The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X66 O; 2UUB O; 1HNZ O; 4DR7 O; 1XMQ O; 4DUZ O; 4B3M O; 1XNR O; 4LF8 O; 4JI6 O; 2ZKO A; 3OTO O; 1HR0 O; 4JI7 O; 2ZM6 O; 4X62 O; 1N34 O; 4B3T O; 4LF9 O; 1D2D A; 2E5L O; 4GKJ O; 5LL6 Y; 1HNX O; 5A2Q N; 4LF4 O; 5LMN O; 4JI3 O; 5FLX N; 5BXZ A; 5IT9 N; 4X64 O; 4JI1 O; 4JV5 O; 2VQF O; 4B3R O; 4JI5 O; 4X65 O; 1N36 O; 1DK1 A; 1HNW O; 4DR4 O; 1AIL A; 3O65 A; 4DV2 O; 3J80 N; 3R66 A; 4JI0 O; 4JI8 O; 2N74 A; 4DR2 O; 4DR5 O; 2FKX A; 3SDL A; 3JAM N; 4OPH A; 5IWA O; 4DV3 O; 5H5N A; 4AQY O; 1J5E O; 4JI4 O; 4LF6 O; 1X59 A; 2VQE O; 1N32 O; 4LFA O; 1KUQ A; 4DR1 O; 1IBL O; 2F4V O; 4DV6 O; 4DV5 O; 1YZB A; 3F5T A; 5BR8 O; 4LFB O; 2DOS A; 2Z0A A; 4OPA A; 1I94 O; 2JRI A; 2LW7 A; 5LMU O; 5BY1 A; 4KHP O; 4NXN O; 1IBK O; 1N33 O; 4LF7 O; 2HHH O; 3RT3 C; 4B3S O; 2UXD O; 4A5U B; 1A32 A; 4DV0 O; 4YY3 O; 1XEQ A; 1G1X B; 1AB3 A; 3T1H O; 1XNQ O; 4JI2 O; 4DUY O; 3J7A U; 4YHH O; 1NS1 A; 2UUC O; 4LF5 O; 1IBM O; 1FKA O; 1F7Y A; 4K0K O; 2AGA A; 2UXB O; 1XMO O; 4DR6 O; 3T1Y O; 4DV1 O; 4GKK O; 2UXC O; 3J81 N; 2DJV A; 4JYA O; 4DV4 O; 4DR3 O; 2UU9 O; 4NXM O; 1FYJ A; 1R6T A; 1R1B A; 3M8A A; 1FJG O; 4DV7 O; 2UUA O; 4LFC O; 4OX9 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BSK A; 4MW8 A; 5FPR A; 1WLE A; 4I50 B; 2R72 A; 3R65 A; 4LCU C; 4NB5 A; 2P4K A; 1YVW A; 4JYY A; 4LF8 O; 3SYQ A; 2UXX A; 4IYI A; 3ZED A; 1PV0 A; 1ZTE A; 1JVM A; 2DYR C; 4B3T O; 5A2Q N; 2BOC C; 2ZXW B; 3G80 A; 1SES A; 2R9I A; 2OYQ A; 3O9O A; 4LF6 B; 4NTY A; 3STZ C; 1U97 A; 4JTA B; 1YTF B; 1N32 B; 1IBL B; 1Q82 W; 4DV6 B; 3ZRX A; 4LP8 A; 3JAW A; 2NLJ C; 3N2K B; 3GWO A; 4PA4 A; 2ZDI C; 4EFE A; 1VQ6 V; 2WLN A; 2OIG A; 4QNH B; 5KA5 A; 2FKX A; 3SDL A; 1K5Q A; 1EM1 A; 2UXD B; 3B09 A; 4LF6 O; 4UB6 Z; 5EC2 C; 2QWN B; 1N32 O; 1IBL O; 1US6 A; 5LP6 A; 4DV6 O; 3JD2 A; 4K35 A; 2K1E A; 3WB2 A; 1HP8 A; 3ZJZ A; 3OM3 B; 4WFH