The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
50
|
structure length |
50
|
Chain Sequence |
KFWATVESSEHSFEVPIYAETLDEALELAEWQYVPAGFEVTRVRPCVAPK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
|
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
|
| publication title |
Phage T7 Gp2 inhibition of Escherichia coli RNA polymerase involves misappropriation of sigma 70 domain 1.1.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
8
|
| structure length |
50
|
| sequence length |
50
|
| chains with identical sequence |
N
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF16857 | RNA_pol_inhib | RNA polymerase inhibitor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LMC A; 4LLG M; 4LK0 M; 2WNM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2G9H D; 1T0Y A; 1E5W A; 3DBL I; 2IJ0 A; 5CX3 A; 4GDL A; 2LAS A; 3GZN B; 1ZGU B; 2N1W A; 3P63 A; 5JHB A; 2PKO A; 1KF6 B; 2AWT A; 3KH0 A; 4RGM A; 4OVZ A; 1JW9 D; 3DCG A; 2BQQ A; 5D2M B; 1V1O A; 2ZPY A; 5E6J A; 1E8X A; 4G0N B; 1P9D U; 2N7E A; 5J18 A; 4NNJ B; 1SB3 C; 2BKR B; 1T6B X; 2MBQ A; 1D5M C; 1K50 A; 3LDZ E; 2CHZ A; 4AQ7 A; 4W9L A; 3EEC A; 1BT0 A; 4ICV A; 3GE8 C; 2WDV B; 4AS1 A; 2KD0 A; 2PEA A; 4HKZ E; 3ECI A; 1C76 A; 3Q8B A; 1I4G A; 3I3T B; 3EFC A; 3ZNH B; 3EFU A; 2MBB B; 1EO6 A; 5JHA A; 4FBJ B; 2O2V B; 4MSQ B; 1V97 A; 3DHI C; 4KZ0 A; 4MEM A; 1E10 A; 2PJH A; 3GZN I; 5IN7 A; 2L00 B; 4ZRJ A; 2ICI A; 2CKH B; 2FNJ B; 3KUD B; 2NCN A; 3L10 B; 2Y5P A; 3VQI A; 2PVG C; 1EM7 A; 4EUT A; 1FNW A; 4RF1 A; 2GBM A; 4ZHP A; 3AE7 B; 2C7M B; 4AOF A; 4RFB A; 4JLC A; 2UYZ B; 2MA9 B; 1L7Y A; 1SXT A; 1K52 A; 4BKT A; 1PQS A; 1UF0 A; 1M4V A; 2WXL A; 4MEL A; 2GBJ A; 3BZD B; 3ABV B; 3WAN A; 4B9K A; 2CJO A; 2I1K A; 3HM3 A; 2NR2 A; 1MVK A; 1P7E A; 4M00 A; 3CSF A; 4HCP B; 4ZOH C; 1OQQ A; 1V6E A; 1TT5 B; 2MP2 B; 2MWS