4JK9A

Open and closed forms of wild-type human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 67
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk9A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk9A01
4JK9A 3E66A 4ILGB 3SBGA 4JKFA 4JKDA 3ENBA 4JKGB 4JK7A 3E9OA 4JKAA 4JKHA 3SBTA 4JKEA 4JKGA 4ILHA 3E9LA 4JKCA 3E9PA 4ILJA 4JKBA 4JK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLZA 3HM8A 3R6MA 1S1XA 2E1YA 4MDAA 1NGBA 3V1QA 2CGLA 4JKFA 4N5SA 1ATNA 3CHWA 4B9MA 3T19A 1Y64A 3JYTA 5JMVA 5AQLA 3D2FA 3VQCA 4CZLA 1ISNA 1TV6A 3TI0A 1S1WA 2W42A 3THWB 3HI0A 2O8FA 4JKGA 4BR7A 2ZQBA 3ATVA 3P5JA 4G9ZA 3CD6N 2UU9K 1EP4A 2KZZA 4FLWA 5KGWA 1VSEA 1V4TA 1Z25A 3D2EB 1ZXOA 4FOEA 4CHQA 3PV8A 3DLEA 1MA9B 2D11A 4ELVA 5F2RA 3SCXA 2O4IA 3C7NB 2IVPA 5AQXA 1ZBFA 4ZRIA 4NLCA 3LALA 4CEBA 3M8PA 2JWKA 4FCYA 3SUOA 1QVFM 2VGNA 4JKBA 4GV9A 3KTQA 3X23A 1ILYA 3RWUA 2P9UA 3CCEN 2GUIA 5AQTA 2ZE2A 2BH1A 5M1KA 4GXBA 1D9FA 4KHYA 1HJOA 5AZJA 3QNOA 2NRXA 4PWDA 4RW4A 4L3QA 2OPSA 5HRSA 4DR7K 1JXEA 3QEWA 3SJHA 3KZBA 1ACAA 1ASVA 1H1VA 4BRNA 1QQCA 2ASPA 2FDQA 2Q0UA 2DFEA 3MWPA 4JK8A 5LMUK 5AQHA 2A1SA 3WQUA 3WNGA 3PO5A 2NZTA 5HBMA 1IKVA 2F9TA 5GIPA 2GWKA 3KK1A 3QB0A 3LDLA 4BC4A 1IKWA 4JHDA 3K5LA 1C0UA 1BA0A 1KCFA 3SBTA 4OPJA 4C8LA 1T6CA 2E2OA 2E5LK 3I0RA 1QQOA 3NGZA 3AARA 3P31A 1FK9A 4O8UA 4DQ8A 1LW2A 5H1SQ 3SI6A 1NG9A 5AQOA 5C15A 3ULDA 1HUXA 2X74A 4AM6A 4RWTA 1QZ5A 4IOXA 2Y1JA 3B8AX 3D2FB 4GVEA 3F73A 3MX2A 4PL7A 4Z4CA 4B1ZA 3L0QA 2O8FB 4JKGB 3GL1A 4JN4A 4CF2A 4KRFA 1XNQK 3MXJA 2J4RA 1MK7B 1C1BA 4FWNA 4EP4A 1EKEA 2AL6A 3EN9A 3OTOK 1WN7A 1JLAA 3SLCA 4H0YB 3KK7A 5CZ2A 1QTMA 2GEMA 2EHGA 4BR2A 2FBYA 3AO2A 2LBBA 2YNGA 1C0TA 4CW7B 3PSFA 2GBZA 3T1AA 2AEHA 4CZJA 3M8RA 1MIXA 3LAMA 2NNWA 1RBUA 1BO5O 5C2FA 2I7PA 4CFCA 2P9UB 2CH6A 2QTDA 2B6AA 3ZT1A 3O9UA 4ZTJA 2O8BA 4BGBA 3OBWA 1NKBA 4FWLA 1U48A 5EOYA 5I9EB 4EZ6A 1T3VA 4FW2A 5DM7L 4CJKA 2YI1A 3HVRA 4LD0A 3ZYYX 4JRQA 3HOSA 4JI7K 2A5XA 4DV0K 3LM2A 1BWFO 1XI1A 1JL1A 1RT5A 1GLJO 3RSEB 2COPA 1B9DA 4K41A 4CFAA 4KB0A 