4LH5A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh5A00
3SPZA 4KAZA 2OPQA 4HCBA 5KRTA 3PV8A 3IAYA 1UA1A 2ZD1A 1NJWA 4CEAA 2O4GA 1BI4B 1HMVA 1Y97A 3HVTA 3NF9A 4W5OA 3KK3A 3F73A 2G8HA 3U3GA 4J2DA 5E41A 3NF6A 4IBNA 3M8QA 4FVMA 3ZT3A 4EP4A 3V9ZA 3ZT1A 1ZBUA 4O0IA 3L3UA 3SV3A 4DU1A 1QSSA 3SI6A 1LW0A 4KO0A 1HRHA 1CZBA 3RR7A 2YKMA 3OYFA 1Q9YA 3AVFA 3AVCA 1YTAA 3KLGA 5C25A 5HRPA 4ELUA 1C1AA 1SKWA 3LAMA 4FJKA 2QKBA 3CFPA 3DI6A 1TAUA 1RNHA 1I3AA 4NYNA 5FRMA 2DY4A 5CZ1A 1ZBLA 1C1BA 1CXUA 4FJMA 3A2FA 3L2QA 4FZXC 2Q3SA 4NCGA 2HHTA 3VA3A 4CK3A 2KFZA 1BI4A 3VQ8A 3IG1A 1WNSA 3OS2A 2Z1HA 3L2UA 4CJPA 4FJ9A 5JS1A 4FJXA 2ZQBA 4CJ3A 3V1OA 4CJUA 1NK5A 1IO2A 2E4LA 2NUBA 3DRRA 4I7FA 4FM1A 4IFYA 3AO5A 3OVNA 3RMAA 4DTMA 4EP5A 1KVBA 5SZTA 3VQCA 4KI6A 1X9WA 3KK1A 4RW9A 1RT7A 4FLWA 4CGGA 1RT6A 1UWBA 4FW2A 3K58A 3S9HA 1J5OA 4DG1A 1BIZA 3AO3A 4LH4A 2BDPA 3SUPA 4CEEA 4B9MA 4O0JA 1KVAA 3HSTB 3SYZA 5HP1A 3NH2A 1SKRA 2LSNA 1B92A 4CK1A 1D9DA 5KRSA 4LSLA 3OJUA 4M3YA 3AVJA 4CF2A 1FKOA 1L5UA 1VK0A 4HUGA 3BGRA 4E7IA 4LD0A 4CEQA 1JLBA 4HHTA 2G8KA 3BDPA 1C0TA 4CECA 3TABA 5J2QA 4BDPA 4KREA 4JLHA 1UA0A 4F2SA 1IKVA 1KTQA 4DSLA 1NOZA 4DSFA 2XY5A 1LV5A 4MQ3A 2XY7A 1U4BA 4M45A 4CHYA 1RTIA 1S5JA 3F9KA 3QINA 1TK8A 1VSIA 1FK9A 4Z4GA 3NF7A 1XHXA 4Z4FA 1HQEA 3QIOA 3B6OA 2YNGA 4BE1A 1FXXA 1LAWA 4KHQA 2QK9A 3ZSXA 3ZSZA 2OZSA 3OYEA 3L2RA 4FK4A 3CFRA 1HQUA 3CM6A 1CXQA 3RRHA 1Q8IA 1TL3A 4CJRA 3LWLA 3LAKA 4DTJA 4E89A 1IKXA 1EX4A 1N5YA 3EY1A 1BHLA 2F96A 4OVLA 1EP4A 1RT3A 4B08A 2OPPA 4N56A 4CEZA 2VWKA 3VA0A 3U6FA 3RMBA 3C6TA 3DLEA 5HRRA 3PX6A 1NK7A 3SZ2A 4GMJB 4Y1CA 3V1RA 4CESA 4CIGA 3VQ5A 3OYCA 3DM2A 4DWIA 5KGWA 2XHBA 4BDZA 1A5WA 1K6YA 1TL1A 3KIOA 2WONA 3LP0A 2R7YA 1TKZA 3SQ1A 4FM0A 3S3NA 2D0AA 1RT1A 2D5RA 1HYZA 4M3WA 5C24A 1JLFA 1S1TA 1KFDA 3TAQA 2PYJA 1GOCA 3ZSWA 3DLRA 3VQQA 2PY5A 3QNOA 5HRSA 2HNYA 1WSEA 1RT5A 2WOMA 4CIFA 5T7BA 4YNQA 2HHQA 3HPOA 2ITGA 1ZBHA 4YFUA 5I3UA 4G1QA 4KRFA 3HO1A 2OYQA 3LWMA 4ICLA 1X1PA 3LP2A 5FRNA 3NHGA 4B8CA 2XY6A 4QOZB 4W5NA 4KPYA 4KV8A 1TAQA 4ZTFA 