4JKAA

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkaA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkaA01
4JKBA 4JK8A 4ILGB 4JKGA 3E9PA 4JKAA 3ENBA 4JKEA 4JK7A 3SBGA 4ILHA 4ILJA 4JKFA 4JKHA 3E9OA 3SBTA 4JK9A 3E9LA 4JKDA 4JKGB 3E66A 4JKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTFA 1Q81O 4BRDA 4B9SA 1T6CA 4YORA 1RCHA 4W5RA 3QEVA 4I9LA 5AQUA 3TAGA 4JLHA 2G8IA 4DMNA 4JI1K 4CHNA 3QDKA 3ZX3A 1RFQA 4CFDA 5BRHA 4FWQA 1VSLA 4YHHK 5KPRA 4O55A 1NI2A 4C23A 2HVHA 3CJBA 3L2VA 5HL7L 1HB8A 4H03B 3U4LA 3EZWA 4FVUA 4F3OA 3E9PA 4X66K 1Q7YO 2E6LA 3EEQA 2BTFA 1TKXA 3HT3A 1KBLA 3H3NO 3IMXA 4Z4IA 4HHTA 2P9SA 4DS5A 4I2PA 2IDOA 3SPZA 4IXCA 4NXMK 1NVLA 1NGEA 3PIOL 4W5TA 1B9FA 5CZ1A 5FDLA 1E5WA 1EP4A 1U47A 5JMVA 3CQYA 1SAZA 2P51A 1C0FA 1X3MA 2KQ2A 2RPIA 3J7YP 1KVBA 3CFOA 3D2FB 4EKUA 4DR7K 1L3UA 4RW4A 4NY0A 5CYMA 2QW9A 2NRHA 1BL3A 5BPMA 3RRGA 3P83D 4PKIA 3BF3A 1B92A 1BA1A 1ESVA 3J80O 3NDKA 3OY9A 3SUPA 4EHUA 3CCEN 4IBNA 1D9DA 1RBSA 4KHSA 1M90O 1K6YA 1BG3A 3DM2A 3QFUA 4PY5A 3J7AP 1RBRA 2VG5A 2P9IA 1C0MA 3RSEB 2QWPA 5LY3A 2D11A 5JVGL 1C1BA 2G8FA 1VSDA 2OPRA 5SZTA 5BRFA 1HKCA 3DI6A 2X6SA 4DU4A 3KLEA 3FZKA 1HUXA 5B8HA 4JKFA 1BISA 4LF9K 2D2QA 4Y1DA 2YV0X 5FRNA 1BI4A 3WXMB 4JI8K 4FJGA 1QSLA 2O4IA 5M1FA 3KKRA 4A2BA 2QWQA 1REVA 1S6QA 3IUCA 1HNIA 2VQFK 1MIXA 3VF4A 3CFPA 3AVFA 5JS2A 2R7YA 4H0YB 1U4BA 1NKBA 4DFPA 1GOAA 2I1JA 3CJ9A 4ZTJA 3UKRA 3KHYA 4H5WA 1EKEA 3SLCA 1U48A 3VPZA 1U04A 4IDHA 2XO7A 1Q86O 4O5BA 2J0MA 1RDWX 4PA1A 5A2QO 4DTPA 2PBDA 4JNEA 2G8KA 4N76A 2W6LA 2QK9A 1J9AA 4GKJK 2Z1JA 2AL6A 4FVMA 5TKYA 4OGEA 4QOZB 1NJXA 3LDOA 3SPYA 4H5RA 3LDNA 2CGKA 3ZYYX 1D4XA 1LAWA 4IO8A 4JI5K 1NU0A 1RT2A 2GX9A 4C8OA 3DWLA 4FJMA 2PZSA 1QSYA 2P5GA 3VF2A 1YVUA 4PQUA 4J2AA 3M3ZA 5DM7L 