The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
EMRPARAKFDFKAQTLKELPLQKGDIVYIYKQIDQNWYEGEHHGRVGIFPRTYIELLPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
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| publication title |
Structural investigation of the interaction between the tandem SH3 domains of c-Cbl-associated protein and vinculin
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
13
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1H3H A; 1W70 A; 1OV3 A; 2DJQ A; 4X1V A; 1PWT A; 1G2B A; 1T0J A; 1JO8 A; 1WYX A; 2M51 A; 2KYB A; 2D0N A; 2HDA A; 2KBT A; 3M0Q A; 2DX1 A; 2JW4 A; 1NLP C; 2IIM A; 4OMP A; 1AD5 A; 2EW3 A; 1OEB A; 2DL7 A; 3H0F A; 3PE0 A; 4LNP A; 2A36 A; 4IIM A; 1WXT A; 1YP5 A; 2DMO A; 4AFU C; 1ARK A; 3M0P A; 2V1R A; 1SRL A; 3CQT A; 4RTU A; 2AK5 A; 2KE9 A; 5GJV B; 1HSQ A; 1T0H A; 2RNA A; 2LJ3 A; 2SRC A; 4FSS A; 1ZBJ A; 1AZG B; 1UJ0 A; 3EGU A; 3SHW A; 3VS4 A; 2JTE A; 3QWY A; 3I35 A; 1U06 A; 1NLO C; 1VYU A; 1Z9Z A; 3VRY A; 1UEC A; 4AFQ C; 2DRK A; 1OPK A; 1AVZ C; 1NEB A; 1UHF A; 1GCQ A; 1NG2 A; 1CKB A; 2JXB A; 3TSZ A; 2JM9 A; 4OMM A; 5IH2 A; 1W1F A; 1T3L A; 2AZS A; 2M0Y A; 2O88 A; 2JT4 A; 2JMC A; 2J05 A; 2AKL A; 1PHT A; 3TVT A; 2O31 A; 2JM8 A; 5HCK A; 1X2K A; 3VS2 A; 1RLQ C; 4OML A; 5EC7 A; 1GL5 A; 2K7A A; 4GLM A; 3ZL7 C; 2K2M A; 1K76 A; 1AEY A; 2K9G A; 2MOX A; 1VYV A; 3EG3 A; 4F16 A; 1Y0M A; 5IHI A; 2KXD A; 4M4Z A; 2GTJ A; 4Z8A A; 2FO0 A; 2W10 A; 2SEM A; 3I9Q A; 2GQI A; 4DEX A; 2GNC A; 2H8H A; 2EVR A; 1S1N A; 4RUG A; 1AZE A; 1WA7 A; 2JS0 A; 2YUQ A; 2E5K A; 3NHN A; 1ZX6 A; 2D8H A; 1EFN A; 2J6K A; 2OJ2 A; 2X3X D; 1GBQ A; 5IXF A; 2F2W A; 2FPE A; 3A98 A; 1GCP A; 1BU1 A; 3I5R A; 1AWX A; 3REB B; 5IXB A; 4AG1 C; 4F14 A; 2CSQ A; 4RTY A; 2BZX A; 4JZ3 A; 1Y57 A; 2GGR A; 2DBM A; 2GTO A; 