4L4PA

The mutant(e139a) structure in complex with xylotriose
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
publication title Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with xylotriose
rcsb
source organism Caldicellulosiruptor bescii
total genus 124
structure length 328
sequence length 328
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2013-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4l4pA00
1QNPA 1OINA 5I3DA 4H04A 1E43A 3CH9A 2ZXDA 2CHOA 2XWEA 1NWTA 4GPNA 5FL0A 1EQCA 3PHAA 2FHCA 4OOUA 4YPJA 3QHMA 1OGSA 2PWEA 1KXQA 1CGUA 5CG0A 1UKPA 3AOFA 1VEOA 3K8LA 1UUQA 4JCLA 1VF8A 4DUXA 4UZSA 5E09A 4MNJA 1HKJA 3O9NA 2WHMA 1KXTA 1H3GA 1BG4A 4PMDA 3VGEA 1M01A 1L8NA 2PBGA 2FGZA 5FIPA 1TVNA 1G5AA 1HJVA 1QBBA 1EO5A 1H41A 2WK2A 5JIWA 1JG9A 2XSAA 1QPKA 1XCXA 4Z2KA 2WVTA 2XJ7A 4B3KA 4W7UA 4W89A 2ZICA 4NF7A 3WBAA 1CPUA 4EANA 3L2MA 2XM2A 4AEFA 4CCCA 1BG9A 3CGTA 3A3HA 4UR9A 5A6JA 3IAQA 1VFFA 5D4YA 4HZ7A 5CGTA 3VIMA 3VNYA 1FP8A 4XB3A 1DHKA 2VT0A 1DWGM 5KZ6A 1BVZA 3A6OA 1ECEA 3IJ8A 3AMLA 1Q6GA 2FH8A 3L4WA 4KRUA 3BMWA 1C7TA 1KR0A 2EXOA 3WF1A 1HX0A 4AZCB 2D3NA 3WSUA 4AD2A 8CGTA 1SFSA 4EK7A 3WMCA 1US3A 3F4VA 2WM0A 3HMCA 1MW3A 3PTQA 2TAAA 1PZ2A 4WKFA 2WB5A 3QHOA 4DM1A 3THCA 1KXVA 2GJXB 3AI0A 4L4OA 1G01A 2O9RA 1KBBA 3OLIA 1KXHA 4C7FA 2UY2A 2C0HA 2NT1A 3AHTA 4CKQA 1BAGA 5IFTA 4GI9A 5CJ5A 1TUXA 3WF4A 2OWXA 1GQIA 3SCRA 1HF6A 1H11A 4B16A 1E6XM 1GOMA 2V3DA 2VL4A 3L4YA 4J3SA 5CGMA 1BSIA 5EFFA 1HJUA 1JZ3A 1B30A 3BCFA 1QNQA 4PMUA 1HKMA 3ARRA 1VEPA 2DT0A 2PBOA 2VMFA 2ZUUA 2J8GA 3B9AA 3SUVA 4GZIA 3VIFA 1CEOA 3T08A 4A4AA 5AYIA 5BYWA 3WELA 4TOQA 1C8YA 1UD8A 3K4DA 5A2AA 3ARUA 3IAPA 3N13A 2CNCA 5A8OA 1UR0A 1CECA 4AD4A 2D22A 3DHUA 4DUVA 3BAKA 1E70M 2EO7A 2WLZA 1WZAA 3WDQA 1E56A 3AYRA 1CBGA 1NH6A 1GHRA 1G0CA 1H5VA 5I78A 1GNXA 3M07A 3WD2A 5FD0A 3DHPA 1E55A 1EDTA 2ZUTA 4CN6A 3NUKA 3W27A 1VBRA 1LQ0A 2DT2A 2J7GA 3SCVA 3ZSTA 4QCEA 4U2ZA 3SEPA 3W81A 1V03A 4NRRA 2XGIA 4URIA 4BA0A 3ZO9A 3VNZA 1GONA 2BHZA 