4JIEA

Structural analysis and insights into glycon specificity of the rice gh1 os7bglu26 beta-d-mannosidase
Total Genus 203
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
203
sequence length
484
structure length
484
Chain Sequence
AAAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-mannosidase/beta-glucosidase
publication title Structural analysis and insights into the glycon specificity of the rice GH1 Os7BGlu26 beta-D-mannosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa indica group
total genus 203
structure length 484
sequence length 484
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jieA00
4CVUA 2YA2A 4WKFA 1B90A 2YIHA 3WEZA 3WUEA 1V0NA 1XYFA 4FK9A 4QLKA 3EMQA 4YPJA 2VX5A 4AIUA 4F79A 1XH2A 4AY1A 1W9DM 1NP2A 3EMZA 3PTKA 1HIZA 3AXXA 2CHOA 1J18A 2DEPA 1CXIA 1DWIM 1M53A 4MNJA 4UQBA 3WDIA 4JFWA 1FH7A 2CERA 2YL5A 2YBTA 1CXLA 1E1FA 3VIIA 4UFLA 3WNKA 3VINA 2C8NA 1O7AA 1GVYA 2DT0A 1E6SM 2WVTA 4JFTA 3T2QA 3CZEA 1UYQA 4HTYA 4U31A 4PCTA 5A2BA 4AEEA 1E6NA 3L4YA 3U5YA 4TTUA 4DM2A 1MW3A 5FL0A 3VO0A 4D6HA 3GBEA 4EE9A 3AIUA 1H5VA 2AOSA 2CBUA 3NJ3A 5CLWA 2YLLA 4PRWA 3PZGA 5FL1A 3POCA 4P8UA 5HXMA 3ALGA 3EYPA 2O9PA 2V3GA 2BVTA 1VAHA 2WW5A 3AIBA 1E6XM 4ATLA 3IAPA 1KGXA 3OLGA 1PX3A 1UA7A 4HP5A 2B31A 3PZNA 5I77A 4D71A 4U5KA 2CETA 1TR1A 1H11A 1J0HA 3WUFA 3BCDA 4AEFA 5A8NA 4JHZA 4JL1A 2X0YA 2D0FA 4ZXOA 3MUIA 1PX8A 2VRQA 1B31A 2WZIA 3OZPA 3AFBA 1IZKA 4E8DA 3SUVA 1R8LA 2WMKA 2ZX7A 4IM4A 1KWGA 3VGBA 3CHDA 3VX1A 2G8ZA 1WAWA 1E6ZA 1C92A 4EAMA 3MMWA 2JFEX 3SCPA 1JGIA 1GOMA 4H7VA 2W63A 2BY3A 4AZ7A 1C8YA 3KEHA 1G5AA 1GZJA 1HNYA 5FOOA 2J7FA 4MNLA 1E6RA 1E43A 5M3WA 2WB5A 2G3JA 1B9ZA 1HXJA 3WDQA 2XFRA 1U30A 1H41A 3VD7A 3AICA 3S6TA 1DWFM 3MKKA 1XHGA 5A6LA 1VB9A 2VO5A 1LLOA 4PMOA 4Z2JA 1CGYA 3TTOA 1UR9A 2XTKA 3GM8A 1E4LA 2XM1A 