The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV3 K; 1N32 K; 1HNX K; 4X64 K; 2UUA K; 4X65 K; 4DR4 K; 1FJG K; 2E5L K; 4JI5 K; 4CW7 B; 4GKJ K; 4YY3 K; 3J7A P; 5LL6 Z; 4JI7 K; 5IT9 O; 4X66 K; 2UXC K; 1N36 K; 4B3S K; 4LFA K; 4B3T K; 1IBL K; 1XMO K; 2HHH K; 4LFB K; 2VQF K; 4DR1 K; 4DV4 K; 4DR2 K; 4LF5 K; 4YHH K; 4NXM K; 4DR6 K; 4JI2 K; 2UUB K; 3J80 O; 2VQE K; 4KHP K; 4LF4 K; 1HNZ K; 3OTO K; 1XNQ K; 4JV5 K; 4CVN E; 4JI6 K; 5BR8 K; 4X62 K; 4LF9 K; 3J81 O; 4GKK K; 4DV2 K; 4DV5 K; 4DR7 K; 4JI0 K; 1HNW K; 4DV6 K; 4LF7 K; 2F4V K; 4DV0 K; 5AJ3 K; 3T1Y K; 1IBM K; 4JI8 K; 1N34 K; 3T1H K; 4DR3 K; 1J5E K; 4DV7 K; 3JAM O; 3J7Y P; 5FLX O; 4DUY K; 4JI3 K; 4B3R K; 4LF8 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 1HR0 K; 1I94 K; 5LMU K; 2UU9 K; 4NXN K; 4LF6 K; 2UXD K; 4B3M K; 4V19 S; 4DUZ K; 4LFC K; 4JI4 K; 4DR5 K; 4JYA K; 2UXB K; 2UUC K; 5A2Q O; 1IBK K; 2ZM6 K; 4OX9 K; 5IWA K; 5LMN K; 1XNR K; 1XMQ K; 4AQY K; 4K0K K; 1N33 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XH4 A; 3V9U A; 1KFS A; 4CF8 A; 5GAE P; 4IG0 A; 5AQT A; 1EET A; 3RMD A; 4H5R A; 4FJ7 A; 3T1A A; 3HP6 A; 1IH7 A; 4F9O A; 1IJJ A; 1WSI A; 3L3U A; 4I2P A; 4LH5 A; 3CJC A; 1OVQ A; 4BVO A; 4CF1 A; 3WNF A; 1OKJ A; 3OS1 A; 3KK1 A; 3OA9 A; 4KB1 A; 3RRH A; 2ZJP L; 4F2S A; 4XH1 A; 2YNH A; 3FZK A; 3NH1 A; 2AA4 A; 5BRE A; 2X74 A; 4I9L A; 3QIO A; 5AQQ A; 3R9P A; 4FYD A; 2PZS A; 4DSJ A; 4F3O A; 1TKX A; 4MDB A; 5AQI A; 1U6Z A; 5HRP A; 1EWQ A; 2X6N A; 2VWK A; 1DLO A; 4C1N K; 1VQ9 N; 3AO5 A; 3I33 A; 3MEG A; 4BWM A; 2F9T A; 4DV2 K; 3AO3 A; 1WSG A; 3EZW A; 3NBP A; 2P9P B; 3QB0 A; 3SK3 A; 4TSX A; 2OAN A; 4O8K A; 4CHZ A; 2F8T A; 4Q5V A; 1VQM N; 4PY5 A; 3EE8 A; 2E1Z A; 1DTT A; 1IBM K; 4CE9 A; 1VQK N; 4FWR A; 3TSU A; 4CF2 A; 5D3G A; 1JLA A; 4FXD A; 1MWM A; 1S9E A; 1X3N A; 4BDP A; 1YTU A; 3FFK B; 3W3D A; 3L4Q A; 5AFU A; 1IKX A; 4DQI A; 4CHN A; 3V6D A; 3SNN A; 3K58 A; 3SPZ A; 3O1W A; 4WQ5 A; 2QEX N; 2DFF A; 3PX4 A; 3OYN A; 3TTD A; 1RDB A; 4FWK A; 1NK4 A; 1VSJ A; 4ELT A; 3K2P A; 4ZTJ A; 5C12 A; 3K5M A; 4H03 B; 4FLZ A; 2O8B B; 2OCE A; 5GIN A; 