4LD0A

T. thermophilus ruvc in complex with holliday junction substrate
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
166
structure length
158
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVQEQFFYRQNELAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLADALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Crystal structure of RuvC resolvase in complex with Holliday junction substrate.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 49
structure length 158
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ld0A00
5SZTA 2IAJA 4OGCA 5HBMA 4CJ5A 3HPOA 3S3OA 4FK0A 4OVLA 3OYNA 1WSFA 3LALA 4HUEA 3SQ4A 1ZBHA 1BI4A 4CECA 3M8RA 4AHUA 4CHNA 2IDOA 1BIZA 4FK4A 1JLGA 3O3HA 3S9HA 1NJXA 2HVIA 1SL1A 3AVJA 5CZ2A 4CHPA 4FLZA 4B9TA 1N5YA 2FBYA 4ICLA 2RN2A 4DQIA 2G8VA 3V1RA 2BGGA 1CXUA 4OGEA 3AVBA 1XI1A 3BDPA 1DLOA 3AVAA 3SYZA 2P5GA 3F9KA 5D3GA 2QKBA 2FBTA 3DM2A 2A1RA 3DRSA 3JYTA 5C42A 2NUBA 1TAUA 1Q9YA 3V9XA 3MEEA 2IOCA 1T7PA 3O4NA 4Z0UA 3NAEA 3SI6A 2OPQA 3ZT2A 4E7JA 3HSTB 4DTSA 5JS2A 3H08A 1JLQA 4O55A 1NK9A 1C0TA 3NF6A 4IG3A 1HQUA 4RW9A 4CEOA 4C8NA 1TGOA 3NDKA 1MU2A 2P51A 3OJSA 1BQNA 4M42A 1SUQA 1KRPA 3CG7A 4UQGA 5SWMA 4M3ZA 1RTIA 3RMCA 4N41A 4DLEA 4E3SA 4HUFA 1SKRA 4ID5A 4CF0A 4E1NA 4CEEA 4C8OA 4CIFA 4KB1A 4I2QA 4IG0A 4E89A 4Z4FA 1QHTA 4CF1A 4AHRA 4CFBA 2QXFA 3RMBA 4I2PA 4Y1CA 4FM1A 1EETA 2YNGA 1VSLA 1S1VA 1VSEA 1Z25A 2HNZA 2I5JA 4KFBA 3VQ9A 4XIUA 4W5OA 1QTMA 4O4GA 4NYNA 3DLBA 4F3OA 1IG9A 4KB0A 2LSNA 1JLAA 3KK3A 2DY4A 3VQAA 4B9NA 3KK1A 4KHSA 4ZHRA 4E7IA 4FJ5A 4QOZB 3L2WA 4JLHA 1RT1A 3HT3A 1KVBA 4W5TA 4DTOA 3AA3A 3MAQA 2X6NA 4FK2A 4OKKA 4B9VA 1HPZA 4CHOA 2QKKA 1RTDA 5DK5A 4CESA 3QEXA 1L3UA 1QSYA 3QERA 1RBSA 3NH1A 3L2UA 1X1PA 