4M19A

Dihydrodipicolinate synthase from c. jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
publication title Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
pubmed doi rcsb
source organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus 118
structure length 295
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2013-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4m19A00
3W7EA 1PHQA 3NQCA 3O05A 4UFJA 1ME9A 3UWZA 4FNTA 4IMFA 1C29A 1DQWA 2JKEA 1KM0A 3NM3A 5FF4A 4QM1A 3YPIA 5HMSA 1LP6A 1VH7A 1G7VA 2CLLA 5FF3A 2G97A 2OMAA 2E5CA 4UFLA 1SW3A 3TJLA 3STFA 3VFLA 4E38A 1G4PA 2A5HA 2BWGA 3C2RA 1EWEA 1YTKA 3IGSA 3W22A 1TPVA 3KRSA 1WYIA 3B0PA 3EWZA 1SO5A 1Q45A 1YLVA 3A23A 1SO6A 3QJAA 1HTIA 4ZQOA 3O6YX 4DBEA 3QW4B 1KFLA 3TMLA 1O95A 4FX8A 3NOEA 3THAA 5LHFA 4RZ4A 1TREA 1FBAA 1QDSA 3EWYA 4ZQRA 1OYBA 2CW6A 4HIBA 4DF1A 3LCGA 3GLCA 1OHLA 1ALDA 3IGXA 1TQXA 4DBDA 3WK3A 4EOUA 4UFKA 4JXCA 5D32A 3BGJA 3M41A 1L6SA 4H6KA 1YDVA 4FX6M 3P82A 3OA3A 4Y90A 5CPLA 2VFEA 1TCDA 1LROA 1ADOA 2ZA1A 5EKYA 4DF0A 3STGA 1T96A 3W76A 2FJKA 5DN1A 3W07A 5AHNA 1NF7A 4DO4A 1ZENA 2OZ0A 3MHFA 3PUEA 1LLWA 4C1LA 2TMDA 3M5VA 5AC7A 4GUGA 1JCLA 4DPPA 1OK6A 2Y61A 5C6MA 1D9EA 2QCHA 3WK0A 1K7FA 1O4UA 4R53A 3KRUA 1TQJA 3NQFA 3O63A 1UUOA 3W71A 1X7FA 4FNPA 5D2YA 1DKWA 3ABQA 5LHEA 5C2XA 1H7OA 1XDMA 3NEVA 3W73A 4HKPA 4Z1BA 4O16A 3TXZA 3M47A 1FWWA 1QOQA 1BKSA 3W2KA 2CLMA 3LBCA 3W1RA 5K4XA 2QR6A 3A5VA 1XL9A 3PVFA 4AMAA 4HNTA 4S2BA 2C3ZA 3F03K 5CZSA 4OV4A 4XQ6A 2NXGA 7TIMA 1NFBA 3W1XA 3H54A 3P60A 3M43A 1QNVA 1TSIA 1W5QA 2EPHA 3NR0A 2I1OA 4A2SA 4YXGA 2BTMA 5DBTA 3UWVA 4FIQA 4LUJA 1K7EA 1G4EA 1Q3NA 4DO6A 1AG1O 1IXPA 3GK0A 3KFTA 3F4WA 2TRSA 3W1LA 5HNRA 1QCWA 4UTTC 5CKSA 5TIMA 2G95A 4FB7A 5LSMA 2CFFA 3P67A 1PV8A 3IEBA 3E0IA 