3H6E A; 2P9S B; 4YDU C; 2DY4 A; 3M8P A; 4IDK A; 3EY1 A; 4DR5 K; 5BN8 A; 1E3M A; 2BTF A; 3I8B A; 4E19 A; 2FXU A; 3DYA A; 4BR4 A; 2NRX A; 3RTV A; 1N33 K; 3LP3 A; 4CJL A; 1WOQ A; 5HRR A; 1OH5 A; 4FW2 A; 1N6Q A; 4IWV A; 1QHA A; 4DFM A; 2A40 A; 4DQS A; 2NZT A; 3CQX A; 3SYZ A; 4K41 A; 3CMA N; 5BRD A; 4CFC A; 3KIO A; 4FL9 A; 2O8F A; 3KKR A; 1KAX A; 4I7F A; 1S5J A; 5H1S Q; 1RT4 A; 4CJ5 A; 2JWL A; 3L0Q A; 1NGG A; 2HND A; 3AGR A; 4BRC A; 3AVC A; 3MWP A; 2HVH A; 5SWM A; 4E0D A; 3CPE A; 4JK9 A; 4X62 K; 5BRF A; 1M1K O; 2XY8 A; 3QML A; 2ATQ A; 3LPT A; 3FZF A; 4NYF A; 4CGG A; 1VQ5 N; 4JEP A; 5J2N A; 3SMP A; 4CZM A; 4E7K A; 4O4G A; 3AVL A; 4CGD A; 2IC3 A; 5AQS A; 2E8A A; 4K42 A; 2ZD1 A; 3CFR A; 3PIP L; 2HVI A; 3IFR A; 5HBM A; 2GUP A; 2HHQ A; 1RNH A; 3O9Q A; 1IKW A; 5FLX O; 2P51 A; 3VMF B; 2QWM A; 2E4L A; 2FBT A; 1YHQ N; 1NJZ A; 2YCH A; 1J5O A; 4FJ5 A; 3GDQ A; 4FWO A; 1TUY A; 1KAY A; 3ATU A; 4JD2 A; 5E26 A; 1HNI A; 4HCC A; 1SL0 A; 4BRG A; 1JL2 A; 1KD1 O; 4IFV A; 1BIZ A; 2VG6 A; 3P38 A; 5BN9 A; 2OZS A; 3DRS A; 3CC2 N; 1KQS M; 3ATV A; 2UXB K; 2HW3 A; 3P31 A; 2HBM A; 4M41 A; 2P9K B; 1D4X A; 2HNY A; 5EXW A; 4CGJ A; 3VQD A; 3WNG A; 3EN9 A; 3AA5 X; 3ZSR A; 4Z94 A; 3LL3 A; 3L2W A; 4I9Q A; 2E6L A; 2J4R A; 2IDO A; 3MWT A; 4NLC A; 4AF1 A; 4FLY A; 2Q36 A; 1WAJ A; 4AHT A; 4FLW A; 1E4F T; 1NJW A; 3MCP A; 3TR8 A; 4PL8 A; 1C0G A; 4M3Y A; 4YOW A; 1JLE A; 4NCB A; 1N36 K; 1WLJ A; 4AHU A; 3ZET A; 2HMI A; 3U4L A; 3WEE B; 3RR7 A; 4A5A A; 2HHX A; 3KLF A; 3QEI A; 2Q31 A; 3VQ7 A; 3RMC A; 2HHH K; 3VQA A; 3NVM A; 4NXM K; 2QWO A; 3IDH A; 3K5O A; 4DSI A; 5AQN A; 4BE2 A; 4J2E A; 4FJG A; 2F7T A; 1W7A A; 1HNZ K; 1MWK A; 4OGC A; 1FKO A; 1Y64 A; 5HLF A; 3H3N O; 5C15 A; 2HHT A; 4PKI A; 1XWL A; 3BUZ B; 3RRG A; 3SI6 A; 4J8F A; 4W5T A; 3VET A; 4DV6 K; 1A5X A; 5AQU A; 4CJU A; 4KHY A; 1BO5 O; 1WSJ A; 4IKF A; 2KQ2 A; 4RW4 A; 1EO1 A; 2Y1I A; 4GV3 A; 4J2D A; 1KSP A; 2QW9 A; 3MXJ A; 5AZJ A; 2QI2 A; 1HQE A; 4KH4 A; 2QKB A; 1GLA G; 3EO3 A; 3LAN A; 3EYZ A; 1J5E K; 4CBU A; 1RBS A; 3ZSZ A; 1KLM A; 2B4J A; 4DU1 A; 1EP4 A; 4B1Z A; 3THV A; 4CJK A; 