4KB1A

Crystal structure of rnase t in complex with a bluge dna (two nucleotide insertion ct )
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 60
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kb1A00
3HT3A 4H8KA 4CJFA 1NKEA 3HL8A 4CEFA 3A2FA 1NK5A 4KV8A 3ULDA 4DFKA 1U45A 1ITGA 1TAQA 2YHAA 2WONA 2Q3SA 4CJEA 2P51A 2YNHA 3AO3A 1LWCA 3HXMA 1KLMA 1JLCA 2P5GA 3O4QA 3IG1A 1Q8IA 1T7PA 5FRMA 1WSFA 4Z4FA 1VSHA 3ASMA 4CF9A 2D0AA 3DLGA 1UWBA 4NYNA 4ZTFA 1NK7A 4G1QA 3DRPA 4BACA 3B6OA 4C8LA 3VQCA 3VQBA 1S9GA 3V1RA 4DTXA 3OYDA 4C8OA 5I3UA 4CFDA 3LP3A 4CE9A 1TAUA 2G8KA 4CEOA 2HW3A 4M41A 4KPYA 4BWMA 4KREA 1J9AA 4DTSA 4IKFA 3QEVA 4M3UA 4BWJA 3K5MA 5J2NA 3RMBA 1WNSA 1BGXT 2RF2A 4C8MA 2RKIA 3V9WA 4BE0A 4F8RA 2KZZA 3S3NA 4I2PA 3VA3A 5C42A 3I0SA 4FW2A 1SKRA 5FROA 1BHLA 4W5TA 4DTMA 3TAFA 3ZT3A 4CK1A 3TABA 1NJZA 1IKVA 4DSFA 1BI4B 1IKYA 3U3GA 5SWMA 3AVNA 3RMCA 1UOCA 1VSFA 1L5UA 3TR8A 4FJGA 1Q9YA 4E7IA 1DTQA 1RBUA 3ITHA 4OKEA 3ZSWA 4CEAA 4CJSA 3V1OA 2F8SA 4NCAA 2HHUA 1VSDA 4RW6A 3V81A 1WSEA 1QSLA 1RBVA 1S1VA 4Q5VA 4ID1A 1C1BA 2HHVA 4CGDA 1O1WA 1N6QA 2YV0X 4F2SA 3ZSVA 3LZJA 4DU1A 4Q0BA 4M3YA 4GMJB 2XY8A 4CEBA 1LW0A 4Z4HA 3SPZA 3AVHA 1BI4A 2FBTA 3QLHA 1CZ9A 1G15A 1ZBUA 3LPUA 4B8CA 1L3TA 4CJLA 4N47A 1C0TA 5J2QA 4ID5A 1CXQA 1C1CA 4DTUA 1HYSA 1X1PA 3WNFA 3DOLA 3SV3A 3OYGA 4CF0A 4HUGA 3NF7A 1QTMA 3AVJA 4CFBA 4O0JA 3PY8A 2QXFA 2YNIA 2DY4A 4BE1A 4FM2A 2F8TA 4FM0A 3NF6A 4AHUA 1I39A 1EETA 4RW9A 1SUQA 3OJUA 1EXQA 2EHGA 3MECA 1JXBA 3LDSA 1QSYA 1NJXA 4KHYA 3QETA 3ZSQA 3SI6A 1B9FA 4OPKA 4CEDA 3V9XA 2ITGA 4CGGA 3AVKA 3L2QA 3C6TA 3OS1A 4CERA 1JL2A 3LP2A 2B5JA 3D0PA 4AILC 3DM2A 2AJQA 1RT7A 2BGGA 2DFEA 3OYIA 5HRSA 2E4LA 1D8YA 5FRNA 1S1UA 5C25A 4DQSA 3U6FA 3I8DA 4DU4A 3ZT4A 2A1RA 4J2BA 3CQ8A 4JRQA 2YKNA 3NAEA 3NH0A 2Y1IA 3RRHA 2XRIA 1NJYA 1DLOA 3QIPA 1FKOA 3OYLA 3IAYA 1HNIA 2HHTA 1NKCA 3VQDA 1U47A 2HMIA 2HHWA 1LWEA 2B4JA 1VSEA 1RILA 2OPQA 1WN7A 2VWJA 1NK6A 1N5YA 4BDPA 3RWUA 3QEIA 3KLHA 4CF8A 4EZ9A 1TKZA 3PX4A 4OLBA 2ZE2A 2HNDA 2OA8A 1RBTA 4FK2A 4KI4A 3AVGA 4HHTA 1KSPA 3KTQA 2X78A 1Z26A 3KK3A 