4IMGA

Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase k164 mutant complexed with n-glycolylneuraminic acid
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
MKNLKGIFSALLVSFNADGSINEKGLRQIVRYNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDEIALIAQVGSVNLQEAIELGKYATELGYDSLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDSIIEATGNYMIVYSIPFLTGVNIGVEQFGELYKNPKVLGVAFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTQAGKLKEALEIQHVTNDLIEGILANGLYLTIKELLKLDGVEAGYCREPMTKELSSEKVAFAKELKAKYLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
publication title Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
pubmed doi rcsb
source organism Pasteurella multocida subsp. gallicida
total genus 123
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4imgA00
4QSHA 1OFOA 3QMTA 4KFOA 1YLVA 2A6LA 3OBKA 4GUFA 1OVDA 2NXIA 1PIIA 4LWWA 3IIZA 3GDKA 1SSGA 4M7SA 1AL7A 3FEMA 3BG3A 4FX7A 4JTEA 4O18A 3W2NA 5F4WA 4O4WA 3R13A 4Z1AA 4LUIA 1W3TA 3W1RA 2VC6A 2Y7FA 3O6YX 5C2XA 1KM0A 1SU5A 1TYGA 5LNSA 1H7XA 1IGSA 4LS0A 3GIYA 4Y8FA 4UXDA 1W31A 4N9BA 3W1LA 1LBMA 1IF2A 2C3ZA 5AHMA 3SSJA 4Z0SA 1LRQA 1YXDA 2C13A 3LCFA 3W1MA 1C9DA 1KBJA 1I2QA 3QPYA 4UFHA 1KFLA 4UFMA 4GUGA 5I3GA 2OCZA 1SO4A 1SW3A 3P7YA 3LCLA 4O54A 3NA8A 2E6DA 1LDCA 1D9EA 3L5LA 3LXCA 3LHTA 4X2RA 3W74A 3SW6A 3DH7A 2A6NA 3O63A 2VFFA 1GZGA 4HNVA 4A22A 3A5FA 1J2WA 3W7MA 2WSRA 1N55A 3STFA 3W7NA 3P60A 3DI1A 3FIGA 4XBSA 1ZENA 1F74A 2P1FA 3M5ZA 3BK0A 1ML1A 4WXZA 5D05A 4FIQA 3PUDA 1W3IA 3BG9A 1TPVA 4PCFA 4JYEA 1LRNA 4R53A 5KSWA 2WO5A 4ZQCA 5K4ZA 2XN1A 2C6QA 4RZ5A 3L66A 3BLIA 2V81A 3TDFA 3UD6A 4LRTA 3OVPA 4EWND 1TV7A 5AN7A 1N8FA 3L0KA 2TPSA 4JNMA 1GVSA 4K8HA 3TNOA 1KM5A 4DELA 1ZAHA 3DGRA 4PH6A 4ZL1A 2AGKA 5DLCA 5AHFA 5KINA 3DHDA 1F05A 3USBA 4IX0A 2JKEA 3EXTA 4HKPA 2QCNA 2JBMA 4MLRA 4OBTA 1SUXA 1BWLA 