The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF7 K; 2F4V K; 4CW7 B; 2UUB K; 1N32 K; 5FLX O; 4GKJ K; 1XMQ K; 1N36 K; 2UXD K; 1IBL K; 1XMO K; 1HNZ K; 5LMU K; 4JI2 K; 3T1Y K; 2E5L K; 4DR3 K; 2UXC K; 4DR6 K; 4KHP K; 4JI0 K; 5IT9 O; 3J81 O; 1XNR K; 4X66 K; 1J5E K; 4DR1 K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 4DR5 K; 4K0K K; 4GKK K; 4B3T K; 4NXN K; 4DV2 K; 4OX9 K; 4X62 K; 4JI8 K; 1XNQ K; 4NXM K; 4LF6 K; 3OTO K; 4JI5 K; 1N34 K; 4LF8 K; 1FJG K; 4X65 K; 3JAM O; 1N33 K; 4JI1 K; 2UUA K; 2VQE K; 4DV0 K; 2UUC K; 5LL6 Z; 5A2Q O; 4B3R K; 1I94 K; 2VQF K; 4LF5 K; 1HNX K; 3J7Y P; 4DR7 K; 2HHH K; 4DR2 K; 3J80 O; 5AJ3 K; 4DV6 K; 4YHH K; 5LMN K; 4AQY K; 4DV4 K; 1IBK K; 4LFC K; 5BR8 K; 4LF9 K; 4YY3 K; 3J7A P; 2UU9 K; 4DUZ K; 4DUY K; 4DV7 K; 4JYA K; 4JI4 K; 3T1H K; 4LFA K; 4LF4 K; 1HNW K; 4LFB K; 4JI7 K; 2UXB K; 1HR0 K; 5IWA K; 1IBM K; 4DR4 K; 4DV1 K; 4DV5 K; 4X64 K; 4JI6 K; 4B3S K; 4CVN E; 4V19 S; 4B3M K; 4JV5 K; 4JI3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OHR A; 3M8Q A; 4DHY A; 3GBT A; 5FLX O; 3QIN A; 2DTU A; 1VSK A; 4JK8 A; 2QWO A; 1V4T A; 1NK6 A; 5AZI B; 4Y0W A; 4J2E A; 1IH7 A; 2NRH A; 4WE1 A; 4C8M A; 1NMN A; 3M8R A; 1X3M A; 4KH4 A; 1XHZ A; 3NBP A; 4BRK A; 3MMV A; 1VSH A; 3C7N B; 1HUX A; 1WOQ A; 3E01 A; 1NOZ A; 1SS6 A; 4Z4C A; 1IKX A; 5EU7 A; 3SQ4 A; 3CI5 A; 3LPU A; 1TK0 A; 4CGI A; 4O8U A; 4PKG A; 2VG7 A; 3UKU B; 2QW9 A; 3QEW A; 1E4G T; 1A5W A; 5AQX A; 4A2A A; 3B8A X; 4BVO A; 1OVQ A; 2RHK A; 4NXM K; 4W5T A; 3FZF A; 4YOX A; 3HT3 A; 3AA5 X; 1LWC A; 4O55 A; 1VSJ A; 4CE9 A; 4CJ4 A; 5GAE P; 4CED A; 2HHT A; 3DRS A; 2VQF K; 3CIP A; 3K0S A; 1FW6 A; 2VGN A; 4H5R A; 5DM7 L; 2AJQ A; 1J9A A; 3DI6 A; 4DTU A; 2Q0U A; 2IS3 A; 3DOL A; 3K9K A; 4NO7 A; 4FJ5 A; 3CCQ N; 1IBK K; 4OGC A; 4A59 A; 5BR8 K; 4B9L A; 3DLK A; 4KI4 A; 4G1Q A; 3L8B A; 3HOS A; 3OYK A; 4EP5 A; 3LWM A; 4DSK A; 4CGH A; 2ZJP L; 