4DCHA 5F1XA 4CF8A 4NXMK 3KD5E 4BDZA 1SKRA 3G4SN 4JHDB 3QIOA 4GKJK 4CHOA 4E7LA 4YOTA 1LWCA 1A5VA 4BRMA 1SV5A 5LL6Z 4DTPA 3KHYA 3D45A 2P9IA 5ADXH 5KPTA 4EIAA 4FJIA 4BR4A 2ITMA 3O9RA 2IVOA 1HYSA 1KLNA 1GG3A 3BGRA 5GADP 3WNEA 3KKSA 1K9MO 4F9OA 3CCMN 2Q3SA 3PX4A 4OGCA 1VSJA 4B1XB 4CECA 1XMOK 5BREA 2ASOA 4FWQA 4KFBA 3S9HA 4CZEA 4M7YA 4BR5A 4RW7A 3K57A 3C6HA 5AQYA 3AA3A 1K73O 2Q2RA 4IFYA 1YTUA 4KHPK 2FC0A 2IOCA 4CBWA 3K58A 2DIKA 1RBSA 5I42A 4DUZK 2V51B 1S72N 1VQPN 1MIZB 2NRTA 4DTSA 2WH5A 4GMJB 2O8DA 4IZ9A 1GLAG 1M90O 3O9SA 3AGRA 3OYEA 4BC5A 2O8BB 3AVHA 2IAJA 3RR7A 1DLOA 1OVYA 2Z1GA 4I9LA 4R5PA 1I94K 4WQ5C 5AQNA 1RDUA 3HJFA 1YJ9N 3EZWA 2E2PA 1VAZA 4H5RA 4CZFA 1HNIA 3WUHA 3H1VX 3P4IA 2XY8A 1EQYA 4IDHA 1SZ2A 4KV8A 3OYNA 3T1YK 5C0YA 4YOVA 4H0PA 4LSNA 4CJ5A 1JJ2M 2ZGYA 3M6GA 4DG1A 5BRFA 5CHIA 3CC2N 1J19A 4X62K 4JYAK 5F0XA 3SAGA 3MN6A 2Q1NA 4JRPA 3KKRA 3G71N 1C0FA 3AA2A 1OH8A 3HPGA 2P9IB 4FWRA 4CJ7A 1HJRA 2YHAA 1EXQA 4EFHA 4A5AA 2CGJA 1TL3A 3DLRA 1NJXA 1QZ6A 1T44A 3P38A 1GLFO 2YNFA 1JDEA 1S22A 3V1RA 1OKJA 1JLQA 2R82A 2I7NA 3LM9A 4WFNL 5GIOA 5B8HA 4J2BA 3CETA 1TYQA 4M3YA 1IJJA 1BG3A 1O1WA 1A5WA 1YAGA 3MECA 3CIPA 1N36K 4BGAA 3U4LA 2QWRA 4HUFA 3NH0A 2F7TA 4DV7K 1CXQA 5FRNA 1FXXA 3FP5A 5BPNA 1YI2N 3G6EN 3FR0A 4QS8A 4JI1K 5BN9A 5C42A 3OS1A 3NGIA 4FK2A 3DJCA 4DS5A 1KSPA 3CC7N 3CFPA 5JLFA 5M1OA 1VQ7N 2JLEA 3M3ZA 3NF8A 1JLEA 4CFDA 2IIRA 4Z4FA 1D9DA 4B1UB 3LAKA 5FRMA 2DFFA 2EMSA 2WFBA 3OYFA 3HTVA 3IKMA 4YOWA 4HUEA 2GX9A 2V7ZA 2VYPA 4H03B 4BRQA 3DLLL 2RHKA 1HKBA 5FDLA 4H0XB 3K59A 4CZIA 3CQ8A 1L3SA 4EHUA 3NVMA 4P7IA 4CJSA 4DUYK 2QXFA 1MU2A 3NF6A 1IV0A 3RRHA 4GY2B 3O4WA 4ID1A 2QKBA 3LP1A 4NXNK 3LDOA 4F2RA 4FJMA 2HHUA 5FPMA 3C6UA 2ETJA 3L3VA 2Q0RA 1S1TA 1BHLA 1LWFA 3QLHA 4BC2A 4CF0A 3MWTA 5A2QO 3FZHA 1W97L 4XIUA 3OYIA 1YITN 1MK9B 3TWHA 5T7BA 2XO7A 2V52B 3THVA 1TKTA 3VQPA 4DTUA 1D5AA 4O44A 3MX5A 2QWMA 1WSFA 4HVJA 1MWMA 2VQFK 4UY8O 1NM1A 1NU0A 1RILA 3HP6A 3NGYA 5CZ1A 4FJ5A 2IVNA 1WB9A 4EHTA 4OO1J 3RMAA 4CZKA 1ZBLA 4K8XA 4CIFA 1SS6A 4QOZB 4ILHA 5AZIA 