3S9HA 1NOZA 4R5PA 3ZT0A 4OVLA 4AHCA 4O5BA 3TAGA 2IOCA 3QINA 4CK2A 3S3OA 4B9LA 4J2EA 3AVFA 4M3WA 5HRRA 3ZSRA 4FXDA 3OVNA 3CFOA 2YNFA 4O4GA 4CJRA 5KGXA 1S9EA 1C1AA 1HYZA 1HQEA 3SYZA 1IKXA 1XHXA 5HRPA 1T05A 4WE1A 3NBPA 5DMRA 4FJ8A 2LSNA 4NCBA 1BCMA 4LH4A 4FLWA 3QO9A 3EYZA 4KTWA 3SUNA 1CZBA 2VG6A 3BGRA 1X9SA 1TKDA 1A5XA 4DQPA 4DS4A 4M42A 1QE1A 2G8IA 1HMVA 4E89A 1R0AA 1BISA 3F9KA 5K14A 3OYAA 1UA0A 4O0IA 3T1AA 3KIOA 2KTQA 1TGOA 4F4KA 2Z1HA 3VQEA 3M8QA 5CZ1A 2HVHA 1JXEA 1RT1A 3SUOA 3OYKA 1C6VA 4GVMA 3OYMA 3KKRA 3VQ5A 4M3XA 4QCLA 4DS5A 3K2PA 1ZBFA 3CYMA 4E1MA 3K57A 3AVBA 3LAKA 2IC3A 3M8PA 3AA2A 1S1WA 4IFVA 3ZCMA 4W5OA 3HP9A 3IS9A 3NH2A 3OYFA 4ZHRA 3HPOA 3SZ2A 3MXIA 1VSIA 1U4BA 1ZYQA 5JS1A 2B6AA 4CJKA 1T03A 3OY9A 1NKBA 3HO1A 3KLEA 1QSSA 1RCHA 2D0CA 4DQQA 4DU3A 1YTUA 4LSLA 2YKMA 3HJFA 3TAQA 4PY5A 1VK0A 2WOMA 3NF9A 4E7JA 4E7LA 3DMJA 1HJRA 3NHGA 2G8WA 3ZSYA 1FKPA 5J2MA 3NGZA 3QESA 3QEPA 2HHQA 4B9NA 1XWLA 4OKKA 4ZTJA 3PO4A 2VG7A 3SV4A 3DLKA 3HVRA 3AO1A 2OPPA 4KHSA 4I7FA 1SV5A 4QAGA 3QIOA 4DLGA 4YFUA 4HCCA 4FZXC 1X9WA 2OZMA 3DI6A 4ELVA 3DRSA 1NK4A 1LAWA 3HK2A 4J2DA 1LWFA 1GOBA 1JLEA 1S5JA 2HVIA 1KVCA 1BIUA 1D9DA 1UA1A 1IKWA 3D45A 4KHNA 2W42A 4AHVA 1IO2A 2XO7A 1RBSA 2O4GA 3KJVA 3L8BA 4DTOA 3V4IA 3TAPA 3THVA 5D3GA 2O4IA 4ELTA 3ZT1A 3SQ2A 1BQMA 4CJQA 2PYLA 1WLJA 5KTQA 3PX6A 2DFHA 4DLEA 3K5LA 1SL2A 1KFDA 1RT4A 3VN5A 2GV9A 3OYHA 4FJMA 1VSJA 4IG0A 4AHSA 1RDAA 4E7HA 4CCHA 1ASUA 3OS2A 3C94A 3DLRA 1JLAA 1J5OA 4L8RB 3EY1A 4CFCA 3V9SA 3BDPA 4OGCA 4H4OA 2Z1GA 4BDYA 2G8HA 1MU2A 4CJ3A 3H08A 1WSIA 3P83D 1RDDA 2HNYA 4KHQA 3HPGA 1B9DA 4I2QA 1A5VA 3CM6A 3F73A 4Z4CA 3SJJA 4KKOA 3K5NA 1ASVA 3L2VA 2YNGA 3VQ7A 4CF1A 4CJPA 1WAJA 2HB5A 2DFFA 1TK0A 3NCIA 4MQ3A 4FJJA 4FCYA 1RTJA 1SL0A 1HQUA 3KKSA 3KLFA 1HYVA 4DSKA 4Z4GA 4O44A 3U3YA 3DLHA 3AO4A 3LALA 4PA1A 1KVAA 1SKSA 4IG3A 5CY4A 4M45A 4I9LA 3M8RA 5HP1A 4QOZB 4O55A 2KFNA 4FJNA 3AVAA 3C6UA 3CM5A 3NGYA 3DLBA 2JGUA 1REVA 4KB1A 4FJ9A 3B6PA 1KVBA 4CJWA 4FLYA 4JRPA 1JL1A 5I42A 3UIQA 4Z4IA 4CF2A 3OJSA 3VA0A 3QEWA 4DWIA 1L3SA 1EKEA 4NCGA 3KK2A 4M3TA 4Y1DA 3QNNA 