4JTEA

Crystal structure of f114a mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
276
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAALARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLPLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis
total genus 85
structure length 251
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jteA00
5AHLA 1JRBA 5J5DA 4BF9A 1IXPA 2CZEA 3EX1A 4E2DA 4EOUA 1I4NA 1TRDA 1A5CA 4GUIA 3PBVA 3PG9A 1ME7A 5H2ZA 4DF2A 3LCIA 3UWYA 1ZFJA 3P60A 4XQ6A 4O14A 4MZ8A 2Y85A 3UY7A 3TE9A 3W84A 4XKYB 2E5CA 5AC8A 5AFDA 4OV9A 4RLIA 2IQTA 1OF6A 3TXZA 3O6YX 1H5YA 4UTJA 2QCDA 3GNDA 3B0UX 4JTGA 3TC6A 3LCWA 1SZGA 5CPNA 3BG5A 3NYZA 5F4XA 3HG4A 3TQVA 3W3OA 5HULA 3IRDA 2DZUA 2QUTA 2V30A 3PM6A 5FF7A 3QEZA 2R14A 1FCBA 3Q58A 3NQ8A 4C1KA 2Y7GA 5AOUA 5C6MA 3I7SA 1R47A 3R2GA 1KFBA 3EWXA 4DXVA 1VHNA 2J88A 2YDAA 4TIMA 1P1XA 3LV5A 4OT7A 3QF0A 4MZYA 4UFHA 3HQ1A 3CC1A 3GXNA 3SW6A 4Z1DA 3EXRA 3PSWA 3P8IA 1TTQA 5CKSA 1JUKA 2RFGA 4E0CA 2ABAA 1QCWA 4E2BA 3RF9A 4YL2A 1P5BA 5LZLA 1FDYA 3LTSA 1W3IA 1RR2A 4Z1CA 3BV4A 1YTEA 2A0NA 4O1CA 4I7WA 2A6NA 2GQAA 1DJNA 2DP3A 4LV4A 2A5HA 5DLCA 3W2JA 5K3VA 1OX6A 1ALDA 1TTPA 4O10A 4LV9A 3TMQA 3ZS4A 4Z1AA 3G1FA 5K4ZA 4N2YA 1V7YA 2NLIA 3C2FA 3QJAA 4PFMA 1QPNA 3P67A 1XC4A 3QC3A 5BOOA 2TSYA 4MUZA 3L0GA 3VNDA 5E1QA 4LVAA 1G6CA 2ZFAA 5FF3A 1M5WA 3UYCA 1JQVA 3GLCA 4LWWA 1KM1A 3L0NA 1VYPX 2AQWA 3QMSA 4XUGA 2V2HA 2ZA3A 2YYUA 1JR1A 5G4EA 3D0CA 1LBLA 3RLUA 3CLMA 3S9YA 4AH7A 1M7OA 5LSMA 2Y63A 1M6JA 3KVLA 2C6QA 3RNDA 3CU2A 1DL3A 1K3UA 1G4EA 5AC6A 4X3ZA 3UXAA 1IXNA 5KTLA 4AHOA 1GQNA 3AO0A 4NX0A 4K7YA 1TB3A 4YCOA 2YCEA 1KTNA 5CG7A 1C29A 2QAFA 3KVMA 6ALDA 1IXQA 4R53A 2FB2A 3L65A 5FEPA 2NV1A 5C55A 3UWZA 4Y96A 5LHEA 2CFFA 2AAMA 2CLFA 