4K41A

Crystal structure of actin in complex with marine macrolide kabiramide c
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
363
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
total genus 118
structure length 363
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k41A03
2Q1NA 3ZEUB 2GEMA 4DQ8A 4CBWA 1QHAA 1BU6O 1Q18A 3TU5A 4BRCA 3O6WA 1NGAA 3O80A 2CH6A 4BRFA 5AQJA 4BC3A 4DCHA 2BUPA 1BG3A 4BRIA 4A2AA 5EOYA 1NM1A 4BRQA 4H0PA 4BC2A 4CBXA 2HOEA 1RDWX 3EL2A 2ZWHA 3AAQA 3UKRA 2J4RA 1GLAG 2VCPA 1NGCA 4O5FA 4AM7A 4BR7A 1ATSA 4FWKA 2P9NB 4GNIA 1NGHA 1KXPA 1HPMA 4K43A 5EY4A 1NMDA 5F0XA 3M3ZA 4JAXA 1XUPO 2P9SB 5ADXH 3CIPA 4BVOA 1HLUA 5AQTA 4BGAA 5LJVA 2P9KB 4H0VB 2FF6A 2P9UB 5LY3A 5F2RA 4B1UB 1X3NA 2AP1A 4H03B 3VF2A 3VF6A 1T6DA 1RFQA 3BUZB 1YVNA 4K25A 1MDUB 3VGMA 1YUWA 2HMPA 2YHXA 4M63C 4BRKA 2QWNA 3QICA 4ISFA 5BRFA 2FLOA 3MCPA 3W0LA 3ZX0A 1BOTO 1SQKA 4FWLA 2V7YA 4WQ5A 1P8ZA 2YHWA 3H1VX 3S41A 5CE3A 3LDPA 3LDOA 4XH4A 4JD2A 2KHOA 1U2VA 3HSCA 3B8AX 3WEEB 2F9TA 5I9EB 2ZF5O 4CZJA 5AQUA 3M1FA 2A5XA 4EAHD 3HTVA 5AFUA 1BUPA 4BVPA 3UKUB 1Z6RA 3WXIA 4Z94A 3DJCA 2CGKA 1T6CA 5JLFA 2V51B 3CJ9A 2A3ZA 3GL1A 3DAWA 3QBWA 5KPRA 4B1VA 2I7NA 1S22A 3O4WA 3VPZA 3VEXA 3F9MA 3ID8A 2ASOA 1TUUA 2NRHA 2BTFA 2DPNA 5AQIA 4FWPA 3FGUA 4Y0WA 3KHYA 3VERA 2P9NA 2P9IA 2E1ZA 3FE1A 1S3XA 3UE5A 3P4IA 3WQTA 3A5MC 3L6QA 2NLXA 4H0XB 3VOVA 4FPBA 5AQOA 4XH5A 2P9KA 2YJFA 4BRMA 1GLCG 3CJ1A 1HJOA 4M7XA 3VGKA 4IJNA 4FPAA 1ATRA 2UYTA 3LDNA 5AQNA 4CBUA 3ZX3A 2QWOA 4A62A 1BDGA 1NGGA 4BRLA 3CJBA 3QFPA 2ASMA 4IJAA 3ULEB 5EX5A 2FSNA 4HTLA 4PKIA 3WXKA 4B1YB 1WUAA 4BQLA 1RGIA 3VEOA 3J8AA 3AAPA 2P9LB 1X9JA 4FWMA 2CH5A 2D0PA 4BGBA 2I7PA 2HF3A 5AQGA 2E8AA 2P9PB 3CERA 3CQXA 4YDUA 2E2PA 3CETA 4BQZA 3WEEA 1E4FT 3VGLA 3VESA 2FSJA 5EVZA 4JHDB 3KZBA 4XEIA 3FZLA 3VEVA 2W40A 5B8HA 2W41A 4BRHA 2GELA 3CJCA 3EN9A 4H5WA 3ZETB 5AQHA 1EQYA 4CJ7A 3OHRA 5AQSA 5TKYA 4BREA 3A5NC 4MO5A 3A5OC 1KAXA 5AQQA 4WYBA 3GOIA 