3UPBA 1Z41A 5D2WA 1DBTA 4RV8A 3T55A 5G4EA 1GVFA 3OHIA 2Y7EA 3NQ8A 1OJXA 3C6CA 4ICNA 3MUXA 5CZJA 1VCVA 1W5MA 4ORIA 4LNYA 1H63A 2E6YA 3M44A 4UTLA 5D32A 4RK8A 1LBFA 3P81A 4O1AA 3B03A 4JDBA 4JXCA 2ZDRA 3PG9A 1EUNA 5HUPA 1OX5A 2A4AA 5HQEA 4HPXA 4MFDA 3NPVA 5BMXA 2W0UA 1BTMA 3EB2A 3HB9A 1R2TA 2QKFA 2GPTA 3BLEA 5FF0A 3QM3A 3YPIA 2H3BA 5MHBA 5KITA 1A5AA 3W72A 4M6VA 3S5YA 4K38A 4OT7A 1Q6QA 3PM6A 3HPSA 4JX6A 4NX5A 2X1SA 2RKXA 3EXSA 5CPMA 3BLFA 3LCWA 1C29A 4PTNA 4LW7A 1UCWA 1OFBA 2HS6A 4N9EA 2CLIA 4OE7A 1I2OA 1NVMA 2PC4A 3NPWA 1W1ZA 3BO9A 4NNCA 1R2SA 3W88A 2Q3OA 3BV4A 3INPA 3L9CA 3P67A 2ZRYA 2VEMA 3CIWA 2QJGA 3W2UA 3QSTA 3W1UA 4AB4A 3S5ZA 1JRBA 1KLYA 5KZDA 2X30A 3GAKA 2GVJA 2Y61A 1O4UA 4BI5A 4RR4A 2QCEA 3EWWA 5C5YA 5DBTA 3LV5A 3SY5A 4DBEA 3STGA 2DZUA 4LS2A 4JS3A 2DZTA 3SFKA 2FJKA 1OYAA 2WNNA 4MJZA 4KFNA 2Y70A 5L6UA 1VH7A 3GR7A 4G1KA 4O16A 4QJ1A 1S5WA 2G97A 5KZMA 3E12A 1TJPA 3GDMA 3OG3A 1L6SA 2RDUA 3S5OA 4JTFA 5EPDA 3TQ0A 2J9ZA 1GQNA 2R8WA 2B7OA 3IVSA 1TO3A 1VHCA 2HSAA 2PRLA 3M5VA 2Z6IA 3ZWTA 4K8EA 3M5YA 3LRKA 3SIZA 5LZLA 2NWRA 4IXXA 3PR2A 4O17A 5FF3A 3M7WA 5DY2A 4K7VA 1YYAA 4FF7A 2FQIA 3SGUA 1XC4A 3PB2A 5EKYA 5DXXA 3T44A 1YDNA 4JX5A 4ZQPA 3G1HA 2PRHA 3LRMA 3C8FA 3W2MA 1QAPA 1AK5A 1OFQA 3EX4A 2FFCA 1SZEA 1RQEA 3LRLA 1OFPA 1ZAIA 3W7QA 4LV9A 1F6PA 3CEPA 2C16A 1I2RA 3TROA 1EA0A 5H2ZA 2FB2A 4JTKA 3TV8A 3WK1A 1IIHA 1P4CA 1TB3A 2FPTA 1LM1A 4LRSA 3UZJA 1TPEA 4EF9A 3SR7A 3TA6A 3LCXA 1H61A 4DF2A 1ALDA 2WPBA 3TMLA 1K8YA 1SFJA 1B3OA 2JGYA 2ZA2A 4BR1A 3BPWA 1G4TA 3G1AA 4UTHA 4GC4A 1CI1A 4GUJA 3A9IA 5D04C 2GUUA 5K9CA 2X1UA 3TJXA 5D38A 5HNRA 3JS3A 4FXRA 4L4LA 1JRCA 4UNLA 2C0AA 5HULA 1FWSA 3MWAA 4LU0A 3UXDA 1AW5A 3ELFA 1B57A 3GX9A 4IQLA 3TIMA 1Q6LA 2VFHA 3C2VA 1XDMA 2B0MA 3P8IA 4AF0A 3W07A 1PS9A 2A21A 1F76A 3G22A 4JYDA 2A7PA 3NR0A 3LHUA 3VE9A 3CQ0A 1PE1A 3LLDA 2FPVA 3DENA 