1SO5A 4HHPA 1LORA 2C3ZA 1JCJA 3MHGA 2G5WA 2RDTA 4XTIA 1XCFA 5DELA 4DQWA 4RXGA 1YDNA 1LZOA 5GVJA 3N3MA 4P2VA 4MYAA 2DZTA 1SO3A 3EWWA 5F2LA 2VEMA 3OG3A 2V2DA 3C4UA 3FLUA 1KFLA 2NV2A 5FESA 3NXFA 1ZENA 3JRKA 2Z0IA 4JICA 3ANYA 1AW1A 4BFAA 5G2IA 4ZMGA 4FB7A 5KSWA 1I45A 1TPH1 4EF9A 5K4XA 2NWSA 3HMJG 1OYBA 4IXXA 3NQAA 3LLDA 3PUOA 1VRDA 1JJKA 3W1XA 4Y6GA 3A21A 2J9YA 3GAYA 2B7QA 2H3DA 4A3UA 3EWUA 3QSTA 2GVLA 3EXTA 5EMUA 3SI9A 1WV2A 3M43A 1YADA 4UMAA 3W85A 2NUXA 3DFSA 4CNOA 2YPIA 4WUIA 1XUUA 1EB3A 1F05A 4FX8A 4GE8A 1G4PA 1TJPA 3LOTA 3LHYA 3LB0A 3M5VA 1X6UA 3S1VA 1K03A 5HINA 1O4UA 1TPB1 3WJXA 1BWLA 2A21A 3Q37A 4GUGA 1AL8A 3KVKA 1YLVA 1V5XA 2FTPA 1OK4A 3NQDA 3O06A 3FA5A 2NXHA 2HS6A 5LNUA 1FWNA 2CLMA 3PSVA 2YFOA 1K8ZA 1QDSA 4CQAA 1PIIA 3NZ1A 1FWWA 8TIMA 4QNWA 5DY3A 1TRIA 4LS2A 3JS3A 2GVJA 3P5YA 1Q6LA 4RXFA 4G1KA 2VOMA 2A4AA 3GB6A 2V81A 4IQLA 1QO2A 3W1PA 3V1PA 1ADOA 1EWDA 1PL9A 3BLEA 1LOSA 3CT7A 1R46A 1JCMP 1VYSX 1UUMA 3IGSA 3LTPA 3NEVA 1JCNA 3QW4B 2PRMA 2P0OA 1AW2A 1GTHA 2WSYA 3BPWA 3I7RA 3WK0A 5I3KA 3W7PA 4UTUA 3HGSA 1LP6A 4JXCA 4RKAA 3H55A 2ATMA 1UASA 1TO3A 3SZ8A 1OFQA 1SSDA 3LHVA 3QSRA 4O11A 5EY5A 3W83A 1OX4B 3MMTA 3HG5A 1UJPA 2XN1A 2Y7FA 4O4WA 5A5WA 3V75A 4BWLC 3ABSA 4WY0F 3CWNA 3G1HA 3M9YA 4UTWA 1KBIA 1Z48A 4ZQRA 1H7OA 3G8RA 2ISWA 1R30A 4N9CA 2CW6A 3MI2A 2VFEA 4O1BA 1LOLA 2H3BA 3GVGA 3A23A 5LNWA 1TV5A 5EKYA 1S3HA 1A50A 1F5ZA 5G2WA 2E6FA 4OQVA 3G18A 1DORA 2ZZ7A 4FIQA 3U6WA 3L9CA 3HPZA 4WZHA 3W2KA 3OBKA 5DCBA 5KZEA 1XI3A 2E77A 2OMAA 4CCCA 5AHFA 2QDGA 1UUOA 1QPOA 4H6KA 3PVFA 2ZRWA 3EX3A 4UFMA 2RDUA 5AHNA 4IGHA 2WO5A 5LGXA 3MP3A 1TPUA 1O95A 4QJ1A 3W9ZA 3G1SA 1GJPA 2WV8A 3Q94A 3DFPA 4HSOA 3MW7A 3W70A 1CX9A 5D09A 3UD6A 4CCDA 5AHMA 1H50A 1SFLA 4QAIA 4U28A 3C61A 1QNVA 1F7BA 4BR1A 