The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
32
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GKJ O; 3R66 A; 3J81 N; 4DV3 O; 4B3S O; 4OX9 O; 4LF7 O; 4DR3 O; 4DR4 O; 2UUA O; 1XNR O; 5IWA O; 2F4V O; 4LF8 O; 4DR2 O; 3RT3 C; 4DV0 O; 4OPA A; 2VQE O; 4X65 O; 1NS1 A; 4YY3 O; 1N36 O; 1IBM O; 5BR8 O; 4JV5 O; 4X66 O; 4YHH O; 4JI3 O; 4DV7 O; 4LF4 O; 5BXZ A; 3O65 A; 4DV4 O; 2ZKO A; 1HR0 O; 4B3R O; 1IBL O; 4B3T O; 4DV5 O; 4JI2 O; 4LF6 O; 4KHP O; 3JAM N; 3SDL A; 1XMO O; 2N74 A; 4OPH A; 4JI8 O; 1AB3 A; 3F5T A; 4AQY O; 1FYJ A; 1XNQ O; 4JI7 O; 5IT9 N; 1F7Y A; 4LFB O; 2FKX A; 1HNZ O; 2AGA A; 4JI1 O; 2DJV A; 2LW7 A; 1R1B A; 4DV2 O; 4JI6 O; 4LF9 O; 5LMN O; 1G1X B; 2Z0A A; 2JRI A; 1IBK O; 4JYA O; 1N32 O; 1A32 A; 4JI5 O; 4X64 O; 4X62 O; 2UU9 O; 1HNW O; 4DR6 O; 2DOS A; 1X59 A; 1I94 O; 5LMU O; 1N34 O; 4NXM O; 4DUY O; 4JI0 O; 5LL6 Y; 4DV6 O; 4K0K O; 1HNX O; 4DR7 O; 1KUQ A; 2UXD O; 1R6T A; 4NXN O; 1YZB A; 4LFA O; 4DR1 O; 5H5N A; 4LFC O; 1XEQ A; 3T1H O; 1N33 O; 3J80 N; 3J7A U; 1FKA O; 5A2Q N; 1D2D A; 2UUB O; 3OTO O; 4DR5 O; 2UXB O; 4GKK O; 4A5U B; 1J5E O; 2VQF O; 3T1Y O; 4DUZ O; 4B3M O; 2HHH O; 2UUC O; 1DK1 A; 5FLX N; 4DV1 O; 2ZM6 O; 3M8A A; 5BY1 A; 1XMQ O; 1AIL A; 2UXC O; 4JI4 O; 2E5L O; 4LF5 O; 1FJG O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DWE C; 1VP7 A; 1O9H A; 2UXN A; 3ZHR A; 3ZMV A; 4TQD A; 1AJQ A; 1NS1 A; 4O2A A; 5CB4 A; 1SQV H; 2L35 A; 4PV1 B; 2AXT Z; 5LOV A; 3LSQ A; 1RM1 B; 4E4E A; 4Z1M G; 3FFQ A; 1KYO F; 4PJ0 Z; 1F23 A; 3CCE V; 4G2K A; 1QLN A; 4YHH B; 4JI2 O; 5CBH A; 4UFZ A; 2X7R B; 1Q86 W; 4H13 B; 2YEV A; 1RPR A; 4K3A A; 4O4I B; 2N05 A; 4C7U A; 3GWK C; 2YID A; 3OEH G; 2JGD A; 4NKG B; 1AR1 B; 3JSL A; 2EUL A; 1YI2 V; 4JTC B; 2NR5 A; 2YUA A; 1H2K A; 3G67 A; 3UO2 A; 1Q82 W; 1JFF B; 1JR9 A; 4X65 B; 3FAV A; 4LF9 O; 5LMN O; 3F5W C; 2YXL A; 3L70 H; 4O4J B; 3N2K A; 4F4L A; 4JYA O; 2Q69 A; 3Q4H A; 