A; 3MD0 A; 5LBQ A; 4WCE V; 4CS3 A; 3ZHV A; 2K9P A; 1RP3 B; 4L8J A; 2UXD O; 4MW3 A; 1I5Y A; 1GH6 A; 3OR7 C; 2UXC B; 3OFN G; 5HFM A; 3ZHS A; 1TVK B; 1W2B U; 1XL6 A; 2P7T C; 4X66 B; 2EZO A; 5CA1 A; 3RYF A; 2LP7 A; 2UXC O; 1PL0 A; 2BTO A; 1U96 A; 3G6B A; 4MT8 A; 2ZR2 A; 3K5O A; 2GTA A; 2WLL B; 3UM7 A; 3ZRS A; 1FD9 A; 4J9Y B; 3RW0 A; 1KKC A; 3A8T A; 3N27 A; 4X66 O; 3OD4 A; 1VQ5 V; 2L35 A; 1UFI A; 3ZN0 A; 4DO2 A; 2HKO A; 4FMT A; 2XND G; 3HKD B; 1K4C C; 2CTR A; 4U7N A; 1Q43 A; 2XT9 A; 3CCV V; 3F7V C; 1WB8 A; 1HWY A; 4O2B B; 3SPI A; 2XAS A; 3B4S A; 4PDR A; 2Q68 A; 3BY6 A; 5FLX N; 2E5L B; 1S0V A; 4FLX A; 5H6R A; 1XDC A; 4QE9 A; 5EBL C; 1XBL A; 2HVK C; 1K4D C; 3ZHT A; 2D2C B; 5E1A C; 4NXN B; 1VQ9 V; 4F4L A; 2KG7 B; 1EZV H; 3FD9 A; 3LDC A; 4YY3 B; 4EB6 B; 1KUQ A; 1E79 G; 4MVR A; 3MAQ A; 3K79 A; 2WAM A; 1KC8 W; 2W0X A; 1FS0 G; 2XAQ A; 3FB6 C; 2QSA A; 4NXN O; 2BSK B; 1F51 A; 1NTK H; 3WG7 C; 5GTH Z; 1GK9 A; 2PI5 A; 4YY3 O; 2YID A; 1FXV A; 4J9Z B; 5JQG A; 2F1M A; 5LP6 C; 3J7A U; 2Y4U A; 2JJ1 G; 2GUZ A; 1PNL A; 3Q4H A; 4BIO A; 2QKS A; 1I7F A; 1MOF A; 4JZG A; 2G38 A; 2IJK A; 3SR2 C; 3JSL A; 5LXT A; 3VBB A; 3JAW B; 4IYH A; 3CB2 A; 1XRE A; 4X62 B; 2QWR B; 2LFR A; 4UXN A; 4R7C A; 4FLT A; 2Y0P A; 2DYS B; 4JI5 B; 4P2Z A; 1T5E A; 1VQ4 V; 4P9O A; 5CA3 A; 2FML A; 4DV2 B; 4X62 O; 3L74 H; 4YXW G; 1NQT A; 1VP7 A; 1MG1 A; 1GM8 A; 2Y48 A; 3HR0 A; 4JI5 O; 5BR8 B; 3LSQ A; 4D7T A; 5EBM C; 1SZT A; 2A9H A; 1MZF A; 3O65 A; 4DV2 O; 1SQF A; 1I94 B; 2F95 B; 3BEH A; 4MVQ A; 1WJZ A; 2F43 G; 2YIB A; 1IBK B; 3C90 A; 4MTO A; 5L3F A; 4RO2 A; 5CA1 B; 2IJJ A; 3RYF B; 4BWA A; 2V7Q G; 4CC5 A; 4ABM A; 5BR8 O; 4PJ0 Z; 2JDI G; 3CHX A; 2PTM A; 3TET A; 3B2E E; 1I94 O; 1NU1 H; 1UPG A; 1IX9 A; 1IBM B; 1JCH A; 5FL7 G; 1IBK O; 3GVM A; 1H8H G; 3ETG A; 2OTL V; 1FFX A; 4WFG A; 4FLZ A; 1TGO A; 3AG4 C; 5H9C A; 2JIZ G; 1H8E G; 1N4C A; 4JYA B; 1N8R W; 