The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
35
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XNQ O; 2DOS A; 1J5E O; 1AB3 A; 2UUA O; 1HNX O; 2JRI A; 1HR0 O; 4JYA O; 3M8A A; 2VQE O; 4X62 O; 4DV1 O; 4JI3 O; 4LF9 O; 1XMQ O; 1D2D A; 2F4V O; 4DUZ O; 4X64 O; 2VQF O; 4X66 O; 4B3S O; 4B3T O; 4B3M O; 5LMN O; 2UXD O; 4DV0 O; 1KUQ A; 2ZM6 O; 4GKJ O; 1FJG O; 4LF4 O; 1I94 O; 1IBL O; 2AGA A; 4JV5 O; 5LMU O; 4LF6 O; 3RT3 C; 3JAM N; 4NXM O; 1XNR O; 4JI6 O; 2UUC O; 5BXZ A; 4A5U B; 3F5T A; 1N34 O; 3J7A U; 4JI8 O; 4DR4 O; 5FLX N; 5A2Q N; 4JI4 O; 4DV4 O; 4JI5 O; 3SDL A; 5BR8 O; 3J80 N; 4LFB O; 2ZKO A; 4DR2 O; 2N74 A; 2UU9 O; 1YZB A; 1X59 A; 4X65 O; 1R1B A; 2E5L O; 2LW7 A; 1A32 A; 3J81 N; 1DK1 A; 1FKA O; 2UUB O; 3R66 A; 3OTO O; 4DR1 O; 4K0K O; 4DV2 O; 1N33 O; 5LL6 Y; 1IBK O; 4LF5 O; 4YY3 O; 4LF8 O; 4DV5 O; 1R6T A; 4JI1 O; 4JI7 O; 4DV7 O; 1F7Y A; 4OX9 O; 3T1Y O; 4LFC O; 1G1X B; 4OPH A; 4NXN O; 1N32 O; 2UXC O; 1XMO O; 5BY1 A; 4DR7 O; 3O65 A; 1IBM O; 2UXB O; 4DR5 O; 4OPA A; 2HHH O; 4DV3 O; 4GKK O; 4YHH O; 1FYJ A; 4LF7 O; 5H5N A; 1AIL A; 4DUY O; 3T1H O; 1XEQ A; 2FKX A; 4DV6 O; 4JI0 O; 4JI2 O; 5IWA O; 5IT9 N; 1NS1 A; 4AQY O; 4DR3 O; 1N36 O; 4DR6 O; 4B3R O; 1HNZ O; 2Z0A A; 1HNW O; 4LFA O; 4KHP O; 2DJV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1U96 A; 1RM1 B; 3JSN A; 3OGC C; 4G27 B; 4PI0 A; 2YIB A; 3CB2 A; 4OXS A; 3FKS G; 3H1J H; 5J9P C; 3LUT B; 3M8A A; 2Y4U A; 4P9P A; 4LF9 O; 4FFB B; 2QM4 A; 2LJ2 A; 4I7Z B; 2B1I A; 3WG7 B; 5JJN B; 2HFE C; 4B3R B; 1VQL V; 3O9O A; 4XDJ A; 2ZR2 A; 4W4L A; 4O4L B; 1P84 F; 1I94 O; 1R3J C; 1IBL O; 3LSS A; 2WLM A; 1FFT B; 1V9P A; 3ETQ A; 2RN9 A; 2R72 A; 1ENV A; 3M7M X; 4DK0 A; 2E74 B; 2EBO A; 4LFB O; 3G67 A; 2EIM B; 1VQ5 V; 3OGI B; 4EKW A; 2ADQ B; 4B3T B; 3CJH B; 2EIL B; 1A32 A; 1DK1 A; 2E75 B; 3IC7 A; 4UV9 A; 4J11 A; 1H2S B; 4UCV A; 4DW0 A; 4UUJ C; 2IBZ H; 3CCL V; 2IW5 A; 