4JTLA

Crystal structure of f139g mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
277
structure length
250
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQGLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis
total genus 80
structure length 250
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jtlA00
1P4CA 4GC4A 4XTIA 4R34A 3UWQA 1W5NA 3GKAA 3TK7A 1VJIA 3RK8A 3HMJG 1W3NA 4NJIA 3NPWA 2H6RA 3PY2A 1Q3NA 2JBMA 2NWRA 3TC7A 4Q4KA 3F4NA 3HG2A 3W1LA 4YWIA 2X16A 3WJXA 1WQ5A 1YDNA 4JD4A 3W7RA 2E5DA 2NV1A 1UBSA 4UFHA 4UFKA 3NQCA 3DBPA 3OIXA 2H90A 1SSDA 1RQEA 3F03K 4O17A 3U6WA 4EWND 4DF0A 4JS3A 3P5YA 1WBJA 3E12A 1EX5A 5D38A 3PULA 2PRMA 3UWZA 2W0UA 5D05A 1Q6OA 2E68A 4HSNA 2VFGA 5C5YA 1QPOA 2PRLA 4JEQA 1VCFA 4GFSA 2H8XA 2CLKA 3CTLA 2WSRA 4WZHA 5G2WA 1YTKA 2W79A 4CCEA 3C8FA 3F1QA 4NXSA 4RKAA 4LVAA 5D09A 2NV2A 4OE7A 4IPIA 3TW7A 1UUOA 3GVGA 3TFXA 3E49A 1H5YA 1JCYA 1K8XA 4HPXA 4LUJA 2Z0IA 3N9RA 5H2ZA 2QUUA 1LLWA 3BGJA 3JR2A 3LCHA 3SJ3A 4AHPA 1SW0A 4RXFA 2GQ8A 2Q8LA 4LT9A 3GLCA 1IIGA 2QUTA 3SI9A 1FQ0A 5FESA 2P1FA 4S2BA 3B4UA 1TTPA 3LLFA 1OFAA 1W5PA 2DZWA 4DXVA 4ZQOA 1LRNA 2CU0A 3K30A 3O63A 2C0AA 3DZ1A 1OFOA 4XBKA 4ZQRA 3C2OA 4WJEA 1JRBA 1NSJA 1XM3A 2ZZ6A 1G4EA 1I2OA 2AQWA 4ADUA 3UXDA 1T8XA 1VGAA 1SW7A 4N4PA 2XN0A 4RX0A 1M7PA 4FNRA 3DENA 2CZDA 1W3IA 1TYGA 2WSYA 1HTIA 4RZ6A 1G69A 3W23A 1KM3A 1W37A 1OFDA 3GYEA 5F2LA 2A6LA 3NQDA 4IMFA 1SSGA 3C2VA 4A2RA 2GQ9A 4NXKA 3C6CA 4UTLA 3CPRA 3FOKA 1F6PA 2YCEA 3DFTA 2YW3A 5CSRA 1FWRA 1H7OA 2QDHA 3P80A 3CT7A 5I3IA 2ZZ1A 5K3VA 1AL8A 4OGZA 3PF3A 3P8JA 5IBXC 2Y62A 3W70A 2BXVA 3W7MA 2WJZA 2NXHA 3NNTA 4WOQA 3I6RA 5BOOA 3G1HA 1JQVA 1KBIA 1LTDA 3NQ8A 3TSMA 1EB3A 5D2WA 2FQIA 3L67A 3S6DA 2VFDA 1I4NA 1Z44A 2DZUA 3NO5A 3L68A 2TYSA 2QCHA 3IIOA 4N9BA 3USBA 2E6AA 4UTTA 1O95A 3DAQA 5G5IA 1KLZA 4MPQA 1I2NA 3OG3A 1SZFA 2VFEA 3L21A 1D3HA 4ZQMA 4ONVA 4M6PA 3UYCA 5I3JA 3UWWA 1H7NA 3FYOA 1C29A 3W86A 3MHFA 