4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
4M45A 4M42A 4C8MA 3M8PA 1Q9YA 1JLQA 1KVAA 3OYGA 2JLEA 2FBXA 1FKOA 4CEEA 2QXFA 2HW3A 1JLBA 4DSKA 1K6YA 3V4IA 2HB5A 4CFBA 5J1EA 1F21A 3K5LA 1RT5A 4FK0A 4IFYA 4DWIA 1BGXT 3AVCA 4Z4HA 3LZJA 1TV6A 2G8KA 4H8KA 2P51A 3ZT2A 4KTZA 3V9ZA 5KGWA 1TK0A 4QAGA 3QESA 3DLEA 5CYMA 4H4OA 1HPZA 3ZSQA 3O4NA 5FRNA 3K59A 3L2QA 3HP9A 3AA2A 1U04A 2GBZA 2ITGA 3G0ZA 2VG7A 4LH4A 4B8AB 3AVKA 4CK2A 4JRPA 3KTQA 4KB0A 3PUFA 3K5MA 1NKEA 3SJJA 2IAJA 3CM5A 5KTQA 2YNGA 3AO1A 4AILC 3I0SA 5J2MA 3DOKA 3OYCA 2D0AA 1RT7A 4IG3A 3TABA 2R7YA 1QSSA 3HO1A 2HHSA 1L3SA 4E0DA 4KPYA 4FLZA 4RW7A 4AHVA 3OYFA 2DTUA 3G10A 2XY5A 1LV5A 4CJFA 4DSLA 4NCAA 2YV0X 4FK4A 4K8XA 3SUPA 1TL1A 3AO5A 3AVBA 4KTWA 2YHBA 1RT1A 1L3UA 3LPUA 3TANA 3UIQA 4M3TA 4FW2A 4EP4A 3LP3A 5DK5A 4C8LA 3OYBA 2XY7A 3M8SA 3NE6A 1FXXA 2X78A 2P1JA 2X6SA 4DLGA 1XHZA 2NUBA 3DLGA 3O3FA 3HVRA 3DM2A 3S3NA 1KFSA 3RR7A 3HJFA 3TAFA 4FJIA 2EX3A 4OKKA 2KZZA 1L5UA 1YTAA 1NJWA 1C0MA 4I9QA 5D3GA 4CE9A 3KLIA 4I2PA 1Z25A 1WSJA 4CJPA 3PV8A 2VWKA 1WSGA 5HROA 3THVA 1B9FA 3AVNA 3SPZA 2FBVA 5FROA 1A5WA 3KKSA 3VQCA 4ZTFA 3ALYA 4WE1A 1ZYQA 2VG5A 3MAQA 5JS2A 1HJRA 1VSMA 2KFNA 4FJHA 3L2VA 4BWJA 3QNOA 2IC3A 4FW1A 3TWHA 5HLFA 3M8QA 3VA3A 3SNNA 4HCBA 2ETJA 5T7BA 4CFCA 3OYMA 3MEDA 1WSIA 2Q3SA 1JL1A 1Y97A 3RTVA 1RTDA 4CESA 3HSTB 4PA1A 1WN7A 2Y1IA 2HVHA 2DY4A 4W5NA 3KLHA 3VA0A 1N5YA 3SQ0A 3K5NA 1C0UA 1SKSA 1LWFA 1SUQA 3ISNC 3LAKA 4DTXA 1ASWA 2KQ2A 3CFPA 3I8DA 3NF9A 3IRXA 4K8ZA 2D0CA 3JSMA 1NKCA 2KFZA 3KLEA 4DF8A 3VN5A 2F8SA 5HBMA 4OKEA 3HT3A 2WONA 2FC0A 4FJNA 3T1AA 3VQ8A 4CFDA 4CHNA 3OY9A 1S1TA 4PWDA 3NDKA 4DFJA 4DTNA 3NGYA 5FDLA 3DLHA 1O1WA 3NHGA 3A2FA 1YT3A 1BISA 2HMIA 3CYMA 4GVMA 4W5OA 3PY8A 3P1GA 4FZXC 4KV8A 4KHNA 1DTTA 1Z26A 1NK5A 4AHRA 1KLMA 4LSLA 4IKFA 3KLFA 1VSEA 3RRGA 1HYZA 1TVRA 2E6LA 3ZT0A 3EYZA 1TK5A 