1RBRA 4ZRKA 1T7PA 3OYDA 1GGOA 1ST7A 1IG9A 3ZT2A 4BRCA 3MMVA 2F8TA 2D2QA 3FFKB 1NWKA 5GAEP 4DQPA 3MCAB 1KXPA 1T6DA 4O5FA 3NF9A 4YORA 1KC8O 2G8WA 3MAQA 3OHRA 4IWVA 3TR8A 4PKGA 1U47A 3BINA 3OYJA 3THXA 3CYMA 4RCHA 3E9OA 4CJQA 1U49A 4JS4A 2NRVA 3GG4A 3HT3A 1ATSA 3NFAA 1EETA 4E1MA 1N33K 3VF6A 4B9UA 2YHYA 3SV3A 2UXCK 2W6KA 4DU3A 4IFVA 3E01A 2A42A 1RDAA 1LCUA 1REVA 1XC3A 4FLVA 4IBNA 3VETA 1MDUB 1SL0A 2O8EA 4LF9K 1IO2A 4J2EA 2NUBA 1QSYA 4HTLA 4Z4IA 3VQ8A 5J2NA 3ZSOA 3CCRN 2A1RA 1DIKA 3VQ4A 4RW6A 3QBWA 1GC6A 4B08A 3WEEA 4IO8A 3VGLA 3J7AP 4EP5A 4LH5A 3CQXA 5HP1A 1HKGA 1NK5A 4FM1A 2BUPA 2D0PA 4M63C 5JVGL 3PIOL 4KAZA 3AVFA 5LJVA 5AQVA 4B1VA 4CYEA 4CHYA 5AQGA 1E4FT 1QQNA 4FVMA 1U2VA 5BN8A 2WC9A 2UXBK 2QI2A 4F8RA 5J2QA 1Q81O 2QKKA 2D0OA 5ELZA 5AZIB 2X6SA 3PUFA 3VEOA 2O8CA 3U9ZA 3O1BA 3M1FA 3NAEA 3CCJN 4E1JA 3U8ZA 2YV0X 1NGJA 4YDUC 2X0SA 2QK9A 3KK3A 3CJ1A 3WNFA 3ASMA 3IVFA 3THXB 2AP1A 1S1VA 2ZGZA 1CZ9A 4FWPA 2BE2A 4CHZA 3EKUA 3AY9A 4LSLA 4QAGA 1I3AA 3SMPA 4NYNA 2O4GA 2F4VK 3K5OA 3M8QA 3VGKA 3PO4A 1VQ5N 3OBYA 4FZXC 4FZZA 4MFBA 1KAXA 4KPYA 4JS5A 2YHXA 1RBTA 1KBLA 4M3UA 3EPYA 1T03A 1KAZA 1QHTA 4RTFD 3P83D 5IWAK 3ZX2A 2KW4A 4U67L 4CCHA 2BANA 3LZJA 4BC3A 3QEIA 2O8EB 1DTTA 4DFKA 2F8SA 1K8KA 1RT4A 1TUYA 4WQ5A 4BE0A 4B3RK 5ADXA 4FM2A 3CPEA 4Z4HA 3OJUA 4CF1A 4X65K 1YJNN 4ILJA 2HB5A 3QNNA 4DS4A 4N56A 1RCHA 1BDGA 3F2KA 3VOVA 2UUCK 4HCBA 3WEEB 1NKEA 1S6QA 1GLBG 1S6PA 3IS9A 2D0BA 3AAQA 4FOIA 4YOYA 4JI5K 5CE3A 3MDQA 4CJ4A 3RMDA 3NBPA 3ZSQA 2NRWA 1BCMA 3I33A 1XNRK 3KLIA 5J2MA 3ITHA 1WBDA 3KLGA 3QINA 3AAPA 4NLBA 4FLTA 1U2VB 3TARA 3DLHA 1C1AA 3VQDA 4FWMA 3O3GA 1H4RA 3ZEUA 4A2BA 4FW1A 4DV3K 2YKNA 2QW9A 2O8CB 1Y19B 3VN5A 3ZSZA 3OJSA 1TAQA 1GLLO 4BRDA 5HLFA 3P39A 1CXUA 2HBLA 3WXKA 3U3GA 2JWLA 1YIJN 4BROA 2PYJA 4AH9A 2BDPA 2PFUA 4FYDA 4KHQA 4LF4K 1HKCA 3GDQA 2CB8A 1S9EA 4BRGA 1XUPO 2OPQA 1ASUA 4BDPA 3C94A 2HNYA 3NCIA 5IJMA 3SPZA 2VGMA 1HLUA 4NYFA 1UAXA 2IC3A 4J2AA 3TSUA 3NH2A 1DTQA 2UUAK 2HHTA 1NGDA 1X1PA 3R8EA 3UIQA 3C65A 3BY5A 2QWPA 4MLHA 3AA5X 3CMEN 1ZBHA 