The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR7 O; 4GKK O; 1HNZ O; 1IBK O; 4X65 O; 3O65 A; 2ZM6 O; 1R1B A; 4DR3 O; 4NXM O; 1XNQ O; 4JI8 O; 4OPH A; 1N36 O; 1J5E O; 2DJV A; 2UUA O; 1AIL A; 4DR2 O; 5BR8 O; 3RT3 C; 4LF8 O; 3F5T A; 1N34 O; 1X59 A; 4DR5 O; 3J81 N; 1HNX O; 4LF5 O; 4NXN O; 3JAM N; 4GKJ O; 5IWA O; 2UUC O; 1N33 O; 2HHH O; 1AB3 A; 5A2Q N; 4YHH O; 4B3T O; 4DV6 O; 1A32 A; 5LL6 Y; 1FKA O; 1D2D A; 3OTO O; 2F4V O; 1XMQ O; 1HNW O; 4DR6 O; 4JYA O; 4OX9 O; 4JI2 O; 4LFA O; 4LF4 O; 5BY1 A; 1YZB A; 2FKX A; 2AGA A; 3J80 N; 4B3S O; 4DV1 O; 1N32 O; 2UXC O; 3T1H O; 1FJG O; 4JI4 O; 1I94 O; 2UUB O; 5FLX N; 4KHP O; 4DR4 O; 4DV4 O; 1IBL O; 2VQE O; 2VQF O; 4DV7 O; 4B3R O; 4JI1 O; 5BXZ A; 4X62 O; 4DUZ O; 3R66 A; 4YY3 O; 1DK1 A; 1XNR O; 1XMO O; 2UXB O; 2JRI A; 1NS1 A; 3J7A U; 1HR0 O; 2N74 A; 2E5L O; 1FYJ A; 3M8A A; 4B3M O; 4JI5 O; 5H5N A; 4JI3 O; 4K0K O; 2ZKO A; 4OPA A; 4DR1 O; 4JI7 O; 3T1Y O; 4LF9 O; 4X64 O; 2DOS A; 4DUY O; 1R6T A; 4DV2 O; 4LF7 O; 3SDL A; 4DV5 O; 5LMN O; 4JI0 O; 1XEQ A; 2UU9 O; 4LFB O; 1KUQ A; 4JV5 O; 1F7Y A; 1IBM O; 4LF6 O; 4LFC O; 5LMU O; 4DV3 O; 4JI6 O; 4A5U B; 4DV0 O; 1G1X B; 2LW7 A; 4AQY O; 4X66 O; 5IT9 N; 2Z0A A; 2UXD O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXR A; 1IBK O; 4IHJ B; 4BIU A; 1R1B A; 4FLZ A; 3CHX A; 1TUB A; 1HDJ A; 4PDV A; 2IU3 A; 1E1R G; 3E22 A; 3OTO B; 4UCU A; 1XMQ B; 3OEE G; 3VBB A; 2UUC O; 4NTW A; 1Q90 D; 4B3S B; 4HAM A; 4LBE C; 1EZV H; 2ZE7 A; 1GN4 A; 4DRX A; 1GKF A; 3HKC B; 2L6L A; 5EYP A; 1V9P A; 1AVM A; 4G28 B; 3L74 H; 4F6E A; 1HW7 A; 3OTF A; 5GTI Z; 4U7O A; 2WLI B; 3QVN A; 4LNU B; 5KA5 A; 3RGB A; 3VQV A; 4RQE A; 2YEV B; 4I9W A; 1PL0 A; 3T4Z A; 1KP2 A; 3W7T A; 3ABL C; 2XT9 A; 3F5W C; 5LP6 B; 3FX7 A; 1ZSP A; 4P9P A; 1FFX A; 3CXC U; 1S0V A; 3TJT A; 3BRC A; 1GM7 A; 2K9P A; 4LH6 A; 4JV5 B; 4BW9 A; 1CPY A; 4DV3 B; 3BHP A; 4I4T B; 1WB7 A; 2Q68 