4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
1R59O 2D0PA 1BUPA 2A40A 1JCEA 2BTFA 2GELA 5AZJB 1ATRA 2P9SA 3ZETB 4EZUA 3MDQA 4FWKA 1MWKA 1NGBA 2QWOA 5AZIA 2A5XA 1CKRA 4WYBA 3DPQA 4A2BA 1RDWX 2D1KA 4IWVA 3LDQA 4CBWA 2YHWA 3DXKB 3LL3A 4FSVA 3FZFA 1XC3A 4PO2A 3AAQA 1TYQA 5BPNA 1HPMA 3ENHA 1Z05A 3EL2A 4R5IA 3EO3A 4MO4A 2BUPA 3QDKA 1E4GT 1V4TA 2V7ZA 4YDUA 1U2VA 1ATSA 1X3NA 3TU5A 3FZLA 5ADXH 2E2OA 1HKCA 3FZHA 3WUHA 1BWFO 3DPOA 1JCGA 2GUPA 4H0YB 4JD2B 5F1XA 2VCPA 4BR9A 4H6HA 1WOQA 3H0XA 1NGHA 5AQIA 2AP1A 3VENA 4EZRA 2GWKA 4CZJA 3VETA 1GLCG 3ZX2A 4FPAA 3C7NB 2W40A 1BDGA 3AARA 4PKIA 5F2RA 5KPRA 1P8ZA 2P9NA 4CZGA 4IZ9A 4QS7A 3H1VX 2E1YA 3OHRA 3DPPA 4K25A 3VEVA 2HMPA 2HOEA 3VGKA 1K8KB 3LDOA 3TPQA 5CE3A 3T46A 1NGCA 4BGBA 1OKJA 1Q18A 3OHXM 3DOBA 4B1YB 2FSNA 1GLAG 2HF4A 4BRAA 3WQTA 4E1JA 2E88A 1C0FA 2E20A 2PBDA 3O5BA 1SQKA 2ZGZA 5AQUA 1GLJO 4H5NA 3ZEUB 1U00A 1DKGD 3ZX0A 1RGIA 1ZC6A 5LJWA 4EZYA 2WINM 3HSCA 1BU6O 4Z94A 2CH5A 3R9PA 4KBOA 4XH4A 4JN4A 4LC9B 2H3GX 4BRGA 3P4IA 5EY4A 3ENOA 2YJEA 4CZKA 2QWPA 2IVPA 2W41A 2V51B 4CZFA 2HF3A 2IVOA 3RSEB 5AQOA 4AM7A 3FZKA 3VEXA 5AFUH 4H0PA 3M1FA 4WQ4A 2I7NA 3M3ZA 3VGMA 1DKXA 3CJCA 4BR4A 5BPLA 2A42A 2OP6A 2Q97A 4H6IA 2E8AA 2E2NA 2YCHA 1S3XA 3VEYA 4IXCA 4JWDA 3U4LA 3LDLA 1KAXA 2FXUA 4K41A 3J8AA 4CBUA 2P9KA 3MN5A 2P9SB 1X3MA 2ASOA 3GBTA 4BRMA 4PKGA 3WXKA 4K43A 1NGGA 2CGLA 4L3QA 3HBTA 4BQLA 2A3ZA 2F9WA 3O6WA 3IUCA 4B1XB 3H1QA 4I6MA 5AQMA 4EZSA 2F9TA 3IMXA 1HX1A 4EFHA 3VEOA 4R5LA 5BREA 2Q36A 3BP8A 3MMVA 2P9LA 3DXMB 4Y0WA 5AQTA 1Y64A 4CZMA 1KAZA 4FWQA 3QMLA 3QBXA 2FF6A 5BR9A 2ZGYA 1QZ5A 4M7XA 3G25A 4EZVA 3SMSA 4DB3A 3VEZA 2Q0UA 4HY9A 3WXIA 2Q31A 4PL7A 1U2VB 1HKGA 2VWBA 5FPNA 3UKRA 4FWMA 1T6CA 2YHXA 1D4XA 3R6MA 5LJVA 2P9UB 1S22A 3M6GA 5AQKA 3UKUB 4BC2A 2E2QA 5B8HA 3D2EA 4WQ5A 3KZBA 5AQYA 1NGDA 4H5WA 4BQZA 3H45C 3D2FA 4WQ4C 4EZNA 5AQNA 3A8YA 3WXLA 4A62A 1NGFA 4CZEA 4B1UB 1GLDG 3CETA 3U9ZA 2DPNA 2P9PB 1JCFA 1GLLO 1ZBSA 3GL1A 2E1ZA 4H03B 1GLBG 4FOIA 3HTVA 2QW9A 