The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR2 K; 4YY3 K; 4DV6 K; 4B3M K; 4JI0 K; 4DR6 K; 4AQY K; 4LFA K; 5IT9 O; 4DUZ K; 4LFB K; 4LF5 K; 1HNX K; 4DV7 K; 1IBL K; 4DR7 K; 1FJG K; 3OTO K; 5A2Q O; 4DV5 K; 4JV5 K; 4X66 K; 1XMO K; 1N36 K; 4GKJ K; 3JAM O; 2UUB K; 4YHH K; 1N34 K; 4JI1 K; 1IBK K; 2F4V K; 4JI7 K; 4OX9 K; 1N33 K; 2HHH K; 3J80 O; 1J5E K; 4LF8 K; 2VQF K; 4KHP K; 5LMU K; 4DV2 K; 2E5L K; 4LF7 K; 3T1H K; 1N32 K; 4LF9 K; 2UXB K; 2VQE K; 4JI4 K; 5FLX O; 1XNR K; 1XNQ K; 4X65 K; 4B3T K; 4X64 K; 4DV4 K; 2UXD K; 4DR4 K; 4DR5 K; 1HNW K; 2UXC K; 4CVN E; 1I94 K; 3J7Y P; 4DV1 K; 3T1Y K; 4V19 S; 3J7A P; 4JYA K; 1HR0 K; 4JI6 K; 3J81 O; 4LFC K; 4DV3 K; 4B3R K; 1HNZ K; 5AJ3 K; 4CW7 B; 4DUY K; 4NXN K; 1IBM K; 4GKK K; 4JI2 K; 5LL6 Z; 5LMN K; 5IWA K; 4LF4 K; 4DV0 K; 4JI5 K; 4DR3 K; 2UUA K; 4X62 K; 2ZM6 K; 5BR8 K; 4LF6 K; 1XMQ K; 4JI8 K; 4NXM K; 2UUC K; 4DR1 K; 4B3S K; 4JI3 K; 2UU9 K; 4K0K K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HF4 A; 4QCL A; 4ILG B; 4DV6 K; 3CJ7 A; 2Z1I A; 3QEP A; 4BR2 A; 2FXU A; 2O8F B; 2ITG A; 4Z4H A; 3HL8 A; 1WNS A; 2G8H A; 4BC5 A; 1J54 A; 4A61 A; 2ZJP L; 4KI4 A; 4CJR A; 5JMV A; 4AHV A; 3CYM A; 1GLE G; 1BI4 B; 2YHY A; 1DKG D; 4F4K A; 3PO4 A; 2HW3 A; 1FJG K; 4FJH A; 2KQ2 A; 4ISF A; 4BQL A; 3VEV A; 2OPQ A; 4FJ7 A; 4XIU A; 3KD1 E; 1CZB A; 2DPN A; 1VHX A; 1S9E A; 4BC3 A; 1XC3 A; 4DSK A; 3MCA B; 1N33 K; 3J80 O; 5HRP A; 2GUP A; 2G8W A; 3TU5 A; 3HOS A; 3VQC A; 3C6T A; 3V4I A; 5BPM A; 5EVZ A; 2QXL A; 4O0J A; 3CIP A; 2QKK A; 3HM9 A; 1Z6R A; 4BRO A; 1VQK N; 5BRD A; 4F2S A; 5DM6 L; 2KFN A; 1IH7 A; 4FWN A; 4B1U B; 1HX1 A; 4DMN A; 2R7Y A; 2W40 A; 2NZT A; 5CZ2 A; 1S1T A; 3O08 A; 4B1V A; 4CF9 A; 4FWM A; 2Q0U A; 3M6G A; 4CZG A; 3GBT A; 1U6Z A; 3F5T A; 1RBT A; 3I0S A; 4Z4E A; 1ILY A; 3BY5 A; 3TAG A; 3O4W A; 1HNV A; 4PHT X; 3IRX A; 5KRS A; 2I7N A; 4M7Y A; 3C94 A; 1TK0 A; 1JLF