1SQX H; 2BSK A; 1NZ6 A; 2UXX A; 1S0V A; 2P4V A; 1N32 B; 3ZN1 A; 4D7S A; 4GX0 A; 4DV5 B; 3RBZ A; 3ABT A; 2DOS A; 1X59 A; 2PYJ A; 3IFX A; 3K03 A; 2ODM A; 2R72 A; 4KXR A; 1FXK B; 3LSS A; 1CP9 A; 1FS0 G; 1SKV A; 4LWS A; 4RAI A; 2Y0P A; 4LFB B; 2LFR A; 4DV6 B; 2OIG A; 5K1X A; 1GTO A; 4LFC O; 2DWD C; 3ZMS A; 2G38 A; 1N33 B; 2WLN A; 3SPJ A; 4Z1V A; 4PI0 A; 3LDE A; 3OTO B; 2UU9 B; 4B3M B; 1XOU A; 2WLM A; 1Q6I A; 4O4I A; 5CBG A; 4FK5 C; 3CCL V; 4DR7 B; 1MA1 A; 2B1I A; 4JI4 O; 2UXD B; 4BIZ A; 4B3S O; 2CDY A; 3JCU Z; 4CH6 A; 1JFF A; 3ABU A; 3M99 B; 4RUF A; 2YXY A; 5LXT B; 2FL4 A; 3UQ8 A; 2WLL B; 1JCH A; 2EIN B; 2XUM A; 4O4J A; 1BT8 A; 1AP5 A; 4GKK B; 5DEC A; 3CC7 V; 4MS2 A; 3ABK B; 4U3F H; 2E76 B; 2VRZ A; 4B3R O; 5KHG A; 2K1E A; 5L3E A; 4K35 A; 1CEZ A; 2RN9 A; 1FXK A; 4QIW F; 4F6R B; 5KX5 B; 4LF6 B; 1T5E A; 3T1C A; 3OUS A; 5IT9 N; 1XNR B; 4ZIB A; 2RDC A; 5LGN A; 1HP8 A; 1WAZ A; 1QVF U; 3HKB B; 1S5H C; 1R1B A; 1RPO A; 2Z0A A; 3W7W A; 4JV5 B; 4WFE A; 4X66 B; 4LR3 A; 2CH7 B; 1NH2 B; 4DV4 B; 1DTO A; 4J10 A; 4OGQ B; 3RYF B; 2X6C A; 4R7C A; 1QNM A; 4PDL A; 1XNQ B; 1RM1 C; 3CRC A; 1AR5 A; 3TET A; 4DR1 O; 3K0D A; 4K0K B; 2XND G; 5GW7 A; 4TQF A; 2LJ2 A; 3CME V; 1XBL A; 2IU3 A; 5LXT A; 2WLL A; 2QEX V; 1P7B A; 3K5N A; 1YVW A; 1YTF B; 3T1H B; 3ASO B; 1WN7 A; 4LH7 A; 1Q43 A; 5EBW C; 5IE9 A; 4FPP A; 1DLB A; 2ZNJ A; 3THO A; 1H2G A; 3FD9 A; 3VQX A; 4TT3 G; 4EFE A; 3ETG A; 4DV1 B; 4NYK A; 4F6R A; 5KX5 A; 3R66 A; 3CCR V; 3TCU A; 4LBE C; 1K4C C; 4LP8 A; 5EK0 A; 3MHH C; 5C8Y B; 3SPG A; 3QG5 A; 1EZV H; 2QDO A; 1OCZ B; 2CH7 A; 1MZE A; 3K06 A; 4JI3 O; 1PL4 A; 3PJS K; 3BAA A; 2ZKO A; 4FLX A; 4JTA B; 3BCC H; 2PYL A; 4LF4 B; 1Q6U A; 3RYF A; 2PGG A; 1KP2 A; 1M9N A; 3L72 H; 4GCZ A; 4NB5 A; 3ETE A; 3A8T A; 2AGA A; 1WP8 A; 1W59 A; 1HDJ A; 3TGU H; 3WB1 A; 3RYI B; 2A0L A; 1MSD A; 4P30 A; 4ZKI A; 4ZOL A; 5J9P C; 2Y0I A; 3UO3 A; 5IYC O; 3OMI B; 