1Y74 A; 3LDC A; 1ZWI C; 4QE7 A; 1AR5 A; 3EHB B; 3T1Y O; 4JI5 B; 4G28 B; 1VQ9 V; 4HBN A; 4FLU A; 4FPP A; 2UXB O; 4DR5 O; 2H8P C; 1LR1 A; 2Q7G A; 3OMI B; 4IIJ A; 2IJH A; 4LNU B; 3AK2 A; 2XAJ A; 1P49 A; 5BZB A; 4WFA V; 1IBK B; 1PP9 H; 4QE9 A; 2JGU A; 1R73 A; 2JDI G; 1Y76 B; 1TA8 A; 5DM6 V; 4NKG B; 3ICX A; 1XMO B; 2D2C B; 1F51 A; 4KHP B; 4JPR A; 2IH3 C; 3SR2 C; 2FYU H; 5KMG B; 2L6L A; 1FXK B; 3ZIA G; 1B06 A; 1BE3 H; 4JI3 O; 1P7G A; 1THZ A; 4UV8 A; 5FL7 G; 3SYP A; 1YJW V; 4DYL A; 3DC6 A; 2A3Q A; 1HNW B; 1ZL8 A; 4DV0 O; 4FLZ A; 1IXB A; 2F23 A; 4UVC A; 2AGA A; 3ABL C; 4NXM O; 1H2L A; 2BE3 A; 1O9G A; 4LCU C; 1HR0 B; 1AI6 A; 1CXZ B; 3E86 A; 2IU3 A; 4WFE A; 4X1K A; 4I9W A; 3C90 A; 3FYE B; 2F4V B; 4QPK A; 4PI2 A; 1ZLZ A; 2OIE A; 4EFB A; 5LA6 B; 1FKA O; 2UUB O; 3CMA V; 3TJT A; 2AZ0 A; 2GBO A; 4FLW A; 1RPO A; 2Q67 A; 2LFS A; 2Q69 A; 4JI7 O; 3WB0 A; 4DV7 O; 4FM0 A; 3RGB A; 3TXS A; 4BIZ A; 1H2K A; 3E8F A; 1SRY A; 4R50 A; 2P67 A; 2LFR A; 1Y74 B; 3B09 A; 2P06 A; 4AHC A; 4MS2 A; 4FLY A; 1F4N A; 4I50 A; 3K0D A; 3ZBH A; 2OCH A; 4MSW C; 2R9R B; 1B04 A; 3ZHQ A; 4X8A A; 1XEQ A; 2FKX A; 3OM3 B; 3P30 A; 2FL4 A; 4K0K B; 3ABM B; 3JD0 A; 4LF5 B; 3H01 A; 4IIJ B; 5LYJ A; 1N36 O; 3ZHS A; 4NXN B; 2EIK C; 4KHP O; 5CA3 A; 3AK1 A; 4CS3 A; 2EZO A; 2BOC C; 2Q6A A; 3CRM A; 3E89 A; 4PA7 A; 2P22 C; 3JYC A; 2LO1 A; 1Q7Y W; 4DUY B; 2QM8 A; 4O4J A; 1K34 A; 3OW2 U; 3UO3 A; 1NI8 A; 3W7U A; 2W6J G; 2Y0P A; 4Q20 A; 5LMN O; 1NKD A; 3L71 H; 3ZHR A; 1VQ6 V; 1QLE B; 3JAK A; 4TUY B; 3ABL B; 2VRZ A; 5CBG A; 3K5N A; 5LMU O; 3RT3 C; 1P4R A; 1XNR O; 1H8E G; 1J5E B; 1KD1 W; 4ZHQ A; 1ZL8 B; 2ZNJ A; 5DED A; 4I9Q A; 2O57 A; 2WLI B; 3F7Y C; 1CEZ A; 2HVK C; 3CD6 V; 3CCM V; 4MVM A; 1HW7 A; 5H6R A; 5K1P A; 1NVP B; 1R3L C; 3JD3 A; 2PUS A; 1Y67 A; 3H1L H; 2X6A A; 4X1K B; 3R66 A; 2M6Y A; 4JYC A; 3RBZ A; 1Q82 W; 3E22 A; 2VWK A; 1K92 A; 4DV5 O; 1VQ8 V; 1BHA A; 4DK1 A; 