4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
1BU6O 3A8YA 4DCHA 5TKYA 2BUPA 5KPZA 2IVNA 2P9LA 3VF2A 4BC2A 3H3OB 4FWSA 4H0VB 5E84A 4CZEA 3H1QA 4H0TB 3CETA 1GLLO 3AARA 4H5VA 3ZEUB 4WQ5A 1ATSA 1Y64A 3H3NO 3M6GA 3OHRA 2KHOA 3MN6A 4Z94A 4FWOA 2P9NB 3H45C 4WQ4A 2GTDA 1ESVA 2FF6A 1GLCG 3R8EA 1HX1A 5BPLA 4M63C 2YHXA 3MN5A 3SK3A 3ZETB 3O08A 2E1YA 4PKHA 2E2QA 3FZKA 3B8AX 4JAXA 1QZ5A 2IVPA 4NB4A 2GWJA 1T44A 3O6WA 5I9EB 5EY4A 3M3ZA 5B8HA 4BRMA 2A40A 2CGLA 4BC3A 1YUWA 3ZX0A 5AQIA 3O1WA 1NGAA 4FPBA 5JMVA 3H6EA 4CI6A 2P9PB 1BA0A 2HF3A 5FPDA 4A2AA 3SLCA 4JD2B 2QWLA 4BRHA 4YDUA 4WYBA 1T6DA 2A42A 2YI1A 3HM8A 4JN4A 4BC5A 4O8KA 3MN7A 3U4LA 1BO5O 3HBTA 5KPTA 4BRQA 4IWVA 3R9PA 3CJBA 3HI0A 2QWOA 3UKRB 1QHAA 4H0OA 4H5NA 2GELA 3D2FB 3QB0A 4KBOA 1KAZA 2E2OA 3FZHA 4BQZA 1BUPA 5AZJB 5AQUA 4BR5A 1MWMA 1E4GT 2P9NA 2P9UB 4AM7A 1NBWA 3WUHA 5EXWA 1NGFA 2V7ZA 3VERA 1NGIA 4BRCA 3L4IA 4QS8A 2J4RA 4HTLA 1X3MA 4EHUA 2D4WA 3VGMA 1HUXA 1Q18A 5AQWA 4BRAA 3CJCA 4J8FA 4ISFA 3WXJA 2F9WA 4M7XA 2A41A 3WT0A 3QFPA 4BRLA 5AQPA 3VEVA 4CZLA 2FSJA 2NRHA 2PAVA 2QWPA 1J6ZA 3FZMA 4FWRA 3WQTA 1NGDA 2I7NA 3I33A 2D0PA 4B1YB 4I6MB 3A5MC 3C0BA 4JHDA 4Y0WA 1ATRA 4AM6A 4BREA 1DKGD 3HTVA 5AZIB 4QS7A 5BRFA 1P8ZA 2CGKA 4BRGA 1MDUB 4WQ5C 3SMPA 1IG8A 1XC3A 3GL1A 4IJNA 1RFQA 4CZHA 1DEJA 4FWNA 4MLEA 3MMVA 2P9SB 2P9KA 4IJAA 4O5FA 1NGEA 1V4SA 4XH4A 5CE3A 5AQOA 3LDQA 3CIPA 3AY9A 5AQJA 2YHWA 3ULEB 3G25A 5AFUH 2V7YA 4FWMA 2FXUA 1EQYA 2QWMA 3VEWA 4CD1A 1TUUA 3VOVA 2D1KA 2YCHA 4B1XB 3W0LA 3FGUA 4BR0A 4CZIA 4F9OA 3CQYA 3DXMA 4IXCA 5AQMA 1SAZA 2ZGYA 3FZLA 3O1BA 3O4WA 5E26A 5AR0A 4CZFA 3U8XA 2ZWHA 4BRDA 3EKUA 2FSNA 1OKJA 2F9TA 1LOTB 4BGBA 5AQTA 1TYQB 1ZXOA 1IJJA 3F9MA 1HKCA 4BG9A 3QBWA 5AQYA 3HZ6A 1T6CA 4B1ZA 4BVOA 3VEXA 5AQVA 5BN9A 1JCFA 2ITMA 4FWPA 4RTFD 3SJHA 5KQ8A 2YJFA 3MK6A 2OANA 3IDHA 1KAXA 4MO4A 4RCHA 3GG4A 4BRPA 1ZC6A 3ATVA 2NLXA 2EWSA 3CI5A 3WEEB 