2ROT A; 1HD3 A; 1B07 A; 2RQR A; 1UJY A; 4CC4 B; 1PNJ A; 3IQL A; 2FG0 A; 2DL8 A; 4J9I A; 3PVQ A; 2J6F A; 1WLP B; 1X6G A; 3QWX X; 4DEY A; 2LCS A; 2KT1 A; 2O9V A; 2YSQ A; 1SSH A; 2AZV A; 1XOV A; 2DL5 A; 2YUN A; 2RN8 A; 1Z9Q A; 1QWE A; 1UTI A; 4LN2 A; 2RQT A; 2DIL A; 4JJB A; 2L2P A; 2AKK A; 3LH5 A; 1M3A A; 1W6X A; 4OMN A; 1ABQ A; 4HVU A; 1YNZ A; 4AFZ C; 2LJ1 A; 2PNI A; 1RI9 A; 3H41 A; 2MCN A; 1QCF A; 2KRO A; 2ESW A; 2EGA A; 1MV0 B; 2YT6 A; 4J9E A; 1I0C A; 1K1Z A; 3UA7 A; 4WCI A; 1N5Z A; 4LUD A; 4EIK A; 1BB9 A; 3VS6 A; 1ZUK A; 1QLY A; 2LP5 A; 1JQQ A; 1LCK A; 3EG1 A; 4J9D A; 5IHN A; 2FEI A; 3PVL A; 3VRZ A; 1WI7 A; 2J06 A; 2KRM A; 2DLP A; 2PTK A; 5ECA A; 1GFC A; 2G6F X; 2W0Z A; 1QWF A; 2KT8 A; 1PKT A; 3REA B; 1FYN A; 2HBW A; 3H0I A; 2EPD A; 2EYZ A; 3EHR A; 2LNH B; 2CT4 A; 2KYM A; 1WIE A; 1HJD A; 3M0U A; 1AWW A; 5GJW B; 2VKN A; 2D8J A; 2EGC A; 1M3C A; 1NM7 A; 2RQW A; 3GBQ A; 4HVW A; 1TUD A; 2RF0 A; 4OMO A; 4Y92 A; 2A37 A; 2L3S A; 1H8K A; 1E6H A; 2K79 A; 3I5S A; 1UFF A; 2D1X A; 2DVJ A; 4HXJ A; 1K9A A; 2BTT A; 1E6G A; 2BZ8 A; 2KNB B; 1UE9 A; 2CDT A; 2O9S A; 3EG0 A; 3ULR B; 3U23 A; 2JS2 A; 2HSP A; 2CH4 A; 4GBQ A; 1KFZ A; 3RBB B; 3VS5 A; 2RPN A; 2CH4 W; 2LQN A; 3THK A; 5FW9 A; 2KGT A; 1UGV A; 2ENM A; 2P4R A; 1JXM A; 1SHF A; 2HCK A; 1K0X A; 1SPK A; 2ED1 A; 4F17 A; 3EHQ A; 2KRN A; 2K3B A; 4K11 A; 2FRY A; 4RTW A; 2C0I A; 2KRS A; 3VS3 A; 1UHC A; 1MUZ A; 1PRM C; 3M0S A; 4J9B A; 2LJ0 A; 4CC2 A; 2YUO A; 4OMQ A; 1PRL C; 4AG2 C; 2GBQ A; 1I1J A; 2F2X A; 2DE0 X; 4Z88 A; 2XMF A; 1NYF A; 1UG1 A; 1TG0 A; 1X6B A; 3H0H A; 3VS7 A; 3R6N A; 2CUB A; 4LUE A; 3TSW A; 4D8D A; 1QKX A; 1NEG A; 1KSW A; 1RLP C; 1VYT A; 2A08 A; 2DBK A; 2VVK A; 4AFS C; 2V1Q A; 3UF4 A; 2PZ1 A; 1K0S A; 1JU5 C; 4KRT A; 2KXC A; 1AWJ A; 3SEM A; 1GBR A; 2I0N A; 3EG2 A; 1ZSG A; 4HVV