4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
2RKIA 3AO4A 3SV4A 3K57A 3AVLA 1LWCA 4CEOA 3QETA 4ZTJA 3NH1A 2HNDA 4DLGA 2IS3A 3QEXA 1RBVA 1VK0A 2X6NA 4CF0A 3HP9A 4DSKA 4HCCA 3V4IA 4PQUA 1GOBA 3OS1A 4DQQA 4DFKA 3NF7A 1FXXA 4CEQA 5FRNA 3DRRA 3DLKA 3TABA 4Y1CA 5HBMA 4DS5A 4JRPA 3SUOA 4C8LA 2F8SA 3LAMA 4PY5A 2VWJA 3SQ2A 1RBRA 3NF6A 4DTMA 1KTQA 1WN7A 4FJGA 3RWUA 4FJKA 4FLWA 3QEPA 4DTOA 4KHQA 1HNIA 4FZXC 2KTQA 2YHBA 4GMJB 1VRTA 2IOCA 3VQ6A 1TKXA 2HHSA 4RW6A 4EZ9A 3NH0A 1WAFA 2Y1IA 4B9MA 4LH4A 3SJJA 4CHOA 4DMNA 3P5JA 1U48A 3O4NA 4O4GA 3HVRA 1B9DA 3OYEA 4CJUA 4AH9A 1S9EA 4FK2A 3EY1A 1J53A 3AVGA 2NUBA 4O0JA 4DTSA 3TAPA 3L2RA 4BE1A 2A1RA 4DFPA 1NOZA 1XI1A 2B4JA 4KPYA 3TAFA 1JKHA 1JXBA 3HT3A 5D3GA 5EU7A 4CFAA 3L2QA 1J5OA 3KK3A 1WSFA 4Q5VA 4Z4GA 3LDSA 3RRHA 1S1XA 3G10A 2ITGA 1BIZA 1RT5A 4CJ4A 4RW9A 3T19A 2HNZA 4CJRA 4QCLA 3AVNA 4FJ5A 3THVA 5KGWA 4I2QA 1X9WA 4IKFA 4E1NA 4ID5A 3PV8A 4CFBA 2HB5A 3DRSA 4PA1A 1U47A 1ZBIA 1ASUA 3M8PA 1ZBUA 3DOKA 1RTIA 4F4KA 3S3MA 2YKNA 3DMJA 5CYMA 1TKDA 3BDPA 5JS1A 3QEWA 2G8HA 1S1UA 4FVMA 1Q8IA 3JSMA 4FJNA 1NK7A 1TAUA 1XHZA 4C8MA 3K5NA 4CJ3A 1YTAA 4KHUA 1IKVA 4Z4FA 4DTRA 5J2PA 1RDAA 1VSLA 1VRUA 1Z26A 4HUFA 3QEIA 3TARA 4KHWA 4CJPA 2HHVA 2X74A 3S9HA 4DF8A 3TR8A 1TKZA 1S6QA 3L8BA 3T1AA 4FJ8A 4BDZA 2Y1JA 4KTQA 4RW7A 3AVAA 4LSLA 1U04A 3O3GA 4AHTA 4FJLA 4CF2A 4CEBA 3KTQA 3LALA 3VN5A 4E19A 1BISA 3TWHA 3SV3A 1BI4B 4OJRA 4IFYA 4AHCA 2E4LA 4B8AB 4DQSA 4CJFA 4M3TA 4DFMA 3I8DA 1KSPA 5FRMA 3VQDA 1T05A 1Q9YA 4RG8A 4FM1A 3L3UA 4DSJA 3QIOA 2YV0X 3LPUA 1KVAA 1L3SA 1A5VA 4CEZA 1ZBFA 3FFIA 5T7BA 2D0CA 3DLEA 3SPYA 1X9SA 4QAGA 4CERA 4UQGA 1X9MA 5HRNA 4N5SA 2P51A 4M41A 1NJYA 1BQNA 4NCBA 1C1CA 3P1GA 1WSEA 5KRSA 3D45A 4CHQA 4HUGA 2HHWA 1LAVA 1REVA 3SQ0A 2VG7A 4CEEA 4MFBA 4AILC 3U6FA 1QTMA 2Z1IA 3KIOA 2FBYA 1RNHA 4K8ZA 4KREA 2YHAA 5CY4A 4HVJA 4C8KA 3OJSA 1EP4A 3KD5E 3AVBA 2HHTA 3NGIA 4AHUA 3OYIA 1TK5A 5C25A 4FLYA 3HPGA 3O3HA 4DQPA 1NJZA 4FJMA 4FYDA 5K14A 3SUPA 3D0PA 1QSSA 1BCMA 2P1JA 5C42A 3H08A 4DF4A 1NKCA 1WSGA 4E0DA 4I9QA 