B; 1F52 A; 3ZTD A; 2WWZ A; 2QDF A; 1NYQ A; 5BMG A; 3P4R B; 1WE6 A; 2WDT B; 2M1M A; 1N61 A; 2Y5C A; 4L1B A; 1TS5 A; 2K1F A; 1NVI D; 1JWU D; 2O6V B; 3PTF C; 4P6V F; 3BII D; 4M01 A; 3K9P B; 5CTR C; 3Q3F A; 3PGE A; 2J7Q B; 4GOC A; 1P98 A; 4GDL B; 2K5P A; 1RLF A; 3U8Z A; 3P42 A; 2KDF B; 3RI7 C; 1GB4 A; 1Q5W B; 3AEF B; 3AM9 A; 1OEY A; 3AEA B; 3A4S C; 1R4M B; 2KQ7 A; 4LJO B; 1FIQ A; 1SE9 A; 3I5J C; 1WMH B; 1WZ3 A; 3VAW A; 2BPS A; 1VCB A; 4S0R A; 1QOA A; 2N9X A; 2ONQ A; 3I63 C; 2KWC A; 4JQW C; 1HTQ A; 5AUK A; 3U52 E; 4EZL A; 2FCS A; 2NTS A; 3IVF A; 1NYR A; 2ZW1 A; 2IPK D; 1N5W A; 2YEP F; 3EC8 A; 3UIO B; 1TS3 A; 5G5G A; 1TZ1 A; 1WIA A; 3M3J A; 3KW5 B; 4K3B A; 2OOB B; 2IGH A; 2EKI A; 3OAW A; 4P1B C; 4C7Y A; 4BFR A; 3D32 A; 1ZW7 A; 3T9L A; 2W3S A; 3HVD A; 5L95 C; 2HJ1 A; 4PYU A; 3JW0 X; 2V4L A; 3ZDM C; 3VXW A; 1X1M A; 2PE9 A; 3AH7 A; 1YQ3 B; 1VDV A; 3TEY A; 3W5V B; 3MJW A; 2G4D B; 1LM8 B; 4LNO A; 2NVU I; 3L08 A; 4W9C A; 1FPY A; 3JVZ X; 4A9A A; 2JY6 A; 2WNM A; 5JZE B; 1I4P A; 4KDI C; 2NPT A; 2M0A A; 1XEE A; 1YN4 A; 2FID A; 2DAJ A; 1ZP0 B; 2AEH A; 2M56 B; 4LJP B; 1XXG A; 1F9J A; 1KH0 A; 3IXS A; 1P1A A; 1UD7 A; 5HHD G; 1XCT L; 2DLB A; 4JE3 B; 3IBE A; 4IWP A; 2ZJD A; 3UQB A; 1IBX A; 5BYR A; 2X8X X; 4NJ7 A; 3X0W A; 3NHE B; 2AQ2 B; 2LXA A; 1N5X A; 2Q5W D; 2D11 A; 4WAA A; 3MHS D; 1IGD A; 2MLB A; 1V1P A; 2XNA C; 4YTM B; 4REZ A; 1N6Z A; 5IO9 A; 1ZKH A; 2PTL A; 1VZ7 A; 2L8J A; 3GP7 A; 2MCN B; 2QCZ A; 1C4A A; 1CQV A; 1IYF A; 4II2 B; 3AMZ A; 1FXA A; 2BW2 A; 3PS6 A; 5TR5 A; 4E74 A; 1I4H A; 2BB6 A; 1TY0 A; 4OHJ A; 1ACC A; 2WP9 B; 1UWM A; 4DHJ D; 4KIK B; 1EWY C; 3N32 A; 4RH6 A; 4MT5 A; 1N60 A; 4HPM B; 1TS2 A; 4GIV A; 4NAM A; 1WH3 A; 4WWM A; 1WX8 A; 4CQN A; 1DOY A; 4HDQ A; 2WU2 B; 2WX0 A; 3VH4 B; 3AE2 B; 3R7R A; 3AEC B; 1ZDX A; 3ALB A; 4JL9 A; 5JXV A; 1E8Z A; 2NBU A; 3DBS A; 4EZK