A; 4BE2 A; 1UA1 A; 1BIS A; 1T03 A; 3VA0 A; 1MA9 B; 3OYI A; 3SNN A; 4DSI A; 1TKX A; 4JYA K; 1X3M A; 3SMS A; 3V81 A; 5F1X A; 3F2K A; 2NRH A; 3K59 A; 4DV3 K; 4DQ8 A; 5C2D A; 5H1S Q; 3VF4 A; 2PY5 A; 5CE3 A; 4CEF A; 5CZ1 A; 2FBT A; 2W6K A; 4ID5 A; 3QBX A; 2HF3 A; 3MN7 A; 2QEX N; 2XY7 A; 3CPE A; 3NH2 A; 3EY1 A; 2O8C A; 4W5R A; 5D3G A; 5AQN A; 4KHN A; 4KHU A; 1VQL N; 5AQU A; 3L4I A; 4KKO A; 3C0B A; 3OYF A; 4FLZ A; 1ZYQ A; 4NCA A; 5AFU H; 3CCU N; 2YNF A; 4YY3 K; 1EX4 A; 3E9L A; 1TL3 A; 2I5J A; 3VEN A; 3EYZ A; 3CCS N; 3ZSW A; 2EWS A; 5AQL A; 1LAW A; 3VQ5 A; 1RBV A; 1FKP A; 2P9I A; 3LDL A; 4EHU A; 1NK9 A; 5F0X A; 2P5G A; 4H5R A; 4KTZ A; 5AQY A; 3ZT4 A; 1C6V A; 3KK7 A; 4CJF A; 4FXD A; 4B9Q A; 4CBU A; 1VQ6 N; 1K9M O; 3RMC A; 3TTD A; 1TVR A; 2HBL A; 5BRH A; 3ZSX A; 3K0S A; 4RCH A; 4KRF A; 1F21 A; 2B5J A; 2HST A; 4DTU A; 4LF8 K; 4NCB A; 4G1Q A; 3HI0 A; 1TKZ A; 4FL9 A; 4J2D A; 2VG5 A; 4KTW A; 3L0Q A; 3ZSV A; 4CGD A; 2Q36 A; 2VQE K; 3PO5 A; 1VSF A; 4MQ3 A; 1RT5 A; 1KTQ A; 4J8F A; 3D0P A; 2ASM A; 3CCL N; 4CK3 A; 3MX5 A; 3F9K A; 1QHT A; 3WEE B; 4DU4 A; 3ZYY X; 3QES A; 3S3M A; 4CJE A; 4BR0 A; 2KZZ A; 1DTQ A; 5GIN A; 4B9M A; 4NLB A; 2JLE A; 2F7T A; 5BPL A; 1K8A O; 3E9O A; 3A0I X; 2PFU A; 4FWL A; 4DTO A; 1ASV A; 3J7Y P; 4GMJ B; 4MFB A; 1REV A; 2HMI A; 4DV1 K; 3ZX0 A; 2QWO A; 4IFV A; 3T1Y K; 3IG1 A; 3K2P A; 2EHG A; 1NK8 A; 3RMD A; 1RDD A; 2Q0R A; 1HR0 K; 1BCM A; 5FRM A; 3J81 O; 1A5W A; 4IDK A; 5TKY A; 4E19 A; 1TKT A; 2P9N A; 3RSE A; 2D4W A; 1RTI A; 3MN5 A; 4BDZ A; 2YV0 X; 3VQA A; 2D5R A; 1IKX A; 1BIZ A; 4LF4 K; 2V7Y A; 5EY4 A; 4Q0B A; 4H0Y B; 3O1B A; 4MDB A; 3B6P A; 3DAW A; 1JL2 A; 4C8O A; 5HRS A; 4L8R B; 2IDO A; 3E66 A; 4CJK A; 5I9E B; 4L3Q A; 4EZ9 A; 1KSP A; 1VAZ A; 3EKS A; 4UQG A; 4EHT A; 4QOZ B; 3WNH A; 3CCQ N; 4BRM A; 5BRF A; 1WN7 A; 5AQO A; 2WUS A; 2FSK A; 1SAZ A; 1EP4 A; 5CY4 A; 1KFS A; 4AM7 A; 3THX A; 