4KTWA

Lactococcus phage 67 ruvc - apo form
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
MKKILAINFSTASKKGEGTGYAFRKDGQVYVGSIKAYNPKKTAWERTFDIVNAIKDIIDEFDLKGYHLAIETPIMGRNRKHSITLANCNGYFIGAIDGLVNGYTFIDNSKWCSYHLISGKREQRKEESLELLKATGLVDSNCKDDNIADAYNILTYCEHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RuvC endonuclease
publication title Mutants of phage bIL67 RuvC with enhanced Holliday junction binding selectivity and resolution symmetry.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus phage bil67
total genus 61
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07066 DUF3882 Lactococcus phage M3 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ktwA00
1TKDA 4CF8A 4KB1A 3KD5E 1WSEA 2IS3A 3RMAA 1T05A 2XY6A 3AVKA 1HYZA 1ZYQA 3TAFA 1RDBA 4OPKA 4BE0A 3NE6A 3SQ0A 1RDDA 4J2AA 3V1RA 3S9HA 3LWMA 3VQDA 4FCYA 1SUQA 2G8HA 3CM5A 1JLAA 4M3UA 4M41A 2Z1HA 5DMRA 4BWJA 1NKBA 1HPZA 4DSEA 1ASWA 1VSJA 5EU7A 3VQ5A 4N5SA 4RW8A 2FBYA 4CIFA 4ELUA 3AVJA 4FYDA 4GMJB 4B08A 3WNGA 4FLWA 4ELVA 4AHSA 1LV5A 4CK3A 4RG8A 2LSNA 2PY5A 2IDOA 3QERA 4OKEA 3V1OA 4QAGA 2ZE2A 4ICLA 4I9QA 3DI6A 3IG1A 3L2VA 4PUOA 2HNDA 1VSMA 4FW1A 1J54A 3PY8A 1FKOA 2Q3SA 2G8IA 3VQQA 3HL8A 3TARA 3S3OA 2PZSA 2W42A 4H8KA 1VSLA 4B3OA 3NGIA 1IKWA 1HJRA 1S9EA 1LW2A 4E7JA 3SV3A 4KTQA 3NFAA 3AVGA 1WNSA 4W5NA 2NUBA 3O4QA 3OYCA 3LPTA 4DFKA 4FK4A 4NCAA 1GOAA 1U45A 4N56A 3CFPA 4PWDA 3MECA 1T7PA 1T03A 4FJLA 4RW9A 1NK4A 1NJZA 3T19A 1S5JA 4KTWA 3NF7A 4DU1A 5J2QA 3NHGA 3BDPA 3ZSXA 4YFUA 2XRIA 3AVNA 3M8PA 4KI6A 3OYBA 4FJNA 2YHAA 1B9FA 3LALA 3CM6A 1EETA 4O44A 3AVAA 4F3TA 3A2FA 3VQ7A 4CERA 1A5WA 5KRSA 1VSFA 1JLGA 4TSXA 1WAFA 3O3FA 1U04A 1WSGA 2HNZA 3HP9A 4W5QA 5FROA 4DLEA 4KB0A 4FJGA 3AVBA 4BDYA 4FJ5A 1O1WA 4FW2A 3LZJA 