4JY8A

X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound fe4s4 clusters
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords FEFE-HYDROGENASE MATURASE
publication title X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 135
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jy8A00
4IMGA 4MLRA 2ATMA 2ZZ1A 1KV8A 4ORMA 3W88A 5AB3A 3F4NA 2Q3OA 1W3TA 1W5NA 1F76A 3LHVA 3C4UA 2NWSA 1FDJA 1JCYA 3CM4A 2X1TA 1W3NA 4PCFA 3RF9A 2WSYA 1B4KA 5HWMA 1FDYA 1RPXA 4CQ9A 1W5QA 3MP4A 4JTJA 2CLMA 4JY8A 3BLEA 2Y7EA 1VGAA 4RCXA 1W3IA 4HNUA 2FPTA 2P1FA 4FHAA 3E12A 4BR1A 1OFAA 2P0OA 4YXGA 2ZTJA 4N02A 5C54A 4JEQA 3L5LA 3I7SA 1F74A 3DFSA 4M6PA 4UMBA 3W7HA 1QPOA 1LP6A 1OFOA 4UFKA 1VS1A 5G1YA 2H8ZA 5LNVA 3QW3A 1RD5A 3ABOA 5K9XA 4LNYA 5F4SA 1LOSA 1AG1O 1K8ZA 3G0UA 4GBUA 3CC1A 3W7NA 2QCGA 4O4VA 3GR7A 4UTTC 4NZJA 1WXJA 3NA8A 1TJPA 3DKJA 3STGA 2RH9A 1DV7A 1H7XA 3DFQA 3Q2DA 3P82A 1EA0A 3DENA 4GJ1A 2PRMA 2V81A 1EEPA 1PIIA 4CCEA 5AYZA 1MZHA 2CLHA 1SSGA 2BXVA 4NQ1A 5EKYA 1G6CA 1F5ZA 3KXQA 4Y9AA 4ORIA 4NX5A 1TV8A 2NX3A 1KM2A 4FNTA 1O5XA 3S0CA 1GG1A 2X30A 3G8RA 1EP2A 4MY8A 3C3NA 4JIPA 2VEKA 1FY6A 3L0KA 2DORA 3N9RA 1H7RA 3M7WA 2FJKA 3UWQA 1QAPA 1G4SA 1WA3A 2CZ5A 4CNOA 4AH7A 2VC6A 5LNWA 1O60A 2DZVA 1H7WA 4NT0A 3MHFA 4GUJA 1I2QA 3NVTA 1OK6A 1EP1A 1K8YA 1A5AA 3I65A 4G1KA 3I7RA 3WK3A 5AYXA 3TQ0A 3SGZA 5EY5A 2XN1A 4N4QA 1T99A 1H51A 1VYPX 1SUXA 2ZRYA 4NNCA 3PAJA 3W1LA 2A4AA 4L4MA 4LS0A 4WY0B 3NQ2A 4PODA 3FYPA 2TPSA 1J5TA 3G3DA 3ELFA 3NXFA 4Z1BA 5HINA 3G1SA 2GQ8A 5F2LA 1SSDA 1QOQA 1LDCA 1JCLA 4LT9A 4AHQA 2ALDA 3W7LA 1F7BA 2TMDA 2E09A 1QDSA 5CZTA 1GWJA 1RV8A 1SR9A 3BVJA 1GQNA 3ZS4A 3LV6A 3EWWA 3DFPA 1LZOA 1NF7A 2Z6IA 3NQ6A 3TXZA 3W07A 1TYGA 3ABRA 2VEMA 3KVMA 3LLDA 4M6QA 3NQCA 1HO4A 1UB3A 1OJXA 3OHIA 4LRSA 3DHDA 2VKZG 3GLCA 3LCHA 1P1XA 1WOAA 4IGHA 3W6YA 1NF0A 4O0ZA 1CI1A 1H1YA 2X16A 3KRSA 4DPQA 3QW4B 1WV2A 1OFEA 4GNJA 3GB6A 2H90A 5FEXA 1XBXA 