3MECA 1F21A 3NGZA 2X6NA 3NAEA 4ID5A 3K5MA 4KB1A 3NGYA 3LANA 4N5SA 3VQ4A 4W5TA 1VSLA 3EZ5A 2XRIA 1MU2A 2PYLA 2YHAA 4C8KA 2E6MA 2EX3A 4C8NA 3DLKA 3PO4A 4ELTA 4RG8A 3KKRA 4DQQA 3PY8A 1TGOA 4E7LA 1VSFA 4IFVA 3EYZA 4FLXA 4B9NA 2YHBA 1S1WA 2RKIA 2A1RA 3AA2A 4M3TA 4OGCA 1S6QA 3DLGA 1NK9A 4OGEA 4AHTA 3L2VA 4Q0BA 4W5QA 3MEEA 4N76A 1JKHA 1JLQA 3QNNA 1LAVA 4AHCA 2I5JA 1Z26A 4C8OA 4CEOA 3V9UA 4CGDA 1HNVA 3TWHA 1ZBIA 2GUIA 4DQPA 3KD5E 3CYMA 4CJEA 4O5BA 4CERA 4CF1A 2P5OA 4DTPA 1RTDA 4BDYA 4F3OA 1VSMA 4IG3A 3VN5A 3LZJA 1S1VA 4AH9A 4Z4HA 2HHXA 2RF2A 1TKXA 4FJNA 2OZMA 1SV5A 3OYJA 4FM2A 3E01A 1VRUA 1WAJA 4FJGA 3S3MA 2Y1JA 2KZZA 3OYNA 3KTQA 2P5GA 4B9LA 3CFOA 4DTUA 2XO7A 4FZYA 3OYGA 1B9FA 1JLGA 1KCFA 2YV0X 3C94A 1SUQA 4B9SA 1TV6A 4Y1DA 4PQUA 1J54A 2JLEA 3VQ7A 4CF0A 5J2PA 2B6AA 2Y1IA 3SUNA 3KD1E 4I9QA 4KTQA 4M3UA 3KKSA 4I2PA 4CHPA 1EKEA 4CFDA 2DFFA 1SL0A 4HTUA 4UQGA 4OLBA 5J1EA 1QS4A 4BE2A 1SL1A 5CZ2A 4GW6A 4O55A 1VSDA 3AV9A 1C6VA 1A5VA 1UAXA 1IH7A 2DFHA 4CIEA 1NJXA 1L3VA 4DSIA 4LH5A 3K59A 3NGIA 1NKEA 3FFIA 3QEWA 4DFPA 1N6QA 3SCXA 4DS5A 2YNHA 3IS9A 3SQ4A 3TAPA 3PX0A 4I2QA 4CGJA 1C1CA 1FKPA 1IKWA 5J2MA 3CM5A 4BWJA 3RRGA 4EZ6A 4Z4IA 3WNHA 1WAFA 3M8RA 3SQ2A 1QTMA 4RW6A 4IDKA 4CHQA 3TAGA 3RWUA 3QEVA 1Z25A 3JSMA 1RBVA 1U45A 3K57A 4E19A 3TAMA 4W5RA 4ZTJA 5HROA 4DLEA 2YKNA 1TKDA 2G8FA 2VG6A 1BISA 3OS1A 3ULDA 2HNZA 2FBVA 1HNIA 1G15A 1YVUA 2DFEA 4OKJA 4RW7A 1EETA 4CJ5A 3LPUA 2KQ2A 4AHVA 1XWLA 1LWFA 1KRPA 1EXQA 4RW4A 3KLHA 3LP1A 1WN7A 2IC3A 4H4OA 1SKSA 4JS5A 1IKYA 4CJLA 3OYAA 1I39A 1C0UA 3WNGA 3ZCMA 3TR8A 4DS4A 1HPZA 4FYDA 2KW4A 4DMNA 3TI0A 1U47A 2G8WA 4CEDA 1RBUA 3RR8A 2F8TA 3OY9A 3O3FA 4Z0UA 3SNNA 1RDDA 3MAQA 4DTOA 4FLTA 3M8PA 3K5OA 3HVRA 3NDKA 1RBRA 1YT3A 1JLEA 4TSXA 3WNEA 4CJKA 4FJ5A 3C6UA 2BANA 1A5XA 2ETJA 2ATQA 1NJYA 4DQIA 2EHGA 4FW1A 4MFBA 3ZSRA 5KGXA 1QQCA 3NFAA 1BGXT 1B9DA 3LZIA 1D5AA 4BWMA 5KTQA 2GBZA 2D0CA 1JL2A 4E7JA 2BGGA 1NK6A 2HW3A 4CJFA 2D0BA 4Q5VA 3OYHA 4FLUA 3V9SA 4DTSA 4KHYA 2KTQA 3L2WA 4HVJA 5CYQA 4FJJA 1ASUA 3AVGA 1TVRA 2ZE2A 4M3RA 