4JYFA

X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound fe4s4 clusters.
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
347
structure length
344
Chain Sequence
MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords FEFE-HYDROGENASE MATURASE
publication title X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 139
structure length 344
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jyfA00
1TRDA 4NVTA 2V2HA 3QYQA 4BFAA 1QOQA 4UFHA 5KZEA 2ISWA 2PCQA 5BRBA 2ZRXA 3W1QA 3UXDA 1TTQA 4I7VA 2WOQA 1XFBA 4WY0A 1SZNA 2I1OA 4L4LA 1LZOA 5G5IA 1HG3A 3QF0A 4Z08A 3U2OA 4MVAA 1KFJA 1T96A 3L66A 5AYZA 5D2XA 3EXSA 3NXFA 1FCBA 4E0CA 1MEHA 3NVTA 1T0OA 3UPWA 3EB2A 3BVJA 1H61A 4XBKA 1WYIA 4HPXA 1N7KA 4BF9A 1Y0EA 3L0NA 4XQ6A 4PL1A 1M7OA 3LTSA 2B7QA 3K30A 3T55A 3PSWA 2DORA 3EXRA 4ML9A 5A8GA 4GUHA 3OVRA 5G2WA 3P80A 2A4AA 3C8FA 5LHEA 1VRDA 2EAWA 4K36A 2ALDA 1UCWA 2PRLA 3MWAA 3S8HA 1I2NA 3FA5A 4BI6A 1GPWA 3N2XA 3QW3A 1DHPA 4UFKA 3HIJA 4FX6M 1ME8A 1QPRA 1HTIA 1GVQA 3RFAA 4QIUA 1F76A 3QJAA 1I45A 1RPXA 3KOFA 4H6KA 2NV1A 4JDBA 1O4UA 4CCCA 4LUIA 1WAUA 3N9SA 3W2KA 1EP3A 2E6YA 3M5ZA 1K02A 3DXIA 1FBAA 1QNVA 1XXXA 5EKYA 1KFLA 2VFDA 3QSRA 4NQ1A 4IMFA 3JS3A 1MSSA 4NNBA 4O1DA 4JICA 2BXVA 1PV8A 3G8EA 4FHAA 4ADUA 4O13A 4N9BA 4IMCA 4TIMA 3BGJA 5HWNA 1SR9A 2B0MA 2ZA3A 4FX7A 1PE1A 4LS0A 4DF0A 4CLMA 3ZFHA 1AW1A 1I2QA 3NDOA 3OVPA 4CQ9A 3F4WA 2FDSA 2A5HA 3HGOA 2YX0A 4WJEA 4IMGA 2I9EA 3MYOA 2BTMA 5AYXA 1K8XA 4MOZA 4MJZA 4UMBA 3E96A 3I7RA 5G4EA 3P82A 4O15A 3W74A 4M5PA 4P61A 4TR9A 5D03A 3TC6A 3TJXA 2VFFA 3QC3A 3N73A 2NLIA 3PG9A 2PRHA 1SZGA 2Z2UA 3NEVA 3CIXA 4ZQNA 1OX4B 1FWWA 3O06A 1WX0A 3W2MA 2QCFA 1RQEA 1C29A 1L6WA 3RMJA 2CLMA 5HMSA 1H7WA 2QCLA 2FQIA 4NXSA 1Z44A 3LHZA 2ZZ7A 3E12A 4E38A 1LDCA 1P5BA 2XFWA 3UWZA 3W7CA 4OQVA 3STCA 4LWWA 3S42A 2VEPA 2WNZA 4DF1A 1JCXA 4MLRA 3VKJA 4IQLA 2CLOA 2QUVA 4HPJA 2H8XA 3N19B 1THFD 2DZPA 3FJ6A 1OX4A 4UFMA 3KVJA 3CTLA 5FEPA 4PC8A 