1FXPA 3FFSA 1KLZA 4JNMA 1TPWA 1H7PA 3LHTA 2V30A 4E2BA 2VFEA 1HUVA 4LU0A 4QJ1A 5HNRA 4ADSA 3B04A 2X1RA 2H3DA 1PHWA 3LV5A 4JIQA 4O13A 2A1YA 2E6DA 3STEA 4HPJA 1D9EA 1UUOA 3IV3A 4TU1A 3O1NA 3PC0A 2FDSA 5FF0A 2PCQA 4NJKA 3STCA 1YTDA 2NXHA 3W7QA 2Q8ZA 1ZALA 4AHOA 2YW4A 5AHNA 4D2JA 4E2DA 4QIUA 3C2VA 2GUUA 5HWJA 4N9CA 4K36A 3HB9A 2C15A 3TU9A 4LV4A 2B4GA 3UNDA 3SJ3A 4O10A 2NX9A 2NV1A 3M44A 3O05A 5LHEA 1K8XA 3TFXA 1F2JA 4JX4A 3LXBA 2ZA2A 4LV9A 4A21A 1YXCA 2J24A 4I7WA 2V5LA 4WJEA 1OYAA 4HHPA 3S5OA 1R2SA 3CLMA 4FNRA 1SO5A 2VFIA 1YPIA 5AC6A 2ZQ0A 1Q3NA 3C8FA 1IF2A 4AHPA 2HSAA 3L9CA 1GG0A 5E1QA 5LKYA 3O8AA 1LRTA 5AFDA 3S6DA 3BV4A 3OVQA 1ME8A 1XXXA 2FTPA 4C1KA 3B0VC 3W87A 1R46A 1KM5A 4B5NA 3EX3A 4FNQA 2AAMA 4IPIA 3ABSA 4OQVA 5TBOA 3NQFA 4ICNA 4MY1A 1SO3A 2QJHA 3OVPA 4M7SA 3TNOA 1OVDA 1W56A 3NQDA 3HG4A 4O53A 2V2HA 4Z1CA 4UC5A 1ZY9A 2QCFA 1D3GA 4UUIA 2GVGA 3TK7A 4UTJA 3BPWA 3MHUA 5AHEA 1VH7A 4RX0A 1ZENA 2AGKA 3HG2A 4FX6M 4DQWA 1I4NA 5HR7A 1SFLA 5CZSA 1NVMA 3U8GA 3UWUA 2V2CA 4NXSA 1G67A 5D30A 1QFEA 1B9BA 4S2BA 5DY3A 3CTLA 3S8HA 1VR6A 5DLCA 2FPYA 4U4MA 1WQ5A 1IIGA 3OG3A 2VXNA 3NQVA 3NOEA 3P84A 1IIHA 4DO6A 2J9ZA 4GUHA 3NO5A 4M5PA 4DO5A 4O4WA 1LBMA 2YYTA 1ONRA 3QM3A 3GDRA 4JTSA 4UFJA 2QAFA 1WDWA 2NZLA 3BG3A 3HQ1A 1W1ZA 1I45A 3GAYA 5AHFA 3FA5A 3A21A 3WK0A 4O8RA 3GXTA 3LTPA 1L9WA 3LRMA 4O54A 4LY8A 2W6RA 4LVGA 1GPWA 2QAPA 2DZPA 3EXRA 3GAKA 3PB0A 1PL9A 2C19A 3MP3A 3SGUA 3TSDA 3TKFA 1Q45A 5TQLA 5TIMA 4MUZA 2RDTA 1TB3A 4HNNA 1QNVA 4LVAA 1UCWA 1OX4A 3EKZA 1V5XA 5HQEA 1M7OA 5IM51 4RKAA 1TPH1 3S5ZA 4QITA 5D03A 3SI9A 3M5VA 1QWGA 3UWYA 8TIMA 1WOBA 4POCA 5DCEA 2QR6A 4JDYA 1T0OA 4QISA 1PCWA 2HTMA 2VFDA 2OT1A 2ZZ6A 3GYEA 2J9YA 3QMSA 1FCQA 1LYXA 1SPQA 4GXMA 3SECA 3W85A 4UFIA 3B0UX 1FCUA 3EWXA 1PCKA 3DHFA 2DJLA 4NUWA 1LBFA 4Q33A 1DOSA 3L0NA 3V75A 3LLFA 5KMYA 3E9AA 2ATSA 4P2VA 4HSNA 4X2RA 3BG5A 1SW0A 1KFBA 2Y7DA 1OF6A 2X2GA 4ZQPA 5LSMA 1TTPA 1QMLA 