A; 3LDD A; 1SET A; 2ZE6 A; 5EIB D; 4DV5 O; 3DSQ A; 2WPD G; 1Y74 A; 5IJ9 B; 3JSN A; 1L0L H; 1DGS A; 1HNZ B; 3E8B A; 1VF5 B; 4FLU A; 2H3O A; 3K59 A; 1OCR B; 1Q3E A; 4CBC A; 4AQY O; 1MSW D; 3AG1 B; 1W0K G; 5BR8 B; 2ZD9 A; 4N21 A; 2N05 A; 3MD0 A; 1VQ8 V; 3FB5 C; 5HFM A; 4DR7 O; 4O4L A; 4RWU A; 4DR3 O; 4U3J A; 4X66 B; 1AI4 A; 3B8N A; 4K3A A; 4OPH A; 2RDC A; 1JFF B; 3OMI B; 4IIJ A; 1I0H A; 1SS3 A; 1R6N A; 2BSK A; 5IDJ A; 1VQ6 V; 4E2L A; 1I08 A; 2AZ0 A; 4LF8 O; 1X59 A; 4ZKI A; 3N2G B; 5CA3 A; 3JAM N; 5LOV B; 4ZI7 A; 4CZZ A; 2Q6A A; 4FLV A; 5J2U A; 1R3L C; 4W4K A; 2JEX A; 2HR3 A; 1BE3 H; 1KKC A; 5EZY B; 2QSA A; 3OMN B; 1HNX B; 1BSM A; 3ZJZ A; 2DWD C; 4WFH A; 2PI5 A; 1P7G A; 2CGN A; 3FB8 C; 1L8D A; 5FPO A; 2MK3 A; 1HNW O; 5CN0 A; 1ROP A; 5FPR A; 3ABL B; 3ZHT A; 3AG2 C; 2JJ2 G; 2EBO A; 3JSL A; 3CJH A; 1MZE A; 2FB5 A; 1TVK B; 2UUB O; 3JAS B; 4DR4 O; 3BAA A; 1IBL O; 2VQE O; 5KHH A; 5E1A C; 1IVS A; 4LF9 B; 5L3C A; 5KMG A; 3I5D A; 2IH3 C; 2QWN B; 1QR9 A; 1Z5V A; 4PHZ A; 2WWW A; 4RAI A; 4AHC A; 2F66 C; 1NS1 A; 4LFB B; 5LHI A; 3UQ8 A; 3DGE A; 4YJ2 A; 5K1P A; 5JCO A; 4GX2 A; 4DUY O; 1R6T A; 5LMN O; 1TGO A; 4TUY A; 4B7E A; 4CS3 A; 5KAF Z; 4RQF A; 4H13 B; 2PUS A; 1Y6X A; 2YIC A; 1YTF B; 2GBO A; 1YSC A; 3EXA A; 2EIN B; 3TGU H; 4MTO A; 4TV8 B; 4ZBM A; 4ICG A; 4LWS B; 4GX5 A; 4NXN B; 1N33 B; 2ILM A; 3ICX A; 3G6E V; 1UFI A; 1U96 A; 1TAE A; 4DV6 B; 4PI2 A; 4P2Z A; 4FM2 A; 1GH6 A; 3RYH B; 2PF4 E; 3CRA A; 3TXQ A; 3A0B Z; 3ETD A; 3HR0 A; 1PNL A; 5DM6 V; 5CA0 A; 4IL6 Z; 5AG2 A; 3ZBH A; 4MW8 A; 4FM0 A; 4DV1 B; 3OUF A; 3SJC C; 4DYL A; 5CA1 B; 2DYS B; 5JH7 B; 5LL6 Y; 1P84 F; 3W7X A; 3ABK B; 2YS8 A; 4FLX A; 5IJ0 B; 3JAL B; 4X9Q A; 4JYA O; 4O2B B; 4B3R B; 4B3T B; 3ASO C; 2ZQM A; 1PNM A; 3CCJ V; 2R72 A; 4HNA A; 3AEI A; 1UPG A; 4CS4 A; 2Q4P A; 4XDL A; 2RQ6 A; 3A2F A; 3ZN1 A; 1GM9 A; 4O4H B; 3KCX A; 1YF2 A; 3U11 A; 3ABU A; 1YIT