4JTG | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	277
structure length	253
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAAQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	87
structure length	253
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtgA00

1TPDA 3H54A 3E96A 4ADUA 4DO5A 3VE9A 3KRUA 4O17A 3CHVA 1OFEA 4WXZA 2VEPA 3A23A 5C5YA 3LV5A 3FA5A 4GC4A 3UWQA 2NZLA 4O0KA 4NNAA 2E6FA 3NL5A 3WK2A 1H7RA 1I45A 4JS3A 2NLIA 3S1VA 2A0NA 3TC7A 1A5BA 1B4KA 3M7WA 4FXSA 4O18A 1RQBA 4M19A 4O14A 4X2RA 4NNCA 2QAPA 4OWGA 1KFJA 1JCXA 1JUEA 3LRKA 1SZFA 4DO4A 5HUPA 3HPXA 2PRHA 1SFJA 2QF7A 4S2BA 4UTKA 3PUEA 4C1LA 1ML1A 2QJIA 3WFAA 2ZTJA 1AW1A 1VYRA 3RNDA 1KTBA 3PG8A 3PS7A 4PODA 3AJXA 2PCQA 3S1UA 1TTQA 2WV8A 1GPWA 4DF0A 3NZ1A 3W2JA 3NPVA 4K8HA 1DVJA 5K3VA 3F4WA 3I7SA 1QCWA 3USBA 4K38A 5D2WA 1KFBA 4UFIA 5CPMA 5DY3A 3IRDA 3UPBA 3UWUA 3NXFA 1ME9A 3JRKA 5D33A 3OVRA 4N9DA 5D32A 3GNDA 3W71A 4N9BA 2B7QA 1DOSA 3STEA 2XN2A 4M7TA 1XKYA 4P61A 1G7UA 3E0IA 3W7QA 4WZHA 1K8YA 2JBMA 2V82A 1YDNA 4UTIA 1HFBA 4DBDA 1L2UA 3HQ1A 5A5WA 3IVSA 3SECA 3QMSA 5F2IA 5EPDA 3G1XA 4JIPA 1EP1A 4O15A 3NQMA 1WV2A 3PUOA 3GNNA 3DXIA 5LZLA 2DZSA 2VEKA 2CZEA 1ONRA 3GKFA 4HNTA 5HULA 3W1TA 1GT8A 3CLMA 4R53A 3G8EA 3IIOA 4E2DA 3G22A 4MOZA 4UFLA 1GQNA 3W86A 1S5TA 3CPRA 1B57A 4FNPA 4QITA 4NNBA 4C1KA 4CQAA 1ZAHA 2P1FA 4O54A 3BPWA 5G2HA 2DZXA 4TO8A 1TRIA 4K7YA 5EKYA 2OX1A 1W31A 4XUGA 1A5AA 2BWGA 2QCCA 4M7SA 2O7QA 3PR2A 4CNOA 4RLIA 1FWWA 3CB8A 1VYPX 2E1DA 3GB6A 3BARA 1VCGA 3STGA 3AO0A 4O52A 3T78A 1QPRA 3NDOA 1W5QA 3B04A 3FS2A 1Q3NA 1JCMP 2PC4A 3TSBA 1UCWA 5ABTA 3OHIA 4TMBA 4ZMGA 1H63A 2G96A 3ABSA 4LRSA 3G1DA 5L9FA 3W7HA 1VR6A 3OG3A 4IMDA 1TPB1 2WJZA 4DF2A 4K8EA 4ZQCA 3W83A 4FNQA 3U8GA 3VI2A 4BF9A 2YYTA 4QISA 2V2HA 1OFRA 2X30A 2QCLA 3P8IA 2DJLA 3R12A 2C6QA 3T55A 3BG9A 3KRSA 3M44A 2Q3RA 3N9RA 3HG4A 5EL1A 1TJRA 2JGYA 1WQ5A 2FB3A 2OMAA 4JIQA 1FUYA 2C13A 