4LH4A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh4A00
3OYLA 4DFKA 2Z1JA 3HP6A 3P83D 3S3NA 2R7YA 2XHBA 3VA3A 4DF8A 3NGYA 4FW2A 4KHWA 1IKYA 4FLYA 3ZSQA 5EU7A 4DFJA 3ZSRA 3SQ1A 1Q9YA 1GOBA 3V4IA 1L3VA 3TAQA 4CJPA 1X9MA 3LPUA 4NCGA 1VSJA 1TV6A 5DMRA 3ZT0A 1XC9A 1RDDA 4RG8A 5CY4A 1TKXA 4CGHA 2G8KA 2OZMA 4QOZB 4FCYA 3U3GA 1EXQA 4CHZA 4B9UA 1JLCA 1RBVA 3ZT2A 2F8TA 4BE1A 1WAFA 2DFFA 5T7BA 2OZSA 4DSFA 1XWLA 3MEGA 1UA0A 3VQQA 4W5QA 1NK7A 3RR7A 3HP9A 4FJ9A 4DS5A 3KLIA 3QEWA 2A1SA 1C0UA 3OVNA 4M45A 1KVCA 4E1MA 4EZ9A 3HJFA 3AVGA 3SNNA 4N41A 1T7PA 3L2VA 2E6MA 3LAMA 3V1QA 3NH2A 1KVAA 1BCOA 5KGWA 4DSEA 3AVHA 1J54A 2OPSA 1WSGA 1BI4A 3OS2A 4O4GA 4CEFA 3JYTA 3DLRA 4AHVA 3HM9A 1SKRA 1RT7A 4TSXA 2OA8A 4DLEA 3NDKA 3DM2A 4M3RA 4H8KA 4Z4FA 4CFBA 4DFMA 1TKDA 4BWMA 5J2PA 1S9EA 1JLQA 1RT5A 2XY8A 1WSHA 2B4JA 4DQSA 4FK4A 4DSJA 4FJ5A 4OLBA 4E1NA 3THVA 1VSFA 4YFUA 5HP1A 1IO2A 3NBPA 1RTJA 3M8PA 4KFBA 4GW6A 2KTQA 4FVMA 1D9FA 4J2BA 3MXJA 2HVIA 3CM6A 2HNDA 4CHOA 3S3OA 4RW4A 1L5UA 1RDAA 2OPQA 1NK5A 2X78A 4IDKA 1C0MA 4I9QA 4ID1A 1BIUA 3HL8A 4EP5A 1IKWA 4PA1A 3OYCA 1C1AA 1RDBA 1UOCA 4C8NA 1IH7A 2ITGA 1BI4B 3LWLA 3TABA 4CHNA 2ETJA 2WONA 1MU2A 1A5WA 3AO1A 4FXDA 4DQPA 2D0CA 1U47A 2HHQA 3AA2A 2Z1HA 3NH0A 4DTPA 2Y1IA 1SL1A 1TAUA 1HPZA 3LP3A 2D0BA 4FM1A 4JRQA 3SV3A 1YTUA 2RPIA 3OYAA 3UIQA 3K5LA 4DU1A 1A5XA 2RF2A 1ASWA 3SPZA 5JS2A 3O3GA 5HLFA 3K58A 4DMNA 1G15A 4DTRA 2XY7A 1BISA 1VSHA 4E7JA 4DF4A 1NK6A 4K8XA 4BACA 2KFNA 1KFSA 1WSIA 4KKOA 3VQ5A 4C8KA 4R5PA 3CQ8A 1HQUA 3JSMA 5J2MA 4NCAA 4E7IA 2HHWA 3BGRA 1SKWA 4KB0A 3C6UA 4KTQA 1X9WA 2QKBA 2YKNA 4H4OA 4CFAA 4I7FA 1IG9A 1JLEA 1TKZA 4DQIA 1RTDA 5SZTA 4FJ7A 4LD0A 2B6AA 2PZSA 2G8HA 4BE0A 4FJ8A 3LP1A 3TWHA 1LWEA 3ULDA 1IKVA 1ZBLA 3IG1A 4IFVA 3ISNC 1BGXT 4Z4EA 3NH1A 4N56A 3RMCA 1HNVA 4H4MA 3CFRA 4FJJA 2FBVA 4J2EA 4DTUA 4CJVA 3SUNA 3BDPA 4HHTA 1Q9XA 3B6OA 4BE2A 3FFIA 3ZCMA 5JS1A 1LWCA 1ASVA 3QLHA 1TGOA 1RBUA 3MXMA 4B9MA 4HCCA 4PQUA 1EKEA 2BANA 4Q5VA 4ZHRA 3OYIA 4O55A 4CJSA 3C95A 3AV9A 4EP4A 4IKFA 4I2QA 1N6QA 3AVJA 4PUOA 