3VEWA 5AZJA 2YI1A 3JS6A 3ZETA 3WEEB 4FWSA 1J6ZA 3O4WA 5ADXA 5KQDA 4JWIA 3F9MA 1H1VA 4M7YA 4EHTA 3DXKA 2D0OA 4FWOA 3MK6A 3ATVA 2YHYA 1YUWA 2ITMA 4CZLA 3IFRA 2WUSA 2NLXA 4E81A 3D7EO 4JWEA 4EZWA 2CGKA 4JNFA 5AQLA 3CERA 4CI6A 2Q2RA 4H0OA 4HTLA 3GG4A 2NRHA 3ULEB 2GWJA 4R5JA 1BPRA 3A5MC 4JD2A 3I33A 3O1BA 5AQGA 3FR0A 3FFKB 1SAZA 1IG8A 3VF4A 2QWQA 4WQ5C 4DHYA 2QFFA 3R8EA 3SK3A 4BRHA 2FSKA 3EZWA 4YDUC 1XQSC 2IVNA 5BRHA 5JLFA 3O08A 4CJ7A 3LM2A 4EZPA 4O8KA 4JNEA 3A5NC 4JAXA 3FGUA 3SMPA 4F00A 3MN6A 5AQHA 4BG8A 4BVPA 4JWCA 3CQXA 2P9IB 3GE1A 2GEMA 1QHAA 4BC4A 1NGJA 4FOEA 1BO5O 1LOTB 4R5KA 4BRIA 3KVGA 4IJAA 4BRQA 5BN8A 4QS8A 5ELZA 5I9EB 4BGAA 1MDUB 1RFQA 3SLCA 1K8KA 5EX5A 3CQYA 3ATUA 4EZOA 4JHDB 4EAHD 3HI0A 5BN9A 4AM6A 3H6EA 2PAVA 1BA1A 1YVNA 1EQYA 3IDHA 5AFUA 5JLHA 3T4AG 4FWPA 1T44A 4J8FA 5EXWA 3UE5A 1YXQA 4EZTA 3ZEUA 1GLFO 5AZIB 2BPRA 5AQRA 3EN9A 4C23A 4BRPA 3CHWA 1MA9B 1MWMA 4MO5A 5AQFA 4H0VB 3QB0A 5BRDA 4IJNA 1Q5LA 4H0XB 4BRFA 3H3NO 1TYQB 3T48A 1NMDA 4EZQA 1CZAN 4RTFD 4BC3A 4DQ8A 2AA4A 4WV7A 3SJHA 4WV5A 4XH1A 3GOIA 3N8EA 1NGAA 3CJ1A 2Q1NA 2KHOA 3VPZA 2CH6A 1V4SA 2GTDA 4BG9A 5FPDA 3EKUA 1NLVA 4MLEA 4PKHA 3QBWA 4BRNA 2QXLA 3LDNA 5KPZA 1HLUA 3T47A 1SZ2A 3C0BA 5BPMA 7HSCA 2FF3B 4FPBA 2ASPA 4R5GA 4EIAA 3CJBA 1ESVA 4B9QA 3ID8A 3U9DA 2V52B 3HZ6A 1LCUA 3VGLA 4MLHA 2FLOA 4IO8A 3DXMA 5AQPA 1C0GA 3HM8A 2P9NB 4CD1A 1ATNA 1U6ZA 3AAPA 1QQNA 1NGEA 3O80A 5AQJA 4RWTA 2OANA 2FSJA 1QZ6A 4A2AA 3L3OM 1HJOA 4BVOA 3S41A 3AY9A 4BR7A 5TKYA 2QM1A 2QWRA 4HYBA 2QWNA 4CBXA 3O1WA 3WT0A 3QNJA 2I7PA 3KHYA 3A5OC 2A6AA 1E4FT 4B1ZA 3QFUA 5EVZA 2P9UA 4A61A 2ZWHA 3UKUA 4RCHA 3MCPA 1HKBA 3UB5A 4B1VA 4B1WB 4BC5A 3O8MA 4BRLA 2UYTA 5BRFA 3A0IX 4GY2B 3BUZB 3T49A 3VESA 4QS9A 1YAGA 4NO7A 2P9PA 1TUUA 4M63C 5E26A 3VF6A 4BREA 3CJ7A 1NGIA 3CI5A 1IJJA 1XUPO 5FPEA 3L0QA 4BROA 1G99A 4ISFA 4F01A 4FWRA 4NB4A 1BA0A 3WEEA 4EZXA 1NM1A 3ZX3A 4H5VA 4EZZA 3DQGA 3CJAA 4GNIA 3VERA 4O5FA 2E2PA 4EHUA 4CZHA 3C7NA 3L6QA 4BR2A 2A41A 1DKZA 1BG3A 3VF2A 