3CFOA 1N5YA 4G1QA 1RT6A 2FBVA 5HROA 1CXQA 1O1WA 3LPTA 1K6YA 3KKSA 3EYZA 2G8UA 3DLGA 5HRSA 4W5RA 1DTTA 3KLHA 3VA0A 3AVHA 2XHBA 1U49A 4BDYA 1ITGA 1NK5A 4M42A 1MU2A 4NCAA 1ZBHA 2P5OA 4CIEA 3C94A 3TAQA 1C1BA 1FKPA 4CGFA 3OYJA 3AO5A 1UAXA 3DI6A 3MECA 3AVCA 4C8NA 4FM0A 2XY6A 3PX6A 1CZ9A 4OKKA 4B8CA 2XO7A 1UA0A 5HLFA 2FBXA 3QEVA 2KZZA 3KJVA 3NCIA 2PZSA 1HMVA 1SL2A 2KFZA 4CF9A 3AA4A 3IG1A 1S1TA 4O5BA 4BWMA 3PUFA 2FBTA 1EKEA 4RW8A 1JLGA 4CCHA 4OVLA 5CZ1A 4DTUA 4FK0A 1Y97A 3ITHA 3AVFA 4DTJA 1NK8A 2IC3A 2KFNA 4LSNA 3AVMA 1XC9A 4CJ5A 1TAQA 2XY8A 3ZT1A 3HSTB 3RR8A 3U3GA 4OGEA 2HMIA 4DSLA 3VQPA 1EXQA 3A2FA 1T03A 4CK2A 1NK6A 3RR7A 2Z1HA 4O0IA 3AO1A 3KLIA 1CZBA 3C95A 3O3FA 5KGXA 4Q0BA 1FKOA 3F9KA 3OYLA 3F73A 5I42A 3AA5X 1L5UA 1IO2A 5I3UA 2PYLA 3ZSZA 1NOYA 3PY8A 3MEDA 4IG0A 4AHVA 4FLVA 3CYMA 3V9XA 1S9GA 4DSEA 1LW2A 3RMCA 3NAEA 4JRQA 1U4BA 4KAZA 2DY4A 4B9VA 4FLXA 1TL1A 1WNSA 3VQ5A 2PYJA 4CJLA 1EX4A 1JL1A 4Z4IA 3LZIA 2BE2A 3OYAA 1D5AA 2HNYA 4HTUA 4BE2A 3V9ZA 4DFJA 4FJHA 4FJ7A 1TGOA 2RN2A 3DOLA 3G0ZA 2F8TA 3DLHA 2B5JA 1J54A 4DU3A 1VSMA 3V9WA 4DSIA 3MAQA 4KKOA 2GV9A 1BHLA 2OPRA 2Z1GA 3NF9A 1IH7A 3QLHA 1WAJA 2ATQA 4OPJA 3QIPA 3B6PA 3B6OA 2R7YA 2YNIA 2WONA 2G8FA 2XY7A 3CG7A 3VQ9A 1VSKA 4XIUA 4F3TA 1KVBA 3AVKA 1A5WA 2FC0A 4OGCA 4DWIA 3IAYA 1TV6A 2WOMA 4CHYA 4JS5A 3RMBA 1LV5A 4KB0A 4LD0A 3QINA 3KLFA 3K2PA 2OZMA 3V1OA 1W9HA 1YVUA 2HHQA 1RDDA 2ZQBA 4IG3A 4M3ZA 5DMRA 4N47A 4FK4A 1X1PA 3AO3A 3SYZA 4ELTA 1BCOA 4DTXA 2HW3A 1HRHA 1RDBA 1RBSA 2LSNA 4HCBA 1KVCA 1RTJA 1S5JA 1FK9A 3CM6A 3ZT3A 3MXMA 2D0AA 4N41A 1B92A 1VSJA 1W0HA 4H4OA 4ZTFA 4OKEA 2BDPA 3SUQA 4GVMA 3KD1E 4F2RA 1J9AA 3AV9A 2VG5A 3LP2A 5JS2A 3VQQA 2XY5A 3V1QA 5J1EA 3OYKA 3ZSXA 5SWMA 1HYZA 3U3YA 1QHTA 3V9SA 3IRXA 3ZT2A 3LP3A 4E7JA 4CGDA 5KI6A 4B9UA 1RCHA 2VWKA 3DRPA 1UOCA 4CEAA 2RF2A 3LP1A 1TK0A 3HXMA 2JGUA 2QKBA 1SKWA 3QNOA 3TI0A 4W5OA 4BWJA 4CK1A 4LH5A 4KRFA 4M3UA 5HRPA 1VSEA 2KZMA 1KFSA 1A5XA 3DYAA 4KO0A 4H4MA 1HJRA 4DU1A 3MXIA 3WNFA 4E7KA 3ZCMA 3M8RA 3M8SA 3RMAA 3PO4A 4YNQA 1EETA 4K8XA 3HO1A 