The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBL K; 1N36 K; 4DR1 K; 4K0K K; 4X66 K; 4CVN E; 4JI4 K; 3JAM O; 4JI8 K; 4DR6 K; 4JI7 K; 4CW7 B; 4NXM K; 5A2Q O; 4JI0 K; 2VQF K; 1XMQ K; 4LF9 K; 4LFC K; 4LF4 K; 4DR2 K; 1XMO K; 5AJ3 K; 4YY3 K; 4JI3 K; 4DV3 K; 5LMN K; 3J81 O; 4DR3 K; 4JYA K; 4DV0 K; 1FJG K; 4X62 K; 1N32 K; 3J7A P; 4B3T K; 1IBM K; 3T1Y K; 4DUZ K; 5FLX O; 4B3M K; 4LF7 K; 2UUC K; 2F4V K; 1XNQ K; 4JI6 K; 2UXD K; 4JV5 K; 1XNR K; 1J5E K; 5IT9 O; 4NXN K; 3T1H K; 4YHH K; 4GKJ K; 4V19 S; 4DV2 K; 1HR0 K; 4DR7 K; 5LL6 Z; 4KHP K; 2UU9 K; 4DV7 K; 1IBK K; 1HNZ K; 5IWA K; 2VQE K; 4DUY K; 1I94 K; 4LF8 K; 4B3R K; 4OX9 K; 2UUB K; 4X64 K; 1N34 K; 4JI2 K; 1N33 K; 2HHH K; 2UXB K; 3J80 O; 4DR4 K; 4LF5 K; 4DV4 K; 2UUA K; 5BR8 K; 2ZM6 K; 2UXC K; 4AQY K; 4DV1 K; 4B3S K; 4LFB K; 4DV6 K; 4JI5 K; 4X65 K; 3J7Y P; 5LMU K; 4LFA K; 3OTO K; 4DR5 K; 4GKK K; 1HNW K; 1HNX K; 4DV5 K; 4JI1 K; 2E5L K; 4LF6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AVL A; 4O5F A; 3AVG A; 4CEA A; 3F2K A; 4DQP A; 1EWQ A; 3AVN A; 4HVJ A; 4K25 A; 3KK3 A; 3I8B A; 3GG4 A; 4HTU A; 3EE8 A; 1RT5 A; 2Q2R A; 4FPA A; 5KGW A; 4BC5 A; 3AVC A; 2ZQB A; 1BI4 B; 4KTQ A; 2FXU A; 3VQ6 A; 4DF8 A; 5BPN A; 3A2F A; 4U67 L; 3AA4 A; 4O5B A; 4DTX A; 4LF9 K; 4WFA L; 3CI5 A; 2G8K A; 1QQC A; 4ICL A; 3EZW A; 3HK2 A; 3P83 D; 3QFP A; 4CBW A; 3QIO A; 3CM6 A; 1NGI A; 3QET A; 5C10 A; 3HT3 A; 1RT3 A; 5I3U A; 3VA3 A; 2FBV A; 4KH6 A; 2DFE A; 3TSQ A; 4H03 B; 4BR2 A; 4CJE A; 4GV6 A; 1WAJ A; 1A5W A; 2NRV A; 4CK1 A; 3PSF A; 3AY9 A; 5CHI A; 3IUC A; 5FLX O; 4J8F A; 2CGK A; 2O8F B; 1VSK A; 4DHY A; 4MQ3 A; 5AQG A; 4WFN L; 4IKF A; 3SAF A; 4AHC A; 2HBL A; 1YVU A; 4FZZ A; 5TKY A; 1FKP A; 1S5J A; 2EX3 A; 1RNH A; 3THW A; 3U3G A; 3FZF A; 4JN4 A; 3KD5 E; 1O13 A; 2DTU A; 4HHT A; 1T8E A; 1HKB A; 1KQS M; 4FWL A; 2UUB K; 2QK9 A; 2RE2 A; 4HCC A; 2Y1I A; 3U3Y A; 2QM1 A; 4CIF A; 