2OJPA 2J9ZA 3W1PA 4JTFA 2C18A 1P1XA 3EX6A 4O10A 1ML1A 2V2CA 2VC6A 4K36A 3T55A 3W7OA 4AF0B 3NL3A 5MHBA 2YFNA 3A5FA 1M5WA 2GVJA 4PFMA 3BPWA 1Y0EA 1ICPA 4LNYA 1S5WA 3ATZA 3G3MA 1YPFA 3O6CA 2ZQ0A 1TIMA 3PR2A 4YCPA 3LRLA 1FWSA 3P80A 5EY5A 1R2TA 4UTUA 1H5YA 3DFTA 1MSSA 3W2UA 1KFKA 4LRTA 4XBKA 2FQIA 3TCEA 2QJGA 4HSOA 5LZLA 1NVMA 1GVQA 4MUZA 3H53A 5F2GA 5AN7A 3S1XA 5F4WA 4M5PA 3GDKA 3C56A 2CLIA 3EEGA 1X8FA 2V81A 1TTQA 3TSBA 3EWUA 1RVGA 2YGYA 1NAL1 5HR6A 2OT1A 5EA9A 3LV6A 3LCLA 4NXKA 5HJLA 5BW6A 1VR6A 3NQMA 1L6WA 4WZHA 1F73A 1GG0A 5F2IA 1AK5A 3GDTA 2ISWA 2A7PA 1F05A 1OFBA 1VHNA 1EUNA 4A21A 3W7JA 1IXOA 1VCFA 1GQNA 4GUHA 1HFBA 4ADTA 1Z41A 5EPDA 3NVTA 4MZYA 2CLFA 2WOQA 3DFPA 1ZHAA 2QCMA 2H8ZA 4OHQA 1PL9A 4BR1A 1A5AA 4FNSA 1WOBA 1CW2A 5D2VA 3W7KA 2GJLA 1AW1A 3R12A 3CIXA 5D2WA 4ZQCA 4Z0SA 4QSHA 4K38A 2WKJA 2FPYA 4BI7A 3KOFA 3P81A 4JGDA 2FB2A 3QW3A 3GDMA 4UFIA 3VE7A 1DJNA 3FYOA 2J27A 4G1KA 1S5VA 3TIMA 1D3HA 1MZHA 3W87A 1EP1A 4BI6A 4QJ1A 1IGSA 3Q94A 4MLRA 4P61A 3UXAA 4N4PA 1FWNA 3ABOA 2CZDA 3W7HA 1GYLA 2CWNA 4AEOA 3SZ8A 3N2XA 1ZAHA 3DH7A 4HN4A 4MY8A 1GYNA 3N14A 2X1TA 5TQLA 2Q3RA 4WOZA 4WUIA 3DFNA 5DXXA 3W7MA 4O50A 3GR7A 2VFHA 4O0ZA 3NPWA 1JCXA 5C54A 5CSRA 2A2IA 2YXGA 4NQ1A 3VE9A 1N7KA 3MHUA 4JTEA 2QCGA 1LDCA 3FLUA 3TU9A 1B57A 3PSVA 1A5SA 1P5BA 3RF9A 3C3NA 3NQ2A 3MUXA 2WSRA 1CI1A 1H1YA 3WJSA 1YTDA 1LM1A 4UTHA 1ME7A 3L5MA 4LS1A 4GC4A 3GDRA 4PC8A 3P61A 5K3VA 3PS7A 4X2RA 4JIPA 4LWWA 2EHHA 5ABTA 2F84A 5K7JA 2WNNA 4R33A 1XBVA 4O4WA 2V30A 2DZVA 4ZL1A 2QKFA 5KINA 1LZOA 4I9AA 3L0KA 1OG0A 2PC4A 3M44A 3L9CA 3HB9A 3W2MA 1M7OA 2DJXA 5DY2A 2TSYA 3KXQA 1JCYA 3QSRA 1TPC1 4N6FA 5I3HA 1QPNA 3S5YA 3C2VA 4XKYB 3BW2A 4GXMA 2CZFA 4FNRA 3R8RA 5KITA 1XBYA 4FIRA 3RLVA 3R2GA 1ZJIA 4LY8A 3M0ZA 2V8ZA 4KFPA 1K8XA 1KFCA 