4JKEA

Open and closed forms of t1789p human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 68
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkeA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkeA01
4JKCA 3SBTA 4JK8A 3SBGA 4JKGA 3E9LA 4JKFA 4JKEA 3E66A 4ILGB 4JKAA 4JKBA 4JKHA 4JKGB 4JK7A 3E9OA 3ENBA 4JK9A 3E9PA 4ILHA 4JKDA 4ILJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSNA 3F73A 3J7ZO 1HPMA 3QEPA 3ZDTA 1SL0A 4CCHA 3SAHA 4JI2K 1ZBHA 1NNEA 4IDKA 1J5OA 4I6MA 1BDGA 4DTXA 3HJFA 1VSJA 3TTDA 3OYLA 3QEVA 1N32K 4AHRA 3ZLJA 3PX4A 3RMAA 4FK2A 5AQXA 4HCCA 3QEWA 4BRCA 2P9SA 1C0TA 3P31A 3DLLL 4CHNA 1TKZA 1NLVA 2ZF5O 3J81O 1EX4A 1TKXA 2OCEA 3NF7A 3O9UA 3D45A 4RW4A 3TANA 3K0SA 3KZBA 1TL1A 1N8RO 1XC3A 3TAPA 2VQEK 1XMQK 2NLXA 3MN9A 1TKTA 1VSFA 4H4OA 3ASMA 2PYLA 3FLCO 2I1JA 4AH9A 4I2QA 3AAPA 3ZETB 5HROA 2D0OA 3U4LA 4CF1A 1VBHA 4B1ZA 1NWKA 4BVOA 3NF6A 2Q2RA 3SBTA 4H0OA 4BR7A 3OS2A 3I8DA 1U04A 2QA4N 2NNWA 3M1FA 3CD6N 3AGRA 4E3SA 4UY8O 1YAGA 2O8BA 2EX3A 4EHUA 5JS1A 2A6AA 4BRDA 1FKPA 3OYAA 4JNEA 3TAMA 3IMXA 1EQYA 3EZWA 4YOTA 1ZC6A 4CHZA 3UKUA 3ULDA 4BC2A 1LWFA 3K5NA 4P7IA 4YOXA 3THXA 4TKNA 2Q0RA 4E1NA 4X64K 5AQNA 2DTUA 1T05A 1VQ7N 4C1NK 4F8RA 1T6DA 2GWJA 4IJNA 2P5GA 3DLEA 1X1PA 4N56A 2FBXA 5AQFA 4CGJA 4CGGA 4FOEA 1ASUA 4CHYA 1GLEG 1SS6A 2V51B 1Q7YO 1NGCA 2DPNA 3TSQA 3UKRB 1HKCA 3LANA 1S6QA 2Q3SA 1NM1A 4F4KA 4J2DA 4JI5K 4CZJA 5AR0A 4J2EA 1QQMA 3O4QA 3OYDA 5AQYA 2YHWA 4M63C 1XHZA 2A1SA 1NK8A 3B8AX 1LWEA 4DFKA 3WA0A 1GLFO 3ZEUA 2NRWA 5CYMA 1IO2A 4BRIA 3V1RA 5AQVA 1T6CA 1X3MA 5CZ1A 2OZMA 4DCHA 2UXDK 2IS3A 3UE5A 4BQLA 4FLWA 4KH5A 2Q0UA 4CJUA 1BO5O 3O1WA 1GC6A 1ZBUA 4DQIA 2HF3A 3CMEN 