3CF5 L; 1Q81 O; 1KAZ A; 1S72 N; 4CGH A; 1LAW A; 4AQY K; 4ISF A; 1NGB A; 2CH5 A; 1VSI A; 4DV1 K; 1HRH A; 3H3O B; 3CCS N; 2IVO A; 4DB3 A; 3OTO K; 2ZGY A; 4DR5 K; 2NZT A; 3ZX0 A; 4IOX A; 5J2Q A; 3CC7 N; 5KPT A; 3HL8 A; 2Y1J A; 2FBX A; 4F8R A; 4DFP A; 5JLH A; 2BTF A; 3CCE N; 1C0T A; 4KKO A; 2QA4 N; 1SKS A; 4CHQ A; 4FWR A; 3SQ0 A; 4I7F A; 3RRH A; 4BR0 A; 1JLB A; 3LWL A; 5EX5 A; 5K14 A; 4R5P A; 1ITG A; 1TYQ A; 4OVL A; 1IKV A; 4LFC K; 3VTH A; 1S1T A; 2QWO A; 1NK4 A; 2YJE A; 1NKB A; 3SLC A; 4CCH A; 1LW0 A; 1SAZ A; 1JLQ A; 3CYM A; 4C23 A; 4JRQ A; 1Y64 A; 3LPU A; 4IDK A; 3OA9 A; 1BIZ A; 2HHQ A; 3O5B A; 4FWQ A; 5JS1 A; 4M7Y A; 4CEZ A; 1YIT N; 1C1A A; 1Q86 O; 1I39 A; 5M1O A; 4FO0 A; 2YHA A; 3KKR A; 2FF6 A; 4JD2 A; 1V4S A; 4FL9 A; 4Q0B A; 3H3N O; 5CZ2 A; 1NJW A; 3NE6 A; 4I2P A; 4BRD A; 3AO4 A; 1SKW A; 2G8H A; 2O4G A; 3HRG A; 4O44 A; 4N76 A; 4KBO A; 3QLH A; 4ID1 A; 4J2D A; 1KXP A; 4CZJ A; 3BF3 A; 1EWR A; 5EY4 A; 4CJ3 A; 4BE0 A; 5GIO A; 5AZJ A; 4CGI A; 2O8D A; 1E3M A; 3ZT1 A; 4JI2 K; 2D0C A; 4WE1 A; 1GLA G; 3L8B A; 1VHX A; 1E4G T; 4DR4 K; 4HWI A; 1XHZ A; 4HTL A; 4DTJ A; 4FWS A; 1J53 A; 4LFB K; 5AQS A; 4DV6 K; 4JI5 K; 3P4I A; 3MK6 A; 4WQ4 A; 3SCX A; 5AQO A; 3AVM A; 1YIJ N; 3FGU A; 1JLF A; 2G8I A; 1JJ2 M; 4DV5 K; 3C95 A; 1M90 O; 4I6M B; 4Z4F A; 2HF3 A; 4OGC A; 4DR1 K; 2GX9 A; 5D3G A; 4YOW A; 1S6Q A; 5FPE A; 3W3D A; 1S9G A; 1BU6 O; 4ILH A; 4JHD B; 3CG7 A; 3G6E N; 2G8F A; 1S1W A; 3L0Q A; 1NGG A; 1OKJ A; 3PLA A; 5AJ3 K; 3OYA A; 4W5N A; 4CFB A; 4I2Q A; 3AVJ A; 3LP1 A; 5LMN K; 4LSN A; 3BUZ B; 3K57 A; 1KVB A; 3LWM A; 1RT1 A; 1WN7 A; 5F1X A; 3C6H A; 3C7N A; 4FLW A; 3ZSY A; 5AQQ A; 1GLC G; 4E7J A; 1ZYQ A; 3NDK A; 1CLQ A; 1YAG A; 3L3V A; 3T1Y K; 4CHZ A; 1FXX A; 5CE3 A; 4M3T A; 3K0S A; 3EZ5 A; 3QNO A; 3MN7 A; 3KWI A; 3RWU A; 1G15 A; 2DFF A; 3RRG A; 2AA4 A; 4FJ9 A; 5C2D A; 3GOI A; 3CCR N; 4BRG A; 3CET A; 4BDP A; 3U9D