1RBV A; 2O8F B; 1VK0 A; 3VEV A; 3OYD A; 4CZE A; 4B9U A; 4C23 A; 1ASW A; 1J54 A; 3THY B; 4KHY A; 4M7Y A; 3L2W A; 1SQK A; 4DV1 K; 5EY4 A; 3SUO A; 4EZ6 A; 3ZEU B; 4DTN A; 4DU1 A; 2YHW A; 3C6H A; 2V52 B; 3DJC A; 3HM8 A; 3WXI A; 3SUP A; 1XMQ K; 2GUP A; 3U9Z A; 3KJV A; 5AQP A; 1ZBL A; 4KV8 A; 1SV5 A; 1GOA A; 3TSQ A; 1RDW X; 4DTS A; 2P9I A; 3I33 A; 5CE3 A; 2NUB A; 3J7Z O; 4JNE A; 1HJR A; 3F5T A; 2GEM A; 2NLX A; 3DRR A; 1S5J A; 4ILH A; 5GIP A; 2P9P B; 5C15 A; 4U67 L; 2KQ2 A; 1GOB A; 3CF5 L; 1NKC A; 4B3O A; 4KHQ A; 4OKE A; 4DV2 K; 3THV A; 4KB0 A; 4B08 A; 3L3V A; 1MWM A; 4FWO A; 1RDB A; 3FZH A; 1JLQ A; 1LOT B; 5AFU H; 1YHQ N; 2G8H A; 3SMS A; 4ZHR A; 4HWI A; 2YHX A; 2IAJ A; 2VWJ A; 4BRD A; 3W0L A; 3NH1 A; 1Q7Y O; 4JS5 A; 4BRO A; 3VQ6 A; 1QQO A; 1UA1 A; 2HBK A; 3LPT A; 3V9S A; 1LCU A; 1HQE A; 1DT9 A; 4KHN A; 2OPP A; 3J7Y P; 4BR2 A; 4CJ5 A; 2HHH K; 2P9U A; 1Q82 O; 5FRM A; 4AF1 A; 5LMN K; 2PAV A; 3CJ7 A; 2I7N A; 4H0P A; 4DLG A; 3VQ8 A; 4PQU A; 3FFK B; 2GV9 A; 3J7A P; 3ZSQ A; 2GBZ A; 3ZSY A; 4DTJ A; 1DEJ A; 2D0B A; 4KBO A; 4CJW A; 1YVN A; 1VQ5 N; 4WF9 L; 2CGL A; 5GAD P; 1ZBS A; 3MXI A; 1MWK A; 1RDC A; 4FVM A; 2OA8 A; 5AQS A; 4KH5 A; 1U04 A; 4N56 A; 4Z4G A; 4BRC A; 3CCU N; 1K73 O; 4KB1 A; 3SBG A; 4HTL A; 3WEE A; 2HF3 A; 5E41 A; 3I8B A; 2HND A; 1B9F A; 4M3R A; 1UOC A; 2QM1 A; 5FRO A; 4PA1 A; 3O9R A; 5HBM A; 1WLJ A; 2RF2 A; 4FPA A; 4LF7 K; 2FXU A; 3QBW A; 4KTZ A; 3AVH A; 2HVH A; 3OBW A; 4C1N I; 3ZYY X; 3MAQ A; 2DY4 A; 1JLF A; 3L2U A; 3O4N A; 2E4L A; 3OYG A; 3ZSV A; 1XMO K; 3D2F B; 1HYS A; 1ATS A; 3D2E B; 3CCM N; 2QKK A; 1O13 A; 3HP9 A; 3VET A; 3EZ5 A; 4BC4 A; 2W40 A; 3HI0 A; 3CJB A; 4FM2 A; 1D9D A; 3CFP A; 3UKU A; 1CZ9 A; 1P90 A; 1YF5 L; 1W2B M; 3NDK A; 3LP0 A; 3CPW M; 4LC9 B; 1J6Z A; 1JXB A; 4BR4 A; 3SAH A; 3FZL A; 3MEE A; 5FPD A; 1YI2 N; 1XHX A; 4IXC A; 1WNS A; 2P9N A; 5CYM A; 3Q7B A; 4A57 A; 3I0S A; 3WNF A; 4DQ8 