3NQDA 1JCLA 2Q3RA 1H7WA 4QIUA 1VCGA 4NX0A 4DO6A 2LLEA 3GB6A 1A5CA 3LX9A 4RJEA 1TPB1 5FESA 2YW3A 3TW6A 3HPXA 3Q94A 2FLIA 1LRTA 1X1OA 3IVUA 1EUAA 3TFXA 3MHGA 5AYYA 3LI0A 3WJXA 2J6XA 3MMTA 3W7DA 3UZ5A 4PEKA 3C56A 4A21A 3N2MA 3G1FA 3C2OA 3NL5A 1U5JA 3H54A 5F4XA 2WV8A 3NQGA 4DPQA 1OFDA 3I7QA 3KRSA 4JD4A 2E6FA 1VHNA 1QO5A 3UWYA 1OFEA 2QEZA 2ISSA 3GDTA 5HWJA 3IRDA 2EAWA 1ADOA 4AHPA 3MO7A 3E49A 5DCBA 5EL1A 5BOOA 2RDTA 2ZBTA 1KTBA 3EWZA 4JTSA 1RPXA 1JR1A 3V1PA 4AWTA 3NZ1A 3OA3A 4NU7A 4WD0A 4RXFA 2QDHA 4CCDA 3HG3A 3TCEA 3F4WA 4NNAA 3WJWA 3EWBX 1JUEA 4AMAA 1YXYA 2E1DA 4ADSA 2X16A 5D33A 4YLWA 4IX2A 2Y63A 2G95A 3P84A 2ZQ0A 3QQ0A 4FIRA 4OQVA 4UTUA 3CPRA 4I7WA 3TSMA 4N6EA 2I1OA 1LCOA 2DZSA 3NQVA 4W9TA 2V5LA 1KTCA 4ONVA 3GNDA 4UTTC 1PVNA 1QNVA 1W5QA 2A1YA 5D37A 3LHWA 4HN4A 3GXTA 2QDGA 4MPQA 3TSDA 3BW3A 3JRKA 1M6JA 2GJNA 1L6YA 1ZCOA 3O15A 2ZZ4A 3LHZA 3F4NA 4WQ6A 1DL3A 3WK0A 2G96A 3KAOA 5LHFA 1EIXA 1FY6A 2FDSA 1SZNA 5SWUA 3VFLA 3R12A 2PRMA 4QITA 4JGDA 3C0JA 2A85A 4BK9A 3W3OA 4O1BA 3GXNA 3U2OA 3M16A 3CHVA 1JQXA 1TV5A 2E5DA 3QFEA 1WBHA 1R2RA 5DCEA 3QW3A 3DHFA 3CWNA 3NAVA 3OVQA 3CT7A 3LGEA 2A2IA 1ICPA 3DKLA 3TAKA 5I3HA 2GVGA 1WA3A 1NF0A 1SO3A 3ABSA 3HPZA 4XWUA 4ZQOA 2YYTA 3C4UA 1WBJA 4JTUA 3DXIA 3FJLA 3U8GA 1F5ZA 1AW1A 3KXQA 5K7JA 1HUVA 1H7OA 4M6PA 3T40A 3C52A 3BVJA 4UFJA 5T26A 3GAYA 5LNRA 1UUMA 4BI7A 3CM4A 3PULA 3RNDA 1LLZA 3TC6A 1H51A 4JTJA 3W9ZA 1FCBA 1S5VA 1S3HA 5LKYA 4AXKA 1FDYA 3L0GA 1FDJA 5I3IA 4JX4A 2OZ0A 3VE7A 3TKFA 4U28A 4HIBA 4MFEA 1AMKA 1FUYA 3RLUA 3ZS4A 3QQ1A 3ABQA 2VFDA 3P8JA 3TX9A 1VZWA 1IIGA 3I6RA 4TMCA 4N4PA 4CQAA 3HF3A 3O07A 3Q2DA 1Q6RA 2YCEA 1QOPA 4A29A 3CB8A 5CKSA 1SZGA 2BZNA 2I14A 5G5IA 3S1VA 1P0KA 1TTQA 1WXJA 3B0VC 3KX6A 4EIVA 1F73A 2V2HA 4NUWA 1WQ5A 4RX0A 3HG5A 3BW2A 3NM1A 3EKZA 3W7EA 1H7RA 3FYOA 3B05A 2WQPA 2P10A 1LOSA 3NL2A 2ABBA 1LLWA 