2VRJA 7A3HA 4U5IA 2X0HA 3GH7A 4W88A 4GI8A 3WEZA 3WNMA 1SYTA 1JD7A 1BLIA 4PTVA 1RPKA 4P8XA 1L0PA 4XZWA 2PWGA 3BAIA 4S3JA 1E72M 4QDMA 1FH7A 3EDDA 4QLJA 5BXSA 4WK9A 1HKIA 5D8ZA 2Y5EA 4LQ1A 2BV9A 1ITXA 1J0HA 3GXFA 3VIJA 4EAMA 3AQUA 1XH0A 4U33A 4OBSA 2BVDA 1BFNA 1JAKA 1CENA 4UCFA 4MTVA 4AC1X 4AZ5A 3E1F1 3ZSSA 1CGVA 3GNPA 2J47A 5BRPA 1Q6CA 1UWUA 5DF0A 2NW0A 4PMYA 1ZJAA 4OIFA 1DWJM 3CHDA 3L4TA 1UWIA 1W2PA 5ECUA 3VILA 4MB4A 1XYZA 3RJYA 1EHNA 3WH7A 4ZENA 3W26A 2V38A 1HN1A 2W91A 3VIHA 3VDAA 2VX6A 3EMZA 2VCAA 1KGUA 2OWCA 3S2CA 3SCPA 2W5FA 2XIIA 4NI3A 4UOJA 3RILA 2BS9A 4JHZA 5I24A 2WPGA 2W4XA 3LMYA 5GQBA 4PRWA 5JBDA 4Q7NA 4U2YA 4LYQA 4JL1A 4WIWA 2D20A 2VX4A 4M1RA 4D6JA 1MW2A 3PZTA 4IUGA 2E0PA 2DGAA 1E6PA 3VMNA 2E3ZA 1W9VA 4WSKA 4AIUA 1KGXA 1KB3A 1R8LA 2VZOA 1E5NA 4LYRA 2QPSA 1W1VA 4PBGA 4HPHA 4GZJA 2V5CA 2YKKA 1WZKA 2PWHA 1HT6A 2ZX9A 5D9NA 1KBKA 4BQ3A 4J3VA 3L4ZA 4AXNA 2YJQA 1QNSA 1VFOA 3T09A 2QPUA 2X05A 4P8VA 2C8NA 2BVYA 1MYRA 5DFAA 3MO4A 4JFTA 3M6DA 2YLLA 5BRQA 3EDFA 4OZOA 1CLXA 2BFGA 4PMQA 2J78A 2VUYA 1B3ZA 6CGTA 1W3LA 1WCGA 1K6AA 2WZHA 1F4AA 2BY3A 4XUYA 1TVPA 4OJYA 2X09A 2D0GA 1QI4A 2GK1A 2XGBA 4HTYA 3ZJ7A 4DWSB 1UD2A 3ZM8A 1HJQA 4OKDA 4M81A 4ZXOA 3WIJA 4AIOA 1R7AA 1NOFA 4K68A 2YOCA 3N12A 3WUBA 1CXIA 4P8WA 3SCUA 4QP0A 3IANA 5HDRA 2Q8XA 1UD5A 4V27A 3SCQA 2D2OA 5BXRA 4PMVA 4UFLA 4AY1A 3AHZA 3SURA 1V0NA 2DPEA 3AMCA 1R85A 1ISZA 1MW0A 2XYLA 3AMKA 3VMOA 3GBDA 1E0WA 1GOKA 1E73M 3O6AA 4BF7A 2F61A 4P7LA 3DECA 1ITCA 3OB8A 4TVDA 5BROA 4ACZB 5GNZA 4V28A 1D3CA 4JFSA 1BF2A 3RM8A 3ZT7A 1UQZA 1IV8A 4MAVA 4YN5A 4D72A 1R86A 4UQAA 2DSWA 3T2QA 5CSYA 3WUFA 1WZMA 4P8UA 1UYQA 3SCNA 2XSBA 3PZOA 2A3HA 3CUIA 1V6WA 4FLOA 2WVVA 3WENA 4J28A 1ZB5A 3VIOA 1E6SM 5F7UA 2VTFA 1H0IA 3ARWA 2DSVA 3WDIA 2J7FA 1GCYA 4UQEA 3WNLA 4U31A 3AICA 4BQ5A 2IUZA 1W2VA 4PN2A 5A94A 3WEOA 3VD3A 3RM4A 1ISWA 4GZEA 2E9MA 2WKLA 4AISA 2VZVA 3NIYA 1RP9A 3WDHA 2ZX5A 4Z2HA 1UKTA 4PMXA 1XH2A 3BMVA 1J18A 3W82A 2XPKA 5FKYA 3RM9A 1DWFM 2FGLA 1BHGA 3SUWA 