A; 3WXJ A; 4M42 A; 3O3F A; 3VQB A; 4RW7 A; 4CZK A; 3ZSV A; 4JKF A; 3TAP A; 2G8V A; 2LSN A; 1KAY A; 1KRP A; 2OPP A; 1ASU A; 2HF4 A; 3KTQ A; 3RMD A; 4B1W B; 3O4N A; 4CK3 A; 1WSF A; 2NRT A; 2HNY A; 2UXC K; 3PUF A; 3HXM A; 4BRF A; 4BRA A; 1XQS C; 4BRM A; 2WC9 A; 4PY5 A; 5KTQ A; 3ZEU A; 1ZBU A; 1UAX A; 2HND A; 4M3Y A; 4DLE A; 3P31 A; 4OJR A; 3RMA A; 3IS9 A; 3OS1 A; 1K8A O; 1YHQ N; 4JKG A; 3WNG A; 3MED A; 4L3Q A; 3SPZ A; 3CJ9 A; 2QWM A; 4KH4 A; 3TPQ A; 4H5V A; 2KKZ A; 4IZ9 A; 2OCE A; 4DR6 K; 5FPN A; 2XY6 A; 2NRW A; 3TSP A; 1NK9 A; 3QML A; 4KHU A; 3HYF A; 1BO5 O; 2YHY A; 2QXL A; 3NHG A; 4LF4 K; 5ADX H; 4CGG A; 3T69 A; 2IAJ A; 1JCG A; 2RPI A; 3EE9 A; 1MA9 B; 2QTD A; 4FK0 A; 3CCU N; 5BRH A; 3U8X A; 4E7K A; 1HMV A; 3OBW A; 4FM2 A; 2HMI A; 3ZT3 A; 1YJ9 N; 1N32 K; 5HRS A; 1QHA A; 5H1S Q; 5CYM A; 3L4Q A; 3WT0 A; 4IJA A; 3PX6 A; 1W2B M; 4GV9 A; 2KW4 A; 3AO1 A; 2YHX A; 1KC8 O; 4PWD A; 1XNQ K; 2XHB A; 2IDO A; 3ZT2 A; 3H46 O; 2DY4 A; 5KI6 A; 4A62 A; 2Q97 A; 4B9N A; 4OPK A; 4V19 S; 4DKW A; 3K5O A; 2CGL A; 2QI2 A; 1BUP A; 4B9M A; 5LL6 Z; 1WBB A; 1UOC A; 4DTS A; 3DWL A; 3ZX3 A; 4RTF D; 4E0D A; 1ASV A; 3EL2 A; 4LD0 A; 5IWA K; 3KK2 A; 3SBT A; 2Q0U A; 2FLO A; 3KLG A; 2A1S A; 3OYM A; 2HBJ A; 2FSK A; 3SQ4 A; 1N34 K; 3VA0 A; 2XY8 A; 3CXC M; 1JLA A; 4LF5 K; 2V7Y A; 3MN5 A; 3VQQ A; 1HX1 A; 4DQQ A; 3MCA B; 4H5N A; 1TV6 A; 3DLK A; 4CZG A; 1RBT A; 5ADX A; 3MMV A; 1BIU A; 1FKO A; 2E6L A; 2YV0 X; 4CZF A; 1X9W A; 1RDB A; 1L3S A; 2D0B A; 5DMR A; 3NH2 A; 1EQY A; 2P9S B; 1EXQ A; 1WSJ A; 4ZTF A; 2R7Y A; 1IBL K; 1Q7Y O; 1ATS A; 1TGO A; 2Z1G A; 4F4K A; 4L8R B; 3AAQ A; 2QWQ A; 3V1R A; 1NK7 A; 5AQF A; 2CH6 A; 4A2B A; 4CGF A; 2YX6 A; 2GWK A; 4K8Z A; 4NXM K; 3CQ8 A; 2D4W A; 4MDB A; 4XIU A; 4A5B A; 4JI0 K; 2VQF K; 1RT2 A; 1VK0 A; 3NF8 A; 2F9T A; 4ILG B; 2YNI A; 5AFU A; 3MCP A; 5AQW A; 4RW8 A; 3BZC A; 1W9H A; 1ZBS A; 1HYZ A; 3AVA A; 