2ZA1A 3PC0A 3NQMA 4MZ1A 2Y89A 1GYNA 2Y6ZA 4GNJA 4MOZA 1WOAA 5F2GA 1TYGA 2HS8A 2PRHA 3PUDA 2ALDA 4JTKA 4JTSA 4NJJA 3UXDA 2DZWA 4E38A 4DELA 1OJXA 1EWEA 3A24A 3MP5A 3DFQA 4MYXA 3VI2A 3GX9A 3O05A 1QR7A 4ADTA 1TQXA 1R2TA 4GWEA 1OX5A 4X22A 1FWSA 3GIYA 4Z08A 4XWUA 4EIVA 5E0KA 4HT3A 1W37A 4WOQA 1KM6A 4O19A 3NAVA 3W7OA 4UFKA 3ABRA 4Y90A 5IBXA 3SGZA 1I2OA 3L5LA 3S42A 3S1XA 4KFOA 4MFEA 3BW2A 2ZZ1A 4TMCA 4RZ5A 2VFGA 1XXXA 1UB3A 2V0TA 3ATYA 4UR7A 1T0OA 2ZA2A 3HPSA 3UWWA 2RDWA 4CLMA 5HUOA 1W5MA 5FF4A 3QM3A 4LTSA 4FF7A 4UFJA 3M47A 3NL3A 2Q8LA 2E6YA 3A5VA 4QISA 4U4MA 1KTBA 4NVTA 1ZNNA 4HNUA 3MUXA 3STFA 4WY0B 4IJBA 2WQPA 2WNNA 4JEQA 3HGRA 5CPMA 1VJIA 1SU5A 3VE7A 4PL2A 4NT0A 1GEQA 1TPVA 3TFCA 4NJIA 3TFXA 3MP4A 3C8FA 1W5QA 3P8JA 1O94A 3W23A 2I9EA 4PCFA 1DQWA 5CPOA 1H63A 3E02A 4Q4KA 5AN7A 1FY6A 5HWMA 1OF8A 2PURA 3S0CA 1JUEA 3W7EA 4UTKA 3TAOA 1WDWA 2C19A 4LNYA 1HFBA 4XBKA 3TKFA 4CNPA 3GR7A 3IV3A 4TMBA 3A22A 4XZ9A 3C2EA 5K2ZA 1IIHA 4NQ1A 3W73A 4N4PA 3TW7A 3L21A 4XKYA 3HGJA 1SQ7A 3B0VC 5D33A 1I2PA 1QPQA 3WK2A 1W54A 3HIJA 4PEKA 1R2RA 2R94A 2NZLA 3W7JA 4A2SA 3NQFA 1RPXA 3G3MA 5DXYA 3BO9A 1NF0A 1JULA 2JK2A 4K39A 2A7RA 2JKAA 1OHLA 1L6SA 2WPBA 1KM5A 1A53A 4GUJA 1DV7A 2QCFA 3G3DA 4M6PA 1RVGA 1FDJA 1ZAIA 4CCEA 2YZRA 4JTHA 1XBZA 4Q33A 1W56A 1H7NA 3FKRA 4MJMA 5CZTA 5K7JA 4O8RA 3G1DA 3FYOA 4NZFA 4QSHA 4UMCA 1G7UA 3E0IA 4AHQA 3GDKA 1O5KA 2NXIA 2R91A 1VCFA 2B7PA 2ZZ5A 2PE4A 4JDBA 3UNDA 3S5NA 3W1MA 2QR6A 4UCGA 3W1NA 4TU1A 3G0SA 1Q6OA 3OVQA 4FO4A 2QEZA 1WBJA 2JKEA 1SR9A 4Y9AA 5AHEA 3HGOA 5DXXA 2X30A 4BI6A 2CLKA 5SWUA 2H8XA 2X2GA 1F6KA 1X1ZA 3W7DA 5L9FA 5LNVA 1GTEA 5CSSA 4OGZA 4AWUA 3FEMA 2ZYFA 2Z6JA 3W71A 3B06A 3L2IA 1WOBA 2DJLA 1HG3A 2QCLA 4RX0A 1LTDA 4MLRA 3BLIA 5AHIA 3ZWSA 4NUWA 2GJNA 3CWOX 