A; 2DNU A; 1PKS A; 1CKA A; 5FWC A; 2CUD A; 1YWP A; 1QKW A; 2B86 A; 4J9H A; 1OPL A; 3C0C A; 1X27 A; 4ORZ A; 1BK2 A; 3UAT A; 4D8K A; 1WFW A; 1AWO A; 1MV3 A; 1UDL A; 1ZUY A; 1OOT A; 3VS0 A; 2C0T A; 2CSI A; 4ZNX A; 1VA7 A; 1FMK A; 2F2V A; 1YWO A; 2QDL A; 2LZ6 B; 4R0K A; 1I07 A; 1JEG A; 1BBZ A; 4A63 B; 1E7O A; 4LE9 A; 1X69 A; 1WX6 A; 1T3S A; 4CC7 A; 2J6O A; 2L3P A; 4JJD A; 1KIK A; 5FWB A; 1CSK A; 1SEM A; 2L3Q A; 2BZY A; 1GRI A; 2ED0 A; 2DRM A; 3M0T A; 3NGP A; 1M8M A; 1NYG A; 1SHG A; 2KEA A; 2OI3 A; 2EBP A; 2RQU A; 2EQI A; 1A0N B; 2C0O A; 2RQV A; 1ABO A; 4E6R A; 1M30 A; 2EGE A; 4J9F A; 1J3T A; 2YDL A; 2MIO A; 2EYY A; 2DA9 A; 4Z89 A; 1K4U S; 1ZLM A; 2VWF A; 2HEQ A; 2ROL A; 2YUP A; 3M0R A; 4RTX A; 2L0A A; 2RMO A; 1ZUU A; 2A28 A; 5I22 A; 2LX7 A; 1SRM A; 3O5Z A; 4JZ4 A; 2FRW A; 4HCK A; 2X3W D; 1WXB A; 1RUW A; 4J9C A; 3RNJ A; 1G83 A; 2O2O A; 4ESR A; 2CRE A; 4JJC A; 4JPB W; 2OAW A; 3JV3 A; 1TUC A; 5IHK A; 2NUZ A; 1YCS B; 2ABL A; 2FPF A; 1KJW A; 1U5S A; 2CT3 A; 3KFV A; 1IO6 A; 2EKH A; 4IIO A; 1AOJ A; 3VS1 A; 4QT7 A; 2J7I A; 2K6D A; 4CC3 A; 1U3O A; 1WDX A; 2LMJ A; 1B3Q A; 1YN8 A; 2KR3 A; 2DM1 A; 2EYW A; 2JMA A; 5L23 A; 1X43 A; 2ECZ A; 3FJ5 A; 2DL4 A; 1GFD A; 1GCQ C; 4RTT A; 1H92 A; 2DYB A; 1JXO A; 1X2Q A; 2DF6 A; 3NMZ C; 4J9G A; 1WXU A; 5I11 A; 2EYX A; 2DL3 A; 2LQW A; 4RTV A; 1V1C A; 2NWM A; 1M27 C; 4RTZ A; 2FPD A; 1UUE A; 3NPF A; 1M3B A; 3UA6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W70 A; 2DJQ A; 4X1V A; 1PWT A; 2H3E B; 2G3R A; 3HRS A; 4A4F A; 4M7D A; 1JO8 A; 3FEO A; 1WYX A; 3CCR Q; 2KYB A; 3TRE A; 2HMA A; 2D0N A; 2DX1 A; 5LL6 S; 5CCA A; 5KYW A; 3CME Q; 2YLC A; 5KCO A; 2ZPI B; 1TSF A; 3CCV T; 3AT1 B; 2WSF E; 4IIM A; 1YP5 A; 2KAF A; 2KK4 A; 3L42 A; 2V1R A; 2CGH A; 3A8H B; 1ZBJ A; 5LJ3 d; 3VS4 A; 3FRN A; 4JDS A; 2JTE