2G8VA 3QIPA 4DFKA 3DMJA 3DYAA 1U48A 4FK2A 1KVCA 3LP3A 2HHWA 3AVIA 1RCHA 4OPJA 3LPTA 4BACA 4KKOA 1NJZA 4R5PA 2FBTA 3SPYA 4M42A 5JS2A 1TKTA 1CZ9A 3PUFA 4CFAA 2P1JA 3V81A 4CF8A 1ZYQA 5K14A 4KTWA 4M3XA 3G0ZA 3VQAA 3T19A 2HB5A 3V9WA 4CE9A 4L8RB 3DLHA 3V1QA 2KZMA 1S1XA 1WSHA 3MEDA 3DOKA 3OYDA 3VQBA 4HCCA 4C8MA 3AO1A 1C0MA 1S9GA 1JLAA 2B5JA 4DLGA 3SV4A 1D8YA 3WNFA 1WLJA 2IOCA 3HP9A 4KHUA 1XC9A 4QAGA 1TK0A 1S1UA 3QESA 4CJTA 2VWJA 2Z1GA 1RBSA 3AVLA 1HYSA 3TAFA 4OKEA 1XHZA 3ASMA 1X9SA 3P1GA 3RMCA 3RTVA 1KFSA 4CEFA 2B4JA 3LALA 5J2NA 5EU7A 4EZ9A 4F2RA 4AHRA 3O3GA 3SUQA 2RPIA 1BCMA 4N47A 2YNIA 4DTNA 4E7KA 5FDLA 3NCIA 4NCAA 3ZT2A 1UOCA 4E7HA 4FK0A 4HUFA 1L3UA 1ASVA 3O4NA 3ISNC 1RILA 5CY4A 1IG9A 4CJVA 1VRTA 3U3YA 3TANA 3SJJA 1YTUA 3NBPA 3HJFA 4FJLA 5D3GA 2IDOA 2HHVA 2FBYA 4HUEA 4GVMA 3VQ6A 4KI4A 4CCHA 4B8AB 3MEGA 3ZSOA 4CJQA 3L3VA 4DF8A 3AO4A 4JRPA 1RDBA 1RT4A 3VQ9A 3AVHA 4CGIA 3L8BA 3ZT0A 1KSPA 4E0DA 4Z4EA 2HHSA 3MXIA 2VG5A 1S9EA 4CF9A 5SWMA 3OYMA 3OYIA 4DF4A 1KLNA 4DU4A 3M8SA 4KB0A 4I9LA 3HK2A 1VSHA 1ASWA 4IG0A 5FROA 1RTHA 3D0PA 2JGUA 4PA1A 4J2AA 3O3HA 3AVAA 1ITGA 4DTXA 5HBMA 1L3TA 4CGFA 4B9TA 2GV9A 3OYKA 2VG7A 3V9XA 1WSGA 4LSNA 1S6PA 4OJRA 4NYFA 1RT2A 5I42A 2YNFA 3KLIA 4DSEA 3AVBA 4CK2A 4DQSA 1T03A 1KLMA 2AJQA 1L3SA 1W0HA 3I8DA 4F8RA 3NH0A 5HRNA 3KLEA 3UIQA 4PWDA 1T7PA 4KHSA 4OPKA 1Q9XA 2HVIA 2OPSA 3I0SA 2P51A 3VQEA 4FCYA 3SQ0A 3HPHA 1HYVA 3AO2A 4O4GA 1JLCA 2E6LA 3DOLA 3KLFA 4KHNA 4F3TA 3ITHA 3RMDA 3KJVA 3MXJA 1WSIA 1XI1A 3CQ8A 3K5NA 3G10A 3K2PA 4FLVA 2IS3A 3TAEA 4WE1A 5C42A 4CJ4A 1DTTA 5DMRA 3QEPA 4Z4CA 4N41A 1X9MA 4K8XA 3HPGA 3I0RA 1QE1A 3AA5X 1NKCA 4CHOA 3NH1A 1JXBA 3AVKA 3TARA 4DQRA 4KHWA 3MXMA 3HT3A 3QEXA 2G8UA 3AA3A 3PO5A 4F4KA 4AHUA 3P83D 1RTJA 3LDSA 1VSJA 4M3ZA 3DRPA 1RDCA 4RW8A 2BE2A 4DFMA 3THVA 2QKKA 4H8KA 4M41A 1DTQA 3JYTA 3HL8A 4DSJA 4CHZA 3QERA 3AA4A 4OKKA 4CHNA 4PY5A 1JL1A 1REVA 2FC0A 3B6PA 1BL3A 4CGHA 3AVNA 4KFBA 1QHTA 3VQPA 4B9VA 2HNDA 5DK5A 1SL2A 2HHUA 1VSEA 3P5JA 4FJIA 4FLYA 4FXDA 1BCOA 1BQNA 4K8ZA 3S3OA 1BQMA 3ZSVA 