1HRHA 3FE1A 3KVGA 1WBBA 1EWQA 1K8KB 1NOZA 4CJ3A 4KKOA 4CESA 3LPTA 1FW6A 1VQLN 4FL9A 3CF5L 4BR0A 2HBJA 1OH7A 2P5GA 3WXLA 1ESVA 3RVCA 3DYAA 1HNVA 2X6NA 3CM5A 5LJWA 1XHZA 3VESA 4OPAA 4IDKA 3V4IA 4PY5A 3CI5A 4F3OA 1VQ6N 3AA4A 4BREA 1X9WA 1X9JA 1YVNA 3QO9A 2PBDA 1QQMA 1RDBA 3LWLA 3CCLN 3RRGA 4FJJA 1W9HA 3LDPA 4JI4K 3IDHA 2ITGA 1Z26A 1CLQA 4CEQA 2KQ2A 4LF7K 2W6LA 4U7BA 4XEIA 3W3DA 1YHQN 4ICLA 4RW8A 1YF5L 3VTIA 1V4SA 3ZEUB 3D0PA 4XH5A 1W0HA 4BRHA 3CJAA 5BPLA 3O5BA 3VGMA 5AZJB 2CH5A 1VBHA 3CFOA 5GAGP 2FJ9A 2G8HA 4BRIA 3CC4N 3G10A 2VCPA 4LC9B 1NGFA 4DF4A 4DU1A 1XWLA 5DK5A 3QFUA 5CYMA 4BRFA 3O08A 4JAXA 3PLAA 3IAYA 4IEEA 3FZLA 3ULEA 4Z4GA 4PA1A 1NGIA 2HHSA 1BU6O 1VHXA 1JLFA 3CERA 4B9VA 3NHGA 3HPOA 5JVHL 4MDBA 4DSJA 1SKSA 3MEEA 1JCGA 3KK2A 1GC7A 2HF3A 3CM6A 3KLEA 5HOOA 3SQ4A 1Q7YO 4FSVA 5GAHP 4JNEA 1DKGD 2HBMA 2ZF5O 3S3OA 5BPMA 3G0ZA 2J0KA 3WXMB 4K8ZA 3VF4A 2GWJA 5C2DA 3I8DA 1UOCA 3VQ6A 4EAHD 3R9PA 1SQKA 3H6EA 3G25A 4CEEA 4JEPA 4I6MA 4CE9A 3AO1A 2WTUA 1C1CA 4IOAL 1VSMA 4NB4A 4XH4A 2E6LA 2IS3A 2WBNA 4H4MA 1VBGA 5FPEA 1HPMA 4DR2K 3RR8A 3HVTA 4PKHA 1UA1A 3GOIA 4FJGA 1CZBA 3H1QA 3NE6A 3TAQA 5FROA 4QS9A 3VF2A 1OH6A 3MEDA 4C8MA 3T69A 4CEDA 3PY8A 4E0DA 2XHBA 1J53A 2WONA 4H5TA 3S3MA 3J7YP 3OYAA 3SJJA 5AQQA 1VQ8N 3HP9A 2PY5A 1VQMN 4OX9K 1J5OA 2HW3A 1L3VA 2KZMA 3PIPL 1N32K 2IDOA 2RKIA 3M5RA 4BE2A 3SK3A 4PL8A 4HHTA 1TK0A 1N8RO 4B9TA 3ATUA 4DSEA 4NY0A 4N41A 3Q7BA 2P9SA 1NK9A 3IG1A 4CBXA 5AFUH 2HNDA 4YDUA 4C8OA 4K25A 2UYTA 3TSPA 2P5OA 3ULEB 2DY4A 3L2VA 1E4GT 4ELTA 1GLCG 4CK2A 3ZDTA 4ISFA 4FK4A 3LANA 2YJEA 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4KHWA 1WSHA 5KPRA 5GINA 3LDSA 1GOCA 3H46O 1J54A 4MO4A 4E7IA 3O9QA 2P1JA 4CHNA 5KQDA 1TAUA 1BIZA 3H08A 1NJIO 2CGKA 4B9NA 1IBMK 1D8YA 4C23A 3ZSRA 4Q0BA 1FJGK 3FFIA 3VEWA 3U7DA 4OPKA 3SYZA 1S5JA 3TSQA 4I7FA 1WAFA 4OPHA 4M3WA 2VG6A 2KLAA 3T3FA 1BQNA 3UE5A 2ZD1A 4E7KA 2FF6A 4FJHA 3CJ7A 4M3RA 5KPZA 3HSTB 3VEZA 2P9PA 4CGIA 2FLOA 4A62A 3U8XA 4CJEA 3SQ1A 2Q36A 2KKZA 2FF3B 2OA8A 3A5MC 3BP8A 3ZT3A 4A57A 