4JV5 K; 3O8M A; 4I7F A; 3G10 A; 2NUB A; 2YNI A; 3ASM A; 4YHH K; 2F4V K; 4OPK A; 1P90 A; 4KFB A; 4FW1 A; 1NM1 A; 4BGB A; 4C1N K; 2G8K A; 4JKG B; 3VQD A; 1C1B A; 2ZGZ A; 3JYT A; 1X9W A; 5KPR A; 3U6F A; 5LJV A; 3ZEU B; 4O4G A; 4DSF A; 4LF9 K; 3CF5 L; 2Q2R A; 2IIR A; 1WSE A; 3D2F B; 3UKU B; 3SUO A; 4JI4 K; 4FWO A; 3CJC A; 1OH6 A; 4C8K A; 1QSS A; 4CED A; 5AQI A; 3OS1 A; 5AQF A; 5J2P A; 3OVN A; 1U49 A; 1NK6 A; 4CJ5 A; 1RDA A; 5EXW A; 2H3G X; 3ATV A; 3HM8 A; 3O3F A; 3K58 A; 5GIP A; 4F8R A; 1QQO A; 1SL1 A; 4Z94 A; 1YVU A; 1G99 A; 4OPA A; 4JHD B; 3FR0 A; 2G8U A; 2A40 A; 2F8T A; 2P9S A; 3AO5 A; 3O9S A; 1EO1 A; 3TAQ A; 3PY8 A; 4CEC A; 1RDW X; 3V9S A; 3THY B; 4GKK K; 2AJQ A; 3FFI A; 1HKG A; 3KHY A; 1Q7Y O; 3KKR A; 1BHL A; 4OO1 J; 1VQ4 N; 3TAE A; 3AAR A; 4FOE A; 3CPW M; 4FVU A; 1WSH A; 2HVI A; 4BDY A; 3KKS A; 4MO4 A; 3L4Q A; 1D5A A; 1KFD A; 1JLG A; 4H0O A; 3NGI A; 3HVT A; 3RTV A; 3WXJ A; 5IT9 O; 3QML A; 3RRG A; 4ISG A; 1RTJ A; 3CJA A; 3G0Z A; 2AA4 A; 1NOZ A; 3O80 A; 3HRG A; 3T1A A; 3U8X A; 4FJ9 A; 1OVY A; 2A41 A; 3PSF A; 3VEO A; 3GL1 A; 4KHQ A; 4CFA A; 1Y97 A; 4FLY A; 3SQ0 A; 2HHV A; 1P8Z A; 2WON A; 3MCP A; 2E2O A; 4LH4 A; 3DLH A; 3JAM O; 1X9S A; 3V9U A; 1L3S A; 2HND A; 4HCC A; 3E1Y A; 4ELU A; 3L2U A; 4WFB L; 3D2E B; 2ZGY A; 3BUZ B; 4IG3 A; 2YJE A; 1U4B A; 3CQ8 A; 1HQE A; 5LMU K; 3AVM A; 4M7X A; 3TSU A; 3HYF A; 4W5O A; 2IVN A; 2CH6 A; 3A2F A; 4DU3 A; 4BRQ A; 4MLE A; 4E7L A; 1S1V A; 1XQS C; 3DWL A; 4IBN A; 1JL1 A; 4QS9 A; 1QS4 A; 4IFE A; 3OYB A; 3M1F A; 3O9R A; 2UXD K; 1EKE A; 4CJ7 A; 4PQU A; 2KKZ A; 1W0H A; 1BA1 A; 4M3U A; 3H45 C; 3VQE A; 1G15 A; 4BRF A; 1NGJ A; 2WFB A; 4JK9 A; 2EX3 A; 2NRT A; 4CZL A; 3CCJ N; 4CJ3 A; 2BUP A; 4BWM A; 1NU0 A; 1BL3 A; 4XH4 A; 3OYE A; 4BGA A; 4PUO A; 2HHQ A; 1GOB A; 2P9P B; 1K6Y A; 3M8P A; 1C0G A; 2GWJ A; 1I3A A; 3THW A; 1TV6 A; 4FM2 A; 4JD2 A; 1XI1 A; 5AFU A; 1NGH A; 5KQD A; 