1RT5A 3L2RA 3AVGA 3DYAA 3OYCA 4FLYA 3T3FA 3SUOA 4DU1A 1CLQA 3LP1A 1GOCA 5KGWA 3K57A 3VQBA 4GW6A 1WSHA 2DFFA 3ZSZA 2XY7A 3RRGA 2KZMA 1NK6A 3RRHA 1N6QA 1NKBA 1CXQA 5DMRA 3OS0A 3G10A 1W9HA 3DMJA 3QNOA 1X9WA 4KI4A 3V9WA 4ELUA 4CF9A 3LWMA 4OKJA 5J2PA 1S1TA 3BGRA 1TK0A 1S1XA 3RMAA 4DQSA 4LD0A 3SJJA 4CJ3A 1NK4A 4CCHA 3K5OA 1KLNA 4FJ9A 4Q5VA 3MEGA 4PY5A 1CZ9A 2HHSA 3AA5X 3DI6A 1VSMA 3IG1A 3NGIA 3CFRA 2FBXA 5I3UA 3THVA 1JLFA 3P1GA 3WNFA 4JRQA 4DSJA 4DSIA 1EX4A 4F4KA 4KHWA 5KGXA 4DS4A 1JKHA 4K8ZA 4KI6A 3DLHA 4PUOA 4HCCA 1C1BA 3ZSRA 4Z4CA 3OYBA 3TAGA 4B9SA 3LANA 1J53A 3VQDA 1NKEA 4LH4A 1EKEA 3KLEA 1JXBA 2BANA 3V1OA 3QEWA 2Y1JA 3PO5A 3ALYA 5FDLA 4DTJA 3SQ0A 4FJ8A 4KTWA 1KLMA 3ZSOA 1WLJA 5CYQA 4FJXA 2ZQBA 4AILC 4YFUA 4CK3A 3QEIA 4FJNA 1LAVA 3KK2A 3WNEA 4BDZA 4CJWA 4DTMA 4BDPA 4PWDA 2GV9A 4Z4EA 2RPIA 4FVMA 3NGZA 1BI4B 1XHXA 3ULDA 3QIOA 1FK9A 2DFHA 3QINA 3QLHA 4CJPA 3LPTA 3OYHA 3AO4A 2HHUA 4FCYA 4FM0A 1RDCA 1GOBA 1RT6A 3P5JA 3OYJA 1QQCA 2ZE2A 3CQ8A 4E7HA 3V9SA 3TAPA 1NK8A 1YTUA 3RTVA 4DTNA 3HL8A 1HJRA 1WAFA 4EP5A 1IO2A 2G8UA 1JXEA 4KTQA 4ID1A 1UOCA 5CY4A 3KIOA 4B9MA 2IS3A 4DTUA 2YKMA 2DTUA 2PYJA 4HCBA 4DF4A 4BACA 1GOAA 1D5AA 4AHVA 3C6UA 2OA8A 2KZZA 1HMVA 4FZZA 3O3GA 3EZ5A 1NK7A 1SKSA 1QSSA 4FJKA 4GVMA 1U04A 3M8QA 3SCXA 4BWJA 4B9UA 3VQ5A 2OYQA 1IKXA 3SUPA 4N56A 3L3UA 3T19A 2O4GA 3AA2A 4W5QA 4O0IA 2KFNA 1KTQA 3NH2A 1TAQA 1WSGA 2ITGA 2WOMA 4CF8A 1X9SA 3VN5A 3L2VA 1KVCA 1RILA 1U47A 1VSIA 5KRTA 1YT3A 4DMNA 4B8AB 5C25A 1VRUA 2D0CA 3PX0A 1LAWA 3AVNA 4JS5A 3OJUA 3V9UA 1RDAA 5HRNA 1ASVA 1WSJA 1Z26A 3KKRA 4E1MA 2X74A 3V9ZA 4FJ7A 1REVA 3AVIA 3MXJA 2ATQA 2FC0A 1XC9A 1TVRA 4O44A 4HUGA 1XWLA 4CEAA 4KHNA 4LSNA 5C24A 1NJZA 1SL2A 4CERA 3TR8A 3TAEA 4I9QA 3TAMA 4B08A 3OYEA 