2ATQA 3AVIA 3TAPA 2G8IA 2BE2A 3T3FA 3FFIA 4CJUA 3OYNA 4QCLA 4ELVA 4FJKA 4CFAA 3OVNA 1TKTA 1D8YA 4DFPA 2VWJA 3VQBA 3SZ2A 3CFOA 4CF9A 3ZSXA 2OZSA 1D9DA 4CJ3A 4R5PA 4B9TA 4FYDA 3QEXA 2HNDA 4HUGA 3LWLA 4E7HA 4M3XA 1C1AA 3AVLA 4J2AA 4OGEA 1VSIA 4DSIA 4I2QA 4KHSA 3VQAA 3VQ6A 1L3TA 4KKOA 4FJLA 1BCMA 1KCFA 4IG0A 3RMDA 4YFUA 4CEOA 3U6FA 1BQNA 3AVHA 1GOCA 1GOAA 4FLTA 1JLGA 1S1UA 3L3UA 5KGXA 1KVBA 3LDSA 1RDAA 3U3GA 1QSLA 2RN2A 4F3TA 1XI1A 3QEPA 1RT6A 4Z4CA 3K58A 1S5JA 1KFDA 3NBPA 4DSJA 4F2SA 1QE1A 3HPGA 4FJ8A 3L8BA 4JLHA 4F2RA 2HHVA 1TKXA 2KW4A 4KHWA 3ZSYA 3O3HA 1BIZA 4OPKA 4KI4A 2A1SA 4CK3A 2QK9A 3S9HA 1VSFA 2QKBA 5HP1A 2WOMA 1TAUA 1RBTA 1VSLA 1QHTA 4YNQA 4BE1A 4Q5VA 4DLEA 1N6QA 2BANA 3SI6A 4FJ7A 4KI6A 3VQ5A 3F9KA 2YHAA 3OJSA 1IG9A 2ZE2A 1A5VA 3L3VA 4Z0UA 1Q9XA 1NK4A 2IGIA 4QOZB 4J2BA 2EHGA 3AO2A 4FJGA 1T05A 1REVA 3RMCA 3C6UA 1UA1A 4B9NA 3AVMA 1EKEA 4DU3A 2P5OA 3LPTA 3MXJA 1XWLA 3OYKA 4CJEA 1RT3A 2HHWA 2AJQA 3QO9A 3DRPA 1ZBUA 4DSFA 2Y1JA 1D9FA 4CGJA 1CXQA 3T19A 5C25A 4HVJA 4O0IA 3LALA 3NF7A 4O5BA 4CJWA 4HTUA 1D5AA 1ZBFA 1RNHA 3WNGA 4NYFA 2G8VA 4DTRA 4HUEA 4DF4A 4FZYA 4CIEA 3ZT3A 1KRPA 1HQEA 4PUOA 1VSDA 4E89A 1QQCA 1JLFA 2OPQA 3IG1A 2W42A 2G8WA 4CJLA 4IDKA 3VQQA 2OPPA 1S9EA 1C1CA 1JXEA 4HCCA 3HPOA 4HHTA 2Z1GA 1RBRA 1XHXA 2OPSA 4AHUA 3OYLA 2Z1HA 2YNIA 4LH5A 4OJRA 4CECA 1MU2A 3NF8A 3F73A 1ZBHA 2XRIA 1HNVA 3AO4A 3V6DA 3SUNA 4O4GA 3EZ5A 4FJ9A 2B5JA 4CJKA 1I39A 3TAQA 1VSKA 3D0PA 3ZSOA 4BWMA 3ZCMA 4B9UA 4F3OA 3DI6A 4GW6A 1X1PA 3HL8A 4IFVA 1HMVA 5I3UA 4FM2A 1DLOA 1QS4A 1SL0A 4PQUA 3RWUA 1G15A 1S1WA 4CJVA 3AV9A 4N56A 3S3MA 4OGCA 1SV5A 4Z4FA 1R0AA 1HQUA 1S1VA 1TL3A 4CF0A 1NJZA 4E19A 3ZT4A 4CHZA 4DFMA 3LANA 4Q0BA 1T7PA 3SV3A 1SKRA 1UOCA 3TR8A 3EY1A 2IOCA 1S9GA 1RT2A 2OPRA 3OYDA 3V9XA 4CGHA 1TGOA 1T03A 2X74A 4CEBA 1WSFA 3RR8A 4CHYA 4DQQA 2PYJA 3KJVA 2G8UA 3ZSVA 3TAGA 