4AW7A 2WWCA 4CD7A 5HPOA 1J01A 2OSYA 3MU7A 2WBGA 5M17A 5HBFA 2GJXA 1U33A 2BXZA 2WCSA 2O92A 3VU2A 1BYDA 2YIHA 3EDEA 1V6YA 4UQDA 3RIKA 2WMKA 4FLQA 1GVYA 4KMQA 2E9BA 5ABFB 2VVNA 2EJ1A 2J8FA 5IXEA 1XSIA 3NSXA 2D3LA 2JE8A 4PMNA 3N11A 2XFYA 3FN9A 1I1XA 4W7VA 1O7AA 1CNVA 4JAWA 4B9ZA 5GPRA 3AXXA 4D6EA 4PMOA 5GNXA 2W92A 3WFLA 4HA3A 4UFKA 1GVIA 3AYSA 3ZJ6A 3NDZA 1V6UA 1EXPA 2IXUA 1E5JA 3CUJA 1EDQA 1EOKA 2G3JA 1J0ZA 2V3FA 1GQJA 5I5RA 3QR3A 5AC5A 2FHFA 5I2UA 1JYWA 4LYPA 3BLPX 1E15A 3UR8A 2YLAA 3WN6A 3KL3A 4UNIA 1LL6A 1NP2A 1J0IA 1PJ9A 4CGTA 1BPLB 3SUTA 5CLTA 1MFUA 2QMJA 3WNKA 4EE9A 1ISXA 2OYMA 1E4LA 3RCNA 4B3LA 2BY1A 1IZJA 1Q6FA 1ODZA 2Y24A 1JF6A 2WANA 1B31A 1VJZA 3GXMA 3CUGA 1E3XA 3OIHA 3NJ3A 1BQCA 4CU6A 4B9YA 3IJ7A 3WUGA 3AMGA 1HIZA 1XD1A 4NSBA 4D6CA 2JF7A 1J11A 2CBUA 5LA1A 4JFWA 1V3JA 2VZSA 2RGMA 5BXTA 5M5DA 4AZ6A 2VZTA 2HVMA 1GW1A 2CETA 1MWOA 2A3CA 2EPMX 3ARQA 3M7SA 4W8BA 1C8QA 2G3MA 2ZOXA 1QI2A 5A6LA 3GBEA 1XCWA 1E6NA 2BY2A 3I3DA 1JYXA 3A4XA 1CXEA 3ZQ9A 1X6NA 1ZBCA 3NYDA 5CLWA 1ESWA 5A8MA 1G94A 1HJXA 1DEDA 1VENA 1JXJA 3VD5A 4H8UA 1OM0A 1CXFA 5EMYA 3UERA 2J4GA 1X1NA 5E6YA 4PCSA 2E8YA 3AISA 3ARXA 2EPKX 4ACYA 1FHDA 2B31A 1FA2A 1CGWA 2WCGA 3CUHA 4CD6A 2QV4A 4OUEA 1GJWA 1EOMA 4BQ2A 3KZSA 1QOXA 4RE3A 5CZKA 1XRVA 3UETA 2ZE0A 3VUPA 4UQ9A 2Y2WA 1OB0A 4AD5A 4AZ7A 1VRXA 4GI6A 1EDGA 1OCQA 2QMKA 6A3HA 2FDMA 2CCRA 4CD8A 1O6IA 1UR4A 5DMYA 1VIWA 3KE0A 3W24A 5AY7A 3EDKA 4MB1A 2VURA 3AROA 4ZE4A 2A3AA 1UD3A 3AXHA 2W63A 3W29A 3PZGA 3MANA 1UR2A 3ARVA 4BZYA 3L4XA 1NWRA 3CZKA 4QCFA 4AEEA 4X9YA 3VD9A 1MQQA 3MUZ1 4HU8A 4F9DA 5LA2A 1JAEA 1CDGA 4MPKA 5HOSA 1LF1A 3CHFA 2J7BA 2BHUA 1VFUA 1Z32X 2XVLA 2ESCA 1E4NA 1KR1A 4H2CA 2QLYA 5HPCA 3WH8A 4AIEA 2WYSA 2DT1A 3ARSA 1J12A 2ZUWA 1HNYA 3MSGA 3EYPA 1GOOA 2GJPA 3K1DA 1CXLA 1E1FA 2WMIB 3OZPA 1NQ6A 4FLSA 1AQMA 5CPQA 3CZ8A 3CZLA 1HL9A 1KQZA 1GQKA 4Z2IA 3K4AA 4LX4A 4ZXLA 3QOKA 2A3BA 2O9OA 2VQTA 1UWQA 2ZUSA 4JKKA 1NOWA 3VD4A 4IM4A 5EBAA 2CIPA 3GYCA 3T0BA 3DYOA 1MFVA 4JL2A 