1VYSX 2JKPA 2X1UA 2V5BA 2WSQA 1GOXA 3BO9A 2VEKA 2PRLA 3T4CA 2YW3A 2X2GA 4IUOA 2ATMA 2HSAA 4JN6A 3W23A 4NJIA 5FI8A 2FLIA 3HG4A 5F2LA 1XDLA 3C61A 1OFQA 3HG3A 3NPXA 3W75A 1XUUA 1I8JA 2CLKA 1W5MA 1IF2A 1YXCA 3W7RA 2ZFAA 1L2UA 4MYXA 1EP3A 5G2WA 1EPXA 5AHMA 2WNZA 5D33A 3R5EA 2V2HA 4UC5A 1NSJA 3FJ6A 3Q37A 1T99A 3MWAA 4ZQMA 4AWSA 4AHQA 1MEWA 4Y8FA 3GKFA 3OVPA 3WK1A 2C6QA 2FPTA 1W5OA 5C55A 4L4LA 1XUZA 3LOTA 1DOSA 1TB3A 1VPXA 3P5ZA 3BG5A 5FEWA 3UY8A 3G0UA 4JICA 4IJBA 1EWDA 2NX1A 2YYUA 5D2TA 3BLEA 4H3DA 3ELFA 4IPJA 4N9EA 1H60A 1W54A 4CQAA 3EWBX 3UD6A 1KM5A 5HULA 3GR8A 3HMJG 1LBMA 3HIJA 2NLIA 4FHAA 1H1ZA 2ZTKA 2VEPA 5HINA 3RK8A 1KW1A 1H62A 3LHUA 2QCDB 2JBMA 1QPQA 5DXYA 4ADSA 1XCFA 1RR2A 1TTIA 4H4IA 3GNDA 2V0TA 1F76A 3TROA 3DKJA 4P2VA 3B4UA 3NO5A 5LNVA 1KTNA 1W31A 1VGAA 2Q3OA 2VEMA 4L4MA 3LCIA 4UUIA 4LOCA 1OX4B 2RHGA 3MP5A 1VZWA 4O57A 3S5OA 2QCFA 4TMCA 3PBUA 4O12A 4UCGA 1LCOA 4HPJA 2QJIA 2YDAA 4A22A 3L65A 4ORIA 3CU2A 3HGRA 5DCEA 4LW7A 4UTWC 4IMEA 1OFAA 3L67A 2V2DA 4LVFA 4MIMA 4NX0A 4O15A 3NA8A 4IXHA 1SSDA 5GVJA 4BF9A 1KBJA 1I2NA 5D2XA 4JY8A 1SZFA 5D02A 4N4QA 4JDBA 3LTYA 1VQTA 1NEYA 4ZZ9A 2NUYA 4QITA 1TPUA 3UWUA 3QQ0A 1W0MA 4FNUA 4MLJA 3DXIA 5FEZA 4JD4A 3MYOA 1K7XA 4M6VA 3QRHA 3EX1A 3BW4A 4JY9A 3LX9A 1XXXA 4O0KA 3KRZA 3FEMA 4MKNA 2NXHA 3IIOA 2E6AA 3UWWA 3IV3A 3OHIA 5D04C 1A5BA 4OU1A 3DHFA 1LRTA 3STEA 5AHFA 2DZUA 2GJNA 3G22A 1FDZA 2VOMA 4JTSA 2AGKA 3R89A 5U7SA 5HUOA 4ZMGA 4MFDA 5H91A 3VKJA 5CGQA 3NL5A 1RQEA 3LHYA 1TJRA 2B0MA 2ABAA 4HPXA 4R7JA 5H2ZA 3G1SA 4O11A 2E68A 4Z1CA 4HNNA 3C2FA 4UIOA 3CB8A 4CLMA 4IPIA 2C14A 3P8IA 3GXNA 3PUOA 4QAIA 4UTTA 4RXGA 2GVLA 4BWLC 3ZR4A 3BG3A 1KBIA 2A7RA 2DZXA 3SGUA 4LT9A 3ABSA 3W83A 1VHCA 1GVOA 5CSSA 1FDYA 2GPTA 2WQPA 3HF3A 1RD5A 1YDOA 2ZRVA 3QPZA 3PM6A 2BZNA 