3L4QA 4PKHA 5AZJA 3NF8A 4H0YB 4ILGB 2QWQA 5BRFA 1EETA 1V4SA 2F8TA 4O0IA 3SNNA 4KAZA 1Q9XA 4OPAA 4YNQA 4Z0UA 3QIJA 2PZSA 3MK6A 2P9SB 4OGCA 4BR5A 4UQGA 1NJZA 4IO8A 4M3ZA 1CXQA 4JV5K 3NF9A 4DKWA 3L2UA 5CZ2A 4FVUA 1Q86O 1H4RA 3ALYA 3DLRA 5C0YA 2OPSA 1MWKA 3GL1A 4Z4HA 4JHDA 5F1XA 3LWLA 4FJ7A 3T19A 5AFUH 1VBGA 4BRGA 1BQNA 5JVHL 5C25A 1HMVA 1VQ9N 3LALA 3PIOL 4KHSA 3VQEA 3HSTB 3HP9A 3BP8A 5LJVA 1TUYA 2VG6A 5AZIA 3I0SA 3NBPA 1LCUA 5ADXH 3EKSA 1FW6A 4H4MA 4CZKA 3CCEN 4DHYA 3SMPA 3HK2A 4JI6K 3VQ9A 2NRHA 2HMPA 5GIOA 4EKUA 1BCMA 3M5RA 4LF5K 4OPKA 4NXMK 2P9NA 1A5XA 3VETA 3RR7A 3U8ZA 1WNSA 4PL8A 5KPTA 3THXB 2D0BA 1ZBLA 1LW0A 3MX2A 5CYQA 4CYEA 4ELVA 1NK4A 1GOBA 2GEMA 1WUAA 3MEDA 2O8DA 3HOTA 3O5BA 1HNVA 3V1QA 5KPZA 3IRXA 3RR8A 2G8WA 2HHSA 3TI0A 4JS5A 4JKEA 1KAYA 2IVPA 4DV4K 2AA4A 4W5TA 3AVJA 4CFCA 1NKCA 2RN2A 1GLBG 3AA2A 1NGFA 2P9LA 2A5XA 1NJWA 5EX5A 4FWSA 1NU0A 4FLXA 5J2NA 3KLGA 4OKJA 3SQ2A 4BY9C 4B3SK 4JKCA 2G8UA 1DLOA 5HRNA 3CCVN 1X9MA 4CBUA 3VQ6A 4KHNA 4KHWA 5D3GA 1TK8A 2A40A 4NO7A 1NGEA 4C8NA 4JI4K 2VWJA 4DB3A 1M1KO 2ASOA 5FPDA 3T1HK 3AA4A 1YIJN 4CJ3A 4BGBA 3FZLA 1HQEA 3QO9A 4CD1A 4X65K 2O4IA 2DY4A 3V9SA 4Y1DA 1C1BA 1QE1A 2W42A 3V4IA 1WBBA 2HMIA 4KI6A 1U47A 1ISNA 4HUFA 2PY5A 1T8EA 1RT6A 3OA9A 2RF2A 4YOUA 5F2RA 5H1SQ 1S3XA 2E2NA 3E66A 1SAZA 1SL2A 1NJYA 4JKAA 4FPBA 4BDZA 4DXAB 3MMVA 5M1KA 5B8HA 4FZXC 1BCOA 1WSJA 3ENBA 3VGMA 4RTFD 3DOKA 4O44A 2WFBA 2ZE2A 2VG7A 4CIEA 1O1WA 3OYMA 1BI4A 2HNDA 2NRZA 2Y1JA 4GXBA 4QS8A 2W40A 3SI6A 3DRSA 3R1XA 4EAHD 4DSLA 3O6WA 3THYB 4CHOA 3TARA 4FCYA 3P38A 1IBKK 2PAVA 4BR4A 3HRGA 3LL3A 3CPEA 4CEOA 4FXDA 4B8CA 4BWJA 1S9EA 3IG1A 4FVMA 4LH4A 4B9TA 3OYCA 4ISEA 4FWOA 1WOQA 4MO4A 