5FESA 1Q6OA 4X3ZA 5BRBA 4MVAA 1ALDA 4J9JA 4WD0A 3N34A 3QW3A 3P80A 3MYOA 1EUAA 3TMQA 5CZ0A 4PL1A 4IXHA 1DJNA 4W9TA 5D05A 1TQXA 4N9CA 4EF8A 2A85A 2G5WA 4RZ6A 3HIJA 4NQ1A 4NVTA 1NF7A 3O15A 3M41A 4UIOA 1N7KA 4AVFA 3G1AA 2NUWA 5AOUA 4GUGA 4KFNA 1SW0A 2VFGA 3W76A 1MEWA 1WOAA 3LXBA 2GPTA 1SZEA 2E68A 5D04C 3G3DA 5D2YA 3W7CA 2VELA 3KFTA 3TQVA 2F7FA 1FWSA 3O63A 1O94A 2ABAA 1VZWA 4E0CA 3LCGA 2W0UA 3LTYA 3ATYA 1EEPA 5U4NA 4XBKA 3P8JA 6ALDA 3D0CA 5TQLA 4GE8A 1JULA 3NM3A 4UTUA 1FXPA 4GUHA 1SSGA 2CLMA 1TTJA 1YTEA 2BSLA 3ELFA 3HGRA 4O12A 3A9IA 4Z0JA 4CCEA 3STFA 3P62A 3EX3A 1PCWA 2V2DA 1R2RA 2Y85A 4OGZA 2ISWA 4WXYA 4UR8A 3NQAA 4UMBA 1DV7A 5K9DA 1PS9A 2QUVA 2J88A 4O57A 4BR1A 4Y6GA 4JNMA 1XCFA 4GNJA 1OK6A 5AHIA 2X1UA 3SY5A 2WKJA 5LSMA 5HR7A 1BTMA 2WO5A 2ZZ6A 3F1QA 5IBXA 5BNKA 3L2IA 3NEVA 4AAJA 1CX9A 3SW6A 2E09A 3I68A 1GVFA 1X7FA 4Z1CA 3M5YA 1BEUA 1YXCA 1TYGA 4OBTA 1H62A 2G95A 4IQLA 4IMGA 3MWAA 1ZAIA 3C2OA 1EWDA 3O05A 4Z1DA 2A2IA 5EBUA 1ZAJA 4RZ4A 5KZEA 2ISVA 4O50A 1UASA 2A5HA 1AW5A 1J4EA 1TJPA 1A50A 1LYXA 3FEMA 4FNTA 4IPIA 2C1HA 3PUDA 1R30A 2CW6A 2CZFA 2ZZ5A 2VOMA 1TB3A 4NXKA 5LGXA 3LERA 4QNWA 3W70A 4DF1A 5J5RA 5FEWA 1TV5A 2E5BA 3W1MA 4CLMA 3G1FA 2V0TA 3PM6A 5AFDA 2YCEA 1VRDA 4Y90A 1FY6A 3C6CA 4FB7A 3G1SA 2ZDRA 4G1KA 5J5DA 2C0AA 3VKJA 2J6XA 3L67A 4JTHA 3TFCA 5FI8A 5K4ZA 2YX0A 1KFCA 2Y7EA 4MJMA 3QM3A 3V1PA 3EX4A 1D9EA 2WPBA 4R7JA 3UNDA 3QH2A 2VFFA 3LBCA 2E6AA 4DQWA 3HG2A 1GG1A 5C2XA 3NQVA 2RDWA 1DBTA 2NV2A 1ICPA 3TUUA 4K37A 2R91A 3NQDA 3TAOA 4FO4A 4UTMA 5LHFA 1FDZA 1XXXA 2ZRXA 1U83A 4ZQMA 4PTNA 2ZRUA 3A24A 1T99A 1QPOA 1GTHA 4A29A 1O5KA 2YGYA 1OK4A 3DI1A 1P4CA 3SGUA 2A7NA 5AB3A 2Y63A 4JTTA 4TIMA 2A7RA 4BK9A 3TKFA 2GVJA 2H90A 1H1YA 1HTIA 2A6LA 3VNDA 1CW2A 5C55A 2ZRVA 3DFSA 3EWUA 1LLWA 4YXGA 1VC4A 1QOPA 3NQ8A 1KTCA 1RQEA 3NPWA 2X1SA 1H7PA 3FIGA 3NA8A 3GK0A 3GYEA 8TIMA 2WSYA 2J9YA 5AC6A 1KM6A 3PSVA 2CLFA 4Z0SA 1MO0A 1OFDA 4LT9A 4M6VA 