2YV0 X; 4DTP A; 1BOT O; 1N8R O; 1LWC A; 2NRV A; 3RMA A; 1SZ2 A; 4G9Z A; 1IV0 A; 1GLL O; 5GAD P; 3OYC A; 1EX4 A; 1TL3 A; 3NDK A; 1X3M A; 5KQD A; 4HVJ A; 3DLH A; 3HPO A; 3DJC A; 4IO8 A; 4B9Q A; 1D5A A; 4Q0B A; 5A2Q O; 2ZM6 K; 1YAG A; 1NOY A; 1TL1 A; 5GAH P; 3VEZ A; 4AQY K; 1NJX A; 2O4G A; 4KHU A; 1ILY A; 4B1W B; 4JHD B; 3O5B A; 3OW2 M; 4Y1D A; 3PO5 A; 1CLQ A; 2FSN A; 1TUU A; 3DLE A; 4KKO A; 3L2V A; 2A1R A; 3PIO L; 2VWB A; 4DQR A; 3LP2 A; 5AQV A; 3DLL L; 3OHR A; 1W2B M; 2GEL A; 2P9P A; 4LFA K; 3OYI A; 2BAN A; 4IFY A; 3ZCM A; 1TK0 A; 3CCJ N; 1RDC A; 4ELV A; 2RN2 A; 4CBX A; 3VQ5 A; 4FOE A; 1JXB A; 4CJ7 A; 1X9W A; 4YHH K; 2QWP A; 3SZ2 A; 2W6K A; 3MN7 A; 3OTO K; 2GV9 A; 1W0H A; 4ILJ A; 4B9M A; 2O8D B; 1REV A; 4K8Z A; 1S1U A; 2G8W A; 3KWI A; 4NB4 A; 3IKM A; 3CG7 A; 4AHC A; 3OVN A; 3JSM A; 1IKY A; 5AFU H; 4IDH A; 2F4V K; 5JS1 A; 2EWS A; 4OO1 J; 1ZBH A; 4M45 A; 4DFP A; 2DPN A; 3H1V X; 3QLH A; 3BZK A; 2O8B A; 5MLC Q; 3FFI A; 2EX3 A; 2B6A A; 4A2B A; 2PBD A; 2KFZ A; 2PYL A; 5C10 A; 3CPW M; 3JAM O; 3P39 A; 4HHT A; 1C0F A; 4K43 A; 3S41 A; 1WUA A; 4BC2 A; 1KVB A; 5CZ1 A; 3SAH A; 1JCF A; 4KH6 A; 4FLX A; 1S1X A; 2Y1J A; 4MQ3 A; 4BDY A; 5EOY A; 1J54 A; 2NUB A; 1QQC A; 4E7L A; 1QSS A; 5AQK A; 1T05 A; 3QBW A; 2QWR A; 4JI4 K; 3HT3 A; 4EHU A; 1UA1 A; 3FZM A; 3O3F A; 2GUI A; 2HF3 A; 3MK6 A; 5B8H A; 4EZ9 A; 4OX9 K; 3U3Y A; 2O8C B; 4MDA A; 3AVI A; 3L2Q A; 1NG9 A; 2NRZ A; 3QO9 A; 1TKT A; 4H8K A; 1X9S A; 3T3F A; 4DV3 K; 1Z6R A; 1H1V A; 3D2E A; 4AIL C; 5DM6 L; 4X65 K; 2BGG A; 3V81 A; 2CH6 A; 3DLK A; 1A5V A; 1RBR A; 1T03 A; 1S1V A; 1OH6 A; 1VSK A; 4WQ4 A; 3MED A; 3TSQ A; 3DWL A; 3ZLJ A; 2IOC A; 3MMV A; 1J53 A; 4U67 L; 3GL1 A; 1RDU A; 4DLG A; 3MX5 A; 5FRO A; 3KTQ A; 4R79 A; 4ISG A; 4IEI A; 5C0Y A; 3UKR B; 1IBL K; 4CK1 A; 2HOE A; 2ZWH A; 4DR1 K; 5AQL A; 4B3O A; 2Q1N A; 1D8Y A; 2Q2R A; 4IZ9 A; 5BPL A; 3E66 A; 3J7Z O; 4DSK A; 3CME N; 3T19 A; 1T3V A; 4JV5 K; 4LSN A; 4CZH A; 4CZF A; 5BR8 K; 2QKK A; 4GKK K; 1TYQ B; 3QER A; 2Q97 A; 3BF1 A; 4C23 A; 2CGJ A; 3G6E N; 2IVO A; 1B92 A; 1GOC A; 3O80 A; 4BRF A; 3ZEU B; 2FC0 A; 