2GTS A; 1NS1 A; 3H1H H; 1IBM O; 2UUA B; 1KP3 A; 1BT8 A; 1Z5V A; 1QBZ A; 1JQ0 A; 4JYA O; 1YSC A; 5JH7 A; 4JI6 B; 1KU9 A; 1R6T A; 1HR0 B; 2UUA O; 1YJ9 V; 1PKX A; 2A06 H; 2V4D A; 1QR8 A; 2B5U A; 3SJB C; 3AG3 B; 4X64 B; 2Q7G A; 1IXM A; 3AG4 B; 4WFF A; 4YJ2 A; 1V55 C; 4UCS A; 4OGQ B; 5ITZ B; 4JI6 O; 1HR0 O; 3K04 A; 2QEX V; 4F6R A; 4NTX A; 2AZ2 A; 4I5S A; 4AQY B; 4X64 O; 1BQZ A; 4Z1V A; 5B3S B; 3DC6 A; 2JS3 A; 5JQG B; 2ZIM A; 2ZE6 A; 2VWJ A; 1MA1 A; 3CXH F; 4UB8 Z; 4O2A A; 2GUZ B; 5LHH A; 1YCI A; 4AQY O; 2YDE A; 3Q4H B; 1B3Q A; 5KHJ A; 1BQ0 A; 3HKB A; 1S72 V; 1V55 B; 2E3C A; 1AP6 A; 4U3F H; 5B66 Z; 5IDJ A; 4UCT A; 1AJQ A; 1GN3 A; 4LF5 B; 1EFR G; 5LXT B; 2IH3 C; 2CGO A; 3SYA A; 3PN1 A; 1P7G A; 2UXB B; 5KHI A; 1DF4 A; 5JWP A; 4J7Z A; 3RWR D; 4W4K A; 4I4T A; 1G1X B; 1NR7 A; 4DV4 B; 4LF5 O; 5H6Q A; 1RPR A; 4O4I A; 1QVF U; 3PJS K; 4FJC C; 1FKA O; 5K1P A; 1XHX A; 1E1Q G; 4FM1 A; 3ZHR A; 1Q3E A; 4DXW A; 2UXB O; 3L71 H; 2QM4 A; 2WSS G; 5LGN A; 3B77 A; 4GLX A; 3JD4 A; 3ABK B; 1ROP A; 4DV4 O; 3EVK A; 3VQV A; 2EX3 A; 3W7X A; 3AK2 A; 2EJR A; 3N2K A; 2ZCE A; 3B8M A; 4LF9 B; 4YIO A; 4F6E A; 2B1I A; 1BSM A; 1IXB A; 4LR3 A; 1VQ8 V; 4JI3 B; 3ABL C; 3CS5 A; 3H1L H; 3FFQ A; 4X65 B; 2QTS A; 3A0H Z; 4LF9 O; 2NR5 A; 3TGU H; 1H2M A; 1G4Y B; 2RMK B; 1XIL A; 4JI3 O; 3GWK C; 1VQO V; 4DR5 B; 5LHG A; 4JI4 B; 1HDJ A; 2DE0 X; 1QLE B; 4D6T H; 4X65 O; 1WA8 A; 2A0L A; 1YIT V; 1BCC H; 3T4Z A; 3ZN1 A; 1TVK A; 4BW9 A; 1I0H A; 2EIL B; 4G28 B; 1M57 C; 4DR5 O; 4X1K A; 1SZX A; 4JTC B; 4JI4 O; 1BHB A; 3E35 A; 3VOU A; 1NR1 A; 1IDS A; 2Z3Y A; 1YXB A; 2RN9 A; 4DUY B; 2XAJ A; 5JH7 B; 2IM9 A; 4K8X A; 3OMA B; 5CMU A; 3GB7 C; 1Q7Y W; 1PP9 H; 2YI8 A; 2N04 A; 3I56 V; 4GKK B; 1HW7 A; 3CCR V; 2Q7E A; 2WLK A; 4YJ2 B; 3D8C A; 4DUY O; 4B08 A; 1XI1 A; 2F23 A; 4F6R B; 1M57 B; 1YF2 A; 2E75 B; 3CC4 V; 3CRM A; 4RAI A; 1VQN V; 1MAB G; 1JOY A; 4GKK O; 4H0L B; 