A; 1WXA A; 1YD8 U; 2ZPN A; 1P7F A; 4IM0 A; 4M8M A; 3W9C B; 2KFJ A; 5JH5 C; 4IC7 B; 2ASQ A; 1Y56 A; 4USA A; 1TGZ B; 3NRZ A; 4TMA B; 3T3N A; 3APD A; 2I1J A; 2N9K A; 1K8R B; 2BBC A; 2BWE S; 2J0J A; 2ZVN A; 1SJE D; 4DQO C; 4RCO A; 2BYE A; 2KX0 A; 3FKY A; 1UH6 A; 2N9L A; 3TEX A; 2KDB A; 4US9 A; 2KC1 A; 2FCM A; 1T0Q C; 3KVF B; 1D5X C; 2K6D B; 4UDU C; 1XCQ L; 1FXI A; 2HE7 A; 1V80 A; 2FAZ A; 1T0S C; 2PIA A; 3ZVV A; 3PZ8 A; 1UUP A; 5BMH A; 3PV1 A; 1C78 A; 1WFY A; 2JWU A; 1DGJ A; 2K8C A; 1JRU A; 2SEB D; 1GC7 A; 4IWQ A; 4GB9 A; 3NVZ A; 1TYG B; 1R7S A; 4HPL B; 4NAW A; 2LGI A; 3VUX A; 1WR1 A; 4GDK B; 4GMV A; 4RGO S; 5AZG A; 3A4R A; 1OQY A; 1FM0 D; 4WQM A; 1YN5 A; 4L23 A; 4XE0 A; 3U4E G; 1JRO A; 2KDM A; 5AUI A; 4IM2 A; 4N9F 4; 5HG2 A; 2KJH B; 2N0S B; 1T3Q A; 3SDL C; 1ZDV A; 2G1E A; 2Y5B B; 3DBH B; 2E6X A; 2D07 B; 2IDY A; 1XLP A; 4H2A A; 1L0Y B; 2IGD A; 3HUI A; 1CZP A; 2ZNV B; 3BY4 B; 3KWL A; 4PYZ A; 1V9J A; 3Q8C A; 3P1M A; 2BYV E; 2MBH A; 1D6E C; 1H8C A; 2BB5 A; 3KUZ A; 4BKS A; 4NZL B; 3QA8 A; 2NBW B; 2H88 B; 3X23 A; 4WJN A; 4XWW A; 1JWM D; 1CMX B; 2IO1 B; 3AU4 A; 2KTR B; 3PPA A; 3WAP A; 1I4Q A; 1RRB A; 2ACZ B; 2ZNV C; 1OFF A; 4NJ6 A; 5LLI A; 3PZD A; 2IYD B; 2O2V A; 2JWZ A; 1L4D B; 2BWF A; 1L0X B; 4PK1 A; 3QQ8 B; 2LUM A; 3DBL B; 5DPT A; 4ACF A; 1MJD A; 1C9F A; 1ET6 A; 2IO0 B; 4MGI E; 3H9D A; 5HKH A; 2I2Y A; 4W9G A; 4FJY A; 2ON8 A; 4C00 A; 4IKG A; 3AE9 B; 1WGY A; 2KVR A; 3L4P A; 1HXY D; 3Q3O C; 3N1Z C; 2J0M A; 3Q14 C; 1MHH E; 1IPG A; 1QQR A; 4C80 A; 2WQY B; 1AYF A; 3RFZ B; 1NI3 A; 5MPO A; 4I6P A; 1IP9 A; 2KFK B; 4KKI A; 3VTW A; 4E71 A; 3H1U A; 2WXG A; 3MC8 A; 4LNK A; 3SEB A; 3Q6B A; 1ZUD 2; 2LHE A; 3ENE A; 1I4X A; 2C9W B; 1ZOY B; 3QAR A; 2SAK A; 1WE7 A; 4I6N B; 2UU7 A; 2MP2 A; 1L6V A; 2FIF A; 1OTR B; 1WJ6 A; 2LRU A; 1K53 A; 4RGN A; 2O6V A; 2REX A; 5DPW A; 4OZA A; 