1BL3A 3DOLA 3QIOA 5FROA 4CEQA 4FZYA 2I5JA 3MXIA 4E19A 2KW4A 4W5OA 4ID5A 4FM0A 4C8OA 3SUPA 4F3TA 2DFEA 4DFPA 3WNGA 1BQMA 3QEPA 4KHSA 2QK9A 1RBTA 3P5JA 4FM2A 2E4LA 2OYQA 3NGZA 3LWMA 3OYFA 5HROA 4ELUA 1ZBHA 2ZE2A 5CYMA 2HHTA 2DTUA 5J2NA 3DYAA 3MEEA 4DSIA 2FBTA 3L2WA 4B08A 3TR8A 3OYBA 3AVLA 2Y1JA 2VWJA 3VQDA 1NJXA 3O3FA 2G8WA 4B8CA 3HPHA 4AHRA 4KHQA 3OYGA 4FLUA 2XY5A 3NF7A 5K14A 3LDSA 4CHPA 4M3WA 3O4NA 3VQBA 4ICLA 4E89A 4NYFA 5FDLA 1FKOA 3PO4A 3CG7A 1J5OA 4OPKA 3V9XA 3VQEA 4CIFA 2VG5A 4DTMA 1DTQA 4FJXA 4B3OA 4CEDA 3RTVA 3SUQA 3NCIA 4NYNA 4FJNA 1U48A 1QHTA 3O3HA 1WN7A 4G1QA 1KVBA 1BCMA 1W0HA 4CHQA 3C6TA 2YKMA 3ZT3A 2OPPA 5HBMA 3K59A 4B9NA 3L3VA 4CHYA 4BDZA 3RWUA 3HO1A 4LSLA 1KCFA 3AVKA 1RT6A 2O4IA 3K5NA 3HVRA 3L3UA 1SL0A 3V9SA 4Z4IA 3LP2A 4E7LA 4DU3A 1NOYA 4JS5A 1WSFA 2G8FA 1RTHA 4AHCA 3KTQA 4M42A 3V9UA 5KRTA 4DQQA 2HNYA 2RN2A 4DTSA 4CFCA 2HMIA 3PUFA 4YNQA 4LY7A 3LAKA 4CGGA 4CJRA 4E7KA 3QETA 4J2DA 1SUQA 3KK2A 4OKJA 3ASMA 4CGDA 3HSTB 5KTQA 4W5RA 1TK5A 4CJQA 3KKSA 4CERA 3DLHA 2KQ2A 2IDOA 3M8SA 1CZBA 3V9WA 1RBSA 1NOZA 1NKBA 4FZXC 4DTXA 1W9HA 4N5SA 1BHLA 4HUFA 4XIUA 1R0AA 1RBRA 4UQGA 3EZ5A 3IS9A 3SZ2A 4RW7A 3K2PA 2PYLA 4FLWA 1VSLA 1S9GA 2GBZA 3S9HA 3ZT4A 1VSMA 1A5VA 5CZ2A 1QQCA 1S1XA 1LW0A 4HUEA 4DS4A 5I42A 3ZSOA 5KRSA 1T05A 4QCLA 4FLZA 4Y1DA 1TKTA 4CEAA 1U04A 1Q8IA 1J53A 2Z1GA 3MAQA 1NJWA 1NK4A 1ZBUA 4C8MA 5C42A 3AO2A 4IFYA 4M3TA 3I0RA 3QO9A 3U6FA 4ZTJA 4CJFA 2IGIA 4F8RA 4JLHA 3K5MA 3I0SA 4CF9A 1HRHA 4CJLA 3TAPA 3D0PA 3C94A 4EZ6A 4F2SA 4JS4A 4KI6A 2AJQA 1HYSA 2IAJA 1HMVA 3IRXA 2HHVA 3RRHA 1XHZA 2VG6A 4DLGA 1S6PA 4OGCA 4CJ3A 1ASUA 2BDPA 4ELVA 4FK2A 1T8EA 1U4BA 3VQPA 4AHTA 5HRNA 4BDYA 3LP0A 3QEVA 1JLBA 3DRPA 1KFDA 4FZZA 3KJVA 4HUGA 1U49A 2OPRA 3DLEA 1JLGA 2FC0A 4IG0A 2X6SA 1RCHA 4M41A 3V6DA 4CK2A 2ZD1A 3SPYA 3AVFA 4OKEA 2PYJA 1D8YA 3NAEA 4PWDA 2YHAA 1HJRA 3CFOA 2XO7A 3L8BA 1NK8A 3WNEA 3K57A 1NKCA 4B9LA 4B9VA 3ZSVA 4CF0A 3SQ4A 3D45A 1S1UA 3T1AA 3HT3A 2ZQBA 1K6YA 3VQ7A 3CFPA 5I3UA 1VSDA 4BWJA 3WNFA 3OS0A 4DTNA 1ZBIA 2DY4A 3PO5A 3QNNA 