1U30A 2YA1A 4PUEA 3WF3A 5A8QA 3WMSA 1XV8A 3U5YA 3GNRA 4TUFA 3IJ9A 1QW8A 3AS1A 3VX1A 4DWSA 1CTNA 1NWSA 3PN8A 5A95A 2WHLA 1MXDA 3ZR6A 4KH2A 4CD4A 5IDIA 2DH2A 1WB0A 4AZGA 2EPOA 2JFEX 1PX4A 5EB8A 1PIFA 4AD1A 5A6SA 2UY4A 2D0HA 2RGLA 3OBAA 4KGLA 3ALFA 4X0NA 4F8XA 1H2JA 3DC0A 3VM7A 4TVUA 1HVXA 3WNNA 3O2LA 3TTOA 3VIGA 3VMPA 2JIWA 3RJXA 3KL5A 2G41A 2GDUA 4CU8A 3AIVA 2Y4SA 2YBUA 1WDSA 5HNNA 1HL8A 3W25A 2ZXBA 2BXYA 4UFHA 2EQDA 3WDRA 2DSZA 2ZX8A 1EO7A 4Z2JA 1B1YA 1W9BM 4KWUA 4ATLA 1W3JA 3APGA 4H41A 3GZAA 4RL3A 3ZJKA 5LA0A 2VNCA 5I79A 1EIBA 2WZEA 3TTSA 4W5UA 4HOZA 3G6MA 3QOMA 4CCDA 1MQPA 4AWEA 2ZXQA 3BH4A 3U7VA 2Y8KA 5CQ1A 2UWFA 4X0VA 5GNYA 5IHRA 3VGBA 2VX5A 3LPOA 1FH8A 1TMQA 1MXGA 1QNOA 2WBKA 4QLKA 1B3WA 2YDSA 1JYNA 1HP5A 1QI0A 5KEZA 2WWDA 1UH3A 2V3GA 3VGFA 1W32A 1JL8A 1GPFA 1J0YA 2J77A 4BQ4A 2YL6A 1JD9A 1M7XA 2WVSA 3BAWA 4PSRA 3BSGA 2C7FA 2NSXA 2X8RA 4J3WA 3VD7A 2W62A 1E6RA 4UFIA 5JBEA 4CN1A 2UY5A 4E2OA 1PX8A 2FH6A 3WD3A 4OBRA 3MKKA 1MW1A 5I6SA 1NOUA 3VVGA 3N04A 3BCDA 3VGDA 4HZ6A 1E4IA 2D0FA 1ZBVA 4WLCA 1XYFA 3CLWA 2ZUNA 1ZU8A 5ABFA 2F2HA 1E71M 4ML4A 4JZ5A 1UWRA 2YBTA 3SUSA 3WD1A 1PIGA 2WAGA 3AS3A 1GHSA 3A47A 3PZQA 3T0AA 4NRSA 1EA9C 4S3KA 3II1A 2G3IA 3S6TA 1G9HA 1RP8A 3CMJA 3UG5A 4PSPA 2JF6A 1VFMA 2J25A 3WD0A 4GXPA 2XIBA 3WD4A 3TP4A 1UKSA 1TR1A 1EQPA 3CTTA 1BYCA 3AZRA 1EGZA 2WZIA 5D9OA 5IHSA 1LWJA 1W1TA 2J7CA 3K8MA 2WMFA 1WE5A 4PMRA 5C8BB 3AHYA 2BNJA 3VGHA 3IK2A 4U3CA 3MUY1 1WO2A 1J10A 1UQYA 3T2OA 2DIJA 4DM2A 4H8HA 1KCKA 1WKYA 2G8ZA 1WAWA 3AIBA 3AHXA 1H49A 3NSNA 3MV11 1J9YA 3QHNA 1HVQA 1VB9A 2O9PA 1CGTA 4AMCA 5ABHA 2EPNA 3LPPA 3EMQA 4JKLA 1E9LA 2ZWZA 2YDRA 4N42A 3BAXA 1C7SA 2D23A 2VJXA 1JGIA 2VOTA 2X0YA 1QHOA 1B3YA 1QNRA 1OIMA 1IZKA 2E8ZA 4HU0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QNP A;  1OIN A;  5I3D A;  4H04 A;  1E43 A;  3CH9 A;  2ZXD A;  2CHO A;  2XWE A;  1NWT A;  4GPN A;  5FL0 A;  1EQC A;  3PHA A;  2FHC A;  4OOU A;  4YPJ A;  3QHM A;  1OGS A;  2PWE A;  1KXQ A;  1CGU A;  5CG0 