1NOYA 1HJRA 5KI6A 3V6DA 3C95A 4CJSA 2XY8A 4C8LA 3QETA 1NK0A 3HXMA 2A1SA 1NK4A 4CFBA 1NKBA 3T1AA 1T05A 1NK8A 4FJHA 2DTUA 4B9UA 3DRSA 4E3SA 3OJSA 5HLFA 1QSYA 2KFNA 2IAJA 2X78A 1T8EA 3HP6A 1LWEA 2F8SA 2RN2A 2X6SA 3HYFA 3AVMA 3ZT4A 3VQDA 1QSLA 3QLHA 4H4MA 4E1NA 4ID1A 3CG7A 1J9AA 1LW2A 3NF8A 2IGIA 4O44A 3SUOA 1D9FA 4NCBA 4FZZA 4CJWA 3ALYA 3H08A 3ZSYA 3ZSQA 2Z1JA 4CFCA 4OLAA 3K5LA 2X74A 4FLZA 1WSFA 4ELVA 4JS4A 2OPRA 4J2BA 3QEIA 4AILC 2G8IA 1RBTA 4E1MA 1W9HA 4AHSA 3KK2A 3DLBA 3OYLA 4LY7A 4DTRA 4DSKA 1ZBFA 3D45A 1DLOA 4JRQA 2O4IA 1O1WA 4BE0A 3T3FA 1TK5A 2Z1IA 3O4QA 1J53A 3OS0A 2HVHA 2W42A 3V4IA 1CLQA 2PZSA 1GOBA 5CYMA 1RDAA 4CEBA 1GOAA 4ZHRA 3IRXA 1U49A 2OA8A 4FJ7A 2HMIA 4QCLA 1LWCA 3OYBA 3HM9A 2QXFA 4PUOA 4B3OA 4IKFA 4J2EA 1VSKA 1R0AA 4DFJA 1U04A 4KTZA 1BIUA 3QO9A 4DU3A 1JXEA 1WSJA 4XIUA 3PX4A 3NE6A 2FBXA 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPZA 1SQKA 4EHUA 4KAZA 1VQKN 1UA1A 2ZD1A 1NJWA 2G8HA 3KK3A 4J2DA 4DV2K 2GTDA 4H0VB 5C15A 3V9ZA 3PSIA 5LJWA 4O0IA 1QSSA 4DU1A 4WQ4A 2PAVA 1JCEA 3AVFA 3CJ7A 1SKWA 4JI8K 3D7EO 3LAMA 2QKBA 3CFPA 1RNHA 1I3AA 3B8AX 3GOIA 4NCGA 3J8AA 3VA3A 4FPAA 4CK3A 3O6WA 1BI4A 5GADP 1WNSA 4CJPA 4BRAA 4EFHA 2O8BA 3V1OA 4CJUA 1VQ9N 3C65A 4CZKA 3EE9A 3OVNA 1VQON 1IJJA 2D0OA 4DTMA 4EP5A 5SZTA 3VGKA 3CMAN 1J5OA 4FWQA 4LH4A 5F1XA 1EWRA 4B9MA 4EIAA 5AZJB 3F2KA 1VQMN 4DR1K 4JV5K 4RTFD 5KRSA 1JCFA 2VQEK 1VK0A 4JKDA 2AA4A 3R6MA 1BDGA 1NMDA 4LD0A 4CEQA 5J2QA 5BPMA 3QMLA 5M1OA 1UA0A 1IKVA 4DSLA 1LV5A 4MQ3A 2XY7A 1TK8A 1RTIA 1S5JA 3IMXA 1ILYA 3NF7A 1KAZA 2PBDA 4Z4FA 1HQEA 2YNGA 4H03B 1HKGA 3ZSZA 4FK4A 3OBYA 3CFRA 2YHXA 3WQTA 3JS6A 1Q8IA 1TL3A 1EWQA 2Q2RA 3WEEA 3R9PA 4IZ9A 1BHLA 2QWOA 2F96A 4M42A 4B08A 3U6FA 4CEZA 3O5BA 3RMBA 3C6TA 1NK7A 4FWNA 4J8FA 4CESA 4CIGA 4YDUA 4DWIA 1TL1A 3AY9A 3LP0A 2R7YA 4FM0A 2D0AA 1HYZA 2D5RA 4BRQA 3CCQN 1S1TA 3VEWA 3K0SA 3TAQA 2PYJA 1WSEA 2HHQA 4AM6A 4ISGA 4H5TA 3P38A 3HO1A 1X1PA 3LP2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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