3AGKA 2VQEK 4E7JA 5AJ3K 3JS6A 4CHQA 4B9VA 4FM2A 4NB4A 3LDPA 1WOQA 1DLOA 4RW7A 4FJKA 1CZ9A 2IVPA 2HRJA 3PVLA 2P9IB 5GINA 2F9TA 3IG1A 3VQ9A 3T1AA 1Q82O 4H0XB 4YOTA 1KVCA 2OZSA 3QINA 3HK2A 2NLXA 2XHBA 3MN7A 1GC6A 3J7ZO 3SQ2A 3WEEA 1LAVA 3PSFA 3HM8A 4PUOA 2OPSA 3U9ZA 2HHQA 4CCHA 1RDBA 2HBMA 4XEIA 3PV8A 1HQEA 3WXIA 2Q31A 1FK9A 3NF6A 3VQPA 4LFAK 4CHZA 3OYHA 4M41A 4FPAA 1W7AA 3S9HA 4ID1A 4MDBA 4CK2A 3G6EN 2G8HA 2E2NA 3I8BA 2LSNA 5HRSA 2G8VA 1FJGK 4Y1CA 2G8UA 1SUQA 3U9DA 2Y1JA 3I0SA 1S1WA 3UKRB 4JI0K 3FFIA 1QVGM 4CIGA 3DXMA 2ZJRL 4ZRIA 3O1BA 4WFAL 4KHYA 4NYFA 3SJHA 4I2QA 4C1NK 2IVNA 4Z4CA 4JI6K 2NRWA 3RRHA 2AA4A 4JKDA 1WUAA 1HX1A 4L8RB 3THVA 2ZWHA 1KCFA 3V81A 1OH6A 5KTQA 4CEAA 4K0KK 3FZLA 3QIOA 2HE7A 5GIPA 4E7LA 3BDPA 2EWSA 2GEMA 3AGRA 3K9JA 3EE8A 4O5FA 4CZEA 5AQHA 2D4WA 2P5OA 4YDUA 3C6AA 2EMTA 2QXFA 4CEDA 4R5PA 3OYFA 1WSJA 3UB5A 1T7PA 5EU7A 2Z1HA 3ZT0A 1TKTA 4BACA 4B9MA 1LWCA 4JKBA 3BUZB 3TI0A 2OZMA 1ISNA 5AQOA 2KHOA 4C8MA 1JL2A 1DEJA 1OVQA 1XMQK 2FXUA 3R8EA 4FLUA 3EE9A 3NE6A 4IG0A 5AQNA 3O3FA 3WEEB 2DPNA 5AQMA 4FLVA 3VEXA 1HLUA 4YNQA 5M1PA 1ZBHA 5I3UA 1GLJO 3UIQA 4I6MA 4AQYK 5F2RA 2IC3A 1ATSA 3BF1A 4CHYA 1IH7A 4DR2K 4BDPA 4NCGA 3ENBA 1BWFO 3O4QA 4W5OA 4WQ4C 1RTDA 4Z0UA 3VQQA 4LF6K 3A8YA 1VBGA 3CIPA 3V4IA 3QEIA 3Q7BA 1RTHA 2YVCA 4LF7K 3SBTA 1Y64A 3SYZA 1LWEA 1QE1A 4ZTFA 3A0IX 2EMSA 4OLAA 1NG9A 3EL2A 4BG9A 3VMFB 4XH5A 3VQEA 5DK5A 1VSHA 3CCMN 4DUYK 4ILJA 5KQDA 1T44A 4CD1A 4BRFA 4N41A 2D0BA 4FJNA 5JICA 2WC9A 5AQIA 2YKMA 3U8ZA 3K9KA 4BWMA 4CGDA 2NNWA 4FSVA 3ZCMA 3CI5A 1JLCA 3VQ6A 4FLTA 4BRHA 2KFZA 4W5NA 3RR7A 1RDUA 1MA9B 3SAHA 4ILHA 1VSEA 3OYDA 3DLLL 4I7FA 2RE2A 4DR6K 1L3VA 1VQ7N 5C25A 5M1OA 4LY7A 4BC2A 1WLJA 4DTUA 1NGCA 2E1ZA 1GLBG 4BE1A 4YOVA 5MLCQ 4FJ7A 5BR8K 