4FJJ A; 4E3S A; 3ULE B; 4AHR A; 2ZM6 K; 3KWG A; 5BR8 K; 2ETJ A; 4CGJ A; 3NAE A; 4KBO A; 2JWL A; 2X6S A; 1E4F T; 5AZJ B; 1LWC A; 2E88 A; 4FVM A; 4DR6 K; 4AHS A; 1Z25 A; 3LDQ A; 5KI6 A; 1VQP N; 3MXM A; 2ZD1 A; 3CFO A; 2VWK A; 3PIO L; 3OYG A; 3NHG A; 1HPZ A; 4B9N A; 1L3V A; 3EE8 A; 2OTL N; 2O8B A; 3LZJ A; 4AIL C; 5C24 A; 3VQ8 A; 4BR7 A; 4G9Z A; 5B8H A; 2HNZ A; 1H1V A; 4RTF D; 2OCE A; 4W5N A; 1BWF O; 1RBS A; 4JI7 K; 3MWT A; 3SLC A; 2P9L B; 3C6A A; 3ZSR A; 1V4T A; 3GDQ A; 3UE5 A; 4I6M A; 1EWQ A; 1U04 A; 3AA3 A; 5J2Q A; 2OYQ A; 3CFR A; 4BR9 A; 4CFB A; 3E01 A; 3LDS A; 4DQI A; 3AA5 X; 3SUN A; 3A5L C; 1ZBL A; 4QS7 A; 1VSH A; 4IO9 L; 1W2B M; 4BRC A; 4DG1 A; 3PSI A; 3U9Z A; 3K5M A; 1YIJ N; 3AVF A; 4B3T K; 4FZX C; 4PWD A; 2FBY A; 2RPI A; 4J2B A; 1RT3 A; 2LSN A; 2P9K B; 2ZQB A; 4H4O A; 1YVN A; 3OYK A; 4Z4G A; 3ISN C; 4EP5 A; 5KGW A; 4CHN A; 4V19 S; 3F9M A; 1JLC A; 5DMR A; 1GLC G; 5FRO A; 3VGL A; 4DSE A; 3VQ9 A; 3SV3 A; 4C8L A; 3DOK A; 1CZA N; 5FPM A; 4KV8 A; 5AQS A; 4B3R K; 5AQX A; 5KPT A; 3SPZ A; 1IKV A; 3GE1 A; 3BZK A; 4M3R A; 1HJO A; 3SCX A; 4FK4 A; 3M8Q A; 3O4Q A; 1KVB A; 2O8E B; 3TPQ A; 4BRE A; 3P4I A; 2VGN A; 3AVG A; 3LAN A; 2DY4 A; 4KH4 A; 2HB5 A; 3S9H A; 4FWQ A; 4E7I A; 4FJ8 A; 1DTT A; 4ID1 A; 4O5B A; 1UOC A; 3ZX2 A; 3VQ6 A; 2OAN A; 3QO9 A; 2HOE A; 2HVH A; 4LFB K; 2ZJR L; 5AR0 A; 1NGF A; 1O1W A; 2KTQ A; 5BN9 A; 3U3G A; 1JKH A; 3DRP A; 3SBG A; 2F96 A; 1WLJ A; 5KRT A; 3HK2 A; 3CCV N; 4DV5 K; 3PIP L; 4GKJ K; 1IV0 A; 1KLN A; 1NGG A; 4IJN A; 4CK1 A; 2QTD A; 3AY9 A; 1VQ9 N; 4RW9 A; 3G71 N; 4O8U A; 3VPZ A; 4BRA A; 1IJJ A; 5M1Q A; 3C7N B; 4LH5 A; 1EQY A; 1DT9 A; 1MWM A; 3VGM A; 1SUQ A; 3HVR A; 3OYD A; 2YHW A; 1BGX T; 1GLJ O; 4M42 A; 3OYN A; 2Q97 A; 3HT3 A; 1BI4 A; 3QNN A; 2E6L A; 4PKH A; 3EEQ A; 3M5R A; 1TAQ A; 5GAE P; 5AQV A; 1XNQ K; 3H6E A; 1WBD A; 3VN5 A; 1RDB A; 1BIU A; 5E84 A; 1QSY A; 4B08 A; 1ITG