3PZIA 2ZX5A 1HKMA 5ABFB 1SYTA 3AQUA 2E8YA 1DWHM 2GUYA 5E0CA 5LA2A 2YDQA 4L4OA 1HX0A 4PUDA 1JNDA 1QNQA 1WE5A 1HJXA 1GOKA 3WN6A 4UOZA 4ACZB 1QI5A 1R86A 3BCFA 4CD5A 1QW8A 2WVVA 3ARXA 3VIMA 4W87A 3G6MA 4KH2A 2UY4A 2NSXA 4GIAA 2VR5A 1CGUA 1VFOA 3AZRA 3K8KA 1J9YA 5CPTA 3AIRA 2WWCA 5DT5A 3ZO9A 1E4NA 1XD1A 3VNZA 3F5LA 3T0DA 3ARSA 1UR2A 1X6LA 4PMYA 3SCRA 1JXJA 3EDJA 2WHJA 5AC4A 1S46A 5GNYA 1D2KA 2QMJA 1XSJA 3L4XA 4MDPA 4ZEPA 3WNPA 3WQ6A 2V5DA 1M03A 1KBKA 3AZTA 2EJ1A 4KMQA 2D0GA 2WCGA 3VTRA 3FAXA 5AY7A 4H04A 2JE8A 5C70A 1FFRA 1F4HA 4B9ZA 4GZJA 3ZR5A 3PZUA 1HT6A 1E1EA 1W3LA 1C7TA 1J0YA 2F61A 3PZMA 1JYXA 3PZQA 4CD4A 3A4XA 1EDGA 1W1VA 1ISXA 5GNXA 2EO7A 3ARUA 1UH3A 3AIQA 4J3WA 2BHUA 2VC9A 3RM9A 3VD5A 2EPMX 2CYGA 8A3HA 5EFFA 1TVNA 4HZ8A 3BH4A 4XV0A 1CEOA 1V6WA 3MANA 3WF2A 1FHLA 2VJXA 2W92A 3FAWA 2E40A 1NH6A 4F8XA 4AD4A 4H2CA 1PJ9A 2IXUA 2J8GA 2Q8XA 3WIJA 5GNZA 1J0ZA 4PYSA 2JIEA 5D9OA 1E40A 4JCLA 4QFUA 3B8SA 4F66A 3BAIA 4P7QA 2DDXA 1HP5A 4P8VA 1VENA 1VBRA 1OSEA 3KL0A 1PPIA 3L4UA 2ZXDA 1UKSA 2WSKA 4UNIA 3PTMA 3ZT6A 4L4PA 1NOUA 1UWSA 1C7SA 2VQTA 3CZGA 1CTNA 1HP4A 3AHVA 3CO4A 3RIKA 3WQ5A 2BY1A 3W24A 1EHAA 1ISYA 3AXHA 7TAAA 1LG2A 4FF5A 3VILA 2GDVA 1QPKA 4N42A 1E5JA 3W4RA 5BYWA 3MV01 4Z2IA 1JF5A 1XSKA 4U2YA 4CU8A 1VEMA 1UKTA 3OGSA 1IZJA 2XVNA 2VZSA 3WFZA 4ATWA 2DSUA 3TTQA 1HL9A 3SCVA 4D6JA 3IJ7A 1CXHA 2FH8A 1LF1A 2W62A 1DWJM 2GJXB 4DWSA 3BAYA 1M01A 3CZLA 1R85A 4QCEA 1EQCA 2FH6A 4AZCB 1C8XA 2YKKA 4U2ZA 4KGJA 4YHGA 4AC1X 1EQPA 4BF7A 2D2OA 3AJ7A 3GXIA 3QOKA 4UZSA 4D6DA 3KZSA 4F9JA 1HKIA 2PWEA 2J7BA 3F5JA 3UG3A 3N18A 3ZT5A 4D6CA 4P8WA 2Y8KA 3CZ8A 2PI6A 3PHAA 1NP0A 3G6LA 3IK2A 4W85A 1NWRA 3WUGA 5ABHA 3ZR6A 3DYMA 2XSAA 1G1YA 1E6QM 1JAEA 5A6SA 4AIOA 3GNPA 2AAAA 3PBGA 1QI4A 3DHPA 2MANA 4U3CA 1HJWA 1GUVA 2D1ZA 2W5FA 4Z2LA 3DECA 3BAJA 4PMQA 3WH8A 1JIBA 