1J0G A; 2GLS A; 1YQ4 B; 4HJK A; 3SHQ A; 2KQ4 X; 4WIP A; 4NAW B; 3JSV A; 4FJV B; 4URK A; 1YOV B; 2L3Z A; 1EF1 A; 1E7U A; 4RMA A; 2NS5 A; 1WJN A; 4BOZ B; 1EUV B; 1KTK A; 2L0T A; 1CK1 A; 2D10 A; 1SF0 A; 4K3C A; 3BK2 A; 1WMH A; 4BAX A; 1J7B A; 4BBN C; 4WUR A; 2JQR B; 1WGG A; 2WDQ B; 1OGW A; 4MDK E; 2KWD A; 3SU8 X; 1XO3 A; 2BF8 B; 3NZS A; 5TSS A; 3B2G A; 2JT4 B; 2K25 A; 1L5P A; 3A1Q A; 2GBN A; 2FE8 A; 4ZDV A; 2V3P A; 4A3O A; 5AZH A; 2QHO A; 1SBB B; 4WJP A; 2Z0D B; 3NZ3 A; 2PMV A; 5EE1 A; 3GE3 C; 3W2D A; 2INN E; 2ZW0 A; 3BVG A; 3CWI A; 3AB5 A; 3WAL A; 3B9J A; 3P4Q B; 2R61 A; 4M02 A; 1TKY A; 3AI5 A; 4P16 A; 1KLV A; 1V86 A; 1PFD A; 4DBG A; 1WJ4 A; 3N1X C; 5D3D A; 1DYQ A; 2LJI A; 2GBR A; 4IUM B; 1Q1O A; 4KZC A; 4HVB A; 3ZNG C; 4CHK A; 3HIZ A; 2DX5 B; 2KYW A; 2KWU B; 3AEB B; 2IY0 B; 3VFK A; 4HLE A; 4LLG M; 3MJ5 A; 3EGR A; 1H4R A; 2V9H A; 2DBY A; 1DOI A; 3RN9 C; 3LXF A; 1MHX A; 3ETR A; 1BML C; 2LRW A; 2V3N A; 3H7S A; 2KQS A; 3ZNI D; 1QOF A; 1GNU A; 2LMC A; 3LYY A; 3B1L X; 3VVW B; 2INP E; 3URY A; 2JX5 A; 1D3Z A; 4PS3 A; 1TY2 A; 2TSS A; 3R8B A; 2W54 A; 2CJN A; 3S2A A; 3MC9 A; 1E7P B; 3AE3 B; 4DK5 A; 3VHT C; 2L05 A; 2QSD A; 1ZE3 D; 2PVO D; 1EWC A; 2DYM A; 2BYF A; 5D7G A; 4FA6 A; 1RAX A; 4PS7 A; 3Q8A A; 3RUL A; 3M62 B; 2M4N A; 4FAD A; 2RDH A; 1L4Z B; 3DVN U; 1QLB B; 1YN3 A; 2WDR B; 1GJZ A; 3DVG X; 4QAY A; 5T8I A; 5IP4 D; 1MFW A; 3FC4 A; 3E56 A; 3RYT A; 3JSV B; 2E3T A; 3IAM 1; 2VZK D; 4HK2 A; 4LNF A; 2K9X A; 1YJ1 A; 2FBW B; 4KIK A; 4ZHO A; 2W3R A; 4BZA A; 3RZW C; 3SFD B; 1HE8 A; 1KLU D; 2W55 A; 4IWO A; 4DHJ B; 2BS2 B; 4KSL C; 2NTT A; 1XD3 B; 2WHI A; 2N4F A; 2JZP A; 3R66 C; 4FJZ A; 1OEY J; 4F8C B; 4B95 A; 3VDZ A; 2JU6 X; 4MH8 A; 3A1Q B; 4LNN A; 1FFV A; 3PO0 A; 3SFE B; 4DHZ E; 1E9M A; 1ET9 A; 2A5U A; 3AV8 A; 2JXT A; 4YL8 A; 1SE2 A; 3ZXV A; 4K81 A; 2BTE A; 2WLB A; 3BYT B; 