A; 3QWY A; 2O4X A; 1NLO C; 2HQH A; 2K2V A; 4M7D F; 4MZT A; 2PU9 B; 3LYI A; 2O88 A; 4ELZ C; 2AKL A; 3OYM A; 2RA2 A; 1Q82 C; 3CD6 A; 3E9F A; 1RLQ C; 4WTO B; 2K7A A; 3OYG A; 1GL5 A; 5A0L A; 3CCE T; 3CCL Q; 1K76 A; 3E2U A; 4M75 B; 3CCL A; 1KQ2 A; 3H6Z A; 1VQO Q; 3PFS A; 1VQO A; 4HT8 A; 4OP0 A; 2ZPF B; 1VYV A; 1YJ9 A; 4F16 A; 2OAU A; 5IHI A; 4E7S A; 4BI8 B; 2RJE A; 2DO3 A; 4MMK A; 1W2B P; 4DEX A; 5KYN A; 1XTD A; 2H8H A; 1VQL T; 2EVR A; 1S1N A; 4RUG A; 1AZE A; 4RCC A; 3SDZ A; 2YUQ A; 3QJY A; 2JNG A; 1ZX6 A; 3S3O A; 2BKD N; 5IXF A; 2YLB A; 3TQ7 P; 1NE8 A; 3A98 A; 2XID A; 4PLI A; 1PCX A; 2BE9 B; 3S3N A; 4JZ3 A; 2DEU A; 1X6O A; 1LVK A; 2KSS A; 1YHQ T; 3QXE B; 1UJY A; 4C5E A; 1ZA1 B; 4M7D D; 1VQP Q; 4M7D E; 3PVQ A; 1VQP A; 2RK2 A; 4E7J A; 1Y96 B; 4XU2 A; 4C5G A; 2YSQ A; 2YUN A; 2RN8 A; 2CP3 A; 3UDC A; 5HKC A; 1BI0 A; 1UTI A; 4AT1 B; 2CP6 A; 3DLM A; 4XTX A; 1YNZ A; 2QI2 A; 4PNO A; 3QJ6 A; 1IGQ A; 4N4G A; 2HL5 C; 3M9Q A; 4J6W A; 3OW2 P; 1RI9 A; 5GAM h; 3H8Z A; 5GMK e; 2YT6 A; 3V8K A; 4J9E A; 2RI3 A; 1K1Z A; 4E2F B; 3UA7 A; 1N5Z A; 5J39 A; 4LUD A; 3G6E T; 3O8V A; 2LP5 A; 2FEI A; 4M77 B; 1WI7 A; 3M55 A; 2J06 A; 1GFC A; 4PJO G; 1QWF A; 2EJ9 A; 1QVF P; 1R0B G; 2EYZ A; 3OYI A; 3GNG A; 3T9N A; 4J8O A; 2RHZ A; 2RJD A; 4MML A; 4DBQ A; 1NZ9 A; 4C5I A; 2MI6 A; 4BY6 B; 3PMI A; 2K5L A; 1BIA A; 4B9X A; 1PD0 A; 1NM7 A; 4C0F A; 4FT2 A; 2E64 A; 4Y92 A; 2LTO A; 1K9M C; 4PL6 A; 2K79 A; 3CPW P; 3PTA A; 1E6G A; 1VQM A; 2DD4 A; 1HYO A; 1BI3 A; 1RAF B; 2CZ0 B; 1R77 A; 4BUG A; 3ULR B; 1TWB A; 2JS2 A; 2HSP A; 1WHJ A; 4GBQ A; 3RBB B; 4PK4 A; 3CD6 T; 1NPR A; 4VUB A; 1SHF A; 4E7K A; 2YHT A; 3EHQ A; 3SWN A; 5LJ3 f; 3L1A A; 1N9R A; 4M75 F; 2RK1 A; 2MK5 A; 2K3B A; 1G3Y A; 3MHX A; 4K11 A; 1YJ9 T; 1M90 U; 1I8F A; 3AHU A; 4RTW A; 2F5T X; 2K5I A; 4QQD A; 1PRM