4Y1CA 4FJHA 4CF1A 3AA5X 3HPGA 3L2RA 3TAEA 2XY5A 3SQ4A 1SL1A 4DS5A 2EHGA 1BL3A 2HVHA 1C6VA 4LD0A 3JYTA 3VQ9A 4ID5A 4O55A 1QTMA 4CJSA 3DLKA 1RTHA 4NYNA 3ZSQA 1QHTA 5J1EA 4I7FA 1TAQA 3NAEA 1CZ9A 4JRQA 4C8OA 2O4IA 4EP5A 3LAKA 3NGYA 3HP6A 3THVA 1NJYA 3FFIA 4OGEA 2FBTA 2X6SA 4CGFA 2YHBA 1TL3A 2B6AA 1QS4A 1WN7A 4Q0BA 4NYFA 2F8TA 4EP4A 3KTQA 4KV8A 2G8WA 4K8ZA 2QK9A 3OS0A 1VSEA 2QKKA 1VRUA 1LWCA 3KLGA 4CHQA 2X78A 4MFBA 3S3NA 1UA1A 3ZSZA 1UAXA 1TL1A 2B4JA 4HUEA 4FM1A 3PX0A 1L3VA 1BI4B 2DFFA 2JLEA 3B6OA 3L8BA 3QESA 5I3UA 1DLOA 4F2RA 1XI1A 4DTMA 5C42A 1C0UA 4DQQA 3VQ8A 4CHOA 1KRPA 4M3RA 1X9SA 3SCXA 4FLXA 5HRRA 5T7BA 1QSYA 1TV6A 1VSHA 4KO0A 2BDPA 2DTUA 4JS4A 4CEZA 1HYSA 3VA0A 3SUNA 2RF2A 3VN5A 3KLHA 1FXXA 1JXEA 3MEEA 5CYMA 4FJMA 1RCHA 3S3MA 3SJJA 3OYKA 4CK2A 1JLCA 1RTIA 4CF9A 4CHYA 4IFVA 3M8SA 3LDSA 3TAQA 2YNFA 3V9ZA 3V81A 3TAPA 3LP3A 1GOCA 4Z4IA 3C94A 3HXMA 4DQRA 4FJJA 1CLQA 1X9MA 3L2WA 1SV5A 4JS5A 3CYMA 3K5OA 3WNFA 3RMCA 3AA3A 3ZT1A 3KKRA 3OJUA 2KW4A 2G8FA 5CY4A 4DSIA 3ZSRA 2ITGA 4FLUA 4LH5A 5JS1A 2YV0X 2D5RA 1LAWA 3AVMA 3WNEA 2OA8A 1FKPA 4DU3A 4E3SA 4CJ3A 4DWIA 2HHUA 1RT7A 3C95A 4H4OA 3PX4A 3P83D 3SPZA 2KFNA 2OPSA 3MEDA 1G15A 5KRTA 4CJEA 2HHSA 1S1VA 1U47A 3U6FA 2YNGA 1WSHA 1RDAA 4CJWA 4CFBA 3PO5A 4KHWA 4FK2A 1UOCA 1B92A 4DU4A 4KPYA 3EZ5A 4RW4A 4DFJA 2GV9A 2B5JA 3QEPA 2OPPA 2VWKA 3AO2A 1HQEA 1LAVA 3V9UA 4KHQA 3HVRA 4DSKA 1SKRA 3L3UA 2QXFA 1VSIA 2D0BA 4DFMA 5HLFA 5D3GA 5FRMA 3VQBA 1NK6A 1ASUA 1RT6A 4IFYA 4AILC 1JL2A 1W9HA 1WSFA 1Z26A 2IAJA 3TABA 4F3OA 4XIUA 4OKJA 1N6QA 3PV8A 1KCFA 5CYQA 4CK1A 3QNOA 3AVIA 3DOLA 4W5RA 4E1MA 2ATQA 3SPYA 4CJVA 3U3YA 1UA0A 4B9TA 2HHWA 2OYQA 3MEGA 1S1UA 3VQPA 4FZYA 4MQ3A 2YNIA 1CXUA 4RW6A 1HRHA 3HVTA 1NJWA 3L3VA 4I2QA 3QO9A 4CFCA 3ZT3A 3NH0A 4FLVA 