V; 2B1G A; 4B3M B; 1RP3 B; 3FB7 C; 3EFF K; 3E35 A; 1MAB G; 3BVO A; 4TV9 B; 4DUZ O; 2GTS A; 4JI7 B; 2XTA A; 2KQX A; 3W7U A; 4JI0 B; 4TT3 G; 5LA6 A; 3SGI A; 2HP8 A; 1J95 A; 5GON A; 3SPJ A; 1SQQ H; 1FYJ A; 2QGN A; 2CTP A; 2RMK B; 5B1B B; 1JJO A; 1WA8 B; 3FFQ A; 4ZIB A; 1GK9 A; 1VQ5 V; 2F1M A; 3WG7 C; 1CP9 A; 4FZ0 A; 2ZNI A; 2DW4 A; 1IBM O; 1HP8 A; 1NI8 A; 5LMU O; 2IU0 A; 1WP8 A; 3K5L A; 4DV0 O; 4NXM B; 3C3S A; 5L3F A; 5J2T A; 2JS3 A; 3CS5 A; 1ZL8 A; 3AG3 B; 4MS2 A; 3G71 V; 3LDE A; 1H2L A; 2A0L A; 4GKJ B; 4X1Y A; 4MVQ A; 2ODM A; 2ZE5 A; 2ADP A; 1GRJ A; 3CRR A; 2X0L A; 4UCO A; 4FVM A; 3ETE A; 4EB6 A; 5ITZ B; 3ZHS A; 2F4V B; 2ZDI C; 1W2B U; 2CAZ C; 1Q86 W; 2NLJ C; 2A7W A; 3NR7 A; 3N2K A; 3RN4 A; 4CH4 A; 3ASO B; 2UXC B; 1OHH G; 4G2K A; 3IC9 A; 4JI4 B; 3H1K H; 3T2M A; 1F4M A; 2JGU A; 4K35 A; 4BIO A; 5B3S C; 3OMA B; 1H8H G; 1NBM G; 4LFA O; 1G8M A; 2PZS A; 1URF A; 4QNH B; 2AGA A; 5JQG B; 3JAR A; 3T1H O; 3QTC A; 1KC8 W; 1KKD A; 1IDS A; 2L35 A; 3CYO A; 2CTR A; 1WNS A; 1ZAU A; 2GDS A; 1XHX A; 2VQF O; 3B77 A; 1THZ A; 3W7S A; 5BXZ A; 2F95 B; 3TET A; 2LQT A; 3ETG A; 4EKW A; 4YY3 O; 2OTJ V; 3JAK A; 3O9O A; 3OR7 C; 3G4S V; 3CC2 V; 1MG1 A; 3APO A; 5KX5 B; 1BHB A; 1Q6I A; 2WSS G; 1H2K A; 2W0X A; 4GZR B; 4FJC C; 3X2Q C; 4DR1 O; 2W6I G; 1BGY H; 1IZ3 A; 3CRM A; 2R9R B; 4MVZ A; 1M4U A; 1AJN A; 4QGP A; 5CMU A; 1PM9 A; 2LJ2 A; 2PTM A; 3IFX A; 3GB7 C; 1ORQ C; 2AXT Z; 4JI8 B; 4FFB A; 3K08 A; 4F4L A; 1J5E B; 2A06 H; 3SYO A; 4UB6 Z; 3ZRW B; 3JAT A; 2OCH A; 3DC6 A; 1NT2 B; 2G38 A; 1FFT B; 1D5N A; 4GKK O; 4GUN A; 1P7B A; 1K8A W; 1FXH A; 2IJJ A; 3BA9 A; 4DK1 A; 2E3C A; 4UV8 A; 5IYZ B; 1S77 D; 1KD1 W; 3SPG A; 4N23 A; 3SYP A; 1EBO A; 2H94 A; 1PPJ H; 2JS5 A; 1VIB A; 1YTF D; 2Y69 C; 3RYF B; 1Y67 A; 1MA1 A; 1G4Y B; 3WB0 A; 2EUL A; 4EFE A; 1MZF A; 2RNB A; 4MSW C; 5B3S B; 1RSO A; 2ADQ B; 1SES A; 4ZHQ B; 4YHH O; 1JJ2 U; 1EFR G; 