4KB0A

Crystal structure of rnase t in complex with a bluge dna (two nucleotide insertion cc )
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kb0A00
3K5LA 1RDDA 4CFBA 2VWKA 3O3FA 2ETJA 4LSLA 4BWMA 3V1QA 1KFSA 1ZBFA 3OS1A 1WSFA 3HM9A 3MAQA 3ZT4A 1NK9A 4J2AA 5C42A 2FBTA 1VSIA 3TAGA 2YV0X 4DTPA 3RRGA 1RDAA 2JLEA 2HHXA 1JLBA 1CZ9A 1BIZA 4H8KA 3ZT0A 2F8TA 4JLHA 2RKIA 1NKBA 5C25A 4DTSA 3PY8A 4O44A 4W5OA 5J2MA 3HT3A 3NAEA 4HUEA 1TKDA 2B6AA 3VQEA 2Z1IA 3NFAA 1Q8IA 4CEQA 2X6NA 4ZHRA 4DQPA 2IS3A 4H4MA 4KV8A 4O0IA 4CF9A 4YFUA 4OGCA 4B9LA 3LWLA 1JLCA 4KAZA 2XO7A 3HP9A 4CGHA 4ID5A 1T8EA 4GMJB 1X9MA 4M3WA 2QK9A 4ICLA 2HB5A 4M3ZA 3THVA 2VWJA 5KGWA 2IOCA 4F3OA 4DQQA 4KI4A 4QOZB 4MQ3A 3SYZA 1JLAA 3O3HA 5J2NA 1TAUA 1S9GA 3CYMA 3OYBA 3AVNA 4DQIA 3OY9A 4F3TA 4KB0A 4OKKA 3NE6A 3T19A 5DK5A 1HNIA 4IG3A 3SV4A 3AVBA 1U49A 4Z4GA 1BIUA 3ASMA 2IDOA 3AVGA 2E6MA 1YTAA 3H08A 3EYZA 4Y1DA 2G8FA 1TKZA 4BE2A 2OPRA 1HMVA 2VG5A 4FJ8A 4Z4EA 1JXBA 4CF0A 3HVTA 4B9TA 1NK7A 4PQUA 4CHNA 1J54A 3UIQA 2B5JA 4EZ6A 1T05A 1RT2A 2D0CA 1GOCA 3DOLA 4DFKA 5FRNA 1LWFA 5KRTA 4FLZA 4FJNA 4OKJA 2KFNA 3LAKA 2D5RA 4KTQA 2DY4A 1LAWA 2IAJA 3P83D 3AO5A 3DRSA 1UWBA 3G0ZA 4CJRA 5HRRA 4CGFA 1KVAA 4Z4HA 4YNQA 4FLTA 1HJRA 1NJWA 1RDCA 3AVMA 3LP1A 3QINA 3V9WA 3M8RA 2HHSA 3OYJA 4KREA 5J2QA 3KJVA 1VSDA 4FLXA 4FZZA 1CZBA 1TKTA 4FK4A 4IDKA 4RW6A 4XIUA 3F73A 2KZMA 3CM5A 1EX4A 4WE1A 4W5TA 4M3YA 2KW4A 1C6VA 4Z0UA 3O4QA 4EP4A 3HO1A 2KQ2A 2XRIA 2VG7A 4OVLA 3SUOA 1QSLA 3NF6A 5HRPA 4FLVA 1S1WA 2P1JA 4E7HA 4CJQA 4DSEA 2B4JA 4E7LA 3SQ2A 3AVHA 3DI6A 3ZSZA 3NDKA 5CY4A 5HBMA 4CJFA 3RRHA 3QEWA 1KLMA 4RW8A 3SNNA 3RMBA 4F2RA 3S9HA 1S1TA 1QS4A 2ZE2A 3PO5A 1K6YA 1BI4A 3E01A 4KI6A 2D0BA 4DU1A 1XHZA 4DS5A 3VQ4A 4PUOA 1BI4B 1EETA 3L2QA 1TAQA 2HHTA 4DTXA 1RTJA 1HYZA 1KRPA 3A2FA 2PZSA 3BGRA 3WNEA 4W5RA 4BE0A 1VSKA 4CGIA 1R0AA 3DLEA 3MECA 1RBSA 4GVMA 3P5JA 