5BW6A 2NWRA 2YSWA 2W0UA 3WFAA 3NQ7A 3F1QA 4O28A 4JIQA 4YMZA 1DHPA 4GBUA 1OFPA 2WSQA 3LRMA 1KA9F 3R89A 2NUYA 1MO0A 3RMJA 4DPPA 3N2MA 1OFEA 5D05A 3GR8A 1A5SA 1GYLA 3IVSA 3IGXA 3TIMA 1DVJA 1QO5A 3GXPA 4QITA 1S5TA 2ZCGA 1A5BA 5AC7A 3W74A 4GUHA 4LT9A 1XFBA 1GWJA 3FKKA 1JCXA 1SFJA 5DY2A 3W7CA 4YWIA 2TRSA 4EF8A 1SW0A 3SSJA 3W7LA 4AMAA 5FEZA 4LU0A 2NX3A 4RZ4A 3W2NA 2B4GA 1G69A 1TPDA 5D37A 1VR6A 5EBUA 1GVSA 3EB2A 4FHAA 5HR6A 5D30A 4FIRA 2QCDB 4Z1BA 4JTUA 3M44A 4NNAA 1K7FA 2C13A 5U4NA 3EKLA 3TQKA 3BW4A 3P81A 3BGGA 1I2NA 3L5MA 3LXCA 1I8JA 1ICSA 4FNTA 2X16A 1FXPA 2CLIA 1MZHA 2YXGA 3GDRA 1WAUA 1XUZA 1TPEA 4JNMA 4ADSA 5D2XA 3PULA 2OJPA 3VE9A 5G5IA 2UV8G 1G4SA 3BW3A 4W9TA 3G1AA 4JR5A 3W2UA 3E49A 2CLOA 2HMCA 1T96A 3BVJA 3UWUA 1GVFA 2Y61A 1FUYA 4UTTA 4L4MA 4AF0A 2QDHA 4K36A 4O12A 4ML9A 3LI1A 1P4CA 3ABQA 2Y62A 4ZQMA 3L67A 3IVUA 4HNVA 4HNTA 2ZZ4A 2A85A 4M7SA 4MFDA 4JX6A 1PHWA 1F76A 4N9BA 2E5BA 1K8XA 2YGYA 3BG3A 2BZNA 1QPRA 1NF7A 3L68A 4YLWA 2DZXA 2ZTKA 4RCXA 3E96A 2A1YA 3N14A 1VYRA 2WJZA 1FWTA 4M6QA 4WXYA 1X1OA 3C2RA 3UPBA 2E09A 5HWJA 3ZFHA 1LOQA 3VCRA 1PCWA 3BGJA 1K02A 2WKJA 3QQ1A 3PB2A 4TR9A 5HMSA 4S2CA 1AW5A 2E68A 4ZQCA 4UXDA 4JX5A 3NGJA 1OFBA 4GRSA 4YCPA 3N2XA 4O0KA 2WSRA 3K30A 1ZHAA 2BWGA 1EP2A 2V82A 2CU0A 3R8RA 4DF0A 3MWAA 3R5EA 3TJLA 4AHPA 2QCCA 3HPXA 3P74A 1JVNA 2NUWA 3N73A 2PC4A 1OVDA 1W3NA 1H61A 2NXGA 2EPHA 3EXSA 2J24A 3LCHA 4FNQA 1TTIA 3UQNA 3Q2DA 3LCFA 2RHGA 3E9AA 4CQ8A 4PODA 5K9DA 4HN4A 4O0ZA 2C16A 4O16A 1MXSA 4FEZA 2ZRUA 5I3JA 1FCUA 1SO6A 4X9SA 1VPXA 3TA6A 1GG1A 4LVFA 4B5NA 2J9XA 3DFOA 3W1QA 1L6WA 1SUXA 3M6YA 4FNSA 3UPWA 3TR2A 5F1UA 2Y88A 3FFSA 3NDOA 4IX0A 1KTCA 1F2JA 1W31A 2C15A 2BXVA 4WJEA 3TK7A 2X1RA 2OT1A 3N34A 4UFIA 1EP3A 4IOTA 5LNSA 4O50A 3ABOA 4DO5A 4LVGA 