4UTUA 1RD5A 5DBUA 4UTIA 3M43A 2B4GA 2YYUA 4WY0B 1FBAA 3HG5A 4LRSA 2CW6A 3HF3A 3CIXA 4DO4A 3HGSA 5HWNA 3BLEA 3C4UA 1JCLA 5DCBA 2QDGA 4JIPA 1BTMA 3C0JA 3G8EA 2VEPA 1O5XA 2Y7GA 7TIMA 1L2UA 3OVPA 5LGZA 4O19A 1FUYA 5CZJA 3QPZA 2JKEA 1VRDA 2NXIA 2O7QA 1UCWA 2DJLA 3I7RA 4NX0A 2Y7DA 3GXPA 4DO6A 4LVFA 1U83A 2Z6JA 2Y7FA 3L5MA 4TMCA 5BNKA 3P62A 4ZL1A 4FEZA 2X1UA 1VCVA 1JJKA 3P67A 4LUIA 1UASA 2OMAA 4IWWA 2DU2A 3E0IA 3P84A 4NJJA 4QSHA 4O4VA 1LOSA 4JGDA 3W1PA 3G18A 3QMTA 3ATZA 3TROA 2LLEA 4GE8A 4LWWA 4LV4A 2EHHA 1W0MA 1NFBA 5DY3A 1LRTA 5CKSA 4LC8A 1A5CA 1DORA 1H7WA 4AWUA 2V2CA 1X1ZA 3NPXA 1GVSA 4UTKA 3GK0A 2QCNA 3W1MA 4BWLA 1DJQA 4TR9A 5DXXA 2FB2A 3UWUA 4BK9A 3NEVA 2FFCA 3MP3A 1KM6A 1AG1O 1DV7A 3TX9A 3MO7A 1KFJA 4GUHA 3NAVA 3C61A 1TMHA 3JS3A 3W2MA 2V5BA 1ML1A 5D37A 1P0KA 1QR7A 3V1PA 3P8IA 3M5VA 3HQ1A 2V30A 5C54A 3BG9A 3DU0A 3MW7A 3HPXA 1EA0A 1ICPA 2OZ0A 3EXRA 2BX7A 3ABQA 5A5WA 1A53A 2Y7EA 3W22A 1C8VA 5AHFA 1H61A 1H62A 2Y88A 4PEKA 2G96A 2NZLA 1DHPA 4IPJA 2X1TA 4H6KA 4TU1A 5DLCA 3G0UA 5CPLA 4KKXA 3WJWA 3LI0A 3PBVA 2GUUA 4Z1BA 4O13A 4LW7A 5F2IA 4MUZA 4NNAA 4YMZA 3SECA 3UY8A 3EX6A 2V9DA 4L4MA 1F2JA 3PAJA 3SFKA 1UB3A 3EX1A 1OG0A 1OX4B 1FCBA 1OK6A 2QCGA 3DHFA 3CM4A 3BARA 1QOPA 2C18A 4CCCA 4H3DA 2HS8A 1OFQA 4P2VA 4HKPA 1LOLA 3LB0A 3LBCA 3VNDA 2A1YA 2F84A 5F1UA 4DBDA 5EMUA 5I3KA 1EWEA 2QCLA 4TIMA 2ATSA 1B3OA 2VFIA 5AC6A 3PR2A 3QMSA 3W83A 3M9YA 2WNQA 4ORIA 2Y6ZA 4RLIA 1TPUA 2ZZ3A 3P74A 1SUXA 4O11A 3VCRA 1I2PA 1QO5A 3E96A 1I45A 3IGXA 2BWGA 4MVAA 1YXDA 5HWMA 3OEXA 1BWKA 1A5SA 1EUAA 2WV8A 1ZAJA 3LCWA 5AOUA 1IGSA 5E93A 1GG1A 2ZZ7A 5CPNA 4EF8A 1KBJA 2A2IA 2VC6A 3NQMA 1X8FA 3E9AA 5F2MA 3TIMA 4NZFA 2TSYA 1ICSA 3BPWA 1GEQA 1PCWA 4O54A 3W7QA 1SO3A 3BK0A 4O1DA 3H54A 1KM4A 3QF0A 4Y96A 3TH6A 4PH6A 3C2EA 2Q8ZA 3W76A 2DZXA 3L2IA 2CLOA 3MI3A 3STGA 3W7PA 4EVZA 3DFSA 4JR5A 2RFGA 3SW6A 4JIQA 1OFEA 1O4UA 3NR0A 3IIZA 5A8GA 3CWNA 1TTQA 1PS9A 2YDAA 2X1SA 1H7RA 