A; 2YJE A; 1VQ8 N; 3I55 N; 1LAV A; 2X6S A; 3VQ9 A; 3VA3 A; 1HYV A; 4YOT A; 4YOV A; 1JCG A; 3KZB A; 3RR8 A; 1EXQ A; 3OYB A; 4FLW A; 1U45 A; 1G99 A; 3ENH A; 2UUC K; 3LZI A; 3OW2 M; 2E2N A; 3KK7 A; 1I94 K; 4CK1 A; 1N5Y A; 4RG8 A; 3TTD A; 3J8A A; 1KVA A; 4JD2 B; 1BGX T; 2UYT A; 3HST B; 3VEY A; 4YOY A; 3DXM B; 4O8K A; 1WSI A; 3KLF A; 4DV4 K; 3QB0 A; 1QSL A; 2O8F A; 5J2N A; 3CCE N; 1T05 A; 3OS2 A; 3MDQ A; 1Y97 A; 1BQM A; 4KH6 A; 1GLL O; 1C0T A; 1RBU A; 2YJF A; 4AHC A; 4JYA K; 3THY A; 4E19 A; 4CF9 A; 1F21 A; 3ZEU A; 2PY5 A; 3KWG A; 3MWT A; 4CIE A; 4OPA A; 1T03 A; 3L2V A; 4C8L A; 2VWK A; 4LD0 A; 3THX B; 3RVC A; 1RT4 A; 3TAN A; 3QLH A; 3E1Y A; 4J2D A; 1RT7 A; 4CZI A; 4BAC A; 3KKS A; 3H3O B; 4ISE A; 2QEX N; 1Q18 A; 3ULE B; 4CFA A; 4IO9 L; 2D0O A; 1OH8 A; 3KLI A; 4EFH A; 2A41 A; 1ZC6 A; 4W5Q A; 4L8R B; 4FK4 A; 1DTT A; 4CJF A; 4L3Q A; 2G8V A; 2NRR A; 4CK3 A; 2P9P A; 4H4O A; 4H8K A; 4CEF A; 1NGF A; 3AVJ A; 4KI6 A; 4ISG A; 1ATR A; 4F4K A; 2F7T A; 2ITG A; 1ILY A; 2O8E B; 3C65 A; 1VQN N; 4CHN A; 3TAP A; 3ZT2 A; 4AH9 A; 4JKG A; 3V9X A; 1QQM A; 3DYA A; 3LAK A; 4MLE A; 2X74 A; 1L5U A; 3V6D A; 4BR5 A; 2A42 A; 1NWK A; 3OJU A; 4OO1 J; 1X3N A; 1TYQ B; 3NF9 A; 2HHV A; 1T44 A; 3OYF A; 3LDN A; 1VQK N; 1X9W A; 3R1X A; 4LF8 K; 3TTF A; 4NLC A; 3O8M A; 5M1Q A; 3MX5 A; 3LWL A; 3AVM A; 3T69 A; 3HZ6 A; 3G4S N; 3TSP A; 5AQM A; 2WON A; 4A5A A; 3AAR A; 4BVP A; 3FZK A; 4FXD A; 4M3X A; 2JLE A; 3WXJ A; 4CBX A; 1SKW A; 3U3Y A; 3ID6 A; 4RTF D; 1CXU A; 5GAH P; 5K14 A; 2WTU A; 3QFU A; 1D8Y A; 1QHA A; 3DMJ A; 3T7Z A; 3RMB A; 1LW2 A; 4JKA A; 1QZ5 A; 4OGE A; 4QS7 A; 4LF9 K; 5TKW A; 2G8F A; 1FKP A; 1HQU A; 1UWB A; 2GTD A; 4LFA K; 4LF4 K; 5AQY A; 3VQC A; 3CCJ N; 3VQP A; 1HNW K; 4I6M B; 1TKX A; 2Q3S A; 3IAY A; 1NJW A; 1SUQ A; 5GIN A; 4ISF A; 2OTL N; 1RT2 A; 4B1Y B; 4CJR A; 5C25 A; 3RWU A; 5J1E A; 3PO5 A; 5E26 A; 3ZSR A; 2BGG A; 1RT3 A; 2Y1I A; 