2HHVA 1SKWA 1CXQA 5C24A 4KHNA 4CECA 1YT3A 3RRHA 3QETA 3QNNA 4FJ8A 4PQUA 1BI4A 1EXQA 4NCGA 3DLRA 1X1PA 1DTTA 1U4BA 4CEEA 3HPOA 4N41A 4KHUA 1BGXT 4CJPA 5J2PA 1IH7A 2KFZA 3ALYA 2XY8A 4CGHA 4DSFA 4DG1A 2XO7A 4CJFA 2VG5A 4CGGA 1VRTA 4DTOA 3V9WA 3ZT4A 4C8LA 4DTSA 4FJ7A 4Z4GA 4QOZB 3OYNA 3K58A 1REVA 3L2QA 1NK0A 4B8CA 3OS1A 4KFBA 4FJXA 4IG0A 4CJTA 1RT2A 3V4IA 3IAYA 1QQCA 2EX3A 1K6YA 3O3HA 2WONA 2BE2A 1B9DA 2HMIA 1J9AA 3OY9A 1S9GA 3OYHA 3RR7A 4OPJA 2ETJA 4B9LA 3NH2A 1RBSA 1VSKA 1R0AA 1D8YA 3DMJA 3SI6A 3PUFA 3IS9A 4LSNA 4ZTFA 2BGGA 1RT5A 5J2NA 2PYLA 3QEWA 5HROA 3NCIA 1SKSA 2G8KA 2HHTA 3SQ1A 4DS4A 4M3XA 4F2SA 3G0ZA 4B9NA 4CHZA 1RT3A 1BCOA 3ASMA 4KTZA 4OJRA 3OYGA 4M3WA 4PY5A 3RRGA 1RBVA 1X9WA 1ASVA 1BQNA 4I2PA 2X74A 3KD1E 1HNVA 3OYIA 1NJXA 1A5VA 3OYLA 3V9XA 4QCLA 3CFRA 4HHTA 2WOMA 3HK2A 1QE1A 3MXIA 4B9UA 3O4NA 3EY1A 1ITGA 1ZBFA 4LY7A 4K8XA 1FK9A 3SZ2A 2D0AA 2GUIA 2I5JA 3DRRA 4M42A 4M3TA 3SQ2A 3PO4A 2HW3A 1JLQA 4AHRA 1KVAA 4KHSA 1S1XA 2RN2A 4FJKA 1QSSA 3G10A 1KVBA 3I0RA 3V9SA 3K5NA 3QLHA 3NGZA 2Y1IA 3HM9A 1IG9A 1A5XA 3TAGA 1WSJA 1I3AA 3HSTB 4WE1A 4BWMA 4IBNA 4BE2A 4DTPA 1BIZA 4O4GA 1JLBA 1EP4A 1XHXA 3MXJA 4CEDA 3K5MA 2VWJA 2FBVA 4IG3A 1KTQA 3ZCMA 4CIEA 1JLEA 1HMVA 1RT4A 3AVCA 3LP1A 3SUPA 1F21A 3O3GA 3KK2A 4ID1A 1KFSA 3DLBA 3WNHA 5DK5A 1W0HA 1JKHA 3AVFA 4CJUA 1L3UA 4E1NA 2HHQA 3L2UA 5HP1A 3VQCA 2A1SA 4CJRA 2PYJA 3QIOA 4DF4A 4IKFA 4DSLA 4CFDA 3DM2A 1ZBLA 4J2DA 4CIGA 4FK0A 2HVIA 2Z1GA 3ZSVA 3QEXA 3PX6A 1IKVA 3LP0A 3KKSA 3OYAA 3RMDA 3VA3A 4CE9A 3RWUA 4Z0UA 4HCCA 4DTXA 3AV9A 4KREA 3OYJA 5HRNA 4BDZA 3TAMA 3QIPA 4KAZA 3AA4A 5JS2A 4E7LA 1J53A 1WSIA 4OGCA 1EX4A 4C8NA 4CEOA 4AHVA 4OLAA 1JLFA 4CGIA 5E41A 1RBRA 4FM2A 3RTVA 1BISA 5KI6A 4W5TA 1YTAA 1KSPA 3DYAA 4GW6A 3DRPA 3NF8A 1NOZA 2ZQBA 