A;  1UKP A;  3AOF A;  1VEO A;  3K8L A;  1UUQ A;  4JCL A;  1VF8 A;  4DUX A;  4UZS A;  5E09 A;  4MNJ A;  1HKJ A;  3O9N A;  2WHM A;  1KXT A;  1H3G A;  1BG4 A;  4PMD A;  3VGE A;  1M01 A;  1L8N A;  2PBG A;  2FGZ A;  5FIP A;  1TVN A;  1G5A A;  1HJV A;  1QBB A;  1EO5 A;  1H41 A;  2WK2 A;  5JIW A;  1JG9 A;  2XSA A;  1QPK A;  1XCX A;  4Z2K A;  2WVT A;  2XJ7 A;  4B3K A;  4W7U A;  4W89 A;  2ZIC A;  4NF7 A;  3WBA A;  1CPU A;  4EAN A;  3L2M A;  2XM2 A;  4AEF A;  4CCC A;  1BG9 A;  3CGT A;  3A3H A;  4UR9 A;  5A6J A;  3IAQ A;  1VFF A;  5D4Y A;  4HZ7 A;  5CGT A;  3VIM A;  3VNY A;  1FP8 A;  4XB3 A;  1DHK A;  2VT0 A;  1DWG M;  5KZ6 A;  1BVZ A;  3A6O A;  1ECE A;  3IJ8 A;  3AML A;  1Q6G A;  2FH8 A;  3L4W A;  4KRU A;  3BMW A;  1C7T A;  1KR0 A;  2EXO A;  3WF1 A;  1HX0 A;  4AZC B;  2D3N A;  3WSU A;  4AD2 A;  8CGT A;  1SFS A;  4EK7 A;  3WMC A;  1US3 A;  3F4V A;  2WM0 A;  3HMC A;  1MW3 A;  3PTQ A;  2TAA A;  1PZ2 A;  4WKF A;  2WB5 A;  3QHO A;  4DM1 A;  3THC A;  1KXV A;  2GJX B;  3AI0 A;  4L4O A;  1G01 A;  2O9R A;  1KBB A;  3OLI A;  1KXH A;  4C7F A;  2UY2 A;  2C0H A;  2NT1 A;  3AHT A;  4CKQ A;  1BAG A;  5IFT A;  4GI9 A;  5CJ5 A;  1TUX A;  3WF4 A;  2OWX A;  1GQI A;  3SCR A;  1HF6 A;  1H11 A;  4B16 A;  1E6X M;  1GOM A;  2V3D A;  2VL4 A;  3L4Y A;  4J3S A;  5CGM A;  1BSI A;  5EFF A;  1HJU A;  1JZ3 A;  1B30 A;  3BCF A;  1QNQ A;  4PMU A;  1HKM A;  3ARR A;  1VEP A;  2DT0 A;  2PBO A;  2VMF A;  2ZUU A;  2J8G A;  3B9A A;  3SUV A;  4GZI A;  3VIF A;  1CEO A;  3T08 A;  4A4A A;  5AYI A;  5BYW A;  3WEL A;  4TOQ A;  1C8Y A;  1UD8 A;  3K4D A;  5A2A A;  3ARU A;  3IAP A;  3N13 A;  2CNC A;  5A8O A;  1UR0 A;  1CEC A;  4AD4 A;  2D22 A;  3DHU A;  4DUV A;  3BAK A;  1E70 M;  2EO7 A;  2WLZ A;  1WZA A;  3WDQ A;  1E56 A;  3AYR A;  1CBG A;  1NH6 A;  1GHR A;  1G0C A;  1H5V A;  5I78 A;  1GNX A;  3M07 A;  3WD2 A;  5FD0 A;  3DHP A;  1E55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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