4JKFA

Open and closed forms of t1791p+r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
221
structure length
220
Chain Sequence
ELFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 68
structure length 220
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkfA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkfA01
3E9OA 3E66A 4JKEA 3E9PA 3SBTA 4JKGA 4JK9A 4JKAA 4ILGB 4ILHA 4ILJA 4JK7A 3ENBA 4JKHA 4JKBA 4JKCA 4JKDA 4JKGB 4JKFA 3E9LA 4JK8A 3SBGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G4SN 4A59A 3LWLA 1J5OA 4LF8K 3HJFA 1ATSA 3C6AA 3U8ZA 1GG3A 4CGJA 4IFEA 4BE1A 4B3SK 3BDPA 4GY2B 4DSJA 5AJ3K 4HDOA 1NOZA 4FPAA 4NB4A 2CGJA 4O5BA 4LFCK 1RBUA 3KKSA 3QINA 3KIOA 1E4FT 4CCHA 1KXPA 3AVLA 4FJGA 5E84A 4YORA 3SUPA 5BN9A 1QQCA 2QWLA 1C1AA 3GL1A 1E4GT 1F21A 3AGKA 3MEGA 4DFKA 4LF9K 3E9PA 1BOTO 4KHUA 4Y1CA 3MN5A 3RMCA 3HYFA 4NCAA 5J2PA 2GUIA 1BA1A 4BRAA 1WSGA 3TANA 4H4MA 2DPNA 3TAMA 3THWA 3RMDA 3CI5A 4KAZA 2E4LA 3UKUB 4M41A 2UUCK 2HVIA 5D3GA 5M1PA 4PHTX 2P9IB 2KFNA 4RW4A 3CERA 3VQ7A 5HRRA 3A5OC 3K5MA 1W2BM 3EL2A 1ZC6A 2P9UA 3S41A 4O0JA 3CQYA 1IJJA 4Z4HA 1RDCA 2QA4N 1C0UA 3DOLA 1TGOA 4DB3A 1GLAG 2OPRA 4BRIA 5AZIB 4B9LA 4FJ9A 4B3RK 2NRVA 1EO1A 3NHGA 4OGEA 5AQFA 3MN6A 5KPTA 2HMIA 3ZETA 3HRGA 1RDUA 4DU3A 4GV6A 3AO1A 4N56A 2XY5A 4DR2K 4DU4A 3SV4A 2YX6A 3R6MA 1D9DA 2O8BA 2Q3SA 1HX1A 3K2PA 1WB9A 3M8RA 1EF1A 4FWSA 5AFUH 3GDQA 5AQXA 3G0ZA 4IG3A 4EAHD 4GVEA 2YKMA 1QVGM 3SZ2A 2XY7A 5EOYA 4B3OA 3NMUA 4P7IA 5HP1A 2BUPA 2FBXA 3KHYA 1UA1A 3TTFA 4X65K 4IXCA 1LWEA 3EY1A 4B08A 4OKJA 3AARA 1VQMN 3ZT1A 3TSPA 2O8EB 1R59O 4CEDA 2KQ2A 2QWOA 5GIPA 1OH7A 1BCOA 3EE9A 3HT3A 1YVUA 1KQSM 3A2FA 3OBYA 4Z94A 3E9OA 4E7LA 3MCPA 1VSEA 4BC2A 3CC2N 2HRJA 1KRPA 4BR7A 3L6QA 2HHHK 2ZE2A 4KPYA 4A57A 1VAZA 1KSPA 1U2VA 1JCFA 3M8QA 1GGOA 4FK4A 3H3OB 5KQ8A 3NAEA 2IOCA 1ST7A 