3V9SA 5FLXO 2P9LA 3C7NA 4BRAA 4M42A 4IG0A 3HOTA 2ZD1A 1GLAG 1GLBG 4C8NA 3MDQA 4F2SA 5ELZA 4DB3A 1YJ9N 2QWRA 4BC2A 2XY5A 4MO4A 5JS2A 1BUPA 1RBUA 3VF6A 1HNVA 3PO4A 2ZM6K 2XO7A 3U6FA 3MN7A 3MXMA 4CJUA 4KHQA 4CGGA 3I55N 1TUUA 1J6ZA 4BRGA 2AEHA 1S72N 2RN2A 4C8MA 4CF0A 4H4OA 1N34K 2E4LA 5M1OA 4Q0BA 3PY8A 5E26A 3EE9A 5DM6L 1Z05A 1YJNN 2QXLA 1NVLA 3AVKA 3KLIA 1FKOA 4KHYA 4BRMA 3PIPL 2B4JA 2HBJA 5CY4A 3V4IA 1C0GA 3O9RA 3VQEA 3VGLA 1TYQA 3T3FA 1SS6A 5AQUA 3V81A 1NGGA 1RDCA 4CJSA 3QLHA 3ZX3A 2KHOA 3E66A 1HUXA 4EZ6A 3W0LA 3PVLA 1NM1A 2A1RA 2P9SA 4IJAA 2GBZA 3AO2A 1NGHA 3NAEA 3WXKA 1C1CA 1T6CA 2IOCA 3NGZA 3CC7N 4B8CA 3K59A 2CGKA 4WFNL 2KQ2A 3L2VA 3LWLA 4DQPA 1E4FT 4C8KA 4OPJA 4BGBA 4H8KA 4RW9A 1XQSC 3V1QA 4K0KK 3MCPA 1S1VA 4FLUA 1Q7YO 2G8VA 3D0PA 4OKKA 4HUEA 2AL6A 1Q18A 5C2FA 4E7KA 2E2OA 3ENBA 3K58A 1E5WA 4JD2A 4CEDA 1XC3A 2BANA 3SBGA 4E3SA 4FLXA 1UA0A 4LH4A 4WQ5C 3BP8A 1NKEA 1GLEG 4H03B 5C24A 3TTDA 2OPRA 3NMUA 4PKIA 4FJKA 3J7YP 1CLQA 2UXCK 1T05A 1RCHA 1HNZK 1FXXA 4F8RA 3VQ7A 1VBGA 1DTQA 3LDQA 1J53A 5AR0A 4YY3K 1MK7B 3TAMA 4P7IA 4HDQA 4I9LA 1GC7A 3QEPA 4BRCA 4B9MA 3AVHA 3KK2A 4BWMA 4CEZA 1YVUA 3DXKA 4CHPA 1MK9B 3DLGA 4CZMA 1BCMA 2EWSA 3R6MA 2A3ZA 1LAVA 2E2QA 2VWKA 2UUAK 4OKJA 2HF3A 4E7JA 3M8RA 5C15A 4NCAA 4LD0A 1IKWA 1ST7A 1MDUB 4J2AA 3QIPA 5KI6A 4YDUA 4CJ4A 1U49A 4FJJA 2HBKA 1K8KA 2GELA 1TKXA 4KHSA 3QEXA 3TAEA 5LMNK 4H5RA 1W9HA 1NBWA 1D8YA 1GLCG 1GG3A 3RRGA 5M1NA 4BC4A 1V4SA 4FWPA 5I42A 4B1YB 1C0FA 2O8DB 3DRSA 1Y64A 4DV3K 1ITGA 1DKGD 4JKAA 1W97L 4CF2A 4Z4IA 4JI1K 4Z0UA 1RBRA 2YNGA 1BA0A 3HVRA 2FBYA 4FJIA 1B9FA 1BQNA 3EL2A 4FPBA 2O8BA 1UOCA 1RBTA 4FO0A 3AU4A 1BOTO 4MLHA 2V51B 3CC4N 1VAZA 2BH1A 4ISGA 3AV9A 2UU9K 3FFKB 3CXCM 2ATQA 4IXCA 4M3XA 4XEIA 1QE1A 2YHYA 1SL0A 1WSEA 1VQPN 1HQUA 3M3ZA 3S9HA 1WNSA 1WSHA 4PKHA 4EAHD 3O3FA 4CESA 4LSNA 5IT9O 4CW7B 4CHYA 1N5YA 4BR5A 2XY8A 3NF8A 2D11A 3Q7CA 3P83D 3DLBA 4BR9A 4BC3A 1GGOA 4C8OA 5EOYA 2FLOA 