1YAGA 5ADXH 3DWLA 4DHYA 3FFKB 4XH5A 1WUAA 3D2EA 1KAYA 1DGKN 1QQMA 1JCGA 3LDPA 4H0YB 1U2VA 3H1VX 2W41A 5F2RA 3BEXA 2P9SA 3KZBA 2I7PA 3DXKB 4BR2A 2QM1A 3MN9A 3VENA 5AQGA 3UB5A 5EOYA 3EZWA 2CH6A 5AQRA 4CBXA 2Q0RA 4DQ8A 3VEZA 3A5NC 2E2PA 4LC9B 4A61A 3ENOA 2WUSA 4BROA 3TU5A 3ZEUA 3MDQA 4XEIA 3VETA 3A0IX 3D7EO 3LDLA 2VYPA 4H5TA 5FPMA 3UKUB 1Z6RA 3QMLA 2P9LB 5AQKA 3UE5A 3ENHA 3CJAA 1BDGA 1GLAG 4FOIA 5EX5A 5BR9A 1ATNA 5EVZA 3ZX2A 3ZETA 3H46O 1H1VA 4B9QA 4EAHD 2AA4A 2HMPA 2QWNA 4FPAA 3QBXA 1HLUA 4BQLA 2ASMA 4PL7A 5F1XA 1ZBSA 1HJOA 4M7YA 2QWQA 2QW9A 5BRDA 1NWKA 3KHYA 2FSKA 4BG8A 4FWLA 4BRNA 2D0OA 2H3GX 2VCPA 1GLEG 1Z05A 2A3ZA 3LL3A 2P9PA 4NO7A 2E20A 4CBUA 5BRHA 4FOEA 3GDQA 3R6MA 4JD2A 3CJ9A 1SZ2A 3LDOA 1HKBA 3QICA 3U9ZA 3A5LC 4WQ4C 4L3QA 5F0XA 1CZAN 4CBWA 5FPEA 3J8AA 4EIAA 1YXQA 1LCUA 1X9JA 3FZFA 5AFUA 1JCEA 3P4IA 3UKRA 2E8AA 4B1VA 4E1JA 3VF4A 4HWIA 1GLJO 3WXKA 4BC4A 3FLCO 3D2FA 3BUZB 1V4TA 4FWKA 1TUYA 2P9IB 3O8MA 2GUPA 3WXIA 5AZJA 4K42A 5AQFA 2P9UA 1HPMA 4GNIA 5LJWA 4QS9A 3TPQA 4CD3A 4XH1A 2ZGZA 4BRKA 2HOEA 1QQNA 5FPNA 1MWKA 3CHWA 3VPZA 2VWBA 4K41A 4FSVA 3VEYA 5BPNA 1R59O 2V52B 2UYTA 4CZGA 3JXUA 3CJ1A 4YDUC 3WXLA 3GE1A 4H03B 1BG3A 3DAWA 3GBTA 3FR0A 3ATUA 1QZ6A 1NLVA 2E88A 3L6QA 5LY3A 2ZF5O 3BF1A 1XUPO 3KVGA 4ISGA 1NGGA 4H5RA 4GY2B 3BF3A 4I6MA 2Q0UA 3DJCA 3EN9A 3QFUA 5ADXA 3RSEB 3VEOA 1X3NA 3EKSA 3L0QA 3M1FA 2V51B 5ELZA 5AZIA 2Q1NA 4BVPA 4PKGA 4H0XB 3VGLA 2Q97A 1SQKA 1NGCA 3ZX3A 2QWRA 2YHYA 1NGBA 2Q2RA 1XQSC 1MA9B 3CJ7A 1GLBG 4EFHA 2W40A 4RWTA 3EL2A 1RGIA 5AQQA 4CZJA 3LDNA 4JHDB 3ID8A 3C7NB 4ISEA 5AQZA 3LM9A 3VF6A 1K8KB 1WOQA 4BRIA 3ULEA 3VESA 1NMDA 2CGJA 5LJVA 1YVNA 3FE1A 2FLOA 3WQUA 2A5XA 2E1ZA 2A6AA 2P9KB 2P9IA 2HF4A 2IIRA 1GLDG 2BTFA 4BR9A 2QXLA 4CZMA 2E2NA 3IFRA 4A62A 5JICA 4H0PA 2GWKA 2ASOA 2DPNA 1RDWX 3CERA 4PL8A 3AAQA 1BOTO 4BGAA 5BREA 1TYQA 3GOIA 1BWFO 3O5BA 1GLFO 3U9DA 2NZTA 2IVOA 2Q36A 3O80A 