1SZFA 5F2MA 3I7QA 3W75A 1L2UA 3LDVA 3NL5A 1PE1A 4GFSA 1NVMA 4O1DA 3M0ZA 3DU0A 4JTEA 1DJQA 4GJ1A 4LVDA 2V5BA 1CI1A 2FPYA 3LM7A 4JYEA 2ZRVA 3NL2A 1Q6QA 1JCLA 1YPFA 4DO4A 5AYZA 1C9DA 1IIGA 3FJLA 3S1UA 5TBOA 1Z44A 1SW3A 4OBTA 3HO8A 3CHVA 1C8VA 3OA3A 5TIMA 3G22A 4ORIA 1FWRA 2VEIA 2GPTA 3IIOA 2QKFA 2P10A 1J2WA 1T8XA 2QJGA 1KFKA 2C18A 3HOJA 1YTKA 1TMHA 2JGYA 3WK3A 4N9EA 2EF9A 4ZQNA 5KITA 2ABBA 3NQCA 3M41A 2VC6A 4JY9A 2YW4A 3KAOA 3JR2A 1O5XA 5CSRA 3DHDA 3C2OA 1F73A 1HUVA 1SZNA 4UUIA 3QZEA 3MBDA 2ZTJA 1B4KA 2W79A 3I68A 4AAJA 3TMLA 1D9EA 5DBUA 5L6UA 4KKXA 4RJEA 4TO8A 3W1LA 3BARA 3QYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AHL A;  1JRB A;  1IXP A;  1VBH A;  3IRS A;  4XZI A;  3EX1 A;  4HQV A;  3FV9 A;  1CLV A;  4GD0 A;  4HVX A;  1QHP A;  4H7V A;  1NDY A;  5HXM A;  1Q7Q A;  2TAA A;  4TUF A;  4JIE A;  3P60 A;  3JZU A;  4MZ8 A;  3WML A;  3GG0 A;  1BRL A;  3TTY A;  1HKV A;  1KRB C;  4ECL A;  5AFD A;  5CPQ A;  3BAX A;  2EPK X;  3ZLH A;  5I07 A;  2D2G A;  2REQ B;  1OF6 A;  1KCX A;  4UTJ A;  3GNX A;  3LCW A;  7PTD A;  5F4X A;  3BG5 A;  3W3O A;  5HUL A;  1L6F A;  4HZ6 A;  1RBO B;  1A3W A;  2J7F A;  1FCB A;  2FVK A;  1YMY A;  4KMQ A;  1JGI A;  1IWB A;  1Q4W A;  4WJ8 A;  2J77 A;  3ZZ1 A;  1E3Z A;  1CZ1 A;  2XSX A;  5TAO A;  4DXV A;  3WQ4 A;  1GJW A;  1LWH A;  3SCU A;  4M81 A;  3V3W A;  1P1X A;  2AL2 B;  3DER A;  1AJZ A;  3HQ1 A;  3CC1 A;  2VR4 A;  1V0M A;  5T9B G;  1SFS A;  3PSW A;  3TZN A;  1TTQ A;  3B9A A;  4QJ4 B;  1JUK A;  3W82 A;  2ABA A;  1HP5 A;  1QCW A;  5RUB A;  5D9O A;  3B9N A;  2ISF A;  5LZL A;  3GTX A;  2J47 A;  3MWC A;  1E0V A;  7REQ A;  2OSY A;  4J3Z A;  2X8R A;  1CIU A;  2GQA A;  1XSI A;  1DJN A;  4LV4 A; 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