1OYBA 4KWVA 3LRMA 2QJHA 3NQAA 5K2ZA 2WV8A 3M43A 3QFEA 3ZS4A 3BO9A 3KVLA 2DZTA 2FPYA 4S2BA 3GIYA 5E0KA 5DXXA 1WA3A 3E0IA 2E77A 4WD0A 3HG4A 4Y9AA 2ZTJA 2UV8G 4HT3A 1EWEA 3A21A 2PRMA 3M0ZA 1Z41A 3GDKA 4OHQA 4QNEA 3B8DA 3I6RA 3PG8A 3NA8A 5EPDA 1B3OA 1U83A 1GG1A 4HHPA 4BR1A 5K9DA 1ZALA 1J2WA 4NJHA 1H62A 3NQ7A 2ZQ0A 3P67A 5F4SA 4DEFA 2VFHA 3W71A 3BLFA 4O28A 1YDVA 1KM5A 4UC5A 5CSSA 2DZWA 3PUDA 1MO0A 1A53A 4YLWA 3MYPA 1KW1A 1DL3A 3OEXA 1GVFA 2NWRA 2A6LA 2VC6A 3OA3A 1MEWA 1TMHA 3TNOA 1RVGA 2H6RA 3TK7A 4W9TA 4PA8A 4K8HA 4GRSA 1FUYA 5BMXA 3G1DA 5H2ZA 3HF3A 2NUXA 3UY8A 2X1UA 3IEBA 1L2UA 1P0NA 2BZNA 1SU5A 3A24A 1MZHA 3QSTA 5I3HA 2HSAA 2Y7FA 2OT0A 3HGRA 4ORMA 3UZJA 3NQ8A 3QQ1A 3L0GA 4UCGA 1S5VA 3H55A 4H3DA 2QJIA 1GTEA 4LV9A 1KBIA 3LB0A 3HG2A 2XN0A 1Q6LA 3W2JA 4KFNA 3W2UA 3QMRA 2B4GA 2WSQA 1EP2A 3EX4A 5MHBA 1TPB1 3IGUA 4ZQOA 4LVBA 3NGJA 1IXQA 5AC8A 2BLEA 4HSOA 3EX3A 3GYEA 3O8AA 3B05A 1H1ZA 2NX3A 2TPSA 3BGGA 1IXPA 5CPNA 1LCOA 3NQDA 2GUUA 2Q8ZA 1IIGA 3HOJA 4PL2A 3L9CA 1LROA 3P5YA 3D0CA 2E09A 5SWUA 5LNUA 3A22A 2C0AA 4K7YA 3KXQA 1OFRA 3LCXA 3A5VA 2GVJA 4A2RA 4NX0A 5LSMA 1F6PA 1G67A 1VCVA 4HNNA 1FXPA 4M19A 2RFGA 3WJSA 1DQXA 3PBWA 4JY9A 1JRCA 1WOBA 1JUBA 3P5ZA 4WZHA 2YW3A 4OE7A 1FWSA 1NF7A 1CW2A 4Z0JA 3SI9A 1W0MA 4IX2A 4ZL1A 4RK8A 5KINA 4D2JA 4IXHA 2AAMA 5DBTA 1AW5A 3GAYA 3HG3A 3ELFA 4AVFA 2GPTA 4PEKA 1XDMA 5CZSA 4JX5A 3B04A 4O0ZA 2E1DA 2QCCA 2W0UA 3MP5A 1W5NA 2V0TA 3WK0A 3W07A 1R47A 3W23A 3TCEA 3JRKA 4FNRA 1GEQA 1V7YA 1KTNA 1UJPA 3VE9A 3QQ0A 3P81A 3C0JA 1Z48A 4WXYA 4AHOA 2GJNA 1W3IA 1AK5A 3HGSA 4NX5A 1F2JA 1C8VA 1AL7A 3WJXA 3O63A 3GB6A 2Y85A 2WSRA 4FNPA 4GJ1A 1GWJA 5BMWA 3TIMA 4DELA 4ZQCA 4DO4A 3N9RA 5F2MA 1F74A 4IJBA 4DF2A 5G2HA 3DI1A 4MFEA 2E5BA 1VCGA 2VOMA 3F1QA 3NQ6A 1YXCA 2JBMA 3UD6A 5AHLA 1YXYA 1MXSA 4RZ5A 3L68A 4Y96A 3VI2A 1LLWA 3IIOA 1XCFA 1ZAIA 4GUGA 5AC6A 1LYXA 1Q45A 4B5NA 4MZYA 1SPQA 3CPRA 1GG0A 1JRBA 3GAKA 4AWUA 1JCNA 4UR8A 2RDUA 5ABTA 2GQ8A 2A7NA 4LT9A 