3OJUA 4NYNA 1SUQA 3HYFA 4OPKA 4DS4A 3OYFA 1LWEA 4DQRA 1ASVA 1GOAA 2YKMA 4W5TA 1XWLA 1WSIA 1HQEA 4CJQA 1JLFA 4FM2A 1NK9A 3K5LA 3HK2A 4J2DA 3E01A 4IBNA 2P5GA 4GW6A 1KLMA 4W5QA 3NF8A 1BL3A 5HRRA 1DTQA 5J2MA 2G8WA 1CXUA 1WSHA 1YT3A 1D8YA 3NBPA 4QOZB 4CEDA 1RT7A 1SV5A 4F3OA 1C1AA 4KTZA 1SL1A 1NJXA 4FLZA 1YTUA 2YNFA 4RW4A 2ZE2A 2VG6A 1QSYA 1RT3A 4KV8A 5CYQA 4E7LA 1SKSA 4CF8A 1RBUA 4CIGA 4I7FA 3AVJA 3CFPA 4L8RB 3ZT0A 3SCXA 3TAMA 4HHTA 4AHSA 1BIUA 1NKBA 3UIQA 2A1SA 3VQ8A 3NGYA 4J2EA 4M3YA 4FXDA 2E6LA 1NJWA 4FCYA 3DM2A 1HNVA 4CFDA 4E89A 4BACA 4IFVA 3ZSVA 1I39A 3L2WA 2G8VA 4N76A 4KTWA 2IAJA 4W5NA 1VSHA 1D9DA 5FROA 3LWLA 3K58A 1L3TA 4B9TA 3OYMA 4CJKA 2OPPA 4ZHRA 1IKWA 2HVIA 2RPIA 4BE0A 3RTVA 4KHSA 2DTUA 1C6VA 4M3XA 1IKXA 1LW0A 3DLRA 3SPZA 1JLEA 4EP5A 4CGJA 3O4QA 2OA8A 2G8IA 1RT4A 4DSFA 2DFHA 1NKEA 3NFAA 3VQBA 3QO9A 1U45A 3K5MA 1LAWA 3L2UA 1HQUA 1JLQA 3CM5A 3TANA 1BQMA 3OYNA 2OPQA 3AA2A 1HYVA 3ZSWA 3NGZA 3T3FA 3QNNA 2D0BA 4YFUA 4M3RA 3SI6A 3ISNC 4M3WA 3DLBA 3V6DA 3LWMA 4F8RA 1XHXA 1UWBA 4ICLA 5KTQA 1BGXT 3OY9A 3TAGA 1HYSA 1JXEA 2OPSA 3HM9A 3L2VA 3VQ4A 1WSJA 3MXJA 3C6TA 2JLEA 2ZD1A 1GOCA 1L3UA 1RTDA 3SZ2A 4R5PA 5KRTA 3OS0A 3KLGA 1RDCA 3L3VA 3ZSOA 4E7IA 3ALYA 3PX0A 4PWDA 1QE1A 3LP0A 4B9SA 4B08A 3V1RA 3CQ8A 3HL8A 3RMDA 4NYFA 4DTNA 3HVTA 1KFDA 4O44A 5E41A 2OZSA 3KLEA 3OYBA 4CK3A 4CHPA 4E3SA 1JLBA 1DLOA 4NCGA 4CJWA 3ZT4A 4B3OA 3SQ1A 2QKKA 2IGIA 4Z4CA 4BDPA 3ZSYA 1C0TA 3AA3A 3HPOA 1T8EA 1ZYQA 4OLBA 3PX4A 1IKYA 1L3VA 4ID1A 2W42A 2G8KA 1R0AA 3SUNA 1I3AA 3KKRA 4E1MA 4O55A 3NDKA 4FJJA 4JS4A 1B9FA 2PY5A 5C24A 4N56A 3OS2A 4FZYA 4CJTA 2X6SA 4FW1A 3ASMA 4DTPA 3M8QA 5FDLA 3VQEA 1T7PA 3I0RA 3OYHA 3LANA 4FLTA 3SQ4A 4FW2A 1KRPA 2BGGA 1TKTA 4CFCA 1QQCA 3OYGA 4H8KA 4KI4A 3NE6A 2Z1JA 3OYDA 2OYQA 2EHGA 1NK0A 1QS4A 4B9LA 4ELVA 4ELUA 1Q9XA 3V81A 2ETJA 3OVNA 4CECA 2AJQA 4CESA 4KI6A 2E6MA 1N6QA 1HPZA 3I0SA 4FJ9A 2O4IA 1RBTA 3EZ5A 1JLCA 4FLUA 1KLNA 4FZZA 5DK5A 4CGHA 4AHRA 3VQAA 3ULDA 1ZBLA 4J2AA 4FJXA 4OLAA 4Z4HA 3LAKA 4E7HA 3C6UA 4MQ3A 1G15A 4CJEA 4DU4A 4CE9A 