3DLBA 4F2RA 4FYDA 4O0IA 4CJTA 2HVHA 2VWKA 3F73A 3DMJA 3AA5X 4DTOA 3IAYA 4MFBA 3LALA 3NHGA 1C1CA 3NFAA 1QSSA 3AO3A 4CK3A 4CJKA 1RDCA 2G8UA 4FJHA 4OLAA 1S5JA 4DWIA 3ZSXA 1JKHA 2ATQA 4KHYA 4AH9A 1HNIA 1B9DA 1YVUA 4W5NA 1JL1A 3VQ8A 3L2UA 2B5JA 2F96A 1JL2A 2VG7A 3ITHA 4RW9A 4I2PA 3OY9A 3KLFA 2YV0X 1LAWA 2IC3A 4DSLA 5FRNA 2HHXA 4Z4GA 3ALYA 1IKXA 2RKIA 3WNHA 4IBNA 4NCBA 3VQ6A 4CEOA 1B92A 1TVRA 1KSPA 1ZBFA 4KREA 4CF1A 1FK9A 3AVIA 2LSNA 4CJ5A 2O4GA 1SKSA 2FBXA 3ZSYA 3KLHA 3ZSWA 2P1JA 4CIEA 3DRRA 4M3ZA 1QE1A 2PY5A 4FJIA 2KZMA 3A2FA 3KD5E 3NF6A 3AVNA 4FK0A 2NUBA 1QTMA 3E01A 3RR8A 2YNHA 1DTTA 1L3TA 3OYJA 2G8IA 2FBYA 5KI6A 1FKPA 4CIGA 4CF8A 1QSYA 2P5GA 3HK2A 3VA0A 4LSNA 4Z4HA 3DOKA 1SL2A 3DLGA 5CYQA 3T3FA 1T03A 3DLKA 3SCXA 4CGJA 4Q0BA 3OYDA 1JXBA 1KLMA 2GV9A 4CGIA 4FLXA 3QESA 2G8VA 4B8AB 4KRFA 2GUIA 3QNOA 3PX4A 3V81A 4FJKA 4O0JA 1RT3A 3SYZA 4O5BA 4Y1CA 4RW8A 3PX0A 4KAZA 4FJMA 4KHNA 2F8SA 4CFDA 3SI6A 3EY1A 1VRTA 3QINA 4AHUA 4KPYA 1S1VA 4C8LA 2YHBA 1UWBA 3QEXA 4JRPA 1VK0A 3RMDA 3L2RA 1UAXA 3U3YA 3G0ZA 4HVJA 3NF8A 1NK0A 1N5YA 1SV5A 2HB5A 3AO4A 3KIOA 5DK5A 4Z0UA 4AILC 4CGFA 4FJGA 5E41A 5SWMA 4M3UA 3AVCA 1CLQA 2YNIA 4AHSA 4CECA 4OVLA 3VQ9A 4M3XA 3RMAA 4WE1A 1C0TA 3AVAA 1EP4A 4GMJB 5CZ1A 2YNFA 1HQEA 3AA3A 2QKKA 3OJUA 4PY5A 3OYKA 4FW1A 4FJLA 1YT3A 2HHUA 3VN5A 3VQ4A 4W5TA 1RT4A 3KD1E 4E3SA 1VRUA 3SJJA 2HNZA 1D9DA 1I3AA 1XHXA 3LPTA 4GVMA 5HRRA 1GOAA 1I39A 3NE6A 3KLGA 3OJSA 3LZIA 3K5OA 4HCBA 5J1EA 2BE2A 1ITGA 1JLFA 3HYFA 2BGGA 4CJEA 4ELTA 3TAEA 3MECA 4N47A 1EETA 2EHGA 3RMBA 1L3UA 3ZSZA 1C1BA 3KK3A 1U45A 4LH5A 3KLEA 2P51A 3T19A 1WSEA 1NKEA 1EX4A 2IOCA 1RT2A 1NJYA 1QSLA 2D0AA 2YNGA 4DU4A 4OKKA 1RNHA 2X74A 3M8QA 3ZT1A 1WNSA 4CJUA 1UA1A 1Y97A 4Z4CA 1L3SA 3CYMA 2EX3A 3H08A 4CCHA 1C6VA 4I9LA 1D5AA 1NK9A 4E0DA 4OJRA 3TI0A 5KGXA 1TK0A 4DTJA 3OYNA 1REVA 3PV8A 3KKRA 3P1GA 3VQCA 1CXQA 1BQNA 3OYEA 3KK1A 3SV4A 3AA4A 1XI1A 4BDPA 1DLOA 1BIZA 4KB1A 1RILA 1RTIA 3QERA 2P5OA 1WAJA 2KFZA 3HPGA 3TARA 1KTQA 1QS4A 3SUOA 4KHUA 2Q3SA 2JLEA 5C24A 3I8DA 4ZTFA 1X9SA 3G10A 2E6LA 