5CYQA 1NK8A 3HK2A 1S6QA 3AVFA 1X9WA 2HNZA 2KTQA 3SUQA 1DTQA 4CEFA 4M3YA 1IKYA 5CZ1A 1VRTA 1WLJA 4CF1A 3TAEA 2XO7A 3NGZA 1WSHA 3LWMA 3CFRA 3NFAA 1HRHA 5E41A 4JRQA 1IO2A 4L8RB 4RW6A 3S3OA 3DRRA 1J5OA 5KI6A 1C1BA 4FLXA 1U49A 3KIOA 4CIGA 3V81A 1EX4A 3IS9A 1LW2A 3ULDA 5J2NA 3SV4A 1NJYA 4CHOA 4CJ4A 4F4KA 4DU1A 1RTIA 3VQPA 1NOYA 3OS0A 3LZIA 4EZ6A 4DQSA 3MXMA 4CJ5A 3NH2A 4CGDA 3JYTA 1WAJA 4PY5A 3V9UA 4AHCA 3NH1A 4OKJA 3DOLA 4B08A 5SZTA 3MXIA 1FK9A 1TKZA 5C42A 2JGUA 5K14A 2P5GA 5KRSA 3AO3A 3L2WA 1UAXA 3TI0A 2ZQBA 1L3VA 5J2PA 1NJXA 1TAQA 2YNHA 3QINA 3VQ4A 2I5JA 3QEIA 4ICLA 2E4LA 1RBVA 3DLKA 4E1MA 2XHBA 3AA4A 3LP1A 3V1QA 4ZHRA 4CJRA 4I9LA 4M41A 3PO4A 3KK1A 3ZSRA 3SCXA 1RILA 4JS4A 1LW0A 3DLRA 3BDPA 4BE2A 3B6PA 2B4JA 3P5JA 2BGGA 3VQ7A 3OYEA 4DTMA 1VSHA 3CG7A 3ZT1A 1FKPA 2OA8A 1J54A 1BL3A 1HYSA 4DTJA 1BI4B 3AVAA 5CY4A 3V1OA 3ZSWA 5KRTA 3OS2A 3KK2A 3AVGA 1CZBA 3D45A 4AHSA 4CEDA 4DQIA 1TKDA 1T8EA 4M3RA 4EP5A 2IDOA 4CEZA 3B6OA 3NAEA 4XIUA 3OYHA 4F8RA 1EXQA 4M3ZA 2YKMA 1BI4A 4N5SA 1ASUA 4Z4IA 1U48A 1U4BA 2HHUA 1NK0A 3C6TA 3K57A 3CQ8A 4FVMA 2HVIA 5JS1A 4KTQA 3AA5X 3DLBA 3NGIA 1CLQA 4E7IA 4AHTA 4MFBA 4B9SA 5J2QA 4IBNA 2PY5A 1QSYA 2RPIA 4Z4GA 1RCHA 2DFEA 2DFFA 4DS5A 1IH7A 1WSEA 3O4QA 4NCGA 4DFKA 1S1XA 4RW4A 3OYAA 4CEAA 4CGGA 1IKVA 3U3YA 2A1RA 1C0TA 3V9SA 2HHQA 1IKWA 1KLNA 3VQEA 2GV9A 4O55A 2LSNA 5CZ2A 3SQ2A 1ZBLA 4N41A 1RTJA 4OVLA 4TSXA 4B9MA 3SQ4A 4M3WA 4BDZA 3KKRA 2D5RA 1BIUA 3HVTA 4O0JA 5HRPA 4FCYA 3PX6A 4M3UA 3PX4A 1LWCA 1U47A 5FRMA 2X6NA 4Y1CA 4J2EA 3VQ9A 4W5TA 1WAFA 1YVUA 1ASVA 4C8KA 4FXDA 4DU4A 2D0BA 2YKNA 3ITHA 3BGRA 4CK1A 3LP0A 3AVJA 2F96A 3K5OA 1NKBA 4KREA 4E7JA 4DQRA 1CZ9A 1ZBIA 2HHXA 2HHTA 3MEEA 2B6AA 1IKXA 4RG8A 1BHLA 1VRUA 3WNHA 4FM0A 3NH0A 2PZSA 1X9MA 4LD0A 1LAVA 1QTMA 4FM1A 2GUIA 4CJQA 1U45A 4OPJA 4B9LA 4E7LA 4B3OA 1W0HA 3AA3A 4CF2A 4BDPA 3RMAA 3KLGA 