3B77 A; 2OCH A; 3CRR A; 2GTS A; 1I5X A; 4JAU A; 4DR6 O; 5LGU A; 4GLX A; 2K9P A; 2EIN C; 4JI0 O; 1BSM A; 3TXS A; 1VQ4 V; 1HWY A; 2P6J A; 3ABK C; 4LC1 A; 2KB1 A; 1FAF A; 3ZBH A; 1F4N A; 1VF6 A; 1IZ3 A; 5E79 Z; 4LF9 B; 5C8Y A; 4GUN A; 5LMN B; 4FLU A; 5KAI Z; 5EIB C; 4AHC A; 4FM2 A; 4HNA B; 3DC6 A; 4JTD B; 1E1Q G; 2O57 A; 4DUZ B; 3OTF A; 3IGA C; 5BY1 A; 3AK1 A; 4TUY B; 2JJ1 G; 1MZF A; 2XT9 A; 1US6 A; 4DV3 O; 1BS3 A; 2ATK C; 1W0J G; 3K5O A; 3HPL C; 1VQN V; 3RYI A; 3ZMZ A; 2Q67 A; 1AI4 A; 4MVZ A; 2HR3 A; 5BR8 O; 3CXC U; 3MD0 A; 4YHH O; 4I7Z B; 4PA3 A; 1WB7 A; 3SPI A; 1QBZ A; 2AHZ A; 3RYC B; 4H33 A; 3AK3 A; 1M5I A; 4B3T B; 1F4M A; 1NVP B; 2XAH A; 4JZ2 A; 1DF5 A; 5GON B; 4B3S B; 2GSM B; 3ASO C; 1KU9 A; 3ZHQ A; 3FB7 C; 1EM1 A; 4KL1 A; 1F7Y A; 1WP7 A; 2L6L A; 5JCO C; 3KG2 A; 1HNZ B; 2EBO A; 5LYJ B; 1N32 O; 4H37 A; 3ETQ A; 1BMF G; 4I0X A; 4HNA A; 5KHH A; 3MDS A; 1JJ2 U; 5B1N A; 2GBO A; 4TUY A; 4DV6 O; 4QE9 A; 1BZK A; 4H0L B; 5D5P A; 1OCZ C; 3ZRW B; 3X2Q C; 5EC1 C; 3L9D A; 2YS8 A; 1AP6 A; 4ICG A; 1AVM A; 1VQL V; 1OJH A; 2QE7 G; 1Q8I A; 1WNS A; 4R8C A; 1N33 O; 2Q6A A; 1OHH G; 3OTO O; 3T1Y O; 1FXV A; 4MTF A; 4B3M O; 1IXB A; 4GX2 A; 4I55 B; 1NJI W; 3UT5 B; 2R70 A; 2W0X A; 3RYC A; 5GON A; 1GN3 A; 2ZR3 A; 3E22 B; 3KCX A; 2E5L B; 4LF5 B; 3B8N A; 3STZ C; 2HFE C; 1UJW B; 4DR2 B; 1NTZ H; 3SYA A; 1SQG A; 2NN4 A; 5LYJ A; 2FB5 A; 1IBM O; 1K33 A; 1KBH A; 4WF9 V; 2QM8 A; 4KP4 A; 3O65 A; 4D6T H; 3DGE A; 1VQ6 V; 4LF6 O; 1XIL A; 3JD0 A; 1QVG U; 2YIB A; 4AQY O; 4FJC C; 3RYH B; 2XAF A; 3ZHU A; 2ILM A; 1VAR A; 1IUR A; 3AG2 B; 2QWN B; 1JJO A; 3K04 A; 2ADP A; 2Y4T A; 3AK2 A; 5KLV H; 4Q20 A; 3E86 A; 3FB5 C; 1PV0 A; 5EBL C; 3ZS8 C; 5JJN B; 2Y69 C; 4FMT A; 2JRI A; 1GM8 A; 5CA1 B; 5C93 A; 3ZHV A; 1PNL A; 4FM0 A; 2Q5Z A; 2Q9L A; 4I55 A; 1KC8 W; 5JH7 B; 4RQE A; 3E8B A; 3ZJZ A; 1K3E A; 4K0K O; 3ZMT A; 3QF7 A; 2LW1 A; 1M90 W; 4PHZ A; 4NXM B; 