5EZY A; 1EN5 A; 4BAY A; 4EKW A; 1PM9 A; 3JAT A; 1CEZ A; 3QNE A; 2QM7 A; 2CH7 A; 3E86 A; 3CCU V; 1M9N A; 1N34 B; 4H37 A; 1PNK A; 5KLV H; 1NTM H; 2KQX A; 1K34 A; 2LQT A; 4O2A B; 4HBN A; 5JJJ B; 1R73 A; 2ZXW C; 1JFF A; 1VEW A; 3HKB B; 1OJH A; 4FLV A; 2WLJ A; 3ZBH A; 4UCR A; 1N34 O; 3F5W C; 3WU2 Z; 1Q81 W; 3EFF K; 4DR2 B; 3CEI A; 1Y76 A; 4XDJ A; 1WN7 A; 5IT9 N; 3JYC A; 3RYI A; 3LUT B; 5KUM A; 4LFA B; 1SQQ H; 4I4T B; 2M6Y A; 1NZ6 A; 1YTF D; 1R3I C; 2CTP A; 3KZI Z; 2QWQ B; 2WA3 A; 4UVA A; 2ZNI A; 4O4I B; 4DR2 O; 1KP2 A; 4MVS A; 2ZE7 A; 2Y69 C; 4FFK A; 4PDV A; 3L9D A; 3IGA C; 1D5A A; 2IJI A; 4LFA O; 1LUW A; 2HLD G; 4ZBM A; 2Q0A A; 3OTF A; 3T1C A; 1WAZ A; 2UUC B; 4FLU A; 1WP8 A; 2VRZ A; 4CH6 A; 2P90 A; 3AG7 A; 2CTW A; 4MVO A; 1S5H C; 1P49 A; 1AB3 A; 4DR3 B; 2UUC O; 1LR1 A; 2VWK A; 4IHJ A; 1SER A; 2Y69 B; 4BIU A; 5BZB A; 5HFL A; 2FL4 A; 3P32 A; 2QWP B; 4B3M B; 1XNR B; 4DR3 O; 3CCQ V; 1B04 A; 1WA8 B; 1EZJ A; 5CB4 B; 3K5L A; 4PA7 A; 2MW2 B; 3F7Y C; 3TK1 A; 4IGG A; 3EHB B; 1OCC B; 4X1K B; 4JI1 B; 5LA6 A; 4B3M O; 1XNR O; 3FB5 C; 3ASO C; 1N36 B; 1EBO A; 2R9A A; 1BHA A; 4NKG B; 2Q6A A; 4R50 A; 4JI0 B; 3SPC A; 4ZI7 A; 3QG5 A; 2NNU A; 3JAK A; 4JI1 O; 2ODM A; 1IUR A; 5CBG A; 2LO1 A; 2WLM A; 1NI8 A; 5FPO A; 4QPK A; 1N36 O; 3ABM C; 2D3O W; 2HVJ C; 2JGD A; 1QHT A; 1V54 C; 4GT1 A; 4JI0 O; 2N74 A; 4XDK A; 3H1K H; 2WPD G; 5B5E Z; 3SPH A; 2JGU A; 3AG1 C; 3CCJ V; 1P84 F; 2DN9 A; 2E74 B; 3RYC A; 1W0J G; 2HJF C; 5E79 Z; 5EZY B; 1KB9 F; 3ASO B; 3F5T A; 4TQF A; 1COW G; 2YXL A; 3JAT B; 3CX5 F; 2AW9 A; 2CH7 B; 1K92 A; 2X0L A; 3FYE B; 1LNQ A; 1JMK C; 3C3S A; 2W6I G; 1Q6U A; 1AR1 B; 5GON A; 3ETQ A; 4X1I A; 2YI9 A; 1F4N A; 1JFF B; 3G6E V; 3CCL V; 4NYK A; 3OAA G; 3ABM B; 5ITZ A; 4DK1 A; 3QO8 A; 2QWO B; 3CWB H; 4BIZ A; 1OCR C; 1OCZ C; 1V54 B; 4LFC B; 3ZMZ A; 1YJN V; 1VQM V; 2F66 C; 1M93 A; 3STL C; 2HEP A; 3AG1 B; 4C7U A; 1Y76 