3V1RA 4ELTA 2ZQBA 2YHAA 3K5MA 4DQSA 1VSMA 4CJUA 4EZ9A 3U3YA 4KHWA 3KKSA 3SQ4A 1BCOA 4CF8A 4CJKA 4E7IA 1JKHA 2GUIA 1NJZA 3VQ5A 4HCBA 3IAYA 4DTUA 4I9QA 4DSIA 4FM1A 5KRSA 1BL3A 1F21A 4DS4A 4M45A 4PWDA 3LDSA 4B9UA 2OYQA 3ZCMA 3L2UA 2OA8A 3K5OA 4B9SA 2QKKA 1GOAA 4BWJA 3I0SA 1D9DA 2HHUA 1HYSA 3KK2A 1RTIA 3SPZA 1RT7A 1QSYA 1FK9A 4DQRA 1NJXA 2XY6A 1VSJA 1RNHA 4LSNA 3HK2A 1KTQA 3U3GA 4CFCA 4HTUA 4CIFA 3S3OA 1NK5A 4Z4IA 4FM0A 3RMAA 3TAPA 1IH7A 1NOZA 3AVAA 3NBPA 1IKYA 1D9FA 4M3RA 3TI0A 3DLKA 1RT6A 1RILA 2KZZA 1L3TA 1RTDA 4I9LA 1KFDA 4DFPA 1W9HA 2YNIA 4CHZA 4AHRA 4OPKA 5C24A 3CQ8A 3ALYA 4CJVA 3HXMA 4M3XA 4E3SA 1BGXT 3SJJA 4KHNA 2PYLA 4CJ5A 3SZ2A 4AHUA 4ID1A 1VRTA 1ZBUA 5CYQA 3WNFA 4ZTFA 1SKSA 4C8OA 3DRPA 3TAFA 3LZIA 2RPIA 1TL3A 4LD0A 1S1UA 1TL1A 1WAFA 3KKRA 2ITGA 4CF1A 4KB1A 4HUFA 3HP6A 3IS9A 1BQNA 4BDZA 4DLGA 3OYDA 2G8IA 2WOMA 4NYNA 4CK3A 1S1XA 1HPZA 1HQEA 5D3GA 1IG9A 3QETA 1FKOA 3NH0A 4KKOA 3TAQA 2HNZA 1ZBHA 1C0MA 4FVMA 2Y1JA 1A5VA 3AVCA 3AVIA 3DRRA 2OZMA 4NCAA 4FJ7A 3IG1A 4GW6A 1I3AA 1LWEA 4CK1A 4DSLA 3V9UA 3VQCA 3ZSVA 3NF7A 3AO2A 4FCYA 1J53A 4EP5A 4RW9A 1REVA 4HHTA 4CJPA 1LAVA 2X74A 2XY8A 3OVNA 3KK1A 3NH1A 3ULDA 1HYVA 1UOCA 3OYIA 2XY5A 1D5AA 1KCFA 5J2PA 3DYAA 3VQ9A 3V6DA 1U45A 1SKRA 3LALA 2YKNA 4CESA 3HVRA 1L3UA 3B6OA 5HLFA 3KD1E 1VSEA 1TK0A 1WSHA 3LPUA 1SL2A 3AA5X 2G8WA 1RBUA 3ZSRA 1KVBA 4M41A 2DTUA 3MXMA 4C8LA 1KLNA 5FDLA 4FZYA 1O1WA 4E1MA 3EY1A 1J9AA 3NF9A 3VQBA 3QEIA 1WSEA 5I3UA 3O3GA 3K57A 1CLQA 4KHQA 1C0UA 1VSHA 3B6PA 3M8PA 4FW1A 1TK5A 3OYGA 3SCXA 4FZXC 3G10A 3NF8A 4W5QA 3SUPA 1N5YA 4IFYA 3AO1A 1XHXA 1YVUA 4O0JA 3KLEA 1B9FA 4B9NA 5HRSA 4F2SA 5J1EA 2OPQA 4KHUA 1BISA 4FJIA 1RCHA 3AO3A 2O4GA 2OPPA 2OZSA 4Z4FA 4KHYA 3ZSXA 4AHCA 3KD5E 3QEXA 1XWLA 3PX0A 2FBXA 1LW2A 4CEEA 3EZ5A 2ATQA 3SUQA 1X9SA 4LH4A 4DG1A 4FJGA 1QE1A 4H4OA 5EU7A 4Q5VA 3DMJA 2KFZA 4AH9A 1Z25A 3P1GA 4LY7A 