3LP2A 3KJVA 1Q9YA 1D9DA 1IO2A 5HRPA 2O4GA 1Q8IA 1ZBIA 2KZMA 2F8SA 1BIUA 4ZHRA 3ZT0A 3AO5A 1I39A 1BHLA 1KFDA 5SWMA 3CQ8A 3D0PA 1RILA 2P5OA 3SV4A 4GVMA 3K57A 4CEAA 2P5GA 1C1CA 1VSDA 4DTUA 2E6LA 3DLEA 3AA2A 1VK0A 3K59A 1Q9XA 2G8VA 4J2EA 4B9VA 3K2PA 3F9KA 3AVLA 1XHZA 4E89A 1DTQA 2YKMA 2OZSA 3AO1A 3CG7A 3T1AA 1S6PA 1Z25A 1TKXA 5CZ2A 1WLJA 4F8RA 3T3FA 4N76A 3P1GA 3HT3A 1C1AA 4CJLA 4C8KA 2KTQA 4CEBA 3HJFA 4AH9A 1D5AA 2BANA 4Z4CA 2VG6A 4FM0A 1QSLA 3ZT2A 3VQ6A 1NK9A 4KRFA 3KIOA 1NKCA 4E0DA 1JXBA 2IOCA 3QINA 4HTUA 2Y1JA 3I8DA 1NKEA 3OYEA 1GOBA 2IGIA 4CJ4A 1IKYA 4E7KA 3EYZA 1TVRA 3OYDA 3MAQA 4W5OA 1NK5A 3SUOA 3LANA 3RR8A 2Z1JA 1SL2A 1JL1A 4O0IA 3QEIA 3ZSYA 5J2MA 4KHYA 2E4LA 2XHBA 5HBMA 3HYFA 3UIQA 1NK8A 4EZ6A 4O5BA 4F4KA 4NCBA 1RDCA 4CEFA 3NH1A 1ZBHA 1LWEA 4CJKA 4DTRA 2FBXA 3HPHA 4FVMA 2HHXA 4O0JA 2FC0A 3DOKA 3I0SA 3IRXA 3OYFA 4ZTJA 4EZ9A 2XY7A 2X6NA 4AHTA 1RNHA 4C8MA 3C6TA 4DQSA 1U48A 1L3SA 4FJIA 1KLMA 4CCHA 1TK5A 1IKXA 1RT1A 1XWLA 2HNYA 2RKIA 1LW0A 4Z4FA 4M45A 2HB5A 2OPRA 1TKZA 4HCBA 2F96A 5KTQA 2Z1IA 1TGOA 2JGUA 1HYVA 2OPQA 3LPUA 4AHUA 2DFEA 4BACA 2OZMA 3RMBA 2P1JA 2YNHA 3TWHA 4DTJA 1YTUA 1MU2A 3ZSWA 1TKTA 2GBZA 2YKNA 1TK8A 1N5YA 3KLIA 4G1QA 4DLGA 3NF9A 4CF0A 1BCMA 1C1BA 3KLFA 1ZBUA 5I42A 1S6QA 4CGDA 5SZTA 4IDKA 1LWFA 3OS2A 4FLTA 4FZZA 2DY4A 4E19A 4CF2A 4DTNA 2DFHA 4B8AB 5KGXA 3HO1A 4KKOA 4CJ5A 3E01A 1C0TA 1C0MA 4PA1A 3ULDA 3D45A 4CJQA 4E7HA 1T8EA 1BQMA 3AO3A 3F73A 3M8QA 4Z4HA 4FLZA 4DFPA 4DF8A 1XC9A 3BGRA 1SL0A 1L3TA 4FZXC 1L5UA 4OLBA 5C25A 3NBPA 3OYMA 4RW7A 2AJQA 1NK7A 4FJ9A 4BE1A 4M3YA 1U49A 3KLEA 3P5JA 2A1RA 3LZIA 3DLGA 3SUQA 2G8UA 2QKBA 5K14A 4KI4A 4HUGA 3ZSOA 3M8RA 3DLHA 4L8RB 3TANA 3AVHA 4HVJA 4N47A 3KK1A 2D0CA 4BDPA 5KGWA 2KQ2A 1Y97A 3NF6A 5FRNA 1YVUA 4AHCA 2IC3A 