4DS5A 1SUQA 4JKGA 1KD1O 2P5OA 3AVHA 3O9SA 2X78A 1K8AO 3RVCA 1BHLA 3K58A 4EZ9A 3OS1A 5AQRA 4YY3K 1HR0K 2D5RA 4H5WA 5M1OA 4BG8A 3OS0A 1HJRA 4JK9A 2IAJA 4C8MA 4U7BA 4FLTA 1I39A 1K8KA 3OYBA 2KFZA 3JS6A 3E01A 4B1YB 4XIUA 4FW1A 5AQKA 2G8KA 2E2PA 3MXMA 4CJ7A 1YTAA 3E9LA 3L6QA 1JLEA 1JL1A 1LAVA 4B1XB 1S1VA 3V81A 1Q9YA 2V7ZA 3QEIA 4ZTFA 3ZT2A 3V9UA 5AQIA 3TU5A 4QS9A 3B6PA 3R3LA 2OPQA 4DV2K 4YL8A 3EKUA 5EXWA 3SLCA 3MXIA 1BGXT 3WNEA 3F9KA 1WSFA 2X6SA 1Q8IA 1HQUA 2VQFK 4MLHA 3D2FA 1HKBA 4CZHA 3TSPA 3SBGA 2J4RA 2PBDA 5GAEP 1GC7A 3K9KA 3NH2A 1ASVA 1KFDA 4A5AA 2W6KA 3OJUA 4B9MA 3RSEB 4DQPA 2D4WA 4O0JA 3J7AP 4XH5A 1RT7A 3D7EO 2G8VA 2V7YA 4DUYK 4OX9K 4H8KA 1BOTO 4IBNA 3A0IX 2AP1A 2LSNA 1VSMA 4B9VA 2HHWA 2Z1GA 2IC3A 1HNWK 4O8UA 4NCAA 4F2SA 1HNIA 3SPZA 1SKSA 2OA8A 1XHXA 4DV3K 4IDHA 1JCEA 4ILHA 2YCHA 5HRPA 1S6PA 5BPNA 1Y64A 1VQPN 1RTHA 5FPEA 5AQHA 1JCFA 2QEXN 2QTDA 3TAGA 1L5UA 5E41A 4CBXA 1D9FA 2HBKA 3U3GA 1RFQA 3SV4A 1XQSC 4I9QA 5BR9A 2Q36A 4RW9A 1B92A 1WBDA 1QSYA 2P9IA 2D1KA 4QS7A 1RNHA 2NRRA 2B5JA 3U7DA 2E88A 3S9HA 3H46O 1HUXA 1LOTB 2QXFA 4BR9A 4CHQA 3HTVA 5CE3A 4PL7A 4E7HA 3MEGA 3CIPA 3WNHA 1NG9A 4FO0A 4DQ8A 3WXIA 2RHKA 2E1ZA 4CJEA 2XY5A 3VA3A 4Z4FA 3KK2A 4GNIA 3KKSA 5GAHP 3O4NA 3D6RA 5HP1A 3WEEA 2RPIA 4Y0WA 3VEZA 3HP6A 4CK1A 3TWHA 1QSLA 4E1MA 2BANA 1KLNA 1HB6A 3CCQN 1P8ZA 2YVCA 4I2PA 3DXKB 2QWLA 4KKOA 1OH5A 3OYGA 1K73O 3S3OA 4LF4K 1DKGD 3WXMB 5LMUK 1RDCA 3QEXA 2VG5A 4CJLA 3SPYA 1VQNN 1VQ5N 1C0UA 4FJJA 1Q81O 4IG3A 2WTUA 1BIUA 3J80O 1IKVA 2P1JA 4J8FA 4BRHA 4EFHA 1KFSA 4DTUA 3SUNA 1Z6RA 5DM7L 4E7IA 1S1WA 4PA1A 1NK6A 4F2RA 4FWRA 4ZHRA 1U45A 2P9UA 1W9HA 3CETA 5TKWA 3CCJN 4AQYK 4FM0A 5DK5A 4IOAL 1RT5A 