1UA1A 4O5BA 2F96A 3VQ6A 1NK6A 3K58A 4FLWA 4AHTA 3CFOA 2X78A 4CERA 3HSTB 1U48A 3DLRA 1FKPA 4DSFA 3PUFA 2HHWA 1I39A 2YHBA 1KVCA 3SI6A 2PYJA 4ELUA 3DLBA 4CJEA 4B3OA 4NCGA 1U4BA 1RBRA 4FLUA 4N5SA 4CGJA 2YNHA 4DTJA 4LH5A 4JS4A 4BE1A 3O4NA 2X6SA 3KLGA 3PX4A 2Z1GA 3VQPA 1L3VA 4RG8A 3KLHA 2Z1HA 3CM6A 3HPGA 5CYMA 3ZT1A 2G8VA 5FROA 3I8DA 3KTQA 4KPYA 3OYKA 2PY5A 1CXUA 2D0AA 4DF8A 2ZD1A 4E1NA 3RMCA 4IFVA 2LSNA 4KO0A 2BANA 4CJSA 4UQGA 2YNGA 2HNDA 1RDBA 4N47A 1ZYQA 3KK3A 4NYFA 1WNSA 1DTTA 1G15A 4I7FA 5SWMA 3T3FA 3QNNA 3L2WA 2EX3A 3ISNC 4FLYA 1J5OA 3BDPA 3D0PA 4M3TA 3HYFA 1C0TA 4E89A 1VK0A 3AA3A 5K14A 3VQAA 4FJJA 1NK4A 3OYFA 1NK0A 3LPTA 1JLEA 2A1RA 2P5OA 4J2DA 4J2EA 1JL1A 3LAMA 3M8SA 5KI6A 3JSMA 2YKMA 4I2QA 4PY5A 2DFHA 3AVJA 2QKBA 4C8MA 4CK2A 3LZJA 1DTQA 1TK8A 3T1AA 4N41A 4O4GA 1NJYA 4Y1CA 3D45A 4FJKA 3SUNA 4R5PA 2RF2A 2R7YA 5CZ1A 4B8CA 3OYLA 1WAJA 3ZSWA 2JGUA 1NKEA 4CCHA 2HHQA 4CHYA 3ZT3A 4CF2A 3TR8A 3DLHA 3U6FA 4OPJA 3AA2A 3NGZA 1A5WA 4B9MA 3OYAA 4JRPA 4DWIA 1S6QA 4CJ4A 3C6TA 4DSJA 3C95A 3LP2A 1ASVA 4B08A 2BDPA 3RWUA 1A5XA 3VA3A 1IO2A 2Y1IA 1QSSA 2FBVA 4BDPA 4N76A 3OYEA 3K59A 1RBVA 1L3SA 2QXFA 2FBYA 3ITHA 2HVIA 1EP4A 3AVLA 2NUBA 3KLIA 3OJSA 1RT4A 1TGOA 3AVFA 3K2PA 4IG0A 3L3UA 1S6PA 4AHSA 1RBTA 3NHGA 3V9XA 4OLBA 2HVHA 1TKXA 2WONA 2GV9A 4FJ5A 4CGGA 3L2VA 2P51A 4CECA 5T7BA 1Y97A 1EKEA 1S1VA 2OPSA 3ZSYA 4CEAA 1NK8A 3RTVA 3LP0A 1IKWA 4CJLA 4CIEA 3QEVA 2EHGA 4Z4CA 3QERA 3JYTA 1HNVA 3HJFA 3AVKA 1SL0A 2GBZA 3L8BA 1DLOA 4C8NA 3V81A 1UAXA 1T03A 1SUQA 2HNYA 4RW4A 3AO4A 4IKFA 3AV9A 4DTNA 4O55A 4KTWA 4J2BA 4E7JA 5CZ2A 4CFDA 4E7KA 4OGEA 2Z1JA 4CEFA 4CE9A 2G8HA 4M3UA 3S3MA 3QESA 4B8AB 2DFFA 3HPHA 3KLFA 4DTOA 1QQCA 3FFIA 3MEDA 1SKWA 3V4IA 1MU2A 3VQ7A 4CEBA 3ZT2A 4CEZA 3QEPA 2A1SA 3MXIA 1U47A 2KTQA 4CJWA 2HMIA 1ASWA 1C1CA 3NGYA 4G1QA 4B9VA 1HQUA 2YNFA 4FYDA 1CXQA 2DFEA 1RT3A 3DOKA 3HL8A 3QLHA 