3D0P A; 4CJ7 A; 4DSI A; 4AF1 A; 4BRH A; 4IFE A; 1NKC A; 4DS4 A; 3J81 O; 1FK9 A; 1L5U A; 1B9D A; 4G1Q A; 5HL7 L; 1RDU A; 5LJV A; 3QEI A; 5AQI A; 1DGK N; 3KIO A; 3J7A P; 5AQX A; 1BI4 A; 3V1Q A; 4IO9 L; 4DTP A; 3LPT A; 2P5O A; 3Q7B A; 1BA1 A; 4QOZ B; 3LZJ A; 2FC0 A; 1NK8 A; 1QSL A; 3D2E B; 5J2N A; 3GL1 A; 1N6Q A; 1BL3 A; 4M45 A; 3QIC A; 1K6Y A; 4KFB A; 3C6U A; 1GOB A; 1YUW A; 1YTA A; 4KHP K; 2ASP A; 4ELV A; 1T6D A; 5M1N A; 3TI0 A; 4E1N A; 4C1N K; 4BDZ A; 3QER A; 1Y97 A; 3T3F A; 3AA2 A; 5BRD A; 2HHH K; 1EO1 A; 4RG8 A; 3TWH A; 5BN9 A; 4DU3 A; 4E7I A; 5AZI B; 1GLB G; 4IFV A; 1T44 A; 4CIE A; 4EZ9 A; 3C0B A; 4OLB A; 4W5Q A; 3IMX A; 3SPY A; 4AM6 A; 3QB0 A; 3H1Q A; 1KSP A; 2A41 A; 3E01 A; 1RT7 A; 1RBV A; 2YHW A; 3OYH A; 1VQL N; 4B1Y B; 5HP1 A; 3E9L A; 3SMS A; 4X66 K; 3PSI A; 4Y1C A; 1VRT A; 4C8O A; 4WFB L; 3QNN A; 1M1K O; 3QEW A; 4JS5 A; 4CEO A; 2F96 A; 3VMF B; 4RCH A; 4W5T A; 3OY9 A; 2QEX N; 4KTZ A; 1LWC A; 3VOV A; 4CJS A; 2PAV A; 4FJM A; 3WEE B; 3RMB A; 4XH5 A; 4YY3 K; 4J2A A; 4CGJ A; 1ZBL A; 2WUS A; 1RFQ A; 3OS2 A; 3SNN A; 5HRN A; 1TVR A; 1VSF A; 3DI6 A; 3M8S A; 3BDP A; 3DRS A; 3C6A A; 2P9I B; 4B1X B; 1GOA A; 2HOE A; 1W0H A; 4IEI A; 4BRI A; 1MWM A; 1QSY A; 3THX B; 2HW3 A; 3SUP A; 3TTD A; 1LWF A; 5DM6 L; 4JV5 K; 4MO5 A; 2DFH A; 3DMJ A; 3IFR A; 3MAQ A; 2Q36 A; 5HOO A; 3SJH A; 1U47 A; 2IC3 A; 3KLF A; 1RT4 A; 1JL1 A; 1LCU A; 3VQ7 A; 3OYF A; 3TR8 A; 3PO5 A; 4JKH A; 4CHO A; 4NCA A; 2D1K A; 4Z4H A; 1C6V A; 1KD1 O; 1LOT B; 3F9M A; 3R6M A; 3EY1 A; 1SS6 A; 3HST B; 3IG1 A; 4JKE A; 2GEM A; 3AGR A; 3SV3 A; 1GLJ O; 2O8E B; 3QBX A; 4FJI A; 1WSH A; 3KLI A; 4CJ4 A; 4B3O A; 2HMP A; 4KH5 A; 2NUB A; 4JKC A; 4B8C A; 3DLH A; 3OYD A; 3VQ9 A; 3LM2 A; 1BQM A; 4O55 A; 4CJF A; 3E66 A; 3GDQ A; 4PKH A; 5E84 A; 2KZM A; 3SBG A; 4GKK K; 3AA3 A; 4DMN A; 2E2Q A; 5BR9 A; 3L2W A; 2E1Z A; 1VSL A; 3P1G A; 1NBW A; 4FWP A; 3JSM A; 3CPW