3OLEA 1CGVA 1GONA 2GDUA 1W91A 3VGHA 2WMIA 4H41A 1WNOA 3HN3A 2EBNA 1PZ3A 3LPFA 2JF7A 2DT2A 4HOXA 2QHAA 2WMFA 3SEPA 3L2MA 3FW6A 3MO4A 4QCFA 5CXPA 4BA0A 3GNOA 4FLRA 4PSRA 1V02A 4M24A 3WNOA 4JKKA 4MAVA 1GNXA 2V5CA 2XGBA 5E09A 1E72M 4HA1A 2EPOA 5I5RA 3MS8A 4PTVA 2BS9A 4W84A 1UH2A 2EPLX 2ZICA 4YHEA 2WYSA 3NDZA 2VVSA 9CGTA 1DEDA 3GBDA 2VX6A 2Z1KA 1K9TA 2ZXAA 2J7EA 2QF8A 4FLSA 2YL8A 2OLHA 2DT3A 4P7NA 3M46A 3ZJKA 1YHTA 3GYCA 4B16A 3OZOA 4NSBA 3J7HA 1KQZA 4W8BA 1LL6A 1RP9A 1TUXA 1V3LA 4WIWA 1JZ7A 4GI8A 2GK1A 3CZKA 1BPLB 2VCCA 3LMYA 5JBEA 5ECUA 2JEQA 4P7OA 2J77A 4E2OA 1AMYA 2WHKA 4HMEA 4P7LA 5AC5A 4HOWA 1XSIA 2DH2A 2J62A 4J7RA 4DUWA 4HU8A 1JYVA 3N12A 1DWAM 2WPGA 5LA1A 1HF6A 1HJQA 1ZBKA 2YA1A 4C7FA 4JFUA 1W32A 3MV11 2W61A 5BXSA 2DIJA 1KWKA 3UR8A 3UESA 3W81A 4U3AA 3VD4A 1JNEA 1QBAA 4Q22A 3EDEA 4F9DA 3VIPA 4BQ4A 2XJ7A 4J3TA 3AS3A 1OCQA 4CN1A 1CIUA 1ZBCA 3CZJA 4V28A 3AS1A 1WZAA 3LPGA 2G3MA 4AZ5A 3FN9A 3VD9A 4JIEA 4OBSA 1W3KA 3MSGA 1PIGA 4CU6A 3VIOA 3T2PA 3W27A 4GQQA 3QGVA 4X0VA 1VF8A 3RDKA 1FA2A 3F4VA 1HJVA 2PWDA 2WMJA 4ZE5A 2XFFA 3THDA 3VUPA 4IPNB 2ZOXA 1LJYA 2VVNA 4HA4A 2VZOA 2X0HA 2CXGA 3WBEA 1BTCA 1KCKA 1MVYA 4UQAA 4UFMA 4GKLA 1CLVA 1XGZA 2E4TA 1K6AA 3PN8A 1TMQA 4MADA 1US2A 2IXVA 4W5UA 2CESA 2VURA 2XVKA 1PAMA 3N15A 3ARPA 3KE0A 4ZFMA 3CGTA 2WC4A 3BSGA 4PMXA 1XCXA 3AMLA 3LPPA 4HMCA 2ZIDA 1B2YA 3U57A 3AI0A 2XWEA 4TVDA 2XM2A 2PF0A 3WNLA 4ACYA 5A95A 4XZWA 3TTSA 1MW2A 1D3CA 3UCQA 3CPUA 4OKDA 3T08A 2PWGA 2Y2WA 1VEOA 4J3VA 2ZX6A 3N17A 2A3EA 1BHGA 2BY0A 2QV4A 1QI2A 3SCOA 4M1RA 4ATDA 2ZUVA 1Z32X 3FXYA 3RPMA 4XZBA 4K68A 1H4PA 3WDJA 3CUJA 1H09A 2XIBA 4W88A 1K9EA 4KRUA 1E56A 1UZ1A 3AXIA 2CCRA 4FLOA 3RILA 2D20A 3M6DA 4PMUA 2J7DA 2DH3A 1UR1A 3RO8A 2V3DA 1D7FA 1QNRA 2DPEA 4D6GA 3WF3A 3WH9A 3N1AA 2JALA 5A6JA 3MSDA 4MDOA 4RE3A 5I2UA 4HU0A 2W4XA 1JZ2A 