4CIGA 1JLQA 3VN5A 4DMNA 3C94A 1WSJA 3DLGA 3IRXA 1C1AA 1JL2A 3MEGA 4PA1A 1WN7A 1IKXA 1HRHA 3NH2A 4I2PA 5KTQA 1NOYA 4L8RB 1BHLA 2W42A 1BQMA 5HRNA 4ELVA 4CHPA 4DTMA 3V9ZA 4DU4A 1WSGA 3TABA 4QAGA 4DU3A 3QIOA 5SZTA 2O4IA 4CJTA 1RT1A 4ZTJA 5JS1A 3RR8A 4FXDA 3OYCA 3TARA 1VSLA 3ZSQA 3SQ0A 1X9WA 3CFRA 4AILC 1SL1A 5DMRA 1U04A 3PV8A 4KTZA 1D8YA 4C8KA 4FM2A 1TVRA 4K8XA 1B9DA 3WNHA 4OJRA 4FJLA 3LP3A 4JRQA 2HHVA 4KRFA 4JS5A 4RW7A 4CHOA 4F4KA 2IGIA 1YTUA 1LW0A 3LANA 1VRUA 3V1OA 3OJUA 4BDYA 3QNOA 1XI1A 4FK0A 3TWHA 1XC9A 1T7PA 4QCLA 1TV6A 3TAMA 2IC3A 4KFBA 3PO4A 5JS2A 2FC0A 2G8KA 3HPOA 1C1BA 3QO9A 4FW2A 3ZSOA 4DFJA 2F8SA 4W5NA 1Z26A 3CFPA 4DTRA 4FK2A 4KHSA 3OYMA 1RT5A 3L3VA 3RR7A 3LWMA 3K5NA 1N6QA 1BCMA 4K8ZA 1QHTA 4TSXA 1S9EA 3F9KA 3VQDA 4N56A 2BE2A 2VG6A 2E4LA 3OS2A 2HW3A 3SQ1A 3RMDA 3S3NA 1JLFA 4Q0BA 3KIOA 4FJMA 4CFAA 3AA4A 1FXXA 3VQ8A 5E41A 3QIPA 3OYNA 3MEEA 2G8UA 4CHQA 1WSIA 4E0DA 3MXJA 3DM2A 2XHBA 3NCIA 1LWCA 3TAEA 3L2RA 1QTMA 4BACA 3VA0A 4AHVA 4DSKA 1EXQA 3CG7A 5HP1A 1GOBA 3WNGA 5I42A 1KSPA 3SPYA 3VQQA 2P5GA 4DLEA 1LV5A 1SV5A 4HVJA 1ZBIA 1JLGA 1L5UA 1B92A 1YT3A 1ASUA 2BGGA 1VSFA 3C6UA 4FJHA 3OYHA 4OLAA 1Q9YA 4CEOA 1NKCA 1Q9XA 1ITGA 3TANA 5FRMA 5KGXA 2E6LA 2RN2A 4FJ9A 1ZBLA 3PX6A 4DFMA 4HUGA 3NGIA 4E19A 1X1PA 1RTHA 1W0HA 4OKEA 3OS0A 4CJ3A 2Q3SA 4NCBA 5HROA 3M8QA 4HCCA 2AJQA 4MFBA 4F8RA 4M42A 3SV3A 1UA0A 2I5JA 4CGDA 1IKVA 4CEDA 1WLJA 4FJXA 1S5JA 3I0RA 3V9SA 4DF4A 4IBNA 1JXEA 2XY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O3FA 2ETJA 3HM9A 3MAQA 2OTLN 4J2AA 5C42A 2EWSA 1NGFA 2YV0X 4CZMA 3B8AX 3CPWM 4H8KA 2F8TA 4JLHA 4DTSA 3HBTA 1KAYA 5M1PA 4W5OA 4FSVA 5C0YA 2A3ZA 5M1QA 2IS3A 2FSJA 5JLHA 3MMVA 4GMJB 3O9TA 4ICLA 3RVCA 2VWJA 2IOCA 4F3OA 4FWPA 3SYZA 1JLAA 1MA9B 3D7EO 3VETA 4KB0A 1ATSA 1HNIA 4IG3A 3SV4A 4CI6A 3NMUA 5AQIA 1BIUA 3H08A 1E4GT 3EYZA 1TKZA 1HMVA 4CF0A 1NK7A 3HZ6A 4WYBA 