M; 3THY B; 4CZH A; 3KHY A; 3ZSO A; 3ID6 A; 3IAY A; 3CME N; 2ZD1 A; 4Z0U A; 1A5X A; 1U2V B; 4JEP A; 4KV8 A; 3VEZ A; 2YKM A; 4GNI A; 1TL3 A; 2FBY A; 3EO3 A; 2X6N A; 3QEV A; 1RBS A; 2HB5 A; 4BG9 A; 3ATV A; 3D45 A; 3DYA A; 1NGF A; 4BQL A; 2KZZ A; 1ZBH A; 3G0Z A; 4BC4 A; 3CHW A; 4FLY A; 2AJQ A; 1S22 A; 4GW6 A; 1NGD A; 4QS7 A; 4Z4G A; 4KRE A; 5M1F A; 3VER A; 1NK6 A; 4CJP A; 3BEX A; 4DUZ K; 4JHD A; 4FM0 A; 3UB5 A; 3TAQ A; 4LF7 K; 4CF0 A; 4Z94 A; 4BWJ A; 2UUC K; 2G8W A; 3UIQ A; 5AQL A; 3RR8 A; 1RTH A; 3SI6 A; 2P1J A; 3HP9 A; 2OTL N; 4CIG A; 4B1V A; 2QWL A; 3H1V X; 3B6O A; 4RWT A; 2QWR A; 5C42 A; 5AQN A; 4IG0 A; 3TAG A; 5HRO A; 4IJN A; 3KLH A; 2OPS A; 4B8A B; 2OA8 A; 3BGR A; 4DUY K; 3HM8 A; 1WSG A; 3IKM A; 5JIC A; 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3THV A; 2P9N B; 1D9F A; 3VES A; 1P90 A; 4ISE A; 4CFA A; 4UQG A; 1QS4 A; 3ZSZ A; 3OYG A; 3M8P A; 3NF7 A; 4ELU A; 4M63 C; 3G25 A; 1WLJ A; 4H0T B; 2E1Y A; 2OZM A; 3FZH A; 3R8E A; 3O9T A; 1DT9 A; 3HJF A; 4B9U A; 3M3Z A; 3QBW A; 1N33 K; 1HKG A; 1OVY A; 2UUA K; 4B9S A; 4C8L A; 2YKN A; 1UA0 A; 3AA5 X; 4X65 K; 1J54 A; 4AHT A; 2PY5 A; 3G4S N; 3U4L A; 3R1X A; 4DG1 A; 4DWI A; 3OBY A; 4JI1 K; 1H1V A; 5CR4 A; 3FLC O; 1N5Y A; 1C0F A; 4YDU A; 3TSU A; 1C0U A; 2OPQ A; 2P9K B; 4FWK A; 5J2P A; 3LZI A; 4K0K K; 1K73 O; 3DOL A; 3CJ1 A; 3CC2 N; 1D9D A; 3SUQ A; 3TAN A; 3E1Y A; 3NCI A; 4DFM A; 3O1B A; 3VQE A; 1Q18 A; 4DTR A; 4OPH A; 5AR0 A; 2EWS A; 3ZX2 A; 3WXL A; 4DFK A; 1NMN A; 2D5R A; 2FSN A; 4EFH A; 5KRS A; 5JLF A; 1NOY A; 1VSE A; 4DR2 K; 2CGJ A; 5C2F A; 2HVH A; 3RMC A; 4BRO A; 4IXC A; 4BWM A; 3ZT4 A; 4E1M A; 3NF6 A; 5KGX A; 2P9L B; 4H0P A; 4CBX A; 2P9S A; 2NRR A; 4CZL A; 1YJN N; 4JK9 A; 2VG6 A; 2KTQ A; 2HHT A; 3I0S A; 5EU7 A; 3EEQ A; 3Q7C A; 5AQM A; 3O9U A; 1HPM A; 3H45 C; 2E20 A; 2Z1J A; 4WF9 L; 1DLO A; 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