1S3XA 3IMXA 5AQNA 4H5WA 3DXMB 3SMSA 4FL9A 1NGJA 5AQXA 1C0FA 1G99A 3W3DA 3BP8A 3CQXA 4BR4A 2ASPA 3IUCA 3RSEA 5JLHA 2Q31A 4BR7A 5AQLA 3QDKA 4CJ7A 5BN8A 3WEEA 5JLFA 4JNEA 4MLHA 2YJEA 4DB3A 1D4XA 2FF3B 3MCPA 5BPMA 1NGHA 3LM2A 4MO5A 1BA1A 4PKIA 1QQOA 4A2BA 3HSCA 3I8BA 3DXKA 3VGKA 2CH5A 1S22A 1KXPA 4IO8A 3A5OC 5KQDA 2GEMA 1U6ZA 3C7NA 2AP1A 4C23A 4B1UB 1K8KA 5AQSA 1C0GA 1NM1A 4FO0A 4B1WB 4EHTA 3EO3A 4FWQA 3AAPA 4IZ9A 3D2EB 5AQHA 4BRFA 1E4FT 1HKGA 4K43A 3S41A 1U2VB 2PBDA 4CZKA 4K25A 5KPRA 3JS6A 3UKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HVJA 4DCHA 4OKKA 5TKYA 2BUPA 2IVNA 4CF2A 4FK0A 3VF2A 2F8TA 3H3OB 1WSFA 2KKZA 4CZEA 2BGGA 4NCGA 3CCUN 4H0TB 5GINA 5C42A 1NJZA 1T8EA 3ZEUB 5FDLA 3KK1A 2QEXN 1VSDA 1CLQA 2P9NB 1ESVA 4QCLA 1X9WA 4GVMA 3KLIA 2YKMA 3R8EA 5BPLA 3SK3A 4PKHA 5J2PA 3FZKA 3B8AX 4GV6A 4JAXA 1IKWA 1BQMA 1QZ5A 4DTOA 3TAQA 4FJHA 4DR4K 2GWJA 1TK5A 1SKRA 4IG0A 4C8KA 1E3MA 3VQPA 3C6AA 5DMRA 3MEDA 3VTIA 3VA0A 4BRMA 2E5LK 4KH5A 3ZX0A 5AQIA 3O1WA 5C12A 3H6EA 5FPDA 5CY4A 1CZ9A 2JWLA 4JD2B 5LMUK 2QWLA 1C1CA 4BRHA 4B3MK 4CEAA 4B9LA 2A42A 1S1TA 1S6QA 2BDPA 5HRPA 3LP0A 4Z0UA 4HHTA 3ZSRA 4JLHA 4E7LA 4FJMA 3LANA 4LSLA 3R9PA 1JLEA 4CGFA 3OYFA 4DLGA 3UKRB 2QWOA 4EP5A 1OH5A 1HJRA 2IDOA 2GELA 3D2FB 3QB0A 1K9MO 4KBOA 2G8UA 4CEFA 1N32K 3OYDA 4OVLA 3AVGA 3PY8A 3CCEN 4N56A 5AQUA 4AM7A 3WUHA 3RRHA 2C1GA 4IOCL 2D5RA 3OW2M 2KZMA 1QSSA 3AVBA 2J4RA 4E1MA 1X3MA 2D4WA 1HUXA 4CFAA 2Q3SA 3D45A 1VHXA 3CJCA 4ISFA 3WXJA 5FRNA 2F9WA 1ZYQA 5HLFA 5DM6L 1HNIA 3AGRA 3BGRA 3HOTA 4CJTA 4FLTA 3WQTA 3I33A 4X65K 4JKGB 2UXBK 4JHDA 1ATRA 1WSEA 4JKCA 3SQ1A 2YV0X 1DKGD 1EETA 4OPAA 5AZIB 3VQ4A 1P8ZA 4BRGA 1MDUB 4PUOA 1XC3A 3GL1A 4YHHK 1TL3A 4FZYA 4ICLA 1ASVA 4CFBA 3AO2A 2P9KA 4DMNA 4IG3A 4XH4A 1VSKA 3CIPA 3PV8A 4OPKA 3OJSA 2WC9A 1S1XA 4F3TA 3AVMA 1IKYA 4OJRA 4YORA 3ALYA 4JKHA 2G8WA 4FW2A 3VOVA 1TAQA 2D1KA 3DRRA 1VQON 3W0LA 4A59A 