4Z1V A; 3RVZ A; 1V55 C; 4I55 A; 2EIK B; 1G6U A; 1D2D A; 3FAV A; 1N0N A; 2ZR2 A; 3K5M A; 1XMO B; 5KA6 A; 2IW5 A; 4WFG A; 2EX3 A; 3CME V; 4YIP A; 2E5L B; 3A8T A; 2CK3 G; 3E8F A; 4WBN B; 3Q4H B; 2QWP B; 4GCZ A; 4PI0 A; 4MW3 A; 1M56 C; 2DN9 A; 4I0X B; 3X2Q B; 2UXB O; 2KKW A; 4IGG A; 3L9D A; 2IJK A; 4X1K A; 3CEI A; 2UXN A; 4O4I B; 3M8A A; 4YIO A; 4LF6 B; 3HKE B; 5BZB A; 4K0K O; 2IBZ H; 3ZN0 A; 4BW5 A; 1K4D C; 4WFF A; 3CMA V; 4LF7 O; 3SPI A; 2LFR A; 2UXD B; 2UU9 O; 1KUQ A; 2Y4T A; 4GYC B; 3ZHU A; 4J7Z A; 5JVD A; 5L3G A; 5CB4 A; 2YSU B; 2VS0 A; 1IXB A; 2WLL A; 1XDC A; 4X66 O; 2X6C A; 1N34 B; 1M57 C; 3ASN C; 3BFR A; 5FNV B; 1Q5O A; 1AJP A; 1W0J G; 4O2A B; 4FMT A; 4GX0 A; 2UUA O; 2OCC C; 4FK5 C; 2JGD B; 5JJJ B; 1V55 B; 1HNX O; 2WLI A; 4UVB A; 1Q82 W; 2PGG A; 4X20 A; 3ZRS A; 4RUE A; 1V54 C; 1NJI W; 4WFE A; 4I5S A; 3CCL V; 5LP6 A; 4UCS A; 1EZJ A; 1OCC C; 3AG4 C; 4OX9 O; 3SYQ A; 3ZRV A; 3WU2 Z; 5LXT B; 1YZB A; 2ZXW B; 2X7R B; 3OD4 A; 1VQ4 V; 2P4K A; 1FJG O; 4FM1 A; 3HKD B; 4IT5 A; 1BCC H; 2CH7 A; 3I55 V; 1NQT A; 4KP4 A; 1NU1 H; 2GUZ B; 4JTD B; 1L0N H; 2YUA A; 1I94 B; 3GWK C; 2XHB A; 1NR7 A; 2FYU H; 1WPX A; 4J7K A; 2P4V A; 3STZ C; 3BA8 A; 2A9H A; 4PA9 A; 1YEW A; 2HVJ C; 3LSS A; 3ABM B; 4JAA A; 1BL8 A; 3E86 A; 3IGA C; 5L3B A; 2DOS A; 3JAW B; 1YJW V; 1DTO A; 5LBQ A; 2EIM B; 1LNQ A; 5KHI A; 3ZMT A; 1OCO B; 1TA8 A; 4PDM A; 1JFF A; 1EN5 A; 3ASN B; 4PA3 A; 3VQX A; 4JPR A; 5EC1 C; 4UCV A; 4X65 O; 4LF5 B; 1AJQ A; 2CTQ A; 1TUB B; 5EZY A; 1XL6 A; 4F6R A; 2HHH B; 3S3X A; 4H37 A; 3RYC A; 1R3K C; 2Z5U A; 3K03 A; 2OYQ A; 1M93 A; 3E22 B; 5IY5 C; 2GV9 A; 2BCC H; 2OT5 A; 1PD3 A; 2MW2 B; 1Q81 W; 4TWK A; 1K34 A; 2WA4 A; 2Q0O C; 1OCC B; 1YCI A; 1TVK A; 1NH2 D; 5EYP B; 2CDY A; 3CCM V; 4B3T O; 1VMG A; 1ZWI C; 2XAH A; 2RN9 A; 4FLY A; 5LYJ A; 4DV4 B; 4DV7 B; 4PD4 F; 4I50 B; 4UXN A; 1VQN V; 4R7C A; 1QVG U; 4Z2W A; 4KHP O; 1AI6 