2HHUA 2JWKA 3KLHA 1YTUA 1D8YA 3QERA 1YJWN 3TAQA 4B9LA 2IDOA 2HHTA 3KK7A 5ELZA 1YITN 3HYFA 3M8RA 4DQQA 4CK2A 4WE1A 1YT3A 5GAGP 3L2WA 3PLAA 2A41A 3D0PA 4B8AB 4BROA 4LC9B 5CHIA 3F5TA 1YI2N 5AQQA 3CMAN 3QBWA 2D10A 3B6OA 5F0XA 3HI0A 2F96A 1NTIA 4X62K 4ISFA 3BY5A 4GV9A 4EP4A 4PWDA 2HHXA 2P9PB 1RT3A 5HRSA 3AA5X 3CHWA 4YORA 1C1CA 1QSSA 4CJKA 1W0HA 3VQDA 2YHYA 4KB1A 4JEPA 1NJXA 2B4JA 2QW9A 4RW7A 1UA0A 1B9DA 4BE2A 4DG1A 3BF1A 5BR8K 5EOYA 1SQKA 4EP5A 4ELTA 4JD2A 4WFAL 1S1XA 1GLDG 2F7TA 3I0RA 3ID6A 3PVLA 4OLBA 3GOIA 4CJRA 1LV5A 1KRPA 3BUZB 4KFBA 1T7PA 3QNOA 4GV3A 2P9KB 3WUHA 4AM6A 4KHUA 4DSKA 1R59O 4A5BA 3ULEB 3ZT1A 1RBTA 3EYZA 1BA1A 4LFCK 3QB0A 4FWPA 4JI1K 3U3YA 3WXJA 4JRPA 4DS4A 1MIZB 1YVUA 2VGMA 3Q7BA 1VAZA 4E19A 3KWGA 4CJTA 3ZSVA 1TUUA 1E4FT 2YNFA 5J2MA 1FKOA 2Z1JA 5J2PA 2NRXA 4B08A 3WNFA 1Z26A 3HPOA 5EU7A 2HSTA 4WQ4C 1KLMA 4E7JA 2J0KA 3DXMA 4LD0A 2X0SA 2KQ2A 2X74A 1EWQA 3I56N 3CC4N 3VQ8A 3WNGA 1C0FA 4XEIA 1J54A 1VSDA 4BGAA 4KI4A 4NLBA 1NK7A 2OPPA 4FK4A 3QFUA 3VQCA 4JI7K 4PHTX 2ZJQL 4M7YA 3WXKA 4XH4A 3ITHA 3PZDA 1U49A 4OO1J 3ZT0A 1VQ6N 3BZCA 4LF9K 1CZ9A 3ZX2A 2X6NA 3TPQA 3ZSXA 3X23A 3UIQA 3MCAB 4ZRKA 3L2RA 2XY6A 1GOAA 2R7YA 1A5WA 2D0PA 3M8QA 3QINA 1BWFO 3AO5A 3C6AA 3AY9A 4LFAK 4MFBA 2ZJRL 4RWTA 4BE0A 4L3QA 3L4IA 1C0MA 1HYSA 1JJ2M 2Q1NA 3FZHA 4PKIA 1EF1A 1L3VA 4CGDA 3SAGA 4W5QA 5C2FA 2BGGA 4Z94A 2XRIA 3SQ1A 3CJBA 3CM6A 4IEIA 4FW2A 4H5TA 3MX5A 1JCGA 5E26A 3H6EA 3MXJA 5T7BA 4MQ3A 2CH6A 4I6MB 2KKZA 1IBMK 2WBNA 3M6GA 3ZSQA 1N36K 1DGKN 4LF7K 4CE9A 1JLBA 1KC8O 3TR8A 1RILA 4R79A 2I5JA 3CFPA 3R9PA 4IOCL 1VQLN 3VF4A 4KPYA 2O4GA 4O55A 3U6FA 4EZ6A 2KFNA 2E2QA 2ZD1A 3H1QA 3ZSWA 3SUOA 1JKHA 4JKHA 3VF2A 5BN8A 