4JFVA 4MAZA 5BXPA 2WC3A 5DFAA 2YLAA 5A8QA 3K8MA 3VDAA 1B3ZA 2WVSA 4DWSC 2FHBA 5D9PA 2C7FA 4GZEA 3WDRA 4LYQA 2RGLA 5EB8A 1MQPA 3FHQA 3GXDA 4XX6A 2X05A 1Q4NX 5A6KA 2PWHA 1V03A 3ZSSA 1UD6A 4E4PA 1BG9A 4PMDA 1CLXA 2YA0A 3RM4A 2Z1SA 1MQRA 2D3NA 4M29A 5GPRA 1C90A 1C8QA 3ZM8A 1CWYA 3POHA 1EOMA 1V6UA 4UCFA 1O6IA 4GO8A 3SCSA 5BXRA 1HVXA 3ZJ8A 2WBGA 4CKQA 4OUEA 3OA5A 1BAGA 3CHEA 4PCSA 1CXFA 5CPQA 3WNNA 1E55A 3IAQA 4UOQA 4JL2A 3GH4A 2WCSA 1WZMA 1FH8A 4LYRA 1W9BM 1BVNP 3PTQA 4WKHA 2YDRA 2WKGA 1IT0A 2VQUA 2OWCA 1V6VA 4AD5A 1J11A 5D9NA 4P8XA 3WMBA 3UEQA 2UY2A 2WBKA 1G94A 2VUYA 3GXFA 1W3JA 4BS0A 2ZUTA 1UA3A 2CIPA 2G41A 1BGAA 4XB3A 5A6AA 1E15A 2XGIA 5I0DA 1JG9A 7A3HA 2J47A 3HJEA 2WZHA 1W9PA 5IHSA 4Z2HA 1EH9A 4CCEA 1W3HA 3A6OA 4WJXA 1E0VA 1H0GA 3BGAA 4OOUA 5E6ZA 3ZJ6A 4AMCA 3EDFA 3AYRA 3O6AA 1BGGA 1AQ0A 3PZTA 4AD2A 3U5UA 1EXPA 1QHZA 2CBIA 3WL1A 4C7DA 5TD4A 3TP4A 1QHOA 1BYDA 2E9LA 2GJPA 1CBGA 4W89A 1ZS2A 4D72A 5I79A 1CGXA 1I1XA 4W5ZA 1W9VA 3JUGA 1MFVA 3K4DA 3WEOA 1F4AA 5LYRA 1PEZA 3K46A 5A94A 1OBAA 1OGBA 4M82A 3L2LA 1JZ6A 1CGTA 4AW7A 2DT1A 1E6PA 1Y7VA 5JUVA 4PEEA 4TOQA 4W8LA 3WD3A 4AZHA 1M04A 4GINA 2G3NA 5A6MA 1V3HA 3AYSA 2NT0A 4J3XA 3L4TA 1SR0A 1UR4A 2DIEA 5E0FA 5FD0A 1BFNA 3WQWA 3TTYA 2EEXA 1NARA 1V3KA 4BQ3A 1BYCA 4QLLA 3S2CA 1UWRA 1US3A 1XCWA 2OSWA 2E8ZA 2FGLA 1JZ5A 1M7XA 5BROA 1I75A 3OLDA 4J27A 5IHRA 1I1WA 3A47A 3OLIA 1GOIA 4X9YA 4WSJA 1NOWA 4MTVA 5A8OA 2DSVA 1UZ4A 3U7VA 5M03A 4LGXA 1GHRA 2DSWA 1TVPA 5A6BA 1LL7A 4HZ7A 1WDSA 3KL5A 3WQ8A 4CN4A 2CBVA 4KRTA 1OT2A 3SURA 3SUTA 1Q6GA 3NCOA 4D6EA 2QPUA 2O9OA 1PBGA 4H8HA 3WH5A 4CUCA 1CXKA 4CD7A 2FGZA 1G01A 1KXHA 4PMNA 4WKAA 1ODUA 2W67A 4DUXA 2J78A 3UG5A 1XD0A 2X1IA 4AISA 5A1AA 5I23A 5CLTA 3AHTA 1NWTA 4X0NA 1B3VA 1EDTA 2NT1A 3IJ8A 3OG2A 1TCMA 3FNDA 1GQIA 2WNWA 1XC6A 1WO2A 5CSUA 5A3HA 2QMKA 3MUZ1 