1ZJIA 2FPVA 2WNZA 4Z0JA 5A5WA 2LLEA 1ZNNA 1YYAA 3MMTA 4CCCA 3FIGA 3NQEA 3TIMA 1W31A 4UTTA 2QCEA 4AMAA 4AB4A 3PG9A 3D0CA 3PVFA 3LCXA 1SFJA 2XN2A 1HG3A 3O15A 1SZFA 4HKPA 3EX2A 3G3MA 3TXVA 1GVRA 3USBA 2A6LA 4N9EA 1FXQA 1K03A 2I9EA 3F4WA 4LS2A 5K2ZA 3GNNA 4O16A 2VEPA 1XCFA 3DFTA 5EMUA 3FOKA 2E68A 4WY0A 1K7EA 3QFEA 1L6YA 4I7VA 3TSMA 4E38A 4I7UA 4UIOA 1KA9F 1V7YA 4MJMA 3HG5A 1KFLA 2TSYA 3E96A 3LCGA 1EIXA 1RR2A 1A50A 2Z2UA 3PSWA 3UPWA 1W37A 4UCGA 4LOCA 1O95A 3K30A 4GUIA 4S2CA 2Y85A 3HPSA 4XQ6A 4JN6A 4FXRA 2EGZA 4UTIA 1FX6A 1H60A 4JTKA 3QZEA 2A2IA 2ZZ3A 3TV8A 3HIJA 3DAQA 2Y61A 3C2OA 2EF9A 4O18A 3DGRA 1H5YA 1ALDA 2EAWA 5KINA 1XI3A 4O50A 1XUUA 4QAIA 2BSLA 5DXYA 3ANYA 3P74A 4MYXA 3L2IA 3B03A 3QQ1A 4BF9A 1H50A 4N6EA 4MOZA 1DHPA 4UTLA 2A21A 2Y6ZA 3LHZA 3EWBX 3W7KA 3ZFHA 3NZ1A 1YXDA 1JUEA 5KSWA 1J4EA 3VE9A 2WSRA 4GUFA 4OE7A 4MIMA 3LCFA 1M6JA 5HR6A 5G2HA 1A5CA 3JRKA 5BMWA 1C29A 4RXGA 3W9ZA 6TIMA 3EXTA 1U83A 3C2EA 2ZA1A 3LCLA 3PS7A 2C6QA 4CQ8A 3EX4A 3NQMA 2W0UA 3T78A 1T96A 2ZRZA 3W73A 1ZFJA 1QPRA 4MJZA 2CZFA 2YCEA 3NQ7A 4UR8A 3EX1A 2ZZ2A 3N2XA 2A0NA 1VZWA 3EX6A 3MP5A 3W1QA 3UYCA 5EA9A 2A7NA 3KAOA 3NG3A 2X1UA 1JUKA 4M7TA 3LBMA 1FDZA 3LBCA 4DBEA 3PG8A 3OIXA 3QJAA 3M5XA 3OA3A 1OFQA 4IJBA 1R30A 3VCRA 3GX9A 3IVUA 3PF3A 4LC6A 5E93A 3PWAA 5D09A 2BX7A 2YYUA 2NLIA 3G1XA 4A3UA 2ABBA 1THFD 1VLWA 2FB2A 2QCLA 3G1VA 3IGSA 2V0TA 1X1ZA 2CW6A 2WJZA 4H3DA 3TJLA 3NPVA 1L6WA 5KITA 4K38A 1TPFA 3VE7A 4JTFA 4HPXA 3C61A 4UTKA 4K39A 2DZXA 4JGDA 2QDGA 4AEOA 3M0ZA 2BZNA 4EF9A 3L65A 4NJGA 1FWSA 4ZQRA 1KM6A 2G5WA 2WO5A 1DQXA 4GWEA 4JTLA 2GVLA 3W7IA 3QSRA 2YX0A 4FNPA 1ICQA 5L9FA 1KFCA 1WBJA 4OGZA 3FJ6A 5K4XA 1SZEA 2XFWA 1KLYA 3O16A 3R13A 2ZZ5A 3LXAA 1PE1A 3W3OA 4Q32A 3QQ0A 1XC4A 4JDBA 3P7YA 2CWNA 1Q6OA 3O6YX 4ZL1A 1TSIA 4QNEA 2QCCA 4HNTA 3VNDA 4LVBA 5CPMA 4JTEA 3GXNA 4LUIA 2ZZ7A 3M47A 5T26A 4FIRA 1A53A 1TV7A 3HBLA 2Y88A 5BW6A 2B7NA 1JQVA 3L67A 1DJNA 3PR2A 1JRCA 