5JVD A; 2JS5 A; 3GWO A; 4CS2 A; 5CB4 B; 5LOV B; 3T1H O; 1VQ8 V; 1U96 A; 2FTK A; 1EN6 A; 1RFY A; 1K5S A; 3HKC B; 3BEH A; 3ZHT A; 1E1R G; 2FML A; 3G71 V; 2YEV B; 5TIS Z; 4P9P A; 4UXN A; 4J42 A; 5L3G A; 2HJF C; 4DV1 O; 2HVK C; 4ZI7 B; 5LP6 C; 1OV9 A; 3TK1 A; 1EFR G; 3QNE A; 3CRA A; 3FKS G; 1N4C A; 4X8A A; 5FPO A; 1K4D C; 3N2G A; 3BFR A; 3SYO A; 2CK3 G; 1BL8 A; 4YIP A; 3K5M A; 1L0N H; 1Q90 D; 3E8H A; 3I5D A; 1IXM A; 5ITZ A; 5IYD O; 5CA1 A; 2WSS G; 3UM7 A; 5IY5 C; 4LF4 O; 2HEP A; 1L8D A; 3QTC A; 5JH7 A; 4ZBM A; 1L0L H; 1XUQ A; 2QJ1 A; 3F7V C; 4CS3 A; 4LWS B; 3JAM N; 2BOB C; 4WFA V; 3JAS B; 2P06 A; 4DV3 B; 5FL7 G; 3GB7 C; 4EB6 A; 4WFF A; 3CJH A; 1SER A; 4TSF G; 1FFX B; 3OMN B; 1GH6 A; 2GV9 A; 4DV2 O; 1G1X B; 2CUG A; 3G6B A; 5BR8 B; 3E2E A; 3HKC A; 4UCR A; 3ZCC A; 1KKC A; 3EVK A; 3N27 A; 2HG5 C; 2YIB D; 1SET A; 1SQQ H; 3FB6 C; 4ZI7 A; 2A9H A; 4YJ2 B; 3SPC A; 1M57 C; 5LMU B; 1GK9 A; 1MSW D; 2E74 B; 4J41 A; 1B6Q A; 2EIK B; 3LNM B; 3JAW B; 3ZRS A; 2X6B A; 4CC5 A; 1ZSP A; 4PA6 A; 2MK3 A; 4LNU B; 2GDS A; 3DXR A; 4Q6G A; 3RW0 A; 3BA9 A; 1J5E O; 2DW4 A; 2W6I G; 3EXA A; 1P7G A; 4DUZ O; 1S77 D; 1JOY A; 2P67 A; 3BPZ A; 2RCV A; 3H9V A; 3OD4 A; 4BW9 A; 3STL C; 2HHH B; 5KHI A; 2UUC B; 3ASN C; 4J11 A; 3JAS A; 4I9Q A; 2Q0A A; 1K34 A; 2M7W A; 4J9Y B; 4IT5 A; 1XI1 A; 4DR4 O; 1AI5 A; 5IWA O; 1FFX A; 4W4K A; 1S3J A; 2H94 A; 2BE3 A; 1SQB H; 2ZIM A; 2WA3 A; 3WB2 A; 1YF2 A; 3ABL B; 2IH1 C; 2OTL V; 4DO2 A; 3T1Y B; 1N0J A; 1V55 B; 1Z2G A; 3E35 A; 1PPJ H; 4MVQ A; 3ZIA G; 4QPJ A; 4B3T O; 5EC2 C; 3EFF K; 3CE2 A; 4DXW A; 2IBZ H; 3VQY A; 1VQM V; 2X6A A; 4JAS A; 4MVR A; 4YJ2 A; 5L3C A; 5J2U B; 3WU2 Z; 1NR7 A; 2HKO A; 4TOI A; 2QA4 V; 3BHP A; 1SS3 A; 1HNZ O; 3JAW A; 2V1D A; 2LW7 A; 4F6E A; 2JVD A; 4LNU A; 1IBM B; 3BRC A; 4JAV A; 4J7Z A; 2ZCE A; 4GX5 A; 3L74 H; 3MAQ A; 1QLE C; 2KSD A; 1AI6 A; 4U7O A; 4UVB A; 1TUE B; 2ADQ B; 2GHY A; 3OGI B; 