4JTHA 4ZQCA 3IEBA 2VEKA 3FKKA 2JGQA 1X6UA 1XDMA 2ISVA 5AC8A 1I2RA 3LV5A 1CW2A 4O1BA 1G4PA 1NAL1 3TDFA 5G1YA 3UQNA 3ABOA 4LS2A 3NQ7A 1FCVA 2V8ZA 1GOXA 4YCOA 4JNMA 1TPB1 3MI2A 1QAPA 3A21A 1IXQA 3UWVA 3A22A 4PCFA 4IJBA 1R30A 1EIXA 3HB9A 1XKYA 4O16A 3T4CA 3QYQA 3O1NA 2HMCA 5FEZA 4IGHA 1MZHA 5I3FA 3UPWA 2B7OA 3S5NA 5KINA 3QPYA 2CZ5A 2NUYA 3CLMA 1YYAA 5KTLA 2ISSA 5T26A 4Z0JA 1W56A 3PC0A 1YTDA 2ZRZA 3W7LA 3DH7A 1FDYA 2C14A 1HO4A 3KRUA 1TPFA 1LBLA 3GB6A 5FI8A 2HSAA 3SIZA 2QJGA 3ZR4A 5LNUA 2FJKA 4LC6A 2PURA 4CQ8A 3I68A 1KM1A 1XCFA 3WK1A 5D33A 4Q32A 4TO8A 3L65A 1IXOA 1HG3A 1LCOA 2QCFA 1NF7A 1OFBA 1TJPA 1XBVA 1P5BA 3GZ3A 1SFLA 4I7UA 3STFA 1VHNA 1K02A 1TIMA 3HPSA 3Q94A 2I9EA 1UJPA 5HUOA 1LP6A 3LERA 3KVKA 1TREA 4DELA 4RK8A 1JUBA 5K9CA 4GNJA 3B04A 3S5ZA 4HNVA 2WPBA 3B03A 2EGZA 3VI2A 2V2HA 4WQ6A 1YDOA 3BW2A 4O15A 1TPWA 1FWWA 4N6EA 4I9AA 4PL2A 3TW6A 3S9YA 5CZ0A 2FB3A 3CU2A 3KAOA 4IX0A 1LBMA 1ALDA 2Y70A 3W1QA 1EP3A 2E5CA 4IXXA 4JX5A 4UIOA 2QF7A 2VEIA 3NL3A 4UTTC 3RLVA 3UWYA 4PA8A 4R33A 3DXIA 4NUWA 1G6CA 4KFNA 3CEUA 2A6NA 5AFDA 5HJLA 3IRDA 3RMJA 3C2FA 1FDZA 4LTSA 4HIBA 5D2VA 1RVGA 3T44A 4DPPA 1GYLA 3MP4A 4MZYA 1ZAIA 2QKFA 5C55A 3R12A 1HL2A 1VYRA 4O0ZA 5D04C 3Q58A 2QJIA 5K9DA 1GG0A 3NL2A 4DF1A 4JTJA 3EEGA 1TJRA 5G4WA 1O5KA 4LVGA 3ZFHA 4E0CA 3H55A 2FPTA 2A7RA 4UNLA 4MYXA 2GVJA 2D73A 4HSOA 1LOQA 2OX1A 4RXGA 3GR8A 1EWDA 3TMLA 4AHQA 1MEHA 4CQAA 5I3HA 4JXCA 1WX0A 4RCXA 3GNDA 4JDBA 3BW4A 3CQ0A 3L0NA 1LYXA 3W2UA 4FXRA 1V5XA 3QZEA 1P0NA 1VPXA 4LVDA 1VLWA 1U5JA 2ZRWA 2YYTA 5E1QA 3HGRA 1R2TA 4QITA 5LHFA 3VE9A 3WK3A 2RH9A 4JTFA 3IVTA 4DEFA 3HO8A 4IOTA 2AGKA 3QQ0A 4QNWA 2H3DA 3UPBA 3FYPA 2CLLA 5KZEA 1TV7A 1GQNA 3DKJA 2J9ZA 3MHUA 3N34A 3PG8A 3S1UA 3YPIA 4ZZ9A 2YGYA 3I65A 3QW4B 3GXTA 3DFOA 4YL2A 1QCWA 3DHDA 4BWLC 2G5WA 1JULA 3S1XA 1D9EA 5EBUA 5SWUA 1LM1A 1TPVA 1LLZA 3RNDA 2E6DA 4FX7A 4O57A 2OCZA 1B57A 4MJZA 1W1ZA 4GBUA 5TQLA 1GVOA 4K36A 3EKZA 3W3OA 