4DTM A; 2HB5 A; 1GLB G; 3RSE A; 1L3V A; 4PL7 A; 4A61 A; 3KLG A; 4PY5 A; 1NGH A; 4M7X A; 3SPY A; 3LDQ A; 4B8C A; 2HHU A; 1C0F A; 4JI3 K; 1TKZ A; 1GOC A; 1S6P A; 1RFQ A; 3OJS A; 2O8C B; 3D2E A; 1JLG A; 1XI1 A; 3H1V X; 3IFR A; 4YOW A; 3RRH A; 2YNG A; 1KAZ A; 1D5A A; 4CHY A; 1FK9 A; 1TUY A; 3AGR A; 5IT9 O; 3J81 O; 1NK8 A; 4DTP A; 4DF4 A; 3U3G A; 5SZT A; 3QBX A; 4Y1D A; 4IFV A; 3OBY A; 4FJ9 A; 3O3H A; 3NGZ A; 1ZXO A; 3P38 A; 1KD1 O; 5AZJ A; 4BRM A; 3CG7 A; 3UE5 A; 4N76 A; 4MDA A; 4KKO A; 3P5J A; 4DU4 A; 4JD2 A; 3AO5 A; 5I3U A; 1WN7 A; 3PV8 A; 3AY9 A; 5AQV A; 4DQP A; 2Q36 A; 1BA0 A; 4CGJ A; 4WYB A; 5KGX A; 5AQG A; 2ZJQ L; 4I2P A; 3MK6 A; 4BGA A; 4LF5 K; 1D4X A; 2G8I A; 3QO9 A; 2EX3 A; 3SQ0 A; 1YXQ A; 2RN2 A; 4ZTF A; 4CFC A; 1YTA A; 4YHH K; 1U47 A; 1NGJ A; 1ASU A; 3R8E A; 3SK3 A; 4EHU A; 4Z94 A; 3T1H K; 4IJN A; 2PFU A; 3K57 A; 1TK8 A; 1OH7 A; 5AR0 A; 3DAW A; 3SV4 A; 3ZSO A; 3EE8 A; 3E66 A; 4Q0B A; 4CJS A; 2Y1J A; 4FYD A; 2VGM A; 3ULE A; 2KFN A; 4CZM A; 4OVL A; 1QHT A; 4RWT A; 4NCA A; 4BWM A; 3VF6 A; 1KVC A; 4IWV A; 2LSN A; 5BN8 A; 4DS4 A; 3O9T A; 4DS5 A; 4FM1 A; 2OZS A; 1EP4 A; 4FPB A; 3I0R A; 3VGM A; 3OYL A; 5TKY A; 1WAJ A; 4CW7 B; 1VRU A; 1KFD A; 3WNE A; 5AQL A; 1TGO A; 1BI4 A; 1C6V A; 1KVB A; 1X9M A; 2O8E A; 4B9Q A; 1YUW A; 2G8W A; 5HRP A; 4DB3 A; 1HNZ K; 3P1G A; 3IMX A; 2UXC K; 1U2V A; 4FJ7 A; 2YNH A; 3AVF A; 4BDP A; 3C0B A; 1YJN N; 1IV0 A; 3HJF A; 1WSE A; 4JK9 A; 1NGG A; 1NLV A; 1W7A A; 3A8Y A; 3M8P A; 4WFN L; 3G25 A; 2FSJ A; 3D7E O; 5CZ2 A; 4N5S A; 1VSL A; 2KTQ A; 2OPR A; 1TV6 A; 4BDZ A; 4F3T A; 1HKC A; 2DFE A; 4YDU C; 1S72 N; 4JHD B; 4CEE A; 2HBM A; 1XWL A; 2CH5 A; 4DQQ A; 2YHA A; 3ENB A; 3CC2 N; 2Q0R A; 1SL0 A; 4JRP A; 4FZZ A; 3CCR N; 2FBV A; 3KK1 A; 1HPM A; 1BQN A; 4DLE A; 5AJ3 K; 4JKD A; 3VQD A; 1ATN A; 4B9T A; 3VQ4 A; 4I6M A; 1BU6 O; 3V9Z A; 2D0C A; 1YJW N; 4DUY K; 4BC5 A; 3BDP A; 3V1O A; 1Z25 