C; 1AT1 B; 3EGX B; 3UWN A; 1VIE A; 2LC4 A; 1PRL C; 2OTL Q; 3G4S Q; 5GMK j; 2OTL A; 4NL3 A; 3G4S A; 1XJW B; 2F2X A; 2HAX A; 1HK9 A; 2XMF A; 5DLQ E; 1IZ6 A; 1RAE B; 4MDW A; 2LT4 A; 3OYF A; 1X6B A; 1JJ2 P; 3NFC A; 2Y4X A; 2V8K A; 2JN0 A; 1W2B S; 1KQS A; 4KRT A; 1VQ9 Q; 3CCJ Q; 3QO3 A; 2KXC A; 3SEM A; 3X28 B; 2X9H A; 2K4Y A; 2I0N A; 2DTH A; 3EG2 A; 3OYC A; 2QTV A; 5GAN 6; 1UGQ B; 4P5N A; 4ZGE B; 3JCM W; 5FWC A; 4KUD K; 1OPL A; 4Y28 E; 3OSS C; 4C8Q A; 3CEY A; 2QEX A; 3UAT A; 3G7Z A; 4D8K A; 3QYH B; 2F1L A; 2A7Y A; 4JRP A; 3JB9 H; 3QBY A; 4ZNX A; 1V76 A; 1VA7 A; 3LWH A; 1FMK A; 4M75 E; 1VQ4 A; 1UEB A; 1N6A A; 4HCZ A; 4QVZ A; 1I07 A; 1D1A A; 1E7O A; 4FCY A; 3UPU A; 2JVV A; 4OB2 B; 2CZ6 B; 1WJS A; 3JSC A; 4LDX A; 4F7U A; 2L3Q A; 1KD1 C; 2QK0 A; 2VXF A; 1GRI A; 3DB3 A; 2COW A; 3JB9 I; 3M0T A; 8AT1 B; 5GAN 7; 3OW2 S; 4M77 F; 1D3B B; 2EBP A; 2YRV A; 4IUP A; 4J7I A; 2RQV A; 3OMG A; 1M30 A; 4FYX B; 4J9F A; 4EMH A; 2XDD A; 3GOX A; 2GCX A; 2XU8 A; 4TVR A; 4X9D A; 2RD1 A; 2DA9 A; 1OQK A; 1G5V A; 5HY6 A; 2ROL A; 1ZSZ C; 2DFU A; 2ZCF B; 5GAN e; 5HK3 A; 2CYZ B; 3BW1 A; 2L0A A; 1MMN A; 2XHC A; 1QVF S; 2R5M A; 1YBY A; 5C0M A; 1G3W A; 4M7D C; 1SRM A; 2FZC B; 3O5Z A; 3RES A; 1M5Q 1; 3RKW A; 4C0G A; 2FRW A; 2X3W D; 1VQM T; 1TS9 A; 2X4J A; 2O2O A; 4ESR A; 1VQ8 Q; 2OAW A; 1TUC A; 3URG A; 2GFU A; 2EQJ A; 2ABL A; 1V29 B; 4HA8 A; 3H9N A; 3KFV A; 4A4K A; 2EKH A; 2NLU A; 4QT7 A; 2J7I A; 3CPW S; 4M7D G; 1Q86 R; 1U3O A; 1VQ6 T; 1PM3 A; 1YN8 A; 3CCM Q; 4N0A A; 5CIU A; 2JMA A; 2HNI A; 2AT1 B; 3FJ5 A; 2DXT A; 1RAD B; 4C8Q D; 1GFD A; 1H92 A; 2DYB A; 4M77 D; 3M4Y A; 4M77 E; 3M56 A; 3A8L B; 3NMZ C; 2EYX A; 2GF7 A; 2LQW A; 3KBG A; 1NBE B; 3CCU Q; 1V1C A; 3M5A A; 1UUE A; 1Q7Y U; 1OUL A; 1H3H A; 1ZSZ B; 3MCA B; 2R57 A; 2JW4 A; 1VUB A; 4XAX B; 2PVG B; 2VV5 