1JCXA 1XXXA 3DAQA 3M6YA 1GVRA 2GOUA 3LERA 1T8XA 1TPC1 1W5OA 1HG3A 5CG7A 1KBIA 2YFNA 3QMRA 3WFAA 4UMBA 1OX6A 2Y89A 3W7CA 4NZJA 3R89A 4MYXA 5CZSA 2BSLA 4MVAA 2V82A 3M9YA 2JKPA 3N9RA 3PSWA 4EVZA 5LHEA 1A53A 4M5PA 4HNNA 2V2DA 4FNRA 3MHUA 4NXKA 3THQA 2ISVA 5DBUA 4DEFA 4CQ9A 4RXGA 4QQ3A 1W54A 3VNDA 4LTSA 1MEWA 1DQXA 2E6AA 2J9XA 2PCQA 1OFAA 5A8GA 1QMLA 1X6UA 4XTDA 4BF9A 3G3MA 3NEVA 2CFFA 3QW4B 3O8AA 3LBCA 5DXYA 3P82A 1EP3A 2OMAA 2FB3A 4LS1A 4LY8A 1TPWA 3C61A 4OU1A 3B04A 4YXGA 3NZRA 1N7KA 1FCQA 1ZY9A 1I2PA 1VR6A 5CSRA 4RZ6A 4XKYA 1VYPX 3TMQA 1X7FA 3W76A 4ALDA 1B4EA 5AC8A 4C1KA 1D3HA 1YADA 3NQ6A 4QNWA 1VYSX 1GT8A 2ZRWA 1VCFA 5IBXC 3WK3A 2YPIA 1VGAA 3NVTA 1GOXA 3TQVA 2VEPA 2Z1BA 4A3UA 2VEKA 4ZMGA 1NAL1 3SECA 4FNTA 2O7QA 3GDLA 1AG1O 1SR9A 3DFPA 4WJEA 2J27A 5DY3A 3EWUA 1UJPA 4DQWA 3HG4A 2Q8LA 1M5WA 1A5SA 3PUOA 5I3KA 4UTKA 2ZZ7A 3W71A 3P5YA 3UWVA 1DOSA 3EWYA 3GYEA 4JR5A 2R91A 1DORA 3FYPA 3M5XA 2V0TA 3GDRA 1L9WA 1FX6A 3F03K 4FX8A 4IMFA 4OV4A 3RMJA 4N6FA 4ADTA 1O5KA 2VEIA 4QISA 3ATYA 1VS1A 5AHLA 3TE9A 5C55A 4M7TA 5AOUA 3NL6A 1ZJIA 1TPDA 1TQJA 1RR2A 3LHYA 4XUGA 2A7RA 2BTMA 4BWLC 4KFPA 3QJAA 2BLEA 3SZ8A 3N9SA 4QM1A 2QUVA 3MI2A 5E1QA 1UBSA 2V2CA 4GNJA 3L21A 3E0IA 3PBYA 1JUKA 3P80A 1TJRA 2RDWA 1MXSA 5D2TA 2TMDA 1EX5A 1GG1A 1Q45A 2Y62A 1ZALA 3DZ1A 3NPUA 1EPXA 3DU0A 2R94A 3RLVA 1QCWA 4BFAA 3UWUA 2EHHA 3IIOA 2CW6A 5BMWA 1JCJA 2QAPA 5FF4A 3GVGA 4LOCA 4MZ8A 4YCPA 4NNBA 3AO0A 4PODA 2NZLA 2V5BA 1SO6A 3LCHA 4O1DA 4DXVA 3LTPA 1G67A 3W70A 3IGSA 3S6DA 4OGZA 3U6WA 5EMUA 5HINA 3LXAA 3TW7A 3W7LA 3OIXA 3V75A 3W7JA 5F2IA 5AYXA 1GVOA 4N2YA 1YTKA 3NDOA 2H6RA 1DV7A 1WOAA 5FEZA 1QPQA 1MSSA 4Q4KA 2PE4A 1TRDA 1OX4A 3FLUA 1OG0A 4NZFA 3CLMA 4I7VA 4O13A 4JIQA 3VI2A 4CLMA 3HJZA 1KA9F 3N3MA 3W7GA 3P61A 4UC5A 1FWRA 3G8RA 1K02A 4NJGA 1R47A 2VFGA 1OF6A 4FNUA 1G7UA 4M6QA 1FQ0A 2ZZ1A 4O14A 1NSJA 