3PM6A 5AHMA 3PBWA 4FNSA 1JUEA 1QPRA 4M7SA 1NVMA 3HG4A 1OYCA 2WKJA 3LTPA 4Y6GA 2FDSA 5FF0A 4M6VA 5HINA 5F4SA 3O05A 3P81A 4UFMA 3OHIA 3TSDA 2TMDA 1O60A 2VELA 3LXCA 1T0OA 1TV5A 3FFSA 4AWTA 3O07A 1M7OA 1VC4A 1ZNNA 4FNQA 3LV6A 2Z6IA 2DZPA 1BKSA 1OYBA 1SW3A 3S1WA 2VFHA 3FJ6A 2EAWA 1B9BA 3NQGA 2JK2A 1BEUA 3EWXA 3B8DA 1R47A 3DGRA 1QMLA 1PVNA 1GPWA 1K7EA 3G1YA 4MOZA 1SO5A 4FB7A 4ADSA 1F7BA 3W75A 3W9ZA 3EX2A 3HGOA 1GTEA 1RZMA 2VOMA 1F5ZA 1L6SA 1S5TA 3LHUA 1OFPA 4IX2A 1V7YA 2ZQ0A 4U4MA 2QR6A 1MSSA 5HUPA 1GVFA 3M41A 1JUKA 3PUOA 4NVTA 5FEPA 2NUXA 3PS7A 1L9WA 1MEIA 4PFMA 2FTPA 2ZRXA 1XL9A 4PL1A 1PE1A 3UY7A 1ME7A 3ATYA 3NA8A 2A4AA 3SGUA 1OK4A 4A29A 5F2GA 3UD6A 5LSMA 4O14A 3WJZA 4D2JA 3LHYA 3LHZA 3FA5A 2C3ZA 1G7UA 4OBTA 4Y8FA 3TV8A 2DZTA 2CZFA 4AAJA 3GDRA 3ZWSA 4A2SA 3GDMA 3QQ1A 1IIHA 5AB3A 3W1UA 3M7WA 3S8HA 1X7FA 5C2XA 1S5VA 1TV8A 4BR1A 4RZ5A 3SGZA 1VR6A 2PC4A 4MZ1A 4BI7A 3FLUA 1Y0EA 2NUWA 1P1XA 1SU5A 2R8WA 3G8RA 4A3UA 4CQ9A 2P10A 4MLJA 3NYZA 3U8GA 3LRKA 2RHGA 1AMKA 3MBDA 5KMYA 2Z1BA 4FX6M 2QAPA 3MBFA 4NU7A 3EWZA 3N3MA 1EUNA 1NEYA 2B7NA 4AVFA 2TPSA 2E09A 5TBOA 1XC4A 1A5BA 2QCDA 3WJSA 1L6WA 3FIGA 3PVFA 3BLFA 2B0MA 2FIQA 1ZAHA 3LCLA 2ZTJA 4ICNA 4MFEA 4ML9A 4MY8A 4WOZA 5G2HA 1C9DA 2WQPA 4JYEA 4NX5A 1KFCA 4FIRA 2Q3OA 5C6MA 2YW4A 5D02A 4OU1A 3G1DA 3QJAA 1WXJA 4NJGA 3PBYA 5BRBA 1JCNA 4FF7A 3NQ2A 3EWYA 2I14A 5AYZA 4AHOA 5HWJA 3W7HA 1B4KA 5DBTA 1PHQA 1HO1A 2H3BA 1SZNA 2C13A 3IVUA 3NM1A 3O8AA 3PB2A 2NX3A 3B06A 3CC1A 2V82A 3HPZA 3G1AA 4OV9A 3B0VC 3C52A 4N6FA 4TX9A 1EEPA 2ZRVA 1ME8A 3HOJA 5AHEA 3G0SA 1YPFA 4N9CA 4ZMGA 5CZTA 3O15A 5ABTA 3N19B 4YLWA 2G97A 4CLMA 3B0PA 4LV9A 4UTHA 1QPQA 5HR6A 1LORA 3TA6A 2QCCA 1QOQA 4O8RA 4OWGA 5BMWA 3LHVA 2W6RA 3TU9A 1SZGA 3R2GA 2ZRYA 3IIPA 3AJXA 3O6DA 2R91A 5I3GA 1VCGA 2C15A 4BF9A 2E6FA 2QJHA 4G1KA 1FXQA 1NF0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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