3LWLA 4LSLA 1S1TA 4J2BA 3TI0A 4DSJA 3V6DA 4M3ZA 4JLHA 2KZZA 2P51A 4CESA 4CHNA 4DQIA 3KK3A 4CGJA 1RBTA 3V1QA 3U3GA 5HRSA 3DRSA 3VQEA 3OJSA 5FDLA 4OKKA 1HQUA 2VG7A 3C6UA 4LH4A 4B9SA 4B9MA 4HUFA 3LAMA 4I9LA 1S1WA 4DQPA 3ITHA 3CFOA 4Q5VA 3QEVA 3K5LA 4JRPA 4OVLA 4ELTA 4E7IA 3VQ4A 3SYZA 4CEQA 1CZBA 2R7YA 1TK0A 2E6MA 3VQAA 4H4MA 3AO4A 3MXMA 4FLYA 1EKEA 1NOYA 4UQGA 4YNQA 3JSMA 3NDKA 4Z4EA 1WAJA 5CZ1A 4DMNA 1KLNA 3TR8A 4Y1DA 1UWBA 1RBUA 1D9FA 2ZD1A 4CFAA 1J5OA 3ISNC 4R5PA 3H08A 1KVCA 3OVNA 1RTDA 3B6PA 1TAUA 1HNIA 4CHPA 2RPIA 3SNNA 4FXDA 1RTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF8A 4KB1A 5AR0A 1WSEA 3KD5E 1OVYA 4JAXA 1T05A 2XY6A 1ZYQA 4N41A 2YCHA 3PSFA 3TAFA 4J2AA 5AQWA 4H5RA 3LWMA 2G8HA 3VGKA 3CM5A 2P9KA 4B1UB 4GY2B 1NKBA 4DSEA 4NO7A 5EU7A 4N5SA 2OTJN 4H03B 4BRMA 4ELUA 4K42A 3CMAN 4CBUA 2P9IB 4ELVA 4AHSA 4CK3A 4RG8A 2ZM6K 1NG9A 3QERA 4FWPA 4OKEA 4QAGA 4NXNK 1OH8A 3DI6A 3O1BA 1LCUA 3CC4N 1VSMA 4FW1A 3PY8A 1FKOA 2JWLA 2VWBA 4BC5A 2Q2RA 2W42A 4LFAK 4H8KA 2IIRA 4RTFD 3ULEA 3FZFA 2CH6A 2E2PA 4KTQA 3NFAA 3O9UA 1WNSA 2P9PA 4W5NA 4DFKA 3OYCA 3LPTA 1RFQA 3FZLA 1T7PA 4JN4A 4A2BA 1NK4A 3T19A 1W97L 2OANA 4H0YB 3TSUA 4FJNA 2O8CA 3LALA 1HLUA 2F9WA 3CJ1A 3A2FA 1A5WA 2QM1A 4MO4A 2UXDK 1JLGA 5LMNK 1WAFA 1U04A 1HPMA 4DLEA 5FROA 1O1WA 4BG8A 3LZJA 4Y1CA 4CI6A 5IT9O 3AA5X 3LDNA 1MDUB 3L2RA 2XY5A 4BRIA 3TAEA 4DS5A 3SQ4A 1BL3A 1SL1A 4CJSA 1I94K 1CZ9A 1NGIA 4FOIA 3HP6A 3LAKA 3UB5A 3KVGA 4OGEA 2X6SA 2P9LB 4CGFA 2YHBA 5MLCQ 4NYFA 3A5LC 2FSNA 4EP4A 3VTIA 3KTQA 4KV8A 5LMUK 3I33A 2G8WA 1LWCA 3KLGA 3S3NA 2NRXA 2B4JA 4HUEA 1L3VA 3HZ6A 3SAFA 2O8EA 2JLEA 3B6OA 4V19S 1NGCA 3G6EN 1YVNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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