2MRP A; 2JYT A; 1D5Z C; 4ZYN A; 4ANX A; 4DDG D; 4EFO A; 2ZCC A; 3Q3N C; 1ZXI A; 3TIX A; 3EHV A; 3ZTC A; 4N6E B; 1P0R A; 1GPX A; 1WY8 A; 4KDL B; 2KJR A; 3VH3 B; 2QC8 A; 4EEW A; 1WI0 A; 1EF5 A; 1V5O A; 2JSV X; 4TV3 A; 2LHD A; 4OVV A; 2JF5 A; 2WXF A; 5H92 C; 4TQ0 A; 5CHV C; 1QZE A; 5DCN A; 2RDB C; 3QX1 A; 4GDK A; 2DNF A; 4L2Y A; 2DYB A; 2LWP A; 2G45 B; 4K1R B; 2CHW A; 1SIF A; 3B0A A; 3DWM A; 1U4A A; 2RD0 A; 3NOB A; 2DZK A; 2GOW A; 1XT9 B; 4NJC A; 2KAJ A; 3AE8 B; 3CMM B; 1WGH A; 2JRI B; 2BS3 B; 3QAQ A; 2B76 B; 1TKE A; 1WSP A; 2KLC A; 2RPV A; 1WYG A; 2DZI A; 4US8 A; 4ARC A; 5AZF A; 1J7A A; 4KV2 A; 4RF0 A; 3TCA A; 2NBV B; 5FKA C; 2OHF A; 2LFI A; 1WWT A; 3PRE A; 4MJS B; 2L1A A; 2KTR A; 3ML9 A; 4XX5 A; 1PYW D; 1C79 A; 1TKG A; 2GB1 A; 3TBL D; 3L54 A; 3BYY B; 5EE0 A; 2KWV B; 2WXO A; 1A5R A; 1EU3 A; 1FNU A; 4AWJ A; 1T5X D; 2MH7 A; 2OED A; 1V49 A; 3NZU A; 4DWF A; 3ML8 A; 4KKJ A; 4RNA A; 4WQO B; 1YQB A; 1XF5 L; 1GC6 A; 3JYU A; 3PVL A; 4Q2J A; 2L32 A; 1HQR D; 4HPP A; 2KO3 A; 4OZB A; 2KFK A; 5EE9 A; 5DPS A; 4ANU A; 4MGK E; 4BBN F; 3RPF C; 3PRZ A; 1QF6 A; 2WXI A; 3R2I A; 1KJT A; 4AJW A; 3CF6 E; 4G50 A; 1N63 A; 1WGD A; 2AL6 A; 3APC A; 2GI9 A; 4IOI E; 1NEN B; 2KKC A; 2MJ3 A; 3OJ3 A; 3T8M A; 2EMS A; 3ZJT A; 3O13 A; 2Y3A A; 3MFG A; 4ZRP A; 4A20 A; 2FUG 1; 1PGA A; 4MH0 E; 1E7V A; 1F2R I; 1LO5 D; 2LUE A; 1L2N A; 4W9D A; 2KDE B; 2KMM A; 4ASW C; 1UGJ A; 2EMT A; 1J7C A; 2WXJ A; 1VRA B; 3U7D A; 1GG3 A; 2YEP B; 3QHT A; 4WAF A; 4DXA B; 2CU3 A; 1BXT A; 3V60 A; 4E3C A; 3AED B; 1HTO A; 5C2T B; 1ZPS A; 2K6Q A; 4JX1 C; 1ISN A; 4C56 C; 1SE4 A; 2LD9 A; 2GRI A; 3QIJ A; 2KLG A; 4EKU A; 3H8H A; 3MHZ A; 4MAC A; 4A55 A; 4CYE A; 1WXQ A; 3R3M A; 1JWS D; 1PUT A; 1P3Q U; 4WWN A; 4GN1 A; 1AW7 A; 4W9E A; 3RT3 B; 5EDS A; 3NUH B; 3NJT A; 1PGB A; 1HA5 A; 2UWQ A; 2J42 A; 3I57 A; 4XZ4 A; 4OVU A; 2DAF A; 