4CZHA 3G25A 5E26A 5AZJB 3VETA 1U6ZA 3FZKA 3TPQA 2YJEA 4WQ4A 3U8XA 5FPDA 4CI6A 2EWSA 3JS6A 4CD1A 4IWVA 2FXUA 2QM1A 3IDHA 2A40A 3GG4A 3MDQA 4FWOA 5ELZA 5BREA 3H3NO 3GBTA 2HF4A 2NZTA 5BRDA 1KAZA 3FR0A 1C0GA 2CGJA 3D2FA 5EXWA 5AZIB 3VEWA 4QS9A 4FWSA 1HKGA 2D1KA 1Y64A 1H1VA 1NGJA 5BPLA 4BG8A 1IG8A 3ULEA 4BR5A 4M7YA 5JLHA 3H46O 4CD3A 2P9LA 2ZGYA 4BRPA 4KBOA 3FZHA 3LL3A 3MN9A 2QWRA 1QQMA 5KQDA 2H3GX 4I6MA 3SK3A 1NGDA 2GUPA 3QFUA 1ATNA 4H5TA 4BR9A 4L3QA 1HX1A 3LDLA 1JCGA 2Q31A 4JHDA 3ZEUA 1GLLO 2Q0RA 4BC5A 4CZMA 1BO5O 2A6AA 2PBDA 3FFKB 3WT0A 2E2OA 2GWKA 3ZETA 2V52B 1QQNA 5AQLA 3GE1A 3SMSA 1NGIA 3DXMB 5BPNA 5ADXA 3O5BA 5AQVA 1MWKA 4BRDA 3QDKA 3D2EB 2Q36A 1HKBA 4DHYA 3RSEB 4H0YB 1ESVA 5AQYA 4A61A 3VEYA 2FF3B 2P9SA 4HWIA 5AR0A 1J6ZA 2QWLA 4DB3A 2VYPA 4B9QA 1GLEG 4EFHA 4FL9A 1NGFA 2PAVA 2P9UA 5JMVA 1MWMA 4EHTA 3H6EA 1TUYA 5AZIA 1JCEA 4PKGA 3IUCA 3R6MA 4MO4A 1TYQB 1MA9B 4E1JA 2ASPA 3DWLA 3U4LA 4JNEA 4IO8A 1IJJA 3GDQA 3ATVA 3WQUA 1JCFA 4MLHA 3WXLA 2CGLA 3BF1A 3W3DA 4FWNA 4C23A 3EZWA 5AQMA 1OKJA 4BC4A 1NWKA 3EO3A 4GY2B 3L4IA 2YCHA 4FWRA 4RCHA 4AM6A 1NGBA 1XQSC 4K42A 1BA0A 2IIRA 3UKUA 3HBTA 1HUXA 3WUHA 4WQ5C 2V7ZA 4FWQA 2IVPA 3KVGA 4H5NA 5BR9A 4QS7A 4A2BA 1E4GT 3LM9A 2FSKA 3H1QA 2VWBA 3DXMA 3I8BA 4FOEA 1R59O 3U9DA 3R8EA 4JD2B 4CZFA 1GLBG 1U2VB 2Q97A 1QZ5A 3D2EA 3IFRA 4BR2A 3AY9A 4B1XB 2D4WA 3RSEA 3H3OB 3WXJA 5AQKA 4PL8A 3FLCO 2QXLA 2E20A 3EKSA 2E2NA 4BR0A 2QWMA 3FZMA 4BRNA 3MN5A 1Z05A 2Q0UA 3CQYA 1GLJO 4O8KA 4CZIA 3UB5A 2A41A 1T44A 1QQOA 1X3MA 3R9PA 4F9OA 3MN6A 5AFUH 1YAGA 4EIAA 1K8KB 3DXKB 3ENOA 4NB4A 3JXUA 1BWFO 3HI0A 4H0TB 3MK6A 1TYQA 4RWTA 1XC3A 4RTFD 1SZ2A 2P9IB 3ZX2A 3QMLA 4B1ZA 2YI1A 1GLDG 3MMVA 4BRAA 5AQWA 4CZEA 2P9PA 3VENA 3BF3A 1CZAN 2F9WA 3HM8A 4H0OA 4ISEA 2Q2RA 3D7EO 1DGKN 3H45C 4BR4A 3C7NB 5E84A 5FPNA 5KPZA 2AA4A 1GLFO 4CZLA 2ITMA 4QS8A 3MN7A 3CI5A 3HZ6A 3O08A 4JN4A 1SAZA 4YDUC 3CJ7A 1V4SA 5BN8A 5FPMA 4FOIA 3C0BA 5AQFA 4ISGA 2E88A 2WUSA 5AQXA 4BG9A 