2YEV A; 4JTC B; 1DLB A; 4O4I A; 4Z1M G; 3FB8 C; 1V55 C; 1VF5 B; 3L9D A; 4X65 B; 1GN3 A; 4YHH O; 1K9M W; 5H5N A; 3AG2 C; 1SES A; 5IWA O; 4NVP A; 2V4D A; 4J80 A; 4AQY O; 1Z2G A; 4DR3 O; 2EIK B; 2Z0A A; 3EFF K; 2H94 A; 4CS2 A; 2LP7 A; 1IBM B; 1YTF D; 1GKF A; 2YXH A; 5IYB O; 4YJ2 B; 5BMV B; 4O4H A; 2ZR3 A; 4GCZ A; 1EZJ A; 5J2U A; 1BCC H; 4NB5 A; 2VQE O; 5B66 Z; 1Z5V A; 1MSD A; 1XMQ O; 4X64 O; 1YVW A; 2CUG A; 2Q0A A; 3K5M A; 3Q4H A; 2C2A A; 1NZ6 A; 4P30 A; 2HJD A; 1AR4 A; 2XOK G; 2GV9 A; 3B8M A; 5K1X A; 4FFK A; 5B3S C; 1HNX B; 5FLX N; 3AK3 A; 1B3Q A; 5KHK A; 5KA5 A; 3JAK B; 3FB6 C; 3DSQ A; 1XDC A; 4UFZ A; 1QCE A; 2N74 A; 2UXN A; 4BIO A; 4DUZ B; 4ZHQ B; 5IYD O; 3CCJ V; 1M90 W; 1JVM A; 3FX7 A; 3CC4 V; 5DN6 G; 3D36 A; 1M57 C; 1NJI W; 1FJG B; 3ABU A; 1DF4 A; 2RDC A; 2W0F C; 5C8Y A; 4GYC B; 1N8R W; 4UB8 Z; 3ZX6 A; 1L8D A; 3APO A; 5CN0 A; 3D36 C; 4DV4 B; 1AI7 A; 2VWJ A; 3E22 B; 2UXC B; 5BY1 A; 1V55 B; 4GX1 A; 2YXY A; 4JZ2 A; 5L3D A; 2YDE A; 5EBW C; 2HHH O; 1EBO A; 1MZE A; 4MVR A; 2EIN C; 2YEV B; 2LGW A; 2CTW A; 3AG2 B; 1QHT A; 4O4I B; 4LH6 A; 3T1H O; 1VAR A; 1IVS A; 2AZ2 A; 3ZHU A; 2N04 A; 4LH7 A; 4LF8 B; 2F43 G; 4OX9 B; 4RUF A; 3CWB H; 2PYJ A; 4KXR A; 4K8Z A; 4NTW A; 2ZNI A; 3RYI B; 1NU1 H; 5GTH Z; 2QKC A; 4IL6 Z; 1VP7 A; 3A8T A; 1YXB A; 4LF7 B; 3T2M A; 1QVF U; 4J7Z A; 4MT8 A; 5IYC O; 1GMG A; 3CRA A; 4O4H B; 5J2U B; 1XI1 A; 5D5P A; 4B3M B; 4CS4 A; 1W2B U; 5EIB C; 4DW1 A; 5CB4 A; 2HEP A; 1Y66 A; 3RVY A; 2WLL A; 3N2G A; 4FFB A; 4WFG A; 5B3S B; 2UUC O; 4JI6 O; 2YIC A; 3W7X A; 1YCI A; 1WPX A; 3Q4H B; 3UO2 A; 2Q7E A; 1W0J G; 2OTJ V; 2E3C A; 3IAY A; 4LF9 B; 4DR2 O; 3SPJ A; 2WSS G; 3JAS A; 1M57 B; 3WG7 C; 2LW7 A; 1S72 V; 3CRR A; 1G4Y B; 1RFY A; 3OTO O; 3CCR V; 3K0G A; 3SPC A; 4DV2 O; 1I94 B; 1IBL B; 5LL6 Y; 2JS3 A; 2QEX V; 3SYC A; 4TOI A; 1R6T A; 4IHJ A; 4XDL A; 3ZRX A; 4CC5 A; 1NH2 D; 4ZKI A; 1BMF G; 1SC5 B; 2EJR A; 