3OYFA 5AQYA 3F9MA 3H1QA 3THXA 3TAPA 5BRFA 2BGGA 2AJQA 2B5JA 3QETA 2DTUA 4JI6K 4EFHA 1D5AA 3I33A 4FPBA 2YHBA 2YNHA 3IVFA 1VSJA 2GV9A 4CJ5A 1FW6A 3TSQA 2BDPA 1X9JA 1BCMA 1KC7A 1DLOA 3L3UA 3KLGA 1ISNA 3F2KA 4FK0A 1HB8A 2Q31A 1RBRA 1QQNA 2HVHA 3I56N 3V1QA 2E1ZA 3BINA 3SAFA 4JEPA 5M1FA 2X6SA 3GBTA 2Y1IA 2E2PA 1HJOA 4RG8A 4CEOA 2KKZA 1NMNA 1KTQA 4H5RA 1HBKA 1NK6A 1QSYA 4JKGA 3U4LA 1S72N 3C94A 3DXKA 4K43A 1KLNA 2D5RA 1U04A 3U6FA 3THWB 3HSCA 2GWJA 4K42A 2IS3A 2OCEA 3OW2M 1T7PA 1T03A 3CCEN 5AQGA 4BVOA 4FLUA 3QFUA 4CF9A 2XRIA 4CK3A 2D0BA 3EKSA 3ATUA 4BRFA 5HL7L 2IC3A 4BG8A 3H1VX 3D2EA 4IZ9A 2ASPA 3HTVA 1RT2A 3AVGA 3QEWA 3T7ZA 1EWQA 1HYZA 2FSNA 4CJ7A 4DR5K 3BZCA 3QBWA 1KVCA 4BWMA 4FVMA 2ZJPL 4MLHA 3MEDA 1XNQK 4I9QA 1TAUA 1N6QA 1Y19B 2PY5A 3LDLA 1NK4A 2YNFA 3V9SA 1MWKA 3VF4A 1L3TA 1JLCA 1Y97A 5BPLA 3HZ6A 4MDAA 1ZBLA 2YKNA 4CZKA 4M3TA 1WAFA 2DFHA 1VSFA 4MDBA 1V4TA 4JV5K 4FWOA 4BWJA 2I1KA 3LDSA 2O8CA 3AU4A 4PKHA 2EMTA 3P31A 1YHQN 4IKFA 3LAMA 4DTXA 1SL2A 4QOZB 1Z05A 1RT5A 1KD1O 4IO8A 3Q7BA 2NRZA 1T44A 1X1PA 1P90A 2QWPA 3FE1A 1CZ9A 4DQSA 2YHXA 4OLAA 4BR5A 2Q2RA 3CJ9A 3PUFA 4N47A 1IKYA 1GOAA 3EEQA 4H0OA 4YNQA 3HM9A 1C1BA 2Q0RA 2WH5A 3J81O 4E89A 4FLWA 2KZZA 4GV9A 1JLEA 4V19S 4DV3K 5J1EA 5DM6L 4C1NI 4CERA 2F8TA 1U2VB 3MWPA 2QWQA 2KTQA 1NK9A 4OLBA 2F9WA 4B9VA 1RBVA 4DTRA 4LY7A 1HLUA 2ZF5O 3V6DA 2OYQA 2A5XA 3LL3A 3O08A 3Q7CA 5AQSA 4CHYA 1U47A 3AAQA 4FOEA 4KFBA 3OS1A 3CG7A 2DFEA 4W5OA 1X9WA 1VSDA 1XQSC 4W5NA 3J7ZO 1S3XA 2UU9K 2JWKA 2P51A 3VETA 3ZT0A 5CY4A 1NJWA 4BR0A 2E2OA 4DTJA 1BUPA 1YITN 3O6WA 1IKVA 4JK9A 3J80O 3R1XA 1H4RA 3SQ2A 5H1SQ 1RT4A 5J2QA 3RRGA 3EE8A 3UKRA 4ICLA 2I5JA 4CJQA 3SQ4A 3ZSYA 4FZZA 2FJ9A 4HCBA 4IFVA 3CIPA 3T19A 3WXIA 3VQ9A 4C8LA 1VRTA 3NF6A 3S3MA 2VG6A 3R8EA 2NRTA 3E66A 4DSFA 3TARA 3WXKA 4HWIA 2COPA 1CXUA 4BRNA 1VSMA 4DSEA 3LP0A 5BN8A 2P9KA 