4FWNA 1TUYA 5AQZA 3BEXA 2P9KB 4K42A 5EOYA 4ISEA 2EWSA 3GDQA 3QFPA 4FO0A 5AQQA 2NZTA 2ZF5O 3BF1A 2ASMA 4HWIA 3I8BA 3L4IA 4H5TA 5JMVA 3FLCO 2Q0RA 4I6MB 1WUAA 3WXJA 2J4RA 3LM9A 3JXUA 3W0LA 5AQSA 2P9LB 3DWLA 1ZXOA 4H5RA 5LY3A 1T6DA 2YJFA 3ULEA 1KAYA 5KQ8A 4XH5A 3H3OB 4FL9A 3B8AX 1GLEG 4FWLA 1DGKN 3U8XA 4BRKA 4BR5A 3MN9A 3H46O 5JICA 1DG4A 5AR0A 1X9JA 4CZIA 1QQOA 3VOVA 3CJ9A 3MN7A 3UKRB 4BR0A 2QWMA 1HUXA 3WQUA 3FZMA 3DJCA 3CIPA 4CD3A 4XEIA 3A5LC 5AQVA 4BRDA 5E84A 2CGJA 4ISGA 3EKSA 3FE1A 1QQMA 2P9IA 3RSEA 1NBWA 2VYPA 3QICA 3D2EB 5AQXA 4DCHA 1Z6RA 3D2FB 4BRCA 1NWKA 3BF3A 3DAWA 3LDPA 4PL8A 1BOTO 5AQWA 2QWLA 4JHDA 1KXPA 1DKYA 2V7YA 4H0TB 5KPTA 3W3DA 4F9OA 5F0XA 5FPMA 2D4WA 1DEJA 2IIRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R59O 5C5BB 2GELA 4EZUA 3MDQA 3Q7BA 1OAOA 4FWKA 1HWWA 2A5XA 3PX4A 1HTYA 4BE0A 3DPQA 2D1KA 1CZBA 4JKBA 3SBTA 4E89A 1TK8A 4AHRA 4Z4CA 2X6NA 3B6PA 1QTMA 1Z05A 2RHKA 4MO4A 4JS4A 3QDKA 4DV4K 1X9SA 5C2DA 2C08A 5C25A 4JL9A 3HYFA 1X3NA 3TU5A 5ADXH 2O8CB 3NF9A 1RBRA 3NGIA 3OYIA 2GUPA 4FK4A 1X03A 1NNEA 5F1XA 4YOUA 2P1JA 4OX9K 2VCPA 3B6OA 3S9HA 2QEXN 1HMVA 2PYJA 1MU2A 4BDZA 1NKCA 4EZRA 2GWKA 1IKXA 4YOWA 3LWMA 3E9LA 3AA4A 2C1GA 1VQ7N 3P31A 3VMFB 4DV2K 1WSFA 4CJQA 2RT6A 1VSEA 2F18A 3OTOK 5BR8K 2W40A 4PKIA 5F2RA 5KPRA 3SQ1A 4FZSA 3SQ0A 4CZGA 4IZ9A 4QS7A 4DUZK 2E1YA 2YLLA 3D52A 4ATMA 2HBKA 4FLUA 3LLLA 2HMPA 1VSMA 1K8KB 3TPQA 3TARA 2UU9K 4DV3K 4BGBA 1OKJA 1JLAA 4HHTA 1IKYA 4O55A 3EJRA 3P1GA 3AA5X 4E7KA 3O9TA 4B9LA 3DX2A 1ZBHA 4JKDA 1KFSA 1ASUA 1M1KO 2C1IA 1GLJO 1U00A 3ZX0A 1JLFA 4MFBA 3R9PA 4DF4A 4BRGA 4CHPA 3LZIA 4DFMA 5EY4A 3ENOA 4CZKA 3B51X 4KHYA 2V51B 4CZFA 2YV0X 1J5EK 2QI2A 1VQNN 5AFUH 1DLOA 4WQ4A 3HP6A 3CJCA 4BR4A 1QWNA 5BPLA 2A42A 3HM9A 3DLBA 4H6IA 3C6AA 3K5NA 3TAGA 4JWDA 4AZGA 3U4LA 1T05A 1HQUA 3RV1A 3CCJN 1EWQA 2P9KA 4AILC 2WC9A 2P9SB 4BRMA 5HL7L 3ZT0A 4EP5A 4FM3A 1G15A 2EWFA 1OVYA 3IUCA 4IM3A 4IFEA 4I6MA 5AQMA 1WN7A 4EZSA 1JLEA 2F7OA 1HX1A 1Y2OA 4R5LA 3L2UA 2Q36A 5AQTA 