B; 2ADP A; 4CH3 A; 1L0N H; 1JJ2 U; 3JD3 A; 3RYI B; 4DUZ B; 4GCZ A; 2DMX A; 4TQD A; 1FYJ A; 4O4H A; 1VMG A; 3DGE A; 2B1G A; 2DYS C; 3HB3 B; 4LFC O; 4H13 B; 1X4T A; 5CBF A; 5EK0 A; 4UVB A; 2BOB C; 3ZHU A; 4DUZ O; 1Q90 D; 2OTJ V; 4D7S A; 3D36 A; 1YEW A; 5LGU A; 1I08 A; 3OMI B; 1OCR B; 4E4E A; 1OCZ B; 2XHB A; 4DYL A; 1NJI W; 3N2G A; 1XHZ A; 1MNG A; 4YJ3 A; 3OGC C; 5J2T B; 2R9R B; 3SJQ C; 4DK0 A; 1GKF A; 1PPJ H; 3ETD A; 1S3J A; 4J10 A; 2JK5 C; 2WWW A; 4WFE A; 2B9Z A; 3MHS C; 4PDM A; 1IVS A; 2EUL A; 3BVO A; 2Q0O C; 3K58 A; 2OWO A; 2XAH A; 4KHP B; 1N33 B; 1Q86 W; 4IHJ B; 1XUQ A; 3OMN B; 1S76 D; 1AI5 A; 4PA3 A; 2JRI A; 4HAM A; 2X6A A; 4KHP O; 3OUS A; 1N33 O; 3UKM A; 4NVP A; 3CRA A; 3VQY A; 3D3Q A; 3P30 A; 2QE7 G; 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3T4D A; 1M56 C; 2ZD9 A; 1Q8I A; 2UU9 B; 4PA6 A; 4NXM B; 4UCV A; 2W6J G; 3ABK C; 2JS5 A; 4ZKI A; 2LFS A; 2R70 A; 1TUE B; 2FTK A; 3SYC A; 4FVM A; 3OGI B; 3CRQ A; 5B1A C; 4DRX A; 1L1F A; 3LSS A; 3N2G B; 4YJ3 B; 5GTI Z; 1SRY A; 2HG5 C; 2UU9 O; 1K5S A; 5KX5 A; 4ZOL A; 1AR5 A; 4NXM O; 4MVZ A; 4TWK A; 4MTG A; 3E8H A; 1Y66 A; 4I9W A; 4LF4 B; 3H9V A; 4K3A A; 2YIB D; 1M56 B; 5L3E A; 4ZIB A; 4DR4 B; 4MVM A; 1XL4 A; 1QLE C; 3CCE V; 5C8Y A; 4ASU G; 3A0B Z; 5IJ9 A; 4CS4 A; 4LF4 O; 3BAA A; 5J2U A; 4KP4 A; 2GSM B; 3RFR A; 1ZL8 A; 2EIL C; 2XTA A; 1YIJ V; 5B1A B; 4PDL A; 3FB8 C; 1Z2G A; 1FXK C; 2MK3 A; 2QM8 A; 1SQX H; 5D5P A; 1ZAU A; 4DR4 O; 1K8A W; 5H2F Z; 1E1R G; 3L72 H; 5EC1 C; 1SQP H; 5IJ0 B; 3ABU A; 4HNA A; 3S3W A; 5JCO A; 2A79 B; 2YXY A; 4DV0 B; 3LNN A; 1MZE A; 1JPX A; 2DWD C; 4LNU A; 1QCE A; 1YZB A; 2P4V A; 4OXS A; 5B1B C; 3T1H B; 3UO2 A; 3QO5 A; 3E2E A; 1R3J C; 1V9P A; 1S5J A; 2P22 C; 4U3J B; 5CB4 A; 4JTD B; 1GMG A; 4CC6 A; 5FNV A; 5A9G A; 4PD4 F; 1DTO A; 4DV0 O; 2EBO A; 4KFM A; 5DN6 G; 1AI6 A; 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