3ZX2 A; 1Z26 A; 3LM2 A; 4BR2 A; 3DLG A; 1ASU A; 4DS4 A; 1VSL A; 4IJN A; 1HPM A; 3AA4 A; 4M3X A; 1Q18 A; 3QNO A; 3A5N C; 3GG4 A; 3VEW A; 4DTN A; 4GY2 B; 5C24 A; 3H3O B; 4OJR A; 4E7H A; 3GBT A; 4KTZ A; 2Z1J A; 4CIE A; 1ATN A; 4ISE A; 3VGM A; 3TAF A; 3DXK B; 1RDA A; 1NK8 A; 1BA1 A; 4B3R K; 5E84 A; 3VEV A; 1TKZ A; 3VPZ A; 4CZK A; 3WXK A; 3KWG A; 4MLE A; 1KRP A; 2OPR A; 1CXU A; 1B9D A; 1WSF A; 1ZYQ A; 3RWU A; 5LY3 A; 4BRM A; 1JLF A; 1LAW A; 4CJV A; 4BR7 A; 4LFC K; 3PSI A; 3L8B A; 4WCE L; 1RFQ A; 3HST B; 4RW6 A; 3WEE A; 4FJN A; 3PY8 A; 4FK4 A; 4JNE A; 3NF8 A; 1R0A A; 3ZSX A; 3EL2 A; 1JJ2 M; 5E41 A; 5FDL A; 1BIS A; 3ENO A; 4DWI A; 3V9W A; 5M1F A; 1FJG K; 1HLU A; 5AZJ B; 1DGK N; 2VG5 A; 1DTQ A; 2F9W A; 1RBV A; 4B3S K; 1XHZ A; 4CF9 A; 4CI6 A; 4W5R A; 5BR9 A; 3M8R A; 3C0B A; 1X1P A; 4Z4I A; 4KO0 A; 3HTV A; 2G8I A; 2BUP A; 2ZF5 O; 3KK2 A; 3LWM A; 4DV4 K; 2QXL A; 1S9G A; 3ID8 A; 4YOR A; 1GLB G; 4CFA A; 3M6G A; 4BG8 A; 5FPN A; 4JI2 K; 2V7Y A; 4JKG B; 5AQP A; 1NGH A; 1RTJ A; 1RT2 A; 4EFH A; 3PSF A; 4JI0 K; 2YHY A; 2YNF A; 2Z1I A; 3NF6 A; 2A6A A; 2YX6 A; 1NGB A; 3VF4 A; 3D0P A; 1NGE A; 3HI0 A; 1QHT A; 1NGD A; 4KFB A; 2P9L B; 2H3G X; 4OKE A; 2D4W A; 3LDN A; 4E1N A; 3KK3 A; 4E3S A; 1KXP A; 3IMX A; 4O44 A; 3VQE A; 3CER A; 3K0S A; 1K8K B; 4DTS A; 2WTU A; 2ITM A; 1YJN N; 4CHO A; 5AQH A; 3EZ5 A; 1U4B A; 4BRN A; 3NAE A; 3EEQ A; 4CEB A; 3SUQ A; 4LF8 K; 3AAR A; 4IOC L; 1NGF A; 4M63 C; 4JHD A; 3TTC A; 1HR0 K; 3MAQ A; 5KPT A; 1BCM A; 2KZM A; 2Z1H A; 3V9X A; 3CCU N; 3WT0 A; 4DTO A; 3FR0 A; 4CHP A; 4ID5 A; 5KPR A; 1XUP O; 3B6O A; 3LZJ A; 4OKK A; 4FJJ A; 1XNR K; 5JMV A; 1TK8 A; 3SV4 A; 1EKE A; 4FJK A; 4N41 A; 2I7P A; 5F0X A; 1TK5 A; 4WFN L; 3B6P A; 4FCY A; 1N32 K; 1D9D A; 1TVR A; 2WBN A; 2Q0U A; 2ASM A; 3BZC A; 2G8F A; 4B9N A; 5AZI B; 4ISF A; 4DHY A; 3CJ1 A; 5KPZ A; 3MEC A; 3QES A; 4H4O A; 3J7A P; 1L3T A; 4JI7 K; 4RWT A; 1ATR A; 1YVN A; 4CHY A; 4FVM A; 1C0T A; 5TKW A; 2O8D A; 1JLG A; 4B9S A; 2AJQ A; 4M3W A; 1YF5 L; 4A59 A; 1YUW A; 2D0O A; 3OYD A; 3AA3 A; 1BA0 A; 5LJW A; 4AHV A; 2FLO A; 4DR2 K; 1TAQ A; 4CF0 A; 3H1Q