2FIQA 2PRMA 2P10A 3EWBX 4LS2A 4MY8A 1JCLA 1EUNA 4MZ1A 5CKSA 1X1ZA 5CGQA 2WOQA 1SZNA 1GYLA 1ME7A 1S5VA 3B4UA 3B8DA 1KM0A 5CZSA 5F2GA 1VJIA 1GVOA 3W2LA 3W1LA 1SFLA 5FEPA 1H1ZA 4IPJA 1W0MA 4ADTA 3UD6A 4Q32A 3LCLA 1NSJA 3OBKA 4IGHA 5AYZA 1AK5A 3V75A 1K7FA 5A8GA 4OU1A 5D03A 5AHFA 3HO8A 2XN0A 3S5YA 4Z08A 3C4UA 3P81A 1H5YA 3M1ZA 3W22A 1K8XA 4FNSA 3NG3A 5F2MA 2ATMA 3FLUA 2NUXA 4X22A 3HPSA 3TMLA 5AHEA 3KVMA 3L65A 3NO5A 3NM1A 4CQ8A 3EX2A 1WDWA 3HGOA 5DXXA 3HBLA 3W7LA 3LM7A 3P7YA 1TPWA 3IIXA 5IBXC 2Z6JA 1RQHA 2NX3A 4JDYA 3B06A 3UY8A 3SGZA 4K6AA 3OA3A 4JD4A 4MLRA 5E1QA 2Q8ZA 3IGUA 3K30A 1K8ZA 3WJZA 3M5XA 5LNVA 1VQTA 2R8WA 2CLKA 1JJKA 3HGJA 3LLFA 5G2IA 4QSHA 1HUVA 1W5OA 4UUIA 1LLZA 4MJZA 1N8FA 2NV1A 2TYSA 1VH7A 2WNQA 1OYAA 1G4SA 4O4VA 5I3JA 2XN1A 3M16A 2FPTA 3NQFA 4IMCA 1KA9F 5KSWA 1H7WA 5LNRA 2VXNA 4MY9A 5C54A 1LZOA 3NQ6A 3THAA 3BG5A 4LC8A 1EB3A 3PBVA 2EHHA 5DLCA 1KLZA 3PBYA 4HSOA 4AWTA 3TXVA 4HPXA 3GLCA 1IIHA 4DELA 3EXSA 3DAQA 3NQGA 3NGJA 2QAFA 3DKLA 3GDKA 3GVGA 3R13A 4NJHA 5BW6A 4WY0A 3LBMA 3CEPA 1NEYA 1OFQA 1U5JA 3NQ2A 3LHZA 1ADOA 3PAJA 5TBOA 1BWKA 3EKZA 1G7VA 3LHTA 4IUOA 1YYAA 2DZWA 3IVUA 3W85A 5F4SA 5HWNA 4GXMA 3W7JA 2HTMA 3QYQA 4EF9A 2DJXA 1I2RA 2OJPA 4FF7A 1PL9A 2AQWA 4JTLA 3NNTA 3FFSA 3W3OA 2DZTA 4QAIA 4AF0B 1R2SA 1D3GA 5G4EA 4UTHA 1BKSA 1TPEA 1A53A 3I7QA 1SW7A 3HMJG 2R14A 2R94A 3TJLA 2Z1BA 3A5VA 2NX1A 3SJ3A 1S5WA 5AYYA 1XBXA 4HPJA 1THFD 3Q58A 3QPYA 1YTDA 3C61A 2EGZA 3S5ZA 1WX0A 3MHFA 4CNPA 5H2ZA 2J27A 1RV8A 5AHNA 3PSWA 2VFIA 3T4CA 2ZBTA 3BGJA 3LTSA 1TV8A 4JYFA 1QDSA 2ZZ1A 4AB4A 2EPHA 4XBSA 1FCBA 1ZHAA 4FHAA 1QWGA 3TW6A 4RX0A 1T0OA 4FNRA 3NQ7A 2NX9A 3W74A 1RR2A 3MJYA 4YCOA 3S1WA 4LVGA 4ZQNA 2Z2UA 4JTSA 4O1AA 1P0KA 3DGRA 1H61A 1OFBA 2ZA1A 3S6DA 4CCDA 1WBHA 5I3GA 1F76A 1FWNA 1ZCOA 2ZZ4A 4JX5A 4O53A 3T40A 3LLDA 2WSQA 3GX9A 1LRNA 5FF7A 2QKFA 1AL7A 5IM51 1Z44A 1JUBA 4UTLA 3W7EA 3W7KA 3SZ8A 4NT0A 2I1OA 3QEZA 1QOQA 2ZRWA 