1JCK B; 2XN9 C; 2LGY A; 1RWS A; 3DPD A; 5J17 A; 3UF8 A; 4K7S A; 4A6Q A; 3VR9 B; 2KC2 A; 1MPE A; 2D2Q A; 4J6I A; 1LFD A; 1B9R A; 2AX5 A; 2N7J A; 2PLP A; 5KHO A; 4G3X B; 2FUH B; 3B2F A; 4KGR A; 3FAH A; 2RPQ A; 3AN1 A; 5D6J B; 4BKG A; 3M63 B; 2G3Q B; 3BWU D; 4W9F A; 2AL3 A; 2J53 A; 3UIN B; 3AXC A; 3TJP A; 3N30 A; 4BVU C; 3NY5 A; 2RDG A; 3UI3 A; 4ARI A; 3P4P B; 3AE6 B; 1R4N B; 1QOG A; 3VRA B; 4LCD E; 5DPR A; 2IZV B; 3CST A; 1HZ5 A; 2INC C; 2M17 A; 1QIL A; 3DHG C; 4IG7 B; 3HM6 X; 2BS4 B; 3RUI B; 3BVZ A; 1GOZ A; 1T0R C; 1WM3 A; 1DOX A; 2ZCB A; 3HHM A; 1YIW A; 1YNT E; 3Q8E A; 4C4V A; 2PPH A; 4WH4 A; 4C7Z A; 2Z8L A; 3RNA C; 3RD2 A; 2M0X A; 3HVZ A; 4ZRI A; 3PLV A; 4HDO A; 5GMV A; 5I4D A; 3DQV A; 3GB1 A; 4ZYS A; 3O65 B; 2RGF A; 3FIL B; 4KVG B; 2QMT A; 4IW0 A; 2D5G A; 2KDI A; 2AYO B; 1KLG D; 1RYJ A; 3A9J B; 5G2N A; 4I6L B; 1Q10 A; 1YX5 B; 3PHX B; 2DWQ A; 2KHW B; 1VR9 A; 3A9K A; 3TMP B; 3C19 A; 3R2T A; 3M95 A; 1VLB A; 3RNG C; 3APF A; 3DDC B; 2ZVO A; 1JQ4 A; 4HCN B; 2CU1 A; 4KGS A; 1KM7 A; 4HXD A; 1KFY B; 2AQ3 B; 2RSU A; 1VZ6 A; 4M0W B; 1KRH A; 1WM2 A; 2VZK B; 3DVG Y; 1BUI C; 4II3 B; 3CIR B; 1R4N I; 5G5H A; 4FUL A; 2ZZP B; 1QKZ A; 2LXC A; 4WWP A; 3OG5 A; 3W1Y A; 1JML A; 2LEK A; 2LVQ A; 1IUE A; 5C1Z A; 4JPS A; 3V3X A; 3DHH C; 3AE4 B; 3K9O B; 3QJZ A; 1B1Z A; 4YXD B; 3U2S C; 2W82 A; 5E6P A; 4XWT A; 2NMQ A; 3ZKJ C; 4AP4 C; 4NY0 A; 5BO4 B; 4HJG E; 2BKF A; 4O1N A; 3SR6 A; 3V6C B; 1NEK B; 4XYC A; 3VRB B; 4B6W A; 1NBF C; 1F1H A; 5AEK B; 1TTN A; 2Z59 B; 3DWG C; 3N20 C; 4W9K A; 2WXM A; 1XLN A; 2RMM A; 2MEK A; 1E0Z A; 1C77 A; 4W9J A; 4HWI B; 5LXI B; 2JUO A; 2MJD A; 1TBE A; 2K8B A; 3A33 B; 1WRD B; 1JWB D; 1C4P A; 2YLM A; 2XK5 B; 3V6E B; 1AWD A; 4ICU A; 5FK9 C; 1YX6 B; 3J9C A; 3RCZ A; 2KT7 A; 3VUW A; 3DBR I; 2GBK A; 3H7P A; 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