2B5JA 5FROA 3QBXA 1QZ5A 1LWEA 2RKIA 3SMSA 1JLQA 2KW4A 4HY9A 1KQSM 4PL7A 2YIAA 1IO2A 2DFEA 4W5TA 2PFUA 3AA3A 4DR2K 1J5OA 4F3TA 1VRUA 1X9MA 1WAFA 4LF9K 1T6CA 3TABA 3CCMN 1D9FA 3R1XA 1HNVA 3RV0A 4FM0A 4B9UA 4AZHA 1K9MO 2HHUA 5AQYA 4DU3A 5JVGL 2OZNB 3H45C 4EZNA 1C0TA 3A8YA 3WXLA 1NGFA 4B1UB 3AGRA 4FK2A 2DPNA 1S72N 1GLLO 1ZBSA 1BHLA 2E1ZA 3HTVA 4A5BA 4ILHA 4GV3A 3IG1A 2HBLA 3NVKA 4CEDA 2GX9A 4JWIA 2WFBA 4JI6K 3LANA 2KLAA 2XY6A 3MECA 5TKWA 3VQ7A 4EHTA 1C1CA 4LFAK 4ELTA 3AVKA 1XNQK 2GUIA 3E9PA 4CZLA 4E1NA 3M8SA 3VQQA 2W00A 4JWEA 4EZWA 4KKOA 3I39X 3IKMA 4X62K 1RBVA 3D0PA 3CERA 4CI6A 5HRSA 4Z4IA 4AZ6A 3NH1A 4DLEA 2OW7A 3THXA 1SL1A 2NRHA 3ULEB 4LF4K 3BVXA 2GWJA 2OPPA 2G8VA 4AHCA 3I33A 5AQGA 4FXDA 2A1RA 1SAZA 2XY8A 2QWQA 4WQ5C 4LFBK 3K58A 3L8BA 3SK3A 1QVGM 1XQSC 3HVTA 3G9GA 3FGUA 4F00A 2ND1A 3MN6A 4BVPA 3NE6A 4J2DA 3GE1A 2GEMA 3ZSWA 4BRIA 3KVGA 5BN8A 3Q0KA 1JKHA 5T7BA 4IDKA 3VQ8A 3I2WA 4LF5K 1HNWK 4MDAA 1RBSA 4WFAL 3BUQA 3TI0A 3M8RA 1BA1A 1KTQA 1YVNA 4DSKA 3IDHA 5IWAK 4Q0BA 3F7WA 3ZYYX 4PQUA 4DKWA 1T44A 3NF6A 3CFPA 1VQKN 1JLCA 1GLFO 4C23A 3O3OB 4BRPA 3OW2M 4BWMA 4XIUA 3QB0A 4CCHA 1REVA 1Q5LA 3SBTB 3RPMA 4M42A 1BCMA 2LXYA 4DV0K 4EZQA 4FM2A 3OYDA 4BC3A 3E66A 4WV7A 3SJHA 4WV5A 4XH1A 2BDPA 2Q1NA 4WFBL 3J81O 3HL8A 4CHYA 3VTIA 4RW9A 4IKFA 1KVBA 3H08A 2NCZA 4BRNA 3LDNA 5KPZA 3OJUA 2WOMA 3C0BA 7HSCA 2ASPA 4EIAA 1N36K 2UUAK 4H8SA 4KAZA 4FJJA 4DU4A 1UA1A 3ID8A 3I0RA 3U9DA 4CGJA 3K59A 3HZ6A 3T3FA 1YVUA 4E7HA 3LDSA 1Z25A 2YKMA 4X65K 3J7AP 1OVQA 3DXMA 5AQPA 1C0GA 4H4MA 4JKGA 4BECA 1ATNA 2JGUA 2O0I1 2X3VA 3AAPA 3NF7A 3SUQA 2RAJA 3MXIA 4LF8K 3I0SA 4A2AA 3L3OM 4IDHA 3S41A 3T1AA 1ASVA 5TKYA 2OBMA 4HYBA 4BWJA 2EFKA 4O0JA 1RDDA 3WT0A 3HP9A 4DFPA 5KRSA 4K8XA 2W6KA 1E4FT 2RF2A 1TKTA 3IS9A 1J54A 5EVZA 3UKUA 1WB9A 3HPOA 4YOVA 3HPGA 3CM5A 5FLEX 3EY1A 3SAFA 2F8SA 3O8MA 3BUPA 2YL9A 3ITHA 4EZ6A 3VESA 4QS9A 4KH4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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