2KTQA 2JWLA 3HL8A 2PFUA 1GGOA 3K58A 2QKKA 4DCHA 2PYLA 3O80A 3LWMA 1U2VA 1NOYA 4FWKA 3ASMA 1NJZA 3VOVA 1T05A 3SUNA 2FF6A 4KRFA 4FK2A 4CJSA 2Q0UA 3LAMA 3VQCA 4DHYA 4IG3A 3CC7N 2E2PA 1VSFA 5ADXH 2NRRA 5I9EB 1RDDA 4I6MB 2Q1NA 1EO1A 2CH6A 2VYPA 4RTFD 2E2QA 5BREA 3Q7CA 5HBMA 3GG4A 1R0AA 1YHQN 3CCUN 2ZQBA 1RILA 1S1UA 5JVHL 3OS2A 1HYSA 4B1YB 3LP1A 2CB8A 4DF4A 3V6DA 2G8WA 1EQYA 1MK7B 4BWJA 3VN5A 3O4WA 4HUEA 1HJRA 1WSHA 3PSIA 1G99A 2NRVA 3SNNA 4DWIA 3KWIA 1MWKA 1IKXA 3E9LA 2HHWA 1VAZA 4M3YA 2E5LK 5FROA 4CJ4A 5AQQA 3U3GA 3VGKA 3H3OB 3LDQA 3CJCA 3PX4A 2KZZA 3FE1A 3AVNA 4E1NA 3WNFA 3AO1A 1NGDA 4KB0A 3NH0A 4BRNA 3GL1A 4FW1A 3QNOA 1WN7A 3VEOA 3AVKA 4DTNA 4FJXA 2HMPA 3O8MA 4YOYA 1KC8O 2GWKA 3SJJA 3HSCA 4FJJA 1RT5A 3F73A 3ENOA 1NJYA 1C1CA 2OTLN 4JKGA 4XH4A 2DY4A 2X74A 4WQ5C 3U3YA 2V7YA 4B1UB 4CI6A 4NLBA 3ZSYA 1DIKA 2CQUA 1U2VB 2CGJA 4OKJA 2F9WA 1XUPO 4DKWA 4FM1A 4E7HA 3VESA 2HVIA 4YDUC 1V4SA 4WFNL 3H45C 2ZGZA 2A1RA 1IBLK 5EX5A 3TAQA 4M7XA 1SGHA 1E4GT 3AV9A 3KKSA 4EFHA 5BRDA 4CF8A 1OH8A 2B6AA 1Q9XA 4IOCL 3ZSWA 1N36K 3I8DA 2O8CA 2LBBA 1X9WA 2A3ZA 3T3FA 1JLFA 4CJFA 4FJIA 2QI2A 1N33K 3MX2A 4DR3K 3OYAA 3QMLA 3M5RA 5AQXA 1I94K 4KHNA 1WB9A 2GUIA 4FWRA 1NJIO 1HB6A 5AQLA 4BVPA 5HRPA 4CW7B 3QEPA 4OO1J 4ID5A 3OBWA 4K8ZA 5BPNA 1Q18A 3VEYA 4K42A 4DTOA 3A5NC 1RTJA 3DJCA 4EP5A 3A2FA 3VTHA 4IKFA 2HF4A 4BVOA 3UE5A 5C0YA 3K5LA 4RCHA 3WNGA 3HVTA 4A5AA 3L6QA 3O9RA 1UWBA 4HDOA 1Q8IA 1NJWA 2KZMA 3RSEA 3MMVA 3THYA 3CMEN 1HKGA 2IOCA 2BGGA 4A62A 1YJNN 3M6GA 2I1KA 4JKGB 5AQVA 3MCPA 1MIZB 1N34K 5C24A 5TKWA 1ILYA 3PX6A 1KLMA 2OA8A 3EYZA 4IEIA 4M3ZA 1GLEG 4CBWA 2QTDA 5AQKA 3RWUA 3HYFA 3HZ6A 5KI6A 4CEZA 4FW2A 4JKEA 3EKUA 4B9NA 4B3RK 3O4NA 4FWMA 2HOEA 2E20A 1JDEA 1KAYA 2QWLA 1ZYQA 4M42A 2A6AA 1YXQA 3M8QA 