4LF7K 3CQYA 3DXMA 1J53A 4ZHRA 2ZGYA 3FZLA 3O1BA 4CZFA 2X74A 2KFNA 1U48A 3O9QA 3PIOL 3SV3A 4YOUA 1OKJA 4B9TA 4FLUA 3TTFA 3OYLA 3MEGA 4X62K 4B1ZA 3HZ6A 4CJQA 5AQVA 3RR8A 4IOAL 4YOVA 4IO9L 2YJFA 3MK6A 3ZSVA 3DMJA 4BDYA 3L3VA 4OLBA 3DI6A 2VQEK 4H4OA 4M3WA 3J7ZO 1ZC6A 4H8KA 2NLXA 4BE1A 3CI5A 4KFBA 3PX4A 4DHYA 3TAGA 3DYAA 1QQMA 5CYQA 5F2RA 3DLLL 1JLAA 3KZBA 4FM2A 4BR2A 5JS2A 1S6PA 4DSEA 3M8PA 1WB9A 3THXA 2JGUA 3V9SA 1IKVA 3A5NC 5J2NA 3SI6A 4BROA 3TAMA 3I55N 3MDQA 5GIPA 3D7EO 3LDLA 4FJNA 2O8CA 4C8LA 4U67L 1D9FA 2P9LB 3SAFA 3ENHA 1KVAA 1SV5A 4IFVA 3KD5E 4PHTX 5EX5A 4NYNA 1KLMA 3ZX2A 3ID6A 3AVHA 4CJUA 4B9QA 4DUZK 2QWNA 4FPAA 3A2FA 1WSIA 4ELUA 4PL7A 3DLRA 5F1XA 1C0MA 1FXXA 2QWQA 2QW9A 4FJ5A 3AV9A 4RW8A 2QKBA 2YNHA 3KHYA 3NF9A 4WFNL 2D0OA 4I9QA 2Z1JA 3GDQA 5FROA 1TGOA 3OYKA 2NRVA 4CJWA 4CEQA 3T69A 1X9JA 5AFUA 1FKOA 4FLWA 2E8AA 4E1JA 1YJ9N 4CECA 1V4TA 1I39A 1W97L 4FWKA 4I2QA 3K5LA 1BCMA 1KVBA 1WSHA 5HRNA 5AQFA 2HHXA 4CD3A 1O1WA 2ZGZA 1XNRK 2HBJA 3N4QA 3VPZA 2VWBA 3QO9A 4DV7K 2A1SA 4IDHA 1UA0A 3RRGA 4CGJA 1R59O 3NFAA 2UYTA 2X6SA 1LV5A 3GBTA 1VSFA 3FR0A 2NRTA 2E88A 3ATUA 2I5JA 5GIOA 2ZF5O 3SUQA 4A5AA 3LZJA 4NXNK 1VSHA 4DSJA 4H5RA 4GY2B 1LAWA 4I6MA 2OPSA 3DJCA 4QAGA 1S9GA 3PUFA 3VEOA 5HL7L 1WLJA 2HHTA 4AHUA 1VRUA 1HNVA 2V51B 3AVFA 4PKGA 2Q97A 3BY5A 3OS2A 3KWGA 3CJ7A 2W40A 4B9MA 1JL2A 3O9RA 4RWTA 4CGHA 1RTHA 1ZBHA 1WAFA 4CZJA 4DR1K 4CEBA 3MAQA 3TAPA 1IH7A 1RBVA 2CGJA 2IC3A 1YVNA 4JYAK 1RDDA 4U7BA 4CK3A 2A5XA 2A6AA 4O55A 2KZZA 1LW2A 3MXJA 2OTLN 4C8OA 2O8DB 1KVCA 2QXLA 4CZMA 4A62A 5JICA 3CYMA 4I2PA 1SL2A 3CERA 3AO4A 1W9HA 4W5RA 3SYZA 2IVOA 4MDAA 3O80A 5KRTA 3IMXA 4JS5A 4F4KA 4CIFA 4E7KA 3NE6A 1YIJN 3C65A 4OGCA 5AQXA 3OJUA 3J81O 3BP8A 2UUCK 4DV1K 3CCSN 3C6UA 3C95A 3ZCMA 4BACA 4JI0K 2FBYA 4CJ7A 3UIQA 1M1KO 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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