3TAFA 3C6HA 3PV8A 3AO1A 2ABDA 3NH2A 3MXIA 4RW6A 2E6LA 3VQ5A 4M3UA 3OYCA 2HNDA 3I0RA 2UXBK 4B3TK 4BQLA 4IOAL 4LH5A 1WLJA 5M1PA 2KW4A 3V1RA 1NOYA 4YFUA 1TL3A 3SUNA 4CEOA 4FLYA 4UY8O 3G10A 3A5MC 4FLWA 3KKSA 5ADXH 1T3VA 3TAGA 5F0XA 2J0KA 4FVMA 5KRSA 2Q1NA 3KLHA 4CF8A 4B3OA 4DR5K 3EO3A 1R59O 3PIOL 5AQTA 5IWAK 3AU5A 3WQUA 1YI2N 1YUWA 2UXDK 2FSJA 4CZIA 4X62K 4KPYA 3CFOA 1HLUA 1QQMA 3PLAA 3CERA 2E20A 1HKCA 4H0VB 1NJXA 3AY9A 2PYLA 1HRHA 4IOCL 3CJ7A 3MX2A 5M1QA 4GY2B 1UWBA 2FSKA 2OPSA 3ENOA 4HUGA 3WQTA 3DLRA 2HNZA 1T44A 1DEJA 3WNEA 4CJ3A 1K9MO 4ISFA 4X65K 4KH6A 1T7PA 3EE8A 3V9XA 1T03A 3ALYA 3T1YK 4FW2A 2ZE2A 1JLBA 3VQQA 5HRPA 3CFRA 3CCSN 3L4QA 3GOIA 3G6EN 3ZT3A 3F73A 3KK7A 4DF4A 3QERA 3L2RA 1JXBA 1EKEA 3I56N 5F1XA 2O4GA 2FJ9A 3TAPA 3KVGA 3CC2N 4J8FA 4KTZA 4O8UA 4F7GA 3H3NO 1S3XA 1NK5A 3TSQA 3VOVA 3J7AP 4J2BA 4FZZA 3S41A 2VG6A 4YOTA 4R5PA 1NJWA 3O4QA 2G8FA 3LP1A 4A57A 1JLGA 1HBKA 4FWLA 5KRTA 1H4RA 2A40A 3OJSA 4CHQA 2GUPA 3AO5A 4FWOA 2R82A 1VQNN 1FW6A 4CCHA 1EETA 3AO3A 4DR1K 3CPEA 1X9SA 2GUIA 4FJNA 2OTJN 4Z4FA 2YKMA 3DLEA 3QB0A 3SPYA 2HF4A 4BREA 3QNOA 4QS8A 4CZHA 2G8WA 2DFHA 3VTIA 3ZCMA 3DRPA 2W6KA 2Q3SA 1C0MA 2YJEA 2EMSA 3O9TA 3NVKA 5EY4A 4BRIA 1RT7A 3JYTA 2WBNA 3G25A 4NYNA 3OYGA 2QWMA 4KBOA 3GE1A 3WUHA 1SZ2A 4DTJA 2YVCA 3AA2A 2FBXA 4ZRJA 3K2PA 1SKSA 1BI4B 2HBMA 3IFRA 2IAJA 1SAZA 2D0OA 4CFDA 5AJ3K 3VEOA 4K25A 3J80O 5FRNA 3QESA 4A2BA 4OX9K 3THXA 1BO5O 3SI6A 2X74A 3M8PA 2Z1HA 1IBKK 4KV8A 4CZEA 1QVGM 2KZMA 3CJ1A 5AZJB 3LM9A 5AQWA 1NGFA 3JXUA 4BRQA 3IRXA 1IBLK 3EEQA 2FF6A 3UKRB 2IS3A 5DMRA 5GIPA 2E5LK 2I7NA 1RT4A 1L5UA 4PL7A 5BREA 4NO7A 1BA1A 3OJUA 3JS6A 3DLKA 4HCCA 5T7BA 2Y1IA 1RT3A 2ASOA 1Q86O 3SV4A 4JI8K 3AA3A 3NBPA 4IEIA 4MDBA 2O4IA 2YJFA 3FLVA 1JL1A 1WOQA 3DOLA 1HR0K 3SUPA 1D4XA 2YI1A 5BN9A 3MK6A 4BR4A 1F21A 4GV9A 1TK8A 5AQYA 4LC9B 3OYIA 1U45A 1NK0A 4MQ3A 3ZT4A 4H5NA 3OYEA 4CZLA 4M3TA 5AQJA 1RT6A 1M90O 4JKHA 1J19A 3DWLA 2OPQA 1NJZA 4DS4A 