3SR7A 3TE9A 1ONRA 5G1TA 4K6AA 2PE4A 1NEYA 2ZRWA 3MO7A 5LZLA 3CB8A 2Q3OA 4M7TA 3W1PA 3U6WA 5K9CA 3ATZA 1A5BA 3NOEA 3BLEA 1VJIA 3WJYA 3CIWA 1QO5A 5U4NA 4JTKA 4PFMA 1X1ZA 4LVFA 5LGZA 5D32A 5F1UA 3M41A 1DVJA 1YYAA 3TQVA 4TO8A 1KM6A 1AG1O 3GR7A 3G3MA 3S1WA 1KFKA 3IV3A 5AHEA 3DZ1A 5I3FA 5K3VA 1VYPX 3IIXA 4HIBA 3MUXA 4X9SA 3G1VA 3WK3A 1GVSA 2ABBA 1XBYA 4DBEA 4UTWA 2V2DA 4JX6A 3ZWSA 4S2CA 1CX9A 5J5DA 1O94A 1NFBA 2WO5A 2FFCA 4NZJA 3IIPA 4GE8A 1LBLA 1AW2A 4UFIA 3FOKA 2RKXA 4XTIA 1OF8A 4HSNA 5FEZA 3DENA 3W7RA 1EUAA 4DPPA 1PS9A 4UXDA 3CHVA 1DKWA 4RV8A 3DKJA 1F05A 5HR6A 4YWIA 5HULA 4C1KA 4UTKA 2R8WA 1K7FA 1XBXA 1O5XA 1FDJA 4O16A 5KTLA 4LRSA 1X8FA 3NPWA 2ZZ4A 1LRQA 5FEXA 3SIZA 1OX6A 1H7NA 1EP1A 1UUOA 3O05A 4RXFA 1LRTA 1QWGA 1RV8A 2QF7A 4Z1CA 1KV5A 1JCLA 1P0KA 2B7NA 3QMSA 3MHFA 2A6NA 4PCFA 1GQNA 1M5WA 4UTHA 4Q32A 3C2RA 1H7PA 3PAJA 2F84A 1TPWA 1PL9A 3G24A 3M44A 4K39A 1H60A 2AGKA 3WK2A 5FEWA 3QZEA 4OV9A 3W7OA 3G1YA 3BW4A 2ISSA 4UUIA 1JVNA 3LHWA 3PWAA 3W1UA 1VC4A 2VEIA 4QM1A 5U7SA 3PC0A 1I2RA 3RNDA 1H7OA 1NAL1 1N8FA 3FLUA 3U8GA 3DFSA 3LV5A 3PY2A 3DKLA 3G1AA 3KRZA 4EF9A 1EEPA 4N9CA 4YXGA 3UYCA 3PUEA 4A3UA 3S5ZA 3TU9A 1G4EA 3LM7A 3SGZA 5LHFA 1Z42A 3IGXA 2YXGA 5DCEA 1LRNA 5C55A 5BOOA 1D9EA 2QAPA 6ALDA 2FLIA 4MUZA 5CPOA 4IX0A 3GK0A 4JIPA 1D3HA 2H3BA 1HL2A 2CFFA 5AHNA 3GXTA 2WNNA 2YYUA 1FDYA 4FB7A 2A0NA 2E5DA 2EPHA 3NL2A 1L6YA 3QH2A 4BK9A 1KV8A 4UTWC 2C6QA 3C2VA 2HS8A 3DFOA 1KM3A 1K7EA 3S1VA 4AF0B 1GOXA 4XUGA 5DY2A 1BWLA 1W1ZA 1YPFA 3E02A 5FF4A 4ZMGA 1PHWA 2QJGA 5AHIA 1VR6A 5D37A 1EUNA 1KA9F 1VZWA 4IOTA 4MJMA 4LV4A 3NNTA 4KFPA 1GT8A 1TO3A 3GNDA 2RH9A 4H4IA 2JGQA 4PH6A 2C13A 3R89A 4CNNA 2QEZA 5DXYA 1A5CA 3TUUA 1G4TA 2H3DA 4Z1DA 2QCHA 1KTCA 3QMTA 1YTDA 1UUMA 4EVZA 1WBJA 3EX2A 3BW3A 1W54A 3W76A 4JD4A 1JQXA 2G96A 4M6VA 4JYEA 3IVUA 1TV5A 2E6DA 4LW7A 3ABQA 5LNRA 5F2IA 1RZMA 2YR1A 3QM3A 2NWSA 2G5WA 3Q2DA 4X2RA 5CZ0A 3E9AA 3TH6A 2EF9A 1KBJA 2E6AA 3CU2A 2CLHA 2J88A 2VFIA 