4HTLA 1C0TA 3VEZA 3VQ7A 3HPOA 1VQON 5J2MA 4HCBA 2QM1A 1D9FA 4IEEA 4BGBA 3ZEUA 3FR0A 1VSKA 2D10A 4FLXA 4GXBA 4C8NA 3OJSA 3L8BA 2VG7A 2D1KA 2JGUA 4HTUA 4A2AA 5JVLA 3SQ1A 3HP9A 4H5NA 2O8CB 1CXUA 1HYVA 4BDZA 3SUQA 2PYJA 3PO4A 4CIEA 5KRSA 3CM5A 1SZ2A 1FXXA 1BA0A 1TUUA 1ZBFA 3AO4A 4PHTX 3OA9A 2HHTA 3DLBA 2O4GA 1A5VA 4RG8A 4RWTA 3V9XA 5DMRA 1H4RA 3ZX0A 1QHTA 1CZBA 3WXLA 3TARA 2HNYA 1GOBA 2BUPA 4EP4A 3C6TA 1HNZK 2AP1A 3OYNA 3MXMA 1JL1A 4BRGA 1UAXA 3LDSA 5KPZA 3BINA 2Q97A 1VQLN 3NHGA 3T1HK 3E66A 4CJVA 1Y97A 3B8AX 3HI0A 3BZKA 4BRQA 3THYB 4BROA 4ELUA 3G71N 1HBKA 4CECA 1EWQA 1XHXA 3F2KA 2DIKA 1KVAA 4CEBA 1ZBIA 3NF9A 3O9QA 4ISGA 1U6ZA 2H3GX 3LP2A 2WBNA 3AARA 3CC2N 2WUSA 1S6PA 1XMOK 4CJPA 1G15A 2D0OA 1ACAA 5J2PA 4MO4A 4CF1A 3CQXA 3FZMA 2KKZA 1FW6A 2HSTA 5AQGA 2NRXA 2FLOA 4KAZA 1ITGA 4CFAA 1IG9A 3ZLJA 3H1QA 4CF2A 2ITGA 3AVCA 1GLCG 1X3NA 4DQQA 1S9GA 4YOWA 4M63C 4DXAB 4KBOA 1IBKK 1SL2A 1N8RO 3DOLA 1KD1O 3DRPA 3ZEUB 3OYIA 1NM1A 3MCAB 4QS8A 3TTDA 1W97L 3QEXA 4HCCA 3OVNA 5BN8A 4KPYA 3EO3A 5EXWA 3THWA 3NGYA 4O0IA 2UUBK 3U6FA 4K41A 1TGOA 3M8PA 3CM6A 1NK0A 5BPLA 3L2WA 2DFFA 1BCOA 4AHRA 3NCIA 4BRKA 3SZ2A 3SI6A 5AQYA 1IKWA 1QQNA 4O8KA 3W0LA 2YNIA 4XIUA 3OYBA 1ASWA 1P8ZA 3O6WA 4DSLA 3G0ZA 4CJLA 4AM6A 1JJ2M 3DLKA 1IKVA 4IJAA 4B1WB 4Z94A 1RNHA 1YUWA 4KKOA 4CFCA 4CEFA 3LWLA 3D2EA 3S3MA 1EX4A 2A5XA 1OH7A 1TYQA 3HBTA 1YTUA 4U7BA 4OKEA 4JK8A 4F8RA 4CZGA 4YL8A 2ZD1A 2B5JA 3CQ8A 1VHXA 3CPWM 4AM7A 4CJWA 1DT9A 4AHSA 1VRTA 4M3WA 4BC3A 2KLAA 3WNEA 1L5UA 2RF2A 4N56A 3HPGA 4PL8A 5CZ2A 2AJQA 1BUPA 4CJTA 4KI6A 4DV6K 4Q5VA 3CERA 2Q2RA 2V51B 2QWMA 4W5QA 4H4OA 3FLCO 1BOTO 2HHHK 2YHYA 2YJEA 3HXMA 1HNVA 1BU6O 3OYJA 3V9UA 4ISFA 3ZSQA 1NNEA 4GKKK 4ELVA 1IG8A 2NRZA 2PY5A 4CZFA 1RT6A 1ZBSA 4OPAA 1Z6RA 4KO0A 