1LW2A 4KFBA 4DMNA 4FM1A 1C0UA 4CHOA 1U48A 3ZSZA 4DF8A 1XC9A 4FJKA 2KW4A 2QKKA 2JLEA 4FJIA 3K58A 1RT6A 3VQAA 4CECA 3VQ8A 3P1GA 3SQ4A 2PZSA 4CJTA 2BE2A 4Z4EA 4KO0A 3SCXA 2Y1JA 4EP5A 1UAXA 3AA3A 5DK5A 3L2WA 1NK8A 3SUPA 1K6YA 3QERA 1BQNA 3LAMA 4DSIA 4JLHA 3V6DA 4HUFA 1NOYA 4FYDA 3SQ0A 3MXJA 2XHBA 2GBZA 3RTVA 3OYCA 4DSJA 4CJ5A 2YHBA 4CJ4A 3S3MA 4CGFA 4FLVA 4DFMA 3KLGA 1IH7A 4RG8A 4N56A 1L3UA 2OZSA 4DFJA 2FBXA 2VWKA 3CFPA 4B9TA 4B9VA 3E01A 4DTJA 2G8FA 4CK3A 3JSMA 3ZSXA 3NDKA 4N5SA 5SZTA 5KRSA 5HBMA 4FJHA 1VRUA 5CZ2A 3MAQA 4FJ5A 1RT5A 1RTHA 3RMDA 4F3OA 3I0RA 4W5QA 3NFAA 2E6MA 3PO5A 1CLQA 3K5OA 1EX4A 1D9FA 2IS3A 3ALYA 1C0MA 4CIFA 3T3FA 2KFZA 3TAMA 1RT3A 1KTQA 3WNEA 5E41A 1HNVA 5HLFA 2ETJA 4FLTA 1ZBHA 3MEEA 1VSMA 4CEQA 3TANA 4E1NA 5EU7A 1Q9XA 4EZ6A 4OGEA 5FDLA 3QEXA 4DTPA 4XIUA 3O3HA 3SNNA 3G0ZA 1TKTA 1WSJA 2OPRA 1WSGA 2VG5A 3JYTA 2D0BA 4H4MA 4J2AA 1VRTA 3AVIA 3WNGA 3HP6A 4BE2A 1DTTA 4PQUA 4NYFA 4B3OA 5KGWA 2P5OA 5HRNA 3SPYA 1S1XA 1NJWA 3AO5A 2PY5A 2Z1JA 4FK4A 4OLAA 1CXUA 1HRHA 4N41A 4E7KA 4LSNA 3NGIA 1QS4A 4KI6A 2GUIA 1TL1A 1FK9A 3PUFA 2XY6A 4F3TA 2KZMA 3M8SA 3LPTA 1KRPA 4DF4A 4CHPA 3G10A 2D5RA 1VSKA 4TSXA 1XHZA 4F2RA 1WSHA 3ZT2A 1SKWA 2X6SA 3MEDA 4KHUA 1HPZA 2R7YA 2FBYA 3DLEA 2BANA 1GOAA 4IFYA 3VQ6A 3OYJA 4DTRA 4Z0UA 4FK0A 1B92A 4FJ7A 1JKHA 3VQ4A 1TL3A 4ICLA 3CG7A 3LWMA 4FLXA 2ZQBA 3AO2A 3AVCA 3ISNC 3HYFA 3LWLA 4DQRA 2PYJA 1J53A 1RNHA 5J1EA 1ZBLA 5KRTA 2E6LA 1TV6A 3L3VA 3LP1A 3KLIA 1U49A 4KB0A 1YVUA 4PWDA 4FLUA 4E3SA 4HCBA 4FLZA 2NUBA 2KQ2A 3T19A 4GW6A 4AHTA 4B8AB 4CHYA 1YT3A 4KAZA 2EX3A 4IBNA 4OKJA 1RTDA 3WNHA 1S6PA 3DRRA 1KCFA 2X74A 2G8UA 4KTZA 5CYMA 4HUEA 1TVRA 1S6QA 3HVTA 4FW1A 4MFBA 4RW4A 4RW7A 3OYNA 4B9SA 2HHXA 3C95A 3PX0A 1TKXA 1U04A 4YNQA 1KLNA 4C8KA 4CEZA 2RPIA 3O3GA 1QQCA 4AH9A 4LY7A 3AVMA 1JLBA 1ASWA 4CGHA 4JS5A 4B9UA 4FJXA 1ZBIA 3TARA 2Z1IA 4LH5A 4CHNA 4DQIA 4PUOA 1W0HA 4M3ZA 3HSTB 3P5JA 2G8VA 1J54A 2I5JA 3VQPA 5J2PA 3RR8A 4OPJA 3NE6A 1JLFA 2OPSA 3CFRA 4E0DA 3NF8A 4Y1CA 2BDPA 1RDCA 4FZYA 4M3RA 2P1JA 4DFPA 1L3VA 3OS0A 3AVLA 4CGIA 3LP0A 2XY7A 4B08A 4FZZA 