2ZZ3A 4AH7A 1SW7A 4CCCA 2V5LA 2YSWA 1TV5A 2FB3A 5HWMA 2A85A 5IBXC 2R91A 3DGRA 2RDUA 5AYYA 1XI3A 1GT8A 1TPDA 4POCA 4WY0B 3NYZA 2IQTA 3G0XA 4NNCA 3S6DA 5BMWA 1VC4A 1UJPA 1MXSA 3RFAA 5E1QA 3N34A 4JTKA 1H7XA 2W79A 1U83A 2E77A 4UTLA 1H7WA 4UNLA 3MI6A 3Q58A 3LLFA 1O60A 3S1WA 2B7OA 3C0JA 3PSWA 2ZYFA 3I6RA 1FQ0A 2YFOA 5HWNA 1H7NA 4S2CA 1UUMA 1OK4A 4AVFA 3LXAA 3O1NA 2ZA2A 2ZRUA 4NNBA 4JTIA 4PL2A 3BVJA 4GE8A 3C6CA 3BW3A 2A21A 3MI3A 1T8XA 3M6YA 2VFIA 1EX5A 2CLOA 3LTPA 3D0CA 3QZEA 2PRHA 2Y7GA 2Y63A 1BWLA 3TKFA 2PCQA 3S5ZA 3W3OA 1B9BA 5G2IA 4JX5A 1IXQA 5FF7A 3RNDA 4HT3A 1W3IA 4O52A 5AC8A 4FXSA 3VCRA 4UFHA 4JX4A 1GPWA 1YPIA 2DJLA 2GOUA 4R34A 5LNWA 3IIXA 4DXVA 3I68A 2NV1A 1D3GA 4UTJA 5I3GA 2CZEA 1RPXA 3M9YA 3V1PA 1JCMP 5E93A 4A29A 4ZVJA 4GBUA 4WQ6A 1K03A 4YL2A 4AWTA 3LXCA 2RFGA 4IX2A 3QQ1A 3W2JA 2OCZA 3VNDA 3CQ0A 3Q2DA 1YADA 2QDGA 2P1FA 3G0SA 4MY1A 1QAPA 2E09A 3HBLA 4PH6A 3NM1A 1EB3A 2Q8LA 1I2RA 5AOUA 2QCLA 2WSYA 2DZWA 4AF0A 1VCGA 1SZGA 2XN2A 1TO3A 4O28A 4JYFA 3ZFHA 5KZMA 5F2MA 1FXQA 3LV5A 3T78A 1JCJA 5A5WA 3W7PA 4CNNA 4UMCA 3SW6A 4RCXA 5K9DA 3P5YA 4Z1DA 1F6KA 5I3KA 4JX6A 3HGOA 3PF3A 5LKYA 1EA0A 5G1YA 3CTLA 2J24A 3I7RA 3W2NA 3HJZA 4GUIA 3UYCA 5LGZA 3BGGA 3V75A 5LNSA 3IRDA 2EF9A 4HHPA 4A3UA 2Z6IA 3L5LA 1H63A 1JUBA 3SR7A 1KV5A 4JYEA 4OV9A 5A8GA 3TQKA 4EF9A 5FESA 3UPBA 4LV9A 4LV4A 2B7NA 1PE1A 2R8WA 2ISVA 1ICQA 2XN1A 3W1UA 2DZTA 3DZ1A 3LCFA 2J9XA 1DHPA 1AL7A 1MEHA 1C9DA 1SW0A 1AL8A 3FS2A 4FNQA 3C4UA 4JNMA 4K7YA 1WXJA 4PODA 1N55A 2CU0A 5EL1A 1TRDA 3KVJA 5DLCA 3E9AA 3CPRA 3P74A 5F1UA 5F4SA 3IIVA 2NWSA 1GZGA 2VEIA 3NQGA 1O5XA 2VKZG 4E2DA 1LLZA 1LOQA 3ZWTA 4M7TA 4A2RA 4MOZA 2JKAA 3PULA 2P10A 2DP3A 3OEXA 3TJXA 1VRDA 3C2OA 2NWRA 3OVQA 2ZDRA 3PUDA 2A0NA 4CQ9A 4ML9A 4UMAA 3M1ZA 1OFEA 1GVRA 3DFQA 4M6PA 4OWGA 