5ABFA 3AHZA 3W6LA 3DC0A 3AHYA 1SFSA 1QW9A 2D3LA 3ARVA 3WMSA 1KXTA 1C93A 1L8NA 3QR3A 4ACZA 3T0AA 3VVGA 2WC7A 4ZENA 2WM0A 3AIVA 1E4IA 2QLYA 3GNRA 3QHOA 2QPSA 1UD3A 4KGLA 2X8RA 1V3IA 3WD0A 3VIHA 5CZKA 2BVDA 1DHKA 2RGMA 2CNCA 2WXDM 2GFTA 3MMUA 4QLJA 4JKLA 4NI3A 4UR9A 1V6YA 4TTGA 2CBJA 2O9RA 3AOFA 2Y24A 4GXPA 3WENA 1EOKA 3EMCA 3B9EA 1MXGA 1CENA 3W38A 1R87A 1UKQA 2DQXA 1E3ZA 3SUSA 3BC9A 3L4WA 5D8ZA 2J75A 2J7CA 3WF4A 1LL4A 4FLQA 2E0PA 2PBGA 1UR0A 4AZIA 1WP6A 2X2YA 4YN5A 2XVPA 5FKYA 4IISA 1XH1A 4AYSA 1GHSA 1GW1A 5M17A 3QHMA 2PWFA 3AROA 3L4VA 1GJWA 2DSZA 3NSXA 1QHPA 3CUIA 3GH5A 3W53A 4DWSD 4EK7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CVU A;  2YA2 A;  4WKF A;  1B90 A;  2YIH A;  3WEZ A;  3WUE A;  1V0N A;  1XYF A;  4FK9 A;  4QLK A;  3EMQ A;  4YPJ A;  2VX5 A;  4AIU A;  4F79 A;  1XH2 A;  4AY1 A;  1W9D M;  1NP2 A;  3EMZ A;  3PTK A;  1HIZ A;  3AXX A;  2CHO A;  1J18 A;  2DEP A;  1CXI A;  1DWI M;  1M53 A;  4MNJ A;  4UQB A;  3WDI A;  4JFW A;  1FH7 A;  2CER A;  2YL5 A;  2YBT A;  1CXL A;  1E1F A;  3VII A;  4UFL A;  3WNK A;  3VIN A;  2C8N A;  1O7A A;  1GVY A;  2DT0 A;  1E6S M;  2WVT A;  4JFT A;  3T2Q A;  3CZE A;  1UYQ A;  4HTY A;  4U31 A;  4PCT A;  5A2B A;  4AEE A;  1E6N A;  3L4Y A;  3U5Y A;  4TTU A;  4DM2 A;  1MW3 A;  5FL0 A;  3VO0 A;  4D6H A;  3GBE A;  4EE9 A;  3AIU A;  1H5V A;  2AOS A;  2CBU A;  3NJ3 A;  5CLW A;  2YLL A;  4PRW A;  3PZG A;  5FL1 A;  3POC A;  4P8U A;  5HXM A;  3ALG A;  3EYP A;  2O9P A;  2V3G A;  2BVT A;  1VAH A;  2WW5 A;  3AIB A;  1E6X M;  4ATL A;  3IAP A;  1KGX A;  3OLG A;  1PX3 A;  1UA7 A;  4HP5 A;  2B31 A;  3PZN A;  5I77 A;  4D71 A;  4U5K A;  2CET A;  1TR1 A;  1H11 A;  1J0H A;  3WUF A;  3BCD A;  4AEF A;  5A8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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