2GTDA 5FPEA 5AZJA 5BRHA 1NGEA 3VEZA 1LOTB 4BRGA 1YXQA 1V4TA 4BROA 3ENHA 3LDQA 4H5VA 4J8FA 4CZGA 3BP8A 3CJAA 2IVNA 5AQRA 5AQPA 3ATUA 3U9ZA 5KPTA 4PKHA 1ZBSA 2QWQA 3AARA 3IMXA 2IVOA 1ZXOA 1ZC6A 5AQZA 1K8KA 3DXKA 3L0QA 3UKRB 1NBWA 3O1WA 2D0OA 4WQ4C 2ZGZA 2OANA 4B1WB 2QWPA 4FO0A 3SMPA 1D4XA 3A8YA 5LJWA 3QBXA 4EHUA 4CZKA 1WOQA 2QW9A 4MLEA 4NO7A 5F1XA 4PL7A 3LM2A 1KAYA 3BEXA 5KQ8A 5JICA 1BA1A 3CHWA 2YHYA 5BPMA 3QB0A 4XH1A 4FSVA 3C7NA 1NLVA 1LCUA 3A0IX 4K41A 3D2FB 3FZFA 1G99A 2E2QA 3O8MA 2A42A 3A5LC 5BN9A 1HKCA 2GWJA 4IXCA 1DEJA 1QZ6A 3VF4A 3I33A 1DKGD 3M6GA 4I6MB 4LC9B 1C0FA 2E1YA 3O1BA 4IZ9A 3SJHA 3SLCA 3EKUA 4H5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2AA 4DQ8A 3CM5A 4TSXA 3HVTA 1BU6O 5J2QA 1OH5A 4FZXC 4JKDA 4IO9L 3O6WA 4OJRA 2O8CB 3VQCA 1NK5A 1FKPA 4H8KA 5AQJA 4BRFA 5HLFA 2BUPA 3SNNA 1IBKK 3OYJA 4BRIA 4UQGA 1YI2N 4JI0K 1S9EA 1RNHA 4B9SA 4AILC 1OH8A 2HOEA 1RDWX 2F8SA 2ATQA 2J4RA 1NGCA 4O5FA 2ZJPL 1KXPA 3DLGA 3CC2N 1NMDA 4N41A 2NRZA 4EZ6A 2RHKA 1HLUA 5AQTA 4JKCA 4BGAA 2NNWA 1WSGA 3J80O 4OLAA 3N4QA 4A59A 2NUBA 1W0HA 2ITGA 1HQUA 1T6DA 1WNSA 3VMFB 2OZSA 4M63C 2QWNA 3T1HK 4ISFA 5GAGP 2HNZA 3ZX0A 1BOTO 4LY7A 3P31A 4GV3A 4FWLA 3HJFA 3QEPA 3H1VX 4FM1A 4LF4K 3AO3A 3KK7A 3LDOA 4JD2A 4J2DA 1DTTA 1X9SA 1IO2A 1VQKN 4DFKA 5I9EB 3M1FA 2A5XA 3IS9A 1BUPA 1Z6RA 5JVHL 1ZBIA 3HO1A 2O8CA 3AVIA 1T6CA 2V51B 3V6DA 3CC4N 1Q81O 4PWDA 3O4WA 4PA1A 2ASOA 2PZSA 1S5JA 1LW2A 3SUOA 3CFPA 4FYDA 4DR7K 1KTQA 2P9IA 1NJYA 3AVAA 5CHIA 3PX6A 3VA3A 3L6QA 5M1OA 3C95A 1N5YA 2ETJA 3ALYA 4FPBA 3NGIA 4DR5K 4DTNA 2C1IA 3VGKA 4FPAA 1SKRA 2P5OA 3OYFA 3EE8A 5K14A 3D0PA 3OYIA 4B8AB 2FSNA 4HTLA 3WXKA 4BQLA 4DLEA 4F2RA 2ZJRL 3J8AA 5C10A 2D0PA 4NLBA 1X9MA 1RILA 1VQ5N 4YDUA 5C12A 4JI6K 3JSMA 1EO1A 4BQZA 4CF0A 3VESA 1VQLN 1DTQA 4BACA 3P5JA 4AHVA 3VQBA 2FSJA 2KQ2A 1KC8O 1RT4A 3FZLA 3JAMO 3CJCA 3D6RA 4JEPA 2IGIA 3CCEN 1RT7A 4JI1K 1LAVA 5AQHA 1VRTA 3V81A 4CJ7A 5CY4A 4CJTA 3E01A 4C8OA 2HBKA 4RW9A 