3EKLA 2GVGA 1SW7A 4Y90A 2ISVA 5FI8A 2VEMA 3M5YA 3HB9A 1VLWA 3W1RA 2GQAA 5DN1A 1G6CA 3NR0A 3RLUA 3MP3A 2E5CA 4R7JA 4CNPA 4KFOA 2DJXA 3EWXA 2G97A 5K9XA 5D2TA 4FIQA 3TMQA 4IPIA 3ATYA 4RZ6A 1DJQA 4NU7A 4WXZA 4NNCA 4NJIA 1XI3A 3MHUA 3O15A 3CM4A 1FY6A 3TV8A 1QOPA 2BSLA 4O17A 5F1VA 4JGDA 4UMCA 1B4EA 4AWSA 3LXCA 4GWEA 1S5WA 2ZCGA 1SZEA 4TMCA 3M7WA 4HNTA 1LP6A 1K3UA 1PHQA 3AO0A 3TFCA 2NXHA 1DJNA 3CLMA 1XKYA 1JUEA 2DU2A 3GXPA 2V5LA 3A5FA 1IXNA 2QDHA 2VXNA 1XDLA 3LCGA 4U4MA 3TSDA 1BKSA 1I2PA 3EWUA 1R2SA 3O6CA 1G7VA 2GVLA 3PBYA 1GYLA 3A9IA 4LOCA 2Y6ZA 1A5AA 2V2CA 2P0OA 5TQLA 2Y89A 3BK0A 5E1QA 4Z0SA 3S0CA 2P1FA 2YGYA 2YW4A 5D05A 3B0VC 3TKFA 3GXNA 4OU1A 3BPWA 3YPIA 1LTDA 2V82A 2ZZ3A 3O07A 1XC4A 3FEMA 2WNQA 1RD5A 4O52A 4CQAA 1A5SA 3HPXA 4CCEA 1WQ5A 2FJKA 4Z1AA 3CEPA 1G69A 3W22A 4PTNA 5DELA 4I9AA 3VE7A 3S6DA 3MJYA 2VENA 5FF7A 3P8IA 4AH7A 4FEZA 2NZLA 1TTIA 1JR1A 3TSBA 3SY5A 2GOUA 3I65A 4FXRA 3I7QA 1LLZA 3UQNA 3T7VA 2C18A 1FCQA 4FNSA 8TIMA 2QUUA 3S9YA 1W31A 5C54A 4LC6A 3NL5A 3TMLA 1NVMA 1NF0A 3B4UA 4ZQRA 2BWGA 5TBOA 2Z6JA 3M1ZA 5J5RA 5HUOA 1M7PA 1XM3A 3T78A 2QKFA 3LHUA 3C4UA 2AQWA 1OFDA 2KZHA 2X16A 4OWGA 3QW4B 2J6XA 1G4PA 2ZTKA 4YMZA 4MZ1A 5CZTA 4JTJA 3W7JA 3FFSA 3P8JA 3CEUA 3Q58A 4M6QA 1SUXA 5AOUA 2C3ZA 4LU0A 3BARA 5I3IA 4JTEA 2A7PA 3W1LA 5T26A 4JTTA 2HMCA 2Q3RA 1FX6A 2ZZ1A 3L67A 5BW6A 3N2MA 2EKCA 3GKFA 1S5TA 2D73A 2TRSA 1H51A 1ZJIA 3T40A 1B57A 4MZ8A 3LHYA 2ZRVA 3KAOA 1HO1A 2J27A 2CLEA 1QFEA 4FO4A 4IWWA 2JKAA 3G3DA 3GNNA 4IMEA 2V5BA 1S3HA 2CLLA 1ICSA 5EY5A 3MBDA 4GNJA 1TPVA 1SO5A 4N02A 4NNAA 5A5WA 3MW7A 1Q6QA 3W7KA 2ABAA 7TIMA 2X1SA 4I7WA 3HBLA 1SW0A 2E6FA 4Q33A 4UTMA 4JTHA 1T99A 3VCRA 1KLZA 4HN4A 3W83A 2WSYA 4MIMA 1TREA 3O16A 3NO5A 4AWTA 1XUUA 2PURA 4QQ3A 4LVDA 4RLIA 3H53A 3EXTA 4O4WA 3BLIA 2ZRZA 4ZQMA 2Z1BA 6TIMA 1LOSA 5D30A 4M6PA 4JS3A 4HKPA 4O4VA 5EMUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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