4ZI7 A; 3CCV V; 4NTX A; 2UXC O; 5EYP A; 4LFB B; 3O65 A; 1Y4M A; 4JZG A; 1AR1 B; 2EIN B; 4DV3 O; 4GKK O; 1XRE A; 4P2Z A; 2XND G; 3CXH F; 1NTK H; 2EIL C; 1WA8 A; 3TK1 A; 1WAZ A; 1M93 A; 1MAB G; 1M9N A; 2DQ0 A; 4CBC A; 1TUB B; 1M1K W; 5J2T A; 3T1Y B; 1ZTE A; 1W0K G; 3OR7 C; 1GN6 A; 2Y4T A; 1R6N A; 3WFV A; 1XNQ O; 2UXB B; 2XT9 A; 1EZV H; 4QIW F; 2P7T C; 2VS0 A; 1DF5 A; 3TET A; 3N27 A; 1Y6X A; 3KCY A; 4JYA O; 1BHB A; 4X62 O; 2AHZ A; 5FPR A; 4DV1 O; 4TQD A; 3HKE B; 1UPG A; 3RN4 A; 1CPY A; 3ZED A; 3SPG A; 3MD0 A; 3WU2 Z; 2PI4 A; 4X66 O; 3E35 A; 4J7J A; 4B3M O; 1FXK A; 3PJS K; 1T5E A; 2EZP A; 1PNL A; 3BCC H; 3HPL C; 5L3B A; 3THO A; 4A5U B; 4H37 A; 3WB2 A; 1KC8 W; 3DXR A; 1FXK C; 5CB4 B; 1VQM V; 2CTR A; 2WLL B; 3N2G B; 4JI3 B; 3FYI B; 3X2Q C; 4FM1 A; 4J10 A; 4NR1 A; 2UU9 O; 5CBF A; 1IXM A; 4F6R A; 4JAU A; 2EJ7 A; 4DV0 B; 4X88 A; 5FNV A; 5C93 A; 4DR1 O; 3SJA C; 1K4C C; 3JAS B; 4NXM B; 3AG3 C; 3BA8 A; 2GTS A; 4PA3 A; 5LA6 A; 3SYQ A; 3CRQ A; 3DTU B; 3CCQ V; 3U10 A; 3K9A A; 3IC9 A; 3B77 A; 4IHJ B; 4ZI7 B; 1JOY A; 3CS5 A; 5EYP B; 2GHY A; 3UKM A; 4J7K A; 2UUB B; 4DV6 O; 2JEU A; 5TIS Z; 2QR4 A; 2JGD A; 1E79 G; 3GWK C; 4BW9 A; 2IJJ A; 4QGP A; 4DV7 B; 4JI7 B; 4ICG A; 1F4M A; 4N23 A; 2ZIN A; 1WA8 B; 4D7T A; 2G38 A; 2P6J A; 4UCR A; 5IJ9 B; 5H9C A; 3ZS8 C; 4D6T H; 5J2T B; 4FK5 C; 2NN4 A; 5KHG A; 4MTO A; 3ASN C; 2WLK A; 1K33 A; 5JJJ B; 4MW3 A; 3OUS A; 2R9I A; 1BGY H; 3ABM C; 5GW7 A; 2XAH A; 4UCU A; 1N36 B; 4J9Y B; 3K59 A; 2WLH A; 3DGE A; 4PD4 F; 4OGQ B; 2AXT Z; 1BQZ A; 4JV5 O; 2IJI A; 4PDM A; 3JAM N; 1VQN V; 1S76 D; 1WN7 A; 1BL8 A; 1N34 O; 4JI8 O; 2YUA A; 5B1N A; 4JF3 A; 5LHI A; 2EIJ C; 3X2Q B; 1SET A; 5IYZ A; 1ORQ C; 3J80 N; 4TUY A; 2PZS A; 5JQG A; 3UCS C; 2CE4 A; 3DXR B; 1F23 A; 4R8C A; 5LMN B; 2QKS A; 1H2M A; 2Z3Y A; 2P4V A; 2NNU A; 1QLE C; 2Q9L A; 1EN5 A; 1H38 A; 2WLI A; 2M7W A; 5LMU B; 4F6R B; 4ZOL A; 4FZ0 A; 3AG3 B; 