1G99A 1Z6RA 1KVBA 3H46O 3M1FA 4JKDA 1JLQA 3ITHA 3G25A 2ITMA 4FWMA 1M1KO 4DFJA 1VQNN 4FSVA 4A2AA 4KHWA 4M3RA 1E5WA 3JXUA 1GLJO 3DLHA 2HHVA 2LSNA 3C95A 3QO9A 4OO1J 2I1JA 3M8SA 1JCGA 3CJCA 3ZYYX 3IDHA 4JS5A 4ILHA 3BY5A 2ASOA 4CGGA 4KTWA 2ASMA 2IVPA 3EN9A 3T1YK 2NRWA 4H5NA 1VQPN 3U7DA 1QHAA 4B8AB 3CCMN 4KO0A 1NVLA 2O8CB 4O5FA 3PZDA 3CQ8A 4HUEA 4CJLA 4W5QA 1C0FA 1OH6A 3L3VA 3LAKA 1LW0A 5CZ2A 2XY6A 4KHNA 3LP1A 3QB0A 4J2EA 1YXQA 1NBWA 3GE1A 4CECA 1IG9A 1EETA 3DI6A 3S3NA 4C8MA 4BC4A 2EX3A 3CYMA 2ZWHA 3RWUA 3CF5L 2OPPA 3IUCA 3V1OA 1VK0A 4EKUA 3CM6A 3L4QA 5FDLA 4H0YB 3WXMB 3PVLA 3CMAN 1D4XA 3DOKA 5AQZA 4CIFA 2XY8A 1MIZB 2CGLA 4BRMA 3C6UA 1GLDG 3MK6A 3OS2A 5JS1A 3PSIA 3A5LC 4BC3A 4YOVA 5DM7L 3NF8A 4H5TA 3MMVA 1UWBA 3VGLA 4DV0K 3ZDTA 3CJBA 1SZ2A 4DSKA 2NUBA 3T1AA 2HHUA 2PAVA 4FLZA 5AQHA 4B3MK 1GLBG 2P9IA 5JLFA 1XUPO 3FFKB 4E7IA 3HL8A 2CQUA 1NK0A 4OPJA 3H3NO 5AQKA 1YT3A 3K5OA 1H1VA 1UAXA 3P83D 2V7ZA 5KGWA 1RBSA 3SPZA 3O9RA 3UKRB 3GOIA 2E6MA 3BGRA 3ENOA 3TTCA 1JKHA 4BY9C 3HSTB 4EIAA 1EQYA 3DMJA 3O9SA 4FLTA 3KK3A 4WQ4C 4FL9A 3CPEA 4FWRA 1GC6A 1WN7A 5ADXH 4X66K 3OYHA 4B1UB 2NRRA 4NCBA 1BA0A 2W41A 4F8RA 1YJ9N 3QLHA 1J5EK 4FJNA 3CQXA 2CGKA 3FR0A 3LZIA 1HNVA 4CFBA 4IOXA 3U3GA 2P9KB 4F2RA 4ZRKA 5JICA 1NK7A 5C25A 4F3TA 5IJMA 4QCLA 4CJWA 2FF3B 3GG4A 1CLQA 3FLCO 4FW2A 2WOMA 3I8BA 4CJUA 2QWNA 1RTHA 3WNGA 4DV4K 1JLGA 2HHQA 4Z4GA 2F9TA 3ZSOA 2X0SA 3DLRA 1OKJA 3MXJA 5HOOA 3K9JA 3NVMA 3HM8A 2KW4A 1YJWN 4CZMA 4KI6A 2IIRA 4EP4A 3CETA 4CFAA 2UXBK 2YI1A 4KHPK 2OTJN 3WQUA 3VQDA 1NTIA 4PA1A 4JI2K 1NNEA 3L2WA 3A5NC 4FYDA 3AU5A 3ID6A 2AA4A 4F4KA 2O4IA 4IWVA 4GW6A 4KB0A 3LALA 1ZXOA 2HBJA 1JL1A 1NGJA 3PY8A 1OVYA 4CBWA 3G6EN 4PL8A 4DMNA 3KTQA 3I55N 4Q0BA 3P39A 1A5WA 3TABA 3P4IA 4PQUA 5TKWA 5HRNA 1IV0A 4FXDA 2ZQBA 4CEBA 4KB1A 1RGIA 4JN4A 3X23A 5I9EB 4M3XA 4JLHA 4J8FA 2A1RA 