4QE7 A; 1I94 O; 1ENV A; 2OCC B; 5IJ0 A; 3R65 A; 4AQY B; 2EIJ B; 2QR4 A; 1R6T A; 1QU7 A; 2ZQM A; 4QNH B; 1N34 B; 4N23 A; 2ITD C; 3P3P A; 1F51 A; 2XAS A; 1COW G; 4MTG A; 1VMG A; 4X20 B; 4DW0 A; 3CXH F; 3JAR B; 2VQF O; 1LUV A; 2YC0 A; 2PI4 A; 5IJ9 B; 1BQZ A; 1BQ0 A; 3JD1 A; 2YDE A; 1EBO A; 5B3S B; 2E5L O; 4LF5 O; 5J2U A; 3ABM B; 1R73 A; 3DTU B; 1AI7 A; 5L3F A; 4DR2 O; 1H2L A; 4TV8 B; 4ZOL B; 4DV0 O; 2QWQ B; 4OPA A; 5JWP A; 3G6E V; 2AW9 A; 4LF8 B; 2Z5U A; 4MT8 A; 3ZHS A; 2VQE B; 1XDC A; 1EN4 A; 1QHT A; 5IYZ B; 4FZ0 A; 4GYC B; 3K59 A; 2EIK C; 3L75 H; 3BVO A; 4YIO A; 2V4D A; 1HR0 B; 2H8P C; 2N74 A; 4IYI A; 4CZZ A; 3O9O A; 3CWB H; 4HAM A; 1G6U A; 1R6N A; 4E2L A; 4JI8 B; 3PN1 A; 5L3B A; 3K57 A; 1FXK C; 4PDR A; 4X20 A; 3JAR A; 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4X1Y B; 2QWO B; 1NH2 D; 4DRX A; 1TA8 A; 2JEU A; 2R9R B; 3OT7 A; 4IIJ A; 2QWR B; 1YSC A; 3AG4 B; 1FKA O; 1U97 A; 5GTH Z; 1Y76 B; 1VF6 C; 2PY5 A; 1AR4 A; 3CX5 F; 4G28 B; 2HHH O; 1CXZ B; 4GX1 A; 4B7K A; 2UUC O; 1Q6H A; 2ZNI A; 5H6Q A; 3M8A A; 1I94 B; 1AIL A; 3LUT B; 2VS0 A; 1YTF D; 4NR1 A; 4UV8 A; 1XL6 A; 4HZ3 A; 4L8J A; 1G8M A; 4NTW A; 1S5L Z; 4UUJ C; 4X1I A; 4WBN A; 2GTA A; 2EZP A; 5JJE B; 1ZTE A; 3CCS V; 2EIM B; 4YY3 O; 4PDM A; 3M7M X; 2CGN A; 1Y74 A; 2VQF B; 4J9Z B; 3AG1 B; 2JDI G; 2YSU B; 2LO1 A; 3CCJ V; 4ZHQ A; 1EZJ A; 3GVM A; 3W7T A; 4KHP O; 3OR6 C; 5JVD B; 3W7X A; 1S76 D; 4UB6 Z; 4X1Y A; 1SES A; 3D36 A; 3T2M A; 3APQ A; 2GUZ B; 4DV0 B; 3W7S A; 1OCR B; 1O9G A; 3CCU V; 4MVO A; 4H44 B; 1VQ7 V; 1R3I C; 1VQ9 V; 1TVK A; 3FYI B; 2Q8V A; 1Y76 A; 3KKY A; 4BIU A; 2DE0 X; 1KD1 W; 1MG1 A; 2YIA A; 3ETD A; 5GTI Z; 1N34 O; 1FXH A; 3B09 A; 4PA9 A; 4QPK A; 5B1A C; 1MMM A; 4LH6 A; 1YZB A; 3N2G B; 1HNX B; 2EIL B; 1E79 G; 1ZX3 A; 3B4S A; 2ETN A; 5ITZ B; 1ZAU A; 3ML0 A; 5EYP A; 2RMK B; 4FIP C; 2KKW A; 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