A; 1AD5 A; 2EW3 A; 4OMP A; 2MWP A; 1K8A R; 3PE0 A; 3S3M A; 3VYG A; 4LNP A; 2A36 A; 5CKH A; 1JJ2 S; 1WXT A; 4ANJ A; 4DBF A; 2KE9 A; 2QEX T; 3JB9 J; 1T0H A; 2SRC A; 1NJI R; 3UT1 A; 3QDF A; 4FYY B; 5J3B A; 1N9S A; 1UJ0 A; 2QA4 T; 2PUO B; 3QUI A; 3I35 A; 3CXC P; 4R56 A; 1VQK A; 1VQ4 T; 1UEC A; 1OPK A; 1UHF A; 2DRK A; 5D6X A; 1CKB A; 5KE2 A; 2JM9 A; 2O4X B; 2JMC A; 5GMK l; 3FDR A; 5FU7 B; 1PHT A; 3TVT A; 1VQN A; 2JM8 A; 1YJN Q; 1SF9 A; 1X2K A; 2RHU A; 2X4Y A; 3VS2 A; 1M1F A; 1IRX A; 4GLM A; 2PVD B; 1RAH B; 2K2M A; 3QPH A; 5LJ3 j; 3E19 A; 2K9G A; 2MOX A; 1M2O A; 4DBH A; 3FLG A; 1Y0M A; 2P0Q A; 3OYJ A; 4BE2 A; 1Q86 U; 2SEM A; 2XI9 A; 3I9Q A; 4HCB A; 3JCM P; 4ELY C; 2E6N A; 3MET A; 5GMK i; 2D8H A; 2R5A A; 9ATC B; 2F2W A; 2ZPB B; 3OBY A; 3PIO A; 4FM4 B; 5HK0 A; 1QP2 A; 3I5R A; 3REB B; 5IXB A; 2NUP A; 3ZFJ A; 3S6W A; 2CP0 A; 3QII A; 2CSQ A; 2QTX A; 2BZX A; 3CC2 T; 1KC8 C; 3OQ5 A; 3DB4 A; 3CC4 Q; 2MYS A; 1HD3 A; 2RQR A; 2FYK A; 2MPX C; 4PJL A; 2FG0 A; 3QKJ A; 5FRM A; 2J6F A; 2QDY B; 2EWN A; 1X6G A; 4OMF B; 2VGN A; 4DEY A; 2LCS A; 1N8R C; 2O9V A; 2F69 A; 2AZV A; 2XG8 D; 2DL5 A; 3FB9 A; 2H3J A; 5GAN d; 4XQ3 A; 2FB7 A; 5GAO n; 1M2V A; 2HKQ B; 4JLI A; 2RQT A; 1MND A; 3JB9 F; 3X25 B; 1BKB A; 1UB4 A; 2AKK A; 1W6X A; 3CCR A; 1ABQ A; 4HVU A; 1MMG A; 2LJ1 A; 1PD1 A; 1NJI U; 3CME A; 3H41 A; 4M75 G; 1QCF A; 4ZN1 A; 1QP3 A; 3BY7 A; 1YIJ Q; 5L8R E; 2E70 A; 2RO0 A; 1M1K U; 4II1 A; 2QAZ A; 1Q81 C; 2V26 A; 2CP7 A; 3SB2 A; 1QLY A; 3SWN C; 1LCK A; 3EG1 A; 1PG5 B; 3C4S A; 1ZA2 B; 2OTJ Q; 5GAN 4; 2OTJ A; 5ECA A; 3OYE A; 5LJ5 f; 1PKT A; 3REA B; 1WJQ A; 1TXQ A; 4FSX A; 3WVD B; 5IT9 E; 2EPD A; 1YJW Q; 2M02 A; 4XTV A; 3EFS A; 3RIR A; 5GAN 5; 3CC7 Q; 1WIE A; 3I55 Q; 3E1S A; 5FLX E; 1QVG P; 2YXY A; 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