3E01A 2D0OA 3SMSA 3LZJA 5J2NA 3C7NB 1NGFA 1JCEA 1JXBA 4FLYA 1RT7A 5AQRA 3WA0A 4CEFA 1LOTB 4F7GA 5AQPA 4N5SA 4IOAL 4FWKA 1TK8A 4FO0A 3KLFA 4M3WA 3OYGA 1JLBA 5AR0A 3VQ6A 3PIPL 2ITGA 1XMQK 4X62K 2IVOA 4C8KA 3DXMB 3RMAA 5AQVA 4I9LA 4WCEL 3QDKA 2Q1NA 4CF0A 3TAQA 4QS9A 1G15A 5JVGL 3K9KA 5EY4A 4CFCA 4FLXA 1JXEA 4MO4A 1W9HA 4ELTA 3SCXA 4B9QA 3MXMA 3IG1A 4E1NA 5GAHP 3ULDA 4FM1A 3SYZA 2PYLA 4M7XA 1KFDA 2FSKA 1N36K 1RDBA 3J7YP 3NH1A 4BVPA 1ATRA 4FZYA 3HI0A 3O4NA 3RVCA 1WBBA 2GELA 4DQRA 4B1XB 1DKGD 1BG3A 5AQOA 4H0TB 4YFUA 1MU2A 1BDGA 3VTIA 5AQTA 2W6LA 4HUGA 3OYIA 4OPKA 2VWBA 4LC9B 3ULEA 1TAQA 3FZKA 4DV1K 4C23A 4IEEA 4DUZK 3V1RA 5FRNA 2QM1A 3AO5A 5GAGP 4CHQA 5AQQA 2YHAA 1NKCA 5LMUK 4Z4EA 1RTDA 3QICA 4AF1A 4CJTA 3BF1A 1SV5A 2KZMA 3IKMA 4FW1A 1HKGA 4A62A 3OTOK 3ALYA 3T1HK 4JI0K 2F4VK 3R9PA 4M63C 1U48A 1BQNA 4O0IA 4CJEA 2FBVA 2HHWA 4BREA 2E5LK 3DLGA 3QNNA 4LSNA 3OYNA 3AVFA 4ILJA 4HTUA 3TU5A 1ASUA 3BUZB 3UIQA 3P5JA 4WFNL 2P9SB 3AV9A 1TUUA 2Z1GA 4XH1A 4ZTJA 2O8FA 4CGFA 4E19A 3KWGA 3QNOA 4EHTA 2VWJA 1ILYA 4CJKA 4C1NK 3RMBA 3LPUA 4CEZA 4JK7A 4JKHA 4JKBA 2GTDA 1VQLN 2QKKA 3ID8A 4DF8A 3VERA 3I0SA 3ZSXA 4FJ5A 3SUOA 1WSFA 2AL6A 4WFBL 5JMVA 4GXBA 4R5PA 1QQMA 2WTUA 4K8ZA 4BQZA 4E7HA 3WNHA 1IO2A 3O3HA 2E8AA 5HLFA 1QHTA 1VBHA 2ABDA 3MDQA 4CHNA 3CCQN 3MEEA 3VQQA 4YDUA 2PYJA 3MWTA 3EZ5A 2JLEA 3IAYA 4BR4A 5HRSA 3PV8A 1ATNA 4F9OA 3H08A 3V9WA 5MLCQ 4AHUA 3VF6A 4FJHA 5GAEP 4FM2A 3HP9A 3VEVA 4HCCA 3TPQA 3ZX3A 1VQ7N 2OZSA 2P9LB 1S5JA 3WNFA 3A8YA 3EZWA 2NNWA 5C24A 2ZJQL 1SL0A 1NOYA 4OKEA 4HDQA 3VPZA 1J19A 3M6GA 3ZSWA 3CCVN 4ISGA 3LP3A 3NGZA 3AVKA 1S9EA 4A5AA 1NGAA 4YY3K 4DR3K 4LH4A 2G8HA 3AO3A 5EX5A 4AH9A 4LH5A 4A2BA 1ESVA 5BRHA 1ACAA 4DTOA 4NXMK 2G8WA 2QWMA 3IFRA 1WSHA 3PIOL 1NGDA 3NE6A 1X9MA 3QEXA 3U9ZA 2QXLA 4B9UA 5JLHA 3D7EO 2IAJA 2J0MA 1NKEA 1HB6A 3ULEB 3DWLA 4BRCA 3PX6A 