4OGEA 3VTHA 1NKCA 3THYB 4CJ7A 4DU1A 2P9IB 5BPMA 4HHTA 1SGHA 5BRHA 4LF6K 3ULDA 3ZETB 3EYZA 1ZBSA 2AA4A 3BEXA 4B1UB 2J0MA 2D0PA 3R8EA 2FC0A 2KZZA 2YCHA 2DFFA 3E01A 1ZBUA 5GAHP 3M8SA 2G8KA 5JICA 5AQHA 4F3TA 3PX4A 3HTVA 4CBXA 4BDZA 5GAEP 1KD1O 4FLZA 4OPAA 1WSGA 4XH1A 1I94K 1ASWA 4DTRA 2WC9A 5E84A 4BRPA 3WA0A 1R0AA 2D0CA 2BUPA 1JLEA 3LP3A 1NI2A 3TPQA 5J2MA 3S3NA 5BRFA 2NRRA 3HOSA 1QHAA 2Q97A 2WUSA 3CCMN 3O3GA 4U7BA 1ATRA 1SKWA 4CK1A 4FWMA 2ITMA 1HPMA 2UUBK 5BN8A 3AARA 3E9OA 4N5SA 3QIOA 3OYBA 4ZTFA 3CJBA 4GNIA 4M41A 2HHQA 4I9QA 4KREA 4K8XA 1XHZA 1LW0A 3SV3A 2KKZA 3C94A 5DM7L 4FXDA 3THYA 3C95A 4KHPK 4CGFA 2P9IA 2NLXA 3KHYA 1QZ5A 2HBLA 1QSLA 1VBHA 1KCFA 3B8AX 1IKVA 3TWHA 3L0QA 3CQXA 4DQQA 5BPNA 3ZSVA 1YT3A 2FBTA 4AHVA 3JAMO 5EXWA 1ZXOA 4RW4A 2V52B 1O1WA 1T8EA 4CYEA 5HRRA 1NNEA 1GLLO 4ID1A 3L2QA 1P8ZA 5FPEA 4AHSA 2BGGA 4LFBK 2HHUA 4LF5K 1SUQA 3L6QA 5LJVA 4DQRA 1J9AA 4RW8A 3H1QA 5CYQA 3PX0A 3C6AA 2XY6A 1NJIO 3M6GA 5C25A 4CFBA 1J5EK 2HHSA 4OVLA 1KFSA 4KH4A 3QFPA 1VQKN 3LAMA 3AA5X 2XY7A 4JK7A 4DTPA 4YNQA 4TKNA 3HT3A 3VETA 1DIKA 3ZX2A 1BQMA 1KVAA 5IJMA 3K9JA 2O8FB 2Q2RA 2I7PA 3TTFA 1VQ4N 3U8XA 2CGJA 4FJXA 4ELUA 2A42A 5FROA 3L2UA 1LW2A 1Z6RA 2Z1JA 2NUBA 4B3MK 1HB8A 5HRNA 1YIJN 1KBLA 2OANA 3OS0A 1CZAN 4XIUA 4YHHK 3PSIA 1DLOA 1X9JA 3AVIA 3DXMB 3IVFA 4OLBA 4A5AA 3AVNA 4HWIA 3NF9A 2FF3B 4CFAA 3VEYA 3A8YA 1C1BA 3ENHA 3U3YA 3QETA 3VESA 4DFJA 3PX6A 4DHYA 1RTDA 4C8LA 4JI7K 2OA8A 2GWKA 4JEPA 5J2NA 1OH7A 3NF7A 2HVIA 5CE3A 2F7TA 4MFBA 4PQUA 1KTQA 3AAQA 2RQ1A 3FZLA 2NRHA 3ID6A 4O8KA 3KD1E 2P5OA 1XNRK 1HQEA 2ASPA 3SUQA 2HHVA 1WSIA 2ITGA 3U4LA 2AP1A 4FWRA 1HNIA 4IBNA 2RKIA 3ZEUB 1S6PA 2YHBA 3T19A 5AQIA 4DV0K 3DM2A 1GLJO 1Q9YA 2UUCK 4DU4A 2YHXA 1HB6A 3LANA 4IWVA 4KTQA 5AZIB 3HM9A 3VQ8A 1NG9A 1DT9A 4B9SA 1BHLA 2JLEA 2YHWA 2HMIA 4G1QA 3THWB 2E2PA 2QA4N 3N4PA 4KH5A 1HJOA 5GIOA 4O5FA 3RMDA 4FM2A 5CYMA 1VSFA 3GDQA 1NK6A 5E41A 3BZKA 2JWKA 3DXMA 2EHGA 2DIKA 