1SV5A 4DFMA 1UAXA 1WAJA 4CHZA 4NCGA 1VSKA 1BIUA 4LY7A 4FZXC 2RF2A 3ZT3A 2Q3SA 3WNHA 3V81A 4KHUA 1G15A 3M8SA 4CEBA 4B9LA 2HHTA 4E0DA 1QSLA 4O0JA 1BCOA 4ZTJA 3DOLA 1ZBFA 1A5VA 4PA1A 1RT2A 4CJKA 1C6VA 5KTQA 4KREA 2E6LA 4HHTA 3SPZA 4ELTA 1HYSA 3K2PA 1BL3A 1ZBLA 4DSLA 4FZYA 3KKSA 4AH9A 4J2BA 3QNNA 4KPYA 2PY5A 4H4MA 3HP9A 1YVUA 3PX4A 3SQ1A 4BE0A 4FJJA 4DU3A 1VSFA 4FJLA 4OPJA 1QS4A 3HYFA 1ZYQA 1YTAA 1B9FA 3ZSYA 4CJFA 4M3XA 3AVMA 4DWIA 2BE2A 2YHAA 3LP3A 4CJUA 3LPUA 1RDBA 4IFVA 4RW8A 2PYLA 1NJYA 1JLCA 4N76A 3LP2A 1K6YA 3DRPA 4DFPA 4KHYA 4CGHA 3PO4A 3NHGA 4CK2A 5HROA 2HVHA 3IRXA 2DFEA 3QIPA 4FW1A 2O4IA 1QE1A 1L5UA 2HHXA 3C94A 4CJRA 4KRFA 3ZCMA 5I42A 3HXMA 2OPSA 4I7FA 3ZSXA 1U49A 2WONA 4CEFA 3OYKA 4M41A 1U45A 1U4BA 2Z1HA 3LAMA 3RWUA 1NOYA 3OYDA 1LV5A 1KFSA 3JSMA 3F73A 3C6TA 2KW4A 3KD5E 4FXDA 1SKWA 3AVLA 3OYIA 4FYDA 4MFBA 3DRRA 4W5RA 4DTRA 1T05A 1LWFA 5KRSA 3O4QA 2JLEA 3KJVA 1JL1A 4G1QA 3DLKA 3ZT0A 4J2EA 2Z1JA 2VG7A 4OLBA 4DQPA 3K58A 4E19A 1RTJA 1T8EA 2D0AA 2D5RA 3LWLA 2Y1IA 1HYZA 4M45A 4CJLA 3T1AA 4EP4A 4E7KA 2XY5A 1TK8A 5CYMA 1I39A 4EZ6A 1F21A 1FKPA 3DLEA 4LSLA 4CGIA 1JLEA 5HRRA 4OLAA 3CFPA 4CGDA 1S9GA 4JS4A 3IS9A 3HVRA 2YNIA 4CJSA 3MECA 2RKIA 3AV9A 4KO0A 4NCBA 2E4LA 3AVCA 3HJFA 3AO3A 2XHBA 2BDPA 3LAKA 4QAGA 3U3GA 3K59A 3UIQA 5EU7A 1ZBIA 1NJWA 3D45A 3OS1A 4IDKA 2G8FA 4DF8A 3B6OA 3ZT4A 1O1WA 3SV4A 1HNVA 4M3WA 1TKTA 2HNYA 1S9EA 2E6MA 2X6SA 4Q0BA 3AO5A 4OPKA 5HRPA 1IKVA 1NOZA 3NGYA 3I0SA 5FRMA 2HHVA 3HP6A 4DTXA 3MXMA 4E7LA 1RT4A 1RBRA 3V6DA 2VWJA 4DSKA 4K8XA 1TL1A 1C1CA 4KV8A 5FROA 1S6QA 4LH5A 1IH7A 2VG6A 3TAFA 3RR8A 3HVTA 4MQ3A 3LP0A 1TKDA 3S3NA 4M3YA 4DS5A 4W5NA 4CE9A 3CFOA 3EY1A 4RW6A 3OYMA 3LDSA 4FLUA 3VQ7A 2D0BA 3PUFA 3TANA 3L3VA 2W42A 1S6PA 