A; 3L6Q A; 1NK4 A; 3FZM A; 3TI0 A; 4FJH A; 4ZTJ A; 5J2P A; 4IG3 A; 1Z05 A; 1BWF O; 1TKD A; 1YTU A; 1E4F T; 3BGR A; 4FK2 A; 1C0U A; 4X64 K; 2O8C A; 2NRT A; 4CHQ A; 2YHY A; 3KK3 A; 3G6E N; 3TTC A; 4B3S K; 3I56 N; 4CF1 A; 3AA2 A; 4CD3 A; 3NFA A; 2I5J A; 4B3M K; 4FJN A; 3O3F A; 2P9S B; 4E3S A; 2ZGZ A; 4HVJ A; 1S1V A; 3OYJ A; 4IFY A; 4O5F A; 2P9K A; 2UXD K; 1S1T A; 3U9D A; 2QWP A; 3M3Z A; 4NCG A; 2XRI A; 4BE0 A; 1O1W A; 4M3W A; 1VQ9 N; 4QAG A; 4QOZ B; 4DFJ A; 4FLU A; 2CGK A; 3CM6 A; 4KHW A; 3LDS A; 3E9O A; 2QKB A; 3HM9 A; 4DQS A; 4CHO A; 3AVB A; 1VQ4 N; 3SMP A; 2D1K A; 5GIO A; 1RBT A; 5I42 A; 4GY2 B; 2ZM6 K; 1BCM A; 3MN6 A; 4GV6 A; 2KZM A; 4GV9 A; 3AVK A; 3LM2 A; 3O9U A; 2IVO A; 5M1F A; 4XIU A; 3QML A; 1Q86 O; 1W9H A; 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1OH6 A; 2HHS A; 3OS0 A; 1Q9Y A; 3VQA A; 2VCP A; 4GMJ B; 1EET A; 1U6Z A; 5KRS A; 4X66 K; 2KLA A; 5AZI A; 4A62 A; 2XHB A; 3OYE A; 3HK2 A; 5C2F A; 4A2B A; 2XO7 A; 2P1J A; 5AQT A; 4DR5 K; 1NK7 A; 1NGI A; 4FWP A; 3ATV A; 3O4Q A; 5AQJ A; 4JHD A; 3C7N A; 4TSX A; 3KD5 E; 1A5V A; 3HL8 A; 3OTO K; 3DLR A; 3SBT A; 3UKR B; 4F2S A; 1FJG K; 3IG1 A; 4CEB A; 2AP1 A; 3AGK A; 3MN5 A; 5HRR A; 2G8K A; 3QEV A; 4I9L A; 4LSL A; 4CZF A; 4BRA A; 2NRX A; 2E2P A; 1CZB A; 3S9H A; 1WSJ A; 3U6F A; 1BUP A; 1NKE A; 1VHX A; 2PYL A; 4LH5 A; 3MEC A; 3OY9 A; 5EXW A; 1VSE A; 4H0O A; 1QSY A; 4DR7 K; 1ZBU A; 3VF4 A; 1GLJ O; 3IKM A; 3SQ1 A; 1NJY A; 3KD1 E; 4YDU A; 3A5L C; 5JLH A; 2D0P A; 4MFB A; 4H5N A; 4B1Z A; 1C1C A; 3K5L A; 1NGD A; 1TKT A; 3DOK A; 3HOT A; 5EVZ A; 4O5B A; 2UU9 K; 1KTQ A; 1BL3 A; 5JVH L; 4DTX A; 4BE2 A; 5JIC A; 3T3F A; 4M3Z A; 4CJV A; 3MXM A; 2E8A A; 5FDL A; 1G15 A; 3MCP A; 2CH6 A; 2CGJ A; 3ALY A; 2UXB K; 1I3A A; 1KRP A; 2GX9 A; 4FWK A; 4WQ5 C; 5HLF A; 2D0A A; 2P9S A; 4BRQ A; 3E9P A; 5KGW A; 4K25 A; 3PIO L; 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