1TK0A 3NGZA 2CB8A 4DMNA 2HHQA 3CPWM 1NGBA 1CZBA 1I3AA 2YV0X 3RTVA 4CFAA 3O3HA 4BRAA 3BDPA 1BIZA 3AVCA 4BRPA 5KI6A 1D9DA 2F4VK 2IVNA 1ATRA 4KTZA 4Z4EA 4KH4A 4YDUA 1QHTA 3CQ8A 3L0QA 4WYBA 1P90A 4Q0BA 1NGGA 1KXPA 4CEZA 1HNZK 4GVEA 2O8BB 1ILYA 4H0PA 1IKXA 3DI6A 3N4PA 4GKKK 3QICA 3SZ2A 3OJSA 4M42A 3UKUB 4WF9L 1IKWA 1GLAG 1HX1A 5EVZA 3H45C 1NGAA 3ID8A 3JYTA 5I3UA 3H3OB 1LAWA 3ZCMA 4BR2A 4CEEA 3CJ7A 2UUCK 2FSKA 4GKJK 4Y1CA 3NDKA 4FL9A 3HO1A 4DTPA 2ZWHA 2QWOA 3OYIA 4RCHA 4H5RA 1W7AA 1HPZA 2ZM6K 4CIFA 4FLZA 4PUOA 1HYVA 3AVNA 3NHGA 2KLAA 3VEVA 2YJEA 3WXLA 4CGFA 3QETA 3PUFA 3IAYA 2QM1A 5HLFA 1KQSM 5IT9O 3ISNC 3LP2A 5BPLA 3OYKA 4CECA 4CF2A 1JXBA 2VGNA 3KK3A 3CCSN 3EN9A 4X66K 1SZ2A 4DUZK 3OYFA 1QS4A 3A5NC 1RBUA 3SUPA 4CBWA 4DQSA 5BPMA 1FK9A 3ZEUB 2ASPA 1YJNN 4ZRJA 2OTJN 4G9ZA 1EWRA 3GG4A 3EY1A 3DRPA 2FBYA 3V9ZA 1VSEA 3DRRA 1RCHA 1ZXOA 3VGKA 5AZJB 3P1GA 4CD3A 3SCXA 4BRNA 3TTCA 1MWMA 2RE2A 3LDSA 5M1FA 2R82A 2QXLA 2GTDA 4DWIA 2YNHA 1BG3A 4CVNE 1X3NA 3NCIA 1RDBA 4M3RA 4LF8K 4LFBK 1KBLA 2HNZA 3K5LA 3QIOA 2XY7A 1JLAA 3GE1A 3EL2A 3M8SA 2E2OA 3LDOA 3V9XA 4B1WB 3DLBA 3M8PA 2BH1A 4BE1A 5AQPA 1RT1A 1YUWA 4O5FA 2E4LA 2VCPA 2Q97A 2ITGA 3O3GA 3G0ZA 2O8CA 2FDQA 1WAJA 3U9ZA 2CH5A 4H03B 4LY7A 1ITGA 4JHDB 3SUQA 4KRFA 1NK0A 1JLCA 3MDQA 4U67L 4BWMA 1VQ8N 4EIAA 2GV9A 1JLGA 4C8KA 3HPGA 4FJHA 2D11A 3RRHA 1NOYA 3DLKA 3P83D 1BL3A 3NGYA 4JLHA 5AZIB 3P5JA 2O8FA 4CHPA 1TYQA 2GELA 3O3FA 1J53A 4CF9A 3ZX0A 1XNQK 3SMSA 1BA0A 1OH8A 3G6EN 1RTDA 2YNGA 4DF8A 1REVA 3THWA 3ZT4A 3G4SN 2HBJA 3NGIA 4DR1K 3DLHA 4DV6K 3MN7A 3DAWA 4FPAA 1MIXA 5LL6Z 4LSLA 3ZX3A 2P9NB 5M1NA 4KTQA 3OBWA 3SQ4A 4C1NI 3D2EA 1R0AA 2F8SA 2PYJA 4DR6K 3HSCA 1UOCA 