5KQDA 3HVRA 4JKEA 3KK2A 2E2NA 4CHOA 3U9DA 1VRUA 5GINA 4G9ZA 3U8XA 1RTJA 3HVTA 3CM5A 5FPNA 4CVNE 4U7BA 2G8KA 1I39A 2A3ZA 4M3ZA 1FJGK 4YHHK 2NRXA 3OA9A 1O13A 3J7AP 2WBNA 2IGIA 3P1GA 1L3VA 4DUYK 2D10A 4CJVA 4M3UA 3OVNA 1TL1A 4H0PA 4CBUA 3A0IX 4CW7B 3L2VA 1NK5A 3H6EA 3QESA 3L2QA 3CC7N 2O8FB 2Q97A 3NGIA 3HPHA 1WSEA 3NVKA 1YI2N 2ZGZA 4LF7K 4B8CA 1NGCA 5LMNK 1P8ZA 1TK5A 2OPQA 3PLAA 1A5XA 5C12A 3KJVA 2QXFA 4DQPA 1UA0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9O A;  3E66 A;  4JKE A;  3E9P A;  3SBT A;  4JKG A;  4JK9 A;  4JKA A;  4ILG B;  4ILH A;  4ILJ A;  4JK7 A;  3ENB A;  4JKH A;  4JKB A;  4JKC A;  4JKD A;  4JKG B;  4JKF A;  3E9L A;  4JK8 A;  3SBG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G4S N;  4A59 A;  3LWL A;  1J5O A;  4LF8 K;  3HJF A;  1ATS A;  3C6A A;  3U8Z A;  1GG3 A;  4CGJ A;  4IFE A;  4BE1 A;  4B3S K;  3BDP A;  4GY2 B;  4DSJ A;  5AJ3 K;  4HDO A;  1NOZ A;  4FPA A;  4NB4 A;  2CGJ A;  4O5B A;  4LFC K;  1RBU A;  3KKS A;  3QIN A;  3KIO A;  1E4F T;  4CCH A;  1KXP A;  3AVL A;  4FJG A;  5E84 A;  4YOR A;  3SUP A;  5BN9 A;  1QQC A;  2QWL A;  1C1A A;  3GL1 A;  1E4G T;  1F21 A;  3AGK A;  3MEG A;  4DFK A;  4LF9 K;  3E9P A;  1BOT O;  4KHU A;  4Y1C A;  3MN5 A;  3RMC A;  3HYF A;  4NCA A;  5J2P A;  2GUI A;  1BA1 A;  4BRA A;  1WSG A;  3TAN A;  4H4M A;  2DPN A;  3TAM A;  3THW A;  3RMD A;  3CI5 A;  4KAZ A;  2E4L A;  3UKU B;  4M41 A;  2UUC K;  2HVI A;  5D3G A;  5M1P A;  4PHT X;  2P9I B;  2KFN A;  4RW4 A;  3CER A;  3VQ7 A;  5HRR A;  3A5O C;  3K5M A;  1W2B M;  3EL2 A;  1ZC6 A;  2P9U A;  3S41 A;  4O0J A;  3CQY A;  1IJJ A;  4Z4H A;  1RDC A;  2QA4 N;  1C0U A;  3DOL A;  1TGO A;  4DB3 A;  1GLA G;  2OPR A;  4BRI A;  5AZI B;  4B9L A;  4FJ9 A;  4B3R K;  2NRV A;  1EO1 A;  3NHG A;  4OGE A;  5AQF A; 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