3NCIA 3O3GA 4KB1A 3DRSA 3RRHA 3CM6A 4BE0A 4E1NA 3ZSZA 3KK3A 4KHYA 3HXMA 5I42A 2VG6A 4FJ5A 3QNNA 3MECA 1JLAA 3I0RA 2OZMA 4CERA 4B8CA 4FLYA 4NYNA 4O44A 3VQDA 3LP2A 1YTUA 3NF6A 4CF8A 3QEWA 3C94A 4GMJB 4BACA 1JLEA 4DMNA 2IS3A 4FK2A 4OLBA 3QERA 2OYQA 3LAMA 4FJJA 3HPHA 1RTHA 3WNFA 2QKKA 3QLHA 3K2PA 1LAWA 4CJSA 5HRRA 3HP6A 4FJMA 1ITGA 4ELTA 3QIOA 4OLAA 3QETA 4DTPA 1RDBA 1JKHA 5HRNA 3P83D 1GOBA 2FBTA 3IAYA 4C8OA 1NK7A 4FLWA 5DMRA 1NK9A 3HM9A 1XC9A 1NK6A 2PYLA 4UQGA 4W5RA 3V9WA 1SL2A 2BDPA 1B9DA 3E01A 4H4MA 4CGIA 3M8RA 4KO0A 2DFHA 3PX0A 4DTUA 2O4IA 4KHQA 4HUFA 1UA0A 2XY8A 4CHPA 3TAMA 1B92A 5HRSA 1SKWA 4FJXA 2KZMA 4Z4EA 3L2UA 3SPYA 1C6VA 1WNSA 2RF2A 1SL1A 1JXBA 4KRFA 4DG1A 4AH9A 1RBUA 2Z1JA 3HYFA 3KD5E 1A5XA 4ZTJA 4ID1A 1RT4A 4DSEA 5C24A 1KTQA 4EZ9A 4N76A 4RW9A 1X9SA 3RMBA 4N47A 2Z1IA 3L2RA 1EETA 4E7KA 1TK8A 4C8NA 4Y1DA 1BCOA 3WNEA 3SYZA 4FLUA 1RBSA 2G8FA 3SUOA 1Q8IA 4CGFA 1UWBA 4CJTA 4RW8A 4DTOA 2YNFA 4DQPA 4I7FA 2G8HA 2HNYA 1BQMA 1HNIA 1JL2A 4ID5A 3H08A 3V1RA 3PO5A 3ASMA 1J53A 2F8TA 2FBYA 2RKIA 1HYVA 1CXUA 4FLVA 3QIPA 1NOZA 2O4GA 4BDYA 5EU7A 1VK0A 3OYJA 4B9VA 1VSJA 1RDCA 2XY6A 4MQ3A 4ELUA 4KAZA 4FZZA 4CIFA 4CHQA 3MEGA 2E6MA 4E3SA 1RDDA 2ZD1A 3OJUA 3KD1E 1KVCA 4DTSA 4JS5A 4DS4A 1JLCA 3C95A 3TARA 1EP4A 4CCHA 3QEVA 3SQ1A 3DMJA 4W5QA 1I3AA 1S6PA 1KSPA 3OYIA 1LWEA 1J9AA 5SWMA 3DYAA 4LY7A 3OS1A 4KHUA 4NCBA 4G1QA 4CEQA 4KFBA 4J2DA 4LSNA 1W9HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1VQ5N 2AA4A 3JAMO 3MX5A 5JLFA 3OA9A 1KCFA 4YFUA 1ZXOA 1NGDA 5KGXA 3L3UA 3U3GA 2RN2A 4F3TA 1RT6A 4Z4CA 1KFDA 2I7NA 4F2SA 1FZ7E 5KPTA 4KHWA 1BIZA 4CK3A 2QK9A 3S9HA 1TAUA 4YNQA 1N6QA 3IFRA 1VQON 2VCPA 4KI6A 1JW2A 5EX5A 1IG9A 3L3VA 1NK4A 4J2BA 3AO2A 4FJGA 3N4QA 1REVA 2F7TA 3BF3A 4B9NA 1HKCA 1HNWK 3MXJA 4JKCA 2HHWA 2AJQA 1XWLA 4YORA 1K8KA 1RT3A 4CJEA 3DRPA 1OH8A 1Q18A 3WXIA 4ILJA 