3KLIA 2IVOA 1HLUA 4ID5A 2HHHK 2QKKA 2QK9A 2YHBA 4CW7B 3HL8A 1SGHA 3FZKA 2ZJPL 4IOXA 2O8DB 2UXBK 1CZAN 4IXCA 4A62A 2E1YA 3HVRA 4W5RA 3WT0A 4ILJA 2A42A 2E6LA 1IH7A 2ETJA 2D2QA 4JI8K 1DTQA 1LW2A 2V52B 4K43A 2P9LB 3KKRA 3AO3A 5LY3A 1XMOK 1U4BA 1HB8A 3KK1A 2O8EA 1C0GA 3BEXA 5JMVA 4IKFA 4FWQA 4CJSA 1W2BM 3O9QA 3W3DA 4JKBA 1VSIA 2IGIA 2WOMA 3AAQA 1S72N 3V6DA 5KRTA 4DV7K 1UA1A 1K6YA 3V9WA 3WQTA 4JN4A 4AHCA 3DYAA 3LDPA 4OPJA 1NGIA 4YFUA 4M3TA 3QIPA 5AQMA 2YHXA 3OW2M 4FJXA 2WH5A 2CGJA 2HBLA 2GBZA 4IZ9A 3A5LC 4FWMA 3VESA 1YHQN 2UUAK 5JVGL 4FLVA 1SKWA 1OVQA 2XY8A 4PQUA 4B1VA 1S22A 5C24A 3E9OA 1KSPA 4DTMA 3TAEA 4K8ZA 4BC4A 1HNXK 4CJ5A 4WCEL 4HVJA 4M45A 3KTQA 3CQXA 5FRMA 4NLCA 1QTMA 2Z1HA 4CF0A 3I55N 2YX6A 4MDAA 4CZLA 3PY8A 5IWAK 2NRVA 1E3MA 1JLQA 4KB0A 4I9LA 1CLQA 4JRQA 1BI4B 2G8HA 3MWTA 4CERA 1Z05A 4DSJA 1KVBA 2KZZA 3G25A 5I42A 4LF6K 4B3MK 1RGIA 4IO9L 4CJQA 4B3TK 1SKRA 4N76A 3ZSOA 4FM2A 3ZETA 2IIRA 2QWMA 5HBMA 2FF3B 1VRTA 3SV3A 3HPHA 5M1QA 4CZMA 4DR5K 2CGKA 2A1RA 4JKGB 3V1OA 2OZSA 3GDQA 2OANA 4M3UA 2HRJA 3FR0A 1G99A 2HF4A 4ISGA 5HRRA 2FXUA 2UUBK 5KGXA 1GLLO 3FFIA 4ELUA 3LP1A 4H0TB 4KHQA 3LDNA 3D2EB 3LP3A 1K8KB 4WQ5A 1D4XA 3TSUA 5BRHA 2J0MA 3FP5A 1UWBA 4BACA 4GV6A 4K8XA 2ITMA 3T1AA 3QMLA 5FDLA 3VQ7A 1S1TA 3S3NA 2GUIA 3QESA 3NH1A 3VENA 2I7PA 3QLHA 3C65A 4NXNK 4GVMA 3U8XA 3RMBA 1XNRK 3J8AA 3AA3A 1TL3A 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 4JKC A;  3SBT A;  4JK8 A;  3SBG A;  4JKG A;  3E9L A;  4JKF A;  4JKE A;  3E66 A;  4ILG B;  4JKA A;  4JKB A;  4JKH A;  4JKG B;  4JK7 A;  3E9O A;  3ENB A;  4JK9 A;  3E9P A;  4ILH A;  4JKD A;  4ILJ A; 
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