4IG3A 5AQPA 4DV4K 4JKEA 2LBBA 1JDEA 2VWJA 1C1AA 3CCUN 1WB9A 2RPIA 3A5LC 1QQOA 1IO2A 2WONA 4EFHA 3U8ZA 1OVQA 4NB4A 1ZBHA 3RMBA 1IJJA 3SUOA 5GADP 4DTUA 2XHBA 4DUZK 3BF3A 4CIFA 3D7EO 4OO1J 4H5VA 1YITN 4F9OA 5EX5A 4DKWA 3FZFA 4E1NA 3HP6A 4PUOA 1JLQA 3M5RA 4CEAA 4LF4K 4FZXC 3ZEUA 5C2DA 3NDKA 3OW2M 2HE7A 1RTJA 3KK1A 2E1YA 3A2FA 3LP0A 3AVFA 3ZT1A 4JI0K 2QKKA 4LF7K 1NJYA 3DI6A 1RDUA 3T69A 1BDGA 1MWKA 2COPA 1X3MA 2QWNA 4B8AB 3VPZA 3MECA 3P31A 4DV7K 1JCEA 4OKEA 1BL3A 3WXLA 1ZYQA 2EX3A 2E8AA 4M45A 3Q7BA 2ZWHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK9 A;  4JKA A;  4ILG B;  3E66 A;  4JKG A;  3E9P A;  3E9O A;  4JKG B;  3E9L A;  4JK8 A;  4JKC A;  3ENB A;  4ILH A;  4JKH A;  4JK7 A;  4ILJ A;  4JKD A;  3SBT A;  4JKF A;  4JKE A;  3SBG A;  4JKB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P90 A;  4V19 S;  4N56 A;  4CJL A;  5J1E A;  4UQG A;  2GV9 A;  1QQN A;  3BUZ B;  1A5W A;  2WTU A;  3D6R A;  4CI6 A;  1RDB A;  4BR2 A;  4BE0 A;  2Z1G A;  1MIZ B;  4JHD A;  3KLE A;  4JKC A;  3FLC O;  1YXQ A;  3SQ1 A;  3VA3 A;  1OH5 A;  4I2P A;  2IVN A;  4DFM A;  3MX5 A;  4KO0 A;  2HB5 A;  3O4W A;  3T1A A;  3MMV A;  1NMN A;  1LWE A;  3ZSY A;  4FWQ A;  2OZS A;  3TU5 A;  1BIU A;  3O9Q A;  2NRZ A;  4O55 A;  1BGX T;  4AHT A;  5D3G A;  4DQ8 A;  4BE1 A;  3AA4 A;  2O8E A;  5FPD A;  3VQB A;  3VQ9 A;  2WFB A;  4CIG A;  4IJN A;  4KI6 A;  2AJQ A;  1EF1 A;  4K8Z A;  4CEB A;  3VGM A;  4A61 A;  5KGX A;  4CJW A;  4KKO A;  1VHX A;  1S9G A;  2JGU A;  3D2F A;  1M1K O;  1ASU A;  4B1W B;  3CF5 L;  1WBD A;  3AGR A;  1LWC A;  3SQ2 A;  4YOU A;  4NYF A;  4CD3 A;  1JLC A;  5AQV A;  4CJF A;  2GWJ A;  4OJR A;  4FLT A;  4BGA A;  4CEQ A;  2F4V K;  4CJK A;  1RT2 A;  5JVG L;  3BF1 A;  2P9K A;  5J2P A;  3RR7 A;  3AVJ A;  3VF4 A;  4BRK A;  2PBD A;  3EZ5 A;  3M1F A;  4CER A;  1ISN A;  1IBM K;  4FW1 A;  3UKU A;  1NKB A;  4OGC A; 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