3SQ0A 1BQNA 3A5NC 4B9VA 3PLAA 4X64K 4KHNA 4CEEA 4YOUA 5DM6L 3G25A 1S6PA 3TPQA 3K5OA 4ID1A 5FPDA 3RR7A 4E0DA 4IWVA 5C24A 2FXUA 1SKSA 3MDQA 3RMCA 5C42A 4JRPA 4FLYA 1VSLA 2HF4A 4BWMA 5BRDA 3F5TA 1KAZA 2PFUA 3V9ZA 4F4KA 4KHPK 1ASUA 4FWSA 4KH5A 3SBGA 4OLBA 1IG8A 4OGEA 2YNIA 3HSTB 4JI8K 2P1JA 3I0SA 3HOSA 1UOCA 4M7YA 3CCRN 3H46O 4CD3A 3ZYYX 4O0IA 4DV0K 2ZGYA 4BRPA 4O44A 4CJLA 2QWRA 4KI6A 4B8CA 1RBVA 4GVEA 3U6FA 4KREA 4HUEA 1NGDA 1C0MA 3E9LA 2OCEA 4IFVA 5KGWA 2BGGA 3ZEUA 2XY7A 3C6TA 3FFKB 1QVGM 3LDSA 2YNGA 3K9KA 3KIOA 4FXDA 1KFSA 1L3VA 1K8AO 4GW6A 3L3UA 2RKIA 1MWKA 1Y97A 4FW2A 3KLIA 3K5LA 3RMBA 4NCAA 1OVQA 4LFAK 1D8YA 5AQYA 5LL6Z 1NNEA 2P9SA 5AR0A 1J6ZA 3ID6A 2QK9A 1UWBA 4FJ5A 4FVUA 1N6QA 4FJXA 3I8DA 2PAVA 2P9UA 1CXQA 3VTHA 5SZTA 1MWMA 2OTJN 4KPYA 1N32K 1JCEA 3P1GA 4CJKA 3R6MA 4M42A 3TAEA 2OPPA 2ASPA 3ZCMA 4JNEA 4LH5A 4E7KA 2B5JA 3ATVA 3WQUA 4PHTX 4ELUA 1NK9A 2QKBA 3EZWA 4KB0A 4BC4A 1WSEA 3KJVA 2G8UA 2QTDA 1T7PA 2IAJA 4FWRA 4RW6A 4B3SK 3KLEA 4CGIA 3AO5A 4CJ5A 1VSDA 1BA0A 2IIRA 1VK0A 4OO1J 2G8FA 2HW3A 3WUHA 2HB5A 2Z1HA 2V7ZA 3NF6A 4H5NA 4QS7A 3TTDA 1N8RO 3I8BA 3U9DA 2HBMA 2KW4A 4ILJA 4CZFA 4IG0A 1GLBG 1U2VB 4CJQA 3AY9A 4B1XB 2ZD1A 5C2FA 5AQKA 5GAHP 2QXLA 3HPGA 4CFDA 1NK0A 4DTXA 4YOXA 5GAEP 3MN5A 1N33K 5GADP 3CQYA 1GLJO 2QI2A 2ZM6K 3UB5A 1N36K 2Q3SA 3R9PA 3MEEA 3QNNA 3OYDA 2WOMA 3HP9A 4C1NI 4MQ3A 4NB4A 1SL0A 4IKFA 1C6VA 4FW1A 4DSEA 1ZBFA 1VHXA 1XC3A 1SZ2A 3VQ9A 3TAFA 3AA4A 1EXQA 3I0RA 4DG1A 5AQWA 3BZCA 4Z4GA 3VQQA 2Z1JA 3VENA 2OPQA 4KHQA 2Q2RA 1DGKN 1FXXA 1ASWA 1NKEA 4HUFA 3JYTA 2HSTA 4DR1K 4DV4K 3M8QA 4HTUA 1C1AA 4W5QA 1L3SA 3CC7N 1X1PA 3AGRA 4M3RA 4QS8A 3CI5A 2KKZA 3HZ6A 1EETA 3MX2A 4CGJA 2VG7A 3CJ7A 4CF8A 4FOIA 2Z1GA 3C0BA 1VSHA 2E88A 2PY5A 2WUSA 4FLUA 4N76A 3CYMA 3UIQA 1NGEA 2FBVA 1LOTB 4BRGA 3L2WA 1VQ6N 1D5AA 1V4TA 3NBPA 4JK9A 1S1UA 4BROA 1NK7A 3G0ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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