4CJWA 4E7HA 1F21A 1KLNA 3VQAA 3OYHA 1FXXA 5HRSA 3LZJA 2W42A 4DQRA 3F9KA 2HW3A 3DRSA 3HPOA 3AO5A 1CXUA 3MEDA 3V9ZA 4LH4A 3TAFA 1ZYQA 1NJZA 2Z1IA 3EYZA 1LWFA 3V1OA 4CJ4A 1LAVA 3AVBA 3TAGA 4CESA 4HTUA 4KTZA 4B9TA 5C25A 1S6QA 1VSEA 1JXEA 1TL3A 1HYVA 1Z26A 1VSIA 4FLVA 3HVTA 3SQ0A 1CZ9A 1RT1A 2XRIA 1KRPA 1TL1A 2WOMA 3RRGA 3OYMA 4DSKA 4CEBA 3NF9A 4CF2A 3V1RA 3S3MA 2QXFA 1B9FA 4CEEA 1VSKA 1Z25A 4CEZA 2XY6A 3SQ2A 3OS1A 4KO0A 3PY8A 1JLAA 1HYZA 1S1WA 4KTWA 3TAMA 3M8RA 2JGUA 4O44A 1WLJA 4FLTA 4F4KA 4OPJA 1O1WA 4MQ3A 3TANA 4CK1A 5D3GA 3O4QA 4OGEA 3NGIA 4QAGA 4K8ZA 1J9AA 1WSJA 5HRPA 3QEIA 4M3YA 3HXMA 2D5RA 1LV5A 4IG3A 2DFHA 4RW6A 4J2AA 5J2QA 1TAQA 3DI6A 1X1PA 2IS3A 4B9SA 4L8RB 1LW2A 2X6NA 3QIPA 1TK8A 4F3OA 5FRMA 1GOCA 2HHSA 2KZZA 3PX6A 1YTAA 3CM5A 4N76A 3L2QA 3LANA 4DG1A 4KI4A 3B6PA 1S1TA 3AVMA 4CE9A 2A1RA 4KV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VA3A 4KHWA 4DUZK 5LMUK 4FLYA 3ZSRA 3SQ1A 1Q9YA 1P8ZA 1L3VA 2NRXA 3GBTA 3TAQA 4CJPA 4BVOA 3B8AX 3ZT0A 1VSJA 1Q86O 2OZMA 1TKXA 3U3GA 2VGNA 1DKGD 1JLCA 1W97L 1NU0A 2F8TA 2CGJA 4H5NA 3ZX2A 5T7BA 1EWQA 3OA9A 2VGMA 3VQQA 4W5QA 1KC8O 1YI2N 4DS5A 3E1YA 2A1SA 5GIPA 5M1KA 1GLBG 3SNNA 3R9PA 1GLFO 1QZ6A 3V1QA 1KVAA 1BCOA 3D2EA 4DSEA 3NVKA 4FWOA 5M1FA 4TSXA 5ELZA 4ILHA 3NDKA 4M3RA 3VETA 3CJAA 1E4GT 5AQFA 4BWMA 5J2PA 2P9LA 1JLQA 3J7YP 1WSHA 4E1JA 2PAVA 3SK3A 3NBPA 1RTJA 3M8PA 2KTQA 5AR0A 1YHQN 2CGLA 1D9FA 4J2BA 3O08A 2HVIA 2QWNA 2RHKA 4CHOA 4RW4A 3CHWA 4C1NI 2OPQA 2X78A 2E2NA 4L3QA 1IH7A 2ETJA 1KAXA 4FXDA 1U47A 2HHQA 2Y1IA 3LP3A 2O8CB 3U8XA 2RPIA 2VWBA 3UIQA 4DU1A 1A5XA 2RF2A 5JS2A 4DTRA 1NK6A 3UKUB 5FPNA 4C8KA 2YHXA 1HNWK 4NCAA 5C12A 2QKBA 1YAGA 4LFCK 4CFAA 3OBWA 1C0GA 2IIRA 1IG9A 3QFUA 3ULEA 4EIAA 5ADXH 5SZTA 1LWEA 1IKVA 3IG1A 4IFVA 3ISNC 1BGXT 4ILGB 3RMCA 1HNVA 4FJJA 2FBVA 4J2EA 4LF6K 3SUNA 2O8BB 4HHTA 2NRRA 4GKKK 4PQUA 2E2OA 4Q5VA 1BUPA 3C95A 4EP4A 3CD6N 4BR9A 1Z6RA 4AF1A 5LJVA 5KQ8A 4DKWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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