1OF8A 1LROA 4R7JA 5CZTA 2VKZG 2YGYA 1I2NA 1W5NA 2V30A 4PL2A 1Z44A 1NF7A 4RZ4A 2CU0A 3Q58A 5AC7A 2I9EA 5D30A 1PV8A 3ZFHA 3NQCA 1JQVA 5FI8A 1YTDA 2X1RA 3W7IA 3NQMA 1J4EA 2Z6JA 3RFAA 3TXZA 3MJYA 4OHQA 3P62A 3W23A 4AEOA 4LVGA 1GYLA 1O5XA 2F7FA 1QO2A 3NQAA 4TR9A 5EBUA 4O53A 1TPH1 1KLZA 3PUEA 3UWQA 1EB3A 3GKAA 3MP4A 4NT0A 4H3DA 5AC6A 1PCKA 3TJLA 3BW4A 1VLWA 1Z42A 2OT1A 3B8DA 1P5BA 1HTIA 3Q37A 1XKYA 3MHFA 4AF0B 1OFRA 3BARA 4GRSA 2R14A 4U4MA 1H7PA 3HIJA 1LOQA 4K39A 1JULA 3N2XA 4ADUA 3W87A 3RU6A 3D0CA 3EX6A 2CLLA 1DVJA 1HFBA 3G1XA 3S42A 4O28A 1G4SA 2H8XA 3EKLA 3M41A 4IGHA 3FJ6A 4RLIA 2DZWA 2BWGA 1HO4A 2BX7A 1PHQA 1LOLA 2VELA 4XBKA 3ATZA 1KM2A 4JY8A 4AAJA 4JTGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HN1 A;  4KFO A;  4G7E A;  3ARR A;  5ENL A;  3BAY A;  2VVS A;  4GYP C;  1UWR A;  4S3A A;  3AMD A;  3IIZ A;  2PDX A;  2ZOX A;  3GNP A;  3ONC A;  3VD7 A;  3FEM A;  3BG3 A;  5DO8 A;  2QQ6 A;  4CU6 A;  5DRI A;  1AQF A;  1QI2 A;  4O4W A;  3EMZ A;  5IHS A;  5I07 A;  3GC4 A;  3R13 A;  2V67 A;  4XIM A;  4Z1A A;  4LUI A;  3W1R A;  2VC6 A;  2Y7F A;  2WVU A;  4PUN A;  3B0Y A;  4F9D A;  3ONB A;  3MA8 A;  3EYP A;  3FYY A;  5LNS A;  2P3E A;  1H7X A;  1SZR A;  1IGS A;  2CEQ A;  2OOF A;  4W87 A;  3GIY A;  5CBJ A;  4UXD A;  3AMK A;  2E25 A;  3L12 A;  4N9B A;  1LBM A;  3K8M A;  5AHM A;  2PP1 A;  1C9D A;  4I6V A;  1CXI A;  5T8G A;  1TUF A;  2XTK A;  3NA8 A;  1KFW A;  4WIW A;  2XIO A;  3LHT A;  4B5T A;  2UY2 A;  5EBA A;  4YJ5 A;  2PTX A;  2A6N A;  4C7G A;  3Q65 A;  4D8Z A;  3W7M A;  1CGW A;  4AEE A;  3WMB A;  3ALF A;  3OBA A;  3W7N A;  3R79 A;  4ROP A;  4KCU A;  2E8Z A;  1PUD A;  1F74 A;  4JIH A;  4XK2 A;  3H2A A;  4GQQ A;  2ZWY A;  1TPV A;  1NWR A;  4JYE A;  2PDC A;  5E09 A;  4KRU A;  5A6S A;  3UFY A;  2XM2 A; 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