A; 3D6R A; 1N6Q A; 1HRH A; 1I94 K; 2PAV A; 2IOC A; 4HUE A; 3BF1 A; 2RE2 A; 3AO4 A; 4H5N A; 4Z4I A; 1TK5 A; 1R59 O; 2P51 A; 3TAF A; 4YOV A; 1VSJ A; 4KPY A; 5KGX A; 4ZHR A; 4DHY A; 5JLF A; 2GEM A; 3E9P A; 1SL0 A; 1YJ9 N; 3O3G A; 3KTQ A; 4DUY K; 1UAX A; 4M41 A; 2WTU A; 1VSI A; 3V1R A; 3CET A; 4K8Z A; 3CMA N; 4AHT A; 1S9G A; 4JK8 A; 2YHA A; 4FJN A; 5C10 A; 5MLC Q; 3J7Z O; 2UUC K; 1RT6 A; 1BQN A; 4CZI A; 1B92 A; 1LOT B; 5M1P A; 2UU9 K; 3VEW A; 1XWL A; 5CYM A; 1NG9 A; 3KK2 A; 2Q1N A; 1U47 A; 3EN9 A; 5FPD A; 1VRT A; 4ZTF A; 2AP1 A; 4DLE A; 1BU6 O; 4KHY A; 1K8K B; 2HBJ A; 5FDL A; 5AZI B; 5KQ8 A; 4HCB A; 2Q3S A; 4DV7 K; 1Q18 A; 4C8M A; 4ISE A; 2NRZ A; 4ZTJ A; 3IDH A; 3R1X A; 2HBM A; 2KHO A; 4WE1 A; 3OA9 A; 1XMO K; 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2FF3 B; 1BG3 A; 1HNI A; 3AVK A; 3ZX3 A; 1YJN N; 3AVB A; 3S41 A; 3PUF A; 3OJU A; 4CEA A; 5I3U A; 3IFR A; 1O13 A; 4DQP A; 3NE6 A; 4DQQ A; 3BF3 A; 3P38 A; 3P31 A; 4A57 A; 1KVA A; 2XY5 A; 1YJW N; 1YAG A; 4XH5 A; 1OKJ A; 3O4N A; 4K41 A; 3JSM A; 3G6E N; 4LSN A; 4FJ5 A; 4I2P A; 5A2Q O; 4GVE A; 1U2V B; 3RSE B; 3PX4 A; 4IDH A; 1RIL A; 2UUB K; 3FZH A; 2A5X A; 1N34 K; 4FPB A; 4DCH A; 1HYZ A; 4KAZ A; 1RBU A; 3CFP A; 2F9W A; 4A2A A; 4KHP K; 4M3X A; 4BC4 A; 4W5Q A; 4BDP A; 1D4X A; 4ILH A; 1VSL A; 4IXC A; 1NGA A; 4CFD A; 3R3L A; 3SJJ A; 4YOR A; 3QER A; 2KW4 A; 1ATR A; 3L2V A; 4GV9 A; 2QK9 A; 3KLE A; 1S1X A; 3L6Q A; 1YT3 A; 2E20 A; 2UYT A; 4FWK A; 1HYS A; 3LPT A; 2D1K A; 3TAR A; 1M1K O; 1BUP A; 1WSI A; 2NRX A; 4JEP A; 2OZS A; 4K8X A; 1ZBH A; 3TWH A; 1NGI A; 3A8Y A; 1QQC A; 4JKG A; 3THX B; 4BY9 C; 3RWU A; 1B9F A; 2OZM A; 3P5J A; 3VET A; 4YOX A; 3MX2 A; 4JI6 K; 3LWM A; 2QWP A; 3A5M C; 1TYQ A; 1WAJ A; 3KK3 A; 1VSE A; 4BRI A; 3UKU A; 2FLO A; 1CZ9 A; 1BCO A; 3CJ1 A; 4A59 A; 3LP0 A; 2GBZ A; 3RRH A; 4N5S A; 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