1NTIA 1JXBA 1NGCA 1RDWX 2YNIA 1JLBA 3AVGA 3PVLA 3CXCM 2YX6A 2R7YA 3ZT0A 4BRAA 3OY9A 3DAWA 3VQAA 5AQJA 4IFEA 3V9WA 4JI8K 3V81A 2HE7A 3QEVA 3ZSYA 4BRKA 1DGKN 1VRUA 4KHNA 3VEXA 3ZLJA 2G8IA 4NCBA 1VK0A 2VG5A 5JLHA 2DFHA 4DR4K 3L2RA 4DTNA 4CK1A 1F21A 1YT3A 4O8KA 5KTQA 5C24A 2JGUA 2YVCA 3R1XA 2BGGA 4CVNE 2P9KA 1RTDA 1QSLA 5LMNK 4IG0A 5M1QA 4FWSA 3ZETA 3L3UA 3FZKA 1BA1A 1VQ9N 2AJQA 2QWNA 3QIJA 2ATQA 2W41A 3B6OA 3V9XA 3IMXA 3WNHA 3DRPA 4BRPA 1NK0A 1I39A 4CGGA 1TUUA 3TAGA 2YNHA 2DTUA 4RW9A 2VWBA 2ASMA 2QWLA 4FLUA 2OPRA 1VRTA 4IXCA 1E5WA 1DEJA 1WUAA 4H5NA 4HDQA 3L4IA 4DU4A 4KH6A 1RGIA 3C0BA 1WOQA 4A2AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK9 A;  3E66 A;  4ILG B;  3SBG A;  4JKF A;  4JKD A;  3ENB A;  4JKG B;  4JK7 A;  3E9O A;  4JKA A;  4JKH A;  3SBT A;  4JKE A;  4JKG A;  4ILH A;  3E9L A;  4JKC A;  3E9P A;  4ILJ A;  4JKB A;  4JK8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FLZ A;  3HM8 A;  3R6M A;  1S1X A;  2E1Y A;  4MDA A;  1NGB A;  3V1Q A;  2CGL A;  4JKF A;  4N5S A;  1ATN A;  3CHW A;  4B9M A;  3T19 A;  1Y64 A;  3JYT A;  5JMV A;  5AQL A;  3D2F A;  3VQC A;  4CZL A;  1ISN A;  1TV6 A;  3TI0 A;  1S1W A;  2W42 A;  3THW B;  3HI0 A;  2O8F A;  4JKG A;  4BR7 A;  2ZQB A;  3ATV A;  3P5J A;  4G9Z A;  3CD6 N;  2UU9 K;  1EP4 A;  2KZZ A;  4FLW A;  5KGW A;  1VSE A;  1V4T A;  1Z25 A;  3D2E B;  1ZXO A;  4FOE A;  4CHQ A;  3PV8 A;  3DLE A;  1MA9 B;  2D11 A;  4ELV A;  5F2R A;  3SCX A;  2O4I A;  3C7N B;  2IVP A;  5AQX A;  1ZBF A;  4ZRI A;  4NLC A;  3LAL A;  4CEB A;  3M8P A;  2JWK A;  4FCY A;  3SUO A;  1QVF M;  2VGN A;  4JKB A;  4GV9 A;  3KTQ A;  3X23 A;  1ILY A;  3RWU A;  2P9U A;  3CCE N;  2GUI A;  5AQT A;  2ZE2 A;  2BH1 A;  5M1K A;  4GXB A;  1D9F A;  4KHY A;  1HJO A;  5AZJ A;  3QNO A;  2NRX A;  4PWD A;  4RW4 A;  4L3Q A;  2OPS A;  5HRS A;  4DR7 K;  1JXE A;  3QEW A;  3SJH A;  3KZB A;  1ACA A;  1ASV A;  1H1V A;  4BRN A;  1QQC A;  2ASP A;  2FDQ A;  2Q0U A;  2DFE A;  3MWP A;  4JK8 A; 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