1QPOA 4O54A 4O17A 4LVDA 4CCEA 2V82A 1PVNA 4QQ3A 5J5RA 1JULA 2G96A 1SO4A 5DELA 1QPRA 4K6AA 3W74A 2BLEA 3GZ3A 2QCEA 1J4EA 3WJZA 4NJKA 1G69A 4AHPA 1LTDA 5KTLA 3KVMA 3USBA 1R47A 3EB2A 1TMHA 1QR7A 4O1AA 3HOJA 4OQVA 2FIQA 3MI2A 3I7QA 3PBWA 1BEUA 2YZRA 3K30A 3DENA 3GXTA 3JR2A 4JS3A 3OG3A 2E6YA 3N19B 3FA5A 1DQXA 1X6UA 3HG5A 5FEPA 1X1OA 2ZRXA 5LGXA 3NPUA 5IM51 4NZFA 4RZ5A 3L21A 2V9DA 1R30A 3GIYA 4JYDA 4FF7A 1DVJA 1H7RA 5EBUA 1W1ZA 3W1MA 5BRBA 3QF0A 3TR2A 4OT7A 1SSGA 3SJ3A 1DL3A 1LORA 3G1VA 4X9SA 1GEQA 3PWAA 1LRNA 1M7PA 1IXNA 3G1YA 1W3NA 4XKYA 3WFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G3J A;  4PTW A;  2PDM A;  3NQC A;  2XH2 A;  3O2L A;  4FNT A;  1S3T C;  1C29 A;  5FF4 A;  1KM0 A;  2XGI A;  3YPI A;  2OPJ A;  1VH7 A;  1G7V A;  3I6E A;  1K70 A;  3H8A A;  4J3W A;  4C60 A;  3UPM A;  4E38 A;  1TV4 A;  4F4R A;  1W3H A;  3GXM A;  3C2R A;  3L4W A;  3WD4 A;  1TPV A;  5IOB A;  3EOE A;  3A23 A;  3GG0 A;  3QJA A;  1LJY A;  3BH4 A;  4ZQO A;  2BXZ A;  4GG9 A;  1RCO B;  4M82 A;  1YMY A;  3GTX A;  5LHF A;  1TRE A;  4LAO A;  4DF1 A;  3LCG A;  4DNH A;  3GLC A;  4BKN A;  1ALD A;  3IGX A;  1KXH A;  4JKK A;  1TQX A;  1N8W A;  4DHG A;  1TX0 A;  1BPL B;  2ANU A;  2XIB A;  1YDV A;  4Y90 A;  2VX7 A;  3KBM A;  1TCD A;  4PUD A;  1ADO A;  4NRR A;  4ZA0 A;  1DWG M;  1HXJ A;  3W76 A;  3W07 A;  5C9Z A;  3LBO A;  1EQP A;  3VNK A;  3VOJ A;  1NF7 A;  5XIA A;  3QOM A;  1ZEN A;  2OZ0 A;  1WDP A;  1E5N A;  4MAZ A;  2OOD A;  2NQJ A;  3VOG A;  2TMD A;  3M5V A;  4Y2W A;  2I56 A;  5CJN A;  4GUG A;  4DPP A;  4DWS A;  3UJS A;  1D9E A;  5BU6 A;  3USZ A;  2IS7 A;  2XVN A;  1JYX A;  1UIO A;  1X7F A;  1LL4 A;  1AJZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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