A; 4L87 A; 1FFX B; 2WLN A; 5C8Y A; 1P49 A; 4D7T A; 4X62 O; 3T1Y B; 1M90 W; 1AP6 A; 4AIL C; 3D3Q A; 1DK1 A; 2Q7H A; 1K3E A; 3ZMZ A; 3IC7 A; 4HYO A; 4X1I B; 1H38 A; 1HR0 O; 4J80 A; 4PEL A; 4DW1 A; 4J41 A; 2XAJ A; 4DW0 A; 4JI3 O; 2ZKO A; 3JCU Z; 1SC5 B; 1Y74 B; 3KG2 A; 3JD0 A; 2JDI G; 1BQZ A; 4TV8 A; 1X4T A; 5BMV B; 4G27 B; 5JCO C; 2YI9 A; 3K9S A; 1IBK B; 1F7Y A; 3JD1 A; 4LFC O; 1VF6 A; 2XUM A; 1IX9 A; 1SA0 A; 4JAV A; 3D8C A; 3I56 V; 5D5P A; 5E79 Z; 3CC7 V; 2DQ0 A; 3ZIA G; 3NXS A; 4U3J B; 1JR9 A; 4QJF B; 4ASU G; 3O65 A; 4LH7 A; 4IIJ B; 2ZM6 O; 1NTM H; 1BT8 A; 2UUC B; 1XNQ O; 1B3Q A; 1SQG A; 2BSK B; 2QR4 A; 4R50 A; 3TXS A; 5CA1 A; 5JH7 A; 5B5E Z; 1JVM A; 1KU9 A; 5B1A C; 5L3E A; 3H1L H; 1SF9 A; 3FKS G; 4JF3 A; 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4LR3 A; 5CBG A; 3OGC C; 4PA4 A; 4D7S A; 4LF4 O; 5IYD O; 4QE9 A; 2NNU A; 5EIB C; 5KX5 A; 1MSD A; 2OWO A; 5KAI Z; 4GT1 A; 3QO5 A; 1H8E G; 4H44 B; 5A9G A; 3BPZ A; 1K97 A; 1I5X A; 2LO1 A; 3E2E A; 1KBH A; 1KYO F; 1MOF A; 1OV9 A; 2YIB D; 1DF4 A; 4DUY B; 5LA6 B; 2PI4 A; 4TQF A; 1NVP B; 5GON B; 1ZUQ A; 3M99 B; 3JD4 A; 5LMN B; 4JGS A; 2PY5 A; 3ZED A; 3THO A; 3FYE B; 1Z5W A; 2YXY A; 1QLE B; 1QLN A; 4JI5 O; 4NTY A; 4XDJ A; 3RBZ A; 2F93 B; 1RPO A; 3OAA G; 3RVY A; 2WLH A; 3C3T A; 1LUW A; 5J2T B; 4JI6 O; 1ZL8 B; 2BTO A; 1GM8 A; 2EZP A; 1WLE A; 1RM1 B; 2ZCE A; 2BTQ B; 3B4S A; 1K92 A; 1QBZ A; 3WG7 B; 1XOU A; 4DK0 A; 4X1Y B; 1YI2 V; 3STL C; 2EZO A; 1SRY A; 2ARH A; 3K04 A; 2V1D A; 4MVM A; 2QDO A; 1EN4 A; 3RFR A; 3UO2 A; 2YIA A; 1AR4 A; 1N36 O; 1OCZ B; 4EB6 B; 3H01 A; 4J9Z B; 1FXV A; 4UVA A; 3F7V C; 2Z3Y A; 2WAM A; 5EBL C; 2DQ3 A; 4JYA B; 1JOY A; 4XDK A; 5DN6 G; 2ETN A; 1NR1 A; 3MHH C; 4WBN A; 3Q4H A; 3OTO O; 5IYB O; 1XMQ O; 2EJ7 A; 5FL7 G; 3JAR B; 4I0X A; 2B1I A; 2GTA A; 3OEH G; 4DUZ B; 3QNE A; 1O9G A; 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