1JLGA 2HNZA 3TAEA 3TI0A 1YTAA 1NK0A 4DG1A 3DOKA 4LD0A 4FVMA 3K59A 4EP4A 1RDBA 1I3AA 4HTUA 4OJRA 3L2RA 3SUQA 1RTIA 4CEEA 1KFSA 3DYAA 3NH1A 3KK1A 2ATQA 4AHRA 4N76A 1S1TA 3OYEA 3QNOA 4HVJA 3O3FA 3L3UA 1WAFA 4CFAA 1Z25A 5CYQA 5HROA 4JS4A 3RR7A 4W5NA 1EP4A 2A1SA 3PV8A 3VQ9A 3L2UA 1RBRA 3RMAA 4CGJA 1NK9A 5C24A 4KTQA 1D5AA 1TK8A 4K8ZA 4W5RA 4B9MA 1Y97A 3FFIA 4CHZA 4KRFA 3AV9A 2IAJA 1FXXA 2IGIA 2X6NA 1RT2A 3TWHA 3RRGA 4FJLA 1TK5A 1SL1A 4CIGA 1QHTA 1W9HA 1LAVA 3KD1E 2RN2A 2F96A 3O4NA 1XI1A 1A5WA 4DSEA 1BL3A 3ZSOA 4CESA 4UQGA 3LANA 4CIEA 3HM9A 1X9MA 4E19A 1IG9A 3AA4A 4C8NA 3V1QA 1LV5A 4DTNA 1GOCA 2DTUA 1T8EA 5KI6A 3LZIA 4K8XA 3IRXA 2FC0A 5JS2A 3MXMA 4I9QA 4ELUA 2QK9A 4RW8A 3VQQA 4BDZA 2HHSA 3KD5E 1JLQA 3MEGA 1BIZA 3EZ5A 2QKBA 2FBVA 2IDOA 4IDKA 3AA5X 4KHWA 4DSLA 3HPHA 1BCOA 1VSLA 2ZD1A 5T7BA 4CHQA 3V9UA 3V9ZA 3OYBA 1F21A 3SQ1A 2XY5A 4CJUA 2OYQA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJFA 3LDOA 4CZKA 1RDWX 2ASMA 3A2FA 1NK5A 2VCPA 4KV8A 2WONA 3EKUA 2AP1A 4H0VB 1LWCA 4C23A 2P5GA 2FSNA 4IOXA 1Q8IA 3G6EN 1WSFA 1YUWA 4Z4FA 1VSHA 1NGIA 1CZAN 3D2FA 3VQBA 1S9GA 3G71N 3MCAB 4H5TA 4C8OA 3AGKA 1MWMA 4KPYA 4Y0WA 2YJFA 3FR0A 5F2RA 4M3UA 4BWJA 4BRGA 2RF2A 1YIJN 4F8RA 1BWFO 4FPBA 2KZZA 4FOIA 4I2PA 5C42A 3C65A 1SKRA 4DTMA 1NJZA 3ZT3A 4CK1A 3IUCA 3TABA 1IKVA 2NRWA 3C6HA 2Q36A 1XQSC 5AQRA 1DKGD 1UOCA 1VSFA 4JKGA 1DTQA 3ZSWA 2HHUA 5BREA 1QSLA 2HHVA 1NGFA 3FZLA 4F2SA 3LZJA 4Q0BA 3THYB 2XY8A 4CEBA 3AVHA 2HBJA 1VQKN 4H0YB 1G15A 1ZBUA 1N36K 5J2QA 1CXQA 4DTUA 1BOTO 4JD2B 4JK8A 4DQPA 3NF7A 4CFBA 3PY8A 3BY5A 3BZKA 4BR4A 4FM2A 2F8TA 4ISGA 1EETA 2EHGA 4CZMA 3P39A 3R9PA 3ZSQA 4YY3K 3O1BA 3LP2A 2B5JA 1C0GA 3QBWA 1RT7A 2BGGA 2DFEA 1NMNA 5C25A 3U6FA 5AQGA 2A1RA 3R1XA 3CQ8A 2YKNA 3CJ9A 3O5BA 5AQPA 1DLOA 3IAYA 5KPTA 2HMIA 1QHAA 3FE1A 1RILA 4B1YB 4BDPA 3QEIA 3EE9A 3PIOL 3F5TA 1KSPA 2JWLA 1Z26A 3QB0A 3S9HA 1NOZA 4DR6K 5F1XA 4O5BA 2HF3A 4B9LA 1TYQA 3ZSRA 4ILGB 4FXDA 4O4GA 5KGXA 4ISFA 1E4GT 1HQEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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