3RVZ A; 1XNR B; 4YY3 O; 3QO5 A; 3ASO C; 3QO8 A; 5FNV B; 5JCO A; 3OAA G; 4DR7 O; 2V1D A; 3FB5 C; 2YI8 A; 1KKD A; 2HP8 A; 2ZE8 A; 2WA3 A; 2X0L A; 3VQV A; 3K9S A; 5JCO C; 4X89 A; 4JAV A; 4QJF B; 1Q81 W; 4RWU A; 5KA6 A; 4DV5 B; 4MVQ A; 3T4D A; 1PKX A; 5KHI A; 1JR9 A; 4WFB V; 4UB6 Z; 5L3G A; 1SQG A; 1SER A; 3JAT A; 1YIT V; 2DOS A; 2JGD B; 1NT2 B; 1AP6 A; 5KUK A; 1AP5 A; 4YHH B; 3ASN B; 1IDS A; 3RFR A; 2X6B A; 1D2D A; 5IWA B; 4GX2 A; 4YJ2 A; 2VQF O; 5BMV A; 4AQY B; 2JJ2 G; 4DR3 B; 5ITZ B; 2F95 B; 1M5I A; 1EFR G; 2E76 B; 2LQT A; 1XUQ A; 2CTP A; 1H2G A; 4DRX B; 3ABK C; 1OCO C; 4H13 B; 4PHZ A; 3STZ C; 4MVU A; 2XAQ A; 2CGN A; 2EIJ B; 2VQE B; 2P4K A; 2A9H A; 4EB6 B; 5BR8 O; 3L74 H; 2ZD9 A; 3L72 H; 1XMQ B; 2ZE6 A; 1YZB A; 2OIG A; 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1PM9 A; 3OT7 A; 3ZHT A; 1S5H C; 4PJ0 Z; 1GRJ A; 4JI6 B; 1VIB A; 2UUC B; 1KYO F; 4JI1 O; 1I5Y A; 3W7T A; 4UCO A; 3AG1 C; 1H2N A; 3FB7 C; 3RWR D; 3P3P A; 2CH7 A; 5LHH A; 1G1X B; 1N0J A; 2BSK B; 2PF4 E; 3ZRW B; 5L3E A; 1JJ2 U; 2W6I G; 1OZ0 A; 1AI5 A; 3RYC A; 4DR2 B; 4FVM A; 3W7S A; 3APQ A; 1ZSP A; 2F1M A; 2XUM A; 3BA9 A; 1NH2 B; 4O2A B; 3OTO B; 4DV2 B; 1CP9 A; 2ZE7 A; 1JFF B; 2QWR B; 4DR6 O; 3JCU Z; 3U0Z A; 2ODM A; 3LNN A; 2DYR C; 1COW G; 4YXW G; 1NQT A; 3STL C; 1YSC A; 2IM9 A; 4DV3 B; 4GKK B; 1TUB A; 3JAL A; 1WJZ A; 1I08 A; 2ITC C; 3ZRV A; 3PN1 A; 3K79 A; 4CH4 A; 3OMA B; 4X1Y B; 1MZF A; 3M99 B; 4HYO A; 1VMG A; 3CCE V; 3ZN1 A; 3C3S A; 1BT8 A; 1IX9 A; 4LWS A; 3RYH A; 1QR8 A; 3HKE A; 2LGQ A; 4BWA A; 2ZM6 O; 4UXN A; 1SQB H; 1XNQ B; 1PD3 A; 1AJP A; 4PDV A; 5IDJ A; 4LF6 O; 1U97 A; 1S5J A; 1J95 A; 2Y48 A; 1R3I C; 2B1G A; 4JYA B; 1PNM A; 4X62 B; 3ML0 A; 4DV1 B; 3SDL A; 2XAF A; 2RQ6 A; 2X7R B; 3BAA A; 1MA1 A; 2DYS C; 4JTD B; 5KX5 B; 1KKC A; 2A0L A; 3AG7 A; 4HNA B; 1S0V A; 4TSF G; 1KP3 A; 4FM2 A; 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