A; 2HHS A; 3KZB A; 4BRO A; 4BAC A; 3G0Z A; 5CE3 A; 1BQM A; 4AM7 A; 3CCE N; 1YIT N; 4FOI A; 4JK8 A; 4OPH A; 2CGL A; 3FZH A; 5CYQ A; 2UYT A; 1ASW A; 4B9V A; 4LF7 K; 2E2P A; 1U47 A; 2BE2 A; 2QWL A; 4RW7 A; 4KRF A; 3RR8 A; 3ZX0 A; 5F2R A; 2OZM A; 2OTJ N; 3AA2 A; 3AVG A; 3PLA A; 4I2Q A; 4KHW A; 5JIC A; 3D2E B; 2DFH A; 4C8M A; 4M3R A; 2EHG A; 4PHT X; 2YHB A; 4IFE A; 3MX2 A; 4IOX A; 3TAQ A; 4DU3 A; 2XY7 A; 2O8C A; 4DF4 A; 4BRK A; 1VAZ A; 1CZA N; 1ZBS A; 1ZBU A; 3VEO A; 5HL7 L; 1QSY A; 1IO2 A; 1W9H A; 4Y0W A; 4JI1 K; 3QIP A; 3SBT A; 5FPM A; 2A42 A; 3PUF A; 3TSP A; 4O0I A; 5LMU K; 3CCV N; 4NXN K; 4FVU A; 4U7B A; 3V4I A; 1ITG A; 2QWN A; 2XRI A; 2FSK A; 2HB5 A; 3HXM A; 1SUQ A; 1Q7Y O; 1S1W A; 4NCG A; 1I39 A; 1VQO N; 3CCS N; 1U45 A; 1HNV A; 3UE5 A; 5FPD A; 1SKS A; 2PY5 A; 1C0U A; 1S6P A; 4CJF A; 5IWA K; 1HYZ A; 3HYF A; 4BRP A; 3HOT A; 3UKR A; 3OS0 A; 1XMQ K; 3F73 A; 4LY7 A; 4CFD A; 1NKC A; 4LD0 A; 3DM2 A; 4YOT A; 1NBW A; 4OPJ A; 1VSD A; 3IS9 A; 3TAR A; 4KHN A; 1WBD A; 2GWJ A; 2HHV A; 1K8A O; 3OBW A; 5AQM A; 1NK5 A; 2D0A A; 4JK7 A; 3WQU A; 4YY3 K; 1BIU A; 3U8X A; 3CCR N; 2G8V A; 3NE6 A; 1WB9 A; 1NK6 A; 4CES A; 4XIU A; 2JWK A; 5IT9 O; 1TYQ A; 3KVG A; 3WXL A; 4CGI A; 2BH1 A; 4H5V A; 3L6Q A; 1L3U A; 1QVF M; 3ZEU A; 4PUO A; 3JYT A; 1OH7 A; 5HOO A; 3O4N A; 3UKU A; 4LFB K; 2BDP A; 3QIC A; 2E88 A; 5KGW A; 4OKJ A; 3MDQ A; 4YOU A; 4Z0U A; 3DAW A; 4JKD A; 2NRW A; 3AVN A; 3D45 A; 1L5U A; 3CD6 N; 2A41 A; 4CVN E; 3C6U A; 4JI6 K; 4ELU A; 2P5O A; 3DXK A; 3OYG A; 3TAN A; 2RKI A; 3U6F A; 2Q3S A; 3ZT0 A; 1R59 O; 2YJF A; 3GE1 A; 5EY4 A; 5AJ3 K; 2ZQB A; 1FW6 A; 2QK9 A; 4AHS A; 1NGA A; 4FM0 A; 4CD3 A; 4JS4 A; 4BRA A; 3VGK A; 1JLB A; 4FWP A; 1T7P A; 3VF6 A; 1JCG A; 3T7Z A; 4M3Z A; 5JS2 A; 5ADX H; 4B08 A; 3KKS A; 1RBU A; 4WQ5 C; 1QTM A; 4DUY K; 3LAL A; 1K73 O; 1C1A A; 5KRT A; 1JXE A; 2HBK A; 3M8S A; 1QZ5 A; 3OYL A; 4HUF A; 3MXI A; 2VWJ A; 3ENH A; 1RTD A; 2XY6 A; 2G8H A; 1NU0 A; 3RMB A; 3O3G A; 1NKB A; 3AO2 A; 5KI6 A; 3CYM A; 4IJA A; 4DTJ A; 3R8E A; 4WF9 L; 4RG8 A; 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