3TABA 1KSPA 4FJIA 3P83D 4QCLA 1C1AA 1FXXA 4OKEA 1RDDA 3DLRA 3O3FA 1BGXT 2EHGA 2G8KA 4FLXA 3V4IA 3S3MA 1BQMA 2YKNA 4CFDA 2HMIA 3ZSQA 1BISA 3VQ4A 3AVFA 4FJGA 1VK0A 3OY9A 3C95A 2X78A 4CJEA 4IFYA 4KAZA 3VA0A 1KVAA 4DSEA 3KTQA 4AHCA 1NK5A 4DFKA 4PQUA 2G8HA 1JL2A 1VSDA 2FBVA 4FW2A 1C0MA 2GBZA 3I8DA 4M3TA 3ASMA 3OYAA 2VWKA 2ZD1A 2JGUA 2F8SA 4DU4A 1JLBA 4TSXA 2KTQA 2HW3A 4N47A 1NK0A 5J2MA 3I0RA 4EZ9A 4F8RA 1VSJA 5E41A 4C8MA 4AHTA 1RNHA 1L3VA 1BHLA 3V1QA 3KD1E 2XY6A 2F96A 4CEDA 1TK5A 1B9DA 4F2RA 4FLVA 1B92A 3ZT1A 1XHZA 3PX6A 3AA4A 4N5SA 3AO2A 3NF9A 3NF7A 3HK2A 1IKYA 3K5NA 4CHYA 4YNQA 1RT7A 5CZ1A 3PY8A 4J2AA 2Z1GA 1HYVA 1RTHA 1LWCA 1RBVA 4GMJB 3U3YA 3FFIA 2OZMA 3HPHA 2Z1IA 3CYMA 3KLGA 4NYFA 3QEVA 1ASWA 4L8RB 4KHQA 2B4JA 3MXIA 4RW4A 3LZIA 1HQEA 1L3SA 4Z4GA 1TV6A 3NFAA 1D9FA 2YHBA 1RCHA 2ETJA 2GUIA 4BE1A 2OZSA 3D0PA 3RMDA 2P5OA 5JS1A 3HO1A 1S1UA 4KKOA 5HP1A 5FRNA 1S5JA 3WNGA 4CFAA 4HVJA 2B5JA 3KLFA 4CF2A 1RBTA 1ZBUA 3VQ8A 2PZSA 4F2SA 4CK1A 1KFDA 4BWMA 4AHSA 2HB5A 3AO1A 4WE1A 3ZSVA 1D8YA 2G8IA 4M3UA 1DTTA 1S1WA 5J1EA 1RT3A 4F3TA 4FM2A 1WSEA 3AVKA 4CJVA 4Z4IA 2OPRA 4OJRA 3VQCA 3OYLA 3SV3A 3NBPA 4IBNA 1WSIA 1L3TA 3TAQA 1EXQA 3SUQA 4CJ4A 1NKCA 4JRPA 2F8TA 4CJQA 4O5BA 1WNSA 4CEZA 1Q9XA 3A2FA 3NE6A 4CGFA 4J2DA 3KLIA 3ZSWA 1R0AA 2AJQA 3G0ZA 4FJMA 1UWBA 3OYGA 4DLGA 1TKZA 2HNDA 4B8CA 3NH0A 2QK9A 2EX3A 3E01A 1SL0A 4CGGA 2B6AA 4DQRA 2XO7A 1J5OA 1UA1A 1VRTA 1IKWA 1A5XA 3PV8A 3L8BA 2XY8A 1X9MA 2HHWA 4RW7A 4DSFA 3OYFA 2YNFA 5J2NA 1Y97A 2YV0X 4I9LA 3K5MA 2IC3A 4KTZA 2P1JA 4C8KA 2A1SA 1CZBA 3LZJA 4DFJA 1Q8IA 1J54A 4Z4HA 5HLFA 4ELVA 3VQQA 4H8KA 4CIGA 3SQ2A 3DLGA 3ITHA 1DTQA 3L2QA 3DOKA 3QEPA 4IKFA 1KCFA 2KFZA 1U48A 3SUNA 3EYZA 4FLTA 3TI0A 2G8WA 3OS2A 4RG8A 3SPYA 