4QM1A 2NWRA 2NUYA 2EPHA 1U5JA 4WUIA 1H1ZA 1XUZA 1TQXA 5F4XA 3AO0A 1FWWA 3W7DA 1ML1A 2QCNA 4DF0A 3TFCA 1LRQA 5CG7A 5HULA 3W84A 3G22A 3UZ5A 5I3GA 3TW6A 3WFAA 1QCWA 4WZHA 2VEIA 1GT8A 4JY9A 3W7MA 7TIMA 3NL6A 3MI6A 4E0CA 5CSSA 3NDOA 1AK5A 5AHIA 3LHUA 3A5FA 1XL9A 2PURA 3GIYA 4EVZA 1BWLA 4ZQCA 2Y62A 4O11A 2O7QA 3O06A 1KM4A 2FB3A 1VLIA 2CZEA 3RU6A 2ZTKA 3TC7A 4AWUA 3L66A 2JKPA 3P8IA 3CIWA 3LERA 4BK9A 5IBXA 1NFBA 1XBVA 4MFDA 4CCDA 4FEZA 3QF0A 2YFOA 3WJXA 1EB3A 2E6YA 2H3BA 3W2MA 3LHYA 4DXVA 1K7XA 2FIQA 3G1AA 4QQ3A 1R47A 3DXIA 2WSQA 1ME7A 3GDMA 6ALDA 2A6NA 4ZZ9A 2VELA 4ADTA 4FNSA 1VCGA 2R94A 3IIXA 3IVTA 4BI7A 3M43A 2J88A 3H54A 4LUJA 3TMQA 1LTDA 3GKFA 4MZYA 5D02A 3DZ1A 3W1MA 4PH6A 2E6AA 4R53A 3TROA 1FUYA 3P60A 4A29A 3UY7A 3W74A 2OCZA 4LVFA 2E6FA 1R2TA 3U2OA 3KVKA 1OFDA 5LNSA 3W7CA 1JCXA 3O6DA 2YZRA 1KTBA 2YFNA 3G0SA 3VFLA 1S5WA 2RKXA 4S1FA 1LRNA 2DJXA 1GVQA 2A5HA 4WXZA 1FWNA 4O19A 4K8HA 5G2WA 2B7QA 2QCHA 1XBZA 1TPB1 3FS2A 1XM3A 2WNQA 1TCDA 3BO9A 4BI5A 4A2RA 1DBTA 4O1AA 4BI6A 4NX0A 2GQ9A 5CGQA 2GPTA 5U7SA 1SU5A 4RXFA 4MFEA 4OU1A 1M5WA 4ZVJA 3CPRA 4UFHA 3THQA 4TO8A 3NPXA 3W1UA 1IXPA 5LHFA 4XTIA 2PRLA 1I2PA 5D2TA 5AC8A 1RQBA 3BK0A 4H4IA 3R89A 3T44A 1H61A 4CQAA 4O15A 3NM1A 4R34A 4AF0B 2C18A 5LZLA 4K7VA 1YADA 3PUEA 1W5MA 2NUXA 5KZMA 3UPBA 3Q37A 1YDOA 3G1HA 4DEFA 4PEKA 1NAL1 5FF7A 4JD4A 1KFKA 2Y70A 4MYAA 1L2UA 4ZQMA 2QUTA 2QF7A 3P5YA 4YL2A 1CW2A 1GTEA 2QDHA 3S1VA 1HL2A 1R2RA 2A7RA 1Q6LA 1FQ0A 4M19A 3EWUA 4PL1A 3LCWA 1QPNA 3A22A 1TPC1 2I1OA 1D3HA 3A24A 2H6RA 5F1VA 1WYIA 2HMCA 4LRTA 1EWEA 2ZRWA 1X1OA 4IX0A 2C3ZA 1G7VA 5SWUA 2V8ZA 2IQTA 4XBSA 3GVGA 4IMCA 3PBYA 1Q6RA 2YR1A 3L68A 5IBXC 4JTIA 1ADOA 3A5VA 2WNNA 1EP3A 4FNUA 3IIOA 4MZ8A 1P0KA 4OT7A 1N7KA 2R8WA 3PB2A 3WJWA 4DBDA 1Q6QA 4K8EA 4CLMA 1QOPA 3MYPA 1JCJA 5BNKA 3IGUA 2DZUA 2WV8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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