2HF3A 1RGIA 2WC9A 1QQMA 4DFKA 3O9RA 3F9MA 2KFNA 2D5RA 3DRSA 1UWBA 4FLTA 4Z4HA 1NJWA 2ASOA 3LP1A 3CC2N 2HHSA 3M8RA 2UXBK 3OYJA 4FZZA 1LCUA 4BRHA 5LL6Z 1BDGA 1HR0K 4Z0UA 5AQJA 3O4QA 4EP4A 2KQ2A 3SUOA 4JKEA 3NVKA 1S1WA 3J7YP 4CJQA 3SQ2A 3NDKA 3A5LC 4RW8A 3RMBA 3SBGA 3S9HA 4A59A 2GEMA 3PO5A 3E01A 1NLVA 1XHZA 4DU1A 1GLDG 4GKJK 1BO5O 3L4IA 3VQ4A 2IVNA 4DTXA 2E1ZA 3L0QA 4YHHK 3L6QA 4JI6K 1LOTB 4BE0A 1R0AA 3DLEA 3WXMB 3MECA 4JI8K 1EQYA 2ZQBA 3K5MA 1WOQA 2D4WA 4EZ9A 4FPBA 1XMQK 3KKSA 4E7IA 3THWA 2GUIA 3VQ5A 2YJFA 3IAYA 4I9QA 2O8DB 4OO1J 3THWB 4M45A 4PWDA 4YOVA 4NB4A 2QKKA 2ZGYA 3SPZA 1RTIA 4C1NI 1NGEA 4I6MA 3VEVA 2XY6A 4CFCA 1NK5A 2E8AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O3F A;  2ETJ A;  3HM9 A;  3MAQ A;  2OTL N;  4J2A A;  5C42 A;  2EWS A;  1NGF A;  2YV0 X;  4CZM A;  3B8A X;  3CPW M;  4H8K A;  2F8T A;  4JLH A;  4DTS A;  3HBT A;  1KAY A;  5M1P A;  4W5O A;  4FSV A;  5C0Y A;  2A3Z A;  5M1Q A;  2IS3 A;  2FSJ A;  5JLH A;  3MMV A;  4GMJ B;  3O9T A;  4ICL A;  3RVC A;  2VWJ A;  2IOC A;  4F3O A;  4FWP A;  3SYZ A;  1JLA A;  1MA9 B;  3D7E O;  3VET A;  4KB0 A;  1ATS A;  1HNI A;  4IG3 A;  3SV4 A;  4CI6 A;  3NMU A;  5AQI A;  1BIU A;  3H08 A;  1E4G T;  3EYZ A;  1TKZ A;  1HMV A;  4CF0 A;  1NK7 A;  3HZ6 A;  4WYB A;  2HF3 A;  1RGI A;  2WC9 A;  1QQM A;  4DFK A;  3O9R A;  3F9M A;  2KFN A;  2D5R A;  3DRS A;  1UWB A;  4FLT A;  4Z4H A;  1NJW A;  2ASO A;  3LP1 A;  3CC2 N;  2HHS A;  3M8R A;  2UXB K;  3OYJ A;  4FZZ A;  1LCU A;  4BRH A;  5LL6 Z;  1BDG A;  1HR0 K;  4Z0U A;  5AQJ A;  3O4Q A;  4EP4 A;  2KQ2 A;  3SUO A;  4JKE A;  3NVK A;  1S1W A;  3J7Y P;  4CJQ A;  3SQ2 A;  3NDK A;  3A5L C;  4RW8 A;  3RMB A;  3SBG A;  3S9H A;  4A59 A;  2GEM A;  3PO5 A;  3E01 A;  1NLV A;  1XHZ A;  4DU1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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