3OS1A 3W3DA 1N6QA 1E3MA 3KK3A 1U49A 3DMJA 1QSSA 4ZRKA 1ZC6A 3KK2A 4GMJB 5BN9A 1W2BM 4LFCK 3P38A 2E8AA 4B9UA 4CF9A 3TSQA 3THWB 1XQSC 4WCEL 1RT1A 4BR7A 3QBWA 4P7IA 3CJAA 4OKKA 4JK9A 4E1MA 1NK8A 4X64K 4DV7K 5EY4A 3CCQN 1KFSA 4CBUA 2HBKA 4CZKA 3E01A 1S1VA 3T1YK 4IOXA 2Q3SA 4J2DA 1OKJA 4JI4K 2Q0RA 3ZX2A 4JKAA 2DFHA 3CF5L 3MAQA 1IJJA 3D2EB 1NKCA 5ADXA 3U8XA 1TYQB 3AVLA 5FRMA 4DV1K 4BC5A 3LAKA 3QIJA 4AHCA 2P9UA 3EZ5A 4NCAA 1ASVA 4GVEA 1HYZA 2YHBA 2WH5A 4MQ3A 4ELTA 3ZT4A 4ZRJA 1YTAA 1RBUA 3KLFA 1GG3A 3AO5A 1FKOA 5E84A 4A5BA 2FBTA 3E1YA 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4BRIA 3CPEA 4B9TA 1T03A 1XWLA 2D0AA 1XC3A 4QS9A 4AH9A 3MX5A 5C2FA 4X62K 3TR8A 4CD3A 1HPZA 2HNZA 3SV4A 2B4JA 1VSJA 3D7EO 4FXDA 1BQNA 3C7NB 2UUAK 3CCJN 3M1FA 2V7ZA 2ZPYA 3NBPA 3PUFA 1NK4A 4F7GA 4DQRA 3AA3A 4LH4A 1EWRA 3OYCA 1RT3A 3P1GA 4NYNA 3IFRA 2VG6A 5FPDA 2WFBA 1NGGA 3HO1A 3L3VA 2A42A 5HP1A 4E89A 4M3TA 5SWMA 1KC7A 1ZXOA 3S41A 1X9JA 2FBXA 4O0JA 5D3GA 4IO9L 3CHWA 1GLDG 1BQMA 5K14A 5AQPA 4Z4FA 3QBXA 4BDYA 1GLFO 3ZSRA 1BGXT 3A5LC 4M45A 3SK3A 5J2QA 3TSUA 4CE9A 1J19A 2I7NA 3WQUA 5AQTA 5JLFA 4BR2A 4LC9B 1S5JA 1KAXA 3DXKB 3VGLA 2DTUA 4DFMA 4FZXC 3NAEA 1O1WA 4DB3A 1XNQK 3MEDA 1LCUA 4E7KA 2O8BA 4TKNA 1RGIA 3VEVA 4A59A 4DS4A 5ELZA 5JS1A 1VQ9N 1HKBA 1NKEA 3F9MA 3L2QA 4OX9K 1OVYA 1TV6A 1Z05A 4X65K 3HTVA 4QS7A 1RT7A 4HUGA 4M3UA 3F5TA 4B9LA 4E1JA 5GAHP 4IWVA 3MXJA 2W40A 4CF0A 4PL7A 1YVNA 3HJFA 2XY5A 4DLEA 1NK6A 2ABDA 2QXLA 4CZIA 1D8YA 1QZ6A 4Z4HA 2P9KA 4B8CA 4V19S 4JKCA 2X78A 3ID8A 3CCSN 4WF9L 2ASPA 2P9PA 1T6DA 1A5WA 3IRXA 1HMVA 3X23A 4YY3K 1MDUB 2J4RA 1S1TA 4MLHA 3R6MA 2OPQA 2HB5A 4DU3A 4L3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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