1M7PA 4OHQA 2JGQA 4ALDA 3L0KA 3SSJA 4LC6A 3A21A 3S5NA 3KXQA 4HIBA 4HHPA 1JUKA 5HWJA 3GAKA 4N2YA 3NVTA 3UPWA 3GR8A 3CU2A 5F1VA 3EKLA 3PVFA 4UFJA 2BX7A 3MHUA 4S1FA 3T7VA 4ZZ9A 3FYPA 2ZYFA 1W56A 2ZZ7A 2DZVA 4K39A 3CT7A 3BW4A 1KW1A 1KBJA 4LS1A 1SZGA 4FX8A 4S2CA 3S42A 3PF3A 3L21A 1OHLA 3ABRA 3LGEA 3R5EA 4O19A 1KTNA 2EAWA 3G8RA 3MI6A 5HJLA 1KFEA 4MPQA 2ISSA 3TNOA 1RD5A 1XL9A 4I9AA 4NX5A 1I2NA 1WAUA 5KZDA 4YLWA 5CPLA 3DH7A 1PE1A 4ONVA 1JVNA 1VHCA 2A1YA 1X1OA 5BMXA 2ZCGA 3HF3A 1W54A 1DKWA 4L4MA 4ML9A 3PB0A 2TMDA 2BXVA 4FXRA 3TJXA 1ME8A 2QCNA 4N4QA 4MFDA 3OVQA 4GUJA 4LNYA 4NJJA 4O28A 4O11A 3GDLA 2YDAA 3WJYA 3WJSA 3O8AA 3YPIA 1LBFA 3C52A 2YZRA 3QSRA 3MMTA 1SUXA 2B4GA 4ADSA 3W2KA 3CIXA 1QMLA 5CSRA 2AAMA 3QRHA 1TO3A 2W6RA 5KMYA 1F2JA 2Z6IA 5LKYA 3LRLA 1KLYA 2CFFA 4DO6A 3N73A 3TA6A 1F74A 2F84A 1T96A 4MY1A 3U2OA 1VGAA 4I7WA 1WXJA 3DFPA 4UFMA 3IGSA 4A2RA 3DBPA 4NU7A 3TAKA 2JKPA 2C16A 4RK8A 3S1XA 1ICSA 4UCGA 1N55A 1W5MA 3C3NA 2DZPA 1DL3A 2QR6A 2GOUA 4JN6A 3LDVA 3EX6A 4PL2A 3W2UA 1W3TA 4DXVA 3QQ1A 1TQJA 1GVRA 3EXRA 4DBEA 4O1DA 3M5VA 5FF3A 2A4AA 2Z0IA 3KVKA 1TREA 3NAVA 3LXAA 4XTDA 3M43A 1UJPA 3UWVA 3O1NA 2X1TA 3KX6A 4IMFA 3DKJA 1W5NA 1OX4A 4WQ6A 5D2TA 1FCVA 4LVBA 3TXZA 1OFAA 1R46A 2RDTA 3CWOX 1Y0EA 4UTJA 1ZNNA 1R47A 1ZENA 2O7SA 3MP5A 3UWYA 1I8JA 1I2QA 2CU0A 1LBMA 4HSNA 4MIMA 3U6WA 3LHWA 3MHGA 4MLJA 4AMAA 4OT7A 3PWAA 3HGSA 4UFHA 4TR9A 2FFCA 3B0PA 1YLVA 1TPUA 3RK8A 3LXCA 4LOCA 1M6JA 5D09A 2C14A 2E6DA 2J9XA 4O4WA 3M9YA 4XZ9A 5F4XA 2W79A 4QQ3A 2QCDA 2V2CA 4O8RA 1FDJA 2E77A 1KFKA 1B9BA 3WJXA 4RXGA 1LOLA 1SW3A 1SR9A 3C2FA 3W88A 4N6FA 5DXYA 3E49A 2E6YA 3Q2DA 4Z1AA 1H7NA 4HNVA 1YPIA 2DORA 1R2TA 1W3NA 1S3HA 2ZRYA 1K7EA 3RLUA 1MEIA 3KVJA 3N9SA 4HKPA 2JKAA 4LUIA 3SR7A 1X8FA 3I65A 1FDYA 1MZHA 3HJZA 5HQEA 3L5AA 2TSYA 1TMHA 1F6KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JTGA

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