3VQEA 4CGJA 4B3OA 2HHQA 4CHQA 4DQQA 3MEDA 3SZ2A 3TARA 2KQ2A 4M3RA 1J9AA 3RR7A 3IAYA 1A5WA 1RBUA 2XRIA 1C0UA 4NCAA 3SNNA 3CM6A 3OVNA 1WN7A 4Y1DA 1I3AA 5KI6A 1TL3A 4CFCA 3CM5A 4FJHA 2R7YA 3AVHA 1FKOA 1ITGA 2OPPA 3ISNC 3QESA 3HPGA 1LWEA 4H4OA 3VQ6A 5T7BA 3HM9A 1HRHA 3KLHA 3U6FA 4FLWA 2IGIA 1T03A 1LW2A 1LW0A 3NF8A 1EP4A 2VG5A 3M8PA 1D9DA 3NCIA 1UA0A 4CEQA 4CJTA 4DG1A 1W0HA 4CIEA 3QETA 5J2QA 5K14A 3B6PA 3QO9A 4BDYA 3K5LA 1BCMA 5HRSA 3TWHA 1ASUA 3VA3A 4ZTFA 3VQPA 4HTUA 4BE2A 2YNHA 4DTPA 4C8LA 1HNIA 1VSHA 4R5PA 1TKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VERA 3LDLA 4M63C 3Q7BA 4OVLA 1ZBHA 5F1XA 2ASMA 2IDOA 1BIZA 1JLGA 3SBTA 3VEZA 1BDGA 2GEMA 1NGGA 5CZ2A 4CHPA 1VQON 2HBKA 4DV0K 4B9TA 1CXUA 3BDPA 4BRMA 3SYZA 4XH5A 5D3GA 1NG9A 4B3MK 4RWTA 3MEEA 2FSJA 3O4NA 2NNWA 3THYB 3ZT2A 4E7JA 4NB4A 5JS2A 3H08A 4O55A 1HQUA 4RW9A 4CEOA 1TGOA 3OJSA 1SUQA 3E66A 3CG7A 1RTIA 4ID5A 3RSEB 4CIFA 5JMVA 3G25A 4IG0A 1NGDA 4E89A 4X64K 1NGCA 1IG8A 5BN9A 2YNGA 1Z25A 3VQ9A 5JLFA 3DLBA 4F3OA 4A2AA 1IG9A 2LSNA 1JLAA 4LF8K 2DY4A 4ILJA 3FZMA 4E7IA 4QOZB 2W6KA 4JLHA 1QVFM 1XNQK 4W5TA 3LM9A 4FK2A 4BR9A 4B9VA 2QKKA 5DK5A 4CESA 4DR7K 1QSYA 3QERA 4YORA 3SUOA 3AGRA 4FLYA 3T3FA 3LP1A 2E2PA 1WSHA 3RRGA 2KZMA 1NK6A 1NKBA 1CXQA 3BZCA 3G10A 3DMJA 1X9WA 4CF9A 5GAHP 4BR2A 1S1XA 4O8UA 4LD0A 5AQRA 1MA9B 1NMDA 3TSUA 4WCEL 4WFAL 3DI6A 1VSMA 1YXQA 3SJHA 5I3UA 2FBXA 3P1GA 4KHWA 4JI2K 1JKHA 3CJ7A 3DLHA 3H1QA 3TAGA 3OYBA 4DTJA 4IEIA 3C6AA 1KLMA 3ZSOA 3I56N 1WLJA 4FJXA 3VTHA 2HF3A 1N32K 3QEIA 4BRLA 4DV3K 4IOAL 1E4GT 4CJWA 4AM6A 4BDPA 4Z4EA 3NGZA 3QICA 1NGFA 5LMUK 4QS7A 3U3YA 1RT6A 3P5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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