3THYA 3NF7A 4K41A 5JVGL 5GIOA 4DTRA 3IUCA 4FZYA 3ZT3A 4PUOA 4E89A 2PFTA 3PIPL 4IOXA 2OPPA 3KWGA 2A6AA 4HCCA 1JXEA 2JH8A 1XVDE 2OPSA 2AP1A 2Z1HA 3A5MC 1T6DA 4CECA 2JPNA 4BY9C 3P4IA 4F9OA 3F73A 3QMLA 1ZBHA 1N32K 2ZF5O 1HNVA 3H1QA 3V6DA 3SUNA 3EZ5A 4FJ9A 1I39A 4H0VB 1VSKA 3ZSOA 4F3OA 2QW9A 3HL8A 5I3UA 2WBNA 1QS4A 3RWUA 1S1WA 2J4RA 3AV9A 4MLEA 1NWKA 3O8MA 2F4VK 4ILGB 5AQKA 1HQUA 2P1MB 4JI2K 1X3NA 3TR8A 2IOCA 5HL7L 5AQSA 4X65K 3VERA 1TGOA 3CI5A 2X74A 4CEBA 4JK7A 2P1PB 4CHYA 5F2RA 1S6QA 3AVFA 4M3YA 1WLJA 3E9LA 3TAEA 4KHPK 5ELZA 2RKHA 1BDGA 5E41A 4JRQA 4RW6A 3S3OA 5KQ8A 3DRRA 5KI6A 1E3MA 4FLXA 3PIOL 3KIOA 4BR7A 4CIGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M45 A;  3IMX A;  3DXM A;  1KVA A;  2QWQ A;  5KQD A;  2HW3 A;  1JJ2 M;  3V4I A;  4CFB A;  4BRE A;  1BGX T;  4H8K A;  3ZEU A;  1I94 K;  3V9Z A;  1TK0 A;  3R6M A;  5CYM A;  3QES A;  4H4O A;  3O4N A;  1NG9 A;  5FRN A;  3K59 A;  3HSC A;  3UE5 A;  3L2Q A;  3AA2 A;  2ITG A;  4LH4 A;  4JRP A;  4WYB A;  4B8A B;  2E32 A;  2IAJ A;  3AO1 A;  4AIL C;  4LF4 K;  4IG3 A;  3M1F A;  4ICG C;  1QSS A;  3HO1 A;  2A3Z A;  2FSK A;  1L3S A;  3OGK B;  2DTU A;  4NCA A;  2YV0 X;  3VOV A;  4FK4 A;  3F5T A;  1HLU A;  3AVB A;  2QM1 A;  1SS6 A;  3TAN A;  3UIQ A;  4M3T A;  4FW2 A;  4EP4 A;  3PLA A;  3FZH A;  5LMU K;  3OYB A;  1QQO A;  2XY7 A;  1Y64 A;  4H5V A;  3QFP A;  4BR4 A;  3MWP A;  4BC2 A;  3DLG A;  3L4Q A;  1FZ0 E;  1BUP A;  2EX3 A;  2KZZ A;  2P9L A;  4I2P A;  1Z25 A;  1WSG A;  5BPN A;  3UB5 A;  2D0O A;  1B9F A;  2FBV A;  2MZW B;  3ALY A;  3BP8 A;  3ZET B;  5JS2 A;  3QBX A;  1ATN A;  3QNO A;  3VA3 A;  3SNN A;  4H0T B;  1WSI A;  1Y97 A;  4CES A;  1FZ8 E;  3GDQ A;  2E2N A;  1FZH E;  2HVH A;  1YIT N;  3VA0 A;  1C0U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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