3P83D 1VSIA 1TL3A 4KHYA 4CGGA 3PO5A 1D9FA 1RT2A 2O4GA 2KQ2A 1UA1A 4J2BA 5CZ2A 2GBZA 2YNGA 2D5RA 3HPHA 5J2NA 1QSLA 1BI4A 4JLHA 2EX3A 2Q3SA 3BGRA 4IDKA 3KK1A 2QK9A 2HVHA 4DQIA 4OKJA 2YNHA 2I5JA 4CHZA 2DFEA 4F2SA 1S6PA 3WNGA 2X78A 3VQCA 1RT1A 1WLJA 3MEEA 3KK2A 4Y1DA 1SKRA 2BANA 4DLEA 4I2PA 3OYCA 1KCFA 2KW4A 3HJFA 3VA3A 1Z25A 4C8OA 3CFRA 3LZJA 3ZSQA 4CJVA 4HUEA 3QESA 5HP1A 1S1VA 1TK8A 1IG9A 1C0UA 1CLQA 2F96A 5J2QA 4EP4A 1ASWA 3VQ7A 4CEFA 3MEGA 1VSDA 2B6AA 1JL2A 4Z4EA 1RILA 4CJSA 3RRGA 2DFFA 4I9LA 4TSXA 3WNHA 4KB1A 3TAEA 1C0MA 1VSFA 1SL0A 1NK4A 4EZ6A 4Z0UA 3AVIA 4CIFA 4CHNA 2HHUA 4CGIA 1LWFA 3JYTA 2GUIA 4WE1A 3S3OA 4PUOA 3NH2A 2QXFA 3QERA 4FJIA 1RTHA 3SNNA 3WNEA 2IDOA 3K5OA 3S3NA 1F21A 3ZSRA 3NHGA 1TVRA 4B9NA 4DG1A 3HP6A 4KHNA 4M45A 3V9UA 1S1WA 3AO2A 2HHXA 2XRIA 4KFBA 4LY7A 1JLAA 5SZTA 4CF1A 3IS9A 3K59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RKIA 3QETA 1IJJA 1LWCA 4BVPA 4CEOA 2ZF5O 3NH1A 4Z4IA 2IS3A 2X6NA 3V4IA 4DQQA 3DRRA 3DLKA 4PKHA 3C6HA 4Y1CA 5HBMA 1YI2N 4PY5A 4C8LA 3LAMA 2VWJA 5AQPA 5GAGP 3SQ2A 1RBRA 5AZIB 1WN7A 4FJGA 3K9JA 4DTOA 4KHQA 4FZXC 2YHBA 1Y64A 3QDKA 3NH0A 4HWIA 4B9MA 2UUAK 3P5JA 1M90O 3O4NA 4O4GA 4FK2A 1J53A 3D6RA 3EZWA 3SAHA 3N4QA 2Q31A 1I94K 3L2RA 4JNEA 1NOZA 4DFPA 2B4JA 1XI1A 3HT3A 3GBTA 3L2QA 1GLEG 1WSFA 3CXCM 3LDSA 3RRHA 1RT5A 3SBGA 3T19A 4CJRA 4QCLA 4CZHA 5KGWA 4IKFA 1ZBIA 3O08A 1ZBUA 3DOKA 1RTIA 5BRFA 3QEWA 1Q8IA 3B8AX 1NK7A 4FVUA 4C8MA 1YTAA 5J2PA 3O80A 4HUFA 1VQLN 3QEIA 3OHRA 4KHWA 2A3ZA 3CD6N 4BDZA 3O3GA 5AJ3K 3E9LA 3SV3A 3TWHA 4DQSA 4CJFA 1VQMN 5DM6L 2YI1A 3FFIA 1N34K 3MWPA 1V4TA 3P31A 4UQGA 1X9MA 5HRNA 4N5SA 3ULEB 2A41A 1NJYA 3TU5A 3WXKA 3P1GA 4JV5K 2YHWA 2GTDA 3T1HK 2HHWA 3OA9A 1E4GT 1REVA 4JHDA 4KH5A 3VMFB 3U6FA 2VWBA 1QTMA 3VERA 2FBYA 1DEJA 3WQUA 4X66K 1YJWN 4